另一个成功的案例发生在与蒂科皮亚岛一样人口密集的孤岛社会，该岛很少进口重要的经济物资，长久以来一直过着自给自足的生活。但两岛的相似点仅此而已。这个岛上的人口比蒂科皮亚岛多100000倍，拥有势力强大的中央集权政府，是第一世界的工业经济大国，社会等级分明、贫富悬殊，位居最高层的是有钱有势的精英贵族，在“由上而下”解决生态环境危机过程中扮演了重要的角色。这个案例就是1868年以前的日本。
日本运用科学方法来管理森林时来已久，但很少为欧洲人和美国人所知。许多森林专家认为今日广为人知的森林管理技术最先是在16世纪的德国发展形成，随后在18、19世纪传到欧洲的其他地方。其结果是，欧洲的森林总面积虽在9000年前不断减少，但从19世纪开始渐渐增加。1959年我第一次去德国时以为会看到一个人口稠密、都市化程度高的工业国家，但实际上我见到的却是一大片繁盛茂密、整齐规划的森林。
日本与德国在同一时期独自发展出“由上而下”的森林管理方式。让人惊讶的是，两个国家都是人口稠密、都市化程度高的工业国。日本是第一世界中人口密度最高的国家，按国土总面积来算，每平方英里将近有1000人。按耕地面积来算，每平方英里高达5000人。尽管人口众多，日本80％的国土都为人口稀少的山区（参见图20），而大部分人口和农业都集中在仅占国土面积五分之一的平原。日本的森林保护和管理相当有效，虽然会砍伐一些树木，但森林总面积仍处于增长状态。由于森林覆盖面积大，日本经常自称为“绿岛”。虽然日本的森林看上去像是原生林，其实大部分森林在300年前已被砍伐殆尽，其后就像德国和蒂科皮亚岛那样，人工种植次生林，并进行整体规划。
日本的森林政策是因环境问题和人口危机应运而生的，但环境问题和人口危机又是由于和平和繁荣才产生的。自公元1467年起，日本进入战国时代，在长达150年的时间里，日本内战不断，诸藩大名竞相争夺统治权。1590年丰臣秀吉统一了日本，1615年德川家康讨伐大阪城，杀死丰臣全家，而秀吉之子秀赖的自杀则标志着日本战国时代的结束。
早在1603年，德川家康已被天皇赐封为“征夷大将军”，成为诸侯之首，在江户（现在的东京）设立幕府，统揽大权。而留在京都的天皇仅仅是日本的象征而已，无任何实权。幕府将军的领地占全国土地的四分之一，剩下的四分之三由250位大名拥有，但幕府将军对大名控制非常严厉。此外，军权由将军独揽，大名之间不能互相争斗，甚至连他们的婚姻、修城或是将财产传给儿子都必须经过将军的同意。从1603年到1867年，日本进入德川幕府时代，这段时期日本社会安定，经济繁荣。
和平与繁荣刺激了日本人口的增长，也促进了经济的发展。战国时代结束后的一百年里，由于以下几个因素相互作用，导致日本人口翻倍：社会安乐、没有像欧洲那样遭到传染病的袭击（由于日本的闭关锁国，详见下文）、两种新作物的引进提高了农业产量（马铃薯和番薯）、湿地改良、防洪以及灌溉稻产量的增加等。随着人口激增，城市不断扩大，到1720年江户成为全世界人口密度最高的城市。强有力的中央政府统一了货币和度量衡单位，加上社会安定、免除关税、修建道路和改善沿海运输，这些因素结合起来导致日本的兴隆发达。
这段时期，日本对外贸易几乎被切断。葡萄牙探险家本着贸易和征服的目的绕过非洲，于1498年抵达印度，1512年来到摩鹿加，1514年到中国，然后于1543年登陆日本。最初来到日本的欧洲人只是两个遭遇海难的船员，但洋枪从此引进日本。六年后，天主教传教士的到来给日本带来更大的影响，有数十万民众信奉基督教，其中还包括一些大名。由于耶稣会和方济各会明争暗斗，民间流言四起，传闻将日本变为基督教国家只是欧洲人准备吞并日本的序曲。
1579年，丰臣秀吉镇压了26名日本最早的基督徒。其后信奉基督教的大名有的向官员贿赂，有的暗杀官员。因此，德川家康认为欧洲人和基督教威胁到幕府和日本的稳定。（回顾历史，欧洲人在中国和印度等国都是先打着通商和传教的幌子，然后再进行军事侵略。因此德川家康的欧洲威胁论的确有远见。）1614年，德川家康颁布禁教令，开始屠杀传教士和那些拒绝脱离基督教的信徒。1635年，幕府政府变本加厉，施行锁国政策，禁止日本国民离开本土，也不允许日本船离开日本海域。四年后，更是把所有滞留在日本的葡萄牙人全部驱逐出境。
从此日本开始了长达两个多世纪的闭关自守，只同中国、朝鲜和荷兰保持着有限的贸易来往（因为荷兰人声明决不传教）。但荷兰人的活动范围仅仅限制在一个叫长崎的小岛。其他贸易地点还包括位于日本和朝鲜之间的对马岛（用来和朝鲜通商）、南面的琉球（包括冲绳），以及北面虾夷人集聚的北海道（当时还不算日本的一部分）。除此以外，日本甚至没有与任何一个国家维持外交关系，连中国也没有。自1590年代起，丰臣秀吉两度出征朝鲜，皆战败而归，此后再没有向外发动侵略。
在闭关自守的两个世纪中，日本基本上能够自给自足，特别是自产的粮食、木材和大多数金属足以应付一时之需。进口物资大多为糖、香料、人参、药材、水银、每年160吨昂贵的木材、中国生丝、鹿皮等用以制造皮革的动物毛皮（因为日本国内牛数量有限）和用来制造火药的铅与硝石。而随着日本国内自产生丝和糖产量的提高，相关物资的进口量逐年下降，由于火枪被禁止使用，因此火药原料的进口也少了。这种自给自足的局面一直持续到1853年，美国海军准将佩里率领舰队逼迫日本打开国门，要求准许美国捕鲸船和商船在日本港口停靠，以便补给燃料和食物。面对西方人的坚船利炮，德川幕府显然心有余而力不足，无法保护日本。1868年，幕府统治被推翻。从此，日本自一个半封建社会迅速转变为现代国家。
然而17世纪的和平与繁荣导致人口过分膨胀，木材需求提高（几乎所有木材都是国产的），从而出现滥伐森林现象，导致生态环境遭到破坏。19世纪晚期之前，日本大多数的建筑都为木质结构，而不是用石头、砖块、水泥、泥土和瓦片。木质建筑是日本的传统，一部分因为日本人对木头的偏好，也可能是由于日本早期森林面积广阔，于是给人取之不尽的假象。社会安定繁荣，随着城市和乡村人口激增，建筑木材需求量加大。自1570年左右起，丰臣秀吉和其后的德川家康，还有许多大名竞相建造大型城池和庙宇，以此展现雄伟壮观的气势。单单为了德川家康修筑的三大城池就砍伐了10平方英里的森林。在丰臣秀吉、德川家康和他儿子德川秀忠统治时期，日本总共兴建了200多个城镇。德川家康死后，建造城镇所需的木材甚至比贵族大兴土木所用的还要多，这是因为城里的房屋鳞次栉比，都是木质结构，用茅草覆顶，冬日用火炉取暖时，很容易引发大片火灾。最大的一次火灾是1657年的明历大火2，半个江户城都毁于一炬，死者多达十万人。重建江户所需的大部分木材都由海船运过来，而打造海船又需要大量的木材。同时丰臣秀吉远征朝鲜，也需要大量的木材造船。
建筑木材并非是日本人滥伐森林的惟一动机。木头也可用于做燃料，除了取暖和烹煮外，制盐、烧制砖瓦和陶器等工业也需要大量薪柴。木头还被制成木炭用来打铁。另外，人口增加，需要更多的粮食，所以更多的林地被清理出来作为农田。农民们施用“绿肥”（叶子、树皮和树枝），也以草秣（灌木和青草）来喂养牛马，不管是绿肥还是草秣均取自于森林。每英亩农田需要5至10英亩的森林提供绿肥。在1615年战国时代结束以前，大名和将军都以草秣喂战马，削竹子制武器，大量利用森林资源。拥有森林的大名每年必须向幕府将军进贡木材。
1570年至1650年间是日本建筑热潮的鼎盛时期，也是滥伐森林最猖獗的时期。其后由于木材渐缺，建筑热潮也慢慢降下温来。起初砍伐树木只要得到将军或大名的命令即可，如果农民需要用木，也可以上山自行砍伐。到1660年，私人企业的伐木量已远超过官府。例如，江户发生另一场大火时，一个远近闻名的私人木材商纪伊国屋文左卫门预料到木材需求会大涨，于是大火尚未扑灭，他就已经启程前往购买大量木材，准备回江户大发一笔横财。
日本森林消失的最初迹象大约始于公元800年，本州岛上畿内盆地的森林被砍伐殆尽。本州岛是日本最大的岛屿，像大阪和京都这些大城市都位于该岛。公元1000年，本州岛附近面积较小的四国岛上的森林也呈现出逐年消失的趋向。到了1550年，日本四分之一的林地上的树木都被砍光（主要是本州岛中部和四国的），其他地区还有一些低地森林和老龄森林。
1582年，丰臣秀吉大兴土木，由于领地内木材不够，因此成为第一个在全国范围内征收木材的统治者。他控制了一部分日本最具经济价值的森林，而且每年所有的大名都必须向他进贡木材。将军和大名除了拥有自己领地内的森林外，还能将村子或私人林地上的珍稀树种占为己有。幕府为了运输木材，不惜清除河道上所有的障碍物，以便让原木漂流而下，然后再装船运往城里的港口。日本三大岛上伐木成风，从九州岛南端到四国，一路延伸至本州岛北端。到1678年，伐木之风已然扩散到北海道的南端，当时北海道并不属于日本领土。1710年，日本三大岛（本州岛、四国和九州岛）和北海道南部的森林差不多已经砍伐殆尽，只剩下陡峭险峻之地和以当时技术很难运送下山的地方的老龄木。
森林的消失沉重打击了德川幕府时代的日本，除了木材、燃料和草秣短缺外，大型建筑也不得不停工。村子间或同村人抢夺木材和燃料的争斗不断升级，甚至在大名之间或大名和幕府间也会为木材而反目。对河流的用途也出现意见分歧，有人要用河流运送原木，有人则想在河边钓鱼或用河水灌溉作物。正如我们在蒙大拿所见，次生林比老龄木更容易招致野火，酿成森林火灾。此外，日本雨水、雪水丰富，地震频发，因此一旦斜坡上的林木被清除，土壤侵蚀的问题就会变本加厉，低地遭受洪水的概率也会增大。与此同时，土壤侵蚀和泥沙淤积也会使低地灌溉系统的水位增高，如此一来，暴风雨引发的破坏就会更加严重。森林消失自然减少绿肥和草秣的数量，从而进一步影响作物产量，而同一时期，人口却在不断增长。因此，17世纪以来，德川幕府统治下的日本经历过数次大饥荒。