抓阄选将军
足利义满死后，室町幕府就开始走下坡路了，后面的将军是黄鼠狼下耗子——一窝不如一窝。
室町幕府到足利义满时，统治制度已经非常僵化。幕府之中，将军之下设有管领，协助将军管理政务，相当于幕府的最高行政长官。管领的职务由细川氏、斯波氏、畠山氏三个家族担任。管领之下设有侍所、政所等机构，负责不同的政务，跟镰仓幕府相似。其中侍所掌管京都的军事和行政权，权力仅次于管领。侍所的长官叫所司，由赤松氏、一色氏、京极氏、山名氏四家轮流担任。所以，这七个家族被称为“三管四执”，是足利氏将军之下地位最高的七个家族。
地方上，幕府在各国设守护，委以管理该国的责任，有些守护同时在幕府中兼任职务。守护不在地方的时候，在领国内设立守护代，帮助守护管理领地。守护和守护代都是世袭的。守护不一定只拥有一国，像三管四执这七大家族，有的领国可以达到八国之多。
室町幕府的这套制度，在建立之初就存在运转不灵的问题。关键就是将军想集权，底下的强力大名想分权。足利义满死后，到了第四代将军足利义持的时候，已经对政务不太关心了，浑浑噩噩地过了将近三十年的日子，等到他临终时，手下人问他：“您百年之后，谁做接班人呢？”没想到义持听完，先是摇头不语，最后才说：“就是我说了，你们也不会听我的，干脆你们抓阄吧，爱谁谁。”
足利义持死后，管领们真的开始抓阄，结果是让义持的弟弟义教接替将军之位。义教已经在十五岁的时候出家做了和尚，还当过大僧正，此时还了俗，身为征夷大将军，掌握幕府大权。
义教一当大将军，将军家就有人不服了，凭什么和尚还俗还能当将军？于是就发动了叛乱，好不容易才平定了。
将军被砍成了两截儿
义教虽然是和尚出身，但是脾气暴躁，一点儿佛家的修为都没有。
当了将军之后，义教对手下不但颐指气使，而且随便杀人，甚至诛人一族。在日本古代，因为佛教信仰的缘故，大多茹素戒杀，比如天皇家的公卿，几百年来没有人被判死刑。现在一个杀人魔王当将军，谁都怕见到他。
义教的残忍嗜杀，终于给自己招来杀身之祸。有一个叫赤松满佑的武将，出身名门望族，祖先在帮助后醍醐天皇倒幕的过程中立下了赫赫战功，也是拥有好几国的守护大名。赤松满佑的闺女被将军选为侍女，可是因过失被义教下令处死了。
满佑知道将军就是一个浑蛋，女儿被杀，虽然心中不满，但还是强忍了下来，从此更是小心翼翼，害怕将军会把自己也弄死。但人在家中坐，祸从天上来，越怕事儿，越容易来事儿。赤松满佑有一个侄子，被将军选为侍从，很受将军宠幸。将军喜欢满佑的侄子，就想让满佑把领国分一部分给侄子。
满佑忍无可忍，将自己的儿子、外甥召集起来说：“我们家累世功勋，辅佐将军，而将军一再羞辱我，这我都能忍，就连杀我女儿，我都忍了。现在他要夺我领地，我要再忍，还是人吗？我要把将军杀了！你们同意不同意？”家长召集属下去砍人，底下这帮人谁敢说不同意啊？大家一致同意杀了将军。
于是，满佑假装置酒邀请将军。义教傻乎乎地来赴宴，刚一坐下就听满佑家的人喊：“马跑了，赶紧关门去逮马。”门一关，一帮杀气腾腾的大汉拎着刀就奔将军砍过来了，将军直接被砍成了两截儿。
日本人认为武士没有在战场上被敌人割去头颅，就是犬死，像狗一样死得毫无价值。前面讲过的新田义贞，他不是在战场上跟人厮杀时被对手砍死的，而是不知道被谁放了一箭射死的，也被称为犬死。现在堂堂的幕府将军竟然犬死，幕府的声望一落千丈。
生出儿子就反悔
将军被杀之后，各地大名袖手旁观，幕府也无力发兵惩罚赤松氏。赤松满佑杀了将军之后两个月，才被跟他有过节的山名氏率军讨伐。第七代将军义胜、八代将军义政继位的时候都不到十岁，更无力控制大名。
八代将军义政，简直是一个文人，热爱文化艺术，根本不像个武士。二十九岁的时候，他想退位去过优哉游哉的舒适生活，可惜膝下一直无子，没有人能够继承将军一职。怎么办呢？他去游说已经出家的弟弟义视还俗，当足利家家督。家督是武家的一族之长，对于家族的财产、家臣，都有管理权。义视担任足利家督，意味着一旦八代将军义政退位，义视就会成为下一任将军。
为了游说自己的弟弟还俗，义政向义视保证：即便我日后生了儿子，也会让儿子出家，不会威胁你的地位，你赶紧回来接任将军。义政还指定三管领之一的细川氏做监督人，保证义视的继承权。细川一族掌握八国领地，势力庞大，让细川氏当监督人等于给义视找了一个强力靠山。义视经不住哥哥的一番诱惑，还俗做了足利氏的家督，准备将来接哥哥的班。
没想到人算不如天算，义视还俗不到一年，一直生不出儿子的将军夫人日野富子居然生了个儿子，就是后来的足利义尚。义政亲儿子一出生，就后悔当初对弟弟的承诺了，兄弟俩之间开始有了嫌隙。
义政一向对政事兴趣不大，倒还能忍，可是他媳妇日野富子忍不了。日野家在将军家的势力根深蒂固，相当于藤原氏在天皇家的地位。足利义满时，当天皇准母的就是日野氏，义政的母亲和妻子也都是日野氏，义政就是在日野家长大的。义政把家督让给义视，日野家本来就不乐意，但是没办法，谁让自家闺女不争气，生不出孩子来呢？现在日野家的闺女生出了儿子，岂能把这个位子让给旁人？
日野富子联络另一个有实力的大名——占有八国之地的山名家，要剥夺义视的继承权。当时另外两个重要的家族斯波家和畠山家，也因为继承权的问题，分别跟细川家和山名家结盟。
将军家分裂了，以义视和日野富子为首形成了两派，水火不容，迟早要刀兵相见。
应仁之乱打七年
后土御门天皇应仁元年（1467年）1月18日，大战终于爆发，地点是御灵神社。
当时的将军义政在山名家的压力下解除了畠山氏当主的管领之职和家督之位，另立家督。畠山氏老家督被罢免，又被要求交出畠山氏的家宅，一气之下，放火烧了自家宅院，并且在御灵神社附近的森林之中布阵。新家督在山名家的支援下攻击老家督，打了一天，老家督打不过新家督，只好败走。
山名家支持的一方获胜，得意扬扬引兵回国。细川家不动声色，在四个月之后突然发动攻击，占领了幕府将军的宅邸——花之御所，把天皇家和将军家纳入自家的势力范围之中，然后开始攻击山名家。
细川家由于把天皇和将军都控制在自己手里，取得了所谓的大义名分，在政治上和军事上取得了双重胜利，山名家失去了在幕府中的所有官职。但是，山名家很快就得到了西国大名的支持，双方在京都展开大规模混战。
混战从应仁元年开始，一直打了七年之久。当时细川一方的兵力号称十六万，山名一方的兵力号称十一万，根据双方布阵的位置，细川一方被称为东军，山名一方被称为西军。
东西两军数十万人涌入京都，造成的破坏难以想象。不到一个月，基本上这座千年古都就化为灰烬。双方大打出手的时间长达两年，然后战事陷入胶着，谁也没有办法取得决定性的胜利，只好坚守各自的阵地，平时依靠足轻相互攻击。足轻并不是武士，由于战事旷日持久——在日本历史上很少有这么大规模、没完没了的战斗，源平合战也不是天天打——以至双方兵源匮乏，很多足轻都是招募来的浪人或者失业的农民。对他们而言打仗效忠谁是次要的，借机抢掠才是主要的。
而参战的大名，也因为战事旷日持久，顾不上抓生产，经常发不出粮饷，除了跟将军夫人日野富子借高利贷之外，只能纵兵抢掠。每次占领一处对方阵营的地盘，为了打击对方，就抢掠一空，然后纵火将一切建筑烧为白地。
双方打仗一直打了七年之久，东西两军都伤亡惨重，又看不到战事结束的可能，于是都有了谈和之意。但是内部又有主战派反对，甚至威胁主帅不得谈和。一直到了文明五年（1473年），东西两军的头领在一个月内相继病死，经过将军夫人日野富子的调停，双方宣布罢战。这就是日本历史上著名的“应仁之乱。”
将军已经有名无实
应仁之乱的直接后果就是导致日本历史进入混乱的战国时代。
此前各国的守护大名都是由幕府指派的，但是由于幕府大权旁落，各国守护具备了独立的能力。应仁之乱一爆发，有实力的守护大名纷纷脱离幕府的掌控。另外，由于很多大名忙于战事，无暇管理领国内的事务，甚至有些大名因为战败失利，被领国内有实力的人取代，最常见的就是守护代或者大名的家臣取代守护大名。比如担任斯波氏守护代的越前国朝仓氏，在应仁之乱之后就取代了主君，成为越前国的守护。战国时代朝仓氏大放异彩，让织田信长吃了不少苦头。
朝仓氏的叛主行为，给各国守护的家臣起了一个榜样作用，榜样的力量是无穷的。谁胳膊粗、拳头大，谁就能当大名，所以背叛主君的行为一时间此起彼伏。很多有实力的家臣，都走上了这条下克上的道路，甚至有连家臣都不是的国人，居住在当地的野武士，具备一定实力之后都趁机作乱，以武力取代守护的位置。
在日本的战国时代，轰轰烈烈的毛利氏、伊达氏、长宗我部氏，本来都是当地的国人，驱逐了守护大名后自己做了大名。也有守护大名保住了家业，到了战国时代仍然有声有色的，比如甲斐的武田氏、萨摩的岛津氏、骏河的今川氏，都是幕府原来任命的守护大名。甚至还有伊豆的北条氏、美浓的斋藤氏，都不知道出身是干吗的，却也成了大名。
这些战国大名，跟幕府时期的守护大名完全不同。守护大名必须由幕府指派，跟幕府有从属关系，也可以到中央任职。战国大名靠实力取胜，地盘是自己打下来的，独立管理领国内的一切事务。
室町幕府在应仁之乱之后，根本就无力掌管各地的大名，将军已经有名无实，有时候甚至要投靠有力大名才能生存。
将军足利义政在开战后不久，发出对西军的讨伐令，等于是投靠了东军。战事稍歇之后，义政就把位子让给了自己的儿子义尚，去过他的太平生活，战后又接着过优哉游哉的文人生活。
义尚接了亲爹的位子当了将军之后，就不把老爹放在眼里了。他不像老爹那么窝囊，跟母亲一样聪明能干，但是对老爹的醇酒美人的爱好是全盘继承。他甚至把手伸到老爹房内，跟老爹的侍妾私通。这种事在历史上也是屡见不鲜的，跟父皇的后妃私通的人很多。神奇的是，义政一看儿子偷自己的人，他也把手伸到儿子的卧室里，父子俩相互偷人。这种事在历史上就很罕见了。
虽然战乱中日野家族利用权势取得了庞大的财富，在战后依然牢牢控制着将军家，九代将军义尚、十代将军义直、十一代将军义成，都在日野家掌控之下，但是这个时候的将军家已经无力掌控天下，日本进入战国时代，从此天下大乱！