德宗光绪二十六年，冬十二月，帝在行在，下诏变法。时经大创后，太后已恍然于国家致弱之原因，知此后行政之方针不能不从事于改革，以图补救，乃以决行新政之论旨布告中外。当日西人闻之，谓此实以巨额之代价而增一层之识见。然命下后，内外诸臣，其泄沓如故，于饬行改建各事，仍无实力奉行者。皆以为太后此举不过聊以遮掩外人之耳目而已，非出自诚心也。 谕禁仇视外国官民，并严禁各省匪徒籍仇教为名纠众立会。 加惩肇祸诸臣。先是，惩办祸首之电旨至京，各使大哗，拟备爱的美敦照会[1]，立将决裂。奕劻等亟电以闻，始命将载漪、载澜均发往新疆，永远监禁，载勋赐自尽，毓贤正法，英年、赵舒翘斩监候，董福祥革职，刚毅追夺原官，徐桐、李秉衡革职，撤销恤典。 开复已故兵部尚书徐用仪、户部尚书立册、吏部左侍郎左景澄、内阁学士联元、太常寺卿袁昶原官，寻又复已故户部左侍郎张荫桓原官。先是，各使请昭雪用仪等，太后不允，谓五人系因屡被恭劾，执法惩办，并非因恸恨违背公法治罪，亦无递折办驳之事，谕奕劻等向各使声明。各使仍力争，始命悉予开复原官，旋以美、英二使之言复荫桓官。 降谕宣示拳匪构乱朝廷一切委曲难言之苦衷，并将五月二十四日以后，七月二十日以前谕旨汇呈，将矫擅妄传各旨，提出销除。
二十七年，春正月，杀归绥道郑文钦。上年六月间，有英国查考铁路委员周尼思至归化城，为文钦所杀，并监毙其从人二名。至是，命正法，并革绥远城将军永德城。 加重惩治肇祸诸臣。加惩诸臣之命下，各使大怒，使使来告，端、澜改假死，已属从宽，英、赵不允灭死，其馀诸人，太后若再护庇，祸将及身。弈劻等亟电以闻，乃命载漪、载澜定为斩监候，加恩发往新疆，永远监禁。英年、赵舒翘赐今自尽，启秀、徐承煜正法。时启秀、徐承煜在京，为联军所拘，由奕劻等照会各使，交还行刑。 三月，降谕惩各省不能实力保护教士、教民之地方官，共百馀人。 设立督办处，派庆亲王奕劻，大学士李鸿章、荣禄、昆冈、王文韶，户部尚书鹿传霖为督办政务大臣，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞遥为参预，寻命工部尚书瞿鸿禨为政务处大臣。时荣禄秉政，两宫驻跸西安，欲复变法之名以谢各国，故设此以办新政，如列国之枢密院然。然当事各员，皆仰承枢府鼻息，故无事可办也。 夏四月，命销毁各部署案卷，裁汰书吏。 允各国所索偿款四百五十兆两，四釐息。 复开经济特科。 命各省清釐例行文籍，仿照部章，删烦就简。各衙门书吏差役，分别裁汰裁革，不准假以事权。 命整顿翰林院，课编检以上各官以政治之学。 以和局已定，谕择于七月十九日，由河南直隶一带回京。先是，李鸿章、刘坤一、袁世凯及各督抚奏请回銮，并引俄外部维持之言，两宫若不回銮，各国势必大举西向，恐未成咸阳之宫，又将税兰州之驾。太后时尚犹豫未决，至是，和约已定，乃下诏还都。 五月，安徽、湖北、山西大水。 六月，改总理各国事务衙门为外务部，派奕劻为总理，王文韶为会办大臣，瞿鸿禨为尚书，并授为会办大臣，太仆寺卿徐寿朋候补三品京堂，联芳为左右侍郎。外务部列位六部之上，专办外交事宜，官制层累，有若重台。堂官已嫌其多，后又添置承参多人，论者谓其机关实有未当。 秋七月，谕改于八月二十四日，启跸回京。 命直省河运、海运，自本年为始，一律改征折色。 复命，自明年乡会试为始，均试策论，不准用八股文程式，并停止武生童考试及武科乡会试。 命停止捐纳实官。 八月，复命各省所有书院，于省城改设大学堂；各府及直隶州，改设中学堂；各州县，改设小学堂，并多设蒙养学堂。 复命各省选派学生出洋肄业。 派宗人府府丞盛宣怀为办理商税事务大臣，议办通商行船各条约及改定进口税则一切事宜，并著刘坤一、张之洞及税务司戴乐尔、贺壁随同办理。 特颁懿旨，责在中外臣工将应变通兴革诸事，力任其难，破除积习，以期补救时艰，并将刘坤一、张之洞整顿中法，以行西法各条，随时择要举办。 是月二十四日，太后挈帝自西安启銮回京。 大学士直隶总督肃毅伯李鸿章卒，赠太傅，晋封一等侯，予谥文忠。 冬十月癸巳朔，日食。 初二日，太后挈帝至开封府。 二十日，撤去溥俊大阿哥名号。溥俊在西安顽劣日甚，时与宦官等私出冶游，甚至在宫中拔取皇后之簪珥以为戏乐，后泣诉于太后，决计废之，至是，驻跸开封，以特旨废之，而后还京师。 命明年会试至癸卯年举行，顺天乡试及会试均借河南贡院举行。 定学堂选举章程。 十一月，初四日，太后挈帝自开封启銮。 二十八日，太后挈帝还京师。两宫自本年四月宣示回都日期，沿途开驰道，置行宫，至八月杪始启銮，十月达开封，十一月自开封启行，由柳园渡河，至直隶正定府，乘汽车入京。是役，行李所费，达一千数百万。太后初见臣工，每泣涕引咎，久之心渐奢恣，复书大修颐和园，穷极富丽，日费巨金，歌舞无休日。 追复珍妃贵妃位号。上年，太后出奔时，命李莲英纳珍妃于井中，至是，以随扈不及，殉难宫中宣布，论者谓珍贵妃遇害与孝哲后之自尽，义烈哀惨，同为千古所未有。 十二月，派吏部尚书张百熙为管学大臣。 命袁世凯参预政务处。 准满汉通婚。
二十八年，春正月，复命裁撤河东河总督缺，归并詹事府于翰林院。 二月，命各出使大臣，查取各国通行律例，责成袁世凯、刘坤一、张之洞，选熟悉中西律例者，保送来京，听候简派，开馆编纂。时欲各国废止领事裁判权，故命改订刑律。 夏四月，太后命外务部妥订各国使臣及其眷属游宴宫廷日期。太后回銮后，以旧时瀛秀门内仪銮殿址改建海宴堂[2]及宴会外人之地。至是，命部臣酌拟，每岁敦请游宴日期。旋议覆，各使臣及参赞随员，并各使及参随眷属，拟于每岁上半年之三四月，下半年之八九月，临时请旨钦定日期。由部中先期柬请，遂定为例。至日，宫中特备洋餐，款接外宾。客去之时，固皆极口称谢，然一至次日，则各使又至外部，百端要挟矣。盖宫中卑礼盛筳，在外人视之，亦如庚子送酒瓜之事等耳。 派侍郎沈家本、伍庭芳，将一切现行律例，按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，修定呈览，候旨颁行。后订定刑法，以斩决为极刑，其凌迟、枭首、戮尸等残酷之刑，永远删除；鞭笞、烙印，以及连带亲族等法，亦皆废止。太后亦言，此等刑法，皆起于明代，本朝入关，相沿未改，实非心之所安云。然逾年六月，沈荩以鞭背，死狱中矣。 六月，命张之洞充督办通商大臣。 秋八月，工部尚书吕海寰、左侍郎盛宣怀，与英使马凯在上海续议通商行船条约十六款成。 袁世凯奏将各项陋规一律酌改公费，命各省仿照办理。 命尚书衔贻谷，办理山西边外各蒙旗开垦事宜。 九月，命各省选派学生，前往西洋各国，学习专门。 两江总督刘坤一卒，晋封一等男，赠太傅，予于忠诚。 加派袁世凯为督办商务大臣，与张之洞会同办理。以伍庭芳为会办大臣，并会议各国商约事宜。 冬十一月，命自明年会试为始，凡授职修纂、编修及改庶吉士用部属中书者，皆令入京师大学堂，分门肄业。 命袁世凯收回电报局为官办，旋派袁世凯为督办大臣，直隶布政使吴重熹为驻沪会办大臣。
二十九年，春正月，命刑部尚书荣庆，会同张百熙管理大学堂事宜。 三月，丙辰朔，日食。 命盛宣怀随同袁世凯等会议商约事宜。 命缓行印花税。 派奕劻、瞿鸿禨会同户部整顿财政。 命贝子载振督同袁世凯、伍廷芳，先订商律，侔商律编成即行开办商务。 夏四月，外务部与葡萄牙增改条约九款成。 六月，予考取经济特科，一等袁嘉毅等九名，二等冯善征等十八名，升叙有差。 秋七月，设立商部。以载振为尚书，伍廷芳、陈壁为侍郎，并裁撤路矿总局，归并商部。商部官制之层累亦同于外务部，而所办之事，务张皇而少实际。且路矿失权之事，日有所闻，以致舆论大哗，咸集矢于载振，谓其受脙盗卖，以商部为转输之枢纽云。 八月，商约大臣吕海寰等与美国来使康格等，续议通商行船条约十七款成，又与日本来使日置益等，议通商行船十三款成。 奉天新民府属等处水灾、雹灾。 山东利津县黄河漫口。 九月，命荣庆为军机大臣，并充政务处大臣。 命外务部尚书那桐，会同奕劻、瞿鸿禨办理户部财政处事务。财政处附于户部，以为特别振兴之表示，然设立后，办理毫无实际，在事诸人，不闻画一策、发一令为全国财政稍图改良，时论谓既有户部，此为别出骈枝云。 命大学士孙家鼐、吏部尚书张百熙，充政务处大臣。 冬十一月，设立练兵处，以奕劻为管理内阁学士，徐世昌充提调，直隶道员刘永庆、段祺瑞、王士珍，充军政、军令、军学等司正使，时既有兵部，又设练兵处，其注意在例举敛各省兵权，归于中央，而搜括南方财政以供北方挥霍，故练兵未京而国内先已骚然矣。 颁布学堂章程。先是，命张之洞会同管学大臣，将学堂章程悉心厘订，至是议定进呈，命次第推行。 改管学大臣为学务大臣，命孙家鼐充学务大臣。
三十年，春正月，御史蒋式瑆因奏称奕劻有存放汇丰银行私款，命回原衙门行走。 二月，庚戌朔，日食。 三月，驻英使臣张德彝与英外部大臣澜斯珰会订《保工条约》十五款，附件二条成。 夏五月，裁撤粤海、淮安两关监督，由总督兼管。 山东得津县南岸十六户捻，决。 永定河南四工、南二工、北下汎，均漫口。 九月，两江总督相兴锐卒，予谥勤懿。 冬十月，吕海寰等，与葡使白郎谷续定中葡商约二十款成。 十一月，复命裁撤云南巡抚、湖北巡抚两缺。 十二月，袁世凯奏请试办直隶公债票，允之。 改漕运总督为江淮巡抚。先是，置江督端方代奏修撰张謇条陈，请于徐州建立行省，御史周树