凡治法皆以正门为主，枝门旁考之。假如心痛门为正门，其下卒心痛、胎前心痛、产后心痛等枝门，皆以心痛正门治法为主，其卒痛、胎前、产后则旁考以佐之也。
凡门分上下者，其上皆《内经》之元法，其下皆后贤之续法，如穴法门上、穴法门下是也。标之上下亦然。如针灸上皆《内经》元法，针灸下皆后贤续法是也。
凡所类之方，皆先贤名方。今号其名，但号所编之人，且如王海藏所编之方有仲景方，有《千金》方，有《易简》方，并种种名方，今但号海藏之名，实不及仲景并《千金》《易简》等方也。
凡所类之方，独东垣、海藏、罗谦甫、丹溪以扶护元气为主，可纯根据元方，其余诸方多是攻邪之剂。善用之者，必详其人虚实，灼见其实者，可根据元方。若兼虚者，气虚必以四君子相兼用之，或各半作复方用之；血虚必以四物汤兼用之，或各半作复方用之，庶不夭人长命也。
凡言运气，皆谓一岁之中长幼之病多相似者，俗谓之天行时气是也。
凡所载药方，在本条者宜考本条，其有病在本条而方见别条者，详载目录，以便检阅。
又有方名而无方药者，另立补遗，以备参考。
凡伤寒药方，六经自相为用，不必另立别条。