色情狂祸乱京都
后醍醐天皇死后，南朝更是风雨飘摇，人才凋零。而北朝却谋士如云，猛将如雨，欣欣向荣，两者形成了鲜明的对照。
足利尊氏此时志得意满，老冤家新田义贞、楠木正成全挂了，他认为大敌已除，南朝是苟延残喘，秋后蚂蚱蹦不了几天了。他所拥立的光明天皇，为了讨他欢心，正式任命他为征夷大将军。足利尊氏在京都的室町建立了宅邸，正式建立幕府，后人称足利家的幕府为室町幕府。
室町幕府跟之前的镰仓幕府和之后的江户幕府都不一样，特点是实行两头政治。室町幕府的首领是足利尊氏，但是他手下有两个权势熏天的人物，分掌幕府的两大权力。
一个是他的弟弟足利直义。直义从起兵反抗镰仓幕府，到建立室町幕府，对足利尊氏的作用非常大。直义作为将军的弟弟和建立幕府最大的勋臣，掌握了幕府的行政、司法事务，武士们都把足利尊氏和足利直义并称为两将军。
执事高师直，是足利尊氏手下另一个权力很大的人物。执事相当于将军家的总管。高师直军事才能出色，在南北朝对峙时代，东征西讨，南剿北战，为足利尊氏立下赫赫战功。足利直义和高师直一文一武，共同辅佐足利尊氏。
创业之初，足利直义和高师直俩人还能齐心协力。但是一山不容二虎，特别是高师直，为人非常跋扈，除了对足利尊氏还有三分顾忌，不敢公开违抗，其他人谁都不放在眼里。
高师直极其好色，是个色情狂，不管谁家的姑娘，他都敢抢过来睡，皇室公主、摄政家的千金，都替他生了儿子。他最喜欢的一个儿子就是关白二条的妹子给他生的。甚至当时日本京都坊间都有这样的传言：“师直要到宫里去转个圈儿，如果不发生抢夺皇妃、宫女之事，神都不会相信。”皇室尚且不能幸免，公卿大臣、黎民百姓更是不在话下。
京都被高师直搅得天翻地覆，鸡犬不宁，搞得京都上上下下人心思旧。苦苦在吉野强撑的南朝，觉得有机可乘，开始联络旧部，准备光复京都。
高师直一看自己露脸的机会到了，就领兵去攻打南朝。
楠木正行战死沙场
此时的南朝，君臣都很年轻。后村上天皇这时才20岁，手下的第一大将佐命元勋楠木正行也才二十出头。楠木正行急于为父报仇，讨平国贼，虽然忠勇不逊于乃父，可是智谋比老爸差远了。面对高师直的讨伐大军，楠木正行决心拼死一战。
楠木正行率军出征，临走之前向天皇辞行，天皇拉着楠木正行的手依依不舍，对楠木正行一再叮嘱：“现在贼军悉数而来，正是生死存亡之秋。但是兵家进退，应该便宜行事，朕以汝为股肱，汝其自爱。”意思是说，我以你为股肱之臣，你千万不要跟敌人玩儿命。你要死了，朕可就没咒念了。后村上天皇很担心正行去跟敌人拼命，担心他回不来。
正行一见高师直，果然抱定必死决心，不顾后队，率领先锋三百多人以万夫不当之勇，直朝高师直阵中杀来。楠木正行武艺超群，身先士卒，麾下三百多人，红着眼睛，抡着刀，个个不要命，杀得高师直军中大乱。
眼看形势危急，高师直的部将冒充主帅，杀入楠木军中，被正行一刀砍死，割下首级。然后正行把首级往空中扔，扔完之后拿手接住，就跟玩儿球似的。后来有人告诉他，这不是高师直，楠木正行才扔掉头颅继续往前冲杀。
可惜，敌军箭如飞蝗，把楠木正行射成了大刺猬。他虽然身中乱箭，但是仍然使出全身力气厮杀，直到力竭扑倒在地，大喊：“事毕已，不为贼所获。”然后，和弟弟楠木正时仿效父叔，相对刺死。
高师直获胜，得意扬扬地进攻吉野，一路之上，烧杀抢掠，甚至把圣德太子庙都烧了。南朝天皇居住的宫殿更不在话下，也被一把火烧了个干干净净，吉野顷刻间变成了荒野。后村上天皇不知所踪，不知道逃到哪个旮旯去了。
高师直兴高采烈地班师回朝，经此大胜，骄矜之气更是溢于言表。他总是看足利直义不顺眼，觉得直义是靠着哥哥足利尊氏吃闲饭，却位在自己之上，心里很不舒服。
主公怕家奴，天皇爱食言
足利直义为人还是比较刚正的。他手下有一员大将，曾经冒犯上皇车队，就被他处斩了。
有一次，高师直的一帮亲戚去打猎，也遇到了天皇和上皇。这帮人不管三七二十一，不但动手打人，惊了圣驾，还抢夺山寺里面的宝物。事后，由于高师直的袒护，这些人只判了充军。充军的时候，有三百随行陪护，骑着骏马，沿途吃喝玩乐，比旅游观光还开心。
直义对高师直的跋扈实在看不过眼了，要求足利尊氏把高师直的执事职位罢免。高师直被免了执事之后，恼羞成怒，率领心腹部将来杀直义。直义在幕府里是管文官的，自然不是高师直的对手，只好逃到老哥家里，高师直居然把主公足利尊氏的府邸包围了。
足利尊氏出来说和，要求两边罢手，高师直竟然死活不肯，最后惹得足利尊氏勃然大怒：“我堂堂一个当主人的，向家奴低头，已经为天下人耻笑。我低三下四来求你，你竟然还不同意，干脆我们哥俩自杀得了。”
高师直这才勉强答应。事后，高师直不但没有受到任何惩罚，相反还恢复了执事职位，足利直义的职位却被罢免，朋友也被充军。
足利直义万般无奈之下逃出京都，一怒之下投奔了南朝。南朝本来已经气息奄奄，在这种情况下又死而复生，到后来连足利尊氏也归降了南朝。
南朝势力弱小，能跟北朝并立七十多年，就在于室町幕府内部的矛盾十分尖锐，幕府只不过是一个守护大名联合体。跟随足利尊氏的守护大名，以前在镰仓幕府时代都是地方一霸，如果还是镰仓幕府统治，他们跟足利尊氏是平起平坐的。足利尊氏对他们的控制，并没有源赖朝对御家人的控制那么强，更比不上后来德川幕府对地方大名的控制。室町幕府底下的守护大名经常造幕府的反，连幕府建立者足利尊氏都差点儿被手下的执事逼疯。
直义、尊氏兄弟俩先后投奔了南朝，后来因为跟后村上天皇闹翻了，又重建北朝。
如此反反复复，一直到足利家传到第三代足利义满时，南北朝才完成了统一。南朝的后龟山天皇把三件神器交出，承认北朝的后小松天皇为日本唯一的天皇。北朝表面上答应了恢复两统交替为帝，也就是后小松天皇退位之后，要传给后龟山天皇的后人。
但是等后龟山天皇真正交出三件神器之后，北朝就食言了，后龟山变成一个一无所有的乡巴佬。后小松天皇不履行诺言，谁也拿他没辙，更何况后小松天皇也是使唤丫头拿钥匙，当家不管事儿，真正的权力都在幕府的手里。
南北朝合一，其实就是北朝吞并了南朝，但是南朝天皇的后裔们一直认为自己才是正统。一直到二战胜利之后，有一个日本的老百姓还说自己是南朝天皇的后裔，要求占领日本的美国驻日盟军总司令麦克阿瑟废掉昭和天皇，立他为帝，他自称熊野天皇，据说还得到了不少人的拥护，给了当时的日本天皇家一个不小的难堪。