马化腾第一次代理网游遭遇了“滑铁卢”，这对刚刚进入网游市场的腾讯来说，无异于是一个比较沉重的打击。不过马化腾很快从中吸取了经验教训，最后做出了一个重要的决定：一方面充分利用用户资源强化游戏平台，另一方面采取分区运营的办法积累经验。由此，马化腾也不再满足于模仿和代理游戏，他要自主研发，启用“两条腿”走路，很快腾讯将自己的假想敌设定为了当时的网游巨头——盛大。
腾讯推出了《QQ棋牌》，正好赶上盛大收购边峰游戏平台，然而仅仅过了一年的时间，《QQ棋牌》就超越了联众、边峰等一批棋牌游戏平台，成为棋牌游戏中的王者。更重要的是，腾讯打破了棋牌游戏难以赚钱的魔咒，向中国的网络游戏界展现了小企鹅的强悍实力。
虽然腾讯缺乏游戏运营经验，不过在用户推广方面却是经验十足。腾讯先后和北京华夏、成都梦工厂等公司合作分区运营了《华夏》《侠义道》等网络游戏，而这些公司通过跟腾讯合作也获得了不少的收入，当然对腾讯而言，此时赚钱不是关键的，关键的是积累运营经验。也正是由于经验的不足，马化腾才拿休闲类网游“练手”。
2004年，腾讯推出了《QQ堂》，该款游戏上线之后得到了广大玩家的青睐。《QQ堂》推出之后，有人认为它是抄袭了盛大的《泡泡堂》，尽管如此人们还是追逐着这款新生代的网络休闲游戏，每天登录游戏的玩家达到了几百万人。从实际情况来看，腾讯的跟风和模仿再次取得了成功，并且打破了休闲游戏市场中“老大成功老二没机会”的所谓定律。尽管《QQ堂》在业绩上未能超越《泡泡堂》，然而其收入却十分可观，而且从游戏内容上来看，《QQ堂》包含了好几个休闲游戏，并非是单纯的“炸弹人”。
《QQ堂》取得成功之后，马化腾并没有停止前进的脚步，而是继续一边模仿、一边研发、一边小规模代理地发展网游：“QQ对战平台”模仿“浩方对战平台”，《QQ三国》模仿《冒险岛》，《QQ飞车》模仿《跑跑卡丁车》，《QQ炫舞》模仿《劲舞团》，后来出现的《穿越火线》则模仿了《CS》……不管多少人对腾讯的这种模仿行为感到不满，但他们不得不承认一个事实：正是这些被人诟病的跟风作品，再度证明了腾讯不怕和竞争对手出现同质化竞争的情况。相比之下，这些被腾讯模仿的游戏倒是出现了业绩下滑的情况。
随后在2005年，马化腾斥资3000万元，用时两年研究开发出一款大型网游《QQ幻想》，作为一款“社区型”游戏，《QQ幻想》帮助腾讯朝着计划中的网络社区迈进了重要一步。
随着在休闲类网游领域的经验积累，腾讯也开始回归大型网络游戏的制作，最终推出了代表性作品《寻仙》和《地下城与勇士》(韩国开发)，两个游戏一中一外，一个3D一个2D，游戏性质和游戏内容完全不同，可见马化腾对这两个产品线进行了深入的思考。虽然在实际运营中，《地下城与勇士》发生了有关收费道具和外挂所引发的问题，不过依然取得了200万人同时在线的业绩。
随着网络游戏的不断发展和普及，其负面效应也逐渐显露出来：不少青少年沉迷于网游不能自拔，出现了旷课逃学甚至为获得资金玩游戏而走向了犯罪道路，民众开始对网游产生了一些负面的看法。也正是这个原因，马云才说了“饿死不做游戏”的话(2014年阿里巴巴宣布进军手机游戏市场)。
对于网络游戏的是是非非，马化腾有自己的看法：“任何一种服务，都必须有序、适量地让用户使用。反之，不管游戏的定位是休闲还是教育，如果让用户被迫连续泡在里面的话，就是不健康的。”或许是马化腾认识到了网游的危害，所以他将《QQ幻想》打造成一个休闲的、轻松有趣的网络游戏，不是那种为了升级、装备而不断打怪练级的游戏，相对而言更加健康科学一些。
为了深入推广《QQ幻想》的健康形象，腾讯和娃哈哈集团联手，开展了名为“畅饮营养快线，玩转QQ幻想”的大型联合推广活动。双方对这种合作模式都很看好，马化腾认为，商业模式的好坏跟投资多少无关，而是应当考虑能否实现多方面的共赢。
正是因为腾讯和娃哈哈有着相似的企业理念和目标用户群，而且都具备优势资源和市场强项，所以在他们合作的主题中，“健康”成为了一个关键词，这对双方的企业形象塑造都大有裨益。
通过和娃哈哈的合作，马化腾也敏锐地看到，中国网游市场经过几年的培育，正在朝着更加细分化、专业化的方向发展，网游服务市场会变得更加成熟和稳定，而国内网游厂商的成长也会促进自主研发能力的提高，所以对腾讯来说，前方还存在着大量的、未被开发的新矿山。