被公认为最伟大的经院派哲学家是托马斯·阿奎那（1225—1274年）。托马斯不仅在历史上地位重要，而且在当前也具有重要地位，因为在所有教授哲学的天主教机构，他的体系是唯一正确的体系。而且，在天主教信徒心目中，他还具有教父般的权威，因为在大多数场合下，他都紧密地追随着亚里士多德。总之，如果天主教僧侣想学习哲学，就必须认可托马斯。
托马斯的父亲是阿奎那伯爵。当时，阿奎那伯爵居住在那不勒斯王国，托马斯的童年也是在这里度过的，后来，他在那不勒斯大学（这所大学是腓特烈二世创办的）读了六年书，之后就参加了多明我教团。参加多明我教团之后，他又在科伦拜大阿尔伯特为师。1259年，托马斯返回意大利，从此再也没有长时间离开过这里。
对于亚里士多德哲学，托马斯掌握的知识足够充分。他还促使教会相信，与柏拉图体系相比，亚里士多德体系更适合作为基督教哲学的基础。写于1259年到1264年的《异教徒驳议辑要》是托马斯最重要的著作，这是一本记载托马斯跟一位尚未皈依基督教的假想读者辩论的书，通过这些辩论，确立了基督教的真理。与这本书有同样的重要性的是《神学大全》这本书，但普通读者对这本书的兴趣不大。
托马斯说，由于异教徒不接受教义的权威，因此依据自然的理性阐明天主教信仰所宣扬的真理是他的目的。然而，在上帝的事务中是缺乏自然的理性的，因为它并不能证明全部的信仰，比方说，它能证明存在着上帝和灵魂不死，却不能证明三位一体和最后的审判。这样一来，将能由理性证明的信仰和不能由理性证明的信仰区分开来就成了一件重要的事了。《异教徒驳议辑要》就据此分成了四卷。
托马斯·阿奎那（约1225—1274年）。中世纪经院哲学家、神学家，自然神学最早的提倡者之一，死后被教会封为“天使博士”，尊为“圣师”。其创立的托马斯哲学学派，成为天主教长期以来研究哲学的重要根据。代表作为《神学大全》
尽管有人认为上帝的存在是自明的，因此没有必要再次加以证明，但托马斯还是首先证明了这一点。上帝的本质和他的存在是同一的，因此，如果能知道上帝的本质，那么就能很轻松地证明存在着上帝。问题是，除了具有一些极不完备的知识之外，我们并不知道上帝的本质。毫无疑问，聪明的人知道的上帝的本质比愚笨的人要多，而天使知道的上帝的本质又比聪明的人多，但是谁也没有足够的知识从知道上帝的本质而证明上帝的存在。
有件事一定要谨记在心，即：通过信仰也能知道那些可以被证实的宗教真理。虽然这些艰难的证实过程只有博学之人才能掌握，但对于青年、无知者和没有时间学习哲学的人而言，信仰绝对是必要的，而且了解启示就够用了。
托马斯在《神学大全》里提出了证明存在着上帝的五种论证。一是不受动的始动者论证；二是基于无限追溯的不可能性的第一原因论证；三是一切必然都有最初根源；四是世界上有很多源自于完美的事物；五是很多无生物都在完成一个存在于自身外部的目的。
证明了存在着上帝之后，就可以提到许多和上帝有关的在某种意义上都是否定的事实。我们认识上帝本性的途径是知道上帝不是什么，因为上帝不受动，因此他是永恒的；因为上帝不包含被动的潜在性，因此他是不变的；因为躯体有若干组成部分，而上帝没有这些，因此他不是躯体；上帝是单一的，因为他是自己的本质。本质和存在在上帝里是同一的，上帝里没有偶然性，不能按实体上的区别详细说明上帝；不能给上帝定义，因为他不属于任何分类。与说上帝像万物相比，说万物像上帝更恰当。
涉及人的灵魂问题的主要是《异教徒驳议辑要》的第二卷。在这一卷里，托马斯说，只有不朽的非物质实质才能被称为精神实质。灵魂和肉体可以在人体内结合，但天使没有肉体；灵魂充斥在身体的各个部分，是肉体的形式，而且一个人只有一个灵魂。与人的灵魂不同的是，动物的灵魂是会死的。而且，并不像阿维罗伊主张的那样智性只有一个，而且是众人共同参与的，智性是人的灵魂的一部分。与智性联系在一起的是对共相问题的议论。托马斯认为，智性在了解共相时，也能了解到一些灵魂之外的事物，除此之外，共相都在灵魂内部。
涉及伦理问题的主要是《异教徒驳议辑要》的第三卷。在这一卷里，托马斯说，恶是一种具有偶然性的善因，而非故意的本质。上帝是万物的终极，因此万物都倾向于上帝。人们可以通过三种途径认识上帝，即理性、启示和只由启示才能认识事物的直觉。人类的幸福不在于感官，更不在于欲望、名利、富贵和权势等肉体的享用物。同样，真正的幸福在于对上帝的沉思默想，道德行为只是手段，因此真正的幸福也不在于道德行为。人们普遍掌握的关于上帝的知识都不够，加上由论证或信仰得来的也还不够。我们在生前不会看到上帝的本质，也享受不到最高的幸福，只有在死后才可以面对面地见到上帝。这是由神的光造成的，我们正是因此才成为永恒的生命。
托马斯认为，可以依据一些普遍的理由排斥占星术。在探讨“是否存在命运”这一问题时，托马斯说，上帝定的秩序或许可以被叫做“命运”，但“命运”是个异教的词汇，所以这种叫法是不明智的。根据神的法律，我们应该敬爱上帝，还要敬爱邻居。神还禁止奸淫和节育——理由是节育违背自然规律，但神不禁止独身主义。性交是很自然的行为，因此并非所有的性交都有罪。因为一夫多妻制对妇女不公平，一妻多夫制又不好确定父子关系，因此要严格执行一夫一妻制。近亲结婚会扰乱家庭生活，因此必须禁止——对此，书中有一段怪论：如果兄弟姐妹互相结婚，会因为强烈的吸引力而频繁的性交。托马斯根据纯理性的考虑提出了这些关于性道德的结论。
圣托马斯·阿奎那战胜异教徒
在教义上有一点很重要，即就算是最邪恶的祭司的圣礼也有效。过着罪大恶极的生活的祭司有很多，因此就有人担心，这样的祭司是否可以主持圣礼。这的确是个有必要的担心，而且这种情况也很尴尬，没有人能确定这样的祭司主持的婚礼是否有效，同样也没有人确定对这样的祭司赎罪是否能得到宽恕。因此，一些具有清教徒思想的人便希望建立一个在道德上无可挑剔的祭司体系，这导致了教会的分裂，教会被迫澄清说，祭司本身的罪恶并不影响他行使祭礼的职权。
在谈到肉体复活时，托马斯再次公正地引述了反对正统教义的论点。托马斯问：如果父母和儿子三个人都只吃人肉，那么会怎么样？由于有人吃人肉，因此死去的人终有一天会失去肉体，这似乎不公平。那么，他的身体该由什么构成呢？托马斯回答：原有物质微粒的保持不是肉体的同一性，在生前，由于不断饮食和不断消化，构成肉体的物质也在不断变化。因此，在复活时，吃人的人可以得到跟原先一样的身体。
与亚里士多德的哲学相比，托马斯的哲学和他的大体一致，但托马斯有一定的独创性，这表现在为了让亚里士多德的哲学更适应基督教教义而略加改动上。他不仅熟知亚里士多德的观点，而且还有深刻的理解。在这一点上，至少在他之前的天主教哲学家都做不到。在他那个时代，人们称他为大胆的革新者，在他死后，他的许多学说还被巴黎大学和牛津大学谴责。和独创性相比，他在体系化方面更出色，因此，即使他的学说都是错的，《异教徒驳议辑要》也可堪称是一座知识的大厦。他总是力求公正，即使在反驳别人的学说时也是如此。
在探讨上帝的本质和存在的同一性这一问题时，托马斯说，上帝自身的善良就是上帝本身，此外，上帝自己的职权也是上帝本身。这个观点暗含着殊相存在形式与共相存在形式之间的混淆，这种混淆曾出现在柏拉图的思想里，亚里士多德巧妙地避开了它。为了避免这种混淆，必须假设认为，共相的性质包括上帝的本质，但不包括上帝的存在。由于这个困难出现在一种不能被人们认可的逻辑里，因此想要叙述圆满并不容易。不过，正是由于这种不圆满，才清楚地显示了一种语法的混淆，否则关于上帝的议论就没有似真性的魅力了。
我们在托马斯身上看不到真正的哲学精神，他探究的不是事先不能知道结论的问题，而是相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩而非哲学。总之，托马斯不配与古代或近代的第一流哲学家相提并论。