穆宗实录
隆庆元年（五月、八月、十一月、十二月）
隆庆二年（正月、三月、七月、九月、十月、十一月、十二月）
隆庆三年（正月、二月、三月、五月、六月、七月、八月、十二月）
隆庆四年（正月、八月）
隆庆六年（二月、闰二月、三月、五月）
〔隆庆元年五月己巳〕，以是年春汛福建擒斩倭贼功，赉巡抚涂泽民、总兵戚继光及左布政使刘光济银、币有差。
〔八月戊子〕，巡抚广东都御史李佑奏：『嘉靖四十五年六月以来，海寇林道干、梁有川等聚众三千余人，驾巨舰出入雷、琼诸处；总兵汤克宽等前后与战，计斩三百余人，俘获称是：功宜褒录。参将戴冲霄怯懦，宜罢』。得旨：佑及克宽等各赉银、币有差，冲霄革任。
〔十一月〕丁巳，命革广东镇守总兵官汤克宽任听勘、巡抚都御史李佑戴罪供职、惠潮海防佥事蹇来誉调用；仍切责总督侍郎张瀚督率镇、巡、兵备官亟行剿贼，以靖地方。先是，海贼吴平既遯，而余党曾一本突入海丰、惠来间为患，克宽倡议抚之。贼既就抚，乃从克宽乞潮阳下会地以居；仍令其党一千五百人窜籍军伍中，入则廪食于官、出则肆掠海上，又令盐艘、商货报水纳税：居民苦之。于是大家井民陈世业、余干仁等因率众叛，攻围揭阳县城；克宽乃调曾贼等兵屠之。抚、按李佑、王同道以疏闻，而曾贼所以激变大家井之民，惟同道疏及之；佑谓不然，且叙克宽功。越七月，曾贼亦叛，执澄海县知县张浚，焚杀潮郡居民数千人。抚、按复疏请兵，已有旨令克宽等各戴罪杀贼。至是，分守岭东道参议陈纪以给由入京，具言曾贼必不可招。而兵科给事中欧阳一敬劾克宽奏：『克宽既不当招必叛之贼，以激变居民；及居民乱，又不当驱贼兵剿之：是克宽纵寇酿祸，其罪大。而蹇来誉同事阿比、李佑匿不以闻，亦当并论』。兵部覆从其言，故有是命。
〔丁丑〕，广东巡抚都御史李佑奏：『七月中，滴水村居民林肆等获漂流海贼张老者数人，闻于碣石卫掌印指挥李守京、巡捕指挥沈儞。守京、儞素贪，执之索赂；未几，林道干余党二百余人乘夜入卫城，夺老等去。请置守京等于法；而海康寨把总王正中等督兵追剿残寇不能尽力，以致贻患，亦当并论』。得旨：『正中等戴罪杀贼，守京等下巡按御史按问』。
〔十二月戊戌〕，先是，福建以广寇充斥，议增设南澳参将一员兼统闽、广兵船，驻大城所防剿。巡抚涂泽民以为闽、广所忧不在将少，在所用不得其人；宜如旧便。又言：『闽中见任水陆诸将皆前任总兵戚继光所储选，以后乞就本省升迁』。兵部覆奏，从之。
〔隆庆二年正月戊寅〕，巡按广东御史王同道以广东群盗纷起，海寇曾一本、林道干等尤肆猖獗；乃劾奏参将魏宗瀚、王如澄等逗兵玩寇，请治其罪，仍饬督、抚诸臣勉策后勋。上命夺宗瀚等职，令戴罪剿贼；仍命抚臣李佑等严督诸将亟为擒获，以靖地方。
〔三月乙丑〕，初，广东贼曾一本突至雷州，参将魏宗瀚、王如澄、缪印率舟师与战，败绩；贼执印及把总俞尚志以去，官兵死者八百余人。已而归尚志，乞招抚。寻犯我师，战数日，守备李茂材中炮死，我兵又败。事闻，兵部覆言：『新任总兵郭成未至；而广西总兵俞大猷素负威名，请令暂往视师。前总兵汤克宽等罪不止于革任，宜令戴罪立功。副使姚世熙等并宜议罚。宗瀚等宜充为事官，以图后效』。上然之。命暂调大猷用，事宁回镇；克宽立功赎罪，世熙等夺俸一月。促总督张瀚等速处兵粮，严督将领克期灭贼，以靖地方。
〔七月〕丁卯，福建巡抚都御史涂泽民、巡按御史王宗载劾奏行都司佥书、署都指挥佥事傅应嘉受贿纵海贼吴平，罪当斩。上命即其处会官斩之。
辛未，广东盗曾一本以六月十一日寇省城，拒伤官军于赤湾、东灞等处，杀听调知县刘师颜；抚、按以闻。得旨：『切责总督张瀚，令亟率镇、巡等官悉力剿贼，以安地方。总兵俞大猷、郭成姑令住俸，立功赎罪。参将魏宗瀚、王如澄、把总俞尚志、朱相下巡按御史逮系至京问』。
〔九月〕壬申，广东巡按御史王同道核上海寇曾一本犯省城守臣失事状，总督张瀚亦具疏自劾。上以瀚任浅，姑令策励自效；夺守巡佥事周舜岳、参政谢鹏举及领哨都指挥白翰纪等俸三月，都指挥黄应甲、来熙、布政使熊汝达等俸二月；指挥赵升等下巡按御史逮问。
〔乙亥〕，总督两广军务侍郎张瀚会巡抚广东都御史熊桴奏：『广东山寇七十二巢、海寇四种，而林道干、曾一本最为陆梁；不一大创之，恐岭南之乱终不能已。谨列具其事如左：一、申谕各官兵：凡陆地战胜者，擒、斩仍依常格；若海上战胜者，擒贼一名即赏银四两、斩首一级银二两，冲锋虽无首级而能夺获一舡者一百两。其能斩获曾一本、林道干首恶者加赏银一千两，生擒者三千两，仍升实授一级。其兵卒临阵退缩者，即斩首以徇；将领逗遛观望如魏宗瀚、王如澄者，宜首正国法：以示劝惩。一、总兵郭成长于陆战、俞大猷长于水战，宜分地责成，俾无推诿；而分守惠潮及雷琼廉参将，宜函行处补。一、全广有官兵、乡兵、狼兵、募兵、抚兵，又加以闽、浙之兵，多而不精，何以应率？近置水寨六所、练兵同知六员。宜候造舡剿贼之后，将舡兵分配六寨，有事听调、无事听练；同知不许谋管印信，把总不许他委避难。而巡海、海防、海南、海北兵备四道各给敕书，委以训练之责，视其勤惰而赏罚之。一、惠、潮之间百姓伤残特甚，或逃、或叛，里社为墟。乞将嘉靖四十三年以后带征起存钱粮，暂行停免；其被患尤惨者，臣等量行赈恤：庶孑遗之民犹有更生之望而喜于自新』。兵部复议，从之。其议处分守一事，桴则恐侵总兵之权，欲以把总代之；瀚则谓雷、琼、廉所属地方辽远，又琼州孤悬海外、岐黎叛服不常，非参将不能弹压。上两是之，诏裁革惠潮参将耿宗元，而以浙江把总潘吉调补惠潮如桴言、以宗元补调雷琼廉如瀚言。
〔十月庚辰〕，广贼曾一本等突至南澳，窥福建玄锺界；抚、按官涂泽民、王宗载疏请大征。上命两省镇、巡官协力夹剿，务期荡灭；不得彼此推诿，以致滋蔓。
〔癸未〕，升赏福建南澳、牛山等处有功官军陈伯秀等二十七人。
〔十一月己巳〕，广东巡抚都御史熊桴请会福建巡抚大剿海寇曾一本，并乞令川、浙亟偿旧贷广中军饷银两以济大征之用。兵部覆奏，上是之。命两省督、抚诸臣将领遵照前旨刻期会剿，以靖地方；川、浙原贷银两，兵部即会同户部各遣官守催解发，不许迟误。
〔十二月辛卯〕，福建巡按御史王宗载奏：『十月中，福建海贼夜袭入大金千户所城，焚掠而去』。上命夺分守参议李纪俸一月，本所掌印及守门等官俱下巡按御史逮问。
〔隆庆三年正月乙卯〕，论闽、广剿寇功，赏福建巡抚涂泽民、总兵李锡银三十两、纻丝二表里，两广总督张瀚、广东巡抚熊桴、总兵郭成各银二十两、一表里；参将蒋元勋、蒋伯清而下，各赏银有差。先是，二年七月中，海寇曾一本突犯福建界；官军出海迎击于柘林、盐埕及马耳澳等处，大破之：前后擒斩七百人，死水火者万人。至是，事闻；兵部请大破常格——先给赏而后行勘，以劝边臣用命者。上从之。
〔二月壬辰〕，兵部覆南京湖广道御史尹校等条陈广东用兵事宜：一言将士玩寇，乞责实效以期剿灭。一请令广东巡抚坐镇惠、潮，两广总督暂驻广省，原设神威兵备专驻潮州兼管漳、泉官军，便于调遣夹击。一言闽兵通贼，必不可用；乞练土著或调浙兵用之。一言广东方造舡于闽，日久未成；成则取道贼所，虑有不测：宜谨伺之。一言波罗海乃省城门户，宜增兵分哨以固内地。得旨：如议行。
〔三月戊申〕，兵部覆都给事中张卤奏「请申明闽广巡按、纪功御史职掌」：『每当用兵，以调度机宜责之巡按，以随军按录功罪责之纪功；俱不令兼制。差期，俱以一年而更。又玄锺参将当令兼摄漳、潮交会地方，以兵往来黄冈、柘林、大城、南澳间，而严盗卖火药之禁。其有奸民与贼通者，本犯凌迟，全家处斩；比邻不举者，谪戍』。上命如议行之。
庚戌，录闽、广协剿海寇吴平功，命原任巡抚都御史听调汪道昆候缺推用、升福建总兵戚继光右都督，各赏银、币；升前海道右参政周贤宣等俸一级，仍与把总胡世等各赏银有差。
戊辰，海贼曾一本勾引倭寇犯广东，破碣石、甲子诸卫所，官军御之无功。雷琼参将耿宗元御下素严，及是声言欲斩败将；周云翔、廖凤、曾德久、廖廷、相云翔等大惧，乃谋作乱。会宗元阅兵于教场，云翔等忽鼓噪跃起，手刃宗元、执通判潘槐以叛，遂与贼合。已而潘槐自贼中诱擒廖凤，献之巡抚都御史熊桴所：桴具以闻。给事中张卤因劾桴解纷无略、抵饰虚词，而原任总督张瀚候代未行、坐视不省，及总兵郭成逗遛潮阳、按察司副使张子弘监督无状；乞并议罚。得旨：『瀚降一级听用；桴等俱住俸，戴罪剿贼』。
〔五月辛亥〕，初，广东叛将之杀耿宗元亡入贼巢也，贼屯兵平安山、大峒等处，入掠海丰县，从鹿境渡河。会总兵郭成等方率兵进剿，而南赣巡抚张翀亦遣参将蔡汝兰等兵至；于是共趋大浦白云屯以入平山，夹攻之。凡月余，各部共擒斩一千三百七十五人——内生擒真倭酋丘古所一人，从倭一百余人，夺归被虏通判潘槐而下六百余人；叛将周云翔溃围出走，成部卒擒之。捷闻，上命先赏，蔡汝兰而下兵部议功。至是，部言：『郭成、蔡汝兰执讯获丑，张瀚、熊桴运筹制胜，张翀救灾恤邻，其功俱宜先叙；而藩臬有司官张子弘等、坐营守备李峨等二十四员并其余获功官兵，乞行纪功御史勘奏。丘古所及周云翔等即令枭示，以正国法』。得旨：『张瀚复原职听用，熊桴等俱开俸；桴仍与郭成、张翀各赏银三十两、纻丝二表里。余悉如议』。
〔乙卯〕，升赏福建南澳等处地方获功阵亡、被伤官军民兵胡世等五百九十九人。
六月癸酉朔，总督两广、福建军务都御史刘焘条上广东贼势及兵食至计言：『广贼有五种：其首恶，曾一本及碣石残倭，流毒最甚；亟宜殄灭。其次，则沿海通贼居民；若一概诛剿，则既绝其可生之路而益坚其从贼之心。请揭榜晓谕，许其自新；不悛，乃重置之法。其次，山贼黎汝诚等；抚之固无所顾忌，剿之亦不可胜诛。宜抚剿并行，殄其首恶，则余党自可传檄而定。其次，抚贼林道干，叛服不常，固有养虎遗害之忧；然业已听抚，又立功海上，宜察其果无异志，即当推心置腹，勿使自疑。此三种者，皆可以计定，而不可以兵劫者也。其目前平寇之计有二：一、厚赏格以励士气——查得原议赏格，凡斩贼一颗，赏银二两；斩获曾一本，升职一级：军中咸以为轻。乞仿征蛮事例，一人自擒斩三名颗、四名颗、五名颗者升实授一级，不赏；六名颗以上者亦升一级，余功扣赏。领军、领哨等官，部下擒斩一百名颗升署一级、三百名颗升实授一级，俱不赏；四百名颗以上亦升一级，余功扣赏。例应赏者仍量贼大小、成功难易，分为下、中、上、奇四等给散。有斩获曾一本者，若平民即升授指挥佥事、指挥即加升都指挥使，俱准世袭；仍照前议给赏。一、积粮饷以裕兵食——前者，兵、户二部已发银十万两；今调兵数多，馈饷犹恐不给。乞令户部移文督责各省原贷广中军饷银两速行补还，并南京户部再发公帑五万两助给』。兵部覆奏，得旨：『如议』。
〔七月〕甲午，广东巡按御史杨标言：『海贼曾一本虽已会师夹剿，而他寇尚多；如林道干最号黠狡，及林容、程老、王老等皆四出卤掠。宜乘胜荡平，勿贻将来之患』。兵部覆如标言，上然之。
〔八月丙午〕，福建巡按御史勘报澳头等处失事状，福宁卫后所副千户刘应谦以城陷论斩，指挥杨涌等降、罚有差。
〔癸丑〕，录平闽、广巨寇曾一本功，升总督两广、福建军务右都御史刘焘为左都御史，巡抚福建右佥都御史涂泽民、巡抚广东右佥都御史熊桴俱右副都御史，荫一子入监读书，督、抚如故；广西总兵都督同知俞大猷为右都督，福建总兵都督佥事李锡、广东总兵都督佥事郭成俱署都督同知，原任参将王诏实职三级，副使柴涞、广东海道佥事杨芷、监军副使江一麟各一级，及福建三司、府州县官陈典等二十三人各赏银、币有差。死事把总胡世、赵纪、哨总王宗瀛等各赠官，立祠享祀，仍升其子官二级。军士死创者，人给银伍两。命纪功御史王宗载、参赞主事王俸还京；仍赐兵部尚书霍冀银三十两、纻丝二表里，侍郎曹邦辅、曹亨银十五两、一表里，职方司郎中孙应元十两。先是，一本劫掠闽、广间，势益猖獗；上命焘兼兵部右侍郎往督三省师，又调大猷率兵会闽、广夹剿。六月，大猷及锡先与贼遇于柘林澳，三战皆捷，俘斩甚众；贼遯入马耳澳，整众复战。会成及诏率广东兵至，次莱芜澳，分三哨进攻。一本势穷，自驾大舡战益力；成等复败之，遂焚其舟，贼多赴水死。诏生擒一本及其妻郑氏并族党尾叔等，斩首五百余级；贼平。督、抚官以捷闻，兵部以闽、广诸将相为掎角，功当并叙；故有是命。一本寻死，仍磔其尸，并尾叔等枭首以徇。
〔十二月庚子〕，以广东潮州府擒剿林樟等巢贼首郭明等功，赏总兵郭成、兵备佥事杨芷、监军副使江一麟等银两有差。初，潮、揭、浦、惠诸县山贼依险为巢者以百数，郭明据林樟巢、胡一化据北山洋、陈一义据马湖寨，声势相倚；屠戮劫虏，盖二十年。是年九月，成等率官军分部进剿，明及一化、一义并伏诛，斩首及俘获者一千三百有奇；诸巢悉平。至是，总督刘焘奏捷；且言抚民林道干等实用命，宜许赎罪。上既赏成等，而命御史勘道干功状以闻；又以广中山寇尚多，饬焘等亟为剿灭，毋玩愒养寇，以贻民患。
辛酉，琉球国中山王尚元遣其臣守备由必都等归我日本虏去人口，守臣以闻。上嘉尚元虔效忠诚，赏银五十两、彩缎四表里，仍赐敕奖励；由必都等各给银、币有差。
〔隆庆四年正月戊寅〕，总督两广、福建都御史刘焘奏「讨平海寇林容等功」，命赏兵备张士纯等银两有差，磔贼首林容等于市。容，本海寇吴平残党，巢聚西海，劫掠为患。与曾一本残党许瑞相攻于吴川赤水海面，容败被执；瑞遂因容所虏千户朱本源求抚，献容等首从三百余名、被虏教官谢赞、谢式、谢庠、陈渐阶、生员周坦等男妇四百余名。事闻，兵部因请释瑞勿诛，许其立功自效。报可。
〔八月丙申朔〕，以福建山海寇警，免福州、兴化、泉州、汀州、漳州五府、福宁州、福清、同安、惠安、漳浦、诏安、上杭、宁德七县正官朝觐。
〔隆庆六年二月庚戌〕，先是，广东惠州海贼六百余人破甲子门所，杀千户董宗儒及军民二百余人，掠二百余人以去，抚寇朱良宝等遂反；名色把总韩国、李时魁领兵御之，贼夜袭破国等于程洋岗寨，杀二十余人、虏六百余人。至是，巡按御史赵焞勘上其事，请治百户吴一道等、千户田于藩等、指挥李臣、经历郭标及国等失事罪，并罚治碣石右寨把总白玉及海防佥事金柱等；且言：『甲子门所城十年三陷，几为丘墟；而程洋岗等寨切近寇巢，民不安枕。况海倭无岁不来，而抚寇桀骜日甚。乞责督、抚官亟图善后之策』。兵部覆奏，上是焞言。命停玉等俸三月、柱等二月，下一道等御史问。
〔闺二月甲申〕，命南京右军都督佥书右都督俞大猷充总兵官，镇守福建并浙江金、温等处。
〔三月己丑〕，提督两广军务右侍郎殷正茂奏：『抚民许瑞出兵攻剿倭寇，生擒七十八人，斩首二十五级；请授把总职衔，以示优异』。兵部谓「广盗未靖，姑厚其赏；令尽剿诸贼，乃并授官」。命如部议。
〔五月戊戌〕，广东海贼李茂破乐会县，乞招降；守臣欲许之，科臣梁问孟等以为不可。兵部言：『李茂本以林容余党攻毁县城，罪在不赦；岂可听其甘言单词苟安目前，重贻后患！宜令提督侍郎殷正茂详议，或阴假「招安」以为擒剿之图，无堕贼计』。上是之。