“战争即将结束，我将直面人生中最后一项使命，解决教会问题。然后德意志民族才能彻底安全。我对宗教信条不感兴趣，但是我无法容忍一个牧师干涉世俗事务。有组织的谎言必须被彻底粉碎，让国家成为绝对的主宰。”1941年12月中旬，当计划对苏联发动的“闪电战”明显遭到了挫败之后，希特勒在午餐桌边透露。他又补充道：“我年轻时就坚持认为：应该用炸药摧毁它！现在我认识到，我们不能操之过急，它应该像生坏疽的肢体一样慢慢腐烂。我们必须做到，将来只有老太婆们还愿意听站在布道坛上的白痴们说话，青年们听我们的。”
这番表白并非出于一时冲动；这个独裁者向来对基督教抱着敌视的态度。教会是“元首国家”里唯一不受国家社会主义意识形态全面操控的机构。让教会屈从于绝对的统治意志，并将其贬低到无足轻重的社会地位——这是希特勒在战争取得胜利之后计划完成的事情。“国家社会主义与教会无法长期共存。”
同时他也明白，不能用暴力达到目的，基督教会依旧颇具影响力，与其打交道必须采取灵活而有策略的手段：“没有必要人为制造麻烦，干得越聪明越好。”这个独裁者决不想正面攻击德国的基督教信仰和基督教文化，他还牢牢地记得俾斯麦在与天主教会的文化斗争中落败的先例。他认为“现在对教会发起斗争”是错误的，1941年10月他宣布。“最好我们让基督教慢慢地自行消亡，缓慢的消亡蕴含某种和解之意：基督教教义在科学面前瓦解。”
1933年前希特勒对待教会的态度已经具有两面性了。一方面国家社会主义被打造成世俗宗教，“元首”被视为“万能的主”派来的拯救德国人民脱离苦海的弥赛亚。希特勒的个人神化与他的追随者们演变成“门徒”的过程相辅相成，他们无条件地服从他，如有需要愿意为他赴汤蹈火。希特勒不断召唤着据称能创造奇迹的信仰力量，他的演讲稿总少不了祈祷文般的措辞和源于基督教思想的典故。尤其在他的圣诞公告中，他喜欢把耶稣引为自己和战友们的榜样。如同耶稣挥舞着鞭子将高利贷商人赶出神庙一样，他将把国际犹太金融资本驱赶出德国。
另一方面，这个煽动者在纳粹运动中对宗教问题保持中立的立场，对天主教和新教一视同仁。党纲24条规定：“本党主张积极的基督教，但不受任何教派的约束。”他在《我的奋斗》中号召政党“远离宗教”，反之“宗教也不要牵扯到政党事务中”。纳粹运动的目标并非是宗教改革，而是我们民族的政治重建。希特勒很现实地意识到，没有基督教选民的支持他不可能上台执政。为了与他们沟通，他把两个基督教会称为“支撑民族生存的同等宝贵的支柱”。
因此1925年2月重建国社党之后，他坚决反对一切把宗教争端带入运动中的企图，严格禁止对宗教团体和机构的攻击。图林根党区主席阿图尔·丁特尔没有遵守这一禁令，他宣传建立一种新的民族宗教，于是丁特尔被撤销了职务，1928年被国社党开除。阿尔弗雷德·罗森堡也被迫发表声明，他在1930年出版的纲领性著作《20世纪的神话》——集在民族主义阵营中广为流传的新异教思想之大成——“是纯粹的个人想法”，“没有国社党的官方性质”。希特勒本人直至1942年在元首总部还一再地与这本书撇清干系，他宣称只读了“其中一小部分”。
1933年1月30日夺取政权之后，新任帝国总理最初披着基督教政治家的外衣，他声称自己内心最迫切的愿望是与基督教会携手共同实现德国的“民族复兴”。“希特勒一生中从未像在上台后的头八个星期内这样频繁而热烈地呼唤上帝，他再也没有像在这段时间内这样热衷于基督教的表达方式，再没有如此虔诚地向基督教的宗教场所及其神圣象征做出承诺”，克劳斯·朔尔德（Klaus Scholder）言之有据地指出。希特勒在1933年2月1日发表的第一个政府声明中已经做出承诺，作为我们整体道德根基的基督教将会得到“民族政府”的“切实保障”。1933年3月23日，他在关于授权法案的讲话中甚至进一步向教会靠拢：新政府认为“两个基督教会是保存我们民族性的最重要的因素”，教会的权利将不会受到任何侵犯。这一声明主要针对天主教的中央党，为了达到他所需的国会三分之二多数，希特勒需要中央党的赞成票。
1933年之前，天主教圈子普遍抵御住了希特勒运动的诱惑。从1930年9月开始，主教们在通告中不断警告人们抵制国家社会主义的异端邪说。1932年8月，当希特勒即将跨越权力的门槛时，富尔达主教区会议确认了他们对国家社会主义思想的判断，宣布“禁止”天主教信徒加入国社党。1933年3月5日的国会选举证明了天主教政党顽强的抵抗力，中央党与其在巴伐利亚的姐妹党派BVP的得票数与从前的选举相比只有轻微的损失。怎么打破近乎团结一致的天主教抵抗阵线，希特勒在执政的初期将其视为亟待解决的问题。3月28日，希特勒取得了初步的成果，天主教主教们发表回应的声明，表现出愿意和解的意向，“我们不撤销从前采取的措施中对于宗教和道德错误的谴责”，文中声称，“因而全体主教有信心认为，上述的普遍性禁令和警告已经不再有遵守的必要。”接下去提出“效忠于合法政权和认真履行公民义务”的告诫。从此取消了参与纳粹运动的天主教徒将被革出教门的规定；天主教信众对希特勒和由他发起的“民族觉醒”运动也同样热情高涨。“穿法衣的教士们是趋炎附势的小人”，戈培尔高兴地说。
希特勒自幼生长在天主教世界里，从未脱离过天主教会，终其一生他对这个千年宗教机构的力量保持着某种敬意。以墨索里尼1929年签订的《拉特兰条约》为榜样（译者注：意大利王国与教皇庇护十一世为解决罗马问题在1929年2月11日签订的条约，此条约也被现今的意大利共和国接受），他也想与梵蒂冈签订高端协议，一方面他想与天主教教士们暂时达成妥协，另一方面他想挖德国天主教政党的墙角。“只有罗马教廷放弃了这两个政党”，他们才能真正拥有中央党和BVP的传统选民，1933年3月7日他在内阁中说。从4月10日开始，受希特勒委托的副总理巴本和前罗马教廷驻德国大使、时任教廷国务部长的尤吉尼奥·帕切里（Eugenio Pacelli）开始了谈判，德国与梵蒂冈的谈判几个月之后就结束了。7月8日双方草签了纳粹政府与罗马教皇之间的协议，7月20日正式签字，9月10日协议生效。该协议禁止天主教神职人员今后再从事任何政治活动——它意味着中央党和BVP事实上的投降，两党旋即宣布自我解散。作为回报，纳粹政府保证宗教信仰自由、保护天主教信徒组织、允许教会学校和宗教课继续存在。
第一个国际条约的签订明显提升了纳粹政权的地位，它也意味着希特勒的个人胜利。“与罗马教廷签订协议的速度比他在1月30日之前预想的快得多”，帝国总理在1933年7月14日的内阁会议上说，“难以形容的成功，所有重要的关注点都无法与之相提并论” 。由此现在“我们获得了一个机会并创造了一个令人放心的领域，当前与国际犹太人的斗争迫在眉睫，它们显得尤为意义重大”。天主教神职人员纷纷向帝国总理表达感激之情，慕尼黑红衣主教米歇尔·福尔哈伯（Michael Faulhaber）热情洋溢地赞美希特勒：“旧议会和政党在六十年间没有做到的”，7月24日他在致希特勒的信中写到，“您以政治家的高瞻远瞩在六个月之内历史性地实现了，（德国）和世界历史上最伟大的道德力量——罗马教皇的握手乃是能带来无限福报的壮举，有助于德国在东欧和西欧以及在全世界面前提高声誉”。但福尔哈伯没有忘记提出请求，“不要让协议条款停留在纸面上”，不要让底层机构的作为远远滞后于“元首作为政治家的伟大胸襟”。
但主教们的期望落空了。协议签字没多久，触犯协议精神和内容的行为已经屡见不鲜。在很多地方发生了国社党干部和警察破坏天主教机构的事情，天主教的报刊遭到查禁和恐吓，天主教青年组织被解散，它们的财产被没收。人们只是勉为其难地提出抗议和控诉，不管教廷国务部长帕切里还是国内主教团上层都无法动摇已经与纳粹政权达成的宗教契约。然而，从1933年基督降临节的头一天到除夕夜，红衣主教福尔哈伯在慕尼黑圣米迦勒教堂做的布道依旧传达出了他内心的幻灭。他抗议纳粹对旧约的贬斥，明显不肯苟同种族主义的理论：“我们永远不要忘记：我们并非因德意志的血得到救赎，我们是因被钉上十字架的救世主的宝血得到救赎。”纳粹高层不可能忽略这样的声音，“神父们在进行反对我们的煽动宣传。要当心！”1933年12月底戈培尔在日记中写道。
1934年1月底，希特勒授命阿尔弗雷德·罗森堡 “监督整体思想教育和国社党与之接轨的其他社团的教育工作”，此举引起了天主教头面人物的警惕，《20世纪的神话》的作者一向被视为国社党内部反教会势力的象征。2月初该书被梵蒂冈列为禁书，1934年复活节的主教通告号召信徒们坚决反对“新异教”。有关罗森堡反基督教理论的争论产生了令神职人员意想不到的副作用：人们对该书兴趣大增，它成为排在希特勒《我的奋斗》之后的第二本广为流传的国家社会主义著作。“罗森堡的神话变成畅销书。教会替它做了宣传”，戈培尔生气地写道，他对《民族观察家报》的主编一直暗中抱有敌意。
在1934年6月30日的“长刀之夜”，就像上文提到过的，有两位著名的天主教人士成为受害者：埃里希·克劳泽纳，非常重要的一个天主教信徒组织“天主教行动”的领导人；弗里茨·格尔里希，天主教周刊《正道》的总编。1932年7月这位记者在一篇题为《国家社会主义是瘟疫！》的文章中对希特勒运动进行了毫不留情的批判：“国家社会主义……意味着：对邻国的敌视，国内的暴政，内战，民族之间的战争。国家社会主义代表着谎言、仇恨、同室操戈和无穷无尽的苦难。阿道夫·希特勒宣告着说谎的权利。而你们呐，这些听信了热衷暴政者的谎言的人，快清醒过来吧！”现在希特勒的喽啰们为他说过的勇敢的话实施报复了。天主教主教们却缄默不语。与新教教会领袖以及大部分民众一样，希特勒表面上制止了冲锋队极端势力的行动让他们松了口气。
在与新教教会打交道的过程中，希特勒从一开始就显得游刃有余。因为1933年之前国社党正是在德国新教地区攻城略地取得了巨大的成功。民族新教对于民族主义纲领的接受程度在“德国基督教信仰运动”中表现得尤为突出，1932年6月它公然提出，教会的制度“应该与上帝在其造物中所设计的、迄今为止仍清晰可见的自然条件相适应”，“我们能在民族性和种族中发现它”，“认识到这一点之后，我们号召大家为建立一个真正的德国教会而斗争。只有真正的德国基督徒才属于这个社团。每个德国血统的国民都归属于它……但它不包括受洗的犹太人”。“从积极的基督教的意义上说”，德意志基督徒应当信仰“持积极态度的、符合种族身份的、与德意志路德精神相符的、具有英雄主义虔诚精神的基督教思想”。在1932年11月的普鲁士教会选举中，时常自称为“耶稣基督冲锋队”的褐色基督徒（译者注：指支持纳粹的基督徒）已经占据了全部席位的三分之一，在东普鲁士和波美拉尼亚地区甚至达到了50%。
因此无足为怪，大部分新教教会领导人热烈欢迎1933年春天的政治巨变。普鲁士新教大主教在复活节讲章中宣称，他与所有福音派教友一样，“为蕴藏在我们民族内心最深处的力量迸发出的爱国主义意识、真正的民族共同体和宗教重建感到欢欣鼓舞”。在新教阵营中，只有少数人没有受到蒙蔽，其中包括历史学家弗雷德里希·提默（Friedrich Thimme），他是《欧洲议会的伟大政治，1871—1914》的三位文献编撰者之一，他早在1933年2月中旬写的信中已经慧眼如炬地看穿了希特勒及其追随者的本质：“在我的眼里，每个相信他的伟大承诺甚至相信他有基督教观念的人都是傻瓜。他们应当认识到这些人带来的后果，除了谋杀、杀戮、各种形式的暴力和争权夺利之外不会有别的。”同时他批判新教教会对“有组织的仇恨、谋杀和驱逐”的态度根本是“可耻的”。“怎么可以将上帝的祝福赐予一个不断地当面羞辱最简单最明确的基督教信条的运动？”1933年5月他质问道。教会应该责无旁贷地不断对自上而下发生的一切不义发出警告和规劝的声音。1933年11月，他在致英国历史学家乔治·皮博迪·古奇（George Peabody Gooch）的信中写道：“我绝对无法认同，人们对雅利安种族加以神化，而剥夺犹太人——在他们中间，我结识了众多品性高洁的朋友——的职位和荣誉，将他们在德国逼入绝境”。但这类声音在德国的新教圈子里是少见的。库尔马克总教区牧师奥托·迪贝柳斯（Otto Dibelius）代表了他们中的典型，他在教会发行的报纸中评论1933年4月1日全国范围的抵制犹太人运动：帝国政府已经宣布了，“在大变革的疾风骤雨的初期，也许袭击时有发生，但诸如此类的事情在这种时期总是难以避免的……”
希特勒的目标是将28个新教地方教会合并成一个组织严密的帝国教会，从而形成一个能与天主教会分庭抗礼的组织。他主要寄希望于德意志基督徒（译者注：希特勒当权之后，支持纳粹的德国新教教徒组成了“德意志基督徒”阵营）的支持。1933年4月25日，希特勒委任完全听命于他的柯尼斯堡随军牧师路德维希·米勒（Ludwig Müller）为“新教教会事务全权代理”，并赋予他迅速推行“帝国教会计划”的特殊使命。7月11日，地方教会的全权代表们在新的教会法规上签了字，7月14日内阁通过了新的教会法规。按照新规定，所有的地方教会将联合成一个“统一的德国新教教会”，由全国新教教会代表会议指定的帝国大主教担任领导人。教会机构的新选举定在7月23日。
在选举的准备阶段，德意志基督徒为政府的大力支持感到高兴。选举的前夜，希特勒在拜罗伊特发表了一篇演说，所有电台都进行了转播，他在演说中明确表示国社党支持信仰运动。在这种情况下，“德意志基督徒”在新教教会选举中取得胜利是毫不令人惊奇的。他们获得了约70%的选票，占了全部选票的三分之二还多。此后，1933年9月27日，路德维希·米勒在路德之城维滕堡举行的第一届“全国教会代表会议”上当选为帝国大主教，其实那只不过是走走形式而已。这位被称为赖比（Reibi）的大主教自觉实现了抱负，“作为普鲁士地区大主教和德国帝国大主教，他无疑成为德国新教最重要的宗教人士”。
早在全国新教教会代表会议召开之前，国内的反对运动已经初具规模。达勒姆的牧师马丁·尼莫勒（Martin Niemöller）起了关键性的推动作用，他曾经当过潜水艇指挥官和自由团战士，1933年春天尼莫勒还对希特勒和新政府寄予厚望，但后来他清醒地转变了政治立场。1933年9月21日，他对全国的牧师发出公开信，邀请他们参加“牧师紧急联盟”。公开信附件中提出的基本原则包含以下的义务：牧师“只遵循《圣经》和被认为正确诠释了《圣经》的宗教改革信仰声明”行事，并明确反对“在基督教会内部实施雅利安条款”。到年底已经有6000名牧师在承诺宣言上签了名。尼莫勒由此奠定了教会反对希特勒的基础。
1933年11月13日，在柏林体育馆举行的德意志基督徒群众大会遭遇到“空前的惨败”，此后“牧师紧急联盟”获得了强劲的发展动力。因为当晚在现场20 000名观众疯狂的掌声中，主要发言人柏林党区主席赖因霍尔德·克劳泽（Reinhold Krause）提出“在第二次德国宗教改革中完成能媲美马丁·路德的民族使命”的要求。他毫不含糊地指出“新的德国教会”应有的样子：为“与种族身份相符的宗教生活”开辟无比辽阔的空间。第一步是“在礼拜和宗教课中摒弃一切非德意志的东西”，也就是说“清除宣扬犹太功利主义道德和讲述牲口贩子皮条客历史的《旧约》”。此外克劳泽还号召一鼓作气“将《新约》中明显被歪曲的和迷信的内容清理掉”，抛弃“圣保罗的全部替罪羊和自卑神学理论”。这种观点已经与罗森堡的民族主义宗教相差无几了。“牧师紧急联盟”圈内的人立刻发出激烈的抗议，德国基督教温和派也表示不满。帝国大主教米勒被迫解除了克劳泽的教职，并且中止了雅利安条款的实施。
希特勒对体育馆群众大会之后出现的非议极为恼怒。帝国大主教的退缩被他看作软弱的表现。11月29日，他接见米勒时向他明示，他不想插手教会的争论，大主教必须自己负责搞定。从此希特勒对他曾经的宠儿冷淡下来，他逐渐认识到，米勒不是能建立一个统一的忠诚于政府的新教教会的合适人选。1933年12月初希特勒在总理府午餐桌边的言论揭示出他对谁更有好感，根据戈培尔的记载，当时他不遗余力地痛骂教会：“他现在看穿了软骨头的牧师们和帝国大主教米勒。克劳泽是最正直的一个，他至少能出于厌恶直言不讳地抨击《旧约》中犹太人的谎言。”
为了抵御对他的批评，米勒采取了压制的措施。1934年1月初他颁布了《关于重建德国新教教会有序状态的法令》，它规定在宗教礼拜活动中禁止一切有关宗教问题的争论和声明。这种“钳制言论的法令”自然很不适合作为让反对派牧师们闭嘴的工具，它反而激起了新一轮的激烈抗议，抗议者声称，帝国大主教用暴力威胁所有“基于良心和为了教区利益无法对教会目前的所作所为保持沉默的人”。
与他想置身于新教教会内部争议之外的初衷相悖，现在希特勒宣布他准备调解德意志基督徒的代表人物和反对者之间的矛盾。接见活动安排在1934年1月25日中午的总理府，整个接见过程与反对派教会领导人——其中包括特奥菲尔·乌尔姆（Theophil Wurm）主教、奥古斯特·马拉伦斯（August Marahrens）主教和汉斯·迈泽尔（Hans Meiser）主教——设想得完全不一样。出乎所有人的意料之外，一开始希特勒让戈林发言。戈林宣读了盖世太保监听到的马丁·尼莫勒当天上午打电话的通话记录，这位达勒姆的牧师在通话中对此次教会领导人见面之前希特勒与兴登堡的一次谈话表现出极大的不敬。主教们非但没有对警察国家的行事方式提出抗议，反而吓得魂不附体。甚至在元首总部发表独白时，希特勒还幸灾乐祸地回忆起“新教教会的代表们”听到“通话记录”时吓得张口结舌的样子，别人几乎听不清他们说的话。
可尼莫勒依旧保持着镇静。当希特勒质问他在电话里是否真的那么说过，他给出了肯定的答案，但是他试图解释牧师紧急联盟只是为了真正的宗教信仰而斗争，它并不想反对“第三帝国”，相反是为了帝国的福祉。希特勒显然火了，他答道：“为第三帝国操心的事您就交给我吧，您只需要为教会操心就行了。”最终希特勒让教会领导人做出保证，今后他们必须与帝国大主教真诚地合作。总理接见之后发表的一份宣言强调他们“必须无条件地忠诚于第三帝国和元首”，并且“最强烈地谴责所有批判国家、民族和运动的图谋”。教会领导人的归顺宣言暂时削弱了牧师紧急联盟的力量，路德维希·米勒的地位似乎又暂时稳固了。希特勒没有忘记，尼莫勒是唯一一个敢于无畏地面对他的人，后来他满心仇恨地迫害尼莫勒和他的同盟者。1934年4月底，他在和希姆莱、戈培尔的谈话中号召“发起对牧师紧急联盟的斗争”。“我们将用赶山羊的手段对付他们（译者注：赶山羊是巴伐利亚和蒂罗尔地区的民间私刑，将罪犯披上羊皮驱赶毒打）”，宣传部部长在日记中写道，“可怜的牧师败类。我们要变成基督徒了。”
但是日渐严厉的弹压也无法再恢复新教内部的平静。帝国大主教采取专制的手段强迫地区教会向帝国教会看齐，他的尝试遇到了阻力，教会内部的反对力量反而获得了更多的同情。1934年5月底，139名代表在巴门召开了第一届“德国福音教会认信大会”，与会者议定了——基本上由神学家卡尔·巴特（Karl Barth）起草的——宣言，巴门宣言第一条著名的论点标志着它与德意志基督徒的观点彻底划清了界限：“我们拒绝以下虚妄的信条：除了将上帝的言语作为教义宣讲的来源之外，教会可以和必须承认其他事件、力量、人物和真理源自于上帝的启示”。正如克劳斯·朔尔德所言，1934年5月31日的巴门宣言“无疑是教会斗争中的突出事件”，“由于它清晰明白的文字、对《圣经》的论证和无可置疑的认信性质，它不仅能让神学家和牧师们接受，而且也深深打动了认信教会信徒们的心”。它成为认信教会的主旋律，虽然一再有被其他声音盖过的危险。继第一次认信大会之后，1934年10月在达勒姆教区大厅召开了第二届认信大会。大会选出了负责认信教会未来事务的管理“委员会”，并且号召“全国的基督教团体、牧师和教区教堂理事会”“不要服从目前的帝国教会领导及其下属机构的任何命令”。
到了1934年秋季，形势已经变得很明显了，帝国大主教无法再平息新教内部的争端。10月底，希特勒出人意料地取消了接见路德维希·米勒的计划，反而为遭到米勒惩处的南德地区主教乌尔姆和迈泽尔平反昭雪，并将他们和汉诺威主教马拉伦斯一起召到柏林。10月30日，他在两个小时的会谈中开诚布公地告诉他们，他对宗教事务不再有兴趣了——这是帝国大主教失宠的一个明显迹象。被召来的地区大主教们认为米勒时代终于过去了，可他们的期盼还是落空了。虽然希特勒在私人圈子里对这位“赖比”的能力极尽蔑视，说他“既不是一个有谋略的人，也不是一个坚守原则的人。内心软弱，外表强硬，而不是相反。”但是他不准备彻底放弃他。而米勒本人呢，虽然明知失势了，却不肯辞去职务，于是他在民间的外号从“赖比”变成了“赖着不走”。
天主教徒和新教徒中的教会斗争引起了极大的动荡，但我们不可将其错认为是对政府无声的否定乃至于公开的政治抗议。相反，所有迹象都表明，人们普遍认为反教会的措施和种种刁难都源自于意识形态煽动者阿尔弗雷德·罗森堡之流，希特勒本人的声望没有受到任何影响。这位伪装大师一直假装自己是一个具有宗教意识的人，一个在运动中坚决捍卫基督教价值观并反对过激派的政治家。两个教会的领袖人物一再向“元首”表达忠心和敬意，这使得信教的一部分群众更不会把不满的矛头对准最高领导人，他们反感的是地方上的国社党激进分子。
通过教会内部的一体化让其听命于政府的努力失败之后，纳粹领导人准备改弦易张。1935年7月，希特勒让前普鲁士司法部部长汉斯·克尔管理一向由内政部和文化部负责处理的教会事务。作为新成立的国家宗教事务部长，克尔有权对整个教会颁布有法律效力的命令。他建立了“帝国教会委员会”和“州教会委员会”，其任务是调解国家与教会之间的关系以及解决教会内部纠纷。1935年8月初，他对集合开会的党区主席和国家督察员宣布，有必要“稳住支持国家的和被纳粹渗透的基督教会力量并保持其宗教生活”。
希特勒改变对教会的政策路线有两个完全不同的目的：一方面他想把教会尽可能地排挤出公共生活，另一方面他想在某种程度上平息与教会的争端，至少避免公开的对抗，1935年夏季和秋季社会情绪已经明显恶化了，他不想再雪上加霜。“（希特勒）能够明白地看到社会情绪的低落，（他）想和教会休战了，至少在一段时间之内。”8月14日戈培尔在日记中写道。但是几天后，天主教会的主教们在教会讲坛上宣读了一份主教通告，它重申了教会要在公共生活中发挥作用的要求，并用最严厉的言辞谴责了政府的压制政策。他们在致希特勒的备忘录中虽然强调了“支持国家的立场”，但是表示“目前对基督教和基督教会愈演愈烈的攻击”令他们深感忧虑。
希特勒非常生气，他和戈培尔一起思考着应对之策。“元首相当重视天主教问题”，1935年9月初宣传部部长在日记中写道。“现在就开始战斗吗？我不希望这样，以后也许更好，首先我们要取得一些外交上的成功。”9月11日，这个独裁者在纽伦堡党代会上发表的公告中宣称，“在任何情况下他都无法容忍”“某些人以迂回的方式继续或者重新开始宗教的政治化”。我们将坚决地展开一场斗争，“不让某些神父染指我们的公共生活，这些不务正业的家伙不好好做个灵魂拯救者，却一心想当政治家”。
1935—1936年，纳粹政府利用第一批外汇和风化案再次对天主教会施加压力。天主教神父和修道士被人以性侵少年儿童以及违反严格的外汇管理规定的罪名告上法庭。1935年底，原定在科布伦茨地区法院举行的庭审进入筹备阶段，国家警察给予大力协助，1936年7月底希特勒却下令暂时停止庭审。他改主意的原因是西班牙内战的爆发，纳粹政府与天主教会有可能以建立“反布尔什维克统一阵线”的形式缔结和约。虽然主教们在1936年8月19日的主教公告中表明了反布尔什维克的立场，但他们同时坚持认为，双方在此基础上取得谅解之前，德国政府应该先解除违反宗教契约的对国内宗教生活的种种“限制”。
1936年10月底，希特勒在和戈培尔的谈话中重申他的意图，也许他将和天主教会“讲和了，至少暂时休战。发动对布尔什维克的斗争，（他）想和福尔哈伯谈谈”。11月4日他在上萨尔茨堡接见了红衣主教福尔哈伯。在三个小时的谈话中，他又大肆渲染了一番布尔什维克主义威胁欧洲的可怕图景，并要求天主教会在反对布尔什维克的斗争中支持他：“要不国家社会主义和教会一起胜利，要不两者一起沦亡。”这个独裁者做出承诺，（他们）“将和过去彻底告别”，不允许再出现“任何破坏和平合作的纰漏”。他强调说，这是与教会取得谅解的“最后一次努力”。这一回他又用上了萝卜加大棒的战术。“元首就像天生的君王一样熟悉外交和社交礼仪……”福尔哈伯在一份秘密报告中描述这次谈话。“总理无疑怀有对上帝的信仰。他承认基督教是欧洲文化的缔造者。”
后来希特勒告诉戈培尔，他狠狠地敲打了红衣主教一番。福尔哈伯“浅薄狭隘”，“胡扯了一通教条”。“战斗还是和解。此外别无出路。教会必须归顺我们，而且没有任何附加条件。”但是天主教神父们并不肯无条件地臣服，在1936年圣诞节主教公告中，虽然他们宣布将在“全世界历史性的反布尔什维克斗争中”支持政府，但是又再次要求获得宗教契约所保证的权利。1937年1月初，在上萨尔茨贝格午餐桌边一次冗长的“关于宗教问题的讨论”中，希特勒尽情发泄了他对神父们犯上行为的愤怒，他抱怨说“天主教神父们又发表了反对我们的主教公告。诸神欲惩罚某人，先令其盲目”。希特勒明确表示，一切声称教会不可或缺的公开声明不过是漂亮的场面话，“元首认为基督教理应消亡。这也许需要很长时间，但是终归会到来的”。
1937年1月30日，内阁中发生了一起轰动事件，它让希特勒坚定了反天主教的斗争意志。如前文所述，邮政和交通运输部部长埃尔茨-吕贝纳赫，一个严格的天主教徒，拒绝接受国社党金色党徽并拒绝加入国社党，他的理由是国社党“压迫教会”。独裁者和他的宣传部部长非常恼怒：“这就是黑袍教士们。他们把所谓唯一能救世的教会的崇高命令置于祖国之上。”随后的日子里，希特勒不断地痛骂着教会：“他们过去什么都没有学会，将来也学不到任何东西。人们能想象出的最残酷的机构。没有慈悲和公正可言。我们不能与之妥协，否则我们就会完蛋。”我们必须与“这些神父开诚布公地谈谈”，福尔哈伯在慕尼黑又发表了一次充满批判性的布道之后，戈培尔说：“他们必须服从我们，否则将永无宁日。”
1937年2月底，希特勒在小圈子里开始从根子上抨击基督教和基督教会。戈培尔记录道：“元首阐释了基督教和基督。他（译者注：指耶稣）也反对犹太人对世界的统治，然后犹太人把他钉上了十字架。可是圣保罗歪曲了他的学说，并借此颠覆了古罗马。基督教中的犹太人。同样，马克思也用他的政党思想歪曲了社会主义思想。这并不能阻止我们成为社会主义者。”雅利安人耶稣符合国家社会主义的英雄主义理想形象，而犹太奸细圣保罗却伪造了基督思想，将基督教引向了灾难重重的道路——正如民族主义作家们所宣传的，这绝非是本来的基督思想，而是对其思想的歪曲。与罗森堡的“神话”相比，希特勒受休斯敦·斯图尔特·张伯伦（Houston Stewart Chamberlain）的主要著作《十九世纪的基础》的影响更深。
然而希特勒完全以实用主义的态度对待这些思想：“并非本党想反对基督教，但我们必须以唯一正宗的基督徒自居。然后集全党之力反对那些破坏者。基督教代表摧毁神父阶层的口号，就像从前社会主义意味着摧毁马克思主义大佬一样。”虽然希特勒允许他的拥护者们搞伪宗教的个人崇拜，尤其他自己也乐于在党代会上扮演教主的角色，但是他始终不愿意以宗教创始人的身份出现。他在1937年3月12日的党代会上表示反对“创立新的宗教”——国家社会主义运动“还太年轻”——在此他明确地拒绝了罗森堡的计划。他依然想避免与天主教会公开决裂。“他在反教会的斗争中引用了施里芬的名言：‘有重大意义的成功和平庸的成功。’他有理由不想要平庸的成功。”戈培尔评论，“我们必须让对手彻底闭嘴或者覆灭，如此而已！”
教皇通谕《在焦虑中》的发表撕开了黏着的局面。通谕初稿出自福尔哈伯之手，经由帕切里编辑，并由教皇庇护十一世批准。秘密特使将文件送抵德国，在德国印刷，1937年3月21日，复活节前的星期日，神职人员在讲道台上公开宣读了通谕。教皇通谕声讨了德国对“教会公开和隐晦的暴力攻击”，宗教契约不断遭到破坏；基督教徒受到的压力是非法的、不人道的。公文尖锐地指出基督教信条与纳粹理念之间水火不容：“如果有谁把民族或种族、政体、国家权力的主体或者其他人类社会形态的基本价值观……从世俗价值体系中剥离出来，把他们变成至高的准则和宗教价值观，并且用偶像崇拜的形式加以神化，那么他就扭曲和伪造了上帝创造和保佑的万物之道。”
宣读通谕的前夜，海因里希已经把其中的内容通知了戈培尔，“名副其实的挑衅”，宣传部部长写道。但他不同意盖世太保首脑做出激烈反应的想法。最好是“装听不见，置之不理”，“然后从经济上施压，不要逮捕人。查封和禁止刊登了这个无耻公告的教会报纸。此外要保持冷静，等待时机，到时候将这些捣乱分子一举拿下。”但是装死战术不再合希特勒的心意。1937年4月初，他把戈培尔从上萨尔茨贝格召来，“现在他想和梵蒂冈反目了……神父们不理解我们的耐心与温和，那么就让他们见识一下我们的严厉、强硬和无情。”4月6日希特勒下令让居特纳“撇开其他事务，有重点地”重启去年暂时中止的风化案。同时媒体展开了反天主教的疯狂的舆论战，戈培尔亲自坐镇指挥。“展开了最猛烈的反击。在我的示意下，地狱音乐会开场。现在神父们的日子难过了。”他在4月底写道。
宣传部部长的工作又一次令希特勒感到满意，戈培尔记录道：“元首在教会问题上的态度日渐激进。”现在他不再“手下留情”：“鸡奸帮理应得到清理。”希特勒在传统的五一讲话中对教会发起了激烈的攻击：“如果他们采取任何一种方式，写信或者通谕，试图攫取原本属于国家的权利，我们将强迫他们回去从事分内的治疗心灵的宗教活动。”他在言语之间影射重新开庭的神父风化案：“当自己的道德水平堪忧时，最好不要从道德层面对国家指指点点。”
5月28日戈培尔在柏林德国大会堂发表的演说掀起了诽谤运动的高潮。前一天他和希特勒详细讨论过演说的内容，“元首”前所未有地口授了关键的段落，“非常尖锐激烈，我达不到那样的水平”，戈培尔在日记中写道。所有的德国电台都转播了戈培尔的演讲。演讲开始前的一个小时，德国的报社接到了演讲文本，他们得到命令，次日将以“最大的字体”刊登全文。戈培尔在演讲中极尽煽动之能事，他说“他看到在整个人类文化史上绝无仅有的、达到骇人听闻和令人发指程度的道德沦丧”。整个天主教教士阶层弥漫着“淫乱之风”，“藏污纳垢”，“穿着教袍的性犯罪者”到处追逐着“令人恶心的色欲”。“淫虫”理应被彻底消灭。演讲之后，在20 000名国社党支持者的欢呼声中，戈培尔匆匆赶往总理府谒见“元首”：“他和我握了手。他在收音机边听了整个演讲，他告诉我，他激动得一分钟都坐不安稳。”
德国大会堂群众大会之后的一段日子，希特勒也常常在亲信们面前发泄对教会的仇恨：“元首对神父们有一肚子火。”戈培尔继续进行反教会的煽动，同时盖世太保试图压制天主教报纸的反对声音，监视天主教神职人员的布道活动。“德国的天主教徒被打入另册”，柏林主教康拉德·冯·普雷辛（Konrad von Preysing）哀叹，“为了信仰他必须忍受蔑视、嘲弄、种种不自由和困窘而无法自卫，教会的敌人们却享受着言语诋毁、攻击和嘲弄的自由”。
可是风化案庭审的结果让纳粹领导人大失所望。因为在很多案子中，被告被无罪释放或者只受了轻微的处罚。“法庭不中用。他们对神父们反国家的重罪只处以可笑的罚款或者短期徒刑的惩罚”，1937年7月初戈培尔生气地说，他得出结论，“必须让特别法庭受理案件。”宣传部部长劝说希特勒接受了他的想法。7月底希特勒却出人意料地下令让司法部部长暂时中止了庭审，虽然戈培尔一再要求重新开庭，但是事情始终没有落实。虽然希特勒在1937年12月做出保证，他只是在等待“重新开庭审理神父案件”的有利时机，可是“现在他想把教会问题先搁置一边”。也许他态度的再次转变与下文将要描述的纳粹政府从凡尔赛和约修订政策到扩张政策的转变有关，希特勒决定实现其影响深远的外交行动计划，在这一阶段，他认为与梵蒂冈和天主教神职人员闹得剑拔弩张是不明智的。
此外他也意识到了，在短时间内难以实现让教会屈从于政府威权的目的，需要打一场持久战。1937年5月11日，在一次内阁会议之后，他对亲信们透露了他内心的打算：“我们必须让教会屈服，把它们变成我们的臣仆。必须取消神父终身不娶的制度。教会财产将被没收，任何人在24周岁前都不可学习神学。这样我们就可以从教会手中夺回最优秀的后辈。宗教社团必须解散，教会不再有法定监护权。唯其如此，我们才能做到在几十年内让他们屈服，把他们管得服服帖帖。”
即使对付新教的反对派，希特勒也避免过激行为。到了1936年底，事实表明，克尔调解德意志基督徒和认信教会之间矛盾的努力已经失败了。1937年1月中旬，希特勒在总理府午餐桌边痛斥宗教事务部长，他表明了“要严厉对待教会的态度”。“在任何情况下”都必须在斗争中贯彻“国家至上的原则”，克尔的政策“过于软弱”。2月12日，帝国教会委员会——致力于重建新教教会内部团结的中央委员会——被解散了，随后克尔在没有和部长级同僚们沟通的情况下擅自宣布了一条法令，该法令将把教会置于严格的国家监督之下。希特勒对克尔的自行其是非常恼火，他拒绝公布这条法令，同时他召集克尔、弗里克、赫斯、希姆莱、戈培尔和国务秘书施图卡尔特2月15日到上萨尔茨贝格开会讨论教会问题。戈培尔在日记中写道：“现在元首明确表态。克尔犯了一个严重的错误，他越过我们擅自行事。”
宣传部部长和希姆莱、施图卡尔特一起乘夜车抵达上萨尔茨贝格，因此他们一路上有足够的时间交换意见。三个人一致认为，严格的国家操控——譬如克尔法令草案所做的规定——只会制造出“殉教者”。同时他们还指出从长远眼光看他们与克尔之间的根本区别：“克尔想保留教会，而我们想消灭它。”上萨尔茨贝格会议开了足足七个小时，它也说明了希特勒对此事的重视程度。他强烈地反对克尔的想法，克尔超越了宗教事务部“最高主教”应有的形象，只会“以暴力行事”。由于面临着“伟大的全球斗争”，德国“目前不能与教会为敌”。经过长时间的讨论之后，戈培尔提出了他之前和希姆莱、施图卡尔特商定的建议：“或者政教分离——我认为为时尚早——或者重新选举立法宗教会议，党和国家这次完全不介入，最自由的比例选举，然后给宗教会议代表们发高额津贴，这样一来他们在一年之后都会来祈求国家的资助。”根据戈培尔的日记，希特勒“兴奋”地同意了这个建议；他们讨论了所有细节问题，包括克尔在内的所有与会者都表示赞成。“一个历史性的日子，教会争端的转折点”，戈培尔兴高采烈地写道。
希特勒的政令被刊登在报纸的晚间版，事实上它引起了不小的轰动，因为文中声称：“帝国教会委员会失败之后，为了实现德国新教不同派别的统一，教会应该完全自由地根据教民的天职自行制定新的教会法规和颁布新的法令。”帝国宗教事务部长受命“筹备教会代表大会并采取必要的措施”。次日戈培尔在柏林召开了以“元首在教会问题上迈出了通向和平的一步”为主题的新闻发布会。
但美好的宣告并未成为事实。不久之后事实表明，教会选举非但没有促进分裂的新教派系的统一，反而引发了新一轮的社会动荡。部分认信教会公开以抵制选举相威胁。1937年7月底，选举的筹备工作停止了，这是少有的几次希特勒的政令无声无息地石沉大海。有一段时间希特勒考虑过另一个方案：实行政教分离，他得到了克尔的支持，正如戈培尔所说，克尔完成了“一个漂亮的大转弯”。但这个计划不久也流产了。1937年12月，希特勒表明了他的主要顾虑：“这样一来新教就彻底完蛋了，我们失去了与梵蒂冈抗衡的砝码。”在紧锣密鼓为战争做准备时，有关教会问题的根本决定被搁置下来，克尔被明确禁止“进行任何改革”。但是再一次的态度大转变却不包括对著名新教代表人物的迫害。
1937年7月1日，希特勒下令逮捕马丁·尼莫勒。他在达勒姆做布道时更加明显地公开谴责国家社会主义“世界观”的极权欲望，而且敢于直接点名迫害教会的主使者们，当众宣读被迫害的主教名单。“尼莫勒终于被逮捕了。报纸只是不显眼地报道了这则新闻。现在等着判决，他无法再和外界联系，以后永远不会放他自由。”宣传部部长在这一点上与“元首”意见一致。1937年12月，乘坐专列前往慕尼黑参加鲁登道夫葬礼的途中，希特勒明确宣布：尼莫勒“不会再放出来，直到他彻底崩溃。不能容忍反对国家的行径”。
1938年2月7日，庭审以不公开的形式举行，庭审结果对于政府来说却是一个失败。尼莫勒和他的辩护律师着重强调他信奉国家社会主义的个人历史。被告不仅陈述了他作为潜艇指挥官在第一次世界大战中的战功，还提到1918年之后他参加自由军团后的事迹以及早期他对国家社会主义运动的同情。一些著名的证人出庭证明他具有纯粹的爱国主义思想。最后他被判处7个月徒刑，并被课以2000马克的罚款。因为他在莫阿比特监狱已经被单独囚禁了8个月，因此被视为服过刑了。
戈培尔始终关注着庭审的所有环节，他越来越愤怒，等同于道义上无罪释放的温和判决让他极端恼火：“真的够了，我只对新闻界发了简短的通告，元首下令让希姆莱立刻把这个家伙送到奥拉宁堡。”当外国记者们还等候在法庭门前时，尼莫勒从偏门被盖世太保官员带走，解往奥拉宁堡附近的萨克森豪森集中营。“在那里他可以通过劳动和反省为上帝服务”，宣传部部长在他的身后喊道。判决宣布后的第二天，希特勒在总理府的午餐桌边也详细讲述了“尼莫勒案件”：“他被关在集中营里，他不会很快出来。所有的国家公敌都将得到这个下场。如果谁把仁慈的希特勒错当成懦夫，他就会见识到希特勒的强硬。”事实上直到“第三帝国”灭亡，“希特勒的钦点囚徒”尼莫勒一直被关在集中营里，1941年之前被关押在萨克森豪森集中营，后来转移到达豪集中营。
除了轰动一时的“尼莫勒庭审”之外，希特勒于1937年底下达的与教会之间的停战令一直延续到1939年上半年。在这个时期，希特勒开始转向扩张战争的对外政策，他无法承受与教会之间的大规模冲突。“领导人清楚地知道，教会问题非常棘手，在战争时期也许会有非常恶劣的影响。”女秘书克里斯塔·施罗德在一封信中对女友透露。与教会的彻底清算只能留待战争胜利之后。而政府对待“犹太人问题”的态度则截然不同。1938年成为通向把犹太人“赶出”德国的目标的一个标志性年份。1938年12月初，帝国宗教事务部长克尔再次提出将新教教会置于强制性的国家监督之下，根据戈培尔的记录，希特勒“叫停了命令”：“我们现在必须首先解决犹太人问题。”