二十五年正月庚辰，敕刑部郎中朱衡，王时俭往南直隶江南、江北恤刑。
二月甲午，裁革扬州朝宗二闸。从总督漕运都御史王奏。
三月甲子，升户部左侍郎夏邦谟为南京户部尚书。乙丑，太仓州海寇平。庚辰，户部复：“巡抚应天都御史欧阳必进言，应天等十一府旱灾，乞留解京银三万两赈济。”许之。癸未，以淮、扬重灾，命两淮运司发余盐银二万五千两赈恤灶丁。
五月戊午，升太仆寺少卿蒋应奎为应天府府尹。
六月壬子，升刑部左侍郎俞茂坚为右都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。
九月壬申，升工部左侍郎杨麒为南京工部尚书。己卯，以水灾，诏免淮、扬所属州、县税粮有差。
十月壬寅，巡抚应天都御史欧阳必进等言：修浚苏、松水利，乞议处财用，留正官，添设管工郎中。上从部议。以东南连年灾伤，修治事宜，惟令彼处抚按官严督所司相宜举行。水利郎中不必增设。
二十六年二月戊申，吏部给事中张汝栋劾奏总督南京粮储，右佥都御史杨宜不职宜罢。因请裁革南京督儲都御史。吏部复言：“宜资望已深，简用前职，未闻不称。”诏宜调外任用。其南京粮储应否裁革，还会户部议奏。于是二部会复：“南京户部有尚书掌理部事，侍郎带管粮储，自不相妨。京、通二仓，具系户部堂上官总督，南京事体，宜与相同。都御史不必设，巡仓御史原设二员，比照北京事例，亦宜裁省一员。”诏俱从之。
三月乙卯，升兵部左侍郎万镗为南京刑部尚书。
四月癸卯，升大理寺左少卿周释提督操江。
六月戊戌，以灾伤免扬、淮所属州、县夏税有差。
九月己未，以灾伤免徐、沛、萧各州、县秋粮有差。丙子，升南京都察院右都御史韩邦奇为南京兵部尚书，参赞机务。
闰九月丁酉，升兵部左侍郎赵廷瑞为南京户部尚书。辛丑，升应天巡抚欧阳必进总督漕运兼巡抚凤阳。
十月辛亥，升广东左布政使周延为都察院右副都御史，总理粮储，巡抚应天。甲寅，户部会议漕运补脚米事宜。谓：“南京、江北、中都五总浅船俱在瓜、仪二坝寄泊。官军至江南领兑，惟江北三总有过江脚米一斗三升，为雇船盘坝修船之用。其南京卫分，每石止有雇船过江脚米七升，而盘坝旱脚，俱于各船本等加四耗米内支费，又无余米帮助修船。查得领兑江浙三六耗米，每石扣斗米，折银五分，除解军之料价外，量扣一分，以充诸费。”报可。
十一月壬辰，开户部右侍郎韩士英总督漕运，兼巡抚凤阳。
二十七年二月丁未，遣户部郎中宋尚文至苏、松、常、镇，催查京粮。乙丑，吏部左侍部张治为南京吏部尚书。己巳，革苏州总兵周彻任，以御史吴相劾其交夷通贿也。乙亥，改总理河道右副都御史胡松总督漕运兼抚凤阳。
三月丙子，巡按直隶御史陈九德言：“国家财赋，仰给东南，而苏、松、常、镇四府居半，但其土沃民饶，飞诡百出，管粮同知，权轻不能镇压。或持法稍严，豪猾大姓，辄相与排挤去之。故奸弊滋长，国赋不登。请特重其事权，以苏、松兵备兼理。”从之。丙申，添设直隶苏州府新闸闸官一员。丁酉，以服阕提督南京粮储、右佥都御史王守总理河道。
四月庚戌，命南京前军都督府掌府事、丰润伯曹松提督操江。甲戌，以暄热，命南京法司审录系囚，当出者，贳减有差。
九月辛巳，以灾伤，免淮、扬、徐属邑及卫、所屯粮有差。丁亥，升都察院右副都御史龚辉总督漕运兼巡抚凤阳。
十月丁未，以江洋多盗，夺江淮总兵李俊俸半年，戴罪防守。下指挥孙金等巡按御史问。
十一月乙亥，两淮巡盐御史陈其学言：“两淮民灶田中多混淆，赋役不均，宜履亩划界，仍勒石以垂久远。凡灶丁买民田者，三十亩以上、五十亩以下，应民役之半，百亩以上，役与民同。又南京户部关支食盐于仪真批验所者，权重不如法，宜较勘如一，以示平准。至于各岁漕船还日多带私盐，吏不敢诘，当于淮安之三汊口、扬州之东关水口，令郡佐一人稽察。且沿海近场与行盐之地，各卫、所不领于宪臣，不便防奸。自今、凡事干盐法者，悉听巡盐官处分，他司勿有所与。”下户部，复可。俱允行。戊寅，户部议上漕运新定事宜：“一、凡违限有司、军卫官，俱听监兑主事于兑完之日，会按臣弹奏，本部分例题复。有司则属各按臣逮问，军卫则属督漕都御史发理刑主事治罪；一、江南势豪之家，粮至数百千石以上，不早入仓，有司因使之自运，不领于粮长，初亦甚便。今则缘此多掺糠秕，强军私兑，不足则计户科敛以兑之。宜行各郡邑长吏，俱以岁十月开仓，即赴漕运官报完。诸如前者，罪以律。有司催征失期，至误一百石上者，夺俸视事，二百石上者，罚递加；一、其溧阳运米于无锡水次者，民苦不便，宜还本县。”报可。己亥，升太仆寺卿方纯为都察院右佥都御史，总理河道。
十二月丙午，升南京都察院右都御史刘訒为南京工部尚书。辛酉，命镇远侯顾寰充总兵官，提督漕运，兼镇守淮安地方。戊辰，福建海贼林成等流劫至南直隶界，苏、松兵备副使魏良贵檄太仓州署印同知周凤岐等，集兵捕之，擒斩三十余人。事闻。诏赐良贵银币，凤岐等操江抚臣犒赏。
二十八年正月辛卯，先是，直隶巡按御史陈其学奏：“漕运、河道二臣皆国计所系，非久任无以底绩。前年秋冬间胡松推河道，韩士英推漕运。去年春初，士英始莅任，不逾月升南京户部尚书，仍以松代。松至淮，亦不逾月，升户部右侍郎，彼此更代，视如传舍。宜行久任，以专责成。待其年资渐深，劳勋茂著，然后不次擢用，庶于国计有裨。”吏、兵议复。报可。
二月丁巳，改南京礼部尚书王学夔为南京吏部尚书。癸亥，升云南左布政使吕颛为应天府府尹。乙丑，改南京刑部尚书万镗为南京礼部尚书。己巳，升福建布政司右参议何鳌为应天府府丞。
三月壬申，改南京工部尚书刘讱为南京刑部尚书。丁丑，南京给事中李万实，论提督操江都御史周释昏懦无为。诏调南京别衙门用。壬午，开工部左侍郎屠楷为南京工部尚书。戊子，升山东右布政使李遂为南京右佥都御史、提督操江。
四月辛亥，户科都给事中罗崇奎言：“货利所在，最易溺人。今各省钱粮，皆左布政使一人主之。夫支调烦则有增减羡余之积；事权一则有欺隐自便之私。而巡按御史不肯任怨稽察。及至交代，遣一州县属吏查核具文而已。臣请自今凡查盘各布政司钱粮，必御史亲至。如御史势有不及，则专用右布政画期监视。凡封钥出入，必相关白，以制专便之私。”疏下都察院勘议。左都御史屠侨等议曰：“钱粮隐弊，不在仓库积贮之时，而在收放低昂之际。放欲御史不时巡视，有弊即纠，非但以磨校簿书为能尽其私也。自今布政司钱粮出纳，不得以火耗、公用为名，额外多取。左、右布政使文移必同签押。至于收放，则须公同出纳封记，不得以沿习故常，互相嫌让，御史则加意综核之。其在南直隶府、州、县者，巡按御史均有稽察之责，亦依此法从事。”议入，从之。
七月庚寅，工科给事中赵輄奏：“迩者，臣验收南直隶等处所解诸戎器，多粗恶难用。查得嘉靖二十一年，诏令各处军器折征料价，以苏民困，二十五年始复本色。今该库所积尚可给数年之用，乞照前例，令各处工料俱折价解部。”从之。
九月戊寅，户部复：“巡盐御史陈其学疏陈盐法四事：一、筑海堤。谓通、泰二十盐场，应增筑堤堰，其工费即以所贮赃罚等银充之；一、清关税。谓商人掣盐过钞关，旧例止纳正税一票，今委官留难重榷，以至三票，宜行禁革；一、减盐价。谓余盐价银每二百六十五斤，淮南征银六钱八分九厘，淮北征银四钱九分，宜比旧各减二分八厘，以恤商困；一、禁私贩。谓江浦、六合一带，私盐盛行，宜将浦子口城里设巡捕盐官，其守御等官，并听巡盐御史查比约束。”奏入，从之。乙酉，以水灾，诏徐州并萧、砀等州县改兑粮米，俱于临、德二仓拨补支运，仍量征脚价。其各卫、所屯田子粒亦照例折银输纳。
十月戊午，升河南左布政使王汝孝为应天府府丞。
十一月己卯，升兵科都给事中胡叔廉为应天府府丞。
十二月丙申，巡按直隶御史陈其学奏：“徐州吕、梁二洪，先因水涸陵险，设有洪夫二千四百有奇。自嘉靖二十三年，黄河自西来注之，漕挽顺利，人力甚省，乃洪夫仍取盈旧额，徒滋虚糜。乞量行裁损，以宽萧、砀民力。”疏下工部，请命总理河道官酌议，报可。己未，凤阳巡抚龚辉奏：“淮安、赣榆、沭阳、安东、清河及海、邳等州县，连岁灾伤，户口逃亡大半，而钱粮照额科派，积年逋负，徒存虚数。又将现在疲民代偿，日朘月削，存者必逃，逃者不返，穷困之极，恐酿他变。乞将积欠凤寿仓粮尽行蠲免，庶凋残少苏，逃移复业。”户部复：“宜行抚臣选委廉干官查核仓粮，如系侵欺隐射，务令追征；若果小民逋负，以十分为率，每年带征二分；其荒芜转徙，务令有司加意招复。若有实效，不次擢用。”诏从其议。壬戌，改南京吏部尚书王学夔为南京兵部尚书，参赞机务。
二十九年正月乙未，改南京工部尚书屠楷为南京吏部尚书。
二月壬子，南京兵科给事中甄成德疏江防四事：“一、修教场以时简练。新江口营旧有水、陆二操。水操于码头，陆操于教场，后皆为江水冲没。当敕所司建置；一、处操船以备远图。新江口操船未及修造之期，辄先漏损，宜量给补葺费，仍令工部官不时阅视；一、严按伏以防不虞。沿江伏兵之地，东曰观音港，西曰上新河、和尚港，皆当严备。而兵部者往往卖闲私役，即兵亦惰弛，未尝往来侦伺，请一切裁之以法；一、查原额以实军伍。江防官军，寒暑不辍，往往诡籍逃伍，十减二三。宜悉计处补，或改正，或清勾，可令各伍充实。”事下兵部议，俱可。从之。
三月癸酉，改南京户部尚书韩世英为南京兵部尚书。癸未，户部言：“两淮行盐地广，私贩盛行，官盐十不能行三四。且各处每岁追缴退引，拖欠常多，致商人辄隐射为奸。请如御史杨选议，敕清军御史兼理。仍行各路，申明禁例，务杜绝私贩，疏通正引。”从之。
四月己亥，以淮安所属四县灾，改岁派马折色三年。壬戌，升浙江左布政使张烜为都察院右副都御史，总理粮储兼巡抚应天。
六月丙辰，巡按直隶御史赵锦奏：“江洋群盗，多系贩盐草窃之辈，出没萑苻间，什五为群，时发时止。驱逐剿捕，直有司之事耳。今无故设一大将，开府镇江，又远调淮、大、通、泰等卫官军，饷以苏、松、常、镇四府钱粮，所在骚然，奔命不给，而实无一事可以自效。冗员冗食，未有胜于此者，宜如旧制罢之便。”兵部复行勘报，诏从锦议．甲寅，升南京太常寺卿汪宗元为都察院右副都御史，总理河道。
闰六月戊子，以旱灾免淮安、扬州等卫、所夏税有差。
八月甲子，命奋武营坐营、署都督佥事郭琮充总兵官，提督漕运，镇守淮安。
九月癸卯，调原任户部尚书潘潢为南京工部尚书。辛亥，起原任巡抚贵州、都察院右佥都御史王学益为南京都察院右佥都御史、提督操江。壬申，以灾伤免扬州、淮安所属州、县税粮并改折兑运米有差。己卯，遣户部郎中刘鉴、林壁、吴守贞、周威、主事成天俸、刘尔牧往苏州、松江、常州、淮安督催逋赋，所至有司悉听举劾。民间有愿入赀受官者，得以空印札付填给。以旱蝗免南京英武等卫、所屯粮有差。
十月戊子，添设参政一员，于苏、松、常、镇四府督粮。
十一月壬辰，调山东巡抚孙世祐总督粮储，兼巡抚应天。辛亥，黜苏州督粮御史李遂为民。己未，诏查南京四十二卫屯田隐占侵削诸弊，其本丁逃绝，他户佃种者，俱署名补伍。不则将原田入官，改募屯军给之。
十二月癸未，升山东右布政使杨宜为南京都察院右佥都御史，提督操江，兼管巡江。
三十年正月丁未，户部言：“各边召募兵马日增，供费不给，宜通融酌处，广求足用之术。如淮、扬、徐、邳诸州郡，或已募兵，或各修边，或有雇募，难以复议。其余可依坐派京料银例以多寡为差，应天府三万，苏州府八万五千，岁限十月以里解部支用。违限三月者，司、府、州、县掌印官、管粮官住俸，半年以上者，参究降黜。候边方事宁停止。”报可。己卯，升刑部右侍郎彭黯为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，巡抚应天。
三月丙申，改右佥都御史任瀛提督操江。己亥，升浙江左布政使连扩为右副都御史，总，理河道。
四月己未，改巡抚南赣、汀、漳、右佥都御史卢勋提督操江。癸未，裁革苏州府吴江县松陵驿。丙戌，两淮巡盐御史高镛议上户部所核盐法事宜，谓：“给事中姜良翰所请，每正盐一万引外，稍加浮盐二千引，减半征价，通计止加一十四万余引，得价仅四万余两。不若于部议每引正余盐外包内再加百五十斤，照常纳价，既免加引，岁可得银二十五万两，其御史杨选欲留司运解部赃罚收买余盐，查岁解赃罚止八千两，而选议拟增余盐引三百万，亦既不敷工本，况天时、人力岁办不等。原额引不过七十余万，骤加四倍，亦恐壅滞难行。不若于部议包加一百五十斤外，仍加五十斤，共二百斤，以定一引之数。前正余盐既俱开边，此盐宜令商人自行买补赴掣，入银运司。通前可得银三十四万，同割没盐银，如旧解部便。”部复报可。
五月甲辰，巡按直隶御史赵锦言：“直隶淮安至山东兖州数百里间，民多流移，荒田弥望。乞蠲其逋赋，宽其重役。其闸洪泉坝等夫役，请于漕运四百万石内，每石加银二分雇募。仍简命才望之臣，督有司抚绥开垦之。”户部复、“官可无遣，诸逋负请自二十七年以前尽蠲之。漕粮增派夫银，宜行漕运、河道二臣议。”得旨：“地荒民逃，屡诏抚辑垦辟，有司全不奉行，仍选有心计才干官一员，量与宪职，专往经理，俟有成绩，方许别用。”己酉，朝鲜国人管令金等八人，以航海值飓风漂至淮安，守臣驿送京师。诏恤而遣之。癸丑，诏停应天府加派粮银。
九月己酉，以灾伤免应天、苏、松、常、镇等府并徐、邳等州、县、南京锦衣卫、所田粮有差。甲寅，以水灾诏淮安所属州、县及扬州之宝、泰、徐州之萧、砀，改兑米于德州仓，支运二万石，仍如例蠲免。
三十一年三月甲午，改总理河道、都察院右副都御史连总督漕运兼巡抚凤阳。升南京钦天监正周相为应天府府丞。己亥，升河南左布政使曾均为都察院右副都御史，总理河道。
五月戊戌，改南京吏部尚书屠楷为南京兵部尚书，参赞机务。
六月甲子，兵部复：“原任南京兵部尚书韩士英条陈马政，一、上、江二县岁出马给南京诸营，民力不堪。宜量于江南所输京师折色马一千九百余匹中，改本色二十之一给南京营。每匹如例补价十八两，类解兵部，以充岁数；一、南京诸营马，当下圩者，圩旧在镇南等卫和尚港、铜井诸处，滨江旷野，牧事不便，宜令人佃之。易以各营教场及京城内外三条街、鸡鸣山等场；一、南京内外守备，自正德间增设之后，每十日至役马四百匹，岁费刍豆以巨万计。今所增守备已革，则马亦宜减；一、养马宜顺其性，夏秋马嗜青草，而以宿稿予之，是空费也。宜月给军银三钱六分，令买青饲马；一、各卫草场，自嘉靖九年命御史清查后，二十余年矣，奸民欺隐，豪右兼并，几不可问。宜复令屯田御史俱核之；一、马户纳马，本部所司，既具复后，又历内外守备及兵科辗转稽淹，动盈月余，以为民累。今宜独令该司及兵科验给马户。次日，诸营马队俱以牒报守备，凡营马不堪，即责马户买易，为累甚多。宜令每马一匹，加银一两；一、原编马户四十八名，岁久消乏。乞许该司会同科道添派，分上中下三等，更班买马。”报可。
八月丙子，南直隶屯田御史张鉴条陈便宜：“一、乞复南京四十二卫教场，除其屯粮计一百二十余石；一、屯田每一分补空丁一名，及时耕种，暇日操练，免其赴运、赴操，以示优恤；一、严查势族侵占及冒报升科者，尽没入官。仍拨余军屯种。”下所司议复。从之。
九月丁酉，升应天府府尹欧阳塾为南京工部右侍郎，提督操江。河决徐州，房村至邳州新安等处运道淤阻五十里。御史黄国用以闻。诏督理河漕大臣，先议通运船，以次塞决疏浅，并条列利弊具奏。戊戌，巡抚应天都御史彭黯奏，捕得江洋盗黄永忠、龚十八等。诏即其地诛之，赏兵备副使饶思聪银币，夺失事、吴淞江所掌印指挥陈大纶职，及金山守备王世科等俱下御史逮问。壬寅，改南京户部尚书王崇庆为南京礼部尚书；升江西右布政使蔡克廉为南京都察院右佥都御史，提督操江；南京光禄寺卿扈永通为应天府府尹。丙午，以淮安、扬州、徐州各府州、县频年大水，量准折征秋粮如二十四年例，仍令所在有司发赃罚银及预备仓粮，相兼赈济饥民。
十月庚午，以水灾免直隶淮安府、邳、徐等州正官入觐。辛未，改镇守两广总兵、镇远侯顾寰充总兵，提督漕运，镇守淮安地方。
十一月壬寅，初，给事中林懋举、御史王民皆言：“南京浦子口，宜设战船，习水战，以备不虞。”南京兵部尚书屠楷等言：“留都长江天堑，南有新江口营，统水卒以扼江洋之险；北有浦子口营，统陆卒以遏凤阳之冲，至严也。今浦子口，军不满二千，不能当江口之十一，而水战又非所长，不若量增逻卒，置之江口。而于浦口沿江增墩台十座，选军二百人守之。长江寇来，陆军协力拒战，绝其登岸之谋；北岸有警，水军沿江应援，断其入江之路，庶为长便。”兵部复，当如楷言。报可。
十二月壬子，河道都御史曾钧奏上治河方略，自房村集至双沟、曲头诸处当浚，自徐州高庙至邳州沂河诸处当筑堤，约工费当用银十一万三千余两有奇。乞发淮、扬余盐并邻省事例银两协济，其诸省解京扣剩、河道及南直隶赃罚等银，亦宜暂留，以助大工。工部复议。上曰：“河患异常，所在有司，漫不经心，姑记罪候处。钧所请俱从之。仍令会同漕运都御史连，以实举行。自后河道钱粮，别衙门不许擅自动支。”癸亥，法司上是岁恤刑官论囚矜疑之数。南直隶江南七十二人，诏免死发戍。
三十二年正月戊寅，先是大学士严嵩等言：“徐、邳等十七州、县，连被水患，民饥剽劫，吏不能禁，恐生他变。乞命户部给发余盐银两及徐、淮等仓存留粮米，选差大臣出赈。仍令工部行巡抚及河道官，急将黄河下流设法疏浚，令水归故道，百姓有庐室田亩可依，得以安堵。”上从其言，命河道都御史曾钧，漕运都御史连，作速勘处以闻。至是钧等奏谓：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，顷为淤沙壅塞，以致奔溃，此其疏浚所最先者。次则草湾老黄河口冲决，淹没安东一县，亦当急筑。既成之后，宜筑长堤矶嘴，以备冲击。又三里沟新河口，比旧口水高六尺，若开旧口，虽有沙淤之患，而为害稍轻，若开新口，未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜将新口暂闭，建置闸座，及将高家堰增筑长堤。原建新庄等闸，加石修砌，以遏横流。但挑筑工料，计用银十三万九百余两，乞发淮、扬、浒墅三钞关并芜、杭二抽分银两解用。”工部复议，从之。已命发淮、徐仓粟、麦四万石，运司余盐银五万两，遣刑部左侍郎吴鹏往赈之。
闰三月甲戌，海贼汪直纠漳、广群盗，勾集各岛倭夷，大举入寇。连舰百余艘，蔽海而至。南自台、宁、嘉、湖以及苏、松，至于淮北，滨海数千里，同时告警。
四月壬午，初，山东、江北连岁水旱，饥民蜂起为盗。剧贼时洲、时恺、马爱等，各聚众数百人，流劫沂、邳间，烧毁泇口镇，地方甚被其害。巡按直隶御史李逢时以闻。诏停山东、淮安抚臣沈应龙、连及兵备等官俸，令克期平定。至是山东麦收甚穰，饥民多归就业。应龙等复檄许群盗自首，于是贼势衰耗，诸首恶多就擒。应龙等以事平具闻。诏斩所擒获诸盗，而贷其自首者。命应龙等支俸如故。戊子，倭寇犯太仓州，攻城不克，分众四掠，烧毁关厢庐舍。癸巳，倭寇破松江上海县。丁酉，改南京吏部尚书潘潢为南京兵部尚书，参赞机务。倭寇攻吴淞江所、南汇所，俱破之，分兵掠江阴。庚子，江北倭掠海州，杀二百余人。
五月癸丑，倭寇复入上海县，烧劫县市。知县喻显科逃匿，指挥武尚文及县丞宋鳌俱战死。贼屯县中七日，纵火焚官民廨宇庐舍略尽。丁巳，淮安府知府张敦仁上言：淮、徐连遭水旱，请将漕粮折银蠲免。又淮安、大河、邳州三卫、守御东、西二海所，官军俸粮岁五万七千余两，请如先年例，暂留钞关银数万两，或拨运司盐银给之。户部议复：“京储至重，不得尽免。上年漕粮折银，仍令起解。今年已征在官者起运，未征者姑俟秋成如数带征。其官军俸粮，当以盐银一万二千两给之。”诏如拟。甲子，添设金山参将一员，分守直隶苏、松等处，防海备倭。庚午，南京兵科给事中贺泾奏：“上年倭寇突犯浙东，未遭挫衄。今岁勾煽丑类，连艘内讧，以浙省防御渐密，乃泊守宝山，进窥苏、湖等郡。窃惟留都根本重地，海洋密迩。镇江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、仪真又漕运门户。今贼势披猖，防制疏略，万一黠寇匪茹，横掠而西，将致根本震动，运道艰阻，为害非浅。矧今西北疲于边烽，而疮痍未苏，中原困于饥馑，而萑苻不靖。其财赋供亿，所仰给者，唯东南数郡已尔，复被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因海寇窃发，添设总兵官驻扎镇江，事平面罢。今请暂设此官，俾整饬上下江洋，总制淮海并辖苏、松诸郡，庶事权归一，缓急有赖。”南京广西道御史汪克用亦以为言。兵部复：“总兵官如议添设，令驻扎金山卫节制将领，镇守沿海地方，调募江南北徐、邳等处官、民兵，以充战守。其操江都御史敕内，未载海防，并当增易。”上命：“暂设副总兵一员，提督海防。应用兵粮，巡抚并操江官协议以闻。操江都御史敕书不必更换。余如所议。”已，乃命分守福、兴、漳、泉参将汤克宽充海防副总兵，提督金山等处。
六月壬午，谪总督漕运兼巡抚凤阳都御史连于外任，坐地方灾盗，匿不以闻故也。乙酉，改赈济淮、徐刑部左侍郎吴鹏为兵部左侍郎兼都察院右副都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。壬辰，巡抚应天都御史彭黯、巡按御史陶承学等言：“寇势日炽，非江南脆弱之兵，承平纨袴之将所可办者。请得以便宜调山东、福建等处劲兵，及敕巡视浙江都御史王忬督发兵船，犄角攻剿。”疏下，兵部复：“山东陆兵不娴水斗、福建海沧月港亦在戒严，岂能分兵外援。宜令黯等就近调处州坑兵一二千名，仍随宜募所属滨海郡县义勇、乡夫，分布防御。并请命王忬互相应援，其应用兵船、粮饷、器械、火药，许征发在所支用。”署南京兵部事、尚书孙应奎亦言：“倭夷劫掠，渐近留都。沿江津隘，已议调官军防守。应用甲仗、粮刍，乞命南京户、工二部给发。”上俱允之。
七月戊申，巡抚应天都御史彭黯以倭寇出境，浮海东遁来闻。寇自闰三月中登岸，至六月中始旋，留内地凡三月。若太仓、嘉定诸州县，金山诸卫所皆被焚掠，上海县、昌国卫、南汇、吴淞江、乍浦、螓屿诸所皆为攻陷，崇明、华亭、青浦等县乡镇，焚荡略尽。向来所称江南繁盛安乐之区，骚然多故矣。甲子，史褒善为南京都察院右佥都御史、提督操江。
八月丁丑，起服阕户部尚书张经为南京户部尚书。
九月癸丑，总理粮储、巡抚应天都御史彭黯以江南连年倭寇，兵饷不给。乞暂留布匹、船料、事例、折粮民壮、弓兵银以济军饷。又言：“太仓、上海、嘉定被患特甚，宜破格优恤抚属。兑军粮米，每于年终征完俟兑，而运船多至次年三四月始至水次。时海潮风汛，事变可虞，乞敕漕运都御史将减存未运现在粮船，先拨于上海、嘉定、昆山、常熟，江阴、丹徒诸处，于年终兑载。”章下户部，言：“布匹、船料、事例、折粮银，皆内府太仓急需，非所敢议。惟去年巡按御史徐洛籍报，苏、松、常、镇四府实在银二十八万两有奇，可备军饷。其优恤太仓、嘉定、上海，及漕运兑载事宜，请如黯议。”报可。甲子，以灾饥，诏免淮、扬二府所属州、县及各卫，所税粮有差。仍敕有司出赎金贩济。增设分守直隶通、泰等处参将一员。辛未，倭贼百余，由华亭县漴缺登岸，流劫戚水泾、金山卫等处。自六月中，倭大举东遁，江南稍宁。惟崇明南沙泊失风寇几三百人，舟坏不能去。总兵汤克宽、佥事任环列兵守之，月久未克。至是寇警又作，远近震恐。
十月癸未，南京修理皇城兴工。戊子，漴缺倭移舟泊宝山。总兵汤克宽引舟师追击之，及于高家嘴，毁其舟，斩首七十三级，生擒十四人。壬辰，海倭三百余人，突犯上海县，太仓州等处，复入常熟县福山港。知县王铁率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京户部尚书张经为南京兵部尚书，参赞机务。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延为南京吏部尚书。乙巳，前犯常熟倭，复由上海七灶洪登岸，流劫三林庄、南汇所、吴淞江所及嘉定县地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚书孙应奎为南京户部尚书。丙辰，升总理粮储、巡抚应天、兵部左侍郎彭黯为南京工部尚书。辛酉，升江西右布政使方任为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎郑晓为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督漕运、巡抚凤阳等处。甲申，应天巡抚都御史彭黯、巡按御史孙慎以苏、松、常、镇四府近遭倭患，居民流徙，请蠲太仓州京库银三万六千二百两有奇，嘉定县京库银八千四百两有奇，上海县京库银五万八千九百两有奇。其余四府所属州县积逋二十七年至三十一年钱粮，皆停征。又言南方卫所沿边者戍，腹里者运，制也。自迩年以松江所运船二十只改派金山卫及青、南二所代运，边腹互失其职，宜复旧制。章下户部议：“京库银不敢议免，其积逋钱粮，自光禄寺物料并三十一年以前布疋外，皆可缓征。运船旧制宜改复，如黯等言。”报可。丙申，升江西左布政使陈洙为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。辛丑，南京兵科给事中贺泾条奏拱卫留都七事：“一、议事权。凡地方有警，南京兵部会推知兵大臣一员，在江南则居新江口等处，在江北则居滁、和、浦口等处，居中调度，相机剿捕；二、简官军。各营军士，宜汰其老弱，补以精壮，仍选谋勇者为把总。无事常行训练，有警征调防剿，所司以时阅视。许动支地租营房银犒赏；三、浚城潦。通济等十三门，兵马通衢，有为民居妨碍者，折毁。神策等三门濠河，有填淤者，浚治；四、肃门禁。守门军士，原给器械，宜专官查验、整理；五，诘奸细。京城内外及徐、滁、和地方，宜编立保甲，严行稽察；六、处操船。水军战船，宜仿沙船改造，其艨冲、楼船当量存之；七、重应援。池河新营所辖飞熊三卫，敕巡视官听兵部节制。江北有警，亦听凤阳抚、按官调遣。”上从其议。巡按直隶御史孙慎勘报：“倭夷杀掠吴淞、嘉定诸处，论巡抚彭黯、参政翁大立、六合知县董邦政、副总兵汤克宽，指挥刘重光不能防御，乞正其罪。阵亡镇抚胡贤、重伤指挥黎鹏举并宜优恤。”得旨：“倭奴侵扰，诸臣督守无策，黯停俸四月，大立二月，邦政等姑宥之。克宽停俸，戴罪杀敌立功。余从所议。”
三十三年正月辛未，应天巡抚都御史彭黯以寇患孔棘，请令苏、松、常、镇四府得纳承差如各省例，并榷阊门商税，留三十一年以前应解本色布银，以充军费。从之。
二月庚辰，海寇由上海黄浦逸出攻松江府。官兵追战，败绩。县丞刘东阳死之。丙戌，兵部复：“原任巡抚应天、都御史彭黯奏去年九月倭贼流劫华亭、南沙、上海、吴淞江等处，诸守臣功罪状。初寇入，副总兵汤克宽、兵备佥事任环、松江府同知郁文奎等迎战，皆不利。后克宽追寇于宝山，破之。环等各严兵自守，虽无斩获功，境内以全，罪亦可原者。”上是之。命赦还文奎等罪，各策励兵供职，克宽功罪俟复勘议处。
三月辛丑朔，升工部左侍郎陶尚德为南京刑部尚书。甲辰，改南京兵部右侍郎屠大山为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总理粮储，提督军务兼巡抚应天。以南直隶太仓州、上海、华亭二县被兵，准改征兑运米折色有差。庚戌，免苏、松二府三十三年应派料价，充海防军饷。乙丑，苏、松倭寇掠民船入海，趋江北岸，薄通、泰等城，焚掠各盐场，余众有漂入青、徐界者。
四月壬午，扬州卫千户洪岱、文昌龄、泰州所千户王烈督兵援通州，至西门外三里桥遇贼战，俱死之。乙酉，倭寇袭破崇明县，知县唐一岑死之。甲午，增设盐城县洋麻港口、海州东西二所把总官各一员。
五月辛丑，以灾伤，诏以淮安府属州、县改兑粮八千六百石，俱准折征。戊申，初，通州三里河之役，贼兵仅百余人，盐徒及胁从者千余人，时参将解明道拥重兵居城中；扬州府同知朱裒、仪真守备张寿松军城外。凤阳巡抚郑晓议发兵往援，檄原任都指挥月轮将之，轮辞以非朝命不至。晓仍更檄两淮运判马伦、原任仪真守备陈津，往会千户洪岱等合战。城内外兵无一策应者，岱等孤军败。岱与千户文昌龄、王烈皆死。至是，晓上疏言状，因请治明道等畏怯、轮推避之罪。得旨：“洪岱、王烈、文昌龄俱赠指挥同知，子孙升袭。褫明道与寿松等职，各戴罪立功。轮令巡按御史逮至京问。”己酉，兵部复：“巡按御史孙慎言，浙江、江北诸郡，寇患方殷，苏、松二、三月间，所在告急，皆经略失人，军令不严所致。乞敕巡抚屠大山，收召忠勇之士，申明误军之罚，仍榜谕沿海居民，有能奋勇杀贼者，如军功升赏，所得寇器，悉以与之。计擒贼首者，许奏升指挥、佥事，世袭。一切军费，悉从便宜区处。督粮参政翁大立，无事令往来苏、松、常、镇，催给粮饷。有事专往松江，以便调度。”诏以其议属大山举行，仍趋令赴任，不许迟缓。庚戌，调原任湖广按察司副使张景贤，整饬淮、扬兵备，专理海防。时倭寇未靖，总督漕运侍郎郑晓及直隶巡按御史李逢时共疏，请添设兵备一员，专住泰州，以防通、泰、海州海贼出入之路。吏部复，从其请，因调景贤为之，仍列衔于湖广。辛亥，诏发南京户部银二万两，为苏、松备寇兵费。庚申，江北倭寇攻如皋县，不克。辛酉，增设把总官一员，于泰兴县周家桥防守。从操江都御史史褒善请之。
六月壬申，诏复设管河郎中一员于江南，既而罢之。初，漕运侍郎郑晓奏，粮船过淮衍期，皆坐镇江以南内河淤阻之故，乞特遣一部臣督帅有司，疏通河道。章下工部议，以为便。从之。吏部因言：“江南旧有水利郎中一员，兼管镇江运道。后因权轻不便钤辖，乃以其事专责之巡抚。今复设部官，他日又将以为不便矣。”上曰：“管河郎中，既有前旨裁革，罢勿遣。其经理运道事宜，仍责成巡抚如故。”壬午，升应天府府丞李珊为本府府尹。戊子，升户科都给事中凌汝志为应天府府丞。丁酉，添设扬州府同知一员，专驻瓜州，督捕江海盗贼。从漕运都御史郑晓奏也。
七月丙午，苏州倭寇流劫至嘉善县，转趋松江出海。参将俞大猷，击败之于吴淞所，擒七人，斩首二十三级。乙丑，以兵荒，量免淮安府、卫及通州、如皋、海门屯粮，并改折海门、山阳、盐城、赣榆、沭阳兑米有差。
八月己巳朔，上命总督漕运、侍郎郑晓督修如皋、海门、泰兴、海州、盐城等处城池塞堡，添设掘港把总官一员备盗。癸未，倭寇薄嘉定县城，参将李逢时、许国遇于新泾桥，败之。擒斩八十余人。庚寅，起听勘原任昌平州右佥都御史周珫总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口额设船四百艘，以操江都御史潘玺奏减其半。至是，魏国公徐鹏举以海寇骚扰，请改沙船，增复旧额。从之。
九月乙亥，诏停苏、松、常、镇四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚书张经以倭寇充斥，议留折兑运粮，借用两淮盐银、苏府浒墅钞关船料、后湖赃罚十万两，充兵饷。户部复：“太仓等州县漕粮改折扣留，已为破格，若并折色而尽留之，漕规废坏，何所纪极。宜止以太仓州三十二年秋粮折兑银三万五千有奇、华亭县二万六千有奇，共抵作原议听留苏、松、常、镇四府三十三年兑运秋粮并派剩银两之数，存留充饷。后湖抵赎，以其半与之。”报可。乙卯，倭寇七十余人犯海门县，焚舟登岸。淮扬兵备副使张景贤，亟引御之，战于吕四场，尽歼其众。
十月壬申，命锦衣卫械系原任应天巡抚屠大山、参将许国、李逢时、副总兵解明道至京讯治。先是，采淘港之役，坐两将不相能，各兵趋利不止，故垂成而败。时明道督水兵泊海口，坐视不救，大山方称疾不视事。至是，御史张师价以败事闻，请治大山、逢时、国、明道各失事罪。于是大山逮至，黜为民，明道等论斩。乙亥，免是岁南京决囚。辛巳，兵科给事中李用敬论劾总督、南京兵部尚书张经纵贼误国。上命改经为右都御史、兼兵部右侍郎专一总督军务，克期平贼，不许怠误。以南京吏部尚书周延代经为南京兵部尚书，参赞机务。壬辰，倭寇三千余人由金山突至西海口，登岸分掠。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等处。
十二月甲戌，命调永顺宣慰司彭明辅、保靖宣慰司彭荩臣各帅所部土兵三千人，前赴苏、松剿贼。先是，总督张经议调广西狼兵及湖广民兵，尚未至。而苏、松自十月后，新寇继至者又万余人，经至是告急。因复以调兵请，许之。乙亥，以苏州被寇，暂令浒墅钞关收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元为应天府府尹。甲午，以淮安府灾荒，准改折预征本色马匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中军都督府佥书万表挂印充总兵，提督漕运，镇守淮安。庚戌，南京应天府死囚吴恭伯等十五人越狱，夺城门走。诏锦衣卫逮府尹李珊来京讯治，革守备魏国公徐鹏举任。已，鹏举上符敕请罪，乃命奉祀孝陵，于南京中府带俸。珊械至法司，以案证在南京，请下巡按御史查劾。久之，御史为之开释，请仍在籍听用。从之。丙辰，工部尚书吴鹏奏：“迩者，黄河冲决飞云桥，于是昭阳湖水柜淤为平阜，今与运河无涉。柜外余田四百九十余顷，召民佃种，人授田五十亩，每亩征银三分，以备河道之用，日后或于河渠有济，仍退还官。其马场、南旺、安山等三湖水柜，不在此例。”报可。甲子，巡抚应天都御史周珫奏：“苏、松二府，连被兵荒，乞将三十三年税粮尽数蠲免，华亭、上海及嘉定、崇明四县仍发银赈济。”户部复：“该府本年民粮存留者，依拟蠲除。起运者，除派内府、王府粮米及议改折外，俱暂停征，再将华亭、上海、嘉定三县各扣京库米四万石。崇明原无起运，令于别库计处银一万两，给散贫民。”报可。乙丑，升原任兵部左侍郎张时彻为南京兵部尚书，参赞机务。
二月己卯，改南京礼部尚书王崇庆为南京吏部尚书。丙戌，遣工部右侍郎赵文华祭告海神并察视江南贼情。初，文华条陈御寇便宜，首请遣大臣祭东海。至是，礼部复如其言。上以问大学士严嵩，嵩言：“南贼扰据苏、松二载，设官调兵，未见实效。屡次奏报，或多失实。宜依部复遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察视贼情，以区处长策，具实奏闻。其所差官，或即用文华亦可。”上乃命文华往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐灾伤重大，诏折征漕粮十分之三，每石征银六钱。
三月甲寅，苏、松兵备任环督参将解明道等，以舟师与寇战于南沙野茅洪，败之，斩首一百八级。
四月辛未，工部侍郎赵文华至松江祭海神。是时倭据川沙洼、柘林为巢，经冬涉春，新寇复日有至者，地方甚恐。及闻狼兵至，人心稍安。总兵俞大猷遣游击白泫等将狼兵数队，往来哨贼，乘隙邀击。舍把田銮等稍有斩获，文华因谓狼兵果可用，厚犒之，激使进剿，至漕泾，遇寇数百人与战不胜，头目钟富、黄维等十四人俱死，兵众失亡甚众。于是贼知狼兵不足畏，复肆掠如故矣。乙亥，倭犯江北淮、扬等处，前后由通州之余东场、海门之东夹港地方登岸，流劫狼山、利河等镇，吕四、余西等场。丙子，江北倭突入通州南门，烧民屋二十余间而去。己卯，升吏部左侍郎葛守礼为南京礼部尚书。甲申，柘林巢贼分众三千余，过金山卫。总兵俞大猷督游击白泫及田州瓦氏兵遮击之。贼鼓众来冲，官兵大溃，死亡无算，贼遂奔犯浙江。乙酉，江北倭犯淮安盐城县。戊子，三丈浦倭贼分众掠常熟、江阴村镇，兵备任环督保靖土兵千余及知县王铁、指挥孔焘分统官、民兵三千攻其巢，破之。斩首百五十余级，烧贼船二十七只，余贼奔江阴。辛卯，川沙洼倭驾舟出海，官兵纵火焚其巢。风荡贼舟一，至戚家墩。游击白泫、刘恩至获之。斩首三十七级。是日，江阴贼亦出江东遁。
五月甲午朔，升刑部左侍郎陈儒为都察院右都御史，总督漕运，巡抚风阳。戊戌，原屯川沙洼倭贼突犯关港、周浦、车浦等处，夺舟过浦，分掠泗泾、北簳山。佥事董邦政、游击周藩引兵追击，遇贼于唐行，我兵惊溃。藩被创死，军士死伤者几三百人。贼遂屯驻古塘桥，流劫昆山县石浦等镇。甲辰，倭寇五十余人，自山东日照县流劫安东卫，至淮安赣榆县。是日，吕四场有倭舟突犯，沿劫东团等处，该场副使李政，督率耆灶，奋锐攻之，斩首四十五级，尽歼其众。乙巳，寇舟三十余艘，众约千余人，自海洋突犯苏州青村所，攻城不克，遂纵火自焚其舟，登岸肆劫。是时，新寇复大至，自青村外若南沙、小乌、北浪港诸处悉有贼至，泊岸即焚舟散劫。官兵稍稍逼之，乃合势犯苏州陆泾坝及娄门。南京都督周于德引兵来援，一战而败，镇抚孙宪臣被杀。贼遂中分其众为二：一由齐门北马头而北，转掠浒墅关、长洲五都等；一由胥门、木渎而南，转掠吴县横塘等镇，延蔓常熟、江阴、无锡之境。出入太湖，莫能御者。己酉，诏锦衣卫遣官校逮总督南直隶、浙、福军务、右都御史张经及参将汤克宽，械系来京问。以侍郎赵文华劾其畏葸失机，玩寇殃民故也。倭自去岁据松江柘林、川沙洼二处为巢，纵横肆掠，周围数百里间，焚屠殆遍，水、陆兵无敢近者。本年三月初，广西田州土官妇瓦氏，及东兰、南丹、那地、归顺等州狼兵六千余名，承经调至。狼兵轻慓嗜利，闻寇富有财货，亟欲取之。居民亦苦寇暴，朝夕冀幸一战。文华既至嘉兴，屡促经亟檄狼兵剿贼。经曰：“贼狡且众，今檄召四方兵，独狼兵先至耳。此兵勇进而易溃，万一失利，即骇远近观听。姑俟保靖、永顺土兵至，合力夹攻，庶保万全。”文华再三言，经终守便宜不听。文华乃疏言：“经养寇糜财，屡失进兵机宜，惑于参将克宽谬言，欲俟寇饱载出洋，以水兵掠余贼报功塞责耳。宜亟治，以纾东南大祸。”疏至，上以问大学士严嵩。嵩对具如文华言，且谓苏、松人怨经，不可复留。宜与克宽俱逮京鞫讯，以惩欺怠。经、克宽遂并得罪。寻升巡抚应天右佥都御史周珫为兵部右侍郎，仍兼原职，代经总督。赣榆倭流劫海州、沭阳、桃源等处，至清河阻雨。徐、邳官兵分道蹙之，歼于马头镇民家，斩首四十一级。此贼自日照登岸，不及五十人，流害两省，杀戮千余人，至是始灭。甲寅，柘林倭贼纵火自焚其巢，驾舟二百余艘，出海东遁。乙卯，苏松兵备任环督总兵俞大猷等官兵，及永顺官舍彭翼南等土兵、苏州府、县乡兵进攻陆泾坝。败之，斩首二百七十有奇，焚贼舟三十余艘，余贼奔溃。丁巳，升浙江按察使曹邦辅为都察院右佥都御史，提督军务，巡抚应天。倭寇常熟县，知县王鈇率兵乘城御之。贼屡攻不克，移舟泊三里桥。鈇及乡宦、参政钱泮率耆民家丁追贼，及于上沧港，为贼所掩击，俱死。其民丁仅有脱者。辛酉，侍郎赵文华复疏陈倭患出没之形，并劾巡抚周珫、总兵白泫、佥事董邦政等纵寇丧师，使零贼奔溃，余孽复张。因言：“巡按御史胡宗宪，才智异常，安危可寄，宜亟付以大任。”兵部复上其议。上责珫统重兵不能擒斩逸贼，致蹶将损师，本当逮治。第时方用人，姑停珫俸，褫泫及邦政职，充为事官，戴罪杀贼，如更怠纵，罪无赦。宗宪俟论功之日，不次超擢。文华仍奉命督师，参奏偾事者，勿畏避。
六月丙寅，改南京工部尚书杨行中为南京吏部尚书。甲戌，三丈浦倭贼驾舟出海，总兵俞大猷引舟师遮洋击之，斩首一百三十有奇，冲沉贼舟七艘，贼遁泊海洋三板沙。庚辰，三板沙倭贼抢民船出洋，参政任环、总兵俞大猷引舟师追击于马迹山，擒倭首滩舍卖及从贼五十七人，斩首九十三级。是日，倭舟有被海风飘回者，舟坏，余贼五十人，屯嘉定县民家。参政任环以耆兵攻之，不克，伤亡几三百人。乃投火民宅爇之，贼尽死。乙酉，蔡泾闸倭至夏港镇。副使王崇古督水、陆兵夹击之，贼遂出港泊浅沙，分舟南犯，至靖江陈公港登岸。我兵急击之，斩首四十有奇，余贼走入民家，我军焚而歼之。
七月戊申，革金山备倭都司，改设参将一员于苏、松，暂设参将一员于常、镇。壬子，南京兵部尚书张时彻等奏：“应天等府地广，巡抚一人，控制为难。乞添设兵备或巡抚以便责成。”部议：添设兵备副使一员，于句容、溧阳、广德，往来驻扎，选调建阳、宣州，新安三卫官军并所属民兵，相兼操练，听督抚官调遣。”疏入。得旨：“迩者，每遇贼警，所司不思设谋战守，辄议增官，随以无补罢之，殊为纷扰。且苏、松、浙江添官未为不多，选用匪人，何能有济。所议姑允行，事宁具奏裁革。”癸丑，江南金泾、许浦、白茆港诸倭俱载舟出海，总兵俞大猷督各水兵把总刘堂、火雷、余昂等引舟师追及于茶山，纵火焚其五舟，余贼走马迹山、三板沙。复以兵追击之，坏其三舟，凡斩贼首六十七级，生擒四十二人。是时，江阴蔡港倭亦引舟出洋，我兵分击于马迹、马图、宝山等处，共擒斩九十余贼。值飓风大作，贼舟多溺，官兵船坏损者亦众。次日柘林寇亦载舟出洋，为官兵冲击及海风簸荡，沉没二十余舟，余贼复回泊海港，登岸劫掠。丙辰，南京兵部尚书张时彻等言：“倭夷侵迫畿辅，而京军远戍京口，非计。乞掣回防守。”从之。
八月癸亥朔，倭自南京至秣陵关。应天推官罗节卿、指挥徐承宗率兵千人守关，望风奔溃。贼遂过关至溧水县杨林桥，典史林文景率兵迎遏，不能御。署县丞赵珠臣弃城走，贼遂由小北门入城，宴饮民家，信宿乃去。辛未，柘林贼载舟出海，佥事董邦政、总兵俞大猷各督所部水兵分哨击之，斩首七十有奇，获船九艘。邦政复以嘉定兵击贼于宝山，斩首九十八级。甲戌，溧水倭流劫溧阳，趋宜兴，至亭，闻官兵自太湖出，取道官路桥、黄土，越武进县境，抵无锡惠山寺，一昼夜奔一百八十余里。官兵追及，急击之。贼疲走望亭，次日至浒墅关。都御史曹邦辅督各官兵围之。乙亥，柘林开洋贼，遭风坏三舟，余贼三百有奇，自蔡庙港登岸，流至华亭县陶宅镇据之。壬辰，督察军情、侍郎赵文华陈海防五事：“一、复更番出洋之制。国初海防之设极善，今乃列船港次，犹之弃门户而守堂室，浸失初意。宜分乍浦之船以守海上阳山；苏、松之船以守马迹；定海之船以守大衢。三山品峙、哨守相联。更以副总兵屯泊陈、钱诸岛，以扼三路之冲，使贼不得越；二、总兵既屯海上，须藉舟师。今所造福船未办，所调广船未集，请以宁、绍、台、温、苏、松捕鱼船，及下捌山捕福仓等船，约束分布，相兼战守；三、浙直地势相连，互为唇齿，宜设正、副总兵官二员，分驻金山、临山会要之地，共守陈、钱；而以参将分守马迹等三山，各督汛地，则势成犄角；四、沿海一带，军伍不充。请籍现募乡兵万人，岁给半粮，免其他役，给闲田屯种，仿古寓兵于农之意；五、拒寇海中功与战胜内地者异，宜厚其升赏。斩贼一颗，为首者升二级，为从者给赏。总兵等官，能使贼船不能登岸者，以保障论功。若无首级而止获贼船者，亦以大小论级。”兵部复：“其议俱可行，但乡兵万众，人给半粮，当议所出。恐江南赋已繁重，未免纷扰，事宜寝。”上从部议。苏、松巡抚曹邦辅檄佥事董邦政、把总娄宇以沙兵击浒墅关倭寇，歼之。初，贼自宜兴奔苏州，会柘林贼为风飘旋者三百余，进据陶宅港。邦辅虑二贼合，且为大患，乃亲督副使王崇古，会集各部兵，扼其东路，四面蹙之。贼逃至五龙桥，复至梅湾山，我兵随地与竞，颇有斩获。太仓卫指挥张大纲被杀，兵卒伤亡亦众。时邦政、宇督沙兵守陶宅。邦辅计陶宅贼据险且众，未可进兵。乃召邦政、宇以沙兵助剿，一战斩首十九级，贼始惧，奔吴舍，欲潜走太湖。官兵觉之，追及于杨林桥，尽殪其众。此贼自绍兴高埠奔窜，不过六七十人，流劫杭、严、徽、宁、太平，至犯留都，经行数千里，杀戮及战伤无虑四五千人。凡杀一御史、一县丞、二指挥、二把总，入二县，历八十余日始灭。
九月乙未，命南京右府佥书署都督佥事方恩，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。督察军务，侍郎赵文华，大集浙、直兵，来攻倭于陶宅。贼分众迎敌，我兵大败。浙江领兵指挥邵昇、姚泓，直隶领兵千户刘勋俱死。是时，文华以苏寇之捷己不得与为恨，现调兵四集，谓陶宅寇乃柘林余孽，可取。浙江巡抚胡宗宪因大言寇不足平，以悦其意。遂悉简浙兵精锐得四千人，文华、宗宪亲将之，营于松江之砖桥。因约应天巡抚曹邦辅以直隶兵会剿，定期浙兵分三道直兵分四道，东西并进。贼悉锐冲浙江诸营，皆溃。官兵挤沉于水及自蹂践死者甚众，损失军士凡一千余人。直兵亦陷贼伏中，死者二百余人，由是贼势益炽。庚子，诏留巡按苏、常、镇御史周如斗再历一年，从其士民请也。乙巳，升刑部左侍郎张鏊为南京兵部尚书、参赞机务。以水灾免淮安、扬州二府及徐州各卫、所秋粮有差。甲寅，命掌南京前府事诚意伯刘世延提督操江兼管巡江。
十月癸亥，陶宅倭见官兵四集，夜走周浦屯永定寺中，官兵追围之。是时柘林开洋贼舟九只，复回登岸，巢于川沙洼。丙子，巡抚应天都御史曹邦辅以剿灭苏州浒墅关倭寇闻。且言：“连年寇患，其来必纠连大众，多者数千，少亦不下数百。其登岸劫掠，近则百里，至远不过千里。未有以五六十余之贼，深入内地，转战数千里，直瞰都门，无所顾忌，若此贼者。且所过屠戮，极其惨烈，使不即殄灭，得以遁归，彼已习知内地虚实，将来招引丑类为祸，殆未可量。所据佥事董邦政闻命疾趋，躬履行阵，横犯鲸鲵之众，不旬日而芟刈之，真可谓奇功也，请亟加褒录。”总督渐直、侍郎杨宜亦报捷如邦辅言，复参邦政虽有斩馘功，然实故违节制，当罪。督察侍郎赵文华又言：“柘林余贼，复巢陶宅，臣同浙江巡抚胡宗宪督兵四千，来松江会剿。而应天巡抚曹邦辅、佥事董邦政不协力进兵，顾乃避难趋易，侥幸功捷，乞加惩究。”疏俱下兵部。部复：“文华所谓趋易，盖指苏州之寇而言；所谓避难，盖指陶宅之寇而言。窃计二寇多寡虽殊，比量声势，不宜分难易论。若使合而为一，以流劫者之慓悍，济屯聚者之蕃众，未免益复滋蔓难图。乃今苏州之寇剿灭无遗，陶宅之寇自然势孤气沮，驱除为易。今第宜令董邦政戴罪自效，务将陶宅之寇亟行殄绝。俟事平之后，总较功罪，然后赏罚可得施也。”诏下邦政于总督都御史逮问。丁丑，应天巡抚曹邦辅，亲督水陆兵分五哨攻寇于周浦城。贼迎敌，四哨俱奔溃，溺水死者数百人。独中哨以邦辅在焉，且阻水得不溃。壬年，巡按直隶御史周如斗言：“方今苏、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其势已孤。诸军宜乘胜并力灭此余烬不宜迁延养寇，使巢成谷登，新寇代至，复致曩者柘林之患。且近日直隶斩获，悉本地乡兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄败后，一无足用。苗兵前犹有王江泾、娄门之捷，若狼兵则徒扰地方，无纤毫战守力。至于川兵，虽未见可用与否，第万里趋调，东西异宜，恐亦未足恃也。近起用原任总兵何卿、沈希仪，以其知兵，令督率川、广调至之卒，展力取效。顾皆昏睡眊衰愞，一筹莫展。近日功捷，二人者，绝无所与，将焉用之？请罢遣二臣，并停征兵之令，申饬督抚诸臣，督励乡勇，亟除残寇。”上曰：“地方残寇未靖，令督抚等官，速计剿绝。卿及希仪，令革职回卫闲住。”辛卯，以兵荒，免华亭、上海、江阴、常熟四县存留税粮，仍于起运数内量行改折。
十一月辛丑，有倭二千余人，自海洋驾舟四十余艘，先后入川沙洼，与旧贼合势登岸，沿浦东一带，焚劫四团、八灶等处。甲寅，吏部给事中孙浚言：“近见督察侍郎赵文华，请罢应天府巡抚曹邦辅，参称约夹攻而后期。及考疏内所列邦辅督副总兵俞大猷进剿在九月十一日，浙兵次日方进，则后期之罪，不在直隶。矧今苏、松民士谓邦辅实心任事，称不容口。其前流劫留都之寇，又为邦辅所灭，功能了然。遽请斥罢，文华之意，殆不可晓。时东南用兵，寇势方炽，臣诚恐有妨大计，窃请事权归一，则责成专而无彼此牵制之患。昔汉祖任韩信专阃外，虽智如张良，不使干与，所以能成大功。方今江南之事，餐察司检稽，而战守大机当决之总督、巡抚兼提督，行伍专职当责之总兵。督抚统大纲，而城池仓库，奉行策应，当付之有司。不然，权分势轧，人皆掣肘，无以自尽其长。乞敕该部申明事权：督率不严，方略不慎，罪坐总督；钱粮不敷，调遣无法！罪坐巡抚；军令委靡，战阵退缩，罪坐总兵；策应不前，四境残破，罪坐郡县；检察无实，功罪不明，或昧机专断，强人从已，以致挠败，罪坐督察。”上从其言。
闰十一月癸亥，南京兵部尚书张鏊复：“兵部尚书杨博所议防守留都四事：一、南京城广而门多，不无兵分力寡，宜暂塞钟阜、清江二门，以便关防；一、附近之水军既属操江，屯军随屯耕战，安庆当长江上流，镇江逼苏、松寇患，俱难再调。惟滁州、宣州、建阳、安庆四卫之军，宜属溧阳兵备整饬，俟警征发。孝陵、锦衣等卫，神机等营军余，俱宜简练，以备战守；一、进鲜船只，坐拨余丁过多，宜量为裁省，以充营伍；一、南京西南滨临大江，足称天险，东南百里内外，宜设险置戍，远为控遏。陵寝近地，虽未易兴工，至如秣陵、淳化、江宁三镇原设巡司，弓兵单弱，宜增堡戍。”疏下兵部，言其复议悉妥。其暂塞二门，恐于神京风水妨碍，移文更审处之。癸酉，川兵游击曹克新击倭于嘉定之高桥，斩首二十八级。鏖战自辰及未，酉阳兵先溃，诸军遂败。越二日，克新复督蜀中土、汉兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠连弩手，奋锐冲贼，迎斩七十余级。右哨酉阳、邑梅等兵复溃，我军遂乱。为贼所乘，杀大渡河千户李灿、成都卫百户郑彦昇，川兵伤亡及溺死十四，诸军夺气。是时，调至客兵太多，督抚率无长略，不能以恩威驾驭，诸兵遂恣睢暴肆，不复奉约束。川兵初与山东兵斗，参将尚允绍几被杀。至于出战，皆自为进退。酉阳兵既败，即大噪夺舟径归。至苏州，赵文华犒慰谕留之，不敢诘也。
十二月癸巳，诏名南京新设二营为振武营。用兵部初议，选南京各卫余丁补正军三千，以都督段堂领之，使防守京城。又选孝陵卫余丁共三千人，以丰润伯曹松领之，使拱护陵寝。乙巳，督察浙、直军务侍郎赵文华，疏乞还京师。文华初奉命至浙，适广西田州等狼兵调至，其土官妇瓦氏等知寇有厚蓄，锐意请战。文华惑之，亟趋总督张经进兵。不得，则上书痛诋之。及湖兵至，经进战王江泾，大捷，竟以文华前谗被逮。代之者为周珫、杨宜，皆庸驽无远略。由是各兵漫涣，贼势益炽。文华激奖瓦氏亟战，亡其卒十七八，无尺寸功，文华乃大沮。及苏州殄灭流寇，文华欲攘功后期，计陶宅遭飓余寇，可取以自饰。乃大集浙、直水陆兵四面攻之，大败兵将伤亡甚众。复趋浙、直再进兵，皆不克。副使刘焘、巡抚曹邦辅仅以身免。文华始知贼未易图，即有归志。及十一月，川兵破周浦贼，俞大猷复有海洋之捷。文华遽言：“水陆成功，江南清宴，臣违阙日久，请归供本职。”是时，海洋回倭泊浦东，川抄旧巢及嘉定高桥皆有寇据。而新倭来者日众，浙东西破军杀将，羽书沓至。文华乃以寇息闻，其欺诞若此。
三十五年正月壬午，松江新场倭袭败官军于二桥，参将尚允绍等死之，亡其卒四百余人。丁亥，诏留南直隶去年起运粮草派乘米折银及浒墅钞关额课银给军饷。从应天抚臣请也。
二月壬辰，以直隶华亭、上海、嘉定县兵荒，停征税粮有差。乙巳，命操江都御史史褒善量调九江、安庆官军防守京口、圌山等处，添设把总指挥一员领之。初，上从部议，以南京营兵不宜出戍，悉令掣还。及是江南北俱被寇，自京口以西至南京各关隘戍守，尽仰外兵，不敢发京营一卒。于是应天、常、镇守臣，各称不便。兵部乃复为请，于近京龙潭、观音港、秣陵、淳化四处量发营兵与在城民兵戌之。其京口去京远者，听操江都御史以便宜调别卫军协守，固有是命。乙卯，升顺天府府丞叶镗为应天府尹。
三月乙亥，升兵部左侍郎翁溥为南京刑部尚书。丙戌，倭船四十余艘至乍浦登岸，流劫松江、嘉兴等处。
四月己丑，改礼部尚书王用宾为南京吏部尚书。巡按浙江御史赵孔昭奏：“两浙、苏、松连岁被倭，赴任官往往以道远限宽，得耽延规避。请革水程，使之无所藉口。”部复：“江南水路艰险，难以概革。今宜计其所受地，在二千里内可以刻期至者，革之，在外者仍与水程如故。”报可。戊戌，升山东左布政使孙应奎为都察院右副都御史，总理河道。辛丑，南直隶续至倭寇三千余人，犯镇江、瓜州、仪真等处。癸卯，以直隶镇海、太仓、金山、松江、青村、南汇诸卫、所被寇，改征屯粮折色一年。甲辰，江北倭寇流劫至圌山、山北等港。无为州同知齐恩率舟师迎战，败之。斩首百余级。恩长子尚文、次子嵩、叔仲实、弟宝荣、侄慎寅、友良、大卿、孙童俱在行。嵩年十八，骁勇善射，独前追贼至安港，恩等从之。会伏发，贼四面合围，恩等及其家丁钱凤等二十一人力战，皆死之，独嵩、慎寅得脱。贼乘胜遂至金山，杀镇江千户沈宗玉、王世臣于江中。庚戌，倭犯直隶西庵、沈庄、清水洼等处，总兵官俞大猷、苏松海防佥事董邦政帅兵击之，斩首三百五十余级，贼遁陶山。
五月壬戌，南京兵部尚书张鏊、巡抚凤阳都御史陈儒各奏：“海寇突入淮、扬，焚运船民舍，渐逼南都，乞速调客兵应援。”兵部议复，从之。癸亥，升浦口守御指挥使孙世勋为署都指挥佥事，提督南京金川等门官军。以南京兵部称，倭寇密迩，各门守卫军弱故也。丙戌，降海防佥事董邦政为苏州府同知，仍戴罪剿贼。坐督战退缩，为御史周如斗所劾也。未几，总督胡宗宪以四月中清水洼等处捷闻，称邦政及总兵俞大猷功。邦政得免戴罪，仍送吏部拟升四品职级，大猷复祖职。时，邦政闻左迁报，已移病先归。部疏未及上，如斗复论其怨望托病之罪，乞加重处。得旨：“东南多事之际，若迁谪官概因托病议罢，反遂其私。令亟催赴任，如再迟延，以法治之。”
六月甲午，升兼巡抚山西、江西右参政高捷为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。丙申，苏松寇自黄浦及七丫港遁出海，总兵俞大猷督水兵追战。大败之，斩首三百余级。辛亥，以南直隶被倭，命量留今年兑军漕粮，苏州、松江二府各五万石，常州三万石，镇江二万石，充军饷。
七月戊午，巡抚应天都御史张景贤奏，四月中福山港水兵叛降倭寇，引入内地劫掠。因劾把总指挥姜旦贪残激变等罪。诏巡按御史逮旦至京问。
八月壬辰，以四月倭寇掠瓜州，烧漕粮三万四千余石，夺总兵官署都督佥事方恩俸三月，下把总指挥、千百户等官于御史问。辛亥，官军进剿海寇徐海等于梁庄，大破，平之。初，海既缚献陈东等，退屯梁庄听抚，时索船索赏，进退未决，其众无所得食，稍稍出营掳掠。至是，官军四面俱集，保靖、容美兵自金山至，永顺兵自乍浦至，赵文华遂欲乘势剿海。执海众劫掠为词，使人责问之。海知有变，乃阻深堑自守，为迎战备。信好既绝，我师遂薄贼营，会大风纵火，诸军鼓噪从之。海等穷迫，皆同户投火中相枕籍死。于是浙、直倭寇悉平。
九月戊午，以直隶通州、泰州、江都、泰兴、海门、如皋六州、县被倭，免存留税粮有差。乙丑，以直隶应天等府水灾，苏、松、常、镇四府被倭，各量免秋粮及折征卫所屯粮有差。
十二且癸卯，尚书赵文华条陈防海事宜四事：“一，弛海禁。谓滨海细民，本籍采捕为生。后缘海禁过严，以致资生无策，相煽从盗。宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海道官编成排甲，稽验出入，照旧采捕；一、一事权。谓江海之防，祖宗设官分职，各有定守。迩缘倭患猖獗，随宜更设，以致事权不一，南北扞格，彼此推调。操江都御史出外驻扎，而听劾于巡江御史，既失居重驭轻之势；金山副总兵即旧之备倭总督，乃无会哨江北之权。钱粮仰给巡抚，兵船无所分属，卒然有警，难以调度。请以江海之防，分为三节：自南京至仪真为上节，责之操江衙门而会哨于仪真；自仪真至狼、福二山为中节，责之常、镇、仪、扬参将、把总，会哨于狼、福，而巡江御史驻扎镇江，参辖之，自狼、福至金山卫、江海相界为下节，责之苏、松参将、把总，而金山副总兵常川会哨，巡江御史兼辖之。其兵船、钱粮，各以所属巡抚料理，庶统属分明，临事可得实用；一、足兵饷。谓水陆客兵，缺行粮数月，乞留漕粮三十二万七千石，分贮要地，充十万客兵七八月之用，仍查催未完军饷粮银处补；一、举遗材。谓地方多故，负才遗佚之士，有扼腕思奋者，如原任翰林院编修唐顺之、右中允秦鸣夏暨参政胡松、翁大立、周相，副使李文进等，俱宜录用，以济时艰。”疏入，下所司复议，俱从之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：“狼、福二山，乃海寇出没之处，请增募水兵万人，福仓沙船三百艘，分发参将等官操练。”兵部复议，从之。
三十六年正月辛酉，升南京锦衣卫佥书、署都指挥佥事黄印为署都督佥事，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。
三月壬辰，兵部复：“南直隶督抚等官胡宗宪等奏，直隶沿海之地，水兵把总则有吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总，然各守汛地，不相联络。宜添设游兵一部，拨给福船五十艘，令把总官一员统之，以为声援，仍听副总兵调度。”报可。乙未，总督漕运兼巡抚都御史蔡克廉请筑宝应县城，以防倭患。工部议复，从之。
二月甲寅朔，升总督陕西三边右都御史贾应春为南京户部尚书，户部右侍郎吴嘉会为本部左侍郎，总督漕运，巡抚凤阳；赵忻总理粮储，巡抚应天。庚申，升总督湖广、川、贵右都御史冯岳为南京荆部尚书；南京户部右侍郎王诰为右都御史，总督漕运，巡抚凤阳。辛巳，提督操江都御史高捷疏陈江防事宜：“一、补额军。原额操江官军一万七千余名，今缺少大半。宜行南京锦衣等卫、所照数补够，毋得营改别差，避重投轻；一、择将领。新江口操江把总、哨总、卫总等官，旧规俱守备衙门推委，官之贤否岂能尽知。宜令操江会同选补；一、重责成。江海水面，原无限隔，虽经分屯把守，逐节会哨，若使拘汛地不相应援，亦难防贼。宜将兵分正奇，南北内外，互相援剿，有功失事，各视主客通论；一、悬异赏。倭寇新来之船中无所有，及其满载而后尾击，其地方已受害甚矣。请以迎击来船之赏，列之遮击去船之上，去船止论首功，来船兼论船只。”兵部议复，报允。癸未，升吏部右侍郎孙升为南京礼部尚书。
四月甲午，寇犯江北。先一舟自如皋县掘港登岸焚劫，贼凡七十余人，官兵合势急击，歼之于白蒲镇。庚子，江北倭寇大至，自海洋二洲、掘港、吕四场等处登岸，凡二千余人，流劫海门县。壬寅，倭至通州，攻城不克，遂分二路西行，犯如皋、泰兴。是日复有倭舟七艘，自金沙登岸。
五月癸丑，泰州倭转掠扬州及徐州，官兵御之皆溃。贼遂薄新水关，矢及城中。庚申，高邮倭入宝应县，信宿而去，突犯淮安府，掠船四十余艘。旋复入宝应县，烧毁官民厅舍。己巳，以扬州倭患，听留两淮余盐银三万两，仍提编明年均徭助用。壬申，宝应倭掘北土坝，泄河水入，乃驾舟溯东乡，由盐城至庙湾入海。居数日，开洋东遁。丙子，泗州倭分众犯清河，攻入县治，纵火焚劫而去，遂侵淮安府。庚辰，巡按直隶御史尚维持奏留松江府漕米五万石，以备兵饷。从之。辛巳，寇入安东县，进屯县治，纵火劫掠。
六月乙酉，淮、扬兵备副使于德昌督水陆兵击寇于安东县，参将刘显率苗兵直前冲贼，亲斩其渠首，贼众披靡，诸军鼓噪继进。贼走争舟，水陆兵夹击之，斩首百余级，贼多焚溺死者。余众乃驾舟奔遁，退泊云梯关。寻自刀门港遁。南京科道等官刘尧诲等言：“倭寇掠攻扬州、高邮，势且侵及天长、六合，去留都不数舍。夫淮、扬为运道要冲，则当为国家血脉之虑；留都系陵寝所在，则当为国家根本之图。惟陛下速敕诸臣，刻期剿灭，仍当重究参将黑孟阳等，以严失事之罚。”上以为然，命南京兵部抚、操官及督、抚诸臣，亟调兵驱剿，不得怠缓。仍拟黑孟阳死罪。革把总韩德桢、守备王表职，俱令立功白赎。辛丑，有折桅寇舟一艘，飘泊海州东陬山，居数日，夺舟而去。
八月乙未，浙直总督胡宗宪，淮扬巡按马斯臧各以江北倭患平定来闻。诏兵部侍郎江东统兵还京。东奏留参将徐珏所领保定兵驻扬州，防冬汛；游击丘升、夏时所领山西、河南兵各遣归该镇。上许之。
九月甲寅，祀故大学士顾鼎臣于其乡。鼎臣，苏州昆山人。昆初无城，鼎臣始议建之。比岁海寇入寇东南，诸郡邑无城者悉遭屠戮，而昆山独以城保，多所全济。乡人追思之，请立祠邑里，以示崇报。守臣以闻，报可。又改南京工部尚书马坤为南京户部尚书。甲子，升总理河道左都御史王学益为南京工部尚书。以倭患，诏通、泰、高邮三州，宝应，如皋、泰兴、安东、山阳、江都、清河、盱眙八县，是年本折马匹尽行蠲免。其海州、邳州、仪真、兴化，盐城、宿迁、桃源、沭阳、赣榆、睢宁诸州、县本色马匹尽征其值，并原折马价减银二两。从抚臣王诰请也。丙子，以水灾免直隶徐、萧二州县税粮。以倭患免宝应，清河、安东、盱眙四县税粮，各如例。仍命振恤伤重之家。丁丑，以盗越南京城，劫上元县狱，罢抚宁侯朱岳、守备太监郭城任，回京闲住；夺兵部尚书张鏊俸三月，下知县刘以真等南京法司问。
十二月辛卯，升刑部右侍郎潘恩为南京工部尚书。
三十七年二月己卯朔，命南京前府佥书、署都督佥事许信提督操江。
三月丙子，更定两淮掣盐之法。运司一遇各边中完工本盐商赍到勘合，不分正余盐引，即听各商自向小灶买捆出场，依期循单赴掣。仍量减盐引价，淮南每引上纳五钱，淮北三钱五分一厘二毫五丝。其掣盐之时，每单淮南六万六千引，外加三万四千引为一单；淮北三万四千引，外加一万六千引为一单。定以半年之内，淮南掣四单，淮北二单，不许过期停壅。从御史张九功奏也。
四月戊寅，诏留苏州府本色正兑粮二万石，松江一万五千石，充本处兵饷。辛卯，升广西布政司左布政使熊洛为应天府府尹。
五月丁巳，巡按直隶御史张九功奏：“徐、扬、淮、海之间，倭夷骚扰，地方残破，兼以赋繁役重，民皆相率转徙，就食他所。非得贤守令，不能安辑。宜于进士中择有才干者，慎简以充，仍责之久任，非六年以上，毋迁。”浙江御史钟沂亦言：“今守令为民害，弊在催科，而催科之弊有二：有当入租时不即征收，至积逋累年而后峻法以取盈者；有假征输之名，分外诛求，至为吏胥所苦，其费反浮于正数者。由前言之，则玩愒宜惩；由后言之，则克科宜禁。二法虽若相反，其以救弊安民则一也。”诏悉从之。
六月已卯，时，南京上元县有越狱之变。南京刑部尚书冯岳言：“近来五城两县系狱数多，皆因各衙门滥受民词，不送法司谳决，故淹禁日久，至于生变。请尽录系囚，随轻重决遣之，而严有司侵官乱法之禁。”报可。丙申，以苏、松、应天府谷价太轻，诏于原议改折兑米数中，每石暂减银一钱，不为例。从抚臣赵忻奏也。
闰七月丁丑，以寇患免松、苏、常、镇四府正官入觐。
九月丙申，升云南左布政使鲍道明为应天府府尹。
十月丙寅，改定仪真守备汛地，以新港至瓜、仪、六合隶之；江防以天长南及江都、高邮隶之。陆防仍听狼山副总兵节制。先是，嘉靖十九年分江南北备寇汛地，江南专属金山都司，江北尽属仪真守备。既而以地方多故，复于东海、大河口、周家桥设把总，掘港改守备，盐城增参将，各有汛地。已而，仪真守备犹遥制之，体统不便。于是，巡抚都御史李遂以为言，乃有是命。
十一月壬午，诏锦衣卫差官校械系应天巡抚都御史赵忻、松江府同知刘敏政、吴县知县曹一麟至京讯鞫。先是，忻行部至松江，会金山军乱，鼓噪露刃，直抵松江城下，久之方解。时崇明戍军亦以索饷不获，缚海防同知周鲁、署印判官薛仕，囚之教场数日。给事中苏景和闻知，乃上疏劾忻淫酗贪墨，恡赏激变状。因言敏政、一麟皆其所厚吏，三人相与济恶殃民，不可一日居位。疏入，上怒。乃命逮忻等问之。已逮至，下法司问，言忻等皆以催征过刻，行事乖方，致招物议，未有贪纵实迹。乃命降忻、敏政各二级，忻调外任，一麟罢为民。癸未，升江西右布政使陈锭为都察院右副都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丙申，以水灾蠲直隶淮、扬二府各属州、县税粮有差。
十二月丙午，升南京大理寺右寺丞赵孔昭为南京都察院右佥都御史、提督操江。丁未，法司上是岁天下恤刑官谳矜疑重囚之数，南直隶江南六十三人，江北八十八人，命减死戍边。
三十八年正月壬午，巡按直隶御史尚维持言：“吴淞、柘林、川沙、阳舍、孟河五处均为苏、松、常、镇四府要害。吴淞旧有守御所，而四城未设专官，乞各铸给千户所印，及注选仓大使一员，以司粮饷。其苏松参将，宜驻金山，督守柘林、青村、南汇、川沙诸处；常镇参将宜驻阳舍，督守圌山、孟河二地。而浙直总兵，专驻吴淞，居中调遣便。”兵部复议：“各将改驻，当如所奏。其四城设守御所必须改调官员，抽补军士，坐派月粮，计划允当，方可议行。若但从戍守之宜，则官可从便而委，军可随数而调，粮可随地而处。有警则责其防御，无事仍听其番休。印不必给，而人亦相安。请下抚按官议之。”报可。乙未，升湖广左布政使傅镇为南京都察院右副都御使，提督操江兼管巡江。
二月辛亥，总督南京粮储、户部右侍郎黄懋官奏：“仓粮不足支放，乞照旧征本色。”报允。乙卯，升吏科都给事中徐纲为应天府府丞。
三月戊子，命掌南京后军都督府事、西宁侯宋天训提督操江兼管巡江。庚子，以南京都察院右都御史蔡云程为南京刑部尚书。辛丑，倭犯江南崇明县，泊舟三沙地方，登岸烧劫。
四月壬寅朔，倭船数百艘，转掠江北扬州、海门等处。丙午，江北倭趋通州，总兵邓城遣兵御之，败绩。指挥张谷死之。倭进据白蒲镇。丁巳，先是，江北海道副使刘景韶，以游击丘陞等兵击原驻白蒲倭。一战于丁堰，再战于如皋东，三战于海安，皆捷，共斩首百余级。至是，贼大聚其众，谋西犯扬州。景韶复督陞等兵击之，斩首八十级，焚死一百九十七人，贼奔入潘家庄。景韶督诸兵尽锐攻之，复斩首一百二十八级。初自南沙登岸，犯通州之倭，至是剿绝。庚申，庙湾倭合众来攻，淮安巡抚李遂亲督参将曹克新等御之，大战于姚家荡，自寅至申，贼大败，斩首四百七十八级。贼遁入姚庄，我兵纵火焚庄，贼死者二百七十余。余贼奔陈庄，我兵复追斩七十四级。贼以残众退保庙湾。丙寅，海道副使刘景韶，督兵击倭于印庄，斩首四十五级，贼西走。次日复战于新洲，斩首七十八级。贼奔新河口，遁入民家。我兵以火攻之，复斩首二百十六级，贼悉焚死，无一人得脱者。是时，江北流劫之倭悉歼，惟庙湾大伙据险固守不出，我水陆兵环其四面攻之。丁卯，巡抚凤阳都御史李遂言：“倭寇前结艘扬帆，直入杨树港，登岸焚劫。次日径犯狼山，泊芦潭港，遂过通州、海门，至白蒲，焚烧庐舍，劫掠民财。副总兵邓城，募造兵船、战具，无不完备，足堪防剿，乃骄玩迟疑，致贼猖獗。乞正其罪。”得旨：“城怯懦纵寇，法当逮治。姑革其职级，充为事官，领兵杀贼，事宁奏处。李遂严督将士，戮力剿平，毋得怠视。”已，巡按直隶御史、江北李廷龙等复言：“邓城玩寇殃民，及参将朱仁、指挥丁为谷等俱属有罪。”上命按臣械城并仁、为谷，俱至京鞫治。
五月壬申，江北兵攻寇于庙湾，斩首四十余级，我兵死伤亦多。贼复敛众固守。巡抚李遂以数战兵疲，宜围困之，贼日久无食，且水陆断其行道，可收全胜。通政唐顺之以为玩寇，乃自擐甲持矛，麾兵以进。屡挑战，贼终不出。遂督兵入险，贼奋锐东西冲，官兵死伤甚众。顺之自知失计，以为贼未可卒破，乃驾言经略三沙倭南去。甲戌，总督漕运都御史傅颐等言：“淮、扬之间倭寇方炽，盐场运道，俱当防护。高邮重地，未设戍兵，适总督胡宗宪所募山东兵二千五百人由淮赴浙，乞暂留为备，俟寇息遣之。”报可。丁亥，革高郎州河泊所。裁革淮安府清河、睢宁、赣榆三县儒学训导一员；海州永济、通济二仓副使各一员；扬州府高邮州管马判官一员；宝应县主簿一员。己丑，崇明县三引沙倭贼合踵至，官军出海邀击，斩首一百余级。总督、侍郎胡宗宪等以捷闻。甲午，庙湾倭被围日久，我兵水陆迭攻，百计挑战，贼不出。副使刘景韶乃督卒填壕，斩夷树木，严兵逼垒而阵，贼终不出。后令水兵载苇焚其舟，贼争救舟，我兵乃撤其所营西街墙屋，贼撮营东街，致死敌御，杀伤甚众，其垒益固。于是景韶约二十四日水、陆进击。是日，夜大雨，寇乃潜遁入舟。官兵进据其巢，追奔至虾子港，颇有斩获。余寇无几，不复能战，乘风开洋而去，于是江北倭尽平。
七月庚午朔，升户部左侍郎蔡克廉为南京户部尚书。丙戌，原屯三沙倭贼突犯江北，由梅门县七星港登岸。丙申，江北七星港倭流劫过金沙、西亭，将犯扬州。海道副使刘景韶督参将丘陞等兵并力御之，战于邓家庄，斩首六十九级。贼败走仲家园，官兵纵火急攻，斩首二百八十余级，贼宵遁。
八月己未，江北倭自邓家庄败后，沿海觅舟不得，我兵自后急击，及于小海团、刘家桥、白驹沙等处，各有获斩。贼劳馁困顿，会雨，乃奔入刘家庄就食，我兵四面围之。值总督胡宗宪遣江南副总兵刘显以铳卒千余来援，江北将士谓功在垂成，虑为显所攘，啧啧有言。都御史李遂恐士众不和，乃檄江北诸军尽属之显。军政既一，遂克期进兵。显率所部先登，各营选锋继进，纵火冲击，自辰至酉，贼巢始破。共斩首二百一十四级。贼奔白驹场，我兵追击，又败之于七灶及茅花墩，共斩首四百余级，贼众尽殄。
九月乙亥，以灾伤免南京锦衣及直隶扬州等卫所屯粮各有差。兵部复：“巡抚凤阳都御史李遂奏剿平倭寇诸臣功次，言：本年江北寇前后四起，一白杨树港、撇港、卢潭港登岸；一自周灶港登岸，俱并为一伙，约三千余人，在庙湾杀伤死亡过半，所余不足三百，乘雨逃遁；一自廖角嘴山港登岸，约三四百人，至曹家堡、潘家庄剿杀尽绝，一自青墩港登岸，约六百余人，至新河口，亦剿杀尽绝。以四月初一日闻警，至五月二十三日荡平，仅止五旬。”上深嘉诸臣功。
十月甲辰，以旱灾免直隶苏、松等府税粮及折改运粮有差，仍行有司赈济。
十一月丙子，巡按直隶御史陈志言：“江北顿值兵荒，请将三十九年分备用马匹再改折一年，以苏民困。”上特允之，后不为例。丁丑，苏州自海寇兴，招集武勇，诸市井恶少，咸奋腕称雄杰。群聚数十人，号为打行、扎火囤，诓诈剽劫，武断坊厢。是年，吴会岁侵，各郡邑时有攘窃。应天巡抚翁大立既莅任，则严禁缉之，访扎火囤诸恶少名，檄府县捕治，督责甚急。及十月大立携孥来苏州驻扎，诸恶益惧，则相与歃血，以白巾抹首，各持长刀、巨斧，夜攻吴县、长洲及苏州卫狱，劫囚自随，鼓噪攻都察院，劈门入之。大立率其妻子逾墙遁去，诸恶乃纵火焚衙廨。大立所奉敕谕、符验及令字牌，一时俱毁。诸恶复引众欲劫府治，知府王道行督兵勇却之。将曙，诸恶乃冲葑门，斩关而出，逃入太湖中。官司遣兵四散搜捕，获首从周二等二十余人。事闻，上命大立戴罪严督，克期殄灭，以靖地方。知府王道行等、知县柳东伯等住俸，勒限获赃。指挥朱文正等付按臣逮问。
十二月戊申，改巡抚保定、都察院右佥都御史喻时为南京都察院右佥都御史，提督操江。庚申，添设金山卫游击将军二员。从巡抚应天都御史翁大立请也。
三十九年正月丙子，浙直视师、右通政唐顺之升任淮、扬巡抚。辛卯，盗百余人夜入扬州府泰兴县，劫库杀人。守臣以闻。得旨：“停知县梁栋等俸，及把总吕圻各戴罪捕贼。”初，江南御寇，水兵多游手少年，乌合应募之众。及事宁散还，穷无所归，流落江湖间，遂相聚为盗云。
二月壬寅，以江北倭寇未宁，添设水兵把总一员于狼山。丁巳，南京振武营兵乱，杀督储侍郎黄懋官。旧例南京各营官军月米，有妻者一石，无妻者减十之四，春秋二仲月，每石予折色银五钱。及马坤为南京户部尚书，奏减折色银为四钱，诸军始怨。懋官性刻削，每月各卫送支册，必诘其逃亡多寡。又奏停补役军丁妻粮，诸军益不堪。是时，坤已召入为户部，代之者尚书蔡克廉，病不事事。比岁大侵，米石至银八钱，军中争求复折色原额，不见理。每月常以初旬给各军粮，是月已再旬，懋官犹未支给。是日，振武营军操期。振武营者，南京兵部尚书张鏊以海警创设者也。初议选各营精锐，不足乃益以四方趫健，然京卒怯脆，中选者不及十一二，其所团集大抵皆恶少游手无赖者。晨集将赴操，遂鼓噪，围懋官第。懋官闻变，急逾墙出，因仆地不能起，诸军竞前扑杀之。悬其尸于市，痛加诋辱，仍大呼，胁兵部尚书张鏊求赏。鏊错愕不能应。会诚意伯刘世延趋至。谕曰：“尔辈但求赏，易耳！能从我，惟尔所欲。”众稍定。翌日，九卿科道大会于内守备厅。兵部侍郎李遂扬言曰：“昨黄侍郎之变，遂亲见其自越墙死，各军特不当残辱之。当据此闻奏，不得称叛。”因麾乱军退。众求赏，遂叱曰：“今日之事，若求复妻粮、月粮原额，即可得。求赏不可。朝廷在上，尔辈何为者？”乃令人各给银一两，以补减折粮饷，始散。
三月壬申，先是，二月间，扬州守备卢相部卒二百余人，因分粮不均作乱。斩关出，格伤巡捕百户冯承恩。至仪真，夺守备汪恩所领福船，将入海，巡抚都御史唐顺之闻变，乃揭榜抚谕其众。而自督兵驻瓜州，遣相、恩分途追及之于黄天港。斩首恶三十一人，余党置不治。顺之具疏以闻，因请为相、恩议赎。巡按御史陈志奏：“相前以三河失事被逮，今二罪并发，不宜轻处；恩失守战船，功不补过，亦当并论。”得旨：“夺恩俸三月，下相于御史问。”乙亥，南京守备太监何绶、魏国公徐鹏举、临淮侯李廷竹、兵部尚书张鏊、侍郎李遂以振武营兵变闻。事下兵部，请分别首从行法，并议守备官统御失宜之罪。上曰：“营卒聚众围逼部臣，必有不得已之情。南京户科其详核总督官克减状以闻，绶、鹏举、庭竹、鏊俱责在守备，不能统戢土卒，姑令戴罪协同李遂抚安军民，仍许便宜行事。各营军士，素受朝廷豢养厚恩，乃敢不畏法度，擅杀大臣，本当重处。姑念激变所致，令所司捕治其为首者，余党勿问。”于是南京科道官刘行素、赵时齐等各上疏言：“诸军激变，始于马坤之议减折银，成于黄懋官之查革妻粮，而尚书蔡克廉病不任事，员外郎方攸跻、主事安谦给放失期，及守备何绶、总督程规、徐珏等俱属有罪。”诏先罢克廉，余下吏，兵二部详议。已而议上，悉如行素等言。惟徐珏逐捕他盗有功，程规新任当末减。得旨：令坤致仕，褫攸跻、谦职为民，珏留用，规停俸戴罪视事，绶等令自陈。把总、指挥张鹏等而下二十九人降级、逮治有差。己卯，户部左侍郎刘采为南京户部尚书、总理河道；王廷为南京户部右侍郎、总督粮储。壬午，南京太仆寺卿林应亮为都察院右副都御史、总理河道。
四月丁酉，升江西布政使司右参政方廉为都察院右佥都御史、总督粮储，提督军务兼巡抚应天。己亥，改户部尚书江东为南京兵部尚书、参赞机务。壬寅，论南京叛军罪，首恶周山等三人论斩系狱，发滕彪等二十二人戍边卫。初，侍郎李遂，既以计散遣各军，已而，闻军中籍籍，有言朝廷将尽诛各营兵，阴相约欲叛入海。遂患之，与尚书张鏊议曰：诸叛卒虽从宜抚处，而首恶未诛，非法也。不闻元魏禁军攻统军张彝之事乎？且众尚汹汹，必俟奏报处分，万一机泄奈何？乃托病闭阁卧，给各军安家小票各一纸，以安众心。密召坐营官华恩、把总张勋等入卧内受计。令刺访首恶，得山等二十五人，各以三月十六日掩捕下狱。因驰奏请处分。兵部议：“叛军戕杀大臣，逼胁府、部，当即时斩首枭示。”上复命三法司会科道官详议，改比谋杀制命使臣律，俱斩，秋后处决。上曰：“帘远本因堂高，必无自远之理。土卒辱及大臣，法斩；死时君立新帝者，必法外凌迟。黄懋官心存欺谤，计使人为全尸而死，失刑甚矣。今所获亦未可尽知果皆为首者，可再议闻。”乃止坐首恶三人，余各以矜疑调发，未获悉贳之。按振武之变，虽由待郎黄懋官克削所激，然诸军本乌合恶少，非有尺籍伍符，一旦于都城之中，肆行无忌，戕杀大臣，乃竟置而不问，国法荡然矣！于是四方效尤，士卒戕主帅，部民殴制使者，纷纷数起，朝廷患其徒众，类从姑息焉。丁巳，复设都御史一员，提督南京粮储，改督漕右副都御史章焕为之。初，营军之乱，侍郎黄懋官以南粮不充，节缩太过，至于生变。及是，给事中郭斗因言：“糗储缺乏，弊由提督侍郎不兼宪职，无举劾之权。故所在有司，皆玩视不理，积逋巨万。宜如旧例，专设宪臣董之。”且言南北二运，均为国计所关，而人情每重北轻南，法不划一。请略仿京漕之例，施之南京。凡各处应派南粮者，岁遣户部司属一员，令其一体奉敕监兑。给事中马出图亦言：“南粮自尚书方钝议改折后，军无现粮，怨始起，乞尽复本色便。”诏俱从之。
五月庚午，兵部复：“巡抚应天都御史翁大立条陈，沿江、沿海将官职掌，专备海寇，而民间盗贼，则置不问，此泰兴劫库之变所由作也。宜令诸路参将、把总，悉兼理捕盗，规避者罪之。”诏从之。丁丑，添设整饬应天、太平、宁国、徽州、池州、广德六府、州兵备副使，列衔浙江按察司，仍兼布政司参议，兼督苏、松等府粮储。从南京兵部议也。丁亥，添设柘林、川沙各把总一员；改吴淞江游兵把总为南洋游兵都司，驻竹箱沙；圌山游兵把总为北洋游兵都司，驻营前沙。俱于浙江都司列衔支俸。
八月丁巳，升吏部右侍郎李玑为南京礼部尚书。壬戌，裁革苏州府领兵同知一员，新堰闸闸官一员，长洲、吴县各税课局大使一员。
九月甲子，升南京都察院右都御史王钫为南京工部尚书。戊辰，升南京光禄寺卿吕光询为应天府府尹。
十月戊戌，以灾免淮、扬等府税，并改折漕粮八万石。
四十年二月甲寅，升南京礼部右侍郎康太和为南京工部尚书。己卯，南京户部尚书刘采奏：“自本年为始，将应天、苏州、松江苎布、丝绢暂解本色，待有余积，再议改折。”从之。
五月丙戌，以南京池河新营兵变，诏罢南京兵部尚书江东，回籍听用。池河营设在江北，其兵系南京飞熊、英武，广武三卫军余，共三千人。每岁春秋分番操守。计在营凡四月，月给粮三斗。后以军装什物、往来僦赁之费不给，复人给帮丁一名，助银六钱，相沿二十余年矣！时英武卫千户吴钦谓帮丁非制，请于南京兵部革之。军怒，遂缚钦于营台，群殴之。东闻，亟遣兵抚谕各军，许帮丁如故，钦始得释。寻捕其首事者九人，置于理。南京科道官杨铨、刘行素等以闻，因劾东治兵无纪，举措乖张，昏庸谬妄，宜罢。章下兵部复：“东宜别用，把总余忠等六人宜革任，首恶送南京法司讯治，并追逮其遗漏者。仍行内外守备，申明法纪，帮丁既有旧例，不必议革。”上俱从之。戊子，升兵部左侍郎李遂为南京兵部尚书、参赞机务。
闰五月壬辰，升南京操江、右佥都御史喻时为都察院右副都御史，总督漕运，巡抚凤阳。丁未，山西左布政使万虞恺为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。兵科左给事中张益等言：“南京振武营、池河营，连年军变，狂悖效尤，渐不可长。督责之任，全在参赞，非重其权不可。今陛下擢用李遂，正人心改观之始。请下部议，更给以敕，凡事体有当增改者，一一载入，令其以便于展布。”部复：“南京五府佥书都督，既分辖诸营，自今当悉听遂节制。应天、淮扬抚臣事有关涉者，悉与咨议。副、参、游、守、兵备等官，悉听委用。诸所未备，咸得便宜行事，另请敕谕给之。”报可。己酉初，应天巡抚翁大立极言江南养马之害。请革应天、镇江等府种马，征价输官。革裁其所属州、县养马官，可省供亿冗滥之费。事下御史会议。至是御史言：“江南种马系祖宗成宪，不可革。宜申明孳生旧例，责之州县正官，稽其蕃耗。仍行南京太仆寺查照科驹分数开报兵部，转行吏部课殿最黜陟之。解俵本折，则本府通判总部各州、县轮差佐贰或首领官一员，其江南北州、县马不满千者，罢其冗员。”兵部议复，从之。戊午，调原任巡抚山西、右副都御史孟淮为应天府府尹。
六月戊子，升工部右侍郎黄光异为南京户部尚书。
七月癸巳，巡抚应天都御史方廉言：“今日江南之患，在于官多势分，兵多食冗。请裁革直隶青村、南汇二所把总，以柘林把总兼辖青村，川沙洼把总兼辖南汇。”又言：“兵将相识易于责成，请改京口圌山把总郭成为吴淞陆路把总，统领原部苗兵，仍充浙直副总兵，中军官。”诏从之。己亥，以江南水患饥荒，诏留苏、松、常、镇四府两年开纳事例银，并浒墅、北新关船料银备赈。癸卯，升南京都察院右都御史卢勋为南京刑部尚书。辛亥，巡抚应天都御史方廉奏：“苏、松、常、镇四郡，水利甲于天下，宜备查应修之处，分别工程难易，以次兴工。河夫银两编征追捕如故。苏、松二府，额设水利通判各一员，后因兵兴事繁，二府各置海防同知，苏州又有练兵同知及防御福山通判，而归所设水利者裁减矣!今海氛稍清，其练兵、防御诸员可省，须复水利旧额，以任疏浚。松江则以海防同知兼摄其事。仍敕兵备宪臣，往来督课之。”吏部议复，允行。
九月辛丑，苏、松、常、镇四府大水，平地水深数尺，累月不退。抚臣以闻，因请破例蠲恤。上从部议，命停征是岁秋粮，仍改折起运改兑米有差。其四府事例罚赎银，俱留充赈。甲辰，以水灾，免南京锦衣卫并扬州等卫屯田子粒有差。己酉，升南京操江、右佥都御史万虞恺为右副都御史，巡抚应天。丙辰，升南京大理寺丞闾东为南京都察院右佥都御史，提督操江。
十二月丁卯，升大理寺左少卿王士翘为都察院右佥都御史，总理河道。
四十一年二月乙亥，裁革太仓卫知事、宜兴县治农县丞各一员，平洋沙巡检司巡检一员，太仓、吴江、常熟、嘉定、丹阳、扬巷、七宝税课局大使七员。从巡按直隶御史陈瑞奏也。
四月丁丑，免金山卫及青村、南汇二所官军运粮所遣运船八艘，攻派苏州、太仓、镇海、镇江四卫军领之。从漕运都御史喻时奏也。戊寅，裁革直隶淮安府清河县主簿一员，量复本县存留钱粮三年。以凤阳抚臣言其地小民困，逃亡数多故也。
五月己酉，以淮、扬二府灾伤，停征漕粮改折银有差。辛亥，升大理寺右寺丞周如斗为都察院右佥都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天。
十月乙卯，裁革常镇兵备副使及松江府添注海防同知二员，以海寇渐宁故也。其常、镇兵防诸务，令苏松兵备兼领之。癸亥，以直隶淮、扬二府所属州、县、卫、所水灾，蠲免秋粮有差。乙丑，升户部左侍郎鲍道明为南京户部尚书。
十一月壬寅，以直隶扬州等府所属州、县、卫、所灾伤，减免税粮及所征屯粮有差。
十二月壬子，改南京刑部右侍郎王廷为户部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督漕运兼提督军务，巡抚凤阳。甲寅，以水灾，免淮、扬所属泰、徐等州县马价有差。
四十二年正月乙巳，以灾伤，诏折征泰州，兴化、赣榆、沭阳、安东、盐城、清河，宿迁、通州、徐州、高邮、如皋、海门、宝应、萧、沛等州、县改兑米有差。
四月癸亥，升工科都给事中罗嘉宾为应天府府丞。乙亥，升南京吏部右侍郎尹台为南京礼部尚书。
五月戊子，升太仆寺卿唐宽为应天府府尹。
八月丙辰，初，南京兵科给事中范宗吴言：“故事，操江都御史职在江防，应天，凤阳二巡抚军门职在海防，各有汛地。后因倭患，遂以镇江而下通、常、狼、福等处，原属一巡抚者，亦隶之操江。以故二巡抚得以诿其责于他人。而操江都御史又以原非本属兵，难遥制，亦泛然以缓图视之，非委重责成之初意也。自今宜定汛地，以圌之三江会口为界，其上属之操江，其下属之南北二巡抚。万一留都有急，则二巡抚与操江仍并力应援，不得自分彼此。庶责任有归，而事体亦易于联络。”章上。上命南京兵部会官杂议以闻。至是议定，兵部复请行之。诏可。今后不系操江所辖地方一切事务，都御史不得复有所与。
九月己丑，巡抚应天周如斗言：“江南自有倭患以来，应天、苏、松等处加派兵饷银四十三万五千九百余两。今地方已宁，乞减三分之一，少苏民困。”户部复言：“加派兵饷，原以济急，事已宜罢。不但当减征分数而已，请下酌议悉除之。”报可。甲午，以水灾免徐州及丰县马价银二年。甲辰，以大水，蠲免徐、沛、丰、砀四州、县、卫、所田粮如例。仍支广运仓小麦五千石，候冬春之际给赈。
十月癸丑，南京各卫所新增草场租银，先以兵部尚书江东奏准蠲免。至是，尚书李遂代东，谓：“田已开辟；所增租不当尽蠲，请就中择其多获，薄征之。使宽恤之中，不失综核之意。”从之。丙辰，升大理寺右少卿王本固为南京都察院右佥都御史，提督操江。辛酉，工科给事中张宪臣奏：“苏、松、常等郡，古称泽国，而苏、松又最居下流，塘浦泾溪、陂泽畎浍，支派联络，不可一日使壅。迩年，渐为潮沙填塞。昔所舟楫，今皆褰裳可涉。又其甚则鞠为榛莽之区，夷为通行之径，以致潴泄无方，旱涝为害。中间虽尝修浚，不过具文塞责。是以前年大水，沃野千里，汇为巨浸，至蠲上供钱粮数十余万，所损不细。又苏、松虽设水利佥事，权任甚轻，不足谋事。兹欲兴建大役，为地方水利，乞特敕抚臣提督，选委府、州、县正佐分理相度，先浚支河，使足以达潮水之通流；筑修围岸，使足以御湍流之奔溃。然后举其水之大者，如浚白茅港，以达于江；浚刘河，以达于海。其七浦塘、梅林塘以及河渠潮荡诸水，凡为泥抄壅阏、茭芦沮洳、豪右侵没者，悉加检勘疏导。而又相度水势冲搏之所为板闸，以时启闭，使湖水不致停蓄，海潮得以流通。如人身血脉，去其壅滞，而精神得以流通宣畅，夫然后水旱无恐，而国家财赋有永赖也。其奉敕重臣，必俟工完，方许复命。经委府、州、县官，必待历有劳勚，始准别选。庶事有专责，人各尽力，无所规避。至于工役所需，或奏请赃罚事例银两，或借各府、县无碍官银，或仿宣德年间事例，设济农仓，编导河夫，征派银谷，各贮仓库，以备修治之费。”疏下工部议：“工费烦巨，江南当倭患后，财用殚竭，民力方在休息，骤劳之，未可。宜量浚支河，其大工俟储积赢羡举之。”报可。
四十三年二月癸亥，更定镇守江南，分守江北汛地。以江南属之总兵刘显，专驻吴淞；以江北属之副总兵王应麟，专驻狼山。各更敕书，并铸关防给之。
闰二月己卯，升南京都察院右都御史张舜臣为南京户部尚书。
四月戊子，命前府佥书、署都督佥事方恩允充总兵官，提督漕运、镇守淮安。
五月丁未，户、工二部复：“给事中赵格言，浒墅、扬州、推安等处关、厂各主事及委官干没之弊，乞严禁。”得旨：“榷务累经申饬，给有稽考文簿。所司玩视成风，往往入多报少。委用府佐，徒相比为奸，致亏国课。自今各差主事，有仍前纵肆者，尔部中及在外巡抚御史得通劾之，毋事姑息。”
八月壬申，以水灾免苏、松府属正官入觐。
九月庚子，巡抚凤阳右侍郎王廷、巡按御史朱纲以淮安大饥，奏留本府商税银给军。户都复议：“此系国家正课，但可暂借以纾目前。至于兴利补弊，计安永久，责在有司。今蒿莱之地不耕，流移之民不复，当事者徒闻束手仓皇，垂涎国课，甚无谓也。且营田招抚事宜，诏书具在，容臣等承制申饬之。”上以为然。因切责廷等，令其督率所属，相与实心经理，毋容旷职亏赋，渎扰朝廷。
十月癸酉，以海寇不靖，免淮、扬二府及通州、海门、如皋、宝应等州、县正官入觐。丙申，以淮安府马户逃亡，诏再蠲马赋三年。
十一月壬寅，升浙江左布政使刘望之为应天府府尹。
十二月丁丑，是岁，恤刑官所谳矜疑重囚，南直隶江北五十七人，诏减死戍边。甲申，右给事中杨霆，劾论巡抚应天都御史周如斗科取罚赎及纵弟受属官贿诸不职。下吏部，复言：“如斗昔按苏、松，名称籍甚。今偶罹訾议，非其志节殊也。盖昔当蠲赋之时，而今有督粮之责。安静则颂声易兴，严急则怨交作，所处之势使然耳。况科罚受贿皆风闻，无实证，不当遽议罢斥。”得旨：“令如斗视事如故。”
四十四年正月丙辰，巡按直隶御史温如璋条上备倭方略：“一、修城堡以防要害。苏、松滨海，倭夷出没，宜于川沙、吴淞之间，修复早寨旧城，以防嘉定、上海；刘家河港口更建小堡一所，七浦、白茆等处设水船旱栅，以防太仓诸泾。一、裁武冗以专职守。苏、松参将，宜复驻金山，团练诸军，守苏、松二府。其柘林把总，改驻崇明，统兵防守。金山游击，似为冗员，宜革；一、联修御以固防守。浙、直接境，不得互相推诿。宜将会哨兵船，通令督府，置立哨簿，委官稽查。在狼山、福山者远哨于崇明，而专守三沙一带；在松江、嘉兴者，远探于外洋，而会守独山一带。如江北船不至三沙，浙直兵船不会独山，皆以守备不设论罪。”疏下兵部，复如其议。惟裁武冗一事，仍行抚臣再议以闻。报可。
二月丁丑，巡按直隶御史温如璋条陈议处江南兵食三事：“一、品官优免太滥，诡寄日滋，今不必另定限制，惟仿十段锦册之法行之。其法算该力差、银差之数，总计十甲之田，派为定则。如一甲之田有余，则留以为二甲之用，不足则提二甲补之。剂量适均，轻重合一。乡宦免田，十年之内，止免一年。一年之内，止于本户。其余子户不许一概混滥；一、苏、松比年军兴之际，调兵增饷至四十三万。近岁海警稍息，节经议减，尚岁征银二十九万两有奇，民力不支。宜令抚、按官酌议汰减；一、苏、松、常、镇自嘉靖十六年以后，加派各项钱粮至四十七万八千余两，而工部料银不在此数。乞裁革，以复旧额。”事下户部言：“本部会派钱粮，俱照旧额，未有丝毫加增，独黄蜡、果品之数，加派四府，不过六千九百余两。今如璋所奏，乃至四十七万，不啻百倍，中间必有虚捏诡派等情。宜行抚按逐项查明，并将各处实征钱粮文册，不拘本部、工部及本处抚院所派，通行造册送部，以凭稽考，余如所议。”报可。
三月己酉，减海门县主簿一员、儒学训导一员，高邮州儒学训导一员。
四月丙子，裁革直隶华亭县添设主簿一员，江阴县巡捕县丞一员。庚辰，盗劫镇江府金坛县库及乡官曹大章家，杀伤二十余人。巡按御史温如璋以闻。因参同知卢江并知县陈颐等及兵备副使耿随卿等失事罪。诏停随卿俸一月，卢江等下巡按御史逮治。甲申，倭寇犯通州吕四场等处，官军御之。贼败遁，转掠至江南三沙。副总兵郭成等即舟师迎击之于海中，沉其舟，斩首百十三级。
五月丁酉，升总督仓场、户部左侍郎马森为都察院右都御史、总督漕运、巡抚凤阳。丙辰，右佥都御史孙慎为右副都御史、总理河道。庚申，升太仆寺卿王鹤为应天府府尹。
六月戊寅，升吏部左侍郎朱衡为南京刑部尚书；原任南京太仆寺少卿洪朝选为南京都察院右佥都御史、提督操江。
七月癸卯，河决沛县等处，运道淤塞百余里。己未，左侍郎、光禄寺卿谢登之为都察院右副都御史、巡抚应天。
己未，改南京刑部尚书朱衡为工部尚书兼都察院右副都御史，总理河道及漕运事务。
九月乙未，升刑部左侍郎钱邦芑为南京刑部尚书。庚申，始停两淮运司工本盐。国初，两淮盐课岁以七十万五千引为额，开边报中为正盐，后每引益以余盐，纳价运司解部。至嘉靖三十二年，用御史黄国用议，以各场灶户类外煎剩余盐，将运司割没盐银扣留八万二千余两，给灶户充工本，增收盐三十五万引，通前额课共一百五万引，俱作正盐开边。仍每引带余盐如例。户部用以抵各边主兵年例凡十七万六千两有奇，由是盐数顿增三分之一。行之数年，运司积盐日多，累如山阜，引至无所售，边商不复报纳，盐法大滞。于是言事者屡陈不便。户部以国用方诎，藉以抵年例，不能罢也。至是，巡盐御史朱炳如极言其弊，谓工本盐不罢，不惟无益边饷，商灶两困，将并往时正盐常例，一切失之。户部乃请断自明年为始，两淮所增工本盐三十五万引，尽数停罢。其运司扣留割没盐银八万二千余两，仍解部济边。报可。
十月丙子，以水灾免应天府属高淳等县税粮有差。
十一月癸卯，诏改留湖广武昌卫粮三万四千五百七十余石于徐州，给开河夫役。将河道银抵补解京。从总理河道，尚书朱衡请也。
十二月戊子，升吏部左侍郎胡松为南京兵部尚书，参赞机务。
四十五年正月甲辰，敕南京兵部尚书节制振武诸营领兵都督以下，仍会同操江及应天、淮扬两巡抚从宜调度兵食，以备寇患。
二月庚辰，南京通政司右参议徐应为应天府丞。甲申，升广东左布政使万士和为应天府府尹。乙酉，巡按直隶御史尹校以徐、沛、萧、砀之间运道淤塞，请暂兔进解，以苏民困。事下部复：“校言良是，但岁时奉先、进御之需，不当概议裁削。臣等窃以为舟船固多烦滥，非尽贡物。今宜移咨南京兵部及该抚按官，每值进贡，查验贡物多寡，参酌船只大小，定拨只数，取足装运，毋容虚滥。仍示南京司礼等监诸内臣，痛革夹带、需索一切扰民宿弊，有仍踵故习者，抚按官参奏之。”报可。戊子，以灾伤免徐州及萧、砀、丰三县马价一年。
三月辛酉，工科给事中何起鸣奉诏至沛县勘河工还，上言：“旧河之难复有五：黄河全徙必杀上流，如新旧庞家屯、赵家圈等处，然以不赀之财而投之于河流已弃之故道，势必不能，一也；自留城至沛，积为巨浸，无所施工，二也；横亘数十余里，褰裳无路，十万之众，何所栖身，三也；挑浚则淖陷，筑岸则无土，且南塞则北奔，四也；夏秋渍潦大降，浚后难保不淤，五也。新河内多旧堤高埠，黄水难浸。开凿之费，视旧河为省，且可远将来溃浃之患。尚书朱衡论其必可开，开成运道必利。而议者见谓难成，亦有三焉。一以夏村迤北十六七里，地高恐难接水。然地势北高南低，大约止深二丈，一照水平加深，夫何患水浅；一以三河口积沙深厚，水势湍急，不无阻塞。然既建坝拦截，或用石包砌，每岁挑浅如例，夫何患沙壅；一以马家桥两岸筑堤五里，微山取土不便。又水口投埽，势必不坚，恐难经久。然此亦在委任得人，培筑高厚，无必不可措力之理。臣又观居民之情，在新河者则称新河可开；在旧河者，则执旧河可复。皆为市廛之私，非为国家运道计也。夫天下之事势穷则变，变则通。沛县河患至此极矣！往时旧河淤塞未深，都御史盛应期开新河，垂成而废，至今惜之。今黄水异常，复漕无日，尚可溺于人情安土而不为通变之谋哉！故臣断以为开新河便，宜如衡言；开新河而不全弃旧河，宜如季驯言。”疏入，下工部会廷臣议，俱合。上意乃决，诏勒限开筑新河，仍不得藉口速成，苟且完事。
四月癸亥，盗劫安东县库，格伤官吏事闻。诏兵部严行各抚按官，申明法令，弭盗安民。失事知县黎黔、守备韩德桢等，各夺俸二月。丙子，升总督三边右都御史郭乾为南京兵部尚书，参赞机务；南京太仆寺卿盛汝谦为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。戊子，以灾伤，诏免直隶沛县存留秋米并夏税起存料价银八千一百两有奇。
五月己未，起复江西布政使司右参政凌云翼奏：“苏、松地方，延袤千里，财赋所入，当天下三分之一。由外滨大海，内阻江湖，大河环列于郡县，以吐纳江海之流；支河错综于原野，以分析大河之派。寸土尺地，皆获灌溉，此东南财赋之源也。迩来，淤塞日甚，支河不达于大河，大河不达于江海，旱则一望枯槁，潦则立成巨浸，田亩日荒，逃移日众。请专设督理水利御史一员，令其往来巡察。或于南京巡江、巡仓、屯田三差内并其一，而以一员专督水利，尤为两便。”疏入，工部议复，以巡盐御史兼之。报可。
七月癸巳，升山东右布政使李一瀚为应天府府尹。
十月丙子，以淮、徐饥，命巡盐御史以修河银一万二千两赈之。
闰十月乙卯，升总督漕运右都御史马森为南京户部尚书。
十一月壬午，总理河道都御史潘季驯以忧去。吏部言：“治河尚书朱衡，心计精明，足当大任。今河工业已有绪，宜即以河道事使衡兼之，待其迁转之日，仍旧复设河道都御史。”报可。乙酉，命漕运都御史仍旧驻淮安，督徐、邳一带运务。
十二月丁亥朔，升南京通政使司右通政谭大初为应天府府尹。以漕粮愆期，革总兵官方恩等任，下各所司卫、所官于御史问。戊子，改南京礼部尚书毛恺为南京吏部尚书。己亥改南京工部尚书林廷机为南京吏部尚书。