列侯全部受到了封赏，等到有关部门奏请排列他们位次的时候，群臣们都不约而同地说：“平陽侯曹参，作战时身受创伤七十多处，攻城拔寨，功劳最大，理应位居第一。”当时，刘邦已经折服了功臣，多封了萧何土地，而至于位次，他没有理由再反驳功臣们，但是，他心里还是希望把萧何排在首位。此时，关内侯鄂君向他进言说：“陛下，群臣的议论都错了。曹参虽然有野战的功劳，但这只是一时的事情。陛下与楚军相持了五年，多次失军亡众，军队大量减员。然而，萧何却屡次从关中征发军队，充实前线。这些都不是陛下命令他做的，而他却在陛下最危急的时刻派出了援军。楚汉两军当年在荥陽对垒数年，我军缺少粮食储备，萧何便从关中经过水路来运粮，使得军粮的供应从没有间断。陛下虽然多次丢失崤山以东的地区，然而萧何却一直保全着关中地区，以此来等待着陛下。这些都是万世不朽的功劳啊！如今，即使没有上百个像曹参这样的人，汉室也不会有什么缺失。汉室得到了曹参，未必就要依靠他来保全，怎么可以让一时的功劳凌驾于万世的功劳之上呢？位次的排定，萧何理应第一，曹参第二。”刘邦听了之后，拍案叫好。于是，朝廷确定萧何的位次为首，恩赐他可以带剑、穿鞋上殿，上朝的时候可以不必按照常礼小步快走。
事后，刘邦又对众人说：“我听说推荐贤人要受上等赏赐。萧何的功劳虽然很高，但是经过鄂君的申辩才得以更加明显，得到百官认可。”刘邦便根据鄂君原来受封的关内侯的食邑，将其晋封为安平侯。萧何的父子兄弟十多人，个个都得到了食邑、封赏，萧何本人也被朝廷加封二千户，以此来报答刘邦当年到咸陽服差役的时候，萧何比其他人多送二百钱的路费的恩情。
功高震主
萧何与刘邦的关系好比是自家兄弟一样，亲密无间。但是，他们从根本上说，毕竟还是君臣关系。萧何为了建立汉朝，立下的功劳有目共睹，而中国的一句古话——功高震主，却同样发生在这个人身上。
早在汉高祖三年，刘邦与项羽在京、索地区对峙时，刘邦多次派出使臣来慰劳丞相萧何。一位名叫鲍生的贤者对萧何说：“汉王风餐露宿，却多次派使臣来慰劳您。这是汉王对您有疑心。为您着想，您不如让自家的子孙兄弟之中能打仗的人全部到汉军中去效力。这样，汉王必定会更加信任您。”萧何按照鲍生的建议去做，刘邦果然十分高兴，心里不再对萧何产生猜忌。
汉高祖十一年，将军陈豨反叛，刘邦亲自率军平叛，到达了邯郸。平叛的战争尚未结束，淮陰侯韩信又在关中谋反。吕后见刘邦不在，就当机立断采用了萧何的计策，迅速诛灭了韩信叛乱集团。刘邦得知这个消息，特意派使臣回京，拜丞相萧何为相国，加封五千户，并且专门为相国配备了由一名都尉和五百名士卒组成的卫队。众人见萧何再次加官进爵，纷纷前来祝贺，唯独召平来哀吊。召平，原本是秦朝的东陵侯，秦朝灭亡以后，他沦落为平民。因为家里贫穷，召平便在长安城东种瓜。他种的瓜味道鲜美，人们称其为“东陵瓜”，这种瓜是因为召平的封号而得名。召平对萧何说：“您的祸患从此就开始了。皇上整日风吹日晒、在外征战，而您则留守关中，丝毫没有战场危险。皇上反而增加您的封邑并且为您配备卫队，这是因为淮陰侯刚刚在京城谋反，天子也对您产生了怀疑之心。皇帝设置卫队保护您，表面上看是因为对您的宠爱，实际上这是对您进行监视。希望您不要接受朝廷的加封，把全部家产捐作军费。只有这样，天子心里才会高兴。”萧何这时才明白自己的真实处境，就按照召平的意见去做，刘邦真的大为欢喜。
第二年秋天，黥布谋反，刘邦再次御驾亲征，虽然远离京城，却又多次派人回京询问相国的所作所为。萧何因为高祖统军在外，就安抚、勉励百姓，把自己的全部家财捐作军费，与当初讨伐陈豨叛乱时的做法一样。有一个门客劝告萧何说：“您距离灭族不远了。您位居相国，功劳天下第一，还能再提高自己的地位与功劳吗？您刚进入关中就深得民心，至今已经有十余年了，百姓都亲附您。而现在，您还在孜孜不倦地做事，以此博得百姓更大爱戴。天子之所以多次派人询问您的作为，是害怕您割据关中谋反。如今，您为什么不多买田地，用低价来赊借，败坏自己的名声呢？这样，皇上才会安心。”萧何无奈，为了解除刘邦的戒心，就按照这个人的话去做，自己的名声因此得到败坏。但是刘邦却松了一口气，对他更加放心了。