裴邃，字渊明，河东闻喜人，三国时魏襄州刺史裴绰的后代。祖父裴寿孙，寄住寿陽，为宋代武帝前军长史，父亲裴仲穆，是骁骑将军。
裴邃十岁就能写文章，爱好《左氏春秋》。齐代建武初年(494)，刺史萧遥昌召裴邃为府主簿。寿陽有一座八公山庙，萧遥昌为庙立碑，让裴邃做文，很被称赏。考秀才，成绩优等，召入朝中做官。
东昏侯即位，始安王萧遥光任抚军将军、扬州刺史，召裴邃为参军。后来萧遥光失败，裴邃还回寿陽，当时正值刺史裴叔业把寿陽归降给魏，豫州的豪族都被追赶掠夺，裴邃就随着逃难的人流向北边，魏宣武帝很器重他，召他为司徒属、中书郎、魏郡太守。魏派王萧镇守寿陽，裴邃坚决请求跟随王萧，秘密策划南归。天监初年(502)，自己迅速回朝，拜官授职为咨议参军。裴邃请求到边境效力，被授为辅国将军、庐江太守。当时魏将吕颇率兵五万突然来攻郡，裴邃率领将士抵御，打败吕颇，被加封为右军将军。
天监五年(506)，裴邃征伐邵陽州，魏人建长桥横断淮河以自济，裴邃筑堡寨逼近长桥，每战辄克。在这时候还密造没突舰，恰逢多雨，淮水暴涨，裴邃乘船径直到桥侧，魏兵惊溃，裴邃乘胜追击，魏军大败。进而攻破羊石城，杀城主元康。又破霍丘城，杀城主宁永仁。平定小岘，进攻合肥。因功封夷陵县子，食邑三百户。迁任冠军长史、广陵太守。
裴邃和同乡人一起进魏武庙，议论帝王功业。他妻子的外甥王篆之密奏梁武帝，说：“裴邃多说大话，有不服朝廷的嫌疑。”因此左降裴邃为始安太守。裴邃自愿立功边陲，不愿悠闲地远离边陲，便写信给吕僧珍说：“昔日阮咸、颜延有‘二始’的感叹，我的才能不及古人，今为三始，非我心愿，该怎么办呢？”没等他到安始郡，就碰上魏军攻宿预的事，朝廷诏裴邃抵抗魏军。裴邃率军前进到直渎停留，魏军退。迁任右军咨议参军、朱衣直阁，直殿省。不久被派任假节、明威将军、西戎校尉、北梁和秦二州刺史。又开始创屯田数千顷，粮仓丰满，使边境的混乱转为有序，百姓、官吏得以安居。于是相约献饷绢千余匹，裴邃从容回答道：“你们不应该这样，我又不能不接受你们的好意。”于是只收下他们的二匹绢而已。回朝为给事中、云骑将军、朱衣直阁将军，迁任大匠卿。
普通二年(521)，义州刺史文僧明带本州叛降入魏，魏军来。以裴邃为假节、信武将军，统率各路军队讨伐魏国。裴邃统兵深入魏，选择边城道，出其不意，魏国所管辖的义州刺史封寿占据着檀公岘，裴邃攻破了它，紧跟着把城包围起来，封寿当着裴邃之面把自己捆绑起来请降，义州平定。裴邃被任命为持节、督北徐州诸军事、信武将军、北徐州刺史，没有到任，又迁督豫州、北豫、霍三州军事、豫州刺史，镇守合肥。
普通四年(523)，裴邃晋升为宣毅将军。这一年，大军将要北伐，由裴邃统率各路军，率领骑兵三千，先攻袭寿陽，九月壬戌，夜晚赶到寿陽，攻其外城，破关而入，一日战九个回合，后来因为后继兵马蔡秀成迷失道路而未赶到，裴邃则因为没有援兵而撤回。于是裴邃又整兵，收集士卒。命令诸将以不同的服装相互区别，裴邃自己穿着黄袍骑上战马，先攻狄丘、甓城、黎浆等城，皆破之。又战安成、马头、沙陵等城堡，这年冬天，开始修建芍陂。第二年，再破魏新蔡郡，占领敌方土地一直到郑城和汝水、颍水之间，当地人都响应归服。魏寿陽守将长孙稚、河间王元琛率众五万，出城挑战，裴邃统率诸将分四支两翼严阵以待，命令直阁将军李祖怜佯装败逃引开长孙稚，长孙稚率全军追去，这时，四支侧翼兵马竞相冲杀，魏军大败，万余人被杀。长孙稚等奔逃，闭城门自守，不敢再出来。这年五月，裴邃死于军中，追增侍中、左卫将军，赠给一支乐队以壮葬礼，晋爵位为侯，增加食邑七百户。谥号烈。
裴邃不苟言笑，爱沉思，有谋略，为政宽明，能得士兵之心。为人方正有威望，将吏敬畏他，很少人敢犯法，他死后，淮水、肥水流域的人没有不流涕的，他们以为，如果裴邃不死，洛陽不足攻下。