阮孝绪字士宗，陈留尉氏人。父亲阮彦之，宋朝时作太尉从事中郎，以廉洁能干闻名。
孝绪七岁时过继给堂伯阮胤之，胤之的母亲周氏去世，留下的财产百余万本应归孝绪，但他一无所取，全都给了胤之的姐姐琅笽王晏的母亲。听说此事的人都感叹惊异。乳母可怜他作为主持丧礼的嫡孙很辛苦，就私自偷了一些玉羊金兽等物件给他，孝绪见了很是惊怕，就告诉父亲送还给王晏母亲。
从小就非常孝顺，性格沉静，虽然也和小孩子们一块儿玩耍，却总是喜欢玩挖池堆山。十三岁时，便通晓《五经》。十五岁时行冠礼去见父亲彦之，彦之训导他说：“冠礼是人生最重要的，是人伦之始，你应努力自勉，来保佑你自己。”他回答：“愿学赤松子云游海外，追随许由遁迹山谷，希望能保住短促的人生，不遭尘世连累。”从此就避开众人独居一室，不是早晚问候父母便足不出户，家里人也都见不到他，亲友们都称他为居士。
十六岁时，因父亲去世便不穿丝织的衣物，即使是吃到美味的蔬菜也要吐掉。表兄王晏官高显赫，多次到他家里来，孝绪估计他将来必定要垮台，听到他仪仗的吹奏声，就钻出篱笆逃避，不和他相见。曾有一次吃酱味道很好，问起来，别人说是从王家弄来的，便把饭吐出来把酱也倒掉。等王晏被杀，亲戚们都为此害怕，孝绪却说：“虽是亲戚，却非同党，怎么会受他牵连呢。”居然免于遭祸。
梁武帝起兵反齐，围攻建邺时，孝绪因家贫没有柴禾做饭，婢女就偷砍邻居坟上的树木来烧火。孝绪知道后，就不吃饭，又叫扒了房子用木料做饭。所居书屋只有粗床一张，周围用树作围墙。天监初年，御史中丞任日方来寻访他哥哥阮履之，想来拜访他而不敢去，望着他的住处引《诗经》而叹道：“其室虽近，其人甚远。”他就是如此受到名流的钦佩崇敬。从此仰慕他风采声誉者，莫不怀揣名片整顿衣冠而来，但到此又不得见，只能望尘叹息。殷芸想赠诗给他，任日方说：“志向既然不同，何必互相干扰。”殷芸才作罢。孝绪只和比部郎裴子野交往。子野把他推荐给尚书徐勉，说他十几岁跟随作湘州刺史的父亲，不用公家的纸写字，以保护父亲的为官清白。说他的志向品行和管宁差不多，辞采文章好似皇甫谧。
天监十二年(513)，武帝下诏让公卿举荐贤士，秘书监傅照上疏举荐孝绪。他和吴郡范元琰一起被征召，两人都未应征。陈郡袁峻对他说：“从前天地昏暗，贤人隐居，如今世道清明，而你还要出世，合适吗？”孝绪回答：“以前周朝虽然有道，但伯夷、叔齐却不食周粟，躲避到山中挖野菜吃。汉朝鼎盛时期，夏黄公、绮里季却不感觉山林里寂寞。行仁义各有自己的方式，和世道又有什么关系！何况我又不是先贤一类人呢。”起初，谢月出和伏日恒应召出任，天子便认为隐者都是图谋虚名，借此来求取显贵的声誉，所以就没有再理孝绪、何胤他们，二人崇尚的志向便得以成全。
后来孝绪在钟山听讲时，母亲王氏忽然得病，兄弟们要去叫他，母亲说：“孝绪淳厚性情与我暗通，一定会自己来的。”孝绪果然因为心惊返回家中，邻人不禁感叹惊异。给母亲配药必须用生人参，以前传说钟山出产，孝绪便进山亲历艰险，但好几天也没找到。忽然看到有只鹿在前边走，孝绪心里有感应便随后而行，走到一处鹿不见了踪影，走近一看，果然找到了这种药草。母亲得此药吃后病马上痊愈，当时人们都说是他的孝行感动了神灵所致。
有个善于卜筮的张有道对他说：“只见你隐遁形迹而内心难以看出，如不用龟甲耆草来卜一卦，便没有什么证据。”布卦时，卜了五爻，说：“这将会是‘咸’卦，依应感之法，不是嘉遁之兆。”孝绪说：“怎知下一爻不是上九？”结果下边果然成“..卦”。有道叹息说：“这就是所谓的‘肥..无不利’，卦象应了你的所为，你的内心和行为是一致的。”孝绪说：“虽然卜得‘..卦’，然而如果上九爻不出现的话，隐居之路，我恐怕要拜辞许由先生而走不得了。”于是著《高隐传》，上自炎皇，终于天监末年，斟酌人物，分为三等：言行超拔高逸，连姓名也没流传下来的，为上篇；一生不曾损害自己的修行，有姓名可录者，为中篇；辞官不干，一心隐居的，为下篇。湘东王著《忠臣传》，集佛教碑文、《丹陽尹录》、《研神记》，都先征询孝绪意见而后定稿。南平元襄王听说他的名声，写信邀请他，他不去，回信说：“不是我傲视富贵，只是生性畏惧官场，如果獐鹿可以驾车，那和良马还有什么区别呢。”
当初齐建武末年，青溪宫的东门无缘无故塌了，大风刮倒了东宫门外杨树，有人拿这事问孝绪，他说：“青溪宫是皇家旧宅，齐朝在五行中属木，东方是木位。如今东门自己塌坏，木怕是要衰亡了。”
梁武帝禁止收藏谶讳之书，此类书孝绪都有，有人劝他藏起来，他回答说：“从前刘德看重淮南王刘安的《秘要》，致使有刘向之祸，杜琼所谓不如不知道，这话说得好。”有客人向他要这些书，他回答说：“自己不想要，怎能嫁祸于人。”就把那些书都烧了。
鄱陽忠烈王妃，是孝绪的姐姐。鄱陽王曾乘车来想邀他一起去玩儿，孝绪从院墙上挖洞逃避了。始终不肯见他。鄱陽王只得怅然叹息。王的几个儿子重甥舅之情，逢年过节都要给他送些礼物，他什么也不要，也从来不与外甥们见面，竟然一直不认识。有人问他为什么，孝绪说：“我本是贱民百姓，不应作王侯的亲戚，如今不期而遇，并非我的本愿。”刘高欠曾送给他米，孝绪不收，刘高欠就也把米扔掉了。孝绪晚年素食断酒。他平时供奉的石像原先有些缺损，心想补一下，尽心敬奉，过了一夜忽然石像自己完整无缺了，众人都很惊异。
大同二年(536)正月，孝绪自己卜卦后说：“我的寿限和刘著作同年。”等刘杳死，孝绪说：“刘侯已经死了，我也活不了几天了。”那年十月去世，享年五十八岁。梁简文帝当时为太子，特降恩惠，赏赠优厚，他儿子阮恕按照他的遗愿辞谢不受。顾协认为这次对他的恩惠不同寻常，劝说他接受下来。门徒们追论孝绪的德行，送他谥号为“文贞处士”。他所著的《七录》、《削繁》等一百八十一卷，都在世上流行。
当初，孝绪所撰的《高隐传》中篇收录了一百三十七人，刘高欠、刘讠于看了以后说：“从前嵇康所赞颂的人物，缺了一篇自赞，如今这四十的整数，是否要我们来凑足它呢。”孝绪回答说：“这就是所谓荀君虽少，后事当交付钟君。如若你二位一旦辞世，此书就以你二位为结尾。”后来刘高欠、刘讠于果然去世，于是孝绪就增补二传。等孝绪去世，刘讠于的哥哥刘薭把他的一些逸事记录下来编入篇尾，以成绝笔之意。