在知识难辨真假的情况下，笛卡尔主张使用普遍怀疑的方法来清除一切稍有疑窦的东西，把所有可疑的知识排除出去，寻找不证自明无可置疑的基础。他在《第一哲学沉思集》中这样写道：“由于很久以来我就感到我自从幼年时期起就把一大堆错误的见解当做真实的接受了过来，而从那时以后我根据一些非常靠不住的原则建立起来的东西都不能不是十分可疑、十分不可靠的，因此我认为，如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就非在我有生之日认真地把我历来信以为真的一切见解统统清除出去，再从根本上重新开始不可。”（注8：《第一哲学沉思集》，第14页。）这不是模仿那些为怀疑而怀疑并且装作永远犹疑不决的怀疑派，因为正相反，笛卡尔的整个计划只是为了寻求确信的理由，“把沙子和浮土挖掉，为的是找出磐石和硬土”（注9：笛卡尔：《谈谈方法》，第23页，商务印书馆，2000年。）。
由此，笛卡尔提出了一个著名的哲学命题：“我思故我在”。
首先，我们一向当作真实可靠的感性知识是不可靠的。尽管感觉给予我们关于事物的许多报告，但是有时感官是会骗人的。例如同一个物体由于远近距离不同，在感觉上就变成了不同的东西。所以，对这些骗过我们一次的东西不要完全相信，肯定是谨慎的行为。然而，尽管感官在事物远近、大小等方面有可能欺骗我们，但是在别的方面也许没有理由怀疑它。例如我坐在火炉旁，穿着冬袍等等，我怎么能够否定这双手、这身体是我的呢？然而这同样是可疑的。因为我是人，在睡觉的时候有可能做梦。我究竟是否坐在这里，是清醒还是在梦幻之中是不确定的，所以也是可以怀疑的。既然如此，我们可以由此推论，一切依靠考察事物的科学如物理学、天文学、医学等等都是可疑的，因为它们的对象是否现实存在都是不确定的。笛卡尔的怀疑是如此之彻底，他甚至认为，他心爱的数学、几何学也是可疑的，因为人们在推理论证时经常会犯错误，而且创造世界的上帝亦可能是个骗子，他有意让我们上当：我们以为2乘以2等于4，而实际上等于5。不仅如此，甚至设想上帝并不存在也是允许的。这样一来，我们的确很容易假设，既没有上帝，也没有苍天，也没有物体，也很容易假设我们自己甚至没有手、没有脚，最后竟然没有身体。总之，以往我们所确知的一切可能都是虚幻的。
但是，当我们通过这种方式怀疑一切的时候，这个怀疑本身却表明了一条无可置疑的真理，即“我在怀疑”本身是无可置疑的。我可以怀疑一切，但是我不能怀疑“我在怀疑”。因为我对“我在怀疑”的怀疑恰恰证实了我在怀疑的真实性。在笛卡尔看来，怀疑也是一种思想。因而我们可以说，“我在思想”是一个无可置疑的事实。显然，我在怀疑，我在思想，必然有一个在怀疑在思想的“我”存在。因为说某个东西在思维着，而它在思维时却又不存在，这是自相矛盾的。换言之，怀疑必然有一个怀疑者在怀疑，思维必然有一个思维者在思维。因此，“我思故我在”（Cogito，ergo sum）乃是一条真实可靠、连怀疑派的任何一种最狂妄的假定都不能使之动摇的真理，我们可以毫无疑虑地把它当作形而上学的第一条原理。
“我思故我在”，这个“我”是什么呢？
当我们怀疑一切的时候，惟有思想是无可置疑的事实。一方面当我否定所有的事物，包括我们自己的身体的存在时，我因为怀疑或思想，仍然是存在的；而另一方面如果我停止了思想，我就不存在了。所以，我发现只有一种属性属于我，与我不可分，这就是思想。因此，“严格来说我只是一个在思维的东西，也就是说，一个精神、一个理智或一个理性”（注10：《第一哲学沉思集》，第25—26页。）。“由此我就认识到，我是一个实体，这个实体的全部本质或本性只是思想，它并不需要任何地点以便存在，也不依赖任何物质性的东西；因此这个‘我’，亦即我赖以成为我的那个心灵，是与身体完全不同的，甚至比身体更容易认识，纵然身体并不存在，心灵也仍然不失其为心灵。”（注11：《西方哲学原著选读》，上卷，第369页。）这就是说，“我”是一个心灵实体，这个心灵实体的本质乃是“思想”。笛卡尔所说的“思想”范围很广，它包括一切意识活动，诸如怀疑、领会、肯定、否定、愿意、不愿意、想象、感觉等等。
笛卡尔强调，“我思故我在”并不是推论，而是一个直观到的真理。表面看来，这个命题似乎有一个假定的大前提“一切思维者都存在着”，因而是一个三段论的推论：
“一切思维者都存在着”，
“我在思想”，
“所以我存在”。
在笛卡尔看来，恰恰相反，“一切思维者都存在着”这个所谓的大前提，其实是“我思故我在”的结果。换言之，在确定“我思故我在”之前，我们还不知道“一切思维者都存在着”。
实际上，在笛卡尔之前奥古斯丁已经提出了类似的思想，但是这并不能动摇笛卡尔以其“我思”而开近代哲学之先河的创始人的地位。笛卡尔的“我思”具有划时代的重要意义，为近代哲学奠定了反思性、主体性原则和理性主义等基本特征，因而标志着近代哲学的开端。正因为如此，黑格尔对笛卡尔赞誉有加：“他是一个彻底从头做起、带头重建哲学的基础的英雄人物，哲学在奔波了一千多年之后，现在才回到这个基础上面。”（注12：黑格尔：《哲学史讲演录》，第四卷，第63页。）
笛卡尔坚持认为“我思故我在”是形而上学的第一原理，于是有人将他的思想看做是唯我论的唯心主义，这显然是一种误解。笛卡尔并不是说，万事万物都依赖于“我”而存在，而是说我们惟一能够确定的是“我”的存在。仔细想一想就会发现，在知识真假难辨的情况下，笛卡尔的怀疑方法或许是惟一可行的出路。因为任何武断的判定都难逃怀疑的法网，我们所能做的就是把可疑的知识一一排除出去，看一看还剩下什么。换言之，任何肯定性的知识在此都失去了作用，我们只能依靠否定性的方法，而否定的最终结果只有一个，那就是否定性本身。所以，笛卡尔通过怀疑方法寻求不证自明、无可置疑的知识的过程，也就是将知识的内容排除出去，最后发现知识的形式亦即认识主体的过程。
实际上，笛卡尔的问题不在于此，而在于他把一个认识论的命题“非法地”转换成了一个本体论的命题。正如康德所说，将我思看做思想实体犯了一个逻辑错误，它等于把判断中的“实际主语”和下判断的“逻辑主语”混为一谈了。认识论意义上的主体只能看做是认识的形式条件，它是我的一切判断的“逻辑主语”，而对本体论意义上的主体的确证则需要认识能力和经验材料这两方面的支持。换言之，它必须能够成为一个判断中被下判断的“实际主语”，然而“我思”是不可能满足这些条件的。所以，我们虽然可以将“我思”或认识主体看做是认识的基本条件，但是却不可能认识它“是什么”。
说到这里，我们有必要说一说“我思故我在”的翻译问题。
“我思故我在”在拉丁语中是cogito，ergo sum，英语译作I think，therefore I am。汉语翻译把西语中的系动词翻译为“存在”，乃有“我在”之意，这就涉及到了近年来学术界争论不休的一个重要问题，即Being的翻译问题。我们在讨论巴门尼德和亚里士多德的时候，都讨论过Being的问题。简言之，我们通常所说的“存在”这个概念，与印欧语系的系词基本结构有关。希腊语的系动词不定式是einai（to be），我们译作“存在”（Being）的概念源自它的中性现在分词to to。不过，这个在语句中充当系词不定式einai原本也是实质动词，有“起作用”的意思。当我们把cogito，ergo sum译作“我思故我在”的时候，很容易把“我在”理解为“在场”或者“活着”、“没有死”的意思。结果，“我思故我在”的意思就变成了：只有当我思想的时候，我才存在，如果我停止了思想，我就不存在了。问题是，当我们不思想的时候，我们在哪里？cogito，ergo sum这个命题如果直译，应该是：“我思想，所以我是”，其中的“是”作“起作用”比较恰当。当“我”思想的时候，“我”是起作用的，而当“我”不思想的时候，“我”就没有作用，所以思想是“我”的本性。（注13：参见笛卡尔：《谈谈方法》，第27页，王太庆先生的注释。）当然，我们比较倾向于约定俗成，还是译作“我思故我在”，不过需要提醒大家的是不要望文生义，引起不必要的误解。
“我思故我在”这个命题看起来简单，实际上蕴含着深刻丰富的哲学意义。
第一，通过怀疑寻找无可置疑的基点，可能是惟一可行的策略。这相当于通过否定的方式寻求肯定的结论。笛卡尔完成了《第一哲学沉思集》之后，将稿子送给当时知名的专家学者包括神学家提意见。关于从怀疑通达无可置疑的基点的方法，有人不以为然，例如霍布斯。他认为，我玩耍，我游戏，我散步，都可以证明我存在，而这证明我不是思想实体，而是物质性的实体。霍布斯恐怕没有理解笛卡尔的深意：我们现在寻找的是知识的不证自明无可置疑的基点，正如笛卡尔所说的，我在火炉旁看书这件事完全可能发生在梦境之中，因而不是无可置疑的。同样，究竟“我散步”或是“我玩耍”发生在现实之中还是发生在梦境之中，也是无法确定的。由此可见，任何肯定性的判断都会面临笛卡尔的质疑，而笛卡尔解决问题的办法是通过否定性的方式排除一切知识内容，最终确定否定性本身，而这个否定性本身就是“怀疑”本身。
的确，我们不妨试一试，有没有一种肯定性的知识可以保证其自身是无可置疑的？这显然是不可能的。我们再想一想，有什么比怀疑更好的办法，能够使我们确立自我意识？显然没有。因为自我或自我意识只有通过与其他事物相区别才是可能的，换句话说，我们只能通过与其他事物的区别才能意识到我自己。
第二，“我思故我在”在通过普遍的怀疑而最终确定的惟一不证自明无可置疑的第一原理：我们可以怀疑一切，天地万物，包括我的身体，甚至还有上帝，是否存在，都是可疑的，但惟有我思是无可置疑的。笛卡尔由此确立了理性的地位。康德后来将笛卡尔的原则解释为“我思必须伴随着我的一切表象”，一切知识都是我的知识。这并不是说“我思”是惟一的和最高的原则，而是说“我思”是知识首先要确定的逻辑前提。
第三，笛卡尔通过怀疑方法确立我思的过程，亦即通过否定性的方式，排除知识内容，最终剩下抽象一般的认识主体的过程，也就是确立主体性的过程。我们之所以称笛卡尔为近代哲学的创始人，就是因为笛卡尔的这个命题体现了近代哲学主体性的原则。
古代哲学虽然崇尚知识，但是由于种种限制，认识论并不发达，许多问题还没有提到议事日程上来，例如主体性的问题。在某种意义上说，知识的进步与认识论的发展密切相关，而认识论的发展与主体性原则的确立密不可分。只有确立主体性原则，对主体本身有所自觉，并且进行深入的研究，才有可能使人类知识有大规模的进步和发展。
笛卡尔的“我思故我在”确立了主体性原则，开创了近代哲学，但也埋下了“祸根”，这就是他的二元论立场。实际上，二元论植根于笛卡尔的原则之中：笛卡尔是通过将思维内容（客体）与思维形式（“我思”主体）区分开的方式来确立主体性原则的，这样一来就使他难免陷入二元论的困境。在他看来，心灵与物体是两个互相独立、没有关系的实体。心灵的属性是“思想”，物体的属性是“广延”。心灵没有广延，是不可分的；物体不能思想，是无限可分的。笛卡尔虽然确立了主体性的原则，但是也造成了心灵与物体、心灵与身体之间的关系问题。如果思想是思想，物体（身体）是物体（身体），它们是两个相互独立的“实体”，怎么可能实现两者的一致性？！
所以对笛卡尔来说，仅仅确定了“我思”还不够，我们还必须证明上帝的存在，再由上帝的存在，证明物理世界的存在。有意思的是，我们本来是通过怀疑一切的方式确定“我思”的，现在却需要从“我思”出发，回过头去消除所有的怀疑。这就像我们从筐里把苹果一个一个拣出来检查好坏，现在需要的是再把它们一个一个地再放回去。
关于笛卡尔形而上学的另外两条原理：上帝存在和物质世界存在，我们在下一讲再做详细讨论，先让我们看一看笛卡尔给近代哲学带来了怎样的二元论难题。