孝武帝宁康元年正月己卯朔，大赦改元。
二月，大司马温来朝。辛巳，诏吏部尚书谢安、侍中王坦之迎于新亭。温既至，百官拜于道侧。温盛陈兵卫，延见朝士。坦之流汗沾衣，倒执手版。谢安从容就席，坐定，谓温曰：“安闻诸侯有道，守在四邻，明公何须壁后置人耶!”温笑曰：“正自不得不尔。”遂命左右撤之，与安笑语移日。时天子幼弱，外有强臣，安与坦之尽忠辅卫，卒安晋室。温治卢悚入宫事，收尚书陆始付廷尉，免中领军桓秘官，连坐者甚众，迁毛安之左卫将军。丁亥，大司马温拜高平陵，遇疾。三月，停建康。甲午，还姑孰。癸丑，诏除丹阳竹格等四航税。
五月，旱。
七月己亥，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军，南郡宣武公桓温卒于姑孰。初，温疾笃，讽朝廷求九锡，屡使人趋之。谢安、王坦之故缓其事，使袁弘具草。弘以示王彪之，彪之叹其文辞之美，因曰：“卿有大才，安可以此示人!”谢安见其草，趋改之，由是历旬不就。弘密谋于彪之，彪之曰：“闻彼病日增，亦当不复支久，自可更小迟回。”温以世子熙才弱，使弟冲领其众。于是桓秘与熙弟济谋共杀冲，冲密知之，不敢入。俄顷，温卒。冲先遣力士拘录熙、济而后临丧。秘遂被废弃，熙、济俱徙长沙。诏葬温依汉霍光及安平献王故事。冲称温遗命，以少子玄为嗣，时方五岁。袭封南郡公。庚戌，以桓冲为中军将军，都督扬、豫、江三州诸军事，扬、豫二州刺史。始，温在镇，死罪皆专决不请。冲以为生杀之重，当归朝廷，凡大辟皆先上，须报，然后行之。
谢安以天子幼冲，新丧元辅，欲请崇德太后临朝。王彪之曰：“今上年出十载，垂及冠婚，反令从嫂临朝，示人主幼弱，岂所以光扬圣德!”安不欲委任桓冲，故使太后临朝，已得以专献替裁决，遂不从彪之之言。
八月壬子，太后复临朝摄政。
九月丙申，以王彪之为尚书令，谢安为仆射，领吏部，共掌朝政。安每叹曰：“朝廷大事，众所不能决者，以咨王公，无不立决。”
以吴国内史刁彝为徐、兖二州刺史，镇广陵。十一月，以王坦之为中书令，领丹阳尹。
二年，正月癸未朔，大赦。己酉，徐、兖二州刺史刁彝卒。
二月癸丑，以王坦之为都督徐、兖、青三州诸军事，徐、兖二州刺史。诏谢安总中书。
三年正月辛亥，大赦。
五月丙午，徐、兖二州刺史蓝田献侯王坦之卒。临终，与谢安、桓冲书，惟以国家为忧，言不及私。桓冲以谢安有重望，欲以扬州让之，自求外出。桓氏族党皆以为非计，莫不扼腕固谏，郗超亦谏止之，冲皆不听，处之淡然。甲寅，以扬州刺史桓冲都督徐、豫、兖、青、扬五州诸军事，徐州刺史，镇京口；谢安领扬州刺史，并加侍中。
八月癸巳，立皇后王氏，大赦。以后父晋陵太守蕴为光禄大夫，领五兵尚书。
九月，帝讲孝经，始览典籍，延儒士。谢安荐徐邈补中书舍人，每被顾问，多所匡益。
太元元年正月，壬寅朔，帝加元服；皇太后下诏归政，复称崇德太后。甲辰，大赦，改元。丙午，帝始临朝。以徐州刺史桓冲为车骑将军、都督豫、江二州之六郡诸军事，自京口徙镇姑孰。乙卯，加谢安中书监、录尚书事。
五月甲寅，大赦。
桓冲闻秦攻凉州，遣淮南太守刘波泛舟淮、泗，欲挠秦以救凉。闻凉州败没，罢兵。
初，哀帝减田租，亩收二升。乙巳，除度田收租之制，王公以下，口税米三斛，蠲在役之身。移淮北于淮南。
二年七月丁未，以尚书仆射谢安为司徒，安让不拜；复加侍中，都督扬、豫、徐、兖、青五州诸军事。丙辰，荆州刺史桓豁卒。十月辛丑，以车骑将军桓冲代之。以五兵尚书王蕴都督江南诸军事，领徐州刺史；南郡相谢玄为兖州刺史，领广陵相，监江北诸军事。玄募骁勇之士，得彭城刘牢之等数人。以牢之为参军事，常领精锐为前锋，战无不捷，时号“北府兵”，敌人畏之。壬寅，护军将军、散骑常侍王彪之卒。
十二月，临海太守郗超卒。
三年正月，尚书仆射谢安以宫室朽坏，启作新宫，帝权出居会稽王第。二月乙巳，始作工，内外日役六千人。安与大匠毛安人决意修定，皆仰模玄象，体合辰极，并新制置省阁堂宇，名署太极殿。欠一梁，乃有梅木流至石津，津主启闻，取用之。又起朱雀门重楼，皆绣杨藻井，门开三道，上重名朱雀观。观下门上有两铜雀，县楣上刻为铜虎，左右对。
七月，新宫成，内外殿宇三千五百间。辛巳，帝入居之。
秦兖州刺史彭超攻沛郡太守戴逯于彭城，且曰：“愿遣重将攻淮南诸城，为征南棋劫之势，东西并进，丹阳不足平也!”秦王坚从之，使都督东讨诸军事。
八月，诏毛虎生率众五万以御彭超。
四年二月，兖州刺史谢玄帅众万余救彭城，军于泗口。彭超留辎重于留城，谢玄扬声遣后将军何谦向留城。超闻之，释彭城围，引兵还保辎重。戴逯帅彭城之众奔玄，超遂据彭城，留兖州治中徐褒守之，南攻盱眙。秦将俱难克淮阴，留邵保戍之。
三月，大疫。壬戌，诏以“疆场多虞，年谷不登，其供御所须，事从俭约。九亲供给，众官廪俸，权可减半。凡诸役费，自非军国事要，皆宜停省”。
秦毛当、王显自襄阳东会俱难、彭超攻淮南。五月，难，超拔盱眙，执高密内史毛璪之。秦兵六万围幽州刺史田洛于三阿，去广陵百里；朝廷大震，临江列戍，遣征虏将军谢石帅舟师屯涂中。毛安之等四万屯堂邑。秦毛当、毛盛帅二万袭堂邑，安之等惊溃。兖州刺史谢玄自广陵救三阿。丙子，难、超战败，退保盱眙。
六月戊子，玄与田洛率众五万进攻盱眙，难、超又败，退屯淮阴。玄遣何谦等乘潮而上，夜焚淮桥。邵保战死，难、超退屯淮北。玄与何谦，戴逯，田洛共追之，战于君川，复大破之。难、超北走，仅以身免。谢安还广陵，诏进号冠军将军，领徐州刺史。秦王坚闻之，大怒。
七月，槛车征超下廷尉，超自杀。难削爵为民。以毛当为徐州刺史，镇彭城；毛盛为兖州刺史，镇湖陆；王显为扬州刺史，镇下邳。谢安为宰相，秦人每入寇，边兵失利，安每镇之和静。其为政，举大纲，不为小察。时人比安于王导，而谓其文雅过之。
八月，以左将军王蕴为尚书仆射，顷之，迁丹阳尹。
五年正月乙巳，谒崇平陵。
夏四月，大旱，赦五岁刑以下。
五月，大水。朝廷以秦兵之退，为谢安、桓冲之功，拜安卫将军，与冲皆开府仪同三司。
六月甲子，以比岁荒俭，大赦，自太元三年以前逋租宿债皆蠲除之。
九月癸未，皇后王氏崩。
十一月乙酉，葬定皇后于隆平陵。
十二月，秦以左将军都贵为荆州刺史，镇彭城。
是岁，秦王坚遣高密太守毛躁之等二百余人来归。
六年正月，帝初奉佛法，立精舍于殿内，引诸沙门居之。尚书左承王雅表谏，不从。丁酉，以尚书谢石为仆射。初置督运御史官。
九月辛未，卫将军谢安初习水军于石头。
十月乙亥，故武陵王晞卒于新安。
是岁，江东大饥。
七年八月，大赦。东夷五国来贡。
是岁，梓潼太守周卒于秦之太原。信至，谢玄亲临哭之，因上疏曰：“旌表节义，国之典也。”帝悲之，追赠益州刺史。是岁，三吴士大夫置东冶为饯送之所。
八年三月丁巳，大赦。
八月甲子，秦王坚发长安，大举入寇，戎卒六十余万，骑二十七万，旌旗相望，前后千里。
九月，坚至项城，阳平公融兵三十万先至颍。又诏以尚书仆射谢石为征虏大将军、征讨大都督，以徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，与辅国将军谢琰、西中郎将桓伊共八万拒之；使龙骧将军胡彬以水军五千援寿阳。时秦兵既盛，都下震恐。谢玄入问计于谢安，安夷然答曰：“已别有旨。”既而寂然。玄不敢复言，乃令张玄重请。安遂命驾出游山墅，亲朋毕集，与玄围棋赌墅。安棋常劣于玄，是日，玄惧，便为敌手而又不胜。桓冲深以根本为忧，派精锐三千入卫京师；谢安固却之曰：“朝廷处分已定，兵甲无阙，西藩宜留以为防。”冲对佐吏叹曰：“谢安石有庙堂之量，不闲将略。今大敌垂至，方游谈不暇，遣诸不经事少年拒之，众又寡弱，天下事已可知，吾其左衽矣。”以琅邪王道子录尚书六条事。
十月，秦阳平公融等攻寿阳；癸酉，克之，执平虏将军徐元喜等。胡彬闻寿阳陷，退保硖石，融进攻之。秦卫将军梁成等率众五万屯于洛涧，栅淮以遏东兵。谢石、谢玄等去洛涧二十五里而军。惮成不敢进。胡彬粮尽，潜遣使告石等：“今贼盛粮尽，恐不复见大军。”秦人获之，送于阳平公融。融驰使白秦王坚曰：“贼少易擒，但恐逃去，宜速赴之!”坚乃留大军于项城，引轻骑八千，兼道赴融于寿阳。遣尚书朱序来说谢石等，以为：“强弱异势，不如速降。”序私谓石等曰：“若秦百万之众尽至，诚难与为敌。今乘军未集，宜速击之；若败其前锋，彼已夺气，可遂破也。”石闻坚在寿阳，甚惧，欲不战以老秦师。琰劝石从序言。
十一月，谢玄遣广陵相刘牢之帅精兵五千赴洛涧，未至十里，梁成阻涧为阵以待之。牢之直前渡水，击成，大破之，斩成及弋阳太守王咏；又分兵断其归津，秦步骑争赴淮水，死者万五千人，执秦扬州刺史王显等，尽收其器械军实。于是谢石等水陆继进。秦王坚与阳平公融登寿阳城望之，见晋兵部阵严整，又望八公山上草木，皆以为晋兵，顾谓融曰：“此亦劲敌，何谓弱也!”怃然始有惧色。
秦兵逼肥水而阵，晋兵不得渡。谢玄遣使谓阳平公融曰：“君悬军深入，而置陈逼水，此持久之计，非欲速战者。若移阵少却，使晋兵得渡，以决胜负，不亦善乎!”秦诸将皆曰：“我众彼寡，不如遏之，使不得上，可以万全。”坚曰：“但引兵少却，使之半渡，我以铁骑蹙而杀之，蔑不胜矣!”融亦以为然，遂麾使却。秦兵遂退，不可复止。谢玄、谢琰、桓伊等引兵渡水击之。融驰骑略阵，欲以率退者，马倒为晋兵所杀，秦兵遂溃。玄等乘胜追击，至于青冈，秦兵大败，自相蹈藉而死者，蔽野塞川。其走者，闻风声鹤唳，皆以为晋兵将至，昼夜不敢息，草行露宿，重以饥冻，死者什七八。初，秦兵少却，朱序在阵后呼曰，“秦兵败矣!”众遂大奔。因与张天锡、徐元喜皆来奔。获秦王坚所乘云母车。复取寿阳，执其淮南太守郭褒。坚中流矢，单骑走至淮北，饥甚，民有进壶飧豚髀者，坚食之，赐帛十匹，绵十斤，辞曰：“陛下厌苦安乐，自取危困。安有子饲其父而望报者!”坚谓张夫人曰：“吾何面目复治天下乎!”是时，诸军皆溃，惟慕容垂所将三万人独全，坚以千余骑赴之。垂亲党多劝垂杀坚，垂皆不从，悉以兵授坚。谢安得驿书，知秦兵已败，时方与客围棋，摄书置床上，了无喜色，围棋如故。客问之，徐答曰：“小儿辈便已破贼。”既罢，还内，过户限，不觉履齿之折。
庚申，诏卫将军谢安劳旋师于金城。丁亥，谢石等归建康，得秦乐工，能习旧声，始备金石之乐。乙未，以张天锡为散骑常侍，朱序为琅邪内史。
十二月庚午，大赦。以谢石为尚书令。
谢安婿王国宝，坦之之子，安恶其为人，每抑而不用，以为尚书郎。国宝自以望族，故事惟作吏部，不为余曹，固辞不拜，由是怨安。国宝从妹为会稽王道子妃，帝与道子皆嗜酒，狎昵邪谄，国宝乃谮安于道子，使离间之于帝。安功名既盛，险波求进之徒，多毁短安，帝由是稍疏忌之。初开酒禁，增民税米，口五石，诏诸将分途进取。
九年正月辛亥，渴建平等四陵。是月，鹰扬将军刘牢之攻秦谯城，拔之。
二月辛巳，使持节都督荆、江、梁、宁、益、交、广七州渚军事、车骑将军、荆州刺史丰城宣穆公桓冲卒。以梁郡太守桓石民代之。
三月，进卫将军谢安为太保。
四月己卯，增置太学百人。
六月癸丑朔，崇德太后褚氏崩。
七月戊戌，遣司空高密王纯之修谒洛阳五陵。己酉，葬康献皇后于崇平陵。
八月戊寅，司空郗惜卒。诏谢玄出屯彭城，经略中原，玄帅诸军堰吕梁水，树栅，立七埭为派，拥二岸之流，以利运漕。又进伐青州，故谓之青州派。
九月甲午，加太保谢安大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。
十月己丑，大赦。中书侍郎车胤上表议立明堂辟雍。前荥阳太守习凿齿卒。
十年正月甲午，谒诸陵。尚书令谢石以学校陵迟，上疏请复国学于太庙之南。
四月，会稽王道子与太保安有隙，安欲避之。会秦王坚遣使求救，诏太保安率众救秦。帝自行西池宴群臣饯安，赋诗者五十八人。
甲子，太保安发自石头，出镇广陵之步丘，筑垒曰新城而居之。
六月，苻坚太子弘自长安来奔。
七月，大旱，井渎皆竭。太官共膳，皆资天泉池。
太保安有疾，求还，诏许之。遣侍中慰劳。八月，安至建康。丁酉，使持节侍、中书监、大都督十五州诸军事、太保谢安卒。以琅邪王道子领扬州刺史、录尚书、都督中外诸军事；以尚书令谢石为卫将军。
十月丁亥，论淮肥功，追封谢安庐陵郡公。
十一年正月乙酉，谒诸陵。
三月，大赦。
四月癸巳，以陆纳为尚书左仆射，谯王恬为尚书右仆射。
六月乙卯，地震。
八月甲午，封孔靖之为奉圣亭侯，奉宣尼祀，立宣尼庙，在故丹阳郡城前。
是岁，辽东表送孙盛《魏晋春秋》三十卷。
十二年正月乙巳，以朱序为青、兖二州刺史，镇淮阴。丁未，大赦。
四月戊辰，尊夫人李氏为皇太妃。
六月，束帛聘处士戴逵、龚玄之。
八月辛巳，立皇子德宗为皇太子。大赦。甲辰，海西公奕薨于吴。
九月戊子，复新宁王遵还为武陵王。
初，帝既亲政事，威权已出，有人主之量。已而溺于酒色，委事于琅邪王道子，道子亦嗜酒，日又与帝以酣歌为事。又崇尚浮屠，穷奢极费。所亲呢者，皆蚶姆、僧尼。左右近习，争弄权柄，交通请托，贿赂公行，官赏滥杂，刑狱谬乱。陆纳望宫阙叹曰：“好家居，纤儿欲撞坏之耶!”
十三年正月，康乐献武公谢玄卒。
四月戊午，朱序为都督司、雍、梁、秦四州诸军事，以谯王恬代为青、兖二州刺史。
十二月庚子，尚书令南康公谢石卒。车胤为护军将军。
十四年正月癸亥，诏淮南所获俘虏付诸作部者皆放遣，男女自相配匹，赐百日廪。其没为军实者，悉赎出之。襄阳、淮南浇沃之地，各立一县以居之。龙骧将军刘牢之讨彭城妖贼刘黎于皇邱，平之。
二月，扶南来贡。
四月甲辰，彭城王弘之卒。
六月，会稽王道子移扬州，治于东第。
七月，旱。
九月甲午，以尚书左仆射陆纳为尚书令。
十一月，会稽王道子势倾内外，远近奔凑，帝渐不平，然犹外加优崇。侍中王国宝以谗佞有宠于道子，煽动朝众，讽八坐，启道子宜进位丞相、扬州牧，假黄钺，加殊礼。扩军将军车胤曰：“此乃成王所以尊周公。今主上当阳，相王岂得为周公!”乃称疾，不署疏奏，帝大怒，而嘉胤有守。
十五年正月乙亥，青、兖二州刺史谯王恬卒。
二月辛巳，以中书令王恭督青、兖、幽、并、冀五州诸军事，青、兖二州刺史。
三月戊辰，大赦。
九月，以侍中王国宝为中书令，俄兼中领军。丁未，以吴郡太守王殉为尚书仆射。
十六年正月，诏徐广校秘阁四库书，凡三万六千卷。
二月庚申，改筑太庙。
九月，新庙成。癸未，以尚书右仆射王瑚为左仆射，太子詹事谢琰为右仆射。
十月，新作朱雀门。
十一月，护军将军桓伊卒。
十七年正月乙巳朔，大赦，除逋租宿债。
六月癸卯，京师地震。甲寅，涛水入石头，毁大航。
八月，新作东宫，徙左卫营。
九月，除南郡公桓玄义兴太守。
十一月，以黄门郎殷仲堪为荆州刺史。自秋不雨，至于十二月。
十八年正月癸卯，地震。
二月乙未，地震。
南郡公桓玄负其才地，以雄豪自处，朝廷疑而不用，年二十三，始拜太子洗马。玄尝诣琅邪王道子，值其酣醉，张目谓坐客曰：“桓温晚涂欲作贼，云何？”玄伏地流汗不能起，由是益不自安，常切齿于道子。玄在江陵，仲堪敬惮之。征虏参军豫章胡藩过江陵，见仲堪曰：“桓玄志趣不常，每快快于失职，节下崇待太过，非将来之计也!”
十九年六月壬午，追尊会稽王太妃郑氏为简文皇太后。
七月，徐州大水，伤秋稼，遣使振恤之。
八月己巳，尊皇太妃李氏为皇太后，宫日崇训。
二十年二月，作宣太后庙。甲寅，散骑常侍、光禄大夫、开府仪同三司、尚书令陆纳卒。
三月，皇太子出就东官，以丹阳尹王雅领太子少傅。时会稽王道子专权奢纵，嬖人赵牙，本出倡优，茹千秋本钱塘捕贼吏，皆以谄赂得进。道子以牙为魏郡太守，千秋为骠骑咨议参军。牙为道子开东第，筑山穿池，功用巨万，帝尝幸其第，谓道子曰：“府甚善，然修饰太过。”道子无以对。帝去，道子谓牙曰：“上若知山是人力所为，尔必死矣!”牙曰：“公在，牙何敢死。”营作弥甚。千秋卖官招权，聚货累亿。博平令吴兴闻人爽上疏言之，帝益恶道子，而逼于太后，不忍废黜。乃擢时望及所亲幸王恭、郗恢、殷仲堪，王雅、王殉等，使居内外要任，以防道子，道子亦引国宝及国宝从弟琅邪内史绪以为心腹。由是朋党竞起，无复向时友爱之欢，太后每和解之。中书侍郎徐邈从容言于帝曰：“汉文明主，犹悔淮南，世祖聪达，负愧齐王。兄弟之际，实力深慎。会稽王虽有酣媒之累，宜加弘贷，消散群议；外为国家之计。内慰太后之心。”帝纳之，复委任道子如故。
二十一年正月，造清暑殿。
四月，新作永安宫。
五月乙卯，以散骑常侍刘该为徐州刺史。甲子，以望蔡公谢琰为尚书左仆射。
七月，燕平喜奔彭城。
九月，帝嗜酒，流连内殿，醒治既少，外人罕得进见。张贵人宠冠后宫，后宫皆畏之。庚申，帝与后官宴，妓乐尽侍。时贵人年近三十，帝戏之曰：“汝以年亦当废矣，吾意更属少者。”向夕，帝醉，寝于清暑殿。贵人遍饮宦者酒，散遣之，使婢以被蒙帝面，弑之，重贿左右，云：“因魇暴崩。时太子暗弱，会稽王道子昏荒，遂不复推问。王国宝夜叩禁门，欲入为遗诏，侍中王爽拒之曰：“大行晏驾，皇太子未至，敢入者斩!”国宝乃止。辛酉，太子即皇帝位。癸亥，以司徒会稽王道子为太傅、摄政。安帝幼而不慧，口不能言，至于寒暑饥饱亦不能辨，饮食寝兴皆非己出。母弟琅邪王德文性恭谨，常侍左右为之节适，始得其宜。王国宝得事道子，与王绪共为邪谄，道子更感之，倚为心腹，遂参管朝权，威震内外，并为时之所疾。王恭入赴山陵，每正色直言，道子深惮之。恭罢朝，叹曰：“榱栋虽新，便有黍离之叹!”绪说国宝，因恭入朝，劝相王伏甲杀之，国宝不许。
十月甲申，葬孝武帝于隆平隆。王恭还镇，将行，谓道子曰：“主上谅暗，冢宰之任，伊、周所难，愿大王亲万几，纳直言，放郑声，远佞人。”国宝等愈惧。
安帝隆安元年，正月己亥朔，帝加元服，改元，大赦。太傅、会稽王道子稽首归政。以尚书左仆射王珣为尚书令，领军将军王国宝为左仆射，仍加后将军、丹阳尹。会稽道子悉以东宫兵配国宝，使领之。
二月甲寅，尊皇太后李氏为太皇太后，追尊所生陈淑嫒为安德皇太后。戊午，立皇后王氏。
四月，仆射王国宝、建威将军王绪依附会稽王道子，纳贿穷奢，不知纪极。恶王恭与仲堪，劝道子裁损其兵权，中外恟恟不安。恭等各缮甲勒兵，表请北伐，道子疑之，诏以妨农，悉使解严。恭遣使与仲堪谋讨国宝等。桓玄以仕不得志，欲假仲堪兵势以作乱，说仲堪兴晋阳之甲，仲堪心然之，乃外结雍州刺史郗恢，内与从兄南蛮校尉觊、南郡相江绩谋之。觊、绩言其不可，仲堪惮绩以杨佳期代之。郗恢亦不肯从。会王恭使至，仲堪许之，恭大喜。甲戌，恭上表罪状国宝，举兵讨之。丁丑，王恭表至，内外戒严，王国宝惶惧不知所为，遣数百人戍竹里，夜遇风雨，各散归。国宝上疏解职，诣阙待罪；既而悔之，诈称诏复其本官。道子暗懦，欲求姑息，乃委罪国宝，遣骠骑咨议参军谯王尚之收国宝付廷尉。甲申，赐国宝死，斩绪于市。遣使诣恭，深谢愆失，恭乃罢兵还京口。戊子，大赦。殷仲堪闻国宝等死，乃始抗表举兵，道子以书止之，仲堪乃还。会稽世子元显，年十六有俊才，为侍中，说道子以王、殷终必为患，请潜为之备。道子乃拜元显为征虏将军，以其卫府及徐州文武悉配之。
司徒左长史王，导之孙，以母丧居吴。王恭之讨王国宝，版为吴国内史，起兵于东方。、厥使吴国内史虞啸父等入吴兴、义兴召集兵众，未几，国宝死，恭罢兵，符庶去职。以起兵之际，诛异己者颇多，势不得止，遂大怒，不承恭命，使其子泰将兵伐恭，笺于会稽王道子，称恭罪恶；道子以其笺送恭。恭遣刘牢之帅五千人击泰，斩之。又与战于曲阿，众溃，单骑走，不知所在。收虞啸父下廷尉，以其祖潭有功，免为庶人。
二年二月，会稽王道子忌王，殷之逼，以谯王尚之及弟休之有才略，以其司马王愉为江州刺吏，都督江州及豫州之四郡军事，用为形援，日夜与尚之谋议，以伺四方之隙。
七月，兖州刺史王恭等举兵反，司马刘牢之谏恭曰：“将军，国之元舅，会稽王，天子叔父。会稽又当国秉政，向为将军戮其所爱王国宝、王绪，又送王书，其深伏将军已多。顷所授任，虽未允惬，亦非大失。割庾楷四郡以配王愉，于将军何损!晋阳之甲，岂可数兴!”恭不从，上表请讨王愉、司马尚之兄弟。庾楷应恭檄，正征士马。朝廷忧惧，内外戒严。会稽王道子不知所为，悉以事委元显，日饮醅酒而已。
八月己亥，谯王尚之大破庾楷于牛渚，楷单骑奔桓玄。会稽王道子以尚之为豫州刺史，弟恢之为骠骑司马、丹阳尹，允之为吴国内史，休之为襄城太守，各拥兵马以为己援。乙巳，桓玄大破官军于白石。进至横江，尚之退走，恢之所领水军皆没。丙午，道子屯中堂，元显守石头；己酉，王询守北郊，谢琰屯宣阳门以备之。元显遣庐江太守高素说牢之，使叛恭，许事成以恭位号授牢之，谓其子敬宣曰：“王恭数举兵向京师，吾欲以顺讨逆。”恭参军何澹之知其谋，以告恭。恭以澹之素与牢之有隙，不信。乃置酒拜牢之为兄，精兵坚甲悉以配之，使帅帐下督颜延为前锋。牢之至竹里，斩延以降，遣其婿东莞太守高雅之还袭恭。恭方出城耀兵，敬宣纵骑横击之，恭兵皆溃。恭将入城，雅之闭城门。恭单骑奔曲阿，曲阿人殷确，恭故吏，以船载恭，将奔桓玄。至长塘湖，为人所告，获之，送京师，斩于倪塘。并其妻子党与皆死。以刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事以代恭。俄而杨佺期、桓玄至石头，殷仲堪至芜湖，元显自竹里驰还京师，遣丹阳尹王恺等发京邑民数万人据石头以拒之。佳期，玄等上表理王恭，请诛刘牢之。牢之帅北府之众驰赴京师，军于新亭，佳期见之失色，回军蔡州。（按：玄、佳期推仲堪为盟主，寻阳等事，皆不在苏境，兹不录。隆安三年，荆雍并为桓玄所取，殷仲堪，杨佳期死，亦均不在苏境。）
十一月，以琅邪德文为卫将军、开府仪同三司，征虏将军元显为中领军，领军将军王雅为尚书左仆射。
十二月己酉，前新安太守杜炯反于京口，元显讨斩之。会稽王道子使中领军元显杀新安太守孙泰，以收兵聚货。
三年二月，仇池公杨盛遣使称藩，献方物。
三月己卯，追尊所生陈夫人为德皇太后。
四月己未，加尚书令王殉卫将军，以会稽世子元显为扬州刺史代其父。
六月戊子，以琅邪王德文为司徒。
十一月甲寅，妖贼孙恩陷会稽，内史王凝之死之。吴国内史桓谦、义兴太守魏隐并委官而遁。遣卫将军谢琰、兖州刺史刘牢之逆击，走之。
自帝即位以来，内外乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相高雅之所制。朝政所行，惟三吴而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼蜂起，恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧，常虑窃发，于是内外戒严。加会稽王道子黄钺，元显领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩，刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。
四年正月乙亥，大赦。
四月，地震。孙恩寇浃口。
五月丙寅，卫将军王珣卒。
六月，以琅邪王师何澄为尚书左仆射。
七月丁亥，尚书右仆射王雅卒。
九月癸丑，地震。
十一月，诏以刘牢之都督会稽等五郡，帅众击孙恩。吴国内史袁崧筑沪渎垒以备恩。会稽世子元显求领徐州，诏以元显为开府仪同三司，都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，徐州刺史。
十二月，元显以星变，解录尚书事，复加尚书令。
五年五月，孙恩陷沪渎，杀吴国内史袁崧，死者数千人。
六月甲戌，孙恩浮海，奄至丹徒，战士十余万，楼船千余艘，建康震骇。乙亥，内外戒严，百官入居省内，冠军将军高素等守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹阳尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦等备白石，左卫将军王嘏等屯中堂，征豫州刺史谯王尚之入卫京师。刘牢之自山阴引兵邀击恩，未至而恩已过，乃使刘裕自海盐入援。裕兵不满千人，倍道兼行，与恩俱至丹徒。裕众既少，加以涉远疲劳，而丹徒等军莫有斗志。恩帅众鼓噪，登蒜山，居民皆荷担而立。裕帅所领奔击，大破之，投崖赴水者甚众，恩狼狈，仅得还船。恩犹恃其众，寻复整兵径向京师。后将军元显帅兵拒战，频不利。会稽王道子无他谋略，惟日祷蒋侯庙。恩来渐近，百姓恂惧。谯王尚之帅精锐驰至，径屯积弩堂。恩楼船高大，溯风不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备，既而知尚之在建康，复闻牢之已还，至新洲，不敢进而去，浮海北走郁州。恩别将攻陷广陵，杀三千人。宁朔将军高雅之击恩于郁州，为所执。桓玄厉兵训卒，常伺朝廷之隙，闻孙恩逼京师，建牙聚众，上疏请讨之。元显大惧。会恩退，元显以诏书止之，玄乃解严。
七月，诏以刘裕为下邳太守，讨孙恩于郁州，累战，大破之。恩由是衰弱，复缘海南走，裕复随而邀击之。
十一月，刘裕追孙恩至沪渎、海盐，又破之，恩遂自浃口远窜入海。
十二月，桓玄致笺于会稽王道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去，非力屈也。昔国宝死后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，有清流时望者谁乎？岂可云无佳胜？直不能信之。迩来一朝一夕，遂成今日之患。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在迩，是以披写事实。”元显见之，大惧。
张法顺说元显讨桓玄，以刘牢之为前锋。武昌太守庾楷密使人自结于元显，云：“玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京，谋于刘牢之，牢之以为难。法顺还谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之，不尔败人大事。”元显不从。于是大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
元兴元年正月庚午，下诏罪状桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨大都督、督十八州诸军事、假黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，内外戒严，加会稽王道子太傅。除桓谦荆州刺史。东土遭孙恩之乱，因以饥馑，桓玄禁断江路，公私匮乏，以桴、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虑，或未必讨己，可以蓄力观衅。及大军将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振干远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若临近畿，示以祸福，土崩之势，可翘足而待，何有延敌入境，自取穷蹙。”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪状元显，举兵东下。檄至，元显大惧。
二月丙午，帝饯元显于西池，元显下船不发。
桓玄发江陵，至寻阳，不见官军，甚喜。庾楷谋泄，玄囚之。丁巳，诏遣齐王柔之宣告荆、江二州，使罢兵，玄前锋杀之。丁卯，玄至姑孰，使其将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城固守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺吏谯王尚之帅部卒九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。刘牢之军溧州，参军刘裕请击玄，不许。玄使牢之族舅何穆说牢之改图，时谯王尚之已败，人情愈恐，牢之颇纳穆言。牢之之甥东海中尉何无忌、子骠骑从事中郎敬宣均谏，不听。
三月乙巳，牢之遣敬宣诣玄请降。元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学。辛未，阵于宣阳门外。军中相警，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人随后大呼曰：“放仗!”军人皆奔溃，元显乘马走入东府，惟法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅长史毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之，元显曰：“为王诞，张法顺所误。”壬申，复隆安年号。帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严，以玄总百揆，都督中外诸军事，丞相、录尚书事、扬州牧、领徐州刺史，（荆、江二州非苏境不录。）假黄钺。玄以桓谦为尚书左仆射，桓惰为徐、兖二州刺史，卞范之为丹阳尹。初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。新安太守殷仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为咨议参军。刘迈往见玄，玄以为参军。癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市，诏徙安成郡，斩元显及东海王彦璋、谯王尚之，庾楷、张法顺，毛泰等于建康市。王诞流岭南。玄以刘牢之为会稽内史，牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣。”刘敬宣请归谕刘牢之使受命，玄遣之．牢之怏怏不平，欲自班渎走据江北拒玄。使敬宣之京口迎家，失期不至。牢之以为事已遣，为玄所杀，乃率所部北走至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。
四月，桓玄矫诏改元大亨，大赦。让丞相，改授太尉、都督中外诸军事，扬州牧、总百揆，以琅邪王德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，各以子弟为质于秦以求救。秦主兴与之符信，使于关中募兵，得数千人，复还屯彭城。孙恩为临海太守辛景所破，赴海死，其党复推卢循为主。
太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，而大政皆就咨焉，小事则决于桓谦及卞范之。自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，拔俊贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半。
八月，太尉讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子异，桂阳封其兄子俊。
太尉玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦之从兄朗之、刘袭、袭弟季武，皆刘牢之北府旧将。袭兄冀州刺史轨邀司马休之，刘敬宣、高雅之等共据山阳，欲起兵攻玄，不克而走．将军袁虔之、刘寿、高长庆等皆往从之，将奔魏，至陈留南，分为二派：轨、休之、敬宣奔南燕，虔之、寿、长庆等奔秦。
十二月，太尉玄使御史杜林防卫会稽王道子至安成，林承玄旨，鸩道子，杀之。
是月，曲赦广陵、彭城大逆已下。无麦禾，大饥。
二年正月乙卯，太尉玄自称大将军。丁巳，玄杀冀州刺史孙无终。
六月，加建威将军刘裕彭城内史。
八月，玄自号相国，加九锡，备典物，讽帝御前殿授之。殷仲文、卞范之劝大将军玄早受禅，以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒。
九月丙子，册玄为相国，总百揆，封宜都、南平等十郡为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有禅让，卿以为何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”谦喜曰：“卿谓之可，即可耳。”（按：此刘裕以欺媚桓谦，然亦见裕久蓄篡晋之志。）
十一月，诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庙神主于琅邪国，穆章何皇后，琅邪王皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。
十二月庚寅，玄筑坛于九井山北。壬辰，桓玄即皇帝位，大赦，改元永始；以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯，追尊父温为宣武皇帝。
桓玄筑别苑于冶城，移冶城寺僧出居太后寺，广起楼榭，飞阁复道，延属于宫城。
三年正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。玄以其祖彝以上名位不显，不复迫尊立庙。秘书监卞承之谓徐广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣!”
玄自即位，常不安。二月己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之惧，曰：“奴辈作矣!”
刘裕从徐、兖二州刺史桓修入庙。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有知鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可者；俟关河平定，然后别议之耳。”
二月乙卯，建威将军刘裕帅沛国刘毅、东海何忌起义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口、青州刺史桓弘于广陵，裕以刘穆之为主簿。丁巳，义师济江，刘裕率二州之众千七百人，军于竹里。
三月戊午朔，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落桥。玄使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中后将军卞范之屯覆舟山西。己耒，裕军食毕，进至覆舟山东。玄潜使殷仲文具舟于石头，帅亲信数千人出南掖门，西趋石头，与仲文等浮江南走。
玄遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏服裕。裕与刘毅等分为数队进突谦阵，裕以身先之，将士皆殊死战。时东北风急，因纵火焚之，烟炎熛天，谦等诸军大溃。庚午，刘裕置留台备百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事，假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉及子绥、司州刺史温详。丁卯，刘裕还镇东府。丙戌，密诏以幽逼于玄，万几虚旷，令武陵王遵依旧典称制，总万几，加侍中、大将军，惟桓一族不宥。
刘敬宣、司马休之自南燕南走至淮泗间，闻桓玄败，遂来归。
四月，武陵王入居东宫，内外毕敬，迁除百官称制书，教称令书。桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣等共击破之。
七月戊申，永安皇后何氏崩。
八月癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
九月，刁骋谋反，伏诛。刁氐素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之。
十月，刘裕自领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。
三月甲午，帝至自江陵。乙未，百官诣阙待罪，诏慰曰：“此非诸卿之过。”庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，诏曰：“朕以寡昧，遭家不造。逆臣桓玄，乘衅从慝，穷凶肆虐，滔天泯夏。诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨斯飧。若坠渊谷，未足斯譬。皇祚有晋，固纵英辅，镇军将军，青、徐二州刺史裕忠诚天发，神武命世。义声一唱，二溟波卷，英风振路，宸居清翳。冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈迭挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱，而宗庸命德，圣哲攸先。镇军可进位侍中、车骑将军、录尚书。毅进位左将军，无忌进位右将军，会稽内史道规辅国将军、荆州刺史。”戊戌，刘裕、何无忌等抗表逊位，不许，加裕都督中外诸军事。
四月戊辰，刘裕旋镇京口，帝饯于东堂，改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州并前十六州诸军事，兖州刺史，解青州。
五月癸未，诏禁绢扇及樗蒲。
桓玄余党桓亮、苻弘等拥寇乱郡县者以十数，刘毅、刘道规、檀祗等分兵讨灭之，荆、湘、江、豫皆平。诏以毅为都督淮南等五郡军事，豫州刺史。（按：五郡内历阳有乌江县为今苏境。）
北青州刺史刘该反，引魏为援，清河、阳平二郡太守孙全聚众应之，
六月，魏豫州刺史索斛真、大将斛斯兰寇徐州，围彭城。刘裕遣其弟彭城内史道怜、东海太守孟龙符将兵救之，斩该及全，魏兵败走。
二年三月，刘裕加督交、广二州。
十月，论匡复功，进封刘裕豫章公，邑万户，绢三万匹；刘毅南平郡公，五千户；何无忌安成公，刘道规华容公，檀凭之曲江公，各三千户；孟昶临汝公，刘藩安陆公，诸葛长民新淦公，魏咏之江陵公，各二千五百户。自余封赏各有差。乙亥，以孔安国为尚书左仆射。
十一月，申前命，镇军将军裕加侍中，进车骑、开府仪同三司，裕固让。裕入朝。
三年闰月，以府将骆冰作乱，诣阙固让；见听旋京口。诛东阳太守殷仲文及桓胤、卞承之等。己丑，大赦，除酒禁。
十二月，司徒、扬州刺史王谧卒。
四年正月甲辰，以琅邪王德文为司徒。刘毅等不欲刘裕入辅政，议以中领军谢混为扬州刺史，或欲令裕于丹徒领扬州，以内事付孟昶。遣尚书右丞皮沈以二议咨裕，刘穆之密疏白裕曰：“皮沈之言不可从。”裕呼穆之问之。穆之曰：“晋朝失政已久，天命已移。公兴复皇祚，勋高位重，岂得居谦，遂为守藩之将。刘，孟诸公，与公俱起布衣，共立大义，以取富贵，事有先后，故一时相推，力敌势均，终相吞噬。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出权道；今若复他授，便应受制于人。一失权柄，无由可得，将来之危，难可熟念。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，措辞又难，惟应云：‘神州治本，宰辅崇要，此事既大，非可悬论，便应入朝，共尽同异。’公至京邑，彼必不敢越公，更授余人。”裕从之。朝廷乃征裕为车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。裕表解兖州，以诸葛长民为青州刺史，镇丹徒，刘道怜为并州刺史，戍石头。庚辰，武陵敬王遵卒。
四月，尚书左仆射孔安国卒。甲午，以吏部尚书孟昶代之。
九月，镇军将军扬州刺史裕以刘敬宣征谯纵失利，降号中军将军，开府如故。
五年正月辛卯，大赦。庚戌，以刘毅为卫将军、开府仪同三司。
二月，南燕寇淮北，其将慕容兴宗等拔宿预，大掠而去。又遣公孙归等寇济南，俘男女千余人而去。自彭城以南，民皆保聚以自固，诏并州刺史刘道怜镇淮阴以备之。
三月，刘裕抗表伐南燕，朝议皆以为不可，惟左仆射盂昶、车骑司马谢裕、参军臧熹以为必克，劝裕行。裕以昶监中军府事。或荐王镇恶于刘裕，裕与语，说之，因留宿；明旦，谓参佐曰：“吾闻将门有将，信然。”即以为中军参军。
四月己巳，刘裕发建康，帅舟师自淮入泗。
五月，至下邳，留船舰、辎重，步进至琅邪，所过皆筑城，留兵守之。或谓裕曰：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不惟无功，且不能自归。”裕曰：“吾虑之熟矣，鲜卑贪婪，不知远计，不过进据临朐。退守广固，必不能守险清野。”南燕主超闻有晋师，引群臣会议。桂林王镇出谓韩曰：“主上既不能逆战却敌，又不肯徙民清野，延敌入腹，坐待攻围，酷似刘璋矣。”超怒，收镇下狱。乃摄莒、梁父二戍，修城隍，简士马以待之。刘裕过大岘，燕兵不出，以手指天，喜形于色。曰：“兵已过险，士有必死之志，余粮栖亩，人无匮乏之忧，虏已入吾掌中。”
六月己巳，刘裕至东莞。超先遣征虏将军公孙五楼、辅国将军贺赖庐及左将军段晖等将步骑五万屯临朐，闻晋兵入岘，自将步骑四万往就之，使五楼帅骑进据巨蔑水。前锋孟龙符与战，破之，五楼退走。裕以车四千乘为左右翼，方轨徐进，与燕兵战于临朐南。日向昃胜负犹未决。参军胡藩言于裕曰：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵间道取其城，此韩信所以破赵。”裕遣藩及咨议参军檀韶、建威将军向弥潜师出燕兵之后，攻临朐，声言轻兵自海道至矣。向弥擐甲先登，遂克之。超大惊，单骑就段晖于城南。裕因纵兵奋击，燕众大败，斩段晖等大将十余人，超遁还广固，获其玉玺、辇及豹尾。裕乘胜逐北至广固。丙子，克其大城，超收众入保小城。裕筑长围守之。于是因齐地粮储，悉停江淮漕运。
六年二月丁亥，中军将军裕克广固，南燕主慕容超出走，追获之，送建康斩于市，齐地平。是月，广州刺史卢循反，破庐陵，长沙。三月，征中军将军裕还，江州刺史何无忌与卢循战于豫章，死之。
四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩，并州刺史刘道怜入卫京师。
四月癸未，裕至京师。
五月丙子，豫州刺史刘毅与卢循战于桑落洲，败绩。丙辰，尚书左仆射孟昶自杀，中领军谢混代之。
己未，大赦。乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，梁王珍之屯南掖门，寇军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯南岸，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门。裕使宁远将军索邈领鲜卑突骑千余，皆五色被练，自淮北至于新亭。使咨议参军刘粹辅子义隆，镇京口。卢循党徐道覆请于新亭至白石，焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“不如按兵待之。”裕登石头城望循军，初见引向新亭，顾左右失色，既而回泊蔡州，乃悦。于是众军转集。裕恐循侵轶，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、乐园、廷尉三垒，皆以兵守。刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，死亡十七八。丙寅至建康，待罪。裕慰勉，使知中外留事。毅乞自贬，诏为后将军。
卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言悉众自白石步上。裕留参军沈林子、徐赤特戍南岸，断查浦，戒令坚守勿动；裕及刘毅、诸葛长民北出拒之。庚辰，卢循焚查浦，至张侯桥，徐赤特将击之，林之曰：“不如守险以待大军。”赤特不从，遂出战；伏兵发，赤特大败，单舸走淮北。林子及将军刘钟据栅力战，朱龄石救之，乃退。循引精兵大上，至丹阳郡，裕帅诸军驰还石头，斩徐赤特，解甲，久之，乃出屯于南塘。
六月，以中军将军裕为太尉、中书监，加黄钺；裕受黄钺，余固辞。
七月庚申，卢循南遁。诏解严，裕治水军于东府。甲子，裕使辅国将军王仲德等帅众追卢循。
十月，裕帅兖州刺史刘藩等甫击卢循，以刘毅监太尉留府，后事皆委焉。癸巳，裕发建康。
十二月壬辰，太尉裕率诸将大破卢循于左里，遣刘藩等率轻军迫之。
七年正月己未，太尉裕还军京师，改授大将军，加班剑二十人。
四月，卢循投水死，交州刺史杜慧度斩其尸，传首京师。
七月，以刘道规为征西大将军，开府仪同三司。
是岁，并州刺史刘道怜为北徐州刺史，镇彭城。
八年正月，丹阳尹郗僧施迁，以刘穆之代之。
二月，以吴兴太守孔靖为尚书右仆射。
七月甲子，武陵王季度卒。庚子，征西大将军刘道规卒。
八月，皇后王氏崩。辛亥，高密王纯之卒。
九月癸酉，葬僖皇后于休平陵。己卯，太尉裕害兖州刺史刘藩，尚书左仆射谢混。庚辰，裕矫诏罪荆州刺史刘毅，大赦。遣王镇恶陷江陵，刘毅自杀。裕以豫州刺史诸葛长民监留事，以北徐州刺史刘道怜为兖、青二州刺史，镇京口。壬午，裕帅诸军事发建康。
十一月己卯，太尉裕至江陵。
十二月，加太尉裕太傅、扬州牧。吏部尚书谢裕领军将军。
九年二月乙丑，太尉裕至自江陵，潜入东府。
三月丙寅，裕害前将军诸葛长民。奏行大司马温庚戍土断制。于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者，不在断例。戊寅，加太尉裕镇西将军，豫州刺史。
四月壬戌，罢临沂，湖熟皇后脂泽田四十顷，以与贫人，弛湖池之禁。
七月，益州平。
十二月，安平王球之卒。是岁，高句丽、倭国及西南夷铜头大师献方物。移秣陵县于斗场桓社之地。
十年三月戊寅，地震。
是岁冬，城东府。（《建康实录》：会稽文孝王道子宅。谢安薨，道子领扬州刺史，于此理事，时人呼为东府。至是筑城，以东府为名。其城东北角，有灵秀山。）
十一年正月，裕以荆州刺史司马休之等贰于己，帅师伐之，休之等遁走。庚午，大赦。丁丑，以吏部尚书谢裕为尚书左仆射。辛巳，太尉裕发建康，以中军将军刘道怜监留府事，刘穆之兼右仆射，事无大小，皆决于穆之。又以高阳内史刘钟领石头戍事。
三月辛巳，淮陵王菹卒。壬午，有群盗数百，夜袭冶亭，京师震骇，刘钟讨平之。
五月，论平蜀功，封刘裕子义隆彭城公，朱龄石丰城公。丁未，加太尉裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝赞拜不名。晋陵之谢方明迁南郡相。
八月甲子，太尉裕还建康，固辞太傅、州牧，其余受命。丁未，尚书左仆射谢裕卒。以右仆射刘穆之代之。裕自江陵还京师。
九月己亥，大赦。
十二年正月，加太尉裕都督南秦州，凡二十二州。
二月，裕加中外大都督，羽葆鼓吹，置左右长史、司马官。裕戒严，将伐秦，诏加裕领司、豫二州刺史。琅邪王德文请启行戎路，修敬山陵。诏许之。以太尉裕世子义符为徐、兖二州刺史。
五月癸巳，加太尉裕北雍州刺史。
八月丙午，大赦。宁州献琥珀枕于太尉。裕以琥珀治金创，得之大喜，命持碎分赐北征将士。裕以世子义符为中军将军，监太尉留府事。刘穆之为左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外；太尉左司马徐羡之为穆之之副；左将军朱龄石守卫殿省，徐州刺史刘怀慎守卫京师，别驾从事史张裕任留州事。丁巳，裕发建康，遣龙骧将军王镇恶等将步军自淮、肥向许、洛。建武将军沈林子、彭城内史刘遵考将水军出石门，自汴入河。
九月，太尉裕至彭城，加领徐州刺史。
十月己丑，诏遣高密王恢之修谒五陵，置守卫。
十一月，太尉裕遣左长史王弘还建康，讽朝廷求九锡，时刘穆之掌留任，而旨从北来，穆之愧惧发病。
十二月壬申，诏以裕为相国、总百揆、扬州牧，封徐州之彭城、沛、兰陵、下邳、淮阳、山阳、广陵、兖州之高平、鲁十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王上，裕辞爵。
十三年六月癸亥，林邑献驯象。太尉裕引水军发彭城，留其子彭城公义隆镇彭城，诏以义隆为北徐州刺史。
九月，裕入关至长安，秦主姚泓降，送建康斩之。
十月，诏进裕爵为王，增封徐州之海陵、东安、北琅邪、北东莞、北东海、北谯、北粱、豫州之汝南、北颍川、北南顿十郡，辞不受。
十一月，左仆射刘穆之卒，以太尉左司马徐羡之为吏部尚书、丹阳尹，代掌留任。裕欲留长安，经营赵、魏，闻穆之卒，以根本无托，遂东还。
十二月庚子，裕发自长安。
十四年正月壬戌，裕至彭城，解司州，征荆州刺史刘道怜为徐、兖二州刺史。
六月，裕受相国、封宋公、九锡之命，赦国内殊死以下。
十二月戊寅，裕遣王韶之弑帝于东堂，迎大司马琅邪王即位。
恭皇帝元熙元年，正月壬辰朔，改元，以山陵未厝，不朝会。立皇后褚氏。裕进爵为王，增封十郡。甲午，征刘裕还朝。庚申，葬安皇帝于休平陵。帝受朝，悬而不乐。以骠骑将军刘道怜为司空。
七月，刘裕始受进爵宋王，加十郡之命。
八月，刘裕移镇寿阳，以刘怀慎为北徐州刺史，镇彭城。
九月，刘裕自解扬州。
十月乙酉，裕以子义真为扬州刺史。
十二月辛卯，裕加殊礼。
二年六月壬戌，刘裕至于京师，傅亮承裕密旨讽帝禅位，草诏，请帝书之。甲子，帝逊于琅邪第，刘裕以帝为零陵王，居秣陵。