然而，世界还经历了一场比政治和工业革命更深刻、更重大的变革。在饱受几百年的压迫和迫害之后，科学家们终于获得了自由。现在，他们试图发现统治宇宙的基本规律
埃及人、巴比伦人、迦勒底人、希腊人、罗马人，他们都曾对早期科学的模糊观念及科学研究作出过自己的贡献。可4世纪的大迁徙摧毁了环地中海地区的古典世界，当时的基督教排斥人类的肉体，它们更加看重人类的灵魂，把科学看作是人类妄自尊大的表现形式。因为教会认为它试图窥探属于全能上帝领域内的神圣事务，因此科学与《圣经》宣告的7种死罪是紧密联系的。
虽然力量有限，但文艺复兴在有限的程度上打破了中世纪的偏见。然而，在16世纪早期，宗教改革运动取代了文艺复兴，它对“新文明”的思想充满了敌意。科学家们如果胆敢逾越《圣经》所划下的狭隘界线，他们将再度面临极刑的威胁。
我们的世界到处都是伟大将军的塑像，他们跃马扬鞭，率领欢呼的士兵取得光荣的胜利。偶尔，也矗立着一些沉静而不起眼的大理石碑，默默宣示着某位科学家在此找到了自己的长眠之所。1000年以后，我们对待这两者的态度可能会截然不同。那一代幸福的孩子们将懂得尊重科学家惊人的勇气和难以想象的献身精神。他们是抽象知识领域的先驱和拓荒者，这些知识让我们现代世界的存在成为可能。
这些科学先驱中的许多人饱受贫困、歧视和侮辱。他们住在破旧的阁楼上，死于阴暗的地牢里。他们不敢把自己的名字印在著作的封面上，甚至不敢在自己的国家公开自己的研究结果，而是将手稿偷运到阿姆斯特丹或哈勒姆的某家地下印刷所秘密出版。新教教会和天主教会对他们都极端仇视，无数的布道者以他们为矛头，鼓动教区的人们用暴力去对付这些“异端分子”。
他们偶尔也能在这里或那里找到一个避难所。在最具宽容精神的荷兰，虽然政府对科学研究不屑一顾，但他们不愿去干涉别人的思想自由。于是，荷兰成了自由思想者的一个小型庇护所，法国、英国、德国的哲学家、数学家及物理学家们纷纷来到这里，享受到短暂的休息，呼吸一下自由的空气。
在此前的某个章节里，我曾经告诉过你们13世纪教会曾禁止当时世界上最伟大的天才罗杰·培根发表科学著作，他被迫辍笔多年，否则教会当局就会找他的麻烦。500年以后，伟大的哲学《百科全书》的编写者们也长期处于法国宪兵不断的监视之下。又过去了半个世纪，由于公开对《圣经》中所描述的创世故事提出质疑和有力反驳，达尔文在每个教堂的讲道坛上都被谴责为人类的公敌。
伽利略
甚至到今天，对那些冒险进入未知科学领域的人们的迫害仍未完全结束。就在我写这些东西的时候，布莱恩先生正在对群众大力宣讲“达尔文主义的威胁”，并告诫听众们去反对这位伟大的英国生物学家的谬论。
不过，所有这些统统是细枝末节。该做的工作还是无一例外地被科学家完成了。并且，科学发现与发明创造最终成了全人类的福祉，尽管这些高瞻远瞩的科学家曾是人们心目中不切实际的理想主义者。
在17世纪，科学家们依然喜欢研究遥远的宇宙，开始着手研究地球和太阳系的关系。即便如此，教会仍然反对这种不正当的好奇心。第一个证明太阳是宇宙中心的哥白尼直到临死前才敢发表他的著作。伽利略的一生大部分时间生活在教会的监视之下，但他坚持不懈地运用自己的小望远镜观察星空，为伊萨克·牛顿提供了大量的实际观察数据。这位英国数学家日后发现了所有物体下落时的有趣规律，也就是后来有名的万有引力定律，伽利略的数据提供了巨大的帮助。
哲学家
这一定律的发现至少在一段时期内减弱了人们对天体的兴趣，他们开始转而研究我们居住的地球。17世纪后半叶，安东尼·范·利文霍克发明了便于操作的显微镜（一个奇特笨重的小东西），这方便人们研究导致人类患上多种疾病的“微”生物，同时为“细菌学”奠定了坚实的基础。多亏有这门科学，在19世纪的最后40年里，人们陆续发现多种引起疾病的微生物，从而挽救了许多的患者。显微镜还使得地理学家能够仔细研究不同的岩石和从地层深处挖掘出来的生物化石（史前动植物的遗体）。这些研究证明，地球远比《创世纪》中所描述的要古老得多。1830年，查理·莱尔爵士发表了他的《地质学原理》，否认了《圣经》讲述的创世纪的故事，还详细描述了地球发展演化的进程。
与此同时，拉普拉斯（法国天文学家、数学家）正在研究一种有关宇宙形成的新理论，这种理论把地球说成是形成行星系的浩瀚的星云海洋中的一朵小浪花。此外，还有邦森与基希霍夫在透过分光镜观测我们的好邻居太阳的化学构成，而首先发现太阳黑子的人是伽利略。
同时，在与天主教和新教教会进行过一场艰苦卓绝的斗争后，解剖学家与生理学家最终获得了许可，可以解剖尸体。他们终于能够以对于我们的身体器官及特性的正确知识来取代中世纪江湖医生的胡乱猜测了。
自人类第一次遥望星空，思索为什么星星会在天上出现，几十万年的时间已经过去了。然而在不到一代人的时间里（从1810年到1840年），科学的各个领域所取得的进步超过了此前的几十万年。对于那些在旧式教育下长大的人们来说，这一定是一个非常可悲的时代。我们可以理解他们为什么忌恨拉马克和达尔文等人。虽然这二人并未明确宣告，人类是“猴子的后裔”（这曾是对我们的祖辈进行人身攻击的最好、最有力和武器），可他们确实暗示了骄傲的人类是由长长的一系列祖先进化而来，其家族的源头可以追溯到我们行星的最早的生物——水母。
19世纪的富有的中产阶级建立起自己充满尊严的世界。他们欣然使用着煤气、电灯，接受伟大科学发现所带来的全部实用成果。可那些纯粹的研究者，那些致力于“科学理论”（没有这些理论，就没有任何进步）的人们仍然得不到信任。直到今天，他们的贡献才最终被承认。如今，那些过去将财富用于修建教堂的富人们开始修建大型实验室。在这些寂静的战场里面，一些沉默寡言的人们正在与人类隐蔽的敌人进行着殊死搏斗。这些人的精英为未来的人们能享受到更幸福健康的生活，奉献出了自己的一切甚至生命。
这个世界上的很多的疾病在我们祖先看来是不可避免的“上帝的行为”，而实际上，这些仅仅是由于我们自身的无知与疏忽。今天的每一个儿童都知道，只要注意喝清洁的饮水，就能避免患伤寒症，但是医生们是在经过长期的努力之后，才使得人们相信这一简单事实。对口腔内的微生物的研究，使我们有可能预防蛀牙。如果必须拔掉一颗坏牙不可，我们也会满不在乎地深吸一口长气，然后高高兴兴去找牙医了。1846年，美国报纸报道了利用“乙醚”进行无痛手术的消息以后，欧洲的很多人都不相信。在他们看来，人逃避应该承受的疼痛，此举近乎对上帝意志的公然违背。此后又经过了很长时间，在外科手术中使用乙醚和氯仿才被普遍接受。
可追求进步的战役还是胜利了。偏见之墙上的裂缝越来越大。随着时间的流逝，古代的愚昧之石终于坍塌，急于追求新生活的人们勇往直前。可突然之间，他们发现自己面前又横亘着一道新的障碍。在旧时代的废墟中，另一座反动堡垒矗立了起来。为摧毁这最后一道防线，无数人献出了宝贵的生命。