1869年，达尔文发现自己对他的朋友——进化论的共同创立者华莱士（Alfred Wallace）——感到苦恼。他们对进化论的一些问题看法不同。达尔文感到苦恼的主要原因是，华莱士发表了一篇文章，是关于大脑与人类心智的起源问题。华莱士当时有唯心主义倾向，他认为自然选择不能解释大脑和人类心智。
达尔文在文章发表之前给他写了封信：“我希望你还没有彻底扼杀你自己和我的孩子。”他指的当然就是自然选择。华莱士认为自然选择无法解释高级智能和道德。因为史前人类的大脑与现代人的大脑几乎一样大，但是为了适应一个不需抽象思维的生存环境显然不需要这样的结构，因此他们的大脑不可能是自然选择的产物。达尔文不同意华莱士的观点，他认为这种完全依赖于自然选择的适应论观点无法令人信服。他认识到，一些特性虽然没有必要，也仍然有可能随着对其他进化特性的选择而产生。不仅如此，他还认为，各种心智能力相互之间都是有关联的。就像他在《人类的起源》（The Descent of Man）一书中举的例子，语言的发展可能促进了大脑的发展。
此后沿着达尔文的其他思路产生了大量的成果，但达尔文提出的计划仍然没有完成。要完成这个计划，一个关键任务就是用进化解释意识是如何产生的，而不是将意识视为某种笛卡儿本体，或是思维之物（res cogitans），视为科学无法研究的事物。这本书的一个主要目的就是发展这种观点。
这个计划需要一些什么条件呢？回答这个问题之前，我们来看看达尔文1838年写于笔记中的一句话：“现代人类的起源证明——形而上学必须繁荣——一个人如果理解了狒狒，他对形而上学的贡献就比洛克（John Locke）还大。”这句话指出了我们应当前进的方向。我们必须给出意识的生物学理论，并为这个理论提供证据支持。这个理论必须能说明意识的神经基础是如何通过进化产生的，以及意识在特定的动物中又是如何发展出来的。
两个敏感而重要的问题对我们对这些要求的理解有很大影响。第一个问题是意识的因果效力地位。一种观点认为意识只是副现象（epiphenomenon），不具有决定作用。相反的观点则认为意识是有因果效力的——它能导致事情发生。我们采取的立场是，可以证明是意识的神经基础，而不是意识本身，会导致事情发生，这一点我们在后面再详细阐述。对意识的科学解释，另一个大的挑战是解释神经机制如何产生主观意识状态，也就是感质（quale）。在应对这两个挑战之前，有必要介绍一下意识的特性，以及关于大脑结构和功能的一些知识。