儒学结构无论表层或深层，在近代遇到的严重挑战，如前所述，主要来自西方文化的冲击。由于西方文化本身是与日常生活方式的改变（科技、现代工商业、小家庭、独立的个体等等）具体联结在一起，不但原有的儒学表层结构、纲常伦理、道德观念没法适应，而且严重侵蚀、瓦解着人们心中原有的深层结构。这一侵蚀、瓦解可以有不知不觉的形态（如趣味的变异、习惯的迁徙），也可以有自觉的激剧冲突的形态（如个体与家庭、权利与义务中的情—理的冲突和苦痛）。从而，所谓儒学命运便不但取决于表层结构能否对应近代西方科学、民主等挑战，更取决于深层结构上现代西方以其深刻的个人主义、悲观主义、反理性主义（如弗洛伊德学说、海德格尔哲学、基督教等等）迥然不同的精神、传统和情理结构对华夏本土的文化心理发出了质询、征讨和否定。它们所否定的不只是表层结构的儒学学说，不只是那些伦常政教体制，而更是积淀在深层结构中以“儒”为主的“一个世界”观的华夏传统。用一句时髦的话，这是对中国“民族性”、“国民性”的挑战。
从而，以“一个世界”为根基，以“乐感文化”、“实用理性”为特色的华夏文化心理结构，那种种重感性存在、重人际关系、重整体秩序等情感取向、思维趋势，在今后是将走向逐渐泯灭、废弃，还是保存和开展呢？这便是问题所在。当然会生发出各种不同的看法和意见，会产生各种不同的倾向和潮流。
西方文化对中国的挑战，严格来说，可说始自十九世纪末的甲午、戊戌年间。以前西方的船坚炮利只轰破了中国的大门，从表层到深层，儒学地位和传统并未受到影响。中日战争的失败（1895年）才是真正的转折点。儒学表层问题日益突出，三纲五伦受到怀疑。这时出现了三种思想倾向：张之洞的保守主义、谭嗣同的激进主义和康有为的自由主义。它们可说开二十世纪各派思想的先河。我在《再说西体中用》一文中对此已加论说，这里不拟重复。简单说来，如从结构方面看，保守主义的特点在于固守儒学双层结构；激进主义的特点在于冲击表层（五四运动否定“吃人礼教”是典型模式，“文革”也算一例）。两者都忽视了深层问题。保守主义不认识不但表层结构在现代西方文明的优势冲击下将全面崩溃，而且深层结构也将随现代生活方式的输入而逐渐变迁，“保守”是守不住的。“正人心，端风俗”，正如今天的“学雷锋，倡奉献”，或倡导道德形而上学一样，是不会有真正效果的。激进主义虽激烈冲击表层，全盘否定儒学，却未注意其自身即有儒学深层在起作用。胡适、鲁迅虽激烈反儒，但他们的立身处世、待人接物，以及他们激烈反儒的本身，即有儒学深层作用在，并且还正好暴露了这一深层心理的优长与弱点：其优长方面即以“一个世界”为根基，虽高喊个体的自由与独立，实际却仍然爱家爱国，为国为民；弱点的方面即虽高喊理性精神、科学态度，却仍然是“激情有余，理性不足”，传统的情理结构并未改变或分化。
从这里也可以约略看到，儒学深层结构中可以继承发扬的，是这种为国为民、积极入世的情理结构，但只能把它纳入我所谓的“宗教性道德”（私德）之中，以引领个体的行为活动，而必须与共同遵循的“社会性道德”（公德）相区别。后者是以现代理性精神、契约原则为基础的。这就是说，要注意区分理性与情感、公共道德与个人修养，虽照顾情理交融的传统，但决不使其淹没一切，泛滥无归。与此同时，让现代生活的理性体系和价值规范作为风俗习惯在日常生活中逐渐沉积，以改变原有积淀，为转换性地创造新时代的深层结构而努力。这也就是我所主张的“自由主义”：以宣传现代观念为根本，以建立未来的人性为鹄的，通过教育，来逐渐既保存又改换传统的情理深层结构。