萧栋字元吉。简文帝被废黜之后，侯景拥戴他当皇帝。当时，萧栋正在和妻子张氏在地里锄葵菜，而皇帝乘坐的马车(法驾)突然来到，萧栋大惊，不知为什么，便哭泣着上了车。当他即位时，登上武德殿，突然有一股旋风从地上涌起，吹翻了皇帝使用的华盖，一直把华盖吹出了端门。当时人因而知道萧栋不可能终居帝位。于是定年号为天正，追尊祖父昭明太子为昭明皇帝，父亲安王为安皇帝，金华敬妃蔡氏为敬皇后，太妃王氏为皇太妃，王妃为皇后。不久，举行了禅让的礼节，萧栋被封为淮陰王，他和两位弟弟萧桥、萧賬都被锁在密室中。
侯景失败逃走之后，萧栋兄弟相扶着走出密室，在路上遇见了杜山则，杜山则给他们去掉了枷锁。萧栋的弟弟说：“今天免于遭到横死了！”萧栋说：“祸福难知，我心里还十分害怕。”起先，王僧辩当都督，准备发兵之前，问梁元帝说：“讨平贼寇之后，继位的国君健在的话，不知用什么礼节对待？”元帝说：“六门之内，尽情显扬兵威。”王僧辩说：“平贼的计谋，臣以为己任，其他事情，请另挑选人。”于是，元帝另行命令宣威将军朱买臣进行残忍的屠杀。这时，因简文帝已被杀害，萧栋等人和朱买臣相遇，朱买臣便装出十分热情，请他们到船上，设宴共饮。酒未喝完，朱买臣就让人把萧栋兄弟全沉入水中。