孔子在一生的教学实践活动中，积累了一套极有价值的教学方法。
一是主张“学”和“思”结合起来，提出了“学而不思则罔，思而不学则殆”的精辟见解。他提倡“好学”和“学而不厌”，向人学，向事学，向书本学。要“学而时习之”，“温故而知新”。认为“三人行必有我师焉”，要“不耻下问”。还认为一个人不好好学习，只是苦思空想，不会有什么好处。他曾说：“吾尝终日不食，终夜不寝，以思，无益，不如学也。”但是只学习而不进行分析思考，就难以理解消化，也会陷入茫然失措、无所适从的地步。孔子特别提倡独立思考，切问近思，追根求源，遇到事情要多问几个为什么。他说：“遇事不问几个‘如之何，如之何’的人，我对这种人就无可奈何了！”他批评那种“饱食终日，无所用心”的思想懒汉，而教导学生要“多闻阙疑”，敢于发现问题，以便培养思考能力。
二是因材施教，循循善诱。孔子善于从学生的实际情况出发，针对智力的高下差异而“因材施教”。他说：“中人以上，可以语上也；中人以下，不可以语上也。”也就是说，对于中等以上智力水平的人，可以跟他讲高深的学问；而对中等以下智力水平的人，则不可以跟他讲高深的内容。根据学生材质的不同而分别教授不同的内容。他常常对同一个问题因对象不同而回答有所不同。冉求胆子小，遇事容易退缩不前，孔子就教他凡事要抓紧，一听说就应马上去做；仲由敢作敢为，孔子怕他冒失而惹祸，便教他凡事先退一步，在请示父兄的意见后再去做。孔子还善于了解学生们不同的习性和兴趣，循循善诱。他认为一个人不仅应该知道学习的重要性，而且要乐于学习，“知之者不如好之者，好之者不如乐之者”。只有培养起学习兴趣，才能树立学习的自觉性，从而产生学习的热情，以至学而不厌。
孔子常常通过日常生活中一些生动的事例，采用哲理性的比喻来教导学生。如用“逝者如斯夫”比喻时间一去不复返，意在勉励弟子们珍惜时间；用“岁寒，然后知松柏之后凋”喻指节操，教导学生要有忍苦耐劳、不屈不挠的精神。这样的教学方式受到了弟子们的欢迎，收到了极佳的教学效果。颜回就曾感叹说：“夫子循循然善诱人。”
三是善于运用启发式教学法，注意培养学生的求知欲和学习主动性。他主张：“不愤不启，不悱不发，举一隅不以三隅反，则不复也”。就是说教育学生时要培养学生在学习上的积极性和主动性，在教学同时诱导学生主动思考，思考后仍不得要领时，再去开导他。其次是要在他想说出自己意见又说不出来时，再去启发他说出来。另外，一定要使学生能举一反三，触类旁通；如果给他指明东方，他不能由此推知其余的西、南、北三方，那就不必再勉强地教下去了。
四是提倡师生之间共同讨论，以收到教学相长的效果。《论语》中记载了不少师生之间互相讨论的问答情况。他让学生说说自己的志趣，并谈了自己的志趣，然后将各自的志趣进行点评，可说是一种正面教育的最好方法。孔子还真心欢迎学生对他提意见。他的得意门生子路就常常向他提出批评性的意见。有一次，鲁国的季氏家臣公山弗扰派人请孔子，孔子准备去，子路很不客气地批评说：“难道您已经走投无路了吗？何必要到闹叛乱的公山弗扰那里去呢？”孔子虽作了解释，但还是接受了子路的意见没有去。还有一次，晋国范氏家臣佛肸邀请孔子，孔子也想去，子路又提出批评说：“我曾听老师说过，君子是不到做坏事的人那里去的。现在佛肸在中牟地方叛乱，老师却要去，这怎么说呢？”孔子只得老实承认急于出仕食禄的心情，但结果还是接受了子路的批评，打消了去意。颜回是孔子最赞赏的弟子，但颜回对孔子的话句句顺从，从来不提意见。因此，孔子责怪说颜回从来不向他提出不同的意见，这就不能使师生之间收到教学相长的益处。
孔子还创造了通过人物评价和时政评论，向学生阐发自己的政治观点和哲学思想的教学方法。孔子点评过很多人物，上自尧、舜、禹、汤、文、武、周公、伯夷、叔齐，下至春秋时期的管仲、子产等各类名人，连自己的弟子，他都曾加以评价。对管仲、子产，孔子以“仁”许之；伯夷、叔齐在继承君位上互相推让，孔子称其“求仁而得仁”。孔子好恶分明，对于那些不贤不肖的人则加以抨击。鲁国的大夫臧文仲明知柳下惠是贤良之士，却不肯任用，孔子批评他白占官位，不干实事。季康子压迫剥削人民，人民迫于生计，为盗者甚多。季康子问孔子怎么办，孔子就说：“假使你自己不贪图财利，即使奖励偷窃，也没有人去偷窃！”孔子通过对人的评价，教育学生辨别是非善恶，为弟子们修身养性树立了理想人格的典范。他密切注视和关心时事，随时表明自己的态度，宣传自己的主张。季氏准备攻打颛臾，冉有和子路把这件事告诉了孔子，孔子坚决反对季氏的武力侵略行动，当即正面阐明了自己的见解：“有国有家者，不患寡而患不均，不患贫而患不安。盖均无贫，和无寡，安无倾。”从这些评语中可以看出孔子的胸怀和抱负，也反映了他通过实例教育学生的理论联系实际的良好学风。