大部分研究是采用功利主义的伦理模式，根据功利主义原则加权的实用标准来做伦理判断。就像大多数心理学实验一样，我们的研究明显是听从这类模式。不过当权衡利弊得失时，应该纳入什么样的元素加以考虑？该如何运用比例原则来加权得失？由谁来判断？采取相对伦理立场的研究若期待被视为合乎伦理，这些都是必须面对的问题。某些问题目前已经得到暂时的解答，而解答乃是来自人类传统智慧的基础，也就是我们目前的知识水平、类似先例、社会共识、个别研究者的价值观与敏感度，以及一个社会在特定时期的普遍觉醒程度。针对所有医学和非医学性质的人类研究，机构、奖助机构以及政府，都必须建立严格的指导原则和限制。
对社会科学家而言，造成伦理困境的关键在于：研究者必须衡量什么是对社会和理论思考有所贡献的研究时所必须采取的做法，以及照顾到实验参与者的福祉和尊严必须有的考虑，研究者究竟该如何取得两者间的平衡？研究者本身通常倾向为自己考虑，因而在天平两端会偏向前者。然而外在的审核者，尤其是经费审核单位以及人体试验委员会(institutional review board)则必定会站在弱势的一方扮演人权监察专员的角色。尽管如此，外在审核者在决定是否允许特定实验中出现欺骗、情绪骚动，或其他实验中被允许的负面状态时，也必须以“科学”和“社会”的整体利益为念。他们的决定是基于这样的假设，也就是假设类似程序中产生的任何负面影响都只是暂时的，不可能持续到实验以外。
接下来让我们思考，这些相互竞争的利益在斯坦福监狱实验中如何共存。
可能会有人争辩斯坦福监狱实验并不违反伦理，理由基于以下几点：斯坦福大学的法律顾问曾受邀评估这项实验并拟出一份“非正式同意”声明，告知我们关于这项实验的做法、安全性和保险必须满足哪些要求才能许可实验进行。而这份“非正式同意”声明还经过每个实验参与者签字同意，声明中有特别强调实验期间实验参与者的隐私可能会受到侵犯；囚犯们的伙食不会太丰盛，只够填饱肚子，实验参与者可能会失去部分人权，也可能受到一些骚扰。所有的人都被期待能尽力完成两个礼拜的契约。学生健康中心也被事前知会研究中的可能突发状况，开预先做好准备以因应任何可能的医疗需求。我们也曾寻求官方许可，开获得来斯坦福监狱实验研究赞助单位、斯坦福心理学系，以及斯坦福人体试验委员会的书面许可。
除了由警方逮捕受试者的过程外，我们不曾欺骗过实验参与者。此外我和我的工作人员也重复提醒狱卒不能以个人或集体方式对囚犯施加身体虐待，不过我们并没有将禁令的范围延伸到心理虐待的范围。
另一个增加伦理议题评估复杂度的因素是：我们的囚犯是公开受到圈外人检视的，而这些人原本都该是保护实验参与者权益的。假想你是我们监狱里的囚犯，你会希望由谁来担任你的支持者呢？如果你无法为自己喊停，又是谁该帮你按下“离开”键？应该是看见你流泪的监狱牧师吗？应该是你的父母、朋友、家人吗？注意到你的情况每况愈下时，他们应该介入吗？那么多专业心理学家、研究生、秘书或是心理系职员，他们看过研究的实况录像，参加过假释委员会，曾经在访谈中或在处理虐待行为时跟参与者说过话，这么多人中总该有一个人伸出援手吧！但事实是，没有人这么做！
没错，这些旁观者全都消极地袖手旁观。他们接受了我所制定的情境框架，因而变得盲目看不清真相。也许是因为模拟得太过真实，或是太过于注重角色的真实性，也可能是因为他们只关注实验设计的一些枝节，表现得过分理智。再者，一些旁观者看不到更严重的虐待事件，而参与者也不愿向圈外人，甚至是好友、家人完全坦承。这可能是由于他们觉得尴尬、荣誉受损，或是感觉这么做有失“男子气概”。于是这么多人来来去去，却没有人能看清真相并伸出援手。
最后我们只做对了一件事，就是办了几场事后的减压解说会。我们不只在实验结束后举办一场三小时的减压解说会，也在后续的几个场合，当大多数参与者都回来观赏录像带及与研究相关的幻灯片时，又借机举办了几场。研究结论出来之后，我仍和大多数参与者保持互动数年，也寄了影印的文章、我的国会听证资料、新闻剪报，或是通知他们一些即将播出的斯坦福监狱实验相关电视节目。这些年来，有超过半打人曾和我一起参加全国性广播节目，三十载过去，我仍然和其中少数人保持联系。
这些事后的减压解说会之所以重要，是因为它们给参与者一个公开表达强烈感觉的机会，让他们能够对自己、对他们在特殊情境中的不寻常表现有新的了解。我们采取“压力转化法”，在解说会中开宗明义地告诉大家，在实验中逐渐产生的影响或信念可能会继续延续到实验结束后，然后我强调，他们的作为只是这个被创造出来的监狱情境中的负面病症，并不代表他们的人格有病。我提醒他们，他们是经由精挑细选才脱颖而出，原因正因为他们是正常健康的人，而整个指派角色的过程完全是随机进行。因此他们并没有将任何病态影响带入实验中，相反地，实验已经事先从他们身上排除了许多种病态的可能性。我也告诉他们，其他囚犯几乎都同样做了一些受屈辱的、说不通的事。而大多数的狱卒都曾在某些时候出现虐囚行为，他们在角色中的表现，跟其他值班的同伙们没什么两样。
我也利用这些机会进行“道德教育”，跟他们讨论在研究中共同遭遇到的道德冲突。道德发展理论先驱拉里·科尔贝格(Larry Kohlberg)曾主张，在道德冲突背景中进行讨论是最重要、也许也是唯一的方式，借此可提高个人的道德发展层次。
回顾从情绪形容词自陈表中取得的资料，显示出减压解说会后，囚犯和狱卒的情绪都回到较平衡的状态，已接近研究刚开始时的情绪水准。参与者在实验中的负面影响其实并不持久，原因可归诸于三个因素：首先，这些年轻人都拥有健全身心，因此能在实验结束后迅速调适，第二，这个经验是属于当时的时间、环境、服装、角色脚本所独有，他们大可以将一切打包，存放在标明为“斯坦福监狱实验大冒险”的记忆行囊里，不再触碰。最后，精细的减压程序指出了造成影响的情境特质，成功地让狱卒和囚犯摆脱自己的恶劣表现。