商船公会发起于光绪三十二年。金陵、镇江招商河轮局委员朱冯寿以华民船只悬挂洋旗，借采办土货，运销洋货，因保护利便，以华冒洋。与其禁阻窒碍转多，何如设法挽回，因势利导，拟设公会，劝集各帮船户愿挂华旗者，一律给发船旗牌照，归公会保护。禀经商部奏准，并拟章程十八条，颁定旗牌格式，每年更换一次。分别大中小三等，大号收费六元，中号四元，小号二元。运货之船，另给行照通行办理。皖省于光绪三十二年十二月，据船商董事汪廷兆等禀请，援案举员开办全皖商船公会，照章举定总、协理王金寿、侯永麃二员。巡抚恩铭咨部查核，旋接部复以所拟章程核与部章及镇江现办章程大致相符，尚属可行，准其设立，并先刊图记发给，试办三月，毫无窒碍，再行奏请颁发关防。光绪三十三年五月先在芜湖设立总会，五月初八日开会，启用图记。其芜湖以上，铜陵县属之大通镇，望江县属之华阳镇，东河含山县属之运漕镇，西河宣城县属之新河庄，各设分会一处。其安庆省城及芜湖以下六合县属之大河口虽坐苏省，实为皖省。滁、来、全等处商船出江总口。两处，各设照料处一所。皖北凤、颍等属应行增设之处，俟随时参酌情形办理。九月，复据公会呈请，将安庆照料所改为分会。先于是年四月，镇江上游船会龙璋禀定章程第二章，区域分南京、芜湖、九江、汉口为四段。因各省互争界限，经部咨查有无窒碍。公会禀请分划省界，全皖航务航商来皖入会，应由皖发给旗牌。在皖运货，亦由皖发给行照，他会不得跨越。他省在皖设会，旗牌行照应一律裁撤。至商船往来皖境，无论何处旗牌行照，皆归保护，与领受本省牌照者，一律不分畛域，他省亦照此例办理。禀由藩司详请咨部。十月江督端方具奏，将长江上游船会撤去总会字样，并陈现在办法，惟有各按省界明定区域，此会商船行至彼会，一体公认保护。复经部奏，以后由各省体察情形，斟酌办理。皖省航商计分安庆、庐州、宁国、池州、太平、徽州各帮，分举航董，添设议员，以资联络。又以安庆为省会之区，应设总会办事处，附于分会，总、协理不时轮住，经理一切。光绪三十四年九月，农工商部奏准援案颁发木质关防一颗，文曰"安徽商船总公会之关防"，即经转发，钦遵知照。
附：开办商船公会奏牍公文章程
商部奏（后改农工商部）：窃前据办理金陵、镇江招商河轮局委员候选同知朱冯寿禀称，窃维各国通商，广植势力，有造端甚微而流弊甚大者，莫如借采办土货、运销洋货为名，使华民船只悬挂洋旗一事。盖洋商采办土货、运销洋货，准在就近海关请领三联运单，出入内地沿途厘卡照单放行，从无留难。又华船一经洋商雇载，厘卡胥役不敢刁难需索，无论曲直均有洋商代为力争，而华船无此便利。冯寿经办江轮、河轮两局，往来长江一带及江淮苏皖各内地，习见商船、民船悬挂洋旗者，几于无处无之。查挂旗之法，系由洋商制给洋旗一面、船牌一块、船照一张，每年每船收旗照费略分三等，大船十元，中船八元，小船六元。但就镇江至淮河一带，约计挂洋旗者，几于二千余只。该船户等以华冒洋不过因保护利便起见。冯寿管见所及，与其申请禁阻窒碍难行，何如设法挽回，因势利导？拟请创设商船公会，明定章程，劝集各帮船户，愿挂华旗者，发给船旗牌照，一律均归公会保护。谨拟办法八条，恳请核办，等情。臣等伏查，沿江沿海各省，接近通商口岸，川流交错，航业最盛，而华船冒挂洋旗者亦最多，推原其故，实由于华船行驶，则关卡留难，官差需索，遇事涉讼往往隐受亏损，不得伸理。一挂洋旗，则地方官及关卡胥吏不复过问，而该船户等往来内港时，与华船相遇，反得恃强逞凶，理法难施。每致滋生事端，洋商出而干预，酿成交涉，失我主权，莫此为甚。是以臣部于光绪二十九年九月间，具奏力行保商折内，曾请痛除此种积弊，钦奉谕旨，通饬遵照在案。现该员朱冯寿拟请设立商船公会，发给船旗牌照，俾华船与洋商同受一律保护，所陈甚为有见，亟应妥定章程，通行筹办。惟是提纲挈领，臣部实总其成。而事属创始，必须就近体察地方情形，详加审慎，庶几推行尽利，不致稍有窒碍。当经参照奏定商会章程暨该员朱冯寿所拟办法，酌定商船公会简明章程十三条，咨商南北洋大臣，去后。兹准复称，业经分别咨饬江北提督轮船招商局、江海关、镇江关，先后议复，略有增益，咨送查核，等因前来。臣等复将原定简章重加厘订，公同酌拟商船公会简明章程十八条，谨缮清单恭呈御览。如蒙俞允，即由臣部刊刻，并将船旗牌照等项式样拟定一并颁行。一面咨行沿江沿海各督抚饬属筹办，随时将办理情形咨部备核。嗣后，遇有华旗船只，各该地方官暨关卡员役再有留难需索情事，即行分别惩办，以示保护而期实效。光绪三十二年三月初二日奉旨："依议。钦此。"
光绪三十三年二月二十七日，藩司冯煦详院文称：案准监督江南芜湖新关署徽宁池太广道杨奎绶移开：光绪三十二年十二月初二日，据安徽全省船商董事候选县丞汪廷兆等，以遵章援案，另举贤员，开办全皖商船公会，恳赏移详，以保船业，而收主权，等情，具禀并检章程附呈前来。前经冯升道批：此事前经详明两院宪，应俟芜湖商会成立，公同选举航业中人开办，在案。据禀总、协理王金寿、侯承是否熟悉航务、众望素孚，以及所拟章程是否悉臻妥洽可行，候一并据情移会芜湖商会，查明体察情形，悉心妥议，据实复到核办。去后兹准芜湖商务总会移复：查所举总、协理王金寿等是否熟谙航务，众望素孚，随函询该航商董事等暨安庆绅士金瑞谷先后复称：佥谓该总、协理王金寿、侯承谙练明通，熟悉航务，平时众望素孚，洵堪胜任，等语。复核所拟章程与奉颁部章及镇江现办章程大致相仿，尚无不合，自应准如所请。且查各省公会业已次第开办，航商颇称利便。皖省居长江之中，似未便置为缓图，缘准前因，相应抄录该绅商等复函原折，据实备文移请查照核办，等因，并抄单到道，准此。查商船公会各省业已次第开办，皖省居长江之中，自应遵照部章举办船会，以期联络。今所举总理王金寿、协理侯承，既各绅商佥称该二员品性端正，熟悉航务，众望素孚，堪胜其任，相应将该商所呈原禀章程及商务总会抄送绅商等复函原折，一并抄粘备文移请，为此合移，烦查核详请，转咨核准，俾得早日开办，以兴航业而收公益，等因。计抄粘到局，准此。本局一一复查，商董汪廷兆等现请开办全皖商船公会，所举总理、协理以及议拟章程，既经芜湖关道转由商会查复，准如所请，移会转详来局，核与前案尚不相背，除移复外，合将抄粘照录清折，具文详请核咨农工商部加札委用，并予刊给关防，以昭信守，俾便开办。其未奉颁关防以前，应乞预发图记式样，饬令自行刊刻，收掌备用，暂先试办，实为公便。
光绪三十三年四月初五日，农工商部咨：查上年芜湖请设商船总会，以所举总、协理储乙然、王元辅二员，既不熟悉芜埠情形，亦与商情隔阂，未便任令充当，经由贵抚查明，咨复在案。兹准咨称，安徽全省商船董事汪廷兆等遵章另举贤员，禀请开办全皖驻芜商船总公会，并将该商等所呈原禀章程及商务总会抄送绅商等复函原折一件抄粘，据情转咨加札委用，并刊发关防，等因前来。本部查芜湖当长江上下游之冲，上溯汉口，下达申江，湖港纷歧，帆樯如织，允宜照准设立商船总会，以资联络。所拟章程核与部章及镇江现办章程亦大致相符，尚属可行。惟镇江现订改良章程，有剔除人载船一条，划清界限最为明晰，该会应即仿照办理，以符商船本义。至总理王金寿、协理侯承二员，既经芜湖商会及绅商等查明，熟悉航务，众望素孚，亦准先行试办，并准照镇江办法，饬令先刊图记，暂时应用。仍俟试办三月后，毫无窒碍，再由本部奏请颁发关防，分别札委，相应咨复查照饬遵，仍希将该董等试办情形，随时查察咨报本部可也。
光绪三十三年五月初八日全皖驻芜商船总公会为呈报事。窃照安徽全省驻芜商船总公会前据航业商董汪廷兆等公议设立，即经遵照部章参酌镇江船会成案，拟具草章规则，公举总、协理，禀蒙芜湖关道宪移由宪台详奉抚宪咨准，农工商部核准，先行试办，并饬先刊图记应用，俟试办三月后再由本部奏请颁发关防，分别委用，并奉札行，拟发全皖驻芜商船总公会之图记式样，饬即照刊应用，仍将启用开会日期、办理情形，随时呈报核转各等因。奉此，卑会遵于芜湖租赁房屋为总会办公之所，照刊图记，于五月初八日开会，图记亦于是日启用。芜湖以上，铜陵县属之大通镇，望江县属之华阳镇，东河含山县属之运漕镇，西河宣城县属之新河庄，均为航业繁盛之区，拟先各设分会一处，由航商公举总理前往试办，仍由总会自刊图记发给应用，以昭信守。安庆省城介在大通、华阳之间，中无支河汊港，毋庸另设分会。第为省会，地方船舶往来亦夥，未便乏人照料。芜湖以下，六合县属之大河口，虽坐苏省，实皖省滁、来、全等处商船出江总口，且该处在镇江以上，本在卑会原案所指地段之内，保护联络亦为卑会应尽之责。并拟于该两处各设照料处一所，亦令公举妥人前往料理。其皖北凤、颍等属，应行增设分会支会之处，容再随时参酌情形办理具报。所有开会试办及启用图记日期暨现设分会、照料处所，合先具文报明，请咨部查照，一面给示张挂，并通饬沿江沿河各府州县，随时妥为保护。
光绪三十三年六月二十九日，巡抚冯札准两江总督部堂端咨开云云：查本年四月二十一日，准咨送龙令璋请设镇江上游船会所拟章程第二章，区域下自镇江上抵湘鄂，并分南京、芜湖、九江、汉口为四段等语。本部以区域界限不甚分明，咨行转饬指实地名，等因。旋据情咨行湖广总督、江西、安徽巡抚，查照均未声复。近来试办已有两月，除南京一段无庸议外，其余各处有无窒碍，部中无从周知。惟恐航路重在交通，而界限仍应分明。相应抄录芜湖试办船会原案，咨行贵大臣查照。咨商安徽巡抚统盘筹计，明订区域，俾免争执，而定权限。其九江、汉口两段，亦应咨商湖广总督、江西巡抚，预为筹划，复部核办，是为至要，等因。到本大臣准此，为此咨烦查照，酌核办理。
光绪三十三年八月初五日，全皖驻芜商船总公会禀：伏查卑会执事者悉属皖人，受益者又皆皖商，联桑梓之情，图公共之益，则维持依附，固与龙令以湘人而办皖事者较为亲切。且闻湖广、江西三省船会刻已奉准开办，亦各以本地之人办本地之事，情谊之投，保护之专，似亦非龙令以一人而办数省之事所可比似。况龙令设会原案声明，现设长江上游航会，与镇江下游船会区域两不相涉，亦严跨越之防，洵属确有见地。假使区域不分，权限不定，龙令设会于皖赣湘鄂，皖赣湘鄂亦设会于江苏，而卑会又与湖广、江西互相设会，则搀杂淆乱，尚复成何事体？再四思维，部咨所谓航路贵在交通，界限仍应分明者，亦即卑会前议设会应各分地段，保护须公认责成之意，自应谨遵办理。如卑会办理全皖航务，将来航商来皖入会，应由卑会发给旗牌，在皖运货亦由卑会发给行照，他会不得跨越，不得干预。他省设会皖境者，无论发旗牌、发行照，应饬一律裁撤，以免一地两会，致生纠葛。商船往来皖境者，无论何处旗牌、何处行照，亦归卑会保护，与领受本会牌照者，一视同仁，不分畛域。他省亦照此例办理。似此定明界限，合力维持，不独免彼此猜忌之端，且可收互相维系之效。
两江总督端方片奏：再，前准部咨，以沿江沿海各省近接通商口岸，航业最盛，华船冒挂洋旗，每致酿成交涉，奏准咨行各省筹办商船公会，发给船旗、牌照，与洋商一律保护，等因。当有候选同知朱冯寿禀办镇江下游商船公会，业经咨部核准。嗣又据各帮船董胡学思等公禀请在金陵下关设立长江上游总会，举丁忧江苏泰兴县知县捐升道员龙璋为总理，又经奴才咨部加委，并饬取章程送部核复各在案。兹查龙璋所拟章程，该会区域界限下至镇江，上抵湘鄂岳州、宜昌等处，包举五省沿江数千里，联络节制已属为难。乃自试办以来，叠准湖广、赣、皖各督抚臣先后咨商，或因各省已设公会，区域不分，互相争执，或查明并无保护航商实事，只图肥己，包揽坑公。而最可异者，为具禀之胡学思等自称为鄂省航业总董，乃汉口各船帮并不知为何人，尤难保无捏词朦保情弊。奴才正委员饬查间复准部咨，据镇江航商杨长标等赴部禀控上游船会侵越航路，滥发旗牌，违章索费等情，行令并案核复，接据委员查明，龙璋于试办期内，将牌照派人四处揽售，索费自一元至三元不等，及该船装载货物出口，又须视载货之多寡定索费之数。现在航商交怨，群思退会等情，禀复前来。奴才查船会之设，原为保护航商，抵制洋旗起见。开办未久，彼此争竞，已难取信于人。若又揽售牌照，按货索捐，直以船会为敛费之媒，非特洋旗无从抵制，且恐愈逼愈多，实与设会宗旨大相剌谬。龙璋以丁忧人员借办船会为名，妄思包揽，以致航商怨诟，物议繁兴，亦属不知检束。惟念该员前在泰兴任内办理学堂颇为得力，尚非不堪造就之才，相应请旨将丁忧江苏泰兴县知县龙璋捐升道员之案敕部撤销，不准干预船会事务，以示薄惩。其长江上游商船公会并撤去总会字样，由各省督抚臣体察情形，斟酌办理。至镇江下游船会有无流弊，仍由奴才随时察明，咨部核办，以安航业而顺舆情，谨附片具陈。奉朱批："着照所请，该部知道。钦此。"
农工商部奏：窃臣部于上年三月间，准安徽抚臣咨称，据安徽商务总局详准芜湖关道杨奎绶移开：查沿江各省商船公会业已次第开办，皖省居长江之中，似未便置为缓图。现据船商候选县丞汪廷兆等，遵章援案公举同知衔候选知县王金寿、荫袭县丞侯承为总、协理，创办芜湖商船总公会，拟定章程八章呈核，经移会芜湖商务查明并函询航商董事、安徽绅士金瑞谷先后复称，该二员谙练明达，洵堪胜任，所拟章程与镇江船会大致相同，据情咨请札委，并刊给关防，当即咨复照准先行试办，并照镇江办法饬令先刊图记应用。嗣因各省船会互争区域，往复咨商，准开缺安徽抚臣冯煦咨称：该船会试办年余，该总、协理尚无贻误，现届一年期满遵章告退，由安徽劝业道童祥熊转饬该航董及各分会，照章另举。于六月二十八日传知众商齐集会所，投票续举，仍系王金寿、侯承得占多数，自应遵章留办，以资熟手而洽商情，咨请鉴核施行，等语。臣等复查安徽为长江之中枢，芜湖为航业之总汇，上溯武汉，下达沪宁，舳舻衔接，商货交通。前因江苏、江西两省请办船会，均经奏准在案。兹芜湖船商汪廷兆等拟办安徽商船总会先后两届，佥举王金寿、侯承为总、协理，且试办一年，尚无窒碍，拟由臣部查照历办成案，分别札委，以专责成，并刊给木质关防一颗，文曰"安徽商船总公会之关防"，俾资信守，借以仰副朝廷振兴航业之至意。奉旨："依议。钦此。"
农工商部咨：前据江西商船总公会呈送草章第一条内称：江西毗连六省，四通八达，往往游勇匪类恃强搭载，船户不敢与抗，致滋事端，本会遇有此等事，就近知照水师炮船料理，等语。当经咨行江西巡抚，先行咨明长江水师提督，通饬各炮船知照，并商定办法，订入章程，去后兹据江西商船总公会申称：准农工矿局移开：奉抚宪札前准部咨，当咨长江水师提督军门程转行咨会湖口总镇杨查照办理。五月初七日准湖口总镇杨咨开：敝镇检查长江水师条章所有关涉保护商船事件，酌量简叙三条备文咨明，查核转饬订入章程，望切施行，等因。行局移送粘抄办法到部。查同治四年，前两江总督曾国藩会议长江水师事宜第二十二条，疏防处分及以后续订事宜，于驱逐游匪、严防劫盗、稽查渔船窝藏出没各节，所以保护商船者备至。特恐相沿既久，视为故常。此次明定简章，订入商船公会章程之内，并由水师提督通饬沿江炮船遵照在案，自系为申明定例，以便接洽起见，相应咨行查照计单，等因。
一、长江水师分防设汛原为保安，商旅商民各船，如遇有外来游勇匪类恃强搭载，船户不敢与抗，应即驰汛喊禀，汛官一有见闻，立即驰往究诘，如查系游勇，驱逐出境；查系匪类，送县究办。
一、长江沿途均有汛船驻防，往来各船停泊，必须近汛船左右，辰开酉泊，不得贪风夜行，随意停泊孤洲野岸，各汛虽有飞划梭巡，究恐顾此失彼，保护难周，致有疏失。
一、江面遇有各项船只遭风遇浅，汛船如能开行，即当驶救人命，不准民划、渔划抢夺货物。如船户雇划捞救货物，除漂失外，划船倘有瞒骗，禀明汛官，立为追究，交失主具结领收。