钟离是元英一生抹不去的阴影，也是北魏对南朝作战以来从未有过的耻辱，河北精锐，损失大半。梁武帝在建康城大赏群臣，北魏朝中则哀声一片。元英用兵失算，萧宝夤支援不力，死罪赦免，活罪难饶，被双双免官为民；只有杨大眼稍稍幸运，贬到偏远的营州（治所在和龙，今辽宁朝阳），充当兵卒。
元英在家只待了一年，宣武帝元恪就恢复了他的封邑，还了他的官位，代理征东将军之职。这是因为京兆王元愉造反，宣武帝环顾朝野，发现他才是负责讨逆最适合的人选。
宣武帝一朝，困扰最多的是宗室问题。宣武帝靠着兄长的意外被废，才得以坐上皇帝的宝座，他对于与自己同姓的宗室，潜意识里保持着警戒的态度。叔叔元禧的无故造反，对于他的心理打击是巨大的。元禧死后，他把政事更多地交给了高肇来处理。
论血缘和感情，宣武帝与高肇之间的确亲。高肇的妹妹是宣武帝的亲生母亲，他的侄女，则是宣武帝后宫宠爱的贵嫔。不久后，高肇又娶了宣武帝的姑姑，也就是孝文帝的妹妹高平公主。与皇帝有这三层关系相连，朝廷上下，谁敢不对国舅爷敬畏三分？
然而高肇本人，却很缺乏安全感。他在朝中时日短，根基浅，更谈不上功勋和学识，要想在政坛上生存，就得拉帮结派，培养势力。
上面的人有心结交朋党，下面的人有心攀龙附凤，这是典型的供求搭配合理的经营模式。日久天长，投靠高肇的人多了，他的胆子也跟着大起来了。对于异己，尤其是皇帝身边的亲信，散骑常侍赵修、冠军将军茹皓等人，他想方设法要置之于死地。
北魏迁都汉化，全盘搬用汉人的政治体制，文化上大有长进（比如儒学），腐化程度也大有长进。想要挑出几位没毛病的官员，还真不那么容易。高肇四处搜集赵修、茹皓的罪状，成果颇丰。他于景明四年（公元503年）和正始元年（公元504年）向宣武帝亮出手中掌握的证据，将两位不可一世的人物给扳倒。
赵修仗势骄恣，茹皓弄权纳贿，朝野共愤，死得并不冤枉。可告他们的高肇又何尝是什么好东西。为了保证弄死“眼中钉”茹皓，他不惜诬告，说茹皓伙同其他几名皇帝亲信，密谋拥立北海王元详作乱。
把皇叔元详牵扯进来，是高肇扫除异己行动的一部分。六辅失权时，只有元详不降反升，位在高肇之上，又与茹皓等人往来密切，高肇嫉恨已久。这一着，是高肇的杀手锏。
高肇的证据并不充分（本来就是，元详虽和元禧一样，是个贪横无耻的亲王，欺男霸女的事干了不少，但并没有想过自己当皇帝。无中生有，实在有点难为我们的高国舅了），但在宣武帝面前正好对路——叔叔兄弟抢皇位，是他最怕的事。他召中尉崔亮入内朝，弹劾元详“贪淫奢纵”，又以“怙权贪横”的罪名，赐死茹皓等人。
至于元详，宣武帝不想杀他，名义上下诏免他死罪，废为庶民，暗地里把他软禁了起来。半个多月后，他的家奴想救他外逃，事情败露，他终究被秘密杀害了（很可能也有高肇的授意）。
黑吃黑的结果，高肇连胜两局。他的气焰愈加嚣张，将魔爪伸向了后宫，支持侄女高贵嫔抢班夺权。正始四年（公元507年），皇后于氏莫名其妙地去世，人们传说是高氏下的毒手。
于氏生有一个皇子，名叫元昌，当时是宣武帝唯一的儿子，才三岁，高肇和高贵嫔当然不能放过这个将来可能登上太子之位的小孩。乘着元昌突患急病，高肇私下贿赂侍御师王显，让他有意延误治疗措施，不出几天，元昌就夭折了。
宣武帝痛失爱子，却怀疑不到是高肇做的手脚，宫内外的零星传言早被高肇的人严密封锁。正始五年（公元508年）七月，贵嫔高氏被册封为皇后，高家的权势更大了。（高肇专权施政，改动了许多过去有效的制度，以至怨声载道，人心愤怒。立高后之前，素来不问政事的彭城王元勰都出面反对，宣武帝执意不听，可见这时的高肇已经可以为所欲为了）
仅过了一个月，京兆王元愉声称得到密报，高肇弑杀了皇帝（“高肇弑逆”），并以此为名，在信都（今河北冀县）城南登坛即位，改元建平，起兵造反。
元愉是宣武帝的异母弟弟，他既讨厌高肇，又讨论兄长宣武帝。孝文帝在位时，他做徐州刺史，爱上了一个姓李的女人，纳她为妾。宣武帝即位后，为他娶了于皇后的妹妹为王妃，他不喜欢，心中独爱李氏（对于感情的专一在亲王之中倒是难得），两兄弟因为这事闹得很僵。有人告元愉贪赃，宣武帝把他召入内宫，杖击五十，外放他到冀州做刺史。
元愉越想越不平，宣武帝对另外两个弟弟、清河王元怿和广平王元怀非常好，却对自己这么糟；而且可恶的高肇也总在宣武帝身边说自己的坏话。他一赌气，便杀了冀州的长史和司马，扯起大旗自称皇帝。
元愉贵为亲王，兵力和号召力却很弱。宣武帝以尚书李平为都督行冀州事，前往讨伐，又重新把元英搬出山，以为后继。然而，根本用不着元英动身，元愉已经被李平以及驻扎在北面定州（治所在中山）的安乐王元诠打得丢了信都，出逃被擒。
宣武帝派人把他带到洛阳，打算当面训斥。高肇深恐夜长梦多，买通了押解的人，在走到野王（今河南沁阳）时将元愉给做了。（元愉次子元宝炬日后被宇文泰立为西魏皇帝，造反不成的元愉，在死后二十七年，阴差阳错地被儿子追尊为文景皇帝）
高肇的黑名单上还有一人——反对立高后的元勰。他知道元愉在徐州时与彭城王元勰关系不错，而元勰推荐的长乐太守（长乐郡的治所也在信都）潘僧固，被元愉胁迫参与了谋反。他便找元勰手下的郎中令魏偃、前防阁高祖珍，以官位做诱饵，一同诬陷元勰里通元愉，借此报复元勰。
这状告得离谱，元勰远离权力中心已有多年，挂的都是虚职，终日里以写文撰记度日，没有任何动机造侄子的反；对于元愉等亲王暴虐不法，他更是十分鄙视，怎么可能去淌这趟浑水？
宣武帝对叔叔一向敬重，竟然相信了高肇与两名证人的一面之词，设下酒席，召元勰等亲王入宫赴宴。
元勰尚且蒙在鼓里，他的王妃李氏（就是李冲的女儿）刚生了孩子，因此并不愿进宫。宣武帝一次次派使臣召他，他才与李妃诀别，上了牛车进宫。
牛通灵性，似乎预感到宫内的气氛不对，在东掖门内（洛阳城的东南小门）的桥头止步不前，怎么打也不走。宫内又派人来催，随从无奈，挽着元勰才进了殿。
宴席散去，亲王们各自去侧殿休息。元勰刚准备入睡，一名皇帝护卫领着武士从门外进来，手中端着一杯御赐毒酒。
元勰不信皇帝会要杀他，申辩说：“我没有罪，请让我面见至尊（即宣武帝），虽死无恨！”
护卫答道：“至尊怎么可以再见呢！”（言下之意，宴席上已经见了皇帝陛下，现在赐你毒酒，就是要你死）
“至尊圣明，不可能无事杀我，是谁诬告我，我愿与他当面对质！”
旁边的武士得了高肇的好处，不耐烦地手举刀环，朝他打去。元勰大声喊道：“冤枉哪，皇天！我乃忠臣，却遭杀害！”
武士又用刀环狠命击打，连推带按地逼元勰喝下了毒酒，怕他不死，上前又补一刀。次日清晨，元勰的尸体由被褥裹着，送到彭城王府。按照官方的说法通报家人：彭城王酒醉而薨。
痛失丈夫的李妃嚎啕大哭，骂道：“高肇枉理杀人，老天有灵，必叫你不得好死！”元勰的死讯传开，皇亲贵族为之哀叹，平民百姓为之流涕。洛阳城内的和尚悲痛得一天不进米食，喝水充作斋饭。（宣武帝和高肇大概都不会想到，元勰的人望有这么高，若真有心谋反，恐怕这对君臣早就死无葬身之地了。真是讽刺之极）
元勰死时年仅三十六岁，谥号武宣王（与元恪的谥号一样，只不过次序颠倒。从感觉上说，武宣还略强于宣武）。他的第三个儿子元子攸后来做了皇帝，追谥他为文穆皇帝。谥法上说：“保大定功曰武；善问周达曰宣；经纬天地曰文；布德执义曰穆。”这四个字，元勰都受得起。可惜，他居然死于小人之手。