14世纪开始的欧洲宗教改革到16世纪路德和加尔文时期达到顶峰，基督教内部由此发生了巨大震荡，失去了欧洲北部辖区的罗马教皇损失惨重。但一部分知识分子出生的基督徒徒站在了教皇一边，决定以自己的努力挽回颓势，赴东方传教和扩大影响力，将在欧洲的损失从别的地方挽回来，由此建立了不少组织，其中耶稣会是最大的男修会。该会1534年由西班牙贵族罗耀拉在巴黎大学创立，1540年得到教皇保罗三世批准。罗耀拉先后在巴塞罗那阿尔卡拉和萨拉曼加等大学、巴黎大学攻读，创办了罗马学院和德国学院。他的经历决定了其宗教活动具有尊重科学知识的眼光和条件。
经受了宗教改革猛烈冲击的天主教也在反思自己的过失，从内部完善和改革。
比如罗耀拉不满罗马教会僧团的腐朽无能，他按军事组织原则建立自己的僧团。耶稣会不再奉行中世纪宗教生活的许多规矩，如必须苦修和斋戒、穿统一制服、过隐修生活，而可以渗入社会各个阶层，参与各种活动。如开办学校、医院、投资工商业、进行科学研究，等等。还可以出入宫廷，担任忏悔师，以此推进海外传教。到东方的传教士最早的有圣方济各·沙勿略， 1556年圣罗耀拉去世后，其会士已遍布全世界。到中国的传教士中影响最大的有利玛窦、汤若望、南怀仁等。
不论耶稣会对教皇的愚忠达到了什么程度，但从其可以跟政商学各界往来这一点，就足以说明耶稣会的传教完全可以归为文化交流，而不能以文化侵略一言蔽之。尤其在西方对中国大规模武力活动尚未开始、欧洲教会和王权对立的时代，将其认定为政治军事侵略先锋之类更是妄谈。他们通过独立的文化活动搭建起了东西方文明交通的桥梁。虽然后来由于双方各自的失误，两种文明失去了继续交流的宝贵机会，最终以鸦片和打炮代替和平交流，但留给人们很多思考空间。尤其沙勿略对文化交流的思考，极有参考意义。
1540年，沙勿略作为耶稣会的首批传教士前往印度、日本等地传教。他在印度传教时得出的经验是必须有品德高洁学识渊博的传教士才能完成使命;在日本的经验是要想传教必须学会本地文字;要想在东方增加基督教的魅力，必须利用西方已经发展起来的自然科学为工具。沙勿略46岁因疟疾病故，未能踏上中国大陆。但他的努力激励了耶稣会的后人;他的传教经验通过书信传到欧洲，成为后继者传教的宝贵经验和敲门砖。1582年利玛窦得以成功地将基督教传入古老的中国，从他的行为中足见他对沙勿略经验的利用及作用。比如他本人取中文名字，学汉语并以中文版本传教、穿中国服装、精心传播科学知识，等等。他还将中国文化中敬天的元素用于宗教命名，将基督教翻译为天主教;改革天主教葬礼，比如将全身涂橄榄油改变为额头涂油，以就中国男女礼节和风俗。这些入乡随俗的文化活动极大地减轻了传教阻力。
目的和手段有时会倒置，耶稣会的传教和从事科学活动，一定程度上就发生了如此错位。
利玛窦解释来中国的原因时说：“我们是从遥远的西方而来的教士，因为仰慕中国，希望可以留下，至死在这里侍奉天主。”但当他以科技活动在中国上层圈子里活动顺利时，不知不觉将主要注意力转移到了这个方面。利玛窦的后继者汤若望、南怀仁、白晋、卫匡国、柏应理，等等，都因为传播科技有功，在中国上层有非常广泛的人脉。传教士还用奎宁治好了康熙皇帝的疟疾，西医也得到康熙皇帝及上层社会的赞誉。南怀仁还是康熙皇帝的科学启蒙老师，精通天文历法、擅长铸炮，是当时国家天文台(钦天监)业务上的最高负责人，官至工部侍郎，正二品。
罗马教廷不可能彻底忘了这批传教士。
当差使将他们在中国承认和容忍教徒拜天祭祖等消息带到西方后，引起了教会和宗教裁判所的愤慨，他们指斥传教士失职，批评中国人拜天祭祖是迷信，要求传教士回西方参加辩论。耶稣会士们写了关于中国信仰和文化的文字预备到欧洲应对答辩，说明中国人的祭祖拜天地都不是迷信，而是礼仪。他们将此文件让康熙皇帝过目。康熙不仅站在他们一边支持，还对文书进行了高度评价：“书甚善，谐于天道。敬天事主，法祖尊师，孝父母，乃吾天下臣民习俗。此书固善，无需勘改。钦此！”御笔很少如此不吝，康熙的诚恳态度由此可见。
但罗马教会毫不让步，双方的对立不可避免地发生了，这批传教士的教籍与身份甚至人身安全都成了问题，如果他们回去的话。
在这种情况下，康熙皇帝对在华耶稣会教士们说：你们别回去了，就在中国传教，我可以给你们发绿卡(当时是一个红本本)。那批耶稣会士中的不少最后就是死在了中国。北京车公庄的外国传教士墓葬群中，长眠着包括汤若望、南怀仁等人的一批外国传教士，其中就有拿到中国绿卡的。