宗教改革运动和反宗教改革运动的共同点是，都是较低文明的民族对意大利精神统治的反抗。但这些反抗也有不同之处：宗教改革是政治和神学的反抗，反宗教改革只反抗文艺复兴时期的精神和道德自由。笼统地说，宗教改革是德国的运动，而反宗教改革是西班牙的运动。
关于西欧其他国家对待文艺复兴时期的意大利的态度，可以用一句英国谚语加以概括，即：意大利化的英国人将是魔鬼的化身。的确如此，在莎士比亚的剧作里，恶棍、混蛋大多是意大利佬。亚哥是其中很著名的一位，但《辛白林》里的埃契摩比他更具有代表性。他们对意大利的憎恨，起初仅限于在与宗教改革有关的道德方面，后来又演变成在思想认识方面否定意大利对文明的贡献。
和他们之前的如伊拉斯谟、莫尔这一类人相比，在思想认识方面，宗教改革和反宗教改革的“三杰”（马丁·路德、约翰·加尔文和伊纳爵·罗耀拉）的哲学观是中古式的。也就是说，宗教改革开始的那个世纪是个野蛮的世纪。
路德和加尔文主张的神学是削弱教会权力的神学。这种改革阻碍了新教教会在新教国家的势力发展。在刚开始的时候，国家在宗教事务上有多大权力的问题，就在新教徒中引起了分歧。路德承认所有信奉新教的君主为本国的宗教首脑，但认真对待个人主义的新教徒们不愿如此。于是，再洗礼派被镇压了，而他们的教义却传播到了荷兰和英国。
罗耀拉创立耶稣会使新教徒的成功受挫。耶稣会信仰自由意志，他们认为得到解救依靠的是信仰和功德；除了对待异端外，他们比别的教士更宽厚仁慈；他们重视教育，并因此获得了青年人的心；在政治上，他们团结而有纪律，不怕危险和辛苦；他们尾随着西班牙人的战火，在意大利重建了如异端审判所般的恐怖氛围。
1517年10月31日，马丁·路德讲自己所写的反对教会贩卖赎罪券的《九十五条论纲》张贴在了威登堡大学的教堂的大门上。由于当时正值万圣节，很多人看了他的文章，很快在两周以内这篇文章就传遍了整个德意志，四周传遍了欧洲，轰轰烈烈的宗教改革运动发展起来。路德创立了基督教新教路德派，图为路德张贴文章的情形
尽管结局是好的，但宗教改革和反宗教改革起初给知识界造成的后果却是恶劣的。人们坚信，无论是新教徒还是旧教徒，谁都不可能获得全胜，必须放弃中世纪的统一教义的愿望，这扩大了人独立思考的自由。由于国家之间的信仰不同，因此也可以通过出国逃避迫害。越来越多的人厌倦了宗教争斗，便开始注意研究数学和自然科学等现世学问。因此，十七世纪出现了很多伟大的科学家，他们代表了希腊时代之后最引人注目的科学成就。