沿革
国初循前代之制，以昭文馆、史馆、集贤院为三馆，通名之曰崇文院。直馆至校勘通谓之馆职，必试而后命；不试而命者，皆异恩与功伐，或省府监司之久次者。元丰官制行，尽以三馆职事归秘书省，省官自监少至正字皆为职事官。至元佑中，又举试学士院入等者，命以为校理、校勘，供职秘书省；若秘书省官，则不试而命。至于进擢之异，待遇之渥，资任之优，选除之遴，简书之略，盖不与他司等也。
端拱元年五月辛酉，诏置秘阁于崇文院中堂。按《六典》，秘书省中外三阁，掌典图书，古今文字皆在禁中。两汉或徙金马门外，历代不常其处。唐季乱离，中原多故，儒雅之风，几将坠地。故百王之书，荡然散失，兰台延阁，空存名号。上崇尚儒术、屡下明诏，访求羣书，四方文籍，往往而出，未数年间，已充牣于书府矣。至是，乃于史馆建秘阁，仍选三馆书万余卷以实其中，及内出古画墨迹藏其中。凡史馆先贮天文、占候、谶纬、方术书五千十二卷，图画百十四轴，尽付秘阁。有晋王羲之、献之、庾亮、萧子云、唐太宗、明皇、颜真卿、欧阳询、柳公权、怀素、怀仁墨迹，顾恺之画维摩诘像、韩干马、薛稷鹤、戴崧牛及近代东丹王李赞华千角鹿、西川黄筌白兔，亦一时之妙也。
淳化元年八月，李至等言：「王者藏书之府，自汉置未央宫，即麒麟、天禄阁在其中。命刘向、扬雄典校，皆在禁中，谓之中书，即内库书也。东汉藏之东观，亦在禁中也。至桓帝，始置秘书监掌禁中图书秘记，谓之秘书。及魏分秘书为中书，而秘书监掌艺文图籍之事。后以秘书属少府，故王肃为秘书监，表论不应属少府，以为魏之秘书即汉之东观，因是不属少府。而兰台亦有所藏之书，故薛夏云兰台为外台，秘书为内阁。然则秘阁之书，藏之于内明矣。晋、宋以还，皆有秘阁之号，故晋孝武好览文艺，敕秘书郎徐广典秘书阁，辑四部三万余卷。宋谢灵运为秘书监，补秘阁之遗逸。齐末兵火延烧秘阁，经籍遗散。梁江子一亦请归秘阁观书。隋写秘阁之书，分为三品，于观文殿东西廊贮之。然则秘阁之设，其来久矣。及唐开元五年，亦于干元殿东廊写四库书以充内库，命散骑常侍褚无量、秘书监马怀素总其事。至十三年，乃更为集贤殿，因置集贤书院。虽沿革不常，然秘阁之书皆置于内也。自唐室陵夷，中原多故，经籍文物，荡然流离，近及百年，斯道几废。国家承衰弊之末，复兴经籍，三馆之书，访求渐备。馆内复建秘阁，以藏奇书，总羣经之博要，资乙夜之观览，斯实出于宸心，非因羣下之议也。况睿藻宸翰，盈编积简，则其奥秘非复与羣司为比。然自建置之后，寒暑再周，顾其官司，未详所处。乞降明诏，令与三馆并列。至于高下之次，先后之称，亦昭示明文，着为定式。其秘书省既无书籍，原隶京百司，诸如旧制。」诏曰：「朕肇兴秘府，典掌羣书，仍选名儒，入直于内。文籍大备，粲然可观，处中禁以宏开，非外司之为比。自今秘阁宜次三馆，其秘书省依旧属京百司。」
淳化三年五月，诏增修秘阁。先是，度崇文院之中堂为秘阁之址，而层宇未立，书籍止置偏厅庑内。至是始修之，八月阁成。景德四年五月，诏分内藏西库地广秘阁。
省舍
大中祥符七年二月，徙起居院。为礼仪院故也。
大中祥符八年，荣王宫火，焚及崇文院。命翰林学士陈彭年检讨建置馆阁故事。彭年言：「唐中书、门下两省，宫城之内有内省，宫城之外有外省。今欲据秘阁旧屋宇间数，重修为内院，奉安太宗圣容及御书额，置供御书籍、天文禁书、图画；其四廊并充书库，及史馆日历库。至馆阁直官、校理宿直；校勘及抄写书籍、雕造印版，并就外院，即于左右掖门外近便处修盖，仍别置三馆书库。其三馆书籍名目，候将来分擘正副本，取便安置。」从之。上以内廷火禁甚严，而馆阁羣臣更直寓宿，寒冱之月，饮食非便，因命有司检讨故事而行之。崇文外院既置于左右掖门外，遂以旧地还内藏。
天圣中，祠部员外郎直集贤院谢绛言：「唐室丽正、史官之局，并在大明、华清宫内。太宗肇修三馆，更立秘阁于升龙门左，亲飞白题额，作赞刻石于阁下。景德中，图书寖广，大延天下英俊之士，乃益以内帑西库。二圣因子临幸，亲加劳问，递宿广内，有不时之召。人人力道术，究艺文，知天子尊礼甚勤，而名臣高位繇此其选也。往者延燔之后，简编略尽，访求典籍，是正疑文，而笔工坌集；有司引两省故事，别创外馆，以从缮写考校之便。然直舍卑喧，民栏丛接，大官卫尉，供拟滋削，非先朝所以隆儒育才之本意。愿开内馆，以恢景德之制。」从之。
天圣九年十一月，徙三馆于左升龙门外。嘉佑四年，还崇文院于禁中。内藏库请以前十三间与三馆，诏从之。元丰六年，复以还内藏库。元佑二年，既复置馆职，在省凡二十余员，遂以大庆殿中朝服法物库与内藏库，而嘉佑所广十三间复以归秘书省，于是遂定。
政和中，新作明堂于皇城之东隅，迁左藏库于天汉桥之东北。又度地于端门之东南、驰道之左、横街之南为秘书省。方栋宇未成，迁秘书省于西府之空位。空位二相属，前位居省官与秘阁四库之书，古画、器物咸在；后位为著作局编修会要所。宣和三年，新省成。棂星门东向，在景灵宫东北门少西，殿门南向，中为右文殿。殿之后为道山堂，堂之后为监、少直舍。直舍之后为著作局，局有厅，有直舍、书库、吏舍，周以两庑。右文殿东庑便门之东，秘阁在焉。秘阁之后为提举官厅事，厅事之后为提举官直舍，直舍之后为编修会要所。书局旋罢，不果入。秘阁之南为丞、郎直舍，直舍之南为提举三馆秘阁官厅事，周以四庑，校、正直舍与吏舍、书库等在焉。朱碧辉焕，栋宇宏丽，上邻清都，为京城官府之冠。
储藏
淳化元年七月，以御制《秘藏诠》十卷、《逍遥咏》十一卷、《秘藏诸杂诗赋》十卷、《佛赋》一卷、《幽隐律诗》四卷、《感怀一百韵诗》四卷、《怀感回文五七言》一卷，凡四十一卷，藏于秘阁。
淳化三年九月，幸新秘阁。帝登阁，观羣书齐整，喜形于色，谓侍臣曰：「丧乱以来，经籍散失，周孔之教，将坠于地，朕即位之后，多方收拾，抄写购募，今方及数万卷，千古治乱之道，并在其中矣。」即召侍臣赐坐命酒，仍召三馆学上预坐。日晚还宫，顾昭宣使王继恩曰：「尔可召傅潜、戴兴，令至阁下，恣观书籍，给御酒与诸将饮宴。」潜等皆典禁兵，帝欲其知文儒之盛故也。他日，又诏侍臣曰：「迩来武人子孙，颇有习儒学者，盖由人所好耳。」吕蒙正曰：「国家襃待文士，爵禄非轻，故人人自劝，乃圣化所及。」
至道元年六月，命内品、监秘阁三馆书籍裴愈使江南、两浙诸州，寻访图书。如愿进纳入官，优给价值；如不愿进纳者，就所在差能书吏借本抄写，实时给还，仍赍御书石本所在分赐之。愈还，凡得古书六十余卷，名画四十五轴，古琴九，王羲之、贝灵该、怀素等墨迹共八本，藏于秘阁。先是，遣使于诸道，访募古书、奇画及先贤墨迹，小则偿以金帛，大则授之以官，数年之间，献图书于阙下者不可胜计，诸道又募得者数倍。复诏史馆尽取天文、占候、谶纬、方术等书五千一十二卷，并内出古画、墨迹百一十四轴，悉令藏于秘阁，图书之盛，近代无比。
咸平二年七月甲辰，幸国子监，还幸崇文院阅羣书，命从官纵览。登秘阁，观太宗圣制墨迹。上恻怆久之。赐秘书监杨徽之、集贤院学士钱若水及馆阁官、点检书籍刘承珪等器帛职掌缗钱。
咸平三年二月，诏藏《太宗御集》三十卷于秘阁，仍录别本藏三馆。
咸平间，帝尝谓宰臣曰：「三馆秘阁书籍，近闻颇不整一，多有散失，雠校亦匪精详，遂使传闻迭为差误，自今凡差官校勘及典掌者，当严行约束，庶绝因循。」直史馆谢泌上言：「国家图书，未有次序。唐朝尝分经、史、子、集为四库，命薛稷、沈佺期、武平一、马怀素人掌一库，望遵故事。」上嘉之，遂命泌与馆职四人分领四库，泌领集库。四年三月，诏三馆所少书有进纳者，卷给千钱，三百卷以上，量材录用。