孝惠皇帝名衷，字正度，是武帝的第二个儿子。泰始三年(267)，立为皇太子，当时九岁。
太熙元年(290)四月二十日，武帝死，当天皇太子即皇帝位，大赦罪人，改年号为永熙，尊皇后杨氏为皇太后，立太子妃贾氏为皇后。
夏五月十三日，葬武帝于峻陽陵。十八日，增加天下官位一级，参预武帝丧事的增加二级，免除百姓租税一年，二千石以上的官都封为关中侯。以太尉杨骏为太傅，辅助朝政。
秋八月二十六日，立广陵王司马睶为皇太子，以中书监何劭为太子太师，吏部尚书王戎为太子太傅，卫将军杨济为太子太保。派遣南中郎将石崇、射声校尉胡奕、长水校尉赵俊、扬烈将军赵欢率军驻守四方。
冬十月初六，以司空石鉴为太尉，前镇西将军、陇西王司马泰为司空。
永平元年(291)春正月初一，惠帝临朝庆贺，但不设音乐。下诏说：“朕早遭不幸，久经忧患，赖祖宗之灵和宰辅忠贤，才得以渺小之身，托于王侯诸臣之上。不明大道和古训，战战兢兢，朝夕戒惧。三公大臣，以社稷为重，遵守宫中旧典，长奉先皇之制，所以改年号为永熙，然光陰流逝，今已进入新年，新元改纪，仍为旧礼。现改永熙二年为永平元年。”又下诏令子弟及群官不得拜谒陵墓。二十二日，皇太子成年加冠，二十三日，到太庙拜谒。
二月初一，赐给王公以下帛不等。二十日，镇南将军，楚王司马玮，镇东将军、淮南王司马允来朝见。二十五日，恢复秘书监官职。
三月初八，杀太傅杨骏、杨骏之弟卫将军杨珧，太子太保杨济，中护军张劭，散骑常侍段广、杨邈，左将军刘预，河南尹李斌，中书令蒋俊，东夷校尉文淑，尚书武茂，都灭三族。初九，大赦罪人，改年号。贾后假借皇帝诏令，废皇太后为平民，迁居金墉城，祭告于天地宗庙。杀太后母庞氏。十九日，征召大司马、汝南王司马亮为太宰，与太保卫馞共同辅助朝政。以秦王司马柬为大将军，东平王司马懋为抚军大将军，镇南将军、楚王司马玮为卫将军，领北军中侯，下邳王司马晃为尚书令，东安公司马繇为尚书左仆射，晋封为东安王。都督将军封侯的有一千零八十一人。二十七日，免除了东安王司马繇、东平王司马懋的官职，司马繇迁徙到带方。
夏四月十一日，以征东将军、梁王司马肜为征西大将军、都督关西诸军事，太子少傅阮坦为平东将军、监青、徐二州诸军事。十七日，以太子太傅王戎为尚书右仆射。
五月甲戌这天，毗陵王司马轨死。壬午，免除天下百姓的赋税绵绢，孝悌者、高龄者、鳏寡者、努力耕田者，每人赐帛三匹。
六月，贾后假借皇帝诏令，使楚王司马玮杀太宰、汝南王司马亮，太保、..陽公卫馞。十三日，因司马玮擅自杀害司马亮与卫馞，被处死。特赦洛陽囚犯。以广陵王的老师刘实为太子太保，司空、陇西王司马泰录尚书事。
秋七月，从荆州、扬州分出十郡为江州。
八月初九，以赵王司马伦为征东大将军、都督徐、兖二州诸军事；河间王司马..为北中郎将，镇守邺城；太子太师何劭为都督豫州诸军事，镇守许昌。迁徙长沙王司马磖为常山王。十八日，西陽公司马..晋爵为王。二十日，立陇西王司马泰的世子司马越为东海王。
九月十四日，大将军秦王司马柬死。二十一日，征召征西大将军、梁王司马肜为卫将军、录尚书事，以赵王司马伦为征西大将军、都督雍、梁二州诸军事。
冬十二月十二日，京师地震。
这一年，东夷十七国，南夷二十四部到辖蛮夷的校尉处联系内附。
二年春二月初一，贾后把皇太后杀死在金墉城。
秋八月初七，实行大赦。
九月十一日，中山王司马耽死。
冬十一月，发生大瘟疫。
这一年，沛国下冰雹，毁坏了麦子。
三年夏四月，荥陽下冰雹。
六月，弘农郡下冰雹，深三尺。
冬十月，太原王司马泓死。
四年春正月初一，侍中、太尉、安昌公石鉴死。
夏五月，蜀郡山移动，淮南寿春洪水决堤，山崩地陷，毁坏了城池官府及百姓庐舍。匈奴人郝散反，攻掠上党，杀死地方长官。
六月，寿春发生强烈地震，死二十余家。上庸郡山崩，压死二十多人。
秋八月，郝散率众投降，冯翊都尉把他杀掉。上谷、居庸、上庸地陷裂，泉水从地下涌出，有人伤亡。发生大饥荒。
九月二十三日，各州遭地震灾害的地方予以赦免。甲午，大流星从东北起，横贯天空。
这一年，京师及八个郡国发生地震。
五年夏四月，彗星出现于西方，掠过奎星，到达轩辕星座。
六月，金城地震。东海下冰雹，深五寸。
秋七月，下邳刮暴风，毁坏房舍。
九月，雁门、新兴、太原、上党刮大风，毁坏禾稼。
冬十月，武库发生火灾，焚毁了历代留下的宝物。十二月初一，新建武库，大量调集兵器。丹杨下冰雹。京师宜年里从地下生出一块石头。
这一年，荆、扬、兖、豫、青、徐六州发大水，皇帝下诏派遣御史到各地巡视救济灾民。
六年春正月，大赦罪人。司空、下邳王司马晃死。以中书监张华为司空，太尉、陇西王司马泰为尚书令，卫将军、梁王司马肜为太子太保。二十二日，地震。
三月，东海郡下霜，伤害桑树与麦苗。彭城吕县地上有流血，东西长百余步。
夏四月，起大风。
五月，荆、扬二州发大水。匈奴郝散之弟度元率领冯翊、北地一带的马兰羌及卢水胡人反叛，攻北地，北地太守战死。冯翊太守欧陽建与度元交战，欧陽建大败。召征西大将军、赵王司马伦为车骑将军，以太子太保、梁王司马肜为征西大将军，都督雍、梁二州诸军事，镇守关中。
秋八月，雍州刺史解系又被度元打败。秦雍一带的氐人、羌人都反叛，推举氐族统帅齐万年僭号称帝，围攻泾陽。
冬十月十四日，特赦雍、凉二州。
十一月二十六日，派遣安西将军夏侯骏、建威将军周处等讨伐齐万年，梁王司马肜屯兵好..。关中发生饥荒和瘟疫。
七年春正月初四，周处与齐万年在六陌交战，晋军大败，周处战死。
夏五月，鲁国下冰雹。
秋七月，雍州、梁州发生瘟疫。大旱，下霜，毁坏秋庄稼。关中饥荒，米每斛一万钱，皇帝下诏，允许卖儿卖女。丁丑，京陵公王浑死。
九月，以尚书右仆射王戎为司徒，太子太师何劭为尚书左仆射。
八年春正月十三，地震。皇帝下诏开仓救济雍州饥民。
三月十九日，大赦罪人。
夏五月，京郊祭礻某神的石案破裂为二。
秋九月，荆、豫、扬、徐、冀五州发大水。雍州庄稼丰收。
九年春正月，左积弩将军孟观讨伐叛乱的氐人，在中亭交战，大破氐人，俘获齐万年。召征西大将军、梁王司马肜录尚书事。以北中郎将、河间王司马..为镇西将军，镇守关中；成都王司马颖为镇北大将军，镇守邺城。
夏四月，邺人张承基等妖言惑众，设署置官，聚集党徒数千人。郡县加以逮捕，都被处死。
六月初三，太尉陇西王司马泰死。
秋八月，以尚书裴危页为尚书仆射。
冬十一月初一，日蚀。京师刮大风，掀翻屋顶，折断树木。
十二月三十日，皇太子司马睶被废为平民，连同他的三个儿子，一起被幽禁在金墉城，杀了太子的母亲谢氏。
永康元年(300)正月初一，大赦罪人，改年号。十七日，日蚀。十四日，皇孙司马磗死。
二月初六，刮大风，扬起沙砾，拔起树木。
三月，尉氏县从天上落血，妖星出现于南方。二十二日，贾后假借皇帝诏令在许昌害死被废太子司马睶。
夏四月初一，日蚀。初三，梁王司马肜、赵王司马伦假借皇帝诏命废贾后为平民，司空张华、尚书仆射裴危页同时遇害，侍中贾谧及其党羽数十人都被处死。初四，司马伦假借皇帝诏命实行大赦，自封为相国、都督中外诸军事，地位如魏时的司马懿，恢复故皇太子的位号。初七，以梁王司马肜为太宰，左光禄大夫何劭为司徒，右光禄大夫刘萛为司空，淮南王司马允为骠骑将军。初九，赵王司马伦假借皇帝诏命在金墉城杀死被废的贾后。
五月初九，立皇孙司马臧为皇太孙，司马尚为襄陽王。
六月十三日，将愍怀太子安葬于显平陵。抚军将军、清河王司马遐死。十四日，雷击崇陽陵陵顶。
秋八月，淮南王司马允举兵讨伐司马伦，没有取胜，司马允及其二子秦王司马郁、汉王司马迪都遇害。特赦洛陽囚犯。平东将军、彭城王司马植死。改封吴王司马晏为宾徒县王。以齐王司马..为平东将军，镇守许昌；光禄大夫陈准为太尉、录尚书事。
九月，改司徒为丞相，使梁王司马肜任此职。冬十月，黄雾四处弥漫。
十一月初一，大风扬起沙石，刮了六天才止息。初七，立皇后羊氏，大赦天下罪人，特许民间宴会三日以示庆贺。
十二月，彗星出现于东方。益州刺史赵貵与略陽流人李庠杀害成都内史耿胜、犍为太守李密、汶山太守霍固、西夷校尉陈总，占据成都反叛。
永宁元年(301)正月初九，赵王司马伦篡帝位。初十，将惠帝迁到金墉城，号称太上皇，改金墉叫永昌宫。废皇太孙司马臧为濮陽王。五颗星在天上流动，纵横无常。十七日，司马伦杀害濮陽王司马臧。略陽流人李特杀赵貵，首级传到京师。
三月，平东将军、齐王司马礒起兵讨伐司马伦，檄文传到各州郡，屯军于陽翟。征北大将军、成都王司马颖，征西大将军、河间王司马..，常山王司马磖，豫州刺史李毅，兖州刺史王彦，南中郎将、新野公司马歆，都举兵响应齐王司马礒，各路军共数十万。司马伦派遣其将领闾和出兵伊阙，张泓孙辅出兵..坂以抗击司马礒，孙会、士猗、许超出兵黄桥以抗拒司马颖，与司马颖将领赵骧、石超在溴水交战，孙会等大败，弃军而逃。
闰三月初一，日蚀。
夏四月，岁星在白天出现。司马礒的部将何勖、卢播在陽翟大破张泓军，斩孙辅等。初七，左卫将军王舆与尚书淮陵王司马氵崔率兵入宫，捉住了司马伦的党羽孙秀、孙会、许超、士猗、骆休等，都被斩首。把司马伦赶回自己的府第。当天惠帝反正即帝位。群臣叩头谢罪，惠帝说：“这不是诸卿的过错。”
初九，惠帝下诏说：“朕作为一个无德之人，继承皇位，远不能兴隆大业，安抚四方，近不能严明刑威，禁止奸人，至使逆臣孙秀放肆作恶，伺机离间王室，遂奉赵王司马伦窃据帝位。镇东大将军、齐王礒，征北大将军、成都王颖，征西大将军、河间王..，皆有明德，又是王室宗亲，忠于国家，行为允当，首倡讨逆大计，匡救国难。尚书氵崔共同参与谋划，左卫将军王舆与群公卿士，协同谋划，亲自指挥本营士卒，斩了孙秀及其二子。前赵王司马伦为孙秀所误，与其子等已到金墉幽宫迎朕复位，岂止是我一个人值得庆幸，宗庙社稷也赖此以存。”于是实行大赦，改年号，孤寡无靠者每人赐谷五斛，让民间宴会五日。杀了赵王司马伦、义陽王司马威、九门侯质等，以及司马伦的党羽。
五月，立襄陽王司马尚为皇太孙。
六月十五日，大赦罪人，官吏增位二级，宾徒王司马晏复封为吴王。十七日，东莱王司马蕤、左卫将军王舆谋划废黜齐王司马礒，陰谋泄露，司马蕤废为平民，王舆处死，夷灭三族。二十一日，以齐王司马礒为大司马、都督中外诸军事，成都王司马颖为大将军、录尚书事，河间王司马..为太尉。撤销丞相，恢复司徒官。二十六日，以梁王司马肜为太宰，兼领司徒职。封齐王司马礒的功臣葛旗为牟平公，路季为小黄公，卫毅为平陰公，刘真为安乡公，韩泰为封丘公。
秋七月十一日，立吴王司马晏的儿子为汉王，常山王司马磖恢复为长沙王。
八月，实行大赦。十六日，宽免徙边之民。益州刺史罗尚讨伐并击破羌人。十七日，徙南平王司马祥为宜都王。下邳王司马韦华死。以东平王司马懋为平东将军，都督徐州诸军事。
九月，追复东安王司马繇的爵位。丁丑，封楚王司马玮的儿子司马范为襄陽王。
冬十月，流人李特据蜀叛乱。
十二月，司空何劭死。封齐王司马礒的儿子司马冰为乐安王，司马英为济陽王，司马超为淮南王。
这一年，十二个郡国发生旱灾，六个郡国发生蝗灾。
太安元年(302)正月二十日，安东将军谯王司马随死。
三月二十四日，赦司、冀、兖、豫四州囚犯。皇太孙司马尚死。
夏四月，彗星在白天出现。
五月初七，侍中、太宰、领司徒、梁王司马肜死。以右光禄大夫刘实为太傅。太尉、河间王司马..派遣部将衙博入蜀攻李特，被李特打败。李特随即攻陷梓潼、巴西，杀死广汉太守张微，自号大将军。二十五日，以清河王司马遐的儿子司马覃为皇太子，赐给孤寡无靠者布帛，使民宴会五日。以齐王司马礒为太师，东海王司马越为司空。
秋七月，兖、豫、徐、冀四州大雨成灾。
冬十月，地震。
十二月二十二日，河间王司马..向皇帝上表，说齐王司马礒欲伺机篡权，心中无君，与成都王司马颖、新野王司马歆、范陽王司马羉会集洛陽，请求皇帝废黜司马礒，使之归还府第。长沙王司马磖裹挟皇帝屯兵南止车门，攻击司马礒并杀了他，将司马礒的几个儿子幽禁在金墉城，废掉司马礒之弟北海王司马实。实行大赦，改年号。以长沙王司马磖为太尉、都督中外诸军事。封东莱王司马蕤之子司马火召为齐王。
二年春正月初一，赦免五年以下的罪犯。
三月，李特攻陷益州。荆州刺史宋岱进击李特，李特被杀，首级传往京师。
夏四月，李特之子李雄又占据益州。
五月，义陽蛮人张昌举兵反叛，推山都人丘沈为君主，改姓刘，伪号汉，年号为神凤，攻破郡县，南陽太守刘彬，平南将军羊伊，镇南大将军新野王司马歆一起遇害。
六月，派遣荆州刺史刘弘等讨伐张昌，攻方城，晋军大败。
秋七月，中书令卞粹，侍中冯荪、河南尹李含等对司马磖产生二心，司马磖也猜疑他们而把他们杀害。
张昌攻陷江南诸郡，武陵太守贾隆、零陵太守孔..、豫章太守阎济、武昌太守刘根都被杀害。张昌部将石冰侵犯扬州，刺史陈徽迎战，大败，扬州诸郡都被石冰占领。临淮人封云举兵响应张昌，从阜陵出发，进犯徐州。
八月，河间王司马..，成都王司马颖举兵讨伐长沙王司马磖，惠帝以司马磖为大都督，率兵抵抗。
十九日刘弘与张昌在清水交战，张昌被杀。
司马..派遣部将张方，司马颖派遣部将陆机、牵秀、石超等进逼京师。二十四日，惠帝亲临十三里桥，派遣将军皇甫商在宜陽抗拒张方。二十八日，惠帝回到宣武场。二十九日，在石楼住宿。天的正中出现一道裂缝，天空无云而有雷声。
九月初六惠帝转移到河桥。十一日，皇甫商被张方打败。十三日，惠帝驻军于芒山。十六日，到达偃师。二十日，宿于豆田。二十二日，尚书右仆射兴晋侯羊玄之死，惠帝转回城东。二十五日，进军缑氏，攻击牵秀并把他赶出。大赦罪犯。张方进入京师，烧清明、开陽二门，被烧杀而死的以万计。石超在缑氏威逼惠帝。
冬十月初二，惠帝回到宫中。石超焚烧缑氏，衣物车马等全部烧毁。初七，在东陽门外大破牵秀及范陽王司马九虎。初八，在建春门打败陆机，石超败逃。斩其大将贾崇等十六人，人头悬于铜驼街示众。张方退驻十三里桥。
十一月十一日，有星白日坠落，响声如雷。王师进攻张方的营垒，未获胜。张方挖开名叫千金土曷的水堰，舂米磨面的水碓都无水。于是征发王公及奴婢以手舂米供应军粮，一品以下的官员未从军出征者以及十三岁以上的男子，都服此劳役，又征发奴隶补充军队，号称四部司马。公家和私人都十分穷困，米一石一万钱。皇帝下的诏命，只能在京城有效。
十二月初三夜里，一股赤色气体上冲天际，发出声音隐约可闻。十七日，地震。二十四日，东海王司马越逮捕长沙王司马磖，囚禁在金墉城，不久被张方杀害。二十五日，实行大赦，二十七日，扬州秀才周王己、前南平内史王矩，前吴兴内史顾礻必组建义军以讨伐石冰，石冰退走，自临淮奔寿陽。征东将军刘准派遣广陵度支陈敏进击石冰。李雄从郫城攻益州刺史罗尚，罗尚弃城而逃，李雄全部占据成都一带。朝廷封鲜卑人段勿尘为辽西公。
永兴元年(304)正月初八，尚书令乐广死。成都王司马颖从邺上奏建议实行大赦，改年号为永安。惠帝受河间王司马..胁迫，秘密下诏令雍州刺史刘沈、秦州刺史皇甫重讨伐司马..。刘沈发兵攻长安，被司马..打败。张方在洛陽大肆抢掠，然后还长安。当时军民无粮，人相杀而食。朝廷以成都王司马颖为丞相。司马颖派遣从事中郎成夔等率兵五万屯守十二个城门，平时被司马颖所忌恨的朝臣，都被司马颖杀害，以三部兵代替宫中宿卫。
二月十七日，废皇后羊氏，幽禁于金墉城，黜退皇太子司马覃为清河王。
三月，陈敏攻石冰，石冰被杀，扬、徐二州平定。
河间王司马..上表请立成都王司马颖为皇太弟。十一日，惠帝下诏说：“朕以无德之人，继承皇位，至今已十五年。祸乱滔天，奸人逆贼接连而起，以致使朕幽禁深宫，宗庙祭祀断绝。成都王颖，温厚仁慈，惠和百姓，平定暴乱。现以司马颖为皇太弟、都督中外诸军事，丞相职位如故。”实行大赦，赐鳏寡高寿者帛三匹。民间宴会五日。十九日，盗贼偷去太庙中的服饰器物。以太尉司马..为太宰，太傅刘实为太尉。
六月，新建三座城门。
秋七月初一，右卫将军陈纁，以诏书召百官入殿中，并布署兵力讨伐成都王司马颖。初三，实行大赦，被废的皇后羊氏和太子司马覃复位。初四，司徒王戎、东海王司马越、高密王司马简、平昌公司马模、吴王司马晏、豫章王司马炽、襄陽王司马范、右仆射荀藩等拥着惠帝北伐，至安陽，有军队十余万。司马颖派遣其将领石超抗拒，二十四日，朝廷六军在荡陰战败，箭射到惠帝的乘车上，百官被冲散，侍中嵇绍死于乱军之中。惠帝面颊受伤，中了三箭，丢了六块印玺。惠帝来到石超军中，饥渴已甚，石超送上些水，左右侍从献上些秋桃供惠帝享用。石超派遣其弟石熙送惠帝到邺城，司马颖率群官列队道左迎接。惠帝下车涕泣哀伤，当晚宿于司马颖军中。司马颖府中有九锡仪仗之类，陈留王又送上貂蝉文衣曷鸟尾，第二天准备了专供皇帝乘坐的法驾进入邺城。这时只有豫章王司马炽、司徒王戎、仆射荀藩跟从惠帝。二十五日，实行大赦，改年号为建武。
八月初三，司马颖杀死东安王司马繇。张方又一次进入洛陽，废掉皇后羊氏及皇太子司马覃。匈奴左贤王刘元海在离石反叛，自称大单于。安北将军王浚派遣乌丸骑兵攻打成都王司马颖，司马颖大败于邺城，与惠帝坐单车逃奔洛陽，侍从人员分散而去，行动仓促，上下都未携带钱财给养，侍中黄门在被囊中藏了私钱三千，惠帝下诏借下这三千钱，沿途买饭供应皇室，宫人只能到途中客舍食宿。有个宫人弄来一升多粳米饭和干蒜盐豉献给惠帝，惠帝大口吞食，晚上盖中黄门的布被。到获嘉县，买到些粗米饭，装在瓦盆里，惠帝吃了两碗。有一老人送上蒸鸡，惠帝接受下来。到了温县，要拜谒祖坟，惠帝丢了鞋子，穿了侍从的鞋子，流着泪下拜，旁边的人也为之哀叹。过了黄河，张方率三千骑兵，用陽燧青盖车迎接惠帝，张方下拜，惠帝亲自把他扶起。十六日，实行大赦，赏赐随从人员各有差等。
冬十一月初一，张方请惠帝拜谒宗庙，并要趁机将惠帝劫持到长安。张方坐着车子进入殿中，惠帝跑到后园竹林中躲避。张方逼着惠帝上车，左右中黄门及鼓吹手十二人徒步跟从，只有中书监卢志在惠帝身旁侍从。张方带着惠帝到自己军垒，惠帝让张方准备车辆装载宫人和宫中宝物，军人们趁机奸辱宫女，抢掠宫中财宝，争夺府中藏物。魏晋以来所积藏的财宝文物，被抢掠一空。走到新安，天气冷得厉害，惠帝从马上掉下来，跌伤了脚，尚书高光献上用于旅途御寒的面衣，惠帝大加赞赏。河间王司马..率领官属及步骑三万，在霸上迎接惠帝。司马..在惠帝面前下拜，惠帝下车扶起了他。以征西将军府为宫。只有仆射荀藩、司隶刘暾、太常郑球、河南尹周馥和他们的属官留在洛陽，组成留台，代替皇帝履行国家职权，号称东西台。十二日，留台实行大赦，恢复永安年号。初七日，羊氏恢复皇后地位。李雄僭号称成都王，刘元海僭号称汉王。
十二月二十四日，惠帝下诏说：“天要使晋国遭殃，无太子继承皇位。成都王司马颖自居太弟之位，政绩亏损，四海之人失望，不能承担天下重任，现令其以王的身份退还府第，豫章王司马炽是先帝的爱子，美好的名声不断增高，受到四海人民的重视，现定为皇太弟，以使我晋邦兴隆，以司空司马越为太傅，与太宰司马..共同辅助朕身，司徒王戎参与朝政，光禄大夫王衍为尚书左仆射。安南将军司马羉、安北将军王浚、平北将军司马腾各守本镇。高密王司马简为镇南将军，兼领司隶校尉，暂且镇洛陽；东中郎将司马模为宁北将军、都督荆州，镇守邺城；镇南大将军刘弘领荆州牧，以镇守南方。周馥、缪胤各回本部，百官都恢复原职。齐王司马礒以前应该免职回府第，长沙王司马磖轻率处以死刑，封其子司马绍为乐平县王，作为继嗣。征战频繁，劳费人力，因而宫中费用减少三分之二，赋税田租减三分之一。废除苛政，爱惜民力，奖励农耕。战乱平息之后，当即回到东都。”实行大赦，改年号。以河间王司马..都督中外诸军事。
二年春正月初一，惠帝在长安。
夏四月，惠帝下诏封乐平王司马绍为齐王。十五日，张方废皇后羊氏。
六月初四，侍中、司徒、安丰侯王戎死。陇西太守韩稚攻打秦州刺史张辅，并把他杀掉。李雄僭号即帝位，国号蜀。
秋七月初四，尚书各官署发生火灾，崇礼闼被烧。东海王司马越在徐州整顿兵马，准备往西迎接圣驾。成都王司马颖的部将公师藩等聚众攻陷郡县，杀死陽平太守李志、汲郡太守张延等，转而进攻邺城，平昌公司马模派遣将军赵骧击破公师藩。
八月辛丑，实行大赦。骠骑将军范陽王司马羉驱逐冀州刺史李义。扬州刺史曹武杀丹杨太守朱建。李雄遣其将李骧侵犯汉安。车骑大将军刘弘将平南将军彭城王司马释驱逐出宛。
九月初一，公师藩又杀害了平原太守王景、清河太守冯熊。十一日，豫州刺史刘乔在许昌攻击并打败了范陽王司马羉。二十三日，以成都王司马颖为镇军大将军、都督河北诸军事，镇守邺城。河间王司马..派遣将军李朗屯守洛陽。
冬十月十八日，皇帝下诏说：“得到豫州刺史刘乔的檄文，说是颍川太守刘舆逼迫骠骑将军司马九虎，违抗诏令，制造祸端，劫掠郡县，聚合兵众，擅自任命苟..为兖州刺史，阻断皇帝诏命。镇南大将军荆州刺史刘弘，平南将军、彭城王司马释等，各自统率所辖军队，直赴许昌会师，与刘乔协同作战。现遣右将军张方为大都督，统率精兵十万，建武将军吕朗、广武将军骞豸区、建威将军刁默等为军队前锋，共同会师许昌，消灭刘舆兄弟。”十九日，又使前车骑将军石超、北中郎将王阐讨伐刘舆等人。北方天空出现赤气，直达东西天边。有彗星出现于北斗星座。平昌公司马模派遣将军宋胄等屯兵河桥。
十一月，立节将军周权诈称接到讨贼檄文，自称平西将军，使羊氏恢复皇后地位。洛陽令何乔攻周权，并将他杀死，又废掉皇后。
十二月，吕朗等东进屯兵荥陽，成都王司马颖进兵占据洛陽，张方、刘弘等都按兵不能抵御。范陽王司马九虎从官渡过黄河，攻克荥陽，斩石超，袭击许昌，在萧打败刘乔，刘乔逃奔南陽。右将军陈敏举兵反叛，自称楚公，假称受皇帝诏命，从沔汉北上迎接天子；驱逐扬州刺史刘机、丹杨太守王旷；派遣其弟陈恢向南占据江州，江州刺史应邈逃到弋陽。
光熙元年春正月初一，日蚀。惠帝在长安。河间王司马..听说刘乔兵败，非常害怕，随即杀了张方，请求与东海王司马越和解，司马越不答应。宋胄等击破司马颖部将楼裒的军队，进逼洛陽，司马颖逃奔长安。
甲子这天，司马越派遣其部将祁弘、宋胄、司马纂等迎接惠帝。
三月，东莱巾弦令刘柏根反叛，自称巾弦公，进攻临淄，高密王司马简逃奔聊城。王浚派遣部将讨伐并杀了刘柏根。
夏四月十三日，东海王司马越屯兵于温。司马..派遣弘农太守彭随，北地太守刁默在湖抵抗祁弘等。
五月，枉矢星向西南流动。范陽国土地燃烧，可以煮饭。
七日，祁弘等与刁默交战，刁默大败，司马..、司马颖逃入南山，又投奔宛。祁弘等所率领的鲜卑人大肆在长安抢掠，杀了二万多人。这天，日光四散，色赤如血。九日，又是如此。十四日，祁弘等护送惠帝回洛陽，惠帝乘坐牛车，住宿行宫时睡在草铺上，公卿都是徒步跋涉。二十三日，骠骑将军范陽王司马九虎杀司隶校尉邢乔。二十四日，盗贼偷去太庙中的四个金匮和四个策文。
六月初一，惠帝及公卿到达洛陽，惠帝升上旧殿，不禁伤感流泪。拜谒太庙。恢复羊氏皇后位。十六日，实行大赦，改年号。
秋七月初一，日蚀。太庙官吏贾苞盗走太庙灵衣及剑，被处死。
八月，以太傅东海王司马越录尚书，骠骑将军范陽王司马九虎为司空。
九月，顿丘太守冯嵩逮捕成都王司马颖，押送到邺城。东嬴公司马腾进爵为东燕王，平昌公司马模晋爵为南陽王。
冬十月，司空范陽王司马九虎死。司马九虎的长史刘舆杀害成都王司马颖。
十一月十八日，惠帝死于显陽殿，终年四十八岁，葬在太陽陵。
惠帝为太子时，朝中大臣都知道他不能胜任天下政事，武帝也对他有怀疑。曾经将东宫官属召集到一起，把尚书的政务让太子裁决，太子不能回答。贾妃使亲信代替太子回答，多引经据典。给事张泓对贾妃说：“太子平时不爱学习，这是陛下知道的。今天应该就事论事回答问题，不要引用古书。”贾妃同意这个意见。于是使张泓起草答卷，让太子抄写呈上。武帝看后大喜，太子的地位才得以稳定。即位以后，国家大事皆出于群臣之手，纲纪败坏，贿赂公行，有权位的势族以贵凌人，忠贤之路断绝，谗邪之人得志，得志者更相荐引，天下人称之为“互市”。高平人王沈作《释时论》，南陽人鲁褒作《钱神论》，庐江人杜嵩作《任子春秋》，都是愤世疾俗之作。惠帝曾经在华林园游玩，听到青蛙鸣叫，对左右侍从说“它们如此鸣叫，是为公事呢，还是为私事呢？”有人回答说：“在公众场合就是为公事，在私下场合就是为私事。”后来天下战乱饥荒，很多百姓饿死，惠帝说：“他们没有粮食，为什么不吃肉呢？”惠帝昏聩糊涂大多类此。惠帝是因吃饼子中毒而死，有人说是司马越下的毒。