成祖永乐元年正月甲申，复前应天府尹向宝官。
二月丙寅，修京师通济桥。辛未，修皇城萧墙及卫士直庐。苏州府嘉定县言：“县有秦、赵二泾，旁近田地，资其灌溉。比缘潮汐往来，沙土淤塞，每遇旱暵，则泾旁之民，种不入土。近泾旧有小横沥，乞疏凿以通水利。”从之。
三月癸未，修扬州府江都县河东等乡边江圩岸。甲申，修太庙周垣。丙戌，浚苏州府昆山县葫芦等河。甲午，赈徐州、淮安民饥。丁酉，苏州府言：“霖潦决堤，伤稼。”命户部亟遣人修治。壬寅，京师雨水坏西南隅城五十余丈，命有司修治。
四月己酉，以苏、松诸郡频岁水患，屡敕有司督治，讫无成绩，命户部尚书夏原吉往治之。戊午，浚松江、华亭、上海盐运河、金山闸港、曹泾分水港。己未，上海县水，民饥，发储粟四万九千九十石有奇赈之。丙寅，以钞法不通，下令禁金银交易，犯者准奸恶论。有能首捕者，以所交易金银充赏。其两相交易，而一人自首，免坐，赏与首捕同。若置造首饰器皿，不在禁例。丁卯，淮安府蝗，命户部遣人捕之，仍验所伤稼，免其租税。初，溧水县民言：“溧水二县田地洼下，数罹水患，乞于广通镇置闸，以备潴泄。”命工部遣人视之，还言：“二县水，由固城湖上纳宁国、广德诸水，每遇霖潦，即注县境。且胭脂河与石臼湖诸水，不入大江，而奔注苏、松，皆被其患，宜于胭脂山、广通镇、及固城湖口二处筑闸坝，设管掌之官，庶几便民。”至是，设溧水县广通闸，置坝官一员。
五月癸未，升北京行部郎中张执中为应天府丞。壬辰，镇海卫军张琬言：“浙江定海诸处，实倭寇出没之地。今太仓当其冲要，本卫旧委官率舟师防御，然军士数少，加以四散下屯，设或遇警，无以备之。乞令苏州、镇海二卫原选虎贲士，以其半守护仓廒，其半与能干官员管领，增添舟船，镇守海口冲要之处，庶几寇至无虞。”从之。戊戌，上元县长宁乡蝗，命都指挥吴庸率兵捕瘗。壬寅，札部言：“昔建文罢淮安、徐州学校，今已复设，其岁贡生员请自明年始。”从之。
六月辛亥，上以久雨，苏、松等郡，水必泛溢，命侍郎李文郁往佐尚书夏原吉，相度被水田地，堪种者，趋民种之；后时者，除今年租税。甲戌，太仓卫城垣塌，命俟农隙修之。
七月乙酉，发官粟八千四百四十余石赈淮安，徐州诸郡民饥。辛卯，上元县耆民言：“洪武中，龙江复成桥下通三条湖，湖可容舟四百余艘，凡舟行率遇风涛，即趋湖内以避。濒年淤塞，不通舟楫，屡厄于风。乞仍旧开浚，以便往来。”从之。癸巳，扬州府知府张本迁江西布政司。乙未，昆山县水，给粟赈之。
八月戊申，夏原吉奏：“浙西诸郡，苏、松最居下流，嘉、湖、常三郡土田下者少、高者多，环以太湖，绵亘五百余里，纳杭、湖、宣、歙诸州溪涧之水，散注淀山等湖，以入三泖。顷为浦港湮塞，汇流涨溢，伤害苗稼。拯治之法，要在浚涤吴淞诸浦港，泄其壅遇，以入于海。按吴淞江旧袤二百五十余里，广百五十余丈，西接太湖，东通大海，前代屡疏导之。然当潮汐之冲，抄泥淤积，屡浚屡塞，不能经久。自吴江长桥至下界浦，约百二十余里，虽云疏通，多有浅窄之处。自下界浦抵上海县南跄浦口，可百三十余里，潮沙壅障，菱芦丛生，已成平陆。欲即开浚，工费浩大，且滟沙游泥，泛泛动荡，难以施工。臣等相视得嘉定之刘家港，即古娄江，径通大海；常熟之白茆港，径入大江，皆系大川，水流峻急。宜浚吴淞江南北两岸安亭等浦港，以引太湖诸水入刘家、白茆二港，使直注江海。又松江之大黄浦，乃通吴淞要道，今下流壅塞，难以疏浚。傍有范家滨至南跄浦口，可径达海，宜浚令深阔，上接大黄浦，以达泖湖之水，此即禹贡三江入海之迹。俟既开通，相度地势，各置石闸，以时启闭。每岁水涸之时，修筑圩岸，以御暴流。如此，则事功有成，于民为便。”上从其言，命集民丁开浚。苏州府知府汤宗，以坐视水患下狱。甲戌，简直隶苏州等十郡富民实北京。
十一月庚辰，松江府奏：“所属华亭县，征收秋粮，过期不完，请罪其县官。”上曰：“今年苏、松间有旱涝，秋粮固难卒办，县官职在抚治，不得辄以此罪之，再与期限可也。”壬辰，命工部尚书黄福等罢遣浚河民夫。初，洪武中免直隶应天等五府、州之民夏秋二税，但籍其丁壮，每岁农隙十月至十二月，有事则供力役，名“均工夫”者，著为令。及是内口淤塞不可行舟，上命发均工夫浚。适暄暖胥乐，赴工将毕。是日风雨沍寒，上召福等谓曰：“民服役久，衣食未必尽给，今旦遽寒甚，其各赐二锭，罢遣归。未毕之工，令京卫军士次笫成之。军士乃赐钞，克雇值。丙申，浚镇江府丹徒县甘露港等处河渠。丁酉，增设应天府六合县之六合驿、江浦县之江浦驿，淮安府宿迁县之石湖、赵庄、东庄三驿。
闰十一月癸丑，免直隶淮安，徐州今年秋粮之半。癸亥，浚扬州府通州徐灶、食利等港毕功，计万八千七十三丈，用工万一千七百有奇。庚午，浚扬州府江都县瓜州坝河道。壬申，修应天府句容县杨家港，王旱圩等处堤岸，计七千一百七十丈。
十二月己卯，修扬州府江都县永真抄边江圩岸。丁酉，改镇江府丹徒县之京口驿隶本府。
永乐二年正月乙巳，复命户部尚书夏原吉往苏州治水。原吉时自苏州还，言：“水虽由故道入海，而旧河港未尽疏通，非经久之计。”于是命复行，仍命大理寺少卿袁复副之。戊申，扬州府高邮州耆民言：“自州北门至张家沟湖岸，两京之要路，民田之巨防。湖纳天长、盱眙诸水，雨潦涨溢，风波冲蚀堤岸，每岁修筑，旋复倾圮，阻绝驿路，伤损民田。乞遣人相度重为修理。”从之。
二月甲申，除苏州府昆山等六县户绝田四千七百九十六顷九十一亩有奇之税粮。己丑，修镇江丹徒县练湖堤。己亥，扬州府海门县言：“县有张港墩、东明港，相去百余里，旧遇风涛，人多溺死，官为修筑堤岸，民赖以安。近因潮水冲激坏岸，其害尤甚。乞准旧例，拨淮安、苏、常三郡民丁农隙之时修筑。”上谕工部臣曰：“淮安之民近方安业，苏、常二郡多苦水患，不可重劳。其遣人验视，果便于民，则发扬州府所属州县民丁，协力修筑。”高邮州宝应县言：“境内范光，白马二湖堤岸，民资以御水患，而连岁为风浪冲啮，今东作方兴，乞权加修补，候农隙，发丁夫筑砌。”从之。修直隶兴化县南北塘岸。
三月己酉，镇江府丹徒县民言：“境内旧有江通湖水，旱可灌溉，涝得疏泄。后因淤塞，居民垦以为田，涝者淹及田庐，旱则灌溉失利。洪武中，虽尝浚涤，旋复淤塞。乞于农隙加疏治，永为民便。”从之。庚申，江宁县民因治父丧失火，延毁官民居数百间。
五月戊申，应天府丞王公亮迁。
六月庚寅，命参政宋性随夏原吉于苏、松治水。辛卯，苏、松等处水，民饥。命监察御史高以正往督有司赈之。乙未，命太子少师姚广孝等往赈苏、湖。
七月辛丑，作镇海卫横夹、大舍等港桥及筑新塘烟墩。丁卯，修应天府句容县东彭桥。
八月庚辰，修徐州浮桥。戊子，松江府华亭、上海二县，以今岁水灾，令低田税粮以帛代输。庚寅，免直隶邳州睢宁县今年牛租。
九月戊辰，初，户部尚书夏原吉言：“苏松水患，莫甚于太湖。泄太湖之水，莫急于疏下流。今各处旧泄水港浦，间有浅狭淤塞者，请及时疏浚。”从之。至是浚苏州千墩浦、致和塘、安亭、顾浦、陆皎浦、尤泾、黄泾共二万九千一百二十丈；浚松江大黄浦、赤雁浦、范家滨共万二千丈，而下流疏通矣。
十月乙卯，减苏州府昆山县荒田租税三千四百四十石有奇。
十一月辛丑，江宁县民言：“自龙江至三山门，河道窄狭，各处馈运之舟，众集江浒。卒遇风涛，多致损坏。乞浚江东门外北河，令深广以纳馈运之舟。”从之。癸卯，镇守淮安都指挥施文言：“淮安诸坝，舟航往来，每遇天旱，坝下淤浅，重劳人力。近城旧有清江浦二闸，比年坍坏，乞命有司修砌，以便往来。”从之。浚仪真清江坝下水港。扬州府泰兴县言：“缘江圩岸，东至新河，西尽丹阳，界长六千六百五十丈，高一丈五尺，顷被江水冲决，为民患，请发民丁修筑。”从之。戊申，修六合县瓜步等屯圩五千余丈。丙辰，工部侍郎赵毅等奏：“镇江府民言：乞于本处凿山开河，以便漕运，约用九十八万人，数月可成。请遣官验视。”上以民困工大，不可轻役，止之。戊午，苏、松等府水灾，蠲其今年税粮。
三年三月丙午，淮安邳州言：“民饥甚，计其口数，请得粟九千石赈之。”上以秋成之期尚远，命倍其数给之。
四月丁卯，修京师三山门内接仙桥。壬申，除苏州府属户绝无征田租。
五月辛酉，修汉秣陵尉蒋子文庙。癸亥，淮安府海州言：“临洪场民，岁于筦渎场界耕种输作，陆运艰难。州北旧有河，上通高桥，下接临洪，近年淤塞，乞疏浚以便舟楫。”从之。
六月甲申，命户部尚书夏原吉等往赈苏、松饥民。乙酉，修太仓卫城池。丁亥，拓西安门外地，改筑西华门外皇墙。辛卯，以苏、松被水，民饥，令所在有司，善加绥抚，毋得驱逐。候水退，令复业，无粮食种子，并官给之。
七月戊戌，浚淮安府山阳县运盐河一十八里。丁未，徙水军右卫治于鼓楼之西，旧治在西安门外，以拓皇墙，故徙之。己酉，修后湖黄册库。癸丑，除苏州府昆山县荒田租二万七千七百石有奇。
八月丙子，修京师会同馆。戊子，移应天府溧水县东坝批验盐引所于新河口。
九月甲午，除镇江府丹徒县坍没田税百一十一顷有奇。丁酉，免苏、松、常三府被水灾民今年税租。
十月壬申，泰州知州董仪迁。
十二月乙丑，浚淮安府支家河一万一千九百七十丈。
四年二月庚午，复建承天门。建文时门灾。上初即位，群臣议复建，上以民力未苏，故缓。而至是始建云。丁丑，直隶应天府、镇江、扬州所辖州、县，各增设州判官一员、县主簿一员，专理马政。
五月乙未，溧水县言：“水决仪凤等乡岸，妨民耕种，请用民丁修筑。”从之。丁酉，户部言：“直隶常州水，民饥。”命给米稻赈之。辛亥，修灵谷寺。
七月甲午，直隶丹徒县民饥，给米稻赈之。
闰七月戊午朔，升后军都督府经历伏伯安为两淮盐运使。辛未，修应天府江浦县沿江岸堤。
八月庚子，改宜隶应天府江淮驿隶江浦县。癸卯，修淮安府清河县爬泥荡桥。
九月癸亥，扬州府泰州判官黄通理言：“州境旧有运盐官河，每遇霪雨辄泛滥，伤民田宅。乞于晋定泰河及西溪、南仪阡三处，各开水口，使下流经兴化，盐城界入海，仍各置闸，以时启闭，永为民利。”从之。戊辰，赈苏、松、嘉、湖、杭、常六府流徒复业民户十二万二千九百有奇，给粟十五万七千二百石有奇。
十月癸巳，改直隶扬州府高邮州界首递运所、江都县邵伯递运所，仪真批验茶引所、邵伯，瓜洲闸坝，并隶本府，仪真县递运所仍隶本县。乙未，命镇江、苏州等府卫造海运船八十八艘。己亥，浚苏州府常熟县福山塘计三十六里。
十一月癸亥，户部言：高邮州东河等处塘岸倾圮，江都县刘家圩港淤塞，命有司发民修浚。癸酉，复设直隶松江府军储北仓。
十二月丁亥，常州府孟渎河闸官裴让言：“河自兰陵沟北至闸，六千三百三十丈，南至奔牛镇，一千二百二十丈，年久湮塞，艰于漕运，乞发民疏治。”命右通政张连发苏、松、镇江、常州民丁十万浚之。
五年正月癸酉，升济南府同知蒋延瓒为两淮都转盐运使。丁丑，修嘉兴、苏州、吴江、长洲、昆山、松江、华亭堤岸。
二月辛亥，修淮安仓并淮堤。
九月庚午，直隶苏州府嘉定县僧会司奏：“县旧有僧六百余人，今仅存其半，请以民之愿为僧者，令披剃给度牒。”不听。上谕礼部臣曰：“国家之民，服田力穑，养父母，出租赋，以供国用。僧坐食于民，何补国家。度民为僧，旧有禁令，违者必罪。”丁丑，设苏州府嘉定县清浦场盐课司。
十月丙申，命淮安等卫造海运船九十七艘。
十一只戊辰，时上以淮安、河南漕运，皆至通州，特命增设通州左卫，建仓庾以贮所漕运之粟。
六年三月丁丑，苏州、扬州二府言：桧花为瑞。上曰：“近苏、松诸郡，水潦为灾，有司往往蔽不以闻。昨有奏柏花为瑞者，已责其欺罔，今又言桧花，小人之务谀说也，可恶。”遂降玺书切责之。
十月甲辰，修京师聚宝门城垣。
十一月庚戌，命直隶苏、松府造海运船。
十二月癸巳，增置江淮至新桥二十一驿，每驿车一百辆，无车者增民丁五百。戊戌，命丰城侯李彬充总兵官、都督费巘充副总兵，统率官军，自淮安沙门岛缘海地方剿捕倭寇；命都指挥罗文光充总兵官、指挥李敬充副总兵，统率官军，自苏州抵浙江等处缘海地方剿捕倭寇。
七年二月丙子，进封汉秣陵尉蒋忠烈之神为忠烈武顺昭灵嘉佑王，遣太子太师淇国公丘福祭告。置在京二十五门城门郎，正阳、朝阳、通济、聚宝、太平、三山、石城、金川、仪凤九门为内门，每门设城门郎二名；江东、驯象、安德、风台、双桥、夹岗、上方、高桥、沧波、麒麟，仙鹤、姚方、观音、佛宁、上元、金川十六门为外门，每门设城门郎一员，皆正六品，选武职舍人为之。
三月壬子，添设三山门城门郎一员，专掌水关。
七月戊寅，行在户科给事中黄惟正言：“苏州府长洲、嘉定二县，政务繁冗，而知县江浩、王严皆由蓝生始仕，巽儒无为，请改用能者。”上顾尚书方宾曰：“人才力不齐，用之须称所能。譬如舟车任载，倍其所受，则必败。苏松繁剧，诚非新进庸才可办。江浩等即召回改用，别选老成谙练者任之。”甲午，修葺京师城垣门楼、葡舍、水洞。
十月壬戌，命苏州等府卫造海船。
十一月癸巳，修邳州卫城。
十二月己未，扬州府泰兴县耆民言：“县南拦江堤岸，为风涛冲激，沦入于江者三千九百余丈；又大港北自县河，南出大江，淤塞四千五百余丈，请命浚筑。”皇太子遣官相度修治。
八年三月辛未，工部言：“淮安府淮河南岸坍圮，延及仓廒墙垣，宜令有司修筑。”皇太子从之。壬申，修直隶镇江卫城池。己卯，修镇江府丹阳县练湖塘。己丑，都察院左都御史陈瑛启：“苏州府妖妇邹氏，诬降邪神，律法当绞，其子粱阿住，累乞代死，据法不可从，而坚请不已。”皇太子曰：“此亦人情所难，可特以子之故，曲宥其死。然妖人不罪，无以示惩。”命杖而遣之。
四月丙午，应天府江宁县知县王凯言：“工部近于龙山官民田地置厂，储营造林，乞蠲除其税粮。”皇太子从之。
五月戊子，工部启：“修淮安府淮河堤岸，以固大河卫城池。”皇太子从之。
六月戊申，设淮安府宿迁县黄河渡口、峿山路口二关隘。
七月辛巳，皇太子命户部赈直隶镇江等郡饥民六千七百余户，给稻万六千一百三十石。
八月癸丑，修扬州府宝应县塘岸八十里。
九月甲戌，修直隶高邮卫城池。
十月戊戌，降刑部左侍郎刘季篪为两淮都转运盐司副使、应天府府尹向宝为两淮都转运盐司判官。先是，季箎及宝皆有罪当黜，以在朝久，特宥而用之。戊申，户部言：“直隶苏州府昆山县民饥，尝贷预备仓储，以累岁水灾不能偿，乞折输钞。”皇太子从之。
十二月壬寅，重建醉仙楼，楼在三山门外，洪武中所建，比毁于火，故复建之。户部尚书夏原吉言：“直隶扬州府如皋县去年五月六月水没民田四十五顷有奇，宜蠲其租。”从之。癸卯，苏州府吴江县言：“石塘官路，右临太湖，左边松江，南至平望、嘉兴，连年土石坍塌，桥梁断坏，请及时修理。计用三万七千四百余人，半月可完。”从之。敕通政赵居任督之，务令坚固，毋虚劳民力。己未，直隶徐州砀山县言：“连岁水灾，田粮薄收，租税乞折钞。”从之。
九年正月丙戌，扬州府高邮州言：“城北张家沟塘岸三十里，旧用砖石包砌，防遏甓社等九湖及天长诸水。近因下雨浸淫，山水暴涨，冲决塘岸九百八十丈，又自张家沟北至宝应县，南至江都县，东至兴化县界，塘岸百余里，间有坍塌，乞发丁夫，如旧修治。”皇太子命工部核实修筑。
三月戊辰，修扬州府泰州河堤万八千六百丈有奇。壬申，浚扬州府瓜州坝河道及修通江、减水二闸。已卯，除直隶泰州如皋县民死亡无征租税。庚寅，修苏州至嘉兴石土塘桥七十余里，泄水洞百三十一处。
四月丁酉，免直隶淮安府安东县永乐七年牛租。壬寅，守聚宝门千户赛：“有民入城检其行李，得金镯及银数锭，于法不应。”上问刑部尚书刘观此何法。对曰：“法不得以银交易，百姓不得用金首饰。”上曰：“禁民交易服用，何尝禁其藏蓄？”命悉还之。顾千户谕之曰：“尔职守察诘奸细。民违法，何预尔事，今姑宥尔，如再越职厉民，必罪不宥。”
六月甲午，户部言：“淮安府沭阳县四月雨雹伤稼，计田五百三十九顷有奇。”诏免其租。辛丑，淮安府沭阳县知县王泰言：“县南沭河，北连山东，南通淮安。洪武间尝疏浚，以便转运，今壅塞四十余里，转输既难，水复为患，乞于农隙浚治。”从之。甲辰，直隶扬州府通州、泰兴、江都、仪征、海门等县，风雨暴作，江潮泛涨，坏房舍，漂流人畜。事闻，命户都速遣人巡视抚恤。
七月癸未，修淮安府沭阳县业墟庄南北二桥。
八月甲午，浚常州府江阴县青旸等处河道。
九月己巳，修京城上方、高桥二门。甲午，两淮徐渎浦场盐课司，海潮泛滥，淹没盐仓，亏盐千四百十六斤。
十一月辛巳，上念徐州齐眉山等旧战斗之所，有战死者，虽尝遣人收瘗，犹虑未尽。遂遣监察御史张俨等巡视，督有司遍行收瘗，有暴露者，罪坐所在官司。
闰十二月己卯，革常州武进县之剩银河闸，时河淤塞，已别开孟渎河，故革之。
十年正月乙未，两淮都转盐运使鲍浑等言：“近年朝廷以营造召商中纳北京盐粮，乞仍令各处罢中，往岁所中盐者亦令停支。今淮、扬二府人民每岁食盐五万余引，亦宜暂停，候北京罢中然后给与。”从之。
三月丙申，增置应天府都税司副使二员，分管三山门外沿河塌房官税。
七月丙戌，以水灾免直隶吴江、长洲、昆山、常熟四县粮十三万八千六百九十石有奇。
八月丁丑，重建应天府天禧寺。
九月甲午，浚松江府上海蟠龙江，袤十四里，广十丈。
十月戊午，初，平江伯陈瑄言：“苏州府嘉定县濒海之墟，正当江流冲会，海舟停泊之所。其地平迤，无大山高屿，漕舟于此，或值风涛，触坚胶浅，辄致倾覆。乞于县之清浦，筑土为山，立堠表识。”从之。命有司征军夫，令瑄督其役。仍敕瑄曰：“若工难成，宜速馈运，无失风堠，候农隙为之。”至是成，方百丈，高三十余丈，赐名宝山，上亲制碑文记之。
十一月丙戌，修扬州府仪真县缘江堤岸。壬寅，命扬州等卫造海风船六十一艘。丙午，浚镇江府京口，新港、甘露三港。
十二月壬申，户部臣言：“邳州今岁霪雨伤禾稼，民乏食。”命监察御史乘传往赈之。陛辞，上谕之曰：“民命朝不保夕，尔往，当如救焚拯溺，不可顷刻稽滞。”乙亥，以明年巡狩北京，敕直隶扬州等卫，选精锐骑士及步卒，各委官管领，赴徐州等处驻扎。俟车驾至，扈从。给行粮及赐钞，为道里费。
十一年正月丁亥，苏州府同知柳敬中言：“昆山之太平河，东通大海，西接福兴河，上达阳城湖，为利最溥。近年淤塞，旱涝俱不便，今欲疏浚，约用人七万八千四百，计二十五日可完。”上曰：“役久则民劳，迟则妨农，其征旁近民夫十万亟成之。”壬寅，以徐州饥，蠲其民逋租六万三千八百石，而论其州、县官不言民瘼者罪。
二月癸丑，户部言：“直隶崇明等州县民饥。命发附近官廪米赈之。乙丑，车驾发京师，狩巡北京。命皇太子监国，其留守事，悉准永乐七年之制。
三月癸未，应天府言：“新河圩岸为风涛冲啮四十余丈。”皇太子命工部修筑。
五月丁酉，淮安府盐城县蝗。丙午，修京师神乐观及醴泉亭。
六月甲寅，上召行在户都臣谓之曰：“人从徐州来，言州民以水灾乏食，有鬻男女以图活者。人至父子相弃，其穷已极。即遣人驰驿发廪赈之，所鬻男女官为赎还。”乙亥，增设应天府州、县官：府通判、州判官、县佐各一员，专理马政。
七月壬午，户部言：“通州海门县官民田，近被风潮冲坍入江者，该输粮三千五百八十余石。”命除之。甲辰，修孝陵神厨、神库、宰牲亭、灵星门。乙巳，苏州之长洲、昆山二县奏，去年河水泛滥，淹没民田，其税粮乞俟今秋征输。上谕曰：“农民终岁勤动，供税之余，衣食恒不足。既去年田被灾，而欲以一年所种为二年之租，民之衣食何由而措。户部宜核实，蠲其被灾之租。”凡蠲田若干顷。
九月丁亥，以建昌府知府于潜为应天府尹。辛丑，命镇江等府、卫改造海风船。
十月丙寅，遣副都御史李庆赍玺书命皇太子录南京狱囚。死罪情重者，系狱听决；杂犯死罪以下，皆从赎罪例发遣。时天气向寒，上虑狱囚淹滞，故有是命。辛未，命诸将整饬士马。敕淮安、徐、邳诸卫简士卒、精器械以俟命。”
十一月乙未，右军都督同知薛斌言：“都督吴成等于斌所领随驾三千马队官军内，多选旧鞑靼人隶其麾下，致原伍多缺。”上命于在京及直隶扬州、高邮诸卫，选精壮者补之。
十二年正月庚于，命直隶徐州等卫，不分屯守，各选军士，以指挥、千百户率领，都指挥总率随军运粮。辛丑，发淮安、徐、邳等处民丁十五万运粮赴宣府。其运粮民丁，悉给行粮及道里费，仍免徭差一年。
三月庚辰，直隶扬州府水灾，命户部遣官验视被灾之民，赈之，凡六千二百户。
五月丁丑，皇太子命赈给直隶苏州府吴县之民被水灾者。
六月戊申，皇太子免直隶扬州府通州被水灾田九十一顷六十四亩租税。丁卯，皇太子命户部赈济直隶常熟县被水饥民万三千四百六十余户，计谷四千二百三十石。
八月甲辰，浚淮安府海州城南官河二百四十里。丙午，修通州三河等处水决堤岸。
闰九月丁巳，苏州府崇明县耆民宋杰等言：“比因风潮暴至，漂民庐舍，被灾之民五千八百三十余家。”上敕户部给米钞赈之，凡给米万二千四百余石，钞十二万八千三百二十五锭，仍免差徭二年。
十月甲午，常州府江阴县请浚万岁河及塘泾等河。从之。
十一月辛亥，浚苏州府昆山县太平河。庚申，蠲苏州水灾田租。初，有司议减半征之。上谓户部尚书夏原吉等曰：“民田被水无收。未有以赈之，不可征税也。”于是悉蠲之。
十三年正月戊辰，设淮安府常盈仓、徐州广运仓，并置大使、副使各一员。
二月己巳朔，浚扬州府瓜州坝河道。一至瓜州巡检司、一至江口，通六百余丈。癸未，置南京城门郎：正阳、通济、聚宝、三山、石城、清江、定淮、仪凤、钟阜、金川、神策、太平、朝阳十三门，每门六员，秩正六品。其石城、清江、定淮、仪风、金川五门增注二员，专巡江。
五月乙丑，开清江浦河道。凡漕运北京，舟至淮安，过坝渡淮，以达清江口，挽运者不胜劳。平江伯陈瑄时总督漕运，故老为瑄言：“淮安城西有管家湖，自湖至淮河鸭陈口仅二十里，与清河口相直，宜凿河引湖水入淮，以通漕舟。”瑄以闻，遂发军民开河，置四闸，曰移风、曰清江、曰福兴、曰新庄，以时启闭，人甚便之。
六月甲午，苏州府吴江县丞李昇言：“苏、松水患，莫甚于太湖。欲泄太湖之水，莫急于疏下流。近时所疏河道，岁久不免淤塞。今观常热之白茆诸港，昆山之千墩等河，长洲十八都港汉，及吴县、无锡等处近湖河道，皆太湖之下流。若循其故迹，浚而深之，仍修蔡泾等闸，俟潮水来往，以时起闭，庶免泛滥之患，而民获耕种之利。”从之。
八月戊于，增置淮安府常盈仓大使一员，副使三员。庚寅，霪雨坏正阳门台址，命工部修之。
九月癸丑，浙江治水左通政赵居任言：“苏松等六府，自春及秋，雨旸不愆，民乐耕种，比之往岁，实为丰年。”上谓行在户部尚书夏原吉等曰：“两京供亿多出于此，比年来水旱相继，民罹饥寒，朕深忧之。居任为人虽颇廉勤，然好佞上而不恤下，斯言殊未可信，宜遣人验视，母为所欺。
十月庚午，修京师朝天宫。壬申，降两淮盐运使岳福为浙江布政司右参议。
十二月，是月免直隶苏州水旱粮刍。
十四年四月壬申，修京师大祀坛及神乐观、山川坛、懿文陵。壬午，设直隶淮安府山阳县之清河、福兴、清河县之新庄、邳州之乾沟、徐州之沽头上、沽头下、沛县之金沟等闸，置闸官各一员。
五月庚子，修扬州府邵伯上、下二闸；甲辰，赈直隶砀山、萧县诸县饥民。丁巳，直隶金山卫奏：“有倭船三十余艘，倭寇约三千余，在海上往来。”敕辽东总兵官、都督刘江及各都司缘海卫所，令护备及相机剿捕。
六月丁卯，升江南按察司副使顾佐为应天府尹。
九月甲寅，直隶淮安府言：盐城县飓风，海水泛滥，伤民田二百十五顷有奇。
十月癸未，车驾自北京返京师。
十五年二月丁丑，修京师孝陵殿宇。
三月壬子，车驾发京师，巡狩北京。
四月壬戌，车驾次夹沟，亲祀徐王坟。以镇抚武勘为徐州卫指挥佥事，守王坟。
八月己酉，嘉兴府贼倪弘三等伏诛。弘三纠集无赖作乱，劫掠乡村，三年众至数千，往来苏、湖、常、镇诸郡，杀害官民商贾不可胜计。发兵二千，合浙江都司兵讨之，反为贼所败，官军多被杀伤，其势益横。浙江按察使周新，一志讨贼，立赏格，躬督兵搜捕，列木栅于小江港，断其走路，贼无所容，乃趋北河。新遣壮勇蹑至桃源县，生絷其首数人送京师，至是皆磔于市。苏、湖诸郡之民始安。丙寅，再定应天等府、州养马例。初，行在兵部言：“太仆寺马，洪武初，以应天、太平、镇江、扬州、庐州、凤阳六府，滁、和二州民牧养。其后马多，乃令淮、徐之民分养。今太仆寺又言马蕃息，宜令安庆、宁国、广德分养为便。”上曰：“安庆三府，只循洪武例，马多则令郡臣别议分养。”至是定议：风阳、庐、扬、滁、和在江北者，五丁养一马，应天、太平、镇江在江南者，十丁养一马；若后马益多，江南十丁内增一马；淮、徐郡虽近时始养马，亦宜计丁始均，以闻。从之。
十六年四月丁未，升副使陈鄂为应天府尹、礼部郎中叶春为两淮盐运使。
八月己卯，置通州卫通济仓。
十月辛巳，下令京城，凡盗马者，斩。
十一月辛未，免苏、松民营造，令馈送北京。
十七年二月庚寅，通政司左通政赵居任卒。居任，应天府溧阳县人。洪武中，以耆老授通政司左参议，升山东布政司左参议，再升左通政。尝奉使日本，其国王赠以名马方物，悉却不受。上闻而嘉赉之，命往苏、松治水。居任虽以清介自持，而无恤民之心。在苏、松十余年，督治水及农务，每霖雨投田禾，不待雨止，广集民男妇踏车出水，随去随溢，低田终不可救。高乡之民困于其役，不得尽力农事，而居任恒以丰稔闻。至是以疾卒，民用慰悦。
六月丁亥，直隶扬州府如皋县丞刘逊言：“洪武中，县民五户养一马，民田税粮全免，官田减半。比年新佥养马户，税粮未免，其有孳生不及数者，责令买补，以致税粮逋欠，乞如例优免。”从之。
十八年二月己未，升平凉府知府何士英为两淮盐运使。
八月戊申，修京师孝陵殿。
十月壬子，皇太子发南京，赴北京。
十一月丁卯，以明年改行在所为京师。议守卫南京留守五卫，每卫调官军一半来北京，开设留守五卫。悉从之。命兵部以孝陵、济川、广洋、水军左右、江阴、横海、天策、英武、飞熊、广武、应天等卫留守南京；留守中、左、右、前、后五卫官军，分守南、北二京。戊辰，上以明年御新殿受朝，诏天下曰：“开基创业，兴王之本为先，继体守成，经国之宜尤重。昔朕皇考太祖高皇帝，受天明命，君主华夷，建都江左，以肇邦基。肆朕缵承大统，恢弘鸿业，惟怀永图，眷兹北京，实为都会。惟天意之所属，实卜筮之攸同。乃仿古制，徇真情，立两京，置郊社宗庙，创建宫室，上以绍皇考太祖高皇帝之先志，下以贻子孙万世之弘规。爰自营建以来，天下军民，乐于趋事，天人协赞，景贶骈臻，今已告成。选永乐十九年正月朔旦，御奉天殿，朝百官，诞新治理，用致雍熙。於戏!天地清宁，衍宗社万年之福，华夷绥靖，隆古今全盘之基。故兹诏示，咸使闻知。”乙亥，遣官责敕召皇太孙，期十二月终，随皇太子至北京。壬午，革北京刑部并属吏、户、礼、兵、刑、工六曹清吏司、照磨所、司狱司，其属官俱调用，及革行在户部、刑部及南京之户部、刑部之北京清吏司、行在都察院并南京都察院之北京道。乙酉，皇太孙发南京。
十九年四月庚子，奉天、华盖、谨身三殿灾。
六月甲辰，赈苏州府吴县饥民。
八月丁巳，敕直隶徐、扬、邳、淮安等卫，通选步骑若干，委能干指挥率领，以明年春至北京。
九月丙寅，修直隶高邮州新开湖塘岸。
二十年七月辛未，户部言：“应天府溧阳县、扬州府宝应县、徐州萧县，霪雨伤稼。”皇太子令遣官巡视。
二十一年二月甲戌，工部言：“淮安卫土城低薄，宜令军士增筑。”从之。
三月已亥，盗入南京大祀坛天库，盗苍璧二、黄琮一。命西宁侯宋琥督南京五城兵马捕贼。
五月丙戌，设直隶淮安府山阳县移风闸，置闸官一员。
八月丁巳，直隶苏州府嘉定县言：“境内圩岸，南至松江处，计五十余丈圮于潮水，请命修筑。”皇太子从之。
九月壬午，江阴等卫都指挥佥事周鼎等九百九十二人，奉使榜葛刺等国回。皇太子令礼部赏钞有差。
二十二年三月甲辰，南京天禧寿将成，赐名大报恩寺。上亲制碑文。
五月丁丑，修苏州府嘉定县海提一千五百八十三丈。己亥，免直隶扬州累岁水灾田粮。
六月庚申，修南京天地坛大祀殿、山川坛正殿、懿文陵神厨、库房。戊辰，南京中军都督府言：“久雨，坏聚宝门城垣，请发军修理。”皇太子从之。
七月丁未，命驸马都尉沐昕掌南京后军都督府事。命太监王贵通率下番官军赴南京镇守。宫中诸事同内官米卜花、唐观保，外事同驸马都尉、西宁侯宋琥、驸马都尉沐昕计议而行。
八月庚申，调南京兵部尚书赵羾任南京刑部尚书；升刑部右侍郎张本为南京兵部尚书兼南京都察院事；吏部右侍郎师达为南京户部尚书兼南京吏部事。
闰九月庚寅，通政使司左通政乐福言：“命治水苏、松、常等府，今岁各府田稼多为水淹没，请宽其税，俟来岁并征。”上曰：“今岁以恤民故宽之，若来岁并征，民输亦难，其令以钞、布代输。”
十月壬寅朔，命户部：“苏、松等府被水灾处，今岁秋粮悉令折输布、钞，如永乐五年恤民之例，每石输布一匹，或钞六锭。”南京户部行用库，专市民间金银，至是罢市，故革之。戊申，水没徐州萧、沛等州、县田七千二百九十顷有奇。事闻，诏悉蠲其今年租税。乙卯，召镇守徐州忻城伯赵彝还，以其老不胜事也。丁巳，户部奏：“京师岁用粮五百万石，今江南岁运越三百余万，而不足以供。请自来岁于淮安等府增运，以备此数。”从之。
十一月庚辰，上以钞法久滞，又闻南京抽分场旧所积薪，及龙江提举司所积竹木甚富，有至二三十年者。因叹曰：“积聚本以资用，今京师军民得薪甚难，与其积久以待腐，何若散之以利人。”遂谕工部臣：“其二处所积，除足岁用外，余并以鬻军民，每百斤官价钞五贯，悉收昏软旧钞。庶以便民。”辛巳，命工部：“应天等府岁办芦柴，自明年为始，什二征本色，什八征钞，每一束准钞五贯，悉收昏软旧钞。”盖上念民贫及钞法未通故也。
十二月丁未，监察御史胡启先言：“南京有龙蟠虎踞之势，长江天堑之险，国家根本所在，若使臣下镇之，是授以控御之柄，伏乞命皇太子留守，以系人心，以固邦本。”