樊子盖字华宗，庐江人。
祖父樊道则，梁国的越州刺史。
父亲樊儒，侯景之乱时投奔北齐，官至仁州刺史。
樊子盖开始当武兴王的行参军，后出京任慎县县令，东汝、北陈二郡的太守，员外散骑常侍，封爵富陽县侯，食邑五百户。
北周武帝平定北齐后，授他仪同三司，郢州刺史。
隋高祖受北周禅让后，他以仪同身份统领乡兵，后授枞陽太守。
在平定陈国的战争中，他因有功被加授上开府，改封爵位为上蔡县伯，食邑七百户。
赐他缣帛三千段，粟米九千斛。
授他辰州刺史，不久调任嵩州刺史。
遭母丧离职。
不久，授他齐州刺史，他推辞，朝廷不许推辞。
这年，转任循州总管，同意他相机行事。
开皇十八年(598)入京，上奏朝廷岭南地图。
朝廷赐他良马和其他杂物，让他统领四州，令他回到任上去，派光禄少卿柳謇之在灞上为他饯行。
炀帝即位后，把他调回京师。
后转任凉州刺史。
樊子盖对炀帝说：“我从居住岭南，到现在十年了。
犬马之情，不胜恋恋。
我想在朝廷奔走当差，万死无恨。”炀帝赐给他缣采三百段，安慰、鼓励他，打发他到凉州赴任。
后来，授他银青光禄大夫、武威太守，以仁政出名。
大业三年(607)入京朝拜，炀帝把他带到内殿，特别夸奖他。
炀帝于是下诏书说：“设官之道，必在用贤；安民之术，莫如仁政。
龚、汲振仁德教化于前，张、杜垂清风廉政于后，共治天下，真是好地方官。
樊子盖干练、敏锐，品性清廉，从出守西边以来，仁爱为先，安抚有方，恩威得宜，处在脂膏之中而不揩油，喝了贪泉之水怎可改变他的品性？所以他能政绩突出，考察官吏，他为第一。
凡是在官位上的，没有哪个不是王臣，如能人人都想奉公尽职，各人施展其才能，我将垂拱而治，何愁天下不治呢？”于是提拔他当金紫光禄大夫，赐给他上千段缣帛，让他继续当太守。
大业五年(609)，炀帝西巡，将到吐谷浑去。
樊子盖因那里多有瘴气，献青木香以防雾露。
炀帝回来，对他说：“人人都说你很清白，真这样吗？”樊子盖谢罪说：“我怎敢自称清廉，只是小心谨慎，不敢受贿罢了。”因此赐给他好吃的一百多斛。
炀帝又下诏书说：“搞好道德教化，真是通用的治民办法。
惩恶扬善，以明升降。
我亲自视察黄河以北地区，观察民风，经历各郡县，我都要考察政绩。
这里很少遵守法令，大多触犯刑律。
但金紫光禄大夫、武威太守樊子盖，操行清廉，始终不渝，立身正派，为政简明。
他恩威并举，宽严兼济，所以百姓怕他爱他，不至于迫使他把政治搞得很严酷。
他实在有养民的大功绩，实在是国家的好大臣，应加以褒奖，以弘扬正气。
授他右光禄大夫，仍旧当太守。”赐给他缣帛一千匹，粮食二千斛。
樊子盖又自陈说：“我是南方人，到了西边，常为外臣，未当京官，不能陪皇上，侍奉您。
我死在边城，没有遗恨，只请陛下明察。”炀帝说：“你侍奉我，只不过侍奉一个人罢了。
把西边委托给你，你就是万人之敌。
应该明白我的用意。”大业六年(610)，炀帝到陇川宫避暑，又说想到河西去。
樊子盖盼望皇上去，盼望皇上巡视凉州。
炀帝知道了，下诏书说：“你向来心怀忠诚，听说我西幸，欣然盼望我去。
你的耿耿忠心，真应嘉奖。
应该保持这种纯洁的忠诚，直到最后。”这年，他到江都宫朝见皇上。
炀帝对他说：“富贵了却不回故乡去走走，就像穿着锦绣而夜里走路一样。”炀帝让子盖的故乡庐江郡搞个三千人的大聚会，赐给米麦六千石，让子盖回故乡拜谒祖坟，宴请父老乡亲，当时的人都以此为荣。
回京后授为民部尚书。
当时处罗可汗和高昌王都与朝廷通好，炀帝又让子盖任武威太守，与这两个蕃邦打交道。
辽东战争开始后，炀帝调他当左武卫将军，领兵出长岑道。
后因要给炀帝当宿卫，没去成。
提拔他当左光禄大夫，依旧当尚书。
这年炀帝回东都，让子盖任涿郡留守。
大业九年(613)，炀帝又到辽东去，命子盖为东都留守。
适逢杨玄感造反，来逼王城东都。
子盖派河南赞治裴弘策迎击叛军，反为叛军所打败。
子盖于是杀了裴弘策。
国子祭酒杨汪对他稍有不恭，子盖又要杀他。
杨汪下拜谢罪，叩头叩出血来，很久以后才放他。
于是三军没有不怕他的，将官们不敢抬头看他。
杨玄感每次用尽精锐攻打东都，子盖都是不慌不忙地布防，叛军一来就被打败，所以很久不能打下东都。
刚好来护儿的援兵到了，杨玄感就解去对东都的包围而离去。
子盖总共杀死的叛军有几万人。
他又任检校河南内史。
炀帝到了高陽，他追到炀帝处。
继而引他拜见皇上，炀帝迎接并慰劳他说：“往日汉高祖留萧何于关西，光武帝把河内委托给寇恂，你就是这样的人啊！”樊子盖拜谢说：“我任重才小，怎可与这两位贤人相比？只因陛下威灵，小盗不值得清除罢了。”升他为光禄大夫，封为建安侯，仍旧当尚书。
赐他缣帛三千匹，女乐五十人。
子盖推让不受，皇上不可。
炀帝回头对子盖说：“我让越王留守东都，以显示皇家子孙重要。
国家大事，最终还是要委托给你。
你特别应该稳重一点，有五百甲士保护，才能出门，这也是勇士注重防身的意思。
对那些无赖之徒和图谋不轨的就杀了他们。
凡是可以施行的，就不要麻烦上奏了。
现在，特为你别造一枚玉麟符，以取代铜兽符。”又指着越王、代王说：“我把这两个孙子交给你和卫文升。
你要选择那些有德有才的人教导他们。
是动还是静，要想想这么做行不行。”于是赐给子盖良田、府第。
大业十年(614)冬天，炀帝回东都，对子盖说：“杨玄感造反，这是神明故意用这显示你的赤胆忠心罢了。
给你加官晋爵，我应该有所指示。”当天下诏书，让他晋爵为济公，说他功济天下，特意为他起这个名，并没有“济”这个郡国。
赐他缣帛三千匹，奴婢二十口。
他后来和苏威、宇文述在积翠亭陪皇上饮宴，炀帝亲自用金杯劝子盖喝酒，说：“好计谋要等你拿出来，就把这个金杯赐给你，以作为永远的祥瑞之物。”并赐他罗绮上百匹。
大业十一年(615)，跟随炀帝到汾陽宫。
到了雁门，炀帝被突厥人包围，屡战不利。
炀帝想用精锐的骑兵突围出去，子盖劝阻说：“陛下是万乘之主，岂能轻忽？一朝狼狈，追悔不及。
不如守城以挫其锐气，四面的援兵，可立而待。
陛下有什么可担心的，以至要亲自突围呢？”他因此而垂泪哭泣说：“请陛下暂停辽东战争，以慰天下。
圣上亲自出去安抚众人，厚加赏赐，人心自奋，不足为忧。”炀帝听从了他的建议。
这以后援兵稍至，突厥人于是离去。
纳言苏威追论赏赐太重了，应该斟酌一下。
子盖坚持说不能失信。
炀帝说：“你想收买人心吗？”子盖默然，不敢回答。
他随炀帝回到东都，当时绛城反贼敬般陀、柴保昌等人率兵几万，汾陽、晋陽一带深以为苦。
下诏命令子盖进剿。
当时人多物盛，子盖不分善恶，把汾水以北的村落全烧了。
百姓十分惊骇，都去作强盗。
有些来投降的，不管老少全部活埋。
子盖拥有几万之众，却连年不能破贼，有诏书调他回京。
他又率兵进攻宜陽反贼，因病作罢，在京都府第中去世，时年七十二岁。
炀帝悲伤很久，回头对黄门侍郎裴矩说：“子盖临终时有什么话没有？”裴矩回答说：“子盖病重时，深以皇上雁门被困为耻。”炀帝听了，叹息不已，让百官到樊府吊口言，赐樊家缣帛三百匹，米五百斛，追赠他为开府仪同三司，谥号为“景”。
送葬的有一万多人。
武威的官吏百姓听说他死了，没有不嗟叹痛惜的，为他立碑颂德。
樊子盖没有别的本事，带兵持重，未曾失败；治民明察，下不敢欺。
但他严酷少恩，敢于杀戮。
临终那天，看见断头鬼在他前后走来走去，当他的恶鬼。