朝鲜战争战火日益炽热，台湾成为美国针对中国大陆从事情报收集及秘密作战的重要基地。台湾虽然不见得是“不沉的航空母舰”，对于中央情报局而言，倒不愧为“不沉的基地”。据20世纪50年代、60年代长驻台湾的一位美国军事情报官员告诉作者，朝鲜战争以后的二十年里，中央情报局提供给台湾当局“大量的金钱、武器、设备和训练”。中央情报局一连串的“台北站站长”的言谈、行动，都以台湾岛上主要决策者自居。这些站长养成习惯，凡事都不跟名义上的上司——“美国驻华大使”——打个招呼。
朝鲜战争的头两年，政策协调处（Office of Policy Coordination，OPC）——它是第二次世界大战期间著名的战略服务处（Office of Strategic Services，OSS）改组而成的情报机关——从台湾发动美国一切秘密作战。1949年8月，在政策协调处协助下，陈纳德把他那家已经破产的民航空运公司（CAT）以九十五万美元卖给中央情报局。这使得政策协调处及其后的中央情报局，拥有一家民用航空公司——CAT同时还继续担任“中华民国国家航空公司”之角色；中央情报局运用它，针对中国大陆及朝鲜进行秘密空中作业，后来转而用来对付中南半岛及印尼的敌人。民航公司及其他掩护公司（较著名者是美国航空公司Air America和亚洲航空公司Air Asia）是由一家名为太平洋公司（Pacific Corporation）的中情局外围控股公司所拥有，它在此后二十年以台湾为活动大本营。朝鲜战争期间，它出动一万五千次的支援任务，不时飞越敌人领域。中央情报局甚至还拥有一架B-17轰炸机，有二十小时的续航力，可以飞越中国大陆，直抵西藏。 [1]
中央情报局（译按：它是由政策协调处改组而成） “台北站”扩张到拥有六百多名职员。它的活动其实也到了不避人耳目的地步，台北市的计程车司机都晓得中山北路上的西方公司（Western Enterprises）就是中情局“台北站”。第一任站长庄士敦（Charlie Johnston）警界出身，浑身干劲十足。二次大战期间，庄士敦即加入战略服务处，一度参与美方与戴笠军统局的联合作业。庄士敦的主要目标是支援蒋氏父子声称仍在中国大陆活动的一百六十万名“反共游击战士”。美军顾问团及军事情报单位不久亦深深介入这类秘密活动，有时与中情局配合，有时则否。
宋美龄依然是她丈夫涉及美国的外交及政治事务的首席顾问。现在，她的触角伸至就情报及秘密活动与中央情报局高阶层联络事宜，直接对蒋先生报告负责。 [2] 但是，督导、掌管台湾整个情报及秘密行动，包括与美方配合行动者，其实是蒋经国。 [3] 他所掌控的“特战中心”负责指挥调度执行秘密任务的单位。这个中心下辖两个特种部队群，员额七千人，另有一支五千五百名兵力的“反共救国军”。美国人形容他们是“非常精良的部队……团队精神很高，但不是经常遵守军纪”。另外还有一支“孤儿部队”，大约六百人，是在大陆作战殉职的国民党军官遗孤，培养他们从事游击作战。美军顾问团支持另两个特战部队群，员额六千人，也隶属在蒋经国的特战中心底下。 [4]
根据若干接近蒋经国的中方军官所言，亦经当时驻台中央情报局官员证实，蒋夫人和她的继子在情报及秘密活动上面，偶尔发生政策歧见。但是，他们不会公开显露不合。通常，他们分别去见蒋先生，讨论他们不同意的问题。
铁幕迅速落下，中央情报局实际在中国大陆毫无可靠的情报资产，因此它急于支持蒋经国的地下情报收集工作，包括进行通信拦截、空中侦察，乃至派员潜入大陆从事间谍活动等。这些情报收集活动立即在台湾雇用了好几千人，中国人、美国人都有。
蒋经国在大陆的情报来源就是戴笠的军统局，以及“国民政府”各个秘密勤务单位留下的人马。台北通过短波无线电与一些间谍联络，但是中共迅速侦破，破坏这些消息来源，许多人摇身一变，成为“双重间谍”，开始送回由中国共产党和人民解放军情报机关掌控的情报。
绝大多数美国官员很快就认定蒋经国的特务及潜伏在大陆的间谍所送回的情报价值不高。笔者访问了十多位熟悉国民党间谍提供情报之美国中情局和军方官员，除了一个人以外，全都认为它们基本上没有用处，有时是由共产党甚至国民党本身所制造。当时的许多国务院官员对它们评价也都不高。 [5]
在中央情报局及国家安全局（National Security Agency。译按：美国专司电子情报战的安全单位） 的协助下，拦截大陆的通讯成为最可靠的讯息来源。朝鲜战争爆发不久，美国国家安全局就在台北近郊架设一处繁复的无线电侦听站，蒋经国掌握的侦听单位提供数千名人员记录、分析中国大陆的军事及政府无线电通讯。另外，台湾飞行员还飞越中国大陆上空，记录人民解放军雷达通信。这类的电子资讯提供极佳的战斗序列、兵力部署情报，给予双方最高指挥部。
1950年初，国民党军队将领胡宗南企图重整他已被击溃的第三军残部，在中缅边境成立游击部队。不到几个月，这项图谋失败，胡宗南调回台湾。可是，他的数千名部属在李弥将军率领下，逃入缅甸山区。1950年秋天，这支国民党军残部前途未卜，幸好援助即将到来。年底之前，蒋经国的特战中心规划出运用李弥部队进攻华南的一项计划，政策协调处的美国秘密活动专家支持这个计划，可是中央情报局局长史密斯（Walter Bedell Smith）反对，认为它必败无疑。不料，杜鲁门总统推翻史密斯的决定。这时候，美国保守派要求白宫准许麦克阿瑟对中国境内军事目标发动空袭，也要求白宫不要再绑住蒋介石，应该让国民党军队打共产党，李弥部队可以击敌之所不备，成本也不高，白宫不能放弃这样一个机会。
由缅甸出兵计划的假设前提是，台湾当局声称它在华南散落了数十万游击部队，只要略受鼓励，就会“揭竿而起”。蒋经国心知肚明这些残部败军不可能成为一支有效的部队，但是他们父子乐于一试，反正可以激化中、美敌意，把美国与台湾当局关系拉近，又能替经国的特战机关带来更多经费、器材和工作，何乐而不为？在泰国政府秘密合作下，民航公司飞机开始运送武器、装备、训练员及美国政策协调处顾问，到达李弥的基地。
1951年4月，麦克阿瑟公开呼吁与中国全面开战，包括接受蒋介石提议，让国民党军队开赴朝鲜半岛参战；他还建议美国支持国民党军队“反攻大陆”，在中国开辟第二战场。很少美国人了解，即使有美国海、空支援，蒋介石并没有“反攻大陆”的念头。杜鲁门把麦帅这位太平洋战争的英雄解职，换上李奇微将军（Matthew Ridgway）为盟军总司令。杜鲁门在朝鲜打有限战争的政策受到猛烈抨击，遂倾向于让主张秘密作战的人士试试运用国民党的游击武力。
6月间，李弥率领两千名部属跨过中缅边境，行军一百公里，进入云南。此时，中共民兵发动猛攻，歼灭许多国民党军队以及若干美国人。李弥率众退回缅甸。另一支部队在稍南之处进击中国，也遭逢同样命运。尽管出兵失利，缅甸政府高声抗议，《纽约时报》也揭露由台湾秘密运补的消息，中央情报局依旧继续支持蒋经国增强游击武力。1951年底，李弥飞回台北，逗留三个月，与蒋经国会商下一步。李弥后来带着七百名国民党军正规部队回到缅甸，于1952年8月发动最后一次大进击。解放军再度重创入侵部队，李弥又退回缅甸，把许多伤亡的袍泽弃置不顾。
史密斯对此败绩大为光火，撤销了政策协调处，把它并入中央情报局的特种作业处。至于国民党的官兵滞留在缅甸，只好另辟新生活。他们娶当地土著妇女为妻，偶尔进击中国大陆“收集情报”，但是绝大部分时间从事获利丰厚的鸦片生意，扮演中间人、运货者或安全保镖。不久，就控制了百分之九十的贩毒生意。
1949年以前，蒋经国在许多中外人士心目中，已经享有清廉、果决、亲切、务实、不摆架子、精力旺盛的口碑，更重要的是，大家公认他是真正关切老百姓福祉的官员。他的政敌认为他太过理想化、天真、左倾，可是几乎人人（甚至共产党私底下也承认）认为他关心民瘼。可是到了台湾，也就是1950年之后，他却被视为白色恐怖的执行者。台湾本省人（譬如20世纪50年代以党外人士当选台北市长的高玉树）承认蒋经国廉洁、关心百姓，但也认为他个人必须对50年代初期的残酷镇压负责。 [6]
美国海军开进台湾海峡，蒋经国和父亲就比较不必担心共产党的渗透或是台湾本省人的抗拒。1950年12月，“保安司令部”宣布有五百个“共产党地下工作者自首”。日后，蒋经国说，到了当年年底，中共已经不再对台湾构成威胁。 [7]
但是在1950年6月以后，安全重点转回到侦防涉嫌反国民党及支持“台独”运动的台湾本省人身上。中央情报局报告指出，“高压活动”明显增加，引起台湾“民心转为反对政府”。蓝钦“大使”到任之前的“美国大使馆代办”，形容这是“恐怖统治”，只不过“比其他国家、其他时期较为温柔而已”，即使对“政府”温和批评，也会被抓，甚至失踪。1950年在台北参与中央情报局企业的一名高级官员说他听到体育场枪决犯人的枪声。他说：“经国抓了所有的共产党，但是也株连了许多人。”
其实很少台湾本省人在这个阶段会从事以武力甚至非武力反对国民党政权的活动。1949年刚大肆抓人，1947年二二八事件记忆犹新，台湾本省人似乎被深刻镇压住。1996年王昇告诉作者，“台湾独立运动”在50年代初期，“是个问题，不过问题相当小……不太严重”。
根据中央情报局的资料，以及吴国桢、蒋经国和“保安司令部”的声明来研判，1951年和1952年因颠覆罪遭判决的个人大约五百人，1954年约七百五十人。还有更多人可能被抓，然后开释。 [8] 这个数字在1955年开始下降。20世纪50年代中期，绿岛关押的政治犯大约有一万四千人。 [9] 台湾在1987年取消戒严，从1949至1987年官方宣布的抓人数字是两万九千四百零七人。 [10] 如果王昇估计大约百分之十五被逮捕者遭到枪决是正确无误，这三十八年间，处死的总数在四千五百人左右。这个数字与一位台湾作家、电视纪录片制作人在1997年的估算相符。 [11]
1950年8月，蒋经国再度改组情报及秘密警察体系，抓紧控制。这次改组使他有了无人可与伦比的机会，深入了解台湾所有的文武官员。1954年，他以“国家安全局”为最高的中央情报协调机构。他在“国家安全局”只挂名副局长，但是实际当家做主的就是他。同时，他还兼任国民党中央党部第六组副主任。“中六组”职司安全、情报事务，使他对情治机关又有另一条直接指挥线。
蒋经国把他在青年军、三青团的旧部，安插进各个主要情报机关，以及台湾省“警备总司令部”（由“保安司令部”改组成立）。“警备总部”功能极多，新闻检查即是其中之一（通常是书刊出版后检查）。蒋经国还推出许多新措施，其中之一是每个大企业都得聘一个退役军官或安全人员担任人事部门高级职位。 [12]
蒋经国改组情治单位，倒是有一项立竿见影的成绩，他把情治单位与各种帮派及秘密结社历史悠久、牵扯不清的关系切断。不少个别的情治人员、军官仍与这些团体保持私人关系，不过此后三十年这种不光彩的关系在官方层级上并不存在。
蒋经国其实并不是残暴的人，他还颇具同情心。然而，他和友人认为为了保存政权完整，进而确保中国统一，有必要实施“白色恐怖”。从他们的政治观点思考，他们面临严重的颠覆可能性之威胁——不仅威胁到他们的统治，也威胁了中国的民族主义。采取极端措施以确保其政权存活，以及中国统一此一政治原则的存活，当然也吻合蒋经国等人的个人利益及权力利益。到了20世纪90年代，还活在人世的蒋经国当年旧属依然声称，如果他们没有把潜伏的抗拒镇压下去，一定会出现煽动台湾本省人起来抓权的声浪，而且还会声势高涨，在随之而来的动乱中，台湾当局的外省籍军人以及国民党内强硬的右派就会接管，发动更惨烈的恐怖统治。
不论用什么合理化言辞来解释，历史并不乏其他例子，有大权威、本质上善良的人却滥用权力，还要找借口替自己的行为合理化。有一个故事反映出蒋经国虽然主持残暴镇压，也不是没有人性，他并没有睚眦必报的性格。有一位自从1942年就认识蒋经国的五十二军军官，向蒋经国报告说，妻儿都在大陆，他希望回大陆和妻儿团聚。经国提议替这位军官物色个太太，但是此君答说，他深爱家人，只想回老家。经国建议换个话题，不要再说下去。可是，几天之后，这位军官突然奉命调到香港国民党的外围单位。此君由香港潜回大陆，经历一连串可怕的斗争清算，熬了过来，在1996年他和家人依然健在人间。 [13]
1951年，蒋经国在台北近郊北投设立政工干校（后来改名政治作战学校），王昇出任教育长、政治教官，并晋升为校长。王昇后来成为国民党的意识形态掌旗人。“反共”斗争是三分军事、七分政治，它成为政工干校教学课程的基础。政工干校基本课程要上四年，毕业生可获颁相当于大学或军事院校的学位。课程包括军事科学以及历史、外国语文等。在意识形态课目上强调国民党矢志追求国家现代化、重视民生福祉，更要保存中国传统文化。 [14] 这个哲学替威权统治找到正当解释，不过它跟法西斯主义毫无关系，跟极权主义、种族主义或邪恶的民族主义也都没有关系。国民党式的威权社会虽然紧密监视社会、文化、经济生活等层面，并没有要消除这些部门的自治。它声称信仰人本主义、民主政治，可是根本不尊重政治权利。它对未来世代的价值观念产生极大影响。
政工干校毕业生分派到部队担任政治指导员（译按：基层连队政工后改称辅导长、政战干事） 。他们对战斗任务不得置喙，但是负责侦察官员士兵是否不忠或涉及颠覆活动，也有责任纠举贪渎、滥权行为。他们负责对单位里每位军官建立一份政治考核报告。国民党军队更设立心理作战的特别部门，争取敌军投诚，譬如空飘装有传单的气球到大陆，或是用飞机空投传单，都是他们的职掌。1953年，“总政战部”宣布它空投了三亿份传单到中国大陆。一旦风向转变，中共同样也对台湾及金门、马祖空飘气球！
政工人员也负责部队福利——如粮、饷、眷舍及眷属照顾等。几年之内，“总政战部”就大幅改善了国民党军部队及眷属的居住条件，纷纷兴建眷村、军医院和军人子弟小学，还对阵亡官兵之眷属发放抚恤金，对伤残官兵提供复健及就业辅导。这是国民党军队普通士兵待遇上的一大改革。“总政战部”还有一项业务颇受欢迎——它经营三十七家“军中乐园”，聘有约一千名军妓。金门、马祖都有“军中乐园”，女服务生由台湾运来，服务期限六个月。
到了1957年，三军共有一万七千一百三十九名政工人员，换算起来，国民党军队每三十五人就有一人是政工人员。经国和每一位政工人员都握过手，他们的晋阶也都由他亲自批示。其中约百分之八十六曾到过政工干校受训，因而培养出一批年轻、热忱、受过教育的政治干部，他们忠于“党国”、主义，对蒋氏父子忠心耿耿，他们与校长王昇的关系也十分深厚。
蒋经国不但在国民党军队中重新布建政工人员，还在连队以上复设国民党的小组，恢复党对军的控制。到了1954年，六十万国民党军官兵当中有二十一万人是国民党党员。事实上，每个常备军官都是党员，全都参加单位里的国民党党团会议。党的控制使得政工人员恢复大权，他们可以在党团会议里提出对带兵官不同的意见，若有不能解决的问题，也可通过党的管道向上申诉。
许多高级带兵官对于此一状况颇有怨言。譬如，蒋纬国有一次就对王昇高声抱怨政工人员的做法，这些话传到经国耳里，加深了两兄弟之间的“误解”。美军顾问团在1951年进驻台湾，团长蔡斯（William C. Chase）少将就毫不掩饰他对军中设置政工人员，大不以为然的态度。蔡斯第一次晋见蒋介石时就说：“军中普设政工人员是一项极可反对的制度，它会压制主动创意、破坏每个阶层指挥官的权威。”1953年6月，美国参谋首长联席会议主席雷德福（Arthur W. Radford）海军上将访问台湾，就对蒋介石表示：“过度灌输政治思想、施加政治控制，会对青年军官产生不利影响，制造出不安全感，也挫弱指挥系统。”
蒋介石这一次可不想更动政工制度，迎合美方意见。可是，蒋经国表现出乐意讨论“总政战部”的角色，也乐意听取美方意见，倒让美国人大为动容。他减弱党对军的控制，强调政工人员在部队福利及士气方面的功能，就仿佛他们大部分是在筹划体育竞赛、分发点心似的。在蒋经国邀请下，美方派出一名顾问进驻“总政战部”，以便让美军顾问团多了解这一支陌生队伍的功能。蒋经国为示向美方让步，也正式把国民党军队政治课所占操课训练时数，由百分之二十五降至百分之十。这些姿态让美方并不预备以蒋经国根本改变政工制度，作为美国军援台湾与否的条件。 [15]
虽然如此，美军顾问团初来乍到就反对政工制度，倒鼓励了孙立人更坦率反对此一制度。他对美国官员说，国民党军队的双元领导制度“对于要达成良好的军纪、高昂的士气及有效的战斗力，构成几乎无法克服的障碍”。针对政工人员角色之争，反映出蒋经国和孙立人之间对于未来后蒋介石时代领导地位，产生竞逐的态势。 [16] 某些高级军官（包括周至柔在内）也不满意蒋经国年方四十就高挂二级上将军衔，握有大权。蒋经国为了降低这类感受，刻意不张扬军阶，很少穿军服出现——一如他在大陆时期的作风。
台湾省主席吴国桢对于蒋经国及情治人员的活动也越来越不满。据吴国桢的说法，两人失和的第一个迹象是，有位外省籍商人被控与共产党有关系，可是证据不足，他下令予以释放。蒋经国和彭孟缉到吴的办公室拜访，说明奉蒋介石之命要枪毙这个商人，没收其公司财产。吴国桢上书抗议，蒋先生让步，改判这个商人有期徒刑七年。1952年1月，吴国桢又向蒋介石反映，“秘密警察无法无天，军事法庭沦为笑柄”。他声称他向蒋介石进言：“您若爱惜令郎，就别让他担任秘密警察首长，别让他成为人民仇恨的目标。”
尽管吴国桢是蒋夫人的亲信爱将，经国力促父亲把吴调职。吴国桢后来说他要辞职，可是蒋先生不准，却又间接威胁他。后来发生一次车祸，使吴国桢相信有人企图谋害他，在蒋夫人协助下，他带着妻子匆匆前往美国。
翌年3月，流亡在美国的吴国桢公开与蒋介石决裂，发表给蒋先生和“国民大会”的公开信，列举蒋经国种种不义行为。吴国桢指责蒋先生把绝大部分权力委托给经国，他（吴）“几乎无日不与秘密警察苦斗”。吴国桢又声称秘密警察一再阻挠他要在地方层级办自由选举的作为。他指称，在1952年12月地方选举之前，秘密警察以“流氓”罪名逮捕了三百九十八名台湾本省人。可是，台湾本省人听不见吴国桢的指控，反而台北盛传吴国桢卷公款五十万美元而逃。吴国桢事件对经国在台湾岛内的形象毫无影响，在美国则起了重大反响，让大家更觉得他心狠手辣。
艾森豪威尔在1953年1月接任美国总统，提名杜勒斯为国务卿，杜的弟弟艾伦·杜勒斯为中央情报局局长。艾森豪威尔的第一要务是达成朝鲜半岛停火协议。艾森豪威尔在第一次国情咨文演说里，取消杜鲁门不让台湾当局对大陆采取军事行动的限制。蒋介石在摆脱羁绊之后，虽然口头上一再讲“反攻”，提出一连串不实际的计划，却没有向美方提出“大反攻”的认真方案。
北京不肯答应把被俘人员送到台湾，使得停火谈判迟滞一年多，未能达成协议。毛泽东在1953年7月勉强同意不再坚持战俘遣返问题，有两个因素。第一是斯大林在3月5日去世，第二是艾森豪威尔捎给北京一个讯息——如果朝鲜半岛战事不停止，他将批准动用核武器，并把战争扩张到中国大陆。我们找不到任何记录载明，蒋介石父子在这段时间曾公开或私下表示，如果中华人民共和国继续阻止朝鲜战争停火协议，他们仍反对美国动用原子弹对付中国部队或是打向中国。
事实上，艾森豪威尔通过两个私人管道向北京示警，这两个管道一是印度总理尼赫鲁，另一则是蒋介石。 [17]
蒋介石毫无疑问很高兴受邀传达警讯。我们也毫不怀疑，负责把美国消息传递给蒋先生当年黄埔军校同事周恩来的就是蒋经国，传话的中间站可能是香港。艾森豪威尔预备动用核武器的最后通牒没吓到毛泽东，倒令莫斯科的新领导阶层大为紧张。苏联跟中国签署了军事同盟，美国若对中国进行核子攻击，势必酿成大灾难，苏联向中方明白表示，应该见好就收，可以宣布在朝鲜打胜美国，结束交战了。虽然北京可以声称跟美国及其盟国打得不分胜负，但是在美国以动用核武要挟，而且在战俘问题上又大失面子，这样子来结束战争，对毛泽东乃是严重挫折。美国到底不是纸老虎；世界革命在亚洲没有得到进展；把蒋介石赶出台湾基地的希望，与三年前相比可谓大为逆转；北京现在得要大大仰仗苏联军力支持，包括得靠莫斯科的核子伞保护才行。
战俘关在韩国巨济岛上一个大营房里。主管战俘营的美国人，加上台湾当局及韩国人员，威胁利诱，使尽各种招数，鼓励战俘“投奔自由”。历史学家富特（Rosemary Foot）对当时的状况作出强烈抨击。战俘营里，“亲共”和“反共”两派竞争，导致好几起暴动事故，甚至战俘营的美军指挥官还一度被“亲共”的战俘扣住。
蒋经国派出二十三名翻译官和五十五名“教官”到战俘营工作。毛泽东同意战俘可以在国际遣俘委员会面前选择是否到台湾，于是蒋经国派出更多政工人员，训练“反共”的战俘在面谈时如何“正确回答”，不久之后，台北举行盛大集会，欢迎这些“反共义士”到台湾展开新生活，蒋经国兴奋得频频拭泪。这些“反共义士”有许多是国民党老兵，有一部分则还脱不掉军旅生活，这些人被编入蒋经国的特战突击队，奉派针对大陆做小规模的突袭，往往也就送命或又被逮捕。然而，这支衰疲之师大半成了国民党日后头痛的老兵，而这批所谓的“反共义士”日后成为一个极右的政治团体。 [18]
美国方面，麦卡锡参议员和他追查政府机关涉嫌共谋的活动，遭到越来越多的抨击。麦卡锡曾被指责，采用台湾当局情报机关提供的伪证——换言之，就是蒋经国手下的杰作。同一时期，《记者》（The Reporter ）杂志、摩斯（Wayne Morse）众议员及其他美国自由派人士揭发游说团的恶行恶状。蒋经国和他父亲认为，他应该设法在美国建立良好形象。蒋经国一位亲信助理奉命到美国探询，他若访美会受到怎样接待。美国国务院和国防部都强烈支持邀请小蒋访问美国，希望借此机会扩大蒋经国的“知识境界——其想法迄今仍以苏联的影响为大”。中央情报局分析员称他是“支持威权派”。
1953年9月12日，蒋经国只带一名随员——翻译官兼秘书沈锜，出发前往美国。当天在台北机场送行者，有五百名政府官员和高级将领。美国外交官的观察印象是，经国让人觉得“有点可怕”。旧金山、洛杉矶、萨克拉门托、芝加哥、底特律、水牛城和纽约市的华侨，无不以盛大酒会欢迎他。有人注意到，他在酒会之后往往走到厨房和厨师聊聊谈谈。他本人也要求参观公立学校和工厂。9月28日，蒋经国到了白宫，拜会艾森豪威尔总统。
寒暄客套一过，艾森豪威尔提起缅甸的问题。朝鲜战争已经结束，美国的盟国继续与中立国家缅甸境内一支搞毒品生意流亡的部队牵扯不清，越来越成为国际丑闻。蒋经国告诉艾森豪威尔，大约两千名国民党军队即将撤退到台湾。 [19]
10月1日，蒋经国到中央情报局拜会艾伦·杜勒斯。小蒋抱怨，中情局在台北进行的一些合作计划，某些部分内情连他都被蒙在鼓里，不得其详。他提议双方收集到有关中国大陆的全部资讯都应该充分交换，共同取得结论，并有协同一致的后续动作。杜勒斯原则上接受他的建议，两人同意彼此在台湾的单位应就特定项目改善合作关系。杜勒斯并没有提起国民党在缅甸的游击部队之问题，蒋经国当然注意到这一点。
同一天，蒋经国到国务院去拜访另一位杜勒斯。客套话说完，国务卿就说，他“听到我们一些代表反映，将军的方法有点粗暴”。译员沈锜没有迻译这句话，双方一时陷入沉默。杜勒斯再次提起，他“听说将军在处理安全事务时有点粗暴”。他说，美国人处理颠覆问题时，并没有侵犯基本人权。他表示，希望将军能“斟酌国情，采纳这些方法”。沈锜把这段话翻译出来，经国低声讷讷应话。
蒋经国回到台北后，果然如美国人期望，不仅佩服美国的国力，还赞许它的开放社会。小事一样令他印象深刻。他在胡佛水坝没有见到卫兵站岗，他告诉沈锜，由这一点就可以看到美国不简单。他也发现美国人比他想象中来得守纪律、肯勤奋工作——可不像好莱坞电影里头的美国人那样轻浮。但是，他相信，台湾的情况和美国有别，类似美国这样的民主、开放社会是台湾远程的目标。
他并不太介意有人批评他手段粗暴。他认为，美国对台湾的实际状况了解有限，再加上仰赖受西方教育的中国人之观点，扭曲了许多美国人对台湾的认识；在美国批评国民党的中国人，在中国人当中并没有“基础”，不能代表大众的观点。他访美回台后一年之内，台湾抓人事件其实比起1951年和1952年还更频繁，不过1954年之后，“实际上已不再枪毙人”。蒋经国也明白，尽管杜勒斯国务卿略有微词，美国给予台湾的军援以及中央情报局的协助，不论他的方法有多么“粗暴”，不仅会继续，还会增加。回到台北之后，他由蒋夫人手中接管了与中央情报局和美军顾问团的高层联络接触工作。中情局台北站长奉上级指示，应该比以前更重视与蒋经国发展密切关系。
虽然蒋经国让美国人印象改观，包括杜勒斯国务卿在内的若干人士，对他仍颇有疑虑。小蒋访美两年之后，杜勒斯提到他，还称他是“反美派可能的领袖”。20世纪50年代对蒋经国不利的情报，发自中央情报局的分析部门，与行动部门对小蒋的评价大异其趣。分析部门的根据是并不欣赏小蒋的“许多国民党领袖”私下的评论。 [20]
1953年12月，联合国大会通过决议案，谴责台北在缅甸的活动。台北、仰光和曼谷就撤退游击队事宜达成协议。民航公司把五千五百八十三名国民党士兵、一千零四十名眷属运到台湾。然而，这些撤退的士兵大多是老人，或山地人而非汉人。国民党军多数官兵仍留下来，继续从事鸦片生意。即使经国有心，他恐怕也没办法要求所有的游击队撤退，但是他很可能指示李弥尽可能把有战斗力的士卒留在缅甸和泰国。经国晓得中央情报局也继续与泰缅边区国民党军部队有联系，虽然他和美方都不赞同鸦片生意，但他们都晓得这支孤军如何过活。
注释：
[1] 熟悉这类作业的某台湾空军退役军官，1996年5月在台北接受本书作者访谈时所说。原书注4。
[2] 王昇1996年5月25日在台北接受本书作者访谈所说。原书注6。
[3] 中央情报局及美国军事情报官员所说。原书注7。
[4] 顾维钧《顾维钧回忆录》，哥伦比亚大学口述历史，第H-341页。原书注9。
[5] 1964年3月11日国家情报评估（National Intelligence Estimate）第43—64号说，台湾当局突击队“迄今提供的情报不多，或不具价值”。唯一一位盛赞台湾当局1950年代、1960年代情报表现的中央情报局高级官员，称它们“比以色列或法国的情报还更精致”。他在1995年11月11日接受本书作者访谈。原书注12。
[6] 高玉树1995年8月30日在台北接受本书作者访谈时所说。原书注17。
[7] 艾伦·怀汀《台湾的神秘人物》，载1955年3月12日出版的《星期六晚邮报》第117页。蒋经国说明，20世纪50年代以后继续抓“匪谍”、定罪，是因为中共依然不断派特务渗透，台湾当局方面必须采取的对应措施。原书注19。
[8] 根据中央情报局的资料，1951年有两百六十四件颠覆案定谳，每个案子通常涉及两人以上，因此被定罪人数可能就在六百人左右（见1955年4月16日国家情报评估“台湾的士气”，收在美国外交文件，1955—1957年，第二卷第484页）。据吴国桢说，1952年抓了九百九十八人，若是以三分之一遭定罪的比例推算，表示遭军事法庭判决有罪的个人有三百三十人左右。不过，对比这个时期其他年份的数字，吴国桢可能指的是有九百九十八“件”案子，不是逮捕九百九十八人。见胡德（Steven J. Hood）《国民党与台湾民主化》（The Kuomingtang and the Democatization of Taiwan ），1997年Westview出版公司出版，第35页。1954年“保安司令部”公布，在当年头三季，破获八百五十八件颠覆案，涉及嫌犯一千七百四十五人，导致其中五百九十七人被判定有罪，我们把它推算为全年，则得出约七百五十人遭到定罪。（同上，4月16日国家情报评估）蒋经国曾对一位访客透露，1954年上半年，“我们平均每个月破获十三件共产党阴谋”。（见怀汀《台湾的神秘人物》第117页）这些话表示，军事法庭当年判定三百五十至四百人犯下间谍或叛乱罪。原书注24。
[9] 《顾维钧回忆录》第H-174页记载，1953年台湾当局“司法行政部长”向胡适说到这个数字，但是顾维钧本人在1954年被告知，绿岛人犯只有六千人，见第H-338页。原书注25。
[10] 谢聪敏1996年6月4日在台北接受本书作者访谈时所说。不过另一位国民党籍“立法委员”告诉他，这个数字要更高，有六万至七万之多。原书注26。
[11] 这位作家是蓝博洲，见1997年6月5日出版的《远东经济评论》周刊，第70页。“法务部”在20世纪90年代告诉反对党领袖，枪决案件档案早已经销毁。据谢聪敏在1996年访谈时所说。原书注27。
[12] 高玉树1995年8月30日接受本书作者访谈时所说。原书注31。
[13] 作者1996年6月14日在南京访问了这位国民党军官。原书注33。
[14] 见韩廉（Joseph J. Heinlein）《政治作战：中国国民党模式》（Politcal Warfare : The Chinese Model ），华府，美利坚大学博士论文，1974年，第521—525页。本章有关台北政工干校、国民党军队政战制度之描述，很多取材自这篇论文。原书注36。
[15] 见巴博（Charles H. Barber）《中国的政工制度》（China’s Political Officer System），载1953年7月号《军事评论》（Military Review ）第10页。巴博少校是美军顾问团派驻到“总政战部”的顾问。原书注47。
[16] 温哈熊1996年在台北接受本书作者访谈时所说。原书注49。
[17] 见白宫通联记录（约翰逊总统，前总统艾森豪威尔），美国外交文件，1964—1968年，第二卷，第300页。原书注56。
[18] 丁大卫（译按：“美国在台协会”前任理事主席） 1996年4月30日在弗吉尼亚州费尔法克斯市接受本书作者访谈时所说。参见卡普兰（David E. Kaplan）《龙之火》（Fires of the Dragon ）第303—304页。原书注60。
[19] 顾维钧《顾维钧回忆录》，第G-133—134页。沈锜1995年8月24日在台北接受本书作者访谈时所说。原书注66。
[20] 1955年4月16日国家情报评估，见外交关系文件1955年至1957年第二卷第485页。由中情局主持的这项跨单位情报评估说，“许多国民党领袖强烈不喜欢蒋经国，某些人表示，未来一旦发生紧急状况，他可能会叛逃，甚至可能尝试把台湾交给共产党”。原书注76。