愍怀太子司马遹字熙祖，是惠帝司马衷的长子，母亲是谢才人。他年幼时聪慧，武帝喜欢他，常常在武帝身边。司马遹曾经与其他皇子一起在殿上嬉戏，惠帝来听朝，拉着各位皇儿的手，接着临到太子，武帝说：“这是你的孩儿啊！”惠帝便停下来。宫中曾经晚上失火，武帝登楼远望。太子当时才五岁，拽着武帝的衣襟到暗处。武帝问他原因，太子说：“夜晚仓卒之间，应该防备非常变故，不应让火光照见人君。”武帝因此认为他是奇才。曾经跟着天子观看猪圈，太子对天子说：“猪很肥，为何不杀了犒劳士卒，却让它们多费五谷？”天子认为他的主意很好，便让人烹之。并抚摸着太子的背，对廷尉傅祗说：“这个孩子会让我朝天下兴盛。”曾当着群臣称赞太子像宣帝司马懿，于是美誉在天下流传。
当时望气占卜的方士说广陵有天子之气，所以封太子为广陵王，食邑五万户。以刘萛为师，孟衍为友，杨准、冯荪为文学。惠帝即位，立为皇太子。广泛选用有德望的人为师傅，以何劭为太师，王戎为太傅，杨济为太保，裴楷为少师，张华为少傅，和峤为少保。元康元年(291)，出居东宫，又有诏书说：“司马遹年纪还小，现在出住东宫，只应仰仗师傅和各位贤士之训。他的行止左右，应有正行之人与他周旋，能有所补益。”于是让太保卫馞的儿子卫庭、司空司马泰之子司马略、太子太傅杨济之子杨毖、太子少师裴楷之子裴宪、太子少傅张华之子张遹、尚书令华訥之子华恒与太子相处，以便互相辅导。
及至太子年长，不好学，只喜欢与手下人嬉戏，不能尊敬师傅。贾后平素忌恨太子的美誉，因此暗地让宫内的宦官谄媚奉承太子道：“殿下的确可趁年轻时随心所欲，为何常常拘束自己？”每见太子发怒之际，便感叹地说：“殿下不知道用威严刑法，天下的人怎么会惧怕臣服呢？”太子与蒋美人结合生了男孩，宦官们又说应当厚加赏赐，为皇孙多造些玩好之器，太子都依从了。于是怠慢松弛日益明显，有时荒废了早朝侍奉，常在后园游戏。爱好矮车小马，让左右之人骑驰，弄断缰绳，让人堕在地上以取乐。或有违背者，用手捶击他。个性拘泥于小忌讳，不允许修缮墙壁、动瓦盖屋。在宫中建市场，让人杀牲卖酒，太子亲手拈量斤两，轻重一点不差。太子母亲本是屠户的女儿，所以太子爱好它。又让西园卖葵菜、蓝子、鸡、面之类物品，从中牟取利润。按东宫旧礼制，每月钱五十万，以备各种费用，太子常常预支两个月以供宠幸者之用。洗马江统劝谏他时陈述的五件事，太子不采纳，言论在《江统传》中。舍人杜锡觉得太子不是贾后所生，而贾后性情凶暴，深感忧虑，每每忠心规劝太子修德行纳善言，远离谗言和诽谤。太子发怒，让人把针放在杜锡常坐的毡中来刺他。
太子性情刚烈，知道贾谧凭着贾后之贵，不能为他所用。贾谧到东宫，太子撇下他而到后庭游戏玩耍。詹事裴权劝谏太子说：“贾谧在中宫很受宠爱，又有不顺从你的表情，如果有一天搬弄是非，则你的大事就完了。应当谦虚礼让，以防其变，务请贤士，辅翼自己。”太子没有听从。当初，贾后母亲郭槐想让韩寿的女儿为太子妃子，太子也想与韩氏结婚以巩固自己。可是韩寿的妻子贾午与贾后都不同意，却为太子聘了王衍的小女儿惠风。太子听说王衍的长女漂亮，而贾后聘给了贾谧，心中为此不平，很说了一些不满的话。贾谧曾经与太子下围棋，争棋路，成都王司马颖见后呵斥贾谧，贾谧内心更加不平，因此在贾后面前诬陷太子道：“太子广买田业，多积私财结交小人，都是为了贾氏的缘故。暗地里听他说过：‘皇后死了以后，我要把她当鱼肉。’还不只如此，如果皇帝死了，他居帝位，依照杨氏的旧例，杀戮我们并在金镛废除太后，易如反掌。不如早些安排他个处所，另立一位慈顺的太子保卫自己。”贾后采纳了他的意见，又张扬太子的缺点，传布到朝野远近。当时朝野都知道贾后有害太子之意，中护军赵俊请太子废太后，太子不同意。
元康九年(299)六月，有株桑树在宫西厢生长，一天长一尺多长，几天后干枯了。十二月，贾后要废太子，诈称皇上不舒服，唤太子入朝。入朝后，贾后不见他，把他安排在别室，派婢女陈舞赐太子酒枣，逼着太子喝醉。让黄门侍郎潘岳作书章，如同祷告神灵的祝文，似太子平素之意，因为喝醉了才写出来，又让小婢女承福拿纸笔和草稿让太子抄写。其文是：“陛下宜自了；不自了，我当入了之。中宫更应速自了；不了，吾当手了之。连同谢妃都要限期遣出，不要徘徊犹豫，以致后患。我歃血盟誓于日月星之下，皇天同意扫除患害，立道文为王，蒋氏为内主。志愿成功，当用三牲祭祠北君，大赦天下。此疏简约如同律令。”太子沉醉迷惑不知，于是照着抄写下来，其字一大半没写成。后来又补写才完成，贾后把它呈给惠帝。惠帝驾幸式乾殿，召见公卿，让黄门令董猛把太子写的和青纸诏书上写着“司马遹写的如此，现在赐死。”的文字遍示各位王公，没有谁敢说话，只有张华、裴危页为太子证明。贾后让董猛假托长广公主的话告诉惠帝说：“事情应当速决，而群臣各有不同，如有人不从诏书之意，应以军法从事。”议至太陽偏西还不能决定。贾后怕事情有变，便上表免太子为庶人，下诏同意。于是让尚书和郁持节，解结为副使，以及大将军梁王司马肜、镇东将军淮南王司马亮、前将军东武公司马澹、赵王司马伦、太保何劭到东宫，废太子为庶人。这天太子游于玄圃，听说有使者前来，改换服饰出崇武门，再拜受诏，步行出承华门，乘坐粗糙的牛车。司马澹用兵杖送太子妃王氏、三个皇孙到金墉城，刑讯穷究谢淑妃和太子保林蒋俊。第二年正月，贾后又让黄门自首，要他证明太子叛逆。下诏把黄门自首的供词颁示公卿。又派司马澹带一千兵众护送太子，另外幽禁在许昌宫的别坊中，让治书御史刘振持节守卫着。在此之前，有童谣说：“东宫马子莫聋空，前至腊月缠你遹。”又说：“南风起啊吹白沙，遥望鲁国郁嵯峨，千年枯髅生齿牙。”南风，是贾后的名字；沙门，是太子的小名。
当初，太子刚废时，太子妃的父亲王衍上表请求让太子妃与太子离婚。太子到了许昌宫，给太子妃的信中说：“我虽愚钝，内心向善，想尽忠孝之节，没有叛逆之心。虽然不是贾后所生，侍奉如同亲母。自当太子以来，敕令禁俭，不能见母。自宜城君死后，不被存恤，常在空室中坐。去年十二月，道文疾病加重，父子之情，确实怜悯。当时上表请国家增加徽号，不见同意。疾病既重，为他请求福恩，没有坏心。自道文病后，中宫三次派左右来探视，说：‘天子叫你。’到二十八日傍晚，有件短函送来，落款让东宫拆开，其疏云：‘天子要见你。’我便作表请求入见。二十九日早晨到家入见，一会儿遣到中宫。中宫的手下陈舞告诉说：‘中宫早晨不太舒服。’让我在空屋中坐。又过了一会儿中宫派陈舞告诉我：‘听说你上表陛下替道文求王，不得王可得封国而已。’中宫远远呼唤陈舞：‘昨日天子给太子酒枣。’便拿出三升酒、大盘枣与我，让我饮酒并吃完枣子。我平素不喝酒，便让陈舞启奏我喝不完三升酒之意。中宫远远地喊道：‘你常在陛下面前高兴地端酒，为何不喝？天子赐给你酒，会使道文的病好的。’我便回答中宫：‘陛下召见一日见赐，所以不敢推辞，我一天也喝不完三升酒。再说确实未吃饭，恐怕受不了。又没见殿下，喝下这些酒恐怕会颠三倒四。’陈舞又传话说：‘太不孝啦！天子给你酒喝，你不肯喝，难道其中有恶物吗？’于是大约喝了两升，剩下一升，请求带回东宫再喝完。被逼迫不得已，又喝了一升。饮罢，体内恍惚，不由自主。一会儿有一个小婢女手持封箱来，说：‘承诏让你抄写这些文书。’我便惊起，一看，有一张白纸，一张青纸。小婢催促说：‘陛下等着要。’又有小婢女承福拿着笔墨黄纸来，让我抄写。急急忙忙来不及细看，确实不知道纸上文字的分量轻重。父母是至亲，确实不相怀疑，事理如此，实是被诬告，希望众人明察。”
太子不当其罪而被废弃后，众情怨恨。右卫督司马雅，是晋室同宗远房的家门，与常从督许超都有宠于太子，二人深为感伤，劝赵王司马伦的谋臣孙秀道：“国家没有嫡系继嗣，社稷将危，大臣的灾祸必定会兴起。而您侍奉中宫，与贾后亲密，废太子之事，都说您预先知道，一旦有变故，灾祸必定连累到你。为何不事先谋划一下呢？”孙秀告诉赵王司马伦，司马伦深深采纳。定计之后，孙秀又劝司马伦说：“太子为人刚直凶狠，如果得志之日，必定会放纵性情。您一向侍奉贾后，街谈巷议，都认为你是贾后的同党。现在虽然想为太子建立大功，太子即使要把忿恨埋在心中，也一定不会对你施加赏赐，会说你为民望所逼，反复无常，只是将功折罪罢了。如有小的过失，还不能幸免于诛罚。不如拖延日期，贾后必然会加害太子，然后再废贾后，为太子报仇，既可以有功，又可以得志。”赵王司马伦认为很好。孙秀因此用反间计，说宫殿中的人要废贾后，迎太子回宫。贾后闻之很忧惧，便让太医令程据制成巴豆杏子丸。三月，假诏让黄门孙虑带着药到许昌害太子。当初，太子恐怕被毒死，常常自己煮饭吃。孙虑把要毒死太子的事告诉了刘振，刘振便把太子迁居在小坊中，断绝他的饮食，宫中还是在墙壁上给太子放置饮食。孙虑便逼太子服药，太子不肯服，便到厕所，孙虑用药杵把他打死，太子大声叫喊，喊声传到外面。太子死时二十三岁。本打算用庶民之礼安葬他，贾后上表说：“司马遹不幸丧亡，可怜他迷惑悖逆，又早夭折，我悲痛的内心，不能自已。妾私下希望他刻骨铭心，更思孝道，极度虔诚，以正名号。此志不成，更让人酸心遗恨。司马遹虽然罪过很大，但仍是帝王的子孙，若用庶民之礼送终，情实怜悯，特意请求天恩，赐他以王礼安葬。妾确实愚昧浅见不懂礼仪，不胜至情，冒昧地陈述我的想法。”诏书同意用广陵王之礼安葬他。
比及贾庶人死后，便诛杀了刘振、孙虑、程据等人，下册书恢复太子之名号说：“皇帝使持节、兼司空、卫尉司马伊持策告已故的皇太子之灵位道：唉！你年幼时凭借奇异的姿质，蒙先帝特殊的宠爱，开启国土，拥有淮陵。朕遵奉遗旨，立为太子，来光耀我祖宗宏业。你敬修德行，听从保傅，侍亲孝敬，没有违礼。可是朕不能明察凶恶构祸之人，以致让你死于非命，使申生、孝己的故事在今天重现。幸赖宰相贤明，人神怨愤，开导朕心，讨伐有罪，都已伏诛。但是对荼毒冤魂的沉痛心情有何补益呢？因此彻骨之痛，震动五藏六腑。现在恢复皇太子的丧礼，归葬京畿，享祠太牢。冤魂如有灵，还可获得谅解。”惠帝为太子服长子的斩衰，群臣服齐衰，让尚书和郁率领东宫的官属备制吉凶之制，从许昌把太子的灵柩迎归。谥号叫愍怀。六月二十六日，葬于显平陵。惠帝有感于阎缵之言，建了思子台，所以臣子江统、陆机都作有讠耒颂。太子有三个儿子：司马錋、司马臧、司马尚，都与太子一起囚禁于金墉。