经过这次改革，强化了中央集权的封建国家机器，基本上实现了“法之必行”、“言之必效”，使明政府的财政收入有了显著的增加，社会经济有所恢复和发展，国库积银达六七百万两之多，储备的粮食多达1300多万石，足够支用十年。比起嘉靖年间国库存粮不够一年用的情况，是一个很大的进步。使十分腐败的明朝政治有了转机。
但是改革不免触动了相当数量的官僚、缙绅和既得利益者的利益，因此很自然地遭遇到了保守派的强烈对抗。再者，历史积弊太深、太顽，已是积重难返。万历十年(1582年)，张居正积劳成疾，迅即病死，反对派立即群起攻讦。疯狂地进行反攻倒算。他们攻击张居正改革“务为烦碎”，清丈土地是“增税害民”，实行“一条鞭法”是乱了“祖制”。他们下令撤销了张居正死时特加的官爵和封号，进而查抄家产。
张居正的长子张敬修被逼自杀，其他家属也惨遭迫害。张居正的改革措施，当然也遭到破坏，刚刚有一点转机的明朝政治又走了下坡路。