李贽，号卓吾，别署温陵居士等名。福建泉州晋江人，生于公元1527年。嘉靖三十一年举人，官至云南姚安知府，54岁时辞去官职，专心著书讲学，是明代的著名思想家和文学家。他在思想上主要是继承和发展了泰州学派王艮、颜山农、何心隐等人的进步思想。明神宗万历三十年闰二月，因礼部都给事中张问达上疏弹劾，他被逮下狱，翌日，愤然自杀于狱中。对于他下狱的原因，是纯粹由于他自身缘故，还是他人的加害？人们有着不同的看法。
一种说法认为，李贽入狱纯粹是出于他自身的原因。他思想激进，锐利的锋芒刺痛了明代统治者，因而遭了罪。李卓吾公开以“异端”自居，经常直言不讳地激烈抨击被奉为圣典的孔孟之道，认为《六经》、《论语》、《孟子》并非“万世之至论”，坚决反对“咸以孔子的是非为是非”，说孔、孟的话都是在一定的情景下说出来的，是受到时代和环境的限制的；又认为所谓“存天理，灭人欲”只不过是极其虚伪的说教，因之，他竭力主张尊重人所各具有的天然情性。在《焚书。复京中友朋书》中，他说：“天下之人，本与仁者一般，圣人不曾高，众人不曾低”；而在《明灯道古录》中，他又说：“尧舜与途人一，圣人与众人一。”大胆地把圣人和众人等同起来，直接地对抗着森严的封建等级制度。这一切，客观地反映了当时广大农民阶级和新兴的城市平民阶层的要求。同时，也震惊了明代的统治者，所以，就以“敢倡乱道”罪系狱了。张问达在弹劾李贽的疏中写道：“李贽壮岁为官，晚年削发，近又刻《藏书》、《焚书》、《卓吾大德》等书，流行海内，惑乱人心，以吕不韦、李园为智谋，以李斯为才力，以冯道为吏隐，以卓文君为善择佳偶，以司马光论弘羊欺武帝为可笑，以秦始皇为千古一帝，以孔子之是非为不足据，狂诞悖戾，未易枚举，大都刺谬不经，不可不毁者也。”
这正代表了统治者的看法。
但是，周祖譔在他的《李贽下狱事探微》一文中对此说提出了异议，他认为，李贽的下狱和自杀，是沈一贯一手造成的。而沈一贯之所以加害于他，是为了阻止受诏而即将入京任次辅的沈鲤上任。沈一贯虽然想阻止沈鲤，但找不出沈鲤的不是之处，只好指使其近人张问达拿李贽开刀，次及当时名僧释可真（即达观），进而引出黄晖、陶石篑等亲近沈鲤的朝士，最后牵连到沈鲤而达到其目的。周祖譔的证据是：在张问达弹劾李贽的疏中，于列数李贽之罪后，却忽然笔锋一转，来了个“迩来缙绅大夫亦有捧咒念佛”者一段，周认为这是另有所指的，是想借李贽发端，以攻击朝廷中的一部分信佛念咒的缙绅大夫，因此，才建议对李贽“解发原籍治罪”，没有置之于死地。李贽事发后不几天，沈一贯的近人康丕扬就弹劾了达观这位和李贽一同被时人称为“二大教主”和“二导师”，并颇受慈圣皇太后和神宗器重的名僧，可见，张、康的埙箎和，确是“醉翁之意不在酒”。周又引沈德符的《万历野获编。黄慎轩之逐》证实治李贽、达观罪在于引出黄、陶二人的意图，他在文中说：“壬寅（1602年）之春，礼部都给事中张诚宇问达耑劾李卓吾，其末段……盖在暗攻黄慎轩及陶石篑诸公也。”
何以知道沈一贯最终的目的在于除去沈鲤呢？周引《明史。沈鲤传》为证：（沈）一贯以士心夙附鲤，深忌之。贻书李三才曰：“归德公（沈鲤邑名）来，必夺吾位，将何以备之？‘”但是李三才回信说沈鲤是很好共事的人，所以沈一贯也并恨沈鲤和李三才了。他在毫无办法之时，就找李贽开刀，企望成事，但无奈李贽、达观均相继自杀，未能成遂所愿。沈鲤进京后，沈一贯还是不放过他，于三十一年一手操纵了楚宗、妖书二案，矛头就直对着沈鲤。在妖书一案中，只因皇太子的请求和部分廷臣谏诤，才使得沈一贯的陰谋最终失败。很明显，周祖譔意思是说统治集团为了争权夺利强加罪名于李贽，使李贽成了牺牲品，李贽的罪并非他自己以身试法招致的。
沈德符也认为李贽的下狱确出于沈一贯一人的歹毒之心，但是，他说沈一贯加害李贽，并不是因为沈一贯要排挤、打击沈鲤，而是因为沈一贯听说李贽著书诋毁他，因而恨之入骨，所以，就有恃无恐地指使张问达弹劾李贽。由于各个论点均有证据，因之各不相让，所以李贽的下狱缘由至今仍难定论。（宁直）