那一时期值得一提的还有一件大事，那就是后来被媒体称之为“雅巴合并”的雅虎中国与阿里巴巴之并购。当然，也可以称之为“合作”。
雅虎公司是华裔美国人杨致远与大卫·费罗于1994年在美国创立的互联网公司，1999年进入中国，成立雅虎中国公司。当时，雅虎与新浪、搜狐等同为中国互联网上处在前列的门户网站之一。到了2005年，杨致远认为，雅虎中国的运营已经出现了问题。
马云一直渴望将阿里巴巴打造成存活102年、“世界最好”的公司，为了实现这一目标，全球化是必由之路。而针对全球化进行战略布局，实施跨国并购实在是一条最简单且效率最高的方式。于是，一桩交易应时而生。
那是2005年的夏天，马云接到了杨致远的一封邮件。邮件的内容很简单：邀请他到美国去一趟，参加在美国滚石滩举办的“数字中国论坛”。
那一次，两个人做了一番长谈。他们是老朋友，马云在外经贸部网站时，二人就有过接触，对于这位在互联网上已经是风生水起的大佬，马云是尊敬有加的。那一次，马云直抒胸臆，表达了他一定要做搜索引擎的想法。因为，这是任何一个好的网站都需要依赖的工具。更多的人在网上利用搜索引擎，没有搜索引擎，你的网站就什么也不是。何况，马云的眼光很远大，将B2B、B2C、C2C联结在一起，将中国与全球联结在一起，这是马云梦寐以求的事。所有这一切都离不开搜索引擎，而雅虎的搜索引擎无疑是一流的。因此，他向杨致远提出了合作的想法，杨致远矜持地表示，可以考虑。
杨致远比马云小4岁，他于1968年出生于台湾，毕业于美国斯坦福大学，是最早的互联网公司创始人。按照孙正义的说法，杨致远和马云一样，是一个“眼睛闪光”的人。
马云的提议正中杨致远下怀，可他当时没有表态。事过不久，北京财富论坛开幕，雅虎全球CEO赛梅尔路过上海，专门拜会了马云。那一次，赛梅尔似乎是带着使命来的，他静静地听马云讲他的阿里巴巴全球战略。偶尔的插话间，他清楚地告诉马云，为了他的全球战略，与雅虎合作是他最好的选择。因为，雅虎有全世界最好的搜索引擎，有一个网站所具备的所有功能。有了雅虎，阿里巴巴的所有梦想都会变成现实。
他们一起参加了北京的财富论坛，那期间他们经常接触，马云的全球战略与雅虎的未来成了最主要的话题。在那里，按照马云的话说：他们已经没有选择了，似乎只有我们。
这里说的他们，指的就是雅虎。赛梅尔也许是越来越清楚地表示了自己的意见，当然，这也是杨致远的意见。后来，他们在拉斯维加斯又一次见面商谈。也许，那一次他们的商谈更为具体，合作的意向和框架已经在两个CEO的心中构成。可是，阿里巴巴的另一股东孙正义却希望能和eBay合作。同时，还有一家和eBay开价差不多的公司也走进马云的视野。这样，阿里巴巴要并购一个全球公司的想法就已经日益清晰。
这个时候，杨致远亲自出马，他一个人开着车来到旧金山。见到马云，两个人开始喝酒，一直喝到午夜。杨致远不说话，马云也很少说话，那是两个男人的一场闷酒。但是，谁都知道谁的底细，谁都明白谁的心思。淡淡的桔黄色的光线，热辣辣的酒液，很容易地拉近两个本来就是朋友的人的心绪。马云和杨致远虽然是互联网巨头，却也是普通的有血有肉的男人，那个夜晚，他们的感情似乎交流在一起。
事过很久，有一次马云接受记者采访说道：“那时候我心里很感动，人与人之间的感情起了作用，我知道我错了，如果我不接，其他人都有可能接不下来，雅虎中国可能就要面临崩盘了。这将对雅虎全球品牌造成很大的影响，而这是一直视雅虎为偶像的我所不愿看到的，我想挑战一下，看能不能做。”
也许商战中，感情是一个商人的大敌。可马云对杨致远心中有一种说不出的情愫，或许是来自于崇拜或者惺惺相惜之类，反正，他在那一天晚上决定了与雅虎合作。
从感情上似乎是这样，可在理智上，马云也的确需要掌控一家类似于雅虎这样的公司。只有这样，才能让他的阿里巴巴五脏俱全，成为一个名符其实的全球化互联网公司。而对于杨致远而言，他的雅虎中国已经在走下坡路。在中国的门户网站中，新浪和搜狐已经占据了半壁江山。而腾讯和网易一个是QQ，一个是电子邮件，各具特点，占据了这一方领域。这使他的雅虎，用户率直线下降。
但是，事后诸葛，很多人还是认为，杨致远赚了便宜。他用10亿美元和雅虎中国的全部财产入股阿里巴巴，占有阿里巴巴40%的股份，拥有35%的投票权。
其原因，当然是阿里巴巴是正在上升的企业，他的电子商务已经是鲜有对手，尤其在中国。特别是后来，阿里巴巴在香港上市，杨致远的入股让他的资产翻了数倍。
但对于马云而言，不战而获得雅虎，无非是出让部分股权就获得10亿美元现金，还有现成的雅虎中国公司。这让他实现全球战略、实现打造阿里巴巴成为全球“最好企业”的理想指日可待。
这项合作从一开始就存在“究竟是阿里巴巴吞并雅虎，还是雅虎并购阿里巴巴”这一问题。特别是由于媒体的热衷，这一问题就越发突出。
但就马云自己而言，他认为关键是控制权。在马云的从商经历中，这是他始终耿耿于怀的事。就是因为失去“中国黄页”的控制权，他才北上京城。而在京城，他正是因为事事有人掣肘，才毅然辞去国富通总经理之职而南下创业。马云心中，企业必须控制在自己手里，这才有可能实现他的梦想。
有位知道内情的人士说道：“跟雅虎合作，由于它们在中国没有和阿里巴巴雷同的业务，而且过去一直非常失败，因此，雅虎更可能把控制权全面交给马云。而eBay和另外一家则与阿里巴巴业务存在重合，如果合作，马云很可能失去部分甚至全部控制权。”
也许，这就是问题的关键所在。谁并购了谁并不重要，关键是控制权。而且，就其事件的实质，谈不到谁并购谁，这就是一场合作。这合作，在商业过程中是经常和必需的，特别是像他们这样全球化的互联网企业。
当然，这合作在实施过程中还是一波三折。马云原打算趁去夏威夷演讲之机，抽空于7月28日与雅虎签约。但到了雅虎总部发现，对方的律师们把所有已经讲好的条件都推翻了，然后，按照合资公司的做法重新审核每一条款。
马云没有答应，他简单地说道：“在经济利益和控制权之间，你们只能选择一个。”
最后，雅虎做了让步！事情似乎得到了解决。可马云在到了夏威夷之后，却发现《福布斯》杂志刊载了一篇文章，标题就是：雅虎收购阿里巴巴40%股份。
后来，随着谈判的进一步深入，马云试着从战略上说服自己，他告诉自己，从雅虎那里，他不但可以拿到一大笔现金，还有技术、品牌和全球化资源，这将是他的阿里巴巴全球化进程必不可少的门票。
这一并购在经过艰难的谈判之后，终于在8月11日正式宣布了。宣布之后，马云开始尝试对一个新的陌生的公司进行改造。这无疑是更为艰难的一步，他对雅虎中国几乎是一无所知。他与雅虎总部进行谈判之前，并没有对雅虎中国进行调查，因为雅虎全球不希望被当时的雅虎中国高层知道这件事。杨致远和马云的谈判始终是避开雅虎中国公司的，对于雅虎中国而言，只有在合作决定宣布的时刻才知道自己的命运，才知道自己已经是阿里巴巴旗下的一员了。
马云自己说：“我押的是搜索，将来的国际化平台和品牌。我跟外面的人认识雅虎的水平没有两样，拿到手的就是一个黑匣子。但一想400多人的公司，还是跨国公司的中国分公司，应该坏不到哪儿去。”
他还说：“接了后就要做好，反正这是阿里巴巴全球化过程中的必修之课。我躲过了今年，明年还是要做，这一年的得和失，可能要5年和10年后才能知道。”
于是，曾经相信自己是“逢水而贵”的马云离开了水城杭州，他要到缺水的北京去接受这新的挑战：管理和改造一个和阿里巴巴素无渊源的公司。
8月13日，阿里巴巴与雅虎中国并购与合作的第三天，马云带着几个人出现在雅虎中国在北京的办公室。他的第一句话是：“首先我很抱歉，因为制度要求，我不能预先跟大家做沟通，其次，请大家给我一个机会、一些时间，留1年下来观看。最后希望大家在一个有空调、像公司的地方舒舒服服地上班。”
说完这句话，他发现，几百个人的眼睛中至少是有几十种神情，有迷茫，有沮丧，有愤怒，也有希望。
接下来，他发现，这家公司比他想象的还要坏。他面临的不是简单的接收，而是必须从组织上再造的雅虎中国。尽管公司有400多名员工，但当时两个最重要的部门——人力资源和财务部，由于骨干的流失，已经形同虚设。一般员工也没了主心骨，人心涣散。至于业务方面，没有一块是处于上升的。据一项调查，在此之前，雅虎中国的收入来源主要是他们所并购的3721公司的市场份额。可是，就这些份额竟然在收购半年的时间里下降了65%。公司没有一个灵魂人物，也没有人有管理的经验。
经过一番考查，他认为雅虎中国实际上是一家中国公司，而且比其他中国公司更复杂，业绩更差。根本上讲，它不是一家跨国公司的分公司。
他必须在组织上再造雅虎，赋予其核心价值和方向感，建立一个有效的管理体系。
他设计了几步棋，第一步就是“护心”，让已经涣散的人心重新凝聚起来。他说：“很多收购一开始就奔着业绩去，而我认为阿里巴巴是在布局，即便一两次战斗失败也没什么。”
他的意思很清楚，先是聚拢人心，至于雅虎的业务，那是第二步棋。
雅虎中国公司尽管业绩不理想，但它曾经是中国有名的门户网站之一，其中有大批的互联网人才。面对并购，雅虎处于阿里巴巴的管理之下，难免会人心浮动。而这些人才却是马云最看重的，没有了人才，收购雅虎便毫无意义。他从雅虎美国那里弄到了一份关于雅虎中国的管理层和关键员工的信息，并立刻着手与这些人员逐一展开深入交谈。
在这份名单中，有当时雅虎中国仅剩的三名高管之一的田健。他原来是周鸿祎的3721公司管理人员，后来随着3721进入雅虎。马云任命他为雅虎中国的执行副总经理，而他自己亲任雅虎中国公司总经理。
从此，马云很少过问阿里巴巴的事情，他的全部工作几乎都在雅虎。他亲自管理搜索业务，因为这是他并购雅虎的最主要目的。其他的事情，很多就由田健去负责。
为了拉近雅虎中国与阿里巴巴之间的距离，在9月份，马云将雅虎中国400多名员工用专列请到了杭州。
那一幕永久地铭刻在了一位雅虎员工的记忆之中：从北京出发，第二天早晨火车刚到杭州，每个雅虎员工就收到了一个小袋子，里面是两个热包子，一瓶旺旺牛奶，外加一包口香糖、餐巾纸。车站处，十几辆大巴已经在排队等候。车队经过的马路两侧，满是挂着“欢迎回家，欢迎雅虎回家”的条幅。在欢迎宴会上，杭州市市长也亲自到场祝酒。在晚上的酒吧狂欢上，马云亲自领舞。
对于这一时段雅虎和阿里巴巴的融合过程，田健的话似乎最能代表雅虎中国的员工，他说：“马总讲一个事的时候，我们听不太懂他说的是什么，要的是什么。比如他谈公司未来的想法，我们心里不是很明确这个事到底他要表达什么概念。他们的高层在开会时已经形成了一些特定语言，而这些我们听起来就像是天书。雅虎所有的员工包括我个人，起初确实对阿里巴巴没有好感。”
但这好感，却慢慢地来了。田健还说：“你进来阿里巴巴和外面看完全不一样，在外面看马云是个狂人，到处发表讲话。但是，你进来以后发现他们内部不是个人独裁，相反，阿里巴巴是一个组织性很强的公司，他们对员工的培训、考核，干部的培训、考核，都有非常严格的制度规定。”
这期间，双方在慢慢融合。可竞争对手不管这些，他们在暗中不断有针对性地挖人。马云将所有员工召集在一起，他宣布：9月27日以前走的，给N+1补偿，而且期权全部套现。但之后走的，一分钱没有。
经过这一番护心工作，最后，雅虎公司只走了20多人。在其他公司并购之后，只有如此少的人跳槽是不可想象的。
接下来的第二步棋，痴迷于武侠小说的马云说，散功！他说：“在很多收购后发生的最典型现象是，公司短期内把业绩做上去，但最后还是会下去。我认为应先把它打到最低，把泡沫洗得干干净净。”
他的办法，一是建立组织，二是业务减肥。把原来的很多业务清理掉，包括无线和牛皮癣广告。这些都曾经给公司带来很多收入，但它们已和阿里巴巴核心价值观不相适应，所以他全部砍掉了。同时，他亲自找到过去一直和3721斗得不可开交的CNNLC总裁毛伟和百度总裁李彦宏，跟他们商量说，大家不要拼了，把选择权交给用户。在公司的会议上，他也要求今后少去攻击别人，不要打打杀杀，大家和和气气做生意。
与此同时，他还一边为公司输入新的血液，亲自到校园去面试，去招聘。结果1个月就有100多名应届毕业生加入雅虎中国。
事实上，阿里巴巴价值观文化和阿里巴巴管理体系的输入，是马云视为重中之重的一件事。
最初马云是希望快速引进阿里巴巴的价值观和管理体系，但是，他发现，雅虎中国过于脆弱，这就像你对体弱的病人不能下猛药，得慢慢调整，否则会适得其反。
据田健回忆，马云刚开始时，也是挺失落的，因为大家并不接受。
阿里巴巴的“激情”、“拥抱变化”等理念，与原来的雅虎中国的文化冲突不小，雅虎中国并不接受。雅虎中国是一种典型的工程师文化，重事实胜过激情，阿里巴巴则总是“激情洋溢”。马云认为雅虎文化是搬文化，把美国的搬过来。为了灌输阿里巴巴文化，马云觉得必须切断雅虎和美国之间的关系，他希望雅虎员工不要和美国雅虎联系。
后来，还是马云主动放弃了让雅虎全盘学习阿里巴巴的尝试，让雅虎中国保持它的独立性。为此，马云整整思考了好几个晚上，他说：“收进来，他有自己的想法，我是父亲，打他没有用，骂他也没有用。为什么不尝试让雅虎中国建立自己的文化呢？本来差异就是明显的，他们以技术人员为主，北方和南方不一样，价值观一样，文化表现形式完全可以不一样，为什么两个公司要完全一样呢？”
马云这样想到，也这样做到。他没有给田健任何强制性的收入指标，只有希望：第一，雅虎要把技术搞好，团队要建好，组织要建起来；第二，公司要有安全健康的结构，把公司的流量变得更健康，把收入变得更健康。所有的工作都是为了将雅虎从过去的高风险变成低风险，这是核心的目标，收入是次要的。
结果，就在马云放弃那种尝试的半年之后，人们却发现，雅虎中国身上带有越来越多阿里巴巴的影子了。过去雅虎中国办公室的墙壁都是白色的，现在已经被涂上了阿里巴巴的橘黄色。过去墙上是空白的，现在出现越来越多可以展现员工个人风采的照片。甚至在卫生间里面，也开始出现越来越多的绿色植物和写上笑话的字条。
在半年后的一次员工大会上，雅虎的员工也不再是一板一眼的工作汇报，每个团队都穿着统一的有特色的服装，在领导充满人情味的讲话间隙轮番上台表演。
这都是具有阿里巴巴特色的氛围，现在在雅虎举目可见。
雅巴合并，究竟是对是错？杨致远和马云谁更技高一筹？坊间有很多议论，从纯商业角度上讲，大概支持杨致远的要多一点。他们从杨致远获得阿里巴巴40%股份一事，算了一笔账，杨致远拿出的10亿美元相对于他的收益简直是毛毛雨。后来，在支付宝股权转移出现纷争时，雅虎的一位高管曾经说，要想回购雅虎在阿里巴巴的股权起码要200亿美元。
马云获得了一个通向全球化大公司的一块跳板，他的B2B、B2C、C2C电子商务平台整合的理想有了实现的可能。但他付出的代价是巨大的，起码，这成了他最艰难的一年。而且，正如他所言，其影响可能在5年或者10年后才能看到。