神宗实录
隆庆六年（七月、十一月、十二月）
万历元年（五月、八月、九月）
万历二年（二月、三月、四月、六月、七月、十月）
万历三年（二月、十一月、十二月）
万历四年（正月、二月、三月、九月、十月、十二月）
万历六年（二月、九月、十一月）
万历七年（九月）
万历八年（闰四月、五月、八月）
万历十年（七月、八月、十一月）
万历十二年（正月）
万历十三年（三月）
万历十四年（二月）
万历十七年（二月、四月）
万历十九年（闰三月、七月、八月、九月、十一月）
万历二十一年（六月、七月）
万历二十二年（五月、十月）
万历二十三年（四月、六月）
万历二十五年（七月、十一月）
万历二十六年（十一月）
万历二十七年（二月）
万历二十八年（六月、十二月）
万历二十九年（七月、十一月、十二月）
万历三十年（三月、四月、六月、七月、九月）
万历三十一年（十一月）
万历三十二年（五月、十一月、十二月）
万历三十三年（六月、七月、九月、十月）
万历三十四年（五月）
万历三十五年（四月、十一月、十二月）
万历三十七年（五月、九月）
万历三十八年（七月、八月、九月、十月、十一月）
万历三十九年（六月、八月、十二月）
万历四十年（三月、六月、七月、八月、九月、十一月、闰十一月、十二月）
万历四十一年（二月、六月、十月）
万历四十二年（五月、十一月、十二月）
万历四十三年（三月、十一月）
万历四十四年（六月、八月、十一月）
万历四十五年（八月、九月、十月）
万历四十六年（五月、八月、九月）
万历四十七年（五月）
万历四十八年（四月）
〔隆庆六年七月癸丑〕，南京湖广道御史陈堂条奏处置广寇机宜四事：『一议抚剿。臣惟抚之不可为剿，犹剿之不可为抚。以抚为剿，自有寇乱以来，官以此啖贼，而贼即以此啖官。往者潮贼林道干、朱良宝等，岂不号曰「招安」！然各盘据山谷，聚众数千人据膏腴之田以自固，至今无可奈何！近日琼州贼首李茂又欲援以为例，有司未之许，遂攻陷文昌、乐会等县以为要挟之计。及倭寇内侵，掠财帛、子女而阻于无船以归，乃以败舟易彼数千金，因乘间追获之，借口有功于我，求赎前罪：此盖利其所有而幸获以啖我也。此而抚之，恐群盗生心效尤者众矣。昔裴度有言：「淮西腹心之疾，不得不除，且业已讨之。两河藩镇跋扈者，将视此为高下；不可中止。臣愚以为李茂，亦广东群盗所视以为高下者也。今宜敕兵部谕令督、抚诸臣，示以意向。如林道干等，使晓然知朝廷旷荡之恩，各生其生、毋怀疑贰；渐加约束，复解散其党还故籍，示以大信，使享生民之乐。至如李茂，则声其罪恶，俾诸将晓然知其罪在不赦，奋击以收成功。如此，则抚可为恩、剿可为威，群盗庶几格心。议者乃谓兵寡财匮，李茂亦不得不抚。窃谓不然。方唐讨准西，四年不克，亦欲罢兵；宪宗独曰：「吾用度一人，足破二贼」！卒成大功。今督臣殷正茂才望可倚重，皇上以任度者任正茂，则正茂必能以度之讨淮西者自任，贼不足平矣。一议赏罚。夫赏罚，所以震人心而立国威也，不必在重而在必行。功不必赏，则有功者觖望而疑；罪不必罚，则为恶者轻法而怙。往年柘林叛兵及贼首曾一本各操舟数十艘直薄会城，官兵莫敢谁何！有司悬令示赏格。间有里粮自奋，斩首数十百级；乃忍弗能予，又从而计其所获盗赃括入公帑，今日验功、明日领赏，逡巡数月，十不偿一。如此而欲人心奋勇争功，得乎？上下相沿，种种如是；遂使将士解体，不可收拾：此殷鉴也。至于将帅观望贼势、养寇殃民，未有显罚，且获美官；自偏裨而下，诚见主将之如是也，皆谓向敌则有不虞之忧、纵贼则有自全之乐，谁复肯用命者！即如李茂，众不过数百人；参将晏秋元拥数千之兵不敢动，尚以「持重」自文其逗遛不进之罪，犹谓国有法乎？今宜敕下兵部查年来被劾诸将，分别议处，仍严责成以歼贼自效；一或纵佚蔓延他郡，依律处治。仍谕督臣转行所司：凡有能自防御及乘机斩获者，务从信赏；一切所获，听令自有。或李茂党中有能擒茂来降者，亦与破格赏赉；余党各给牛、种，复其故业。如此则三军之耳目一新，海滨之人心益励，而盗贼可平矣。一议兵将。臣惟兵不识将、将不知兵，自昔论战者尝病之矣。广自用兵以来，一切土著之兵不练，而远募浙兵糜费以坐困地方。募者利其侵克冒破为自润之计，及于败没；战者亦利其册籍之无稽、不能上闻，而得以掩其覆军误国之罪：初非浙兵果足赖也。乃浙兵所过地方，罹其害反甚于贼。贼之害止乡郊，兵之害及城市；贼犹畏官兵，兵则恃官府而更无所畏。拒之则触法，激之则啸聚。议者亦尝咎浙兵之不宜用，乃曰「土兵不肯拒贼，故召募；又曰「广东之民好乱」；夫不咎己不能已乱而咎民之好乱，亦左矣。昔裴度之牙兵，非即淮、蔡之戍卒乎？特患不得其心，所以不得其力耳。至于将固难得，而择将之道亦未易尽。何者？缙绅各有治绩，随时可以考见。若将，非尝试之器，何由而得真材！识其面者见其赭颜美髯，则曰是将材也；闻其名者见其书札公移能为文辞，亦曰是将材也。是果何取于将哉！故莫难用者将、莫难知者将材也。臣愚以为广东原不乏兵，往浙被倭，尝调广兵以取胜；岂强于客而反弱于主！且广东各县则有打手、刀手、惠、潮则有壮快、海夫，琼州则有黎兵，皆强悍足任驱使。今地方残敝，民益无赖；增一土兵，是亦减一土贼也。若夫择将，亦各有长。议者以为今东南名将莫如戚继光，今移镇蓟、辽，西北非其所习，无以自见；谓宜暂借镇广东。仍行东南各省巡按专以急缺将材，着实访试，务得智勇兼人者，各举一、二人以闻，兵部咨送两广，随官调遣。而兵则留心土著，以调度客兵之粮饷给土兵，孰多？以召募客兵之岁月练土兵，孰便？此所当虚心酌议也。一议功罪。臣惟功者，人情之所夸喜；而罪，其所深避也。惟在深避，则贼将至，有司每壅蔽不以闻；惟所夸喜，则贼将灭，主将每诈冒不核实：此广东地方之祸，日寻于无已也。夫贼至于攻城掠邑、杀虏人民、驱逐长吏，其为祸岂朝夕之故遂至陷失哉！有司者早不能抚循、继不能失散，因仍苟且为传舍之计，故不至于大败极露，不得上闻；及以闻，犹冀委曲回护，苟免祸谪。上下相蒙，乡不得以闻于县，县不敢以闻于郡。至于道所闻于郡、邑，十不得六矣；抚、按所闻于道，又十不得四矣。其能达于庙廊之上者，仅一、二耳。萌孽不伐，将缺斧柯；爝火不灭，燎原若何！其势然也。及其事不可巳，然后仗天威、声天讨，犹恐异日功之不大而名不着也，先张大贼之名，以一为十、以百为千；擒获不能尽，余党遂逸，则妄杀平民以充级，露布报捷以邀赏。无何而余孽复作，日积月长，则又另称名目，为明年巡抚之事矣。此皆十年以前流祸之渐，以至于今不可收拾。譬之久病廱疽，不大忍痛洗割、涤其腐烂，则药石不可施而气血不畅。今宜敕部转行督、抚大臣，趁今大赦诏颁，严行各官毋更讳疾以自遗患。其盗贼踪迹未甚章者、昔尝隐忍未及闻者，即明白许其从善、复还故业，毋轻弃其民；守、巡官设法示信，使愚民不疑，不负朝廷德意。如再掩护，致日久败露，虽经去任亦重参处。其提督、抚臣仍督责将佐空巢捣穴，毋使漏网，致遗他日祸患；然后论功，叙次升赏。如此则庶几壅蔽不行、诈冒不作，而贼可平矣』。兵部覆请，上是之。
〔十一月戊申〕，兵科给事中李熙言：『今志士谋臣焦心疚怀为国家抱长远之虑者，孰不曰北虏、南夷。以臣度之，俺答贡而边戒常严，广寇张而荡平无期；北未若南之可忧也。南之可忧，又不独广东一省也。夫无事则偷惰玩惕，有急则仓卒支吾：吾人之情也。美货甘食则来，食尽货竭则徙：寇之情也。自嘉靖三十一年倭掠浙东，而吴、越诸郡咸罹荼毒；南都根本之地，岌然震惊。其人民庐舍畜产，焚劫无余矣；乃始蔓入福建。自嘉靖三十四年至四十二年八、九载间，福之人民庐舍畜产，残破尤惨；故又转而入广。今又十年余矣，计受害不异前之福、浙；其调敝耗乏，巳无复可垂涎。彼之所睨盼而窥伺者，非福则浙耳，无他往也。福自倭乱之后，区画调度，可谓纤悉。然法咸密于内地，而海上之备尚疏；意稍懈于暂宁，而潜萌之衅未睹——况当广寇旁窥，正所谓「震邻」之时也。于此而不急为之所，将待亡羊而后补牢乎？晚矣！故臣以为今日之计，宜专意海防』。因条吃紧六事：一曰慎把总之选、二曰专水寨之守、三曰精海兵之选、四曰复烟墩之旧、五曰坚久任之法、六曰重克减之禁。疏下，兵部覆如议行。
〔十二月癸丑朔〕，兵部覆福建擒斩倭、贼功次，赏巡抚殷从俭银二十两、纻丝二表里，佥事乔懋敬等各赏银十五两。按先后凡获贼大小船三只、生擒二十三人，获级十六颗、真倭首十四级、生倭七名，夺回被掳七人；而倭贼十四级中，其三人则又被掳渔人黄聪等六人所力斩也。
〔万历元年五月〕癸巳，令提督两广侍郎殷正茂督兵剿海贼。林道干闻山寇荡平，叛招出海，驾言奔投外国；又林凤、朱良宝等，济恶猖獗。正茂计大集水陆之众，期一鼓就擒。其或广海茫洋，不能穷追，一面扑灭凤、宝诸贼，剪其羽翼；一面捣共巢穴，移大将提兵一枝据其倚山跨海之险，以待其来。即使勾倭内犯，亦已有备无患。兵科都给事中张书遂请申饬正茂刻期征剿，务在必诛。兵部两覆之，仍乞敕福建镇、巡严兵协剿。
〔八月癸酉〕，诏行两广军门及闽、浙各巡抚协剿逋贼林道干等，不得推诿观望，贻害地方。
〔九月〕己丑，兵部覆福建海贼犯闾峡澳等处失事之罪，总兵俞大猷革任闲住、参议徐时可罚俸三月；协管等官俱住俸戴罪杀贼，事宁之日仍提问具奏。
〔万历二年二月丁巳〕，兵部覆兵科都给事中蔡汝贤等、巡按广东御吏张守约题：『海贼林凤复扰潮、惠，泊舟钱澳，挟求招抚；合咨两广提督殷正茂、福建巡抚刘尧诲严督官兵会剿，不许狃信地之说、袭招抚之套。其失事将官胡震等，姑令戴罪杀贼，事平定夺』。从之。
〔三月庚子〕，兵部覆提督两广右都御史殷正茂题：『潮贼朱良宝据险为巢，人效死斗；必须重悬赏格，令就近自募死士，方可必克。都指挥陈璘、吏目王道踊跃请先，忠义迈众；成功之日，将陈璘升参将，王道——虽系文职，改升守备。仍移咨两广、福建巡抚严督总兵、司道等官先攻诸良宝，以解倒悬之急；次取林凤，以收破竹之功』。诏可。
〔四月丙寅〕，兵部覆户科左给事中陈渠题「两广提督殷正茂、云南巡抚邹应龙、广西巡抚郭应聘各报剿贼，宜加详核及善后事宜」：『查殷正茂先次受赏，宝为惠州之功。今诸良宝已倾巢穴，但林凤尚在潮州；广西多盗之区，即再奏大捷，善后为难；云南之师出自便宜——先未请征，辄报荡平，未审虚的。合咨行殷正茂会同福建巡抚严督官兵将林凤克期剿灭，仍与邹应龙、郭应聘各画善后事宜，以图一劳永逸。其云南、广西功次，行巡按御史严加核实』。从之。
〔六月戊申〕，福建巡抚刘尧诲揭报广贼诸良宝，总兵张元勋督兵诛剿；其逋贼林凤鸣拥其党万人东走，福建总兵胡守仁追逐之，因招渔民刘以道谕东番合剿，远遯。
〔七月〕辛卯，住广东巡海参将胡震等俸，戴罪杀贼；下清澜所备倭千户丁其运巡按御史问：以林凤突出清澜港登岸抢掠也。
〔十月辛酉〕，福建海贼林凤自澎湖逃往东番魍港，总兵胡守仁、参将呼良朋追击之，传谕番人夹攻；贼船煨烬，凤等逃散。巡抚刘尧诲请赏赉有差；部覆，从之。
〔万历三年二月己亥〕，巡抚福建刘尧诲以海寇林道干警报闻。上用兵部言，命各该镇、抚官着实先事料理，务期有备无患；不得虚文塞责，致有疏虞。
〔十一月庚戌〕，兵部覆巡按御史孙錝查核本年五月海坛外洋擒倭功次，叙巡抚刘尧诲、总兵胡守仁、南日把总方策、游兵名色把总邵岳及文武将吏。奉旨：『刘尧诲升俸一级，仍与胡守仁各赏银三十两、纻丝二表里；方策、邵岳各升一级』。其余将吏各赏有差。
辛酉，海寇林凤复犯闽不利，更入广，而留船于魍港为窟宅。兵部议：在广，獞猺之役所宣暂停，而并力于凤；在闽，亦宜搜剿窟宅，以绝祸本。议行闽、广督抚镇巡等官严督所在水兵同心戮力，务使片帆不遗，方许收兵；无更言招抚，以蹈覆辙。奉旨：『是』。
〔十二月己卯〕，提督两广凌云翼奏称：『海贼林凤流突广、福，总兵胡守仁追至淡水洋，冲沈贼船二十余只，逃往西番』。
〔万历四年正月己未〕，福建巡按御史孙錝言：『广贼林凤，奉命夹剿。闽师出海已击其半，而潮州道参政金淛专主招抚，阻回闽师；恐他日终为二省患』。时淛已揭报该省按院主捕凤矣，闽有此言，上亦不罪淛；但申饬旧议，责令成功而已。巡抚都御史刘尧诲亦言：『贼凤回潮，全赖闽兵追击，犁沈大半，擒斩多功。淛不胜嫌忌，反称妄虏，计阻闽师；乞赐勘以昭激劝。至于吕宋虽非贡国，而能慕义来王；所献方物，应为代进』。下兵部，覆如闽抚议。上曰：『人臣若肯同心为国，嫌忌自无』。兵科给事中萧彦又言：『林凤为闽兵所击，区区余烬不即就歼而坚欲示弱，可虞一；或抚、或否，可虞二；置之腹心之地，可虞三；彼无意听招而我招之，可虞四；有云「凤死」、有云「凤生」，揭报支吾，踪迹诡秘，可虞五。总之，惠、潮重地，非淛轻率寡谋、拂众自用者所能胜任。乞量移别地』！吏部覆「淛宜留任」；上命供职如旧。
〔二月辛未〕，罢广东参将吴京，下总督讯；以纵贼林凤，为督臣所劾也。
〔三月癸丑〕，总督两广侍郎凌云翼以广贼林凤弃众投番，抚散余党二千报。下兵部议，谓凤既远遁，宜听便宜计取，或修备以待之；而贼党尽散、地方宁谧，于例并得论功。因论凤在吕宋，非闽中用间谕夷，岂有潜遁之日；及其党回潮，非广中相机谕抚，宁有底定之期！事在相左，实则相成；均宜查叙，为苦心任事者劝。许之。
〔丁巳〕，惠潮参将魏宗瀚、王如澄及碣石把总朱相俱论死。先是，贼曾一本犯潮州，瀚等拥官兵行二十日始至，贼从碣石卫莺州夜遁去；复犯雷州，与瀚等遇，伪以众降。瀚等堕计，焚戮舡兵殆尽。朱相自碣石来与贼冲战，沈其舡；再战，再胜之。瀚等不为应，李茂才、李节、林清先溃，瀚等望风而奔，相亦退走；贼遂横行海澳中。于是议造闽舡、募闽兵，仍以瀚统之。比贼方抵省，而闽兵已相机投贼，并各舡悉为贼有矣。会城之败，其祸盖尤烈云。
〔九月丙申〕，巡抚福建佥都御史刘尧诲奏报：把总王望高等以吕宋夷兵败贼林凤于海，焚舟斩级；凤溃围遁，复斩多级——并吕宋所赍贡文、方物以进。下所司。
辛亥，叙平广东海寇林凤功，升福建巡抚佥都御史刘尧诲为右副都御史，总兵胡守仁、参议乔懋敬、参政陶幼学等各赏赉有差。
礼部议赏吕宋番夷例以闻；报可。
〔十月丙寅〕（？），加授福建总兵胡守仁都督佥事；以督闽兵过广追剿海贼有功，故首叙之。
〔十二月乙亥〕，先是，逋寇林凤率党回潮，先犯潮州之海门港踏头埔，继犯惠之碣石东海■〈氵窖〉。时闽帅胡守仁统师追剿，而广兵之在海丰诸处者亦有擒捕；贼见两省舟师盛集，潮州道参政金淛又推诚谕抚，遂分■〈舟宗〉散泊，束身待招。凤知众心已散、己罪不赦，掣舡夜遯；抚散过马志善、李成等一千七百十二名，收回被虏男妇六百八十八名口，舡只、器械、火药称是：御史詹贞吉勘报以闻。兵部覆：『一剿一抚，其功则一；闽功近巳升赏，广功委不宜迟。其言修我武备以听凤酋、尽我抚绥以化余党，尤为善后确论。侍郎凌云翼除盗安民，厥功懋矣；金淛抚散多贼，心力亦殚：虽经升任，仍应与总副道府等官张元勋、赵可怀、晏继芳、何子明、刘经纬、夏道南、侯继高、孙光祖、徐汝阳、萧遍、李畿嗣、杨寅秋等同论。其失事偏将蒋柏清，当重罚示惩』。上赐云翼银三十两、纻丝二表里，淛等以下各二十两，子明等以下各十五两，遍等以下各十两；蒋柏清夺俸半年。
〔万历六年二月壬辰〕，巡按福建御史商为正奏称：『本省滨海，密迩岛夷。顷倭寇窃发，尚募他省之人以充战守；况各军生长于斯，熟知地理、惯事舟楫，选之以当水寨之役，较召募实为便益』。部覆如议。
〔九月己未〕，兵科都给事中光懋题：『海贼林道干驾船泊潮阳河渡门港，令贼徒具状告报——及被虏逃回之人称虏去于万历六年打暹罗国乌椎船不胜，贼众杀死甚多，被番赶逐，乏银乏人，议复回河渡门旧巢取原埋银物，议要打劫海门各所；候东风一转，即欲驾回外夷。夫此贼之计亦狡矣，假投降以缓我师，得以从容旧巢；欲招安而不肆劫掠，得以潜迹观衅。诚恐当事诸臣急于靖乱，甘受投降之计；而堕彼术中，贻祸匪细。乞敕兵部马上星驰转行总督等官殚纾筹算，克期会兵；务出万全之计，以收一鼓之功。待渠魁授首，然后徐从议抚，散其余党以靖地方』。部覆如议。
壬戌，定海洋擒斩倭功。不拘外洋、登岸，贼至五百名之外、船至十只以上为一等；所获真倭、从贼一名颗升署职一级，二名颗升实职一级，获汉人胁从贼三名颗升署职一级。贼至三百名之外、船至五只以上为二等；所获真倭、从贼及汉人胁从贼，各以名颗多寡，上下其赏。或败后散遯、零星擒斩者，各赏有差：着为定例遵行。
〔十一月〕辛亥，兵部题：『国初，于闽、广、两浙设三市舶，不徒督理贡事，亦以牵制市权；意固深远。寻以浙江多故，旋设旋罢；惟闽、广二舶尚存。而广南番船直达省下，禁令易行。福建市舶专隶福州，惟琉球入贡一关白之；而航海商贩尽由漳、泉，止于道、府告给引文为据。此皆沿海居民富者出资、贫者出力，懋迁居利；积久弊滋，绿为奸盗者已非一日。今总督凌云翼议将下番船舶一一由海道挂号，验其丈尺，审其货物。当出海、回籍之候，俱欲照数盘验，不许夹带违禁货物。巡抚福建刘忠问一谓漳州澳船须令赴官告给船由丈引，并将货物登记。二谓泉、漳商船无可辨查，要行该有司将大小船只编列字号，每船十只立一甲长，给文为验。三谓沿海居民间有通贼接济，宜立保甲，互相稽察。如一家接济，则九家报官；敢有容隐，则九家连坐，其甲保长另行重处。四谓南日山寨新移吉了巡司之旁，道里不均，应接不及；须移置平海卫南哨澳地方，以便策应。臣窃谓近日剧贼林道干、林凤等逋逃岛外，尚漏天诛；更有黠猾豪富托名服贾，勾通引诱，假造引文、收买禁物，藉寇兵而赍盗粮、为乡导而听贼用，诚有如督、抚二臣所言者。伏乞敕下闽、广该地方官查照前议，斟酌施行』。得旨：『海禁事宜，着该省抚、按官会议停当具奏』。
〔万历七年九月丙寅〕，总督两广侍郎刘尧诲会同巡按御史龚懋贤条陈：一、禁遏通番，以徒私交之党；一、查编海船，以诘接济之奸；一、稽查保甲，以清接济之源；一、察验商船，以防混迹之患四事。巡抚福建都御史耿定向会同巡按御史敖鲲谷条议：一、清查船只，稽察货物；一、编刻船号，照对文引；一、稽核保甲，禁缉接济；一、商船分番出海，量留防守；一、漳、潮互相关会，稽察船只五事。部覆均为闽、广沿海要务，从之。
〔万历八年闰四月壬子〕，海贼林道干者，窃据海岛中出没为患，将士不能穷追；而大泥、暹罗，为之窟穴。既而逼胁大泥、侵暴暹罗，有通事言彼国愿往擒自效；总督两广刘尧诲议重立赏格，期于必获。部覆为请，上从之。
〔五月己卯〕，闽、浙、广三省，多倭奴出没海上；虽时有斩获，而浙之南麂诸洋与广之抱虎诸处尚有屯泊者。因饬两广总督刘尧诲、浙江福建巡抚吴善言、耿定向各严督将领防剿之。
〔八月壬戌〕，柬埔寨酋郑青捕逆贼杨四并金书牙蜡来献——四，逋贼林道干党也。先是，福建巡抚耿定向谍知干奔暹罗，谕寨酋计擒之。酋见谕，因执四并归原兵陈廷寀等乞通贡于内。部臣谓「俟获道干后再议」，上是之。
〔万历十年七月乙亥〕，先是三月二十一日，倭寇温州，副将陈涧、参将沈思学率兵击走之；夺其二船，生擒倭贼四十七名，斩首五颗，焚溺死者不可胜计。至是，巡抚张佳胤以闻；且议有功文武各官及阵亡军丁纪录恤赏。部覆，从之。
〔八月戊申〕，兵部覆福建巡抚劳堪题：『倭寇一自北洋、一自广海突入，意在窥犯兴化、漳南地方；又有伙船出没东涌、彭湖，欲图联势劫掠，实系内地奸徒勾引。各官兵奋勇扑灭，两战皆胜；共擒斩倭贼三十余人，争回被虏男妇六十余人。乞将效劳被伤官军分别赏恤及将倭贼枭示』。从之。
〔十一月丁已〕，先是，广东数苦倭，而蛋贼梁本豪后聚众挟倭焚剽郡邑，流毒已久。总督尚书陈瑞击破之，斩本豪；后先擒斩倭贼一千六百有奇，犁沈倭船、蛋艇二百余只，歼余孽殆尽——而建州逆杲遗子阿台勾连北虏抢掠孤山，阴图大逞；总督吴兑檄镇、巡提兵袭击，俘斩一千八百余人并歼名王十六，获达马几五百。露布先后至，上喜，命同日宣捷。
〔万历十二年正月己丑〕，福建巡按御史龚一清查核过南澳、铜山功：官兵冲沈倭舡四只，生擒倭贼二十八名、斩首十二级，夺被虏者六十余名；文武官于嵩等优叙、奖赏有差。
〔万历十三年三月丁丑〕，录福建十二年春汛斩获功，赉海坛山名色把总黄道、分守参政顾褒、南日山水寨把总白斯清等银两有差。是役也，获生倭深酉梦等十有九人。
〔万历十四年二月乙酉〕，录广东南头、碣石二寨擒斩海洋倭贼功，赏总督吴文华等银、币有差。
〔万历十七年二月丁未〕，先是，有倭船三突至浙江外洋，官兵亟击之，沈其船，斩首四十八级，生擒者六。巡抚滕伯轮以闻，行巡按勘报；伯轮已故，赠兵部左侍郎，将士赏赉有差。
〔四月戊寅〕，广东琼州贼李茂、陈德乐等与林凤各据海岛肆行劫掠，林凤不知所往，茂等阳就招抚，尚拥众据住海南铺前，其党屡盗珠池；有司计散之，留者买田归农。茂自投督府，宥罪；久之，为盗如故。所司收其船、器，拆毁庐舍，移居府城，终弗悛也；因捕治之。参将陈居仁、杨友桂各利其资，纵去；贼党扬帆入海，袭破清澜城，又犯万州、陵水，毁民居及兵船、商舶。总督刘继文先后以闻，兵科都给事中张希皋□友桂可罪者四、贼势可虑者四；俱下兵部。
丙申，福建巡抚周寀言：『漳州沿海居民往贩各番，大者勾引倭夷窥伺沿海，小者导引各番劫掠商船。今列为二款：一、定限船之法。查海禁原议给引五十张为率，每国限船二、三只。今照原禁，势所不能；宜为定限。如东洋吕宋一国水路稍近，今酌量以十六只；其余大率准此。以后商贩告票造船应往某国者，海防官查明数外，不准打造。一、薄税银之征。商饷规则，每货值一两者税银二分，又西洋船阔一尺税银六两、东洋船阔一尺税银四两二钱；既税其货，又税其船，无乃苛乎！除船税照旧，其货物以见在时价裒益剂量』。兵部覆：东、西二洋各限船四十四只。
〔万历十九年闰三月丁卯〕，福建所属建安、瓯宁、政和、浦城诸铁炉，旧已禁开。其宝丰、遂应二银坑邻近有支提寺，奸宄易藏；僧大迁等称奉赐藏经，将铜物、旗仗等件贮住。又海上有番僧欲效香山故事，乞内地建寺。抚臣赵参鲁请将支提寺僧移入省城寺中，并申矿禁。其海上勾番者分别首从，照私通日本禁例重治；贩广商船，许至高州。部覆，从之。
〔七月〕癸未，大学士许国等题：『昨得浙江、福建抚臣共报，日本倭奴招诱琉球入犯。盖缘顷年达虏猖獗于北、番戎蠢动于西、缅夷侵扰于南，未经大创；以致岛寇生心，乘间窃发。中外小臣争务攻击，始焉以卑凌尊，继焉以外制内；大臣纷纷求去，谁敢为国家任事者。伏乞大奋干刚，申谕诸臣各修职业，毋恣胸臆』。上谕六部、都察院曰：『祖宗设官分职，使之上下相统、内外相维，体式俱存，纪纲攸系；是以官守、言责各有司存，岂容紊乱！近年以来，人各有心，众思为政；或以卑凌尊、或以新间旧，或以僚属而■〈哭，言代犬〉官长、或以外吏而排阁臣：以致国是纷纷，朝纲陵替。大臣解体，争欲乞身；国无其人，谁与共理！内治不举，外患渐生；四夷交侵，职此之故。但有干名犯分、抵冒诬蔑肆无忌惮者，宪典昭然，定不轻贷。仍行与南直隶、浙江、福建、滇、广镇守督抚等衙门预讲调度兵食之计，申严备御海汛之方。钦哉！故谕』。
〔八月甲午〕，福建巡抚赵参鲁奏称：『琉球贡使预报倭警，法当御之于水，勿使登岸；奸徒勾引，法当防之于内，勿使乘间。岁解济边银两，乞为存留；推补水寨将领，宜为慎选。至于增战舰、募水军、齐式廓、添陆营，皆为制胜之机，足为先事之备』。部覆，从之。
〔乙已〕，福建沿海船只水陆主客官兵，向以承平减设。至于倭报洊至，抚臣赵参鲁请于五寨共添福、乌船四十只，海坛游增福船一只、鸟船四只，浯铜游增福船二只、乌船四只：共享船价银五千九百余两；应增器械、火药，约用三千余两。北、中二路共增浙兵三营共一千九百名有零，岁增饷二万四千七百余两。其银宜留解边钱粮支用』。部覆，从之。
〔九月癸亥朔〕，给事中胡汝宁题称：『倭夷与浙直、闽广相对，乘风扬帆，数日即至。宜选求名将、多增战船、广募水兵及梭枪、榔筅、火器等项制造演习』。部覆，从之。
〔十一月丙寅〕，朝鲜国国王李昖具报：『本年五月内，有倭人僧俗相杂称：关白平秀吉并吞六十余州，琉球、南蛮皆服。明年三月间，要来侵犯；必许和方解』。有旨：『着兵部申饬沿海堤防。该国侦报，具见忠顺；加赏以示激劝』。
〔万历二十一年六月庚子〕，以蓟辽、保定、山东等处防海御倭副总兵署部督佥事陈璘协守潮、漳等处。
〔七月乙亥〕，巡按福建陈子贞题：『闽省土窄人稠，五谷稀少。故边海之民，皆以船为家、以海为田，以贩番为命。向来未通番而地方多事，迩来既通番而内外乂：明效彰彰耳目。一旦禁之，则利源阻塞，生计萧条；情困计穷，势必啸聚。况压冬者不得回，日切故乡之想；佣贩者不得去，徒兴望洋之悲！万一乘风揭竿，扬帆海外，无从追捕；死党一成，勾连入寇，孔子所谓「谋动干戈，不在颛臾」也。今据布按二司、右布政使管大勋等及总兵官朱先等勘议前来，相应于东、西二洋照旧通市，而日本仍禁如初，严其限引、验其货物；一有夹带哨黄等项，必加显戮。彼商民固有父母、妻子、坟墓之思者，方以生理为快；又何敢接济勾引，自蹈不赦哉！且洋船往来、习闻动静，可为吾侦探之助；舳舻柁梢、风涛惯熟，可供吾调遣之役。额饷二万，计岁取盈，又可充吾军实之需：是其利不独在民，而且在官也』。下所司议。
〔万历二十二年五月癸未〕，先是，尚书石星遣指挥史世用等往日本侦探倭情，世用与同安海商许豫偕往。逾年，豫始归报福建巡抚许孚远；豫之伙商张一学、张一治亦随续报，互有异同。孚远备述以闻，因请敕谕日本诸酋长擒斩秀吉，朝廷不封凶逆而封能除凶逆者。又云「莫妙于用间、莫急于备御、莫重于征剿」。疏下兵部。
〔十月丁未〕，福建巡抚许孚远奏：吕宋酋长之子讼我奸民之隶其部而袭杀其父、夺其宝逃者。兵部复议：『将获犯正法，厚遣酋使，以坚内向之心，且藉侦日本夷情』。诏可。
〔万历二十三年四月〕丁卯，福建巡抚许孚远奏：『福州海坛山开垦成熟田地八万三千八百有奇，量则起税，民已输服。兹山密迩镇东，为闽省藩篱；既成屯聚，必资城守。其造城、建营、建署等费逐一确估，不过六千七百两有奇；即以本山税银三年充之，可不劳而办。城郭、营房既完，海坛游兵便可常聚，则屹然一雄镇。又有南日山，仅比海坛三分之一；俟查明另议。至彭湖遥峙海中，为诸夷必经之地；若于此处筑城置营、且耕且守，断诸夷之往来，据海洋之要害，尤为胜算。但此地去内地稍远，未易轻议』。因言「浙中沿海诸山若陈钱、金塘、玉环、南麂等处，俱可经理」。疏入，户部覆请听其便宜施行；且请移文浙江抚、按查陈钱等处照海坛设法开垦。诏曰：『可』。
〔六月丁卯〕，初，福建所遣侦探日本刘可贤受关白财物，又私带夷僧入境。按臣周维翰以可贤既邀重货，必有轻纳；日本既捐大利，必有厚望。恐因而启衅，因请申饬沿海一带练兵厉械以防未然。兵都覆奏，诏今后沿海地方只宜修整防御，毋得擅遣侦探以生事端。
〔万历二十五年七月〕乙巳，福建巡按金学曾条上防海四事。一、守要害；谓『倭自浙犯闽，必自陈钱，南麂分■〈舟宗〉。台、礵二山乃门户重地，已令北路参将统舟师守之。惟彭湖去泉州程仅一日，绵亘延袤，恐为倭据；议以南路游击汛期往守』。一、议节制；谓『福建总兵原驻镇东，但倭奴之来皆乘东北风，福宁、福州乃其先犯，镇东反居下游；欲将总兵于有警时移札定海，以便水陆堵截』。一、设应援；『造大小战舡四十只、募兵三千名，遇急分投应援』。一、明赏罚。部覆，允行。
〔十一月〕庚戌，福建漳、泉滨海，人藉贩洋为生。前抚涂泽民议开番舡，许其告给文引于东、西诸番贸易，惟日本不许私赴。其商贩规则，勘报保结，则由里邻；置引印簿，则由道、府；督察私通，则责之海防；抽税盘验，则属之委官。至是，法久渐敝；抚、按金学曾等条议：一、定舡式。一、禁私越。一、议委官：岁委府佐一员驻札海澄专管榷税，海防同知不必兼摄。一、议自变量：东西洋引及鸡笼、淡水、占城、高址州等处共引一百十七张，请再增二十张发该道收贮；引内国道东西听各商填注，毋容猾骨高下其手。一、禁需求。部覆，允行。
〔万历二十六年十一月癸巳〕，福建巡抚金学曾奏报：『关酋平秀吉死，内难将作；且与小西、行长平素不睦，必自相图。倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机进剿以彰天讨，毋为清正狡谋所疑』。章下兵部。
〔万历二十七年二月戊辰〕，设市舶于福建，遣内监高寀带管矿务。
〔万历二十八年六月戊戌，兵部〕（又）题：『浙江巡抚刘元霖报称哨获乌尾异船一只官役华夷一千人，审得千总毛国科蒙游击茅国器差往倭营用间，今有执政家康令倭酋觅船送归及先年被虏人口，并将贼首季州等十一人绑送与科带回正罪。合行福建巡抚查审归结；其被虏民兵，各取原籍亲邻里甲保结收管』。从之。
〔九月庚戌〕，兵部覆经抚朝鲜邢玠、万世德「倭奴解送华人疏」言：『用间之法，兵家不废；下海之禁，令甲甚严。毛国科自称宣谕，初无文凭；既解至闽，应听审明真伪，酌议功罪。仍如经臣言，备讯海水情形，明白具奏。奸商高光国等航海牟利，宜从重究，以惩生事』。从之。
〔十二月甲戌〕，兵部题：『会审闽抚所解毛国科吐称：初入倭营，奉经理之檄文；今归本土，斋倭将之书器。或者进兵时经理抚臣奉扬天讨，先礼后兵，振军声以褫倭魄不可知。然所持檄文止一抄白，既无印信可凭，又无年月足据；其言曷敢轻信。惟是倭书之中诱以和平、要以通商，为谋甚狡；除书器进纳外，国科宜仍送经、抚两臣备查真伪，具奏定夺。其沿海省直，移文督、抚严禁奸商阑出，以防窥伺勾引。并咨朝鲜国王堤备釜山一带，母令狡奴复觇，隳天朝恢复之功、贻彼国沦覆之患』。允之。
〔万历二十九年七月庚戌〕，以勘明闽海擒倭功次，命巡抚金学曾及时起用、张鼎思等赏银有差。
〔十一月己酉〕，命兵科给事中洪瞻祖、行人王士桢册封琉球国王。先是，琉球国王尚永薨，世子尚宁奏请袭爵；乃援据「会典」，请以文臣册封，上既许之矣。浙江巡抚刘元霖报获夷船，称系琉球差探封贡声信者，其中杂真倭数人，衣笠、刀仗皆系倭物；会同馆译问长史蔡奎，奎不能辨也。礼部言：『海上声息，未知有无。册使之遣，关国体甚重；行止迟速，一惟圣裁』！上以既遣二臣、又以盘获夷船声息未定，待该国质审回奏、海上宁息，方命渡海行礼。
十二月甲子朔，朝鲜国王李昖奏：对马岛倭求款。先是，朝鲜人俞进得等自日本脱归，言倭酋平秀吉将死，令其将家康领东北三十三州、辉元领西南三十三州，协辅其幼子秀赖。倭将景胜据关东以叛，家康悉兵往击景胜；辉元与行长等诸将入大坂城，合力拒家康。家康攻破辉元，尽诛行长等诸将。倭国内乱，对马岛主平义智及其将平调信悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且阳言家康将运粮十八万石为军兴费以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，对马岛地并山冈不产五谷，资食米于朝鲜；兵兴后绝开市，百计胁款。秀吉死，我师尽撤；朝鲜畏倭滋甚，其与倭通款久矣；又惧以通倭开罪为我也，使陪臣来请命。兵部言：『倭与朝鲜款事，未可悬断。总督万世德熟知倭情、职在经略，宜令酌议以闻』。从之。
〔万历三十年三月癸酉〕，倭奴之两遣橘智正胁款于朝鲜也，总督万世德有「不过对马一岛寻盟请成，非关日本复仇雪耻」之议。兵科给事中孙善继驳之，言『此实畴昔之故智，固不可以区区一岛之倭而易视者。设中国以此缓朝鲜，朝鲜复以此自缓，恐互相推诿、坐失事机，其究必至于两误。宜责成该国自谋自强，勿得借口请裁，往返渎奏！至今沿海地方——天津以至闽、广绵亘万有余里，彼何处不可犯，我何一之可恃？所应先事戒备以外警门庭、内护堂奥』。兵部复议：『在朝鲜，惟当计讲款之可、不可，而不当计中国之许、不许；在中国，惟当问防海之备、不备，而不当问朝鲜之款、不款。请移文沿海各省直抚、镇、司、道等官时时训练兵船、修缮险隘、整顿器械、兴复屯饷及邻近防汛地，无事则会哨分防、有事则合■〈舟宗〉协剿，仍仿各边甄别之法，每遇两汛完日听抚、按分别举刺，以凭黜陟；及行经略衙门转行朝鲜国王鼓舞将吏誓守封疆，毋得自诿积衰，徒长戎心』。诏嘉纳之。
〔四月癸卯〕，倭国王清正将被虏人王寅兴等八十七名，授以船只、资以米豆并倭书二封与通事王天佑送还中国。天佑，原莆田人；少而被虏，久住倭国，取妻生子女二人，原无归国之意。来书复类华字迹，果否出自清正，皆不可晓。福建巡抚以其事闻，下兵部——复议：『闽海首当日本之冲，而奸宄时构内讧之衅；自朝鲜发难挫衄而归，图逞之志未尝一日忘。今迹近恭顺，而其情实难凭信；与其过而信之，宁过而防之。除通事王天佑行该省抚按径自处分、王寅兴等听发原籍安插及将倭书送内阁兵科备照外，请移文福建巡抚衙门亟整搠舟师，保固内地；仍严督将士侦探，不容疏懈』。上然之。
〔六月戊申〕，倭送回被虏卢朝宗等五十二名并缚南贼王仁等四名，福建抚、按以闻。下兵部——复议：『岛夷送回被虏至再，今且解南贼四名，迹似恭顺矣。但夷性最狡，往往以与为取；则今日之通款，安知非曩日之狡谋！委当加意堤备，以防叵测。除卢朝宗等发回原籍安插外，请将王仁等即行处决，仍申饬将吏训练兵船，严防内地；密差的当员役，远为侦探。诸凡海防、兵食等项，悉心计处，期保万全，毋致误事』。报可。
〔七月〕丙戌，左都御史温纯言：『年来部臣、言官以及抚、按力陈榷采之患。……鲁登科、余元俊有「悬空张网进五十万」之奏，阎应隆、张嶷有「航海贸易进金十万、银三十万」之奏。此其言真如戏剧博笑，以皇上之天聪天明，亦信以为庶几可望。……至于阎应隆、张嶷之奏，尤为悖谬不道。臣等闻海澄市舶抽税，高寀巳每岁得银三万，决不遗余力而让利。窃料机易山虽在海外，决无金银成斛遍地，任人淘取之理！又料税珰恶弁参随诸奸之威能行于中国，决不能行于外夷。安所得金十万、银三十万以报皇上，其意不过假借明旨大弛通番之厉禁。硝磺、生铁、军器、船只犯禁愈重、取利愈饶者，满载扬帆，任其所往；从此漏泄军机、勾引诸国，其患宁止吓诈公私、骚扰海澄一邑巳哉！昔年倭变，正缘奸民下海私通、大姓设计勒价，以致倭奴怨偾，称兵焚劫；今以皇上之命行之，祸当更速。及至兵连祸结，彼张嶷诸奸不过曾一本、林道干、徐明山、汪直之续耳；负岛列寨，称王犯顺，近可以规重利，后不失为尉佗：于诸亡命之计得矣，如国势何！伏望皇上留神深思，将……阎应隆、张嶷敕锦衣卫拏送臣等法司正罪，宗社幸甚』！不报。是时武弁及市井奸人莫不纷纷言利，……阎应隆奏：「福建海澄县机易山上产金银，备船往淘，每岁可献金十万两、银三十万两」……。科臣姚文蔚等、道臣金忠士、史学迁、汤兆京、温如璋、朱吾弼等各随事交章极言其酿祸害民；疏虽留中，然上未赏不容其切直也。
〔九月〕壬午，应天苏松地方南汇获夷男妇尼失由弗多等五十七名、浙江获夷妇乌多十郎、乌石、卖多三口，同时以闻。兵部覆：『海外情形，茫乎莫测。苟涉疑似，不厌致详；盖多命所关外夷观望，诚当慎重也。南汇所获各夷，译审三变其说；虽情伪不可尽知，而貌服、动履实类琉球。且身无寸刃，骈首就擒。浙省所获夷妇、夷船同在一时，供吐相类。应俱填给勘合，应付口粮、脚力，差官押送福建巡抚衙门责令惯熟琉球音语通事详加译审：果系该国人民、别无他故，遇有便船，转令顺带回国交割。如其中有隐情或系奸细，应否作何区处？不妨详译，据实奏请定夺』。报可。
〔万历三十一年十一月〕甲子，福建矿税务太监高寀以奉旨差官过海勘明机易不出金银，因参奸民张嶷与百户阎应隆妄奏。诏以张嶷虚诳，着内官高寀会同抚、按等官差官拏解来京，与同百户阎应隆一并究问。
〔万历三十二年五月壬申〕，兵部覆福建总兵朱文达等擒斩倭贼功次：沈夺倭船二十五只，擒斩一百三十二名颗，夺回男妇一百七十五名口、器仗一千二百九十三件。诏实授朱文达都督佥事，佥事王左晋、徐应奎等各升职一级，副总兵官施德政、同知陶□圣等各赏银有差。
〔十一月丁亥〕，兵部覆福建巡抚徐学聚等奏：『红番闯入内洋，宜设法驱回，以清海徼；勾引奸民潘秀、张嶷等，均应究处』。上曰：『红毛番无因忽来，狡伪叵测；着严行拒回。吕宋，也着严加晓谕：毋听奸徒煽惑，扰害商民！潘秀等，依律究处』。
〔甲辰〕，兵部题：『朝鲜国王将该国外洋二次所获被掳人民及同船倭蛮男妇五十五名口解送中国，听候处分。审得久石门等既称贸易被获，釜幕游魂，不足以膏斧锧。合无查照旧例，分解蓟镇、宣大、山西各军门分发各将领收置效用。温进等既称华人，有言贩卖下海遭劫、有言钓鱼被掳；合解闽抚详查明确，安插复业』。报可。
〔十二月〕戊午，刑部等衙门右侍郎董裕等题：『福建奸民张嶷阴怀窃叛之谋，阳献采榷之策；党结弁珰，衅挑蛮丑。阎应隆同肆欺罔，致吕宋酋长怀疑蓄憾，屠戮商民二万余。是嶷以一己之狡图，基八闽之显祸；万鬼之冤未雪，千里之首宜传』。上曰：『张嶷等无端欺诳朝廷、生衅海外，以致二万商民尽遭屠戮；损威遗祸，死有余辜。即行枭首，传示该省。其吕宋番酋擅杀官民，还行与抚、按官议处，奏请定夺』。
〔万历三十三年六月戊申〕，论广东锦囊、南澳、钦州等处擒斩倭奴功次，升总督尚书戴耀、总兵官都督佥事孟宗文各俸一级，赏银、币有差；按察使盛万年、参政朱东光、参将郭酉科、黄锺、庄渭扬、知府叶修、同知涂巍、原任参将刘宗汉、原任守备武应隆及经历、指挥、百户等官汪九州岛等各分别升赏。倭贼慢小等九名，行督臣处决枭示。
〔七月〕戊寅，命册封琉球兵科给事中夏子阳、行人王士桢作速渡海竣事，以彰大信；仍传谕彼国：以后领封海上，着为定规。先是，万历二十三年，琉球使臣于灞等为其世子尚宁请封，抚臣许孚远以倭氛未息，议遣使臣一员赍敕至福建省城，听其差官面领；或遣惯海武臣，同彼国使臣前去。部覆，奉旨：『待世子表请，礼部具题遣官于福建省城颁封』。至二十八年，尚宁具表请封，其使臣长史郑道等奏乞照旧遣官。得旨：『着选差廉勇武臣一员，同请封使臣前往行礼』。二十九年，尚宁遣使入贡，复请乞差文臣。部覆，奉旨：『遣给事中洪瞻祖、行人王士桢；待海寇宁息，渡海行礼』。继而瞻祖以忧去，乃政命子阳——同士桢于三十一年三月赍册入闽矣。今年三月，按臣方元彦以滨海多事、警报频仍，偕抚臣徐学聚请仍遣武臣暂驾成舟而往；子阳、士桢亦以属国信不可爽、使臣义当有终，乞坚成命以慰远夷：俱不报。而礼部侍郎李廷机言：『宜断行领封初旨，并武臣之遣而罢之』。于是御史钱桓、给事中萧近高各具疏，力言其不可；且云：『此议当在钦命未定之先，不当在册使既遣之后。宜行抚、按作速成造海艘，勿误今年渡海之期。俟竣事复命，然后定为画一之规；先之以文告，令其领封海上，永为遵守』。上从之。
〔九月〕丙子，录闽省防汛官兵擒斩倭贼功次，故巡抚朱运昌，行礼部追恤；总兵官朱文达、副总兵施德政、原任右布政加太常寺卿致仕徐应奎、丁忧右参政俞士章、听调副使朱汝器、同知杨一桂、原任知府升副使程达各赏银十两，达仍行吏部纪录；把总沈有容、龚守忠各赏银六两，仍附簿纪录。
〔十月丙寅〕，南京吏科给事中陈嘉训疏论拾遗候代浙江巡抚尹应元及福建巡抚徐学聚各贪婪暴横状，『请亟点浙江抚臣，早与交代。其徐学聚于吴建一事，官兵杀人数千，匿不以报；红毛番之役，彼以一船来市、远泊彭湖，一矢未加，何功可叙！乞下部院勘议施行』。不报。
〔万历三十四年五月辛未〕，册封琉球使臣兵科右给事中夏子阳等疏请戒严海防。报闻。
〔万历三十五年四月庚戌〕，兵部复议朝鲜与倭通好事——覆朝鲜国王李昖之疏也。倭自庚子而后，物力渐绌。平秀吉死，源家康擅政，内胁秀赖、外结高丽——数遣使往来对马、金山间。六、七年间，赍书相望，所刷还人口不绝；朝鲜犹未与市。往岁冬，家康复遣使朝鲜，自言己代秀吉为王，尽反秀吉所为；缚送癸巳时所发王京丘墓贼，朝鲜亦茫然无辨之者。而鲜僧松云自倭中归，传家康语云：「曩自平秀吉要挟朝鲜，犹以割地、求婚、质子为词；我则不然，愿两国通好而已。往者壬辰遘衅之时，吾在关东，不与兵事；师入王京，关东将卒无一人渡海者——而相视若雠，岂不谬哉」？又刷还人口自肥前归，多称倭距关都三百里内筑城，诸岛均役，唯对马一岛以寻和独蠲；言和事不成，则分六十六州趣半筑城、趣半战朝鲜——朝鲜亦微恫之也。然家康实自以老故萨摩州，而对马主义智调信景直等犹为平氏，故独以和事责；义智心急朝鲜，恐一日失朝鲜欢——而朝鲜实懦无雠报意。至是，王昖以倭情条上。兵部复议，亦谓「相机以御、及时自固，审利害、察情实，在该国自计，难为遥度」而已——而釜山、对马亦因是私款不绝。后三年，始画开市之事。
〔十一月己酉〕，户科给事中江灏劾福建税监高寀，不报。自税课之归有司也，税监坐而解额，诸爪牙无催督之权；然犹以新恩，不敢与有司为难。至是，高寀首发之；以课未归一，恐误上方为言。先是丙午七月，范涞为左布政，以春夏税额汇解寀处；寀受之，无以难也——诸爪牙以督催无权，实自涞始。会涞入觐告归，而闽抚之推未下；寀恐涞复出，遂疏诋涞及旧抚徐学聚——学聚时方候代，以却红番事失寀心；而寀数以二洋贸易探上意，冀朝夕得他抚，可相左右也——遂请自按月征解，又请上速点闽抚及谈诸外国方物事。上心知其奸，命有司类征如故，方物折价而已；然犹虑彼此推诿，欲一体严治也。江灏乃言：『「汇解」之旨，自范涞时已行之半年；今复一年，而屡解屡拒。夫如期而不解，则该司之罪也；如期而解——解而不纳，则该监之罪也。以类总责之有司、以解进责之税监，法守既明，则何推诿之有乎』！吏科左给事中刘道隆又上疏曰：『百官贤否进退系朝政，自卿、抚以至藩、臬皆内外重臣，采自公论、断自宸衷，虽人主不得而私喜怒焉。我朝中官干预朝政，自有常刑。皇上临驭三十余年，未尝毫发假于此辈。近以税使差出与地方有司钱粮相关，遂使二、三狂逞者妄有参评；然亦未有借名征收而欲遥执朝柄——弄威福如高寀今日者也。徐学聚虽去国之臣，而一日尚在地方，非高寀所得诋辱！范涞近推闽抚，廷论及之，姓名尚在御前；高寀何人，而肆弄机权，预挠圣意！……今福建地方乃东南门户，非痛痒不关之处；按臣久缺而无代、抚臣久推而不点，奸人抵谳肆志其间。伏惟圣明留意，速下抚、按二臣，用塞谗间之门、重保障之计，以肃纲纪，贻后世利赖无穷』。疏上，亦不报。
壬子，朝鲜国王李昖以倭奴求和来告，犹前源家康所寻盟之词也。家康自发还人户、缚致诸贼来，无日不寻盟于鲜。至是，已潴平秀吉之宫、迁其子秀赖于海上，意欲请命中国。兵部覆言：『倭奴狡诈异常，海外势难遥度。为昔日者覆楚之怨，大义当申；为今日者城下之盟，目前难恃。千里提封，天朝巳挈而还之该国；则固守图存，今又在该国事矣』——大率以侦察堤防，责成该国如前疏指。从之。
戊午，福建巡抚徐学聚以税监高寀征解不纳、又上章诋己，乃疏胪寀诸不法事，言『寀自数年以来，利尽山海，罪孽深重。诸细琐不俱论，姑举其著者。闽中监政引目，旧止「附海」一例；续请「依山」佐之，引悉贮司。自寀入闽，奸民林世卿导之私造南京户部盐引，俱称「依山」；每封四百引，勒银四百余金。凡引百封，伪者过十之七；商人破家，吞声切齿——自经死者，不独朱家相、洪士雅等数辈而已。又以海禁不通，则方物不至；每值东西洋船，私寄数金，归索十倍。稍不如意，则诬为漏税；一物相溷，动费千金——拷掠之毒，怨尽骨髓。又私遣人丁四出越贩，动经年岁，搜求珍异；假国用以入私橐，亵皇灵以渔外服：尤王法之所不容也。所最可异者，三十二年以抚、按并缺，令奸商潘秀等往贩和兰，勾引红夷，诈韦麻郎银钱三万，许以彭湖通市——臣等奉旨拒逐；今臣已告归，而红夷又至，杀戮商、渔，荐窥内地，使沿海将士不得安寝者，是谁启之乎！自寀坏海禁，而诸夷益轻中国；以故吕宋戕杀我二万余人，日本声言袭鸡笼、淡水：门庭骚动，皆寀之为也。惟皇上大奋干断，立命撤回；毋令寀肆炰烋，以中国与外夷为市』。疏入，亦不报。学聚之在闽，以却红夷事，原有功于闽；而独委曲高寀，为朝论不推。盖自高寀后，红夷无岁不窥彭湖矣。
〔十二月己未朔〕，户科都给事中姚文蔚劾税监高寀。不报。
乙亥，户部尚书赵世卿以税使通夷、破坏海禁，宜严行禁绝，以遏乱萌；不报——为徐学聚劾高寀事发也。
〔万历三十七年五月壬午〕，有倭船飘入闽洋小埕者，舟师追至漳港及仙崎，获夷众二十七人；译系日本商夷往返异域，为风飘搁。其中有朝鲜国人，先年为倭所虏而转卖者；次为吕宋、为西番，或鬵身为使令，或附舟归国。福建巡抚徐学聚以闻，因言：『朝鲜，我属国；其人民播越，宜随方安插。西番虽非贡夷，亦非逆种。若吕宋，先年薙我商民几至万数，彼民似不可轻纵；惟是原无逆志，亦难深求。而日本诸夷又多妇稚，杀之无辜，放之非法；止当待以不死』。章下兵部。
〔九月辛卯〕，倭至昌国，参将刘炳文不敢击、复匿不以报，遂至温州麦园头，毁兵船；抵虾饭湾登岸，杀我兵，温处参将王元周一无所防。诏以元周革任听勘、炳文降调，总兵杨宗业、该道常道立各罚俸。
〔万历三十八年七月辛酉〕，琉球国中山王尚宁咨遣陪臣王舅毛凤仪、长史金应魁等急报倭儆，致缓贡期。福建巡抚陈子贞以闻，下所司议奏。许续修贡职，赏照陈奏事例减半；仍赐毛凤仪等金织彩缎各有差。
〔八月壬寅〕，兵部复议：『海风飘入闽境诸夷，吕宋人壹叶万等、西番人捌襄等发赴香山，听其去留；朝鲜人壹叁别等安置柔远驿，以示存恤。大郎等八名本系倭种，难纵使归；仍行巡抚衙门分置军前，严为钤束。如生心逃叛，即处以军法』。上是之。
〔九月丁未〕，浙江巡抚高举以沿海官军败倭大陈，疏叙有功官员。右参政王道显纪录，松海备倭把总李时英优赏；昌国备倭把总张光显以功准罪，量赏。
〔十月〕丙戌，兵部复议福建巡抚陈子贞海防条议七事：『一、重海道事权以资弹压。宜遵照敕书，申明职掌：凡该省沿海寨游营选用官兵、稽察粮饷、修造船器等务，俱申详海道，听其专理；仍责令汛期巡历，汛毕方回。其巡历廪给，有司供办，不累卫所。一、省汰除汛兵以熟操驾。闽海汛兵减放之说，起于戚继光；原以休息军力、减省粮饷，法称两便。而踵行者乃岁为更革、人议去留；兵无常伍，将有市心。饷减无几，军费不赀；隳坏兵制，莫甚于此。议于水陆营间酌量裒益，饷不必增而汛兵亦可无减。如此庶可练习备变，并杜总哨勒索之奸。其两月罢汛，粮仍应设法处制，使军士乐从。一、核虚冒名粮以厘夙弊。总兵官以下，酌定跟随人数，与之更始。自后有以所用跟随重派各营者、坐空名以寄粮者、假公用而科派者，无大小，据法题参；所侵冒月粮，仍坐赃究罪。一、清侵占屯田以复旧制。欲行清屯之法而无挠法之害，莫若就额粮之完欠而分别之。有田无军，田必势占；有屯无粮，屯必迷失。就中清出侵占屯地以养军丁、以充贴驾，饷不增而兵足用，策无便于此。独刁军暗受势贿，告讦猬兴；得田入手，潜复典卖：则前弊未清，后害相踵。或有司惮劳，委之佐领，其弊端尤难究诘；要在设法详审，委任得人耳。一、禁往倭大船以绝勾引。闽人贩海为生，旧俱由海澄出洋，兴贩东西洋诸岛；伪引有禁，压冬有禁，越境盗贩有禁。然不绝其贸易之路者，要以弭其穷蹙易乱之心耳。近奸民以贩日本之利倍于吕宋，夤缘所在官司擅给票引，任意开洋；高桅巨舶，络绎倭国：将来构通接济之害，殆不可言。今当清查由引，严禁压冬，禁造违式大船；及以引饷大权俱归海道管核，各衙门不得径给票引。其有依托势要阻挠官司、不服禁捕者，抚臣绳以三尺；甚则据例参奏，治以通番引寇之罪。一、公山海利泽以安内地。山海场荡畋渔之所取给、埠头墟集负贩之所为生，寸土皆属公家，豪强本非世业；今将官山、官海除丈量收饷入册年久者姑准照旧外，其未经清丈、近年告佃者，悉追还官府，与小民公共。至于豪家设立私牙抽取埠税、擅操榷算侵牟商贾者，一裁以法』。得旨：『岛夷窥伺边海，防御宜周；如议行』。
〔十一月戊午〕，朝鲜国王李珲遣陪臣议政府左赞成李时彦等贡方物及马谢恩；赐宴赉如例。是日，并送回漂海人丁陈成等二十九名；仍钦赏国王银、币并陪臣各有差。其漂海人丁系称福建址籍，兵部覆：『应照例解发本省军门严加审鞫，果无通贩情弊，即照常省发回籍；倘有隐讳别情，仍从重问拟，具奏施行』。上是之。
〔万历三十九年六月〕己卯，南直隶柘林营信地获日本夷人三名，因航海过暹罗，飓风覆舟飘至；抚、按以闻。部议：『分解陕西延、绥等处戍边安插』。从之。
〔八月甲午〕，朝鲜国陪臣李顺庆等解还中国漂海人民林润台等三十二名，俱莆田、仙游人。命差官解发福建巡抚衙门严加鞫审：果无情弊，照常省发；倘有隐情，从重问拟具奏——仍谕申饬海防之禁。
〔十二月庚寅〕，朝鲜国奏获民人张亨兴等十七人，中有洪驼者即前细屿岛作贼船工，而亨兴等以前来往海上节行细屿岛抢劫之人；且称「水贼之扰，近年滋甚。时或捕获，皆称上国人民，不敢擅戮——海洋之警，曾无宁息。接年五次解来漂海人犯，甚为属国之扰」。兵部议覆：『乱生有阶，如嘉、隆间倭寇因闽、浙沿海奸徒与倭为市，而宁、绍大姓阴为主持，遂使淮、扬以南至于广海靡不残破。使早听给事中夏言、抚臣朱纨之疏预防其始，则宋素卿、王直、陈冬（东）、徐海、曾一本、许恩之辈安得以中国之民而挟倭为难哉！今此辈捍罔，即远屏以御魑魅，情理俱当；合将张亨兴等解发延绥巡抚衙门审实边堡安插，庶奸民知儆』。从之。
〔万历四十年三月辛丑〕，右给事中彭惟成疏陈时政言：『……倭夷犯顺，侵我属国，抗我王师，剽我海泊。臣闻彼得我福船价千金、乌船数百金、「批点通鉴节略」四十金、「舆记」二十金，焰硝、金铁皆二十倍于土价，而他锦绮、器物不过数倍。此其诱我邪民、构我利器、习我舟楫、侦我虚实，勾诱呼应；而我可无衣袽之戒乎』？因言「沈有容在闽，能越海数日歼倭众于东番，东番自是敛戢，倭亦戒不敢掠至闽且十年，皆有容之力也」。
〔六月戊辰〕，以防海功，赏浙江巡抚高举银、币，升俸一级，总兵官杨崇业、副使宁瑞鲤等有差；仍增通倭海禁六条。抚臣以盘获通倭船犯并擒海洋剧盗奏言：『防海，以禁通倭为先。而闽、浙实利倭人重贿，遂至绳绳往来为倭输款；嘉靖间王直等勾倭之余烈，可镜也。臣檄行文武官密为缉访，亡何金齿山、定海、短沽、普陀等处屡以擒获报至。杭之惯贩日本渠魁如赵子明辈，亦并捕而置之理；累累多人，赃真证的。但往者通番律轻，人多易犯；乞敕法司将前项走倭者、出本者、造舟与操舟者、窝买装运与假冒旗引者以及邻里不举、牙埠不首、关津港口不盘诘而纵放者并馈献倭王人等以礼物者——他如沙埕之船当换，普陀之香当禁、船当稽，闽船之入浙者当惩，酌分首、从，辟、遣、徒、杖；着为例』。部覆「如议」以请，上是之；并谕：『新定条例与旧例并行，永为遵守；仍着抚、按官刊榜晓谕。有违犯的，依例重处，不得纵容』。
〔庚午〕，浙江总兵官杨崇业奏「侦报倭情」言：『探得日本以三千人入琉球，执中山王，迁其宗器。三十七、八两年，迭遣贡使，实怀窥窃。近又用取对马之故智以愚朝鲜，而全、罗、庆、尚四道半杂倭奴矣。嘉靖之季海禁大弛，遂有宋素卿、徐海曾一本、王直之徒为之祸始；今又十倍往时。宜敕海上严加训练，着实举行。至于稽查海外夷使，责在抚、道；并移咨朝鲜国王严禁倭奴之入全、罗、庆、尚者，一如中国之禁』。从之。
〔七月己亥〕，福建巡抚丁继嗣奏：『琉球国夷使柏寿、陈华等执本国咨文，言王已归国，特遣修贡。臣等窃见琉球列在藩属固已有年，但迩来奄奄不振，被系日本；即令纵归，其不足为国，明矣。况在人股掌之上，宁保无阴阳其间！且今来船只方抵海坛，突然登陆；又闻已入泉境，忽尔扬帆出海：去来倏忽，迹大可疑。今又非入贡年分，据云以「归国」报闻；海外辽绝，归与不归，谁则知之！使此情果真，而贡之入境有常体，何以不服盘验、不先报知而突入会城？贡之尚方有常物，何以突增日本等物于硫磺、马、布之外？贡之赍进有常额，何以人伴多至百有余名？此其情态，已非平日恭顺之意；况又有倭夷为之驱哉！但彼所执有词，不应骤阻以启疑贰之心。宜除留正使及夷伴数名，候题请处分；余众量给廪饩，遣还本国。非常贡物，一并给付带回：始足以壮天朝之体』。因言「闽中奸民视倭为金穴，走死地如骛；绝兴贩以杜乱萌，又今日所宜急图」。章下礼部，覆如抚臣言。
〔八月丁卯〕，兵部言：『倭自釜山遁去，十余年来海波不沸；然其心，未尝一日忘中国也。三十七年三月，倭入琉球，虏其中山王以归；四月，入我宁区牛栏，再入温州麦园头；五月，入对马岛，倭酋云苏等来致其国王源秀忠之命，欲借朝鲜之道通贡中国。三十八年闰三月，薄我宁区坛头，又两遣伪使觇我虚实。今四十年，琉球入贡者夹杂倭奴，不服盘验——见于福建所报；平义智称其国王家康，欲遣近臣入朝鲜——见于辽东所报。封豕长蛇，其衅已见。数十年来倭所垂涎者，贡耳。故既收琉球，复纵中山王归国以为通贡之路；彼意我必不入倭之贡，而必不逆琉球之贡，或仍如三十八年纳毛凤仪、蔡坚之事。总之，倭不可不备；备非徒设，在务得其情以制御之。盖洪武中廖永忠曰：「倭夷窜伏海岛，来如奔狼、去若惊鸟，欲请添造橹船，沿海巡徼；倭来，则大船薄之、快船逐之」。今战船非不具也，比闻倭奴之船更大于中国。彼时止以彼中倭船入寇，故我得以长技制倭于海洋；今反用大船薄我、快船逐我，岂非即我之奸民所以市倭者耶？将领非不具也，白马岛之役，我众贼寡，未闻有出而戮贼者；麦园头之败，我将方被酒卧帐中，诸军亦离次失伍去其汛地，贼遂薄我：杀掠之惨，即罪一、二将镇，何救于事！所在沿海抚、道、镇将湔此宿弊，查虚冒、习水战、严军律；而又委任得人，移驻海上，躬自简阅而劝惩行焉：庶其少有济乎！倭之桀骜似虏，而狡诈过之；闽中贡夷，必有倭之枭雄渠魁潜匿其间者。因形知情、因情知事，不测之缄固已在此，勿问异日矣。福建军门应遣熟知夷情者入海诇探中山归国否；如中山王仍有其国，则二百年之封贡，犹知戴我。如制其国中者倭也，则闽乃与浙东宁区、定海、舟山、昌国等耳；我之备倭，当又有处矣。若平义智之书，其情似不尽具于书；然固朝鲜之一大利害也。窃意倭使来，必以其众至朝鲜；边臣必不能止其众于外而独以一、二使者入，入则朝鲜之祸可立至矣。若复据事凌逼——有如咨中所言，即朝鲜之衅以乱朝鲜，因以胁其君臣而震以必从之势，且以朝鲜离携于我，可一折而入于倭，倭又岂必在舟楫之间角干戈之胜哉；则固东事之隐忧也。今应明谕朝鲜君臣控守南鄙，一以自强为主；即有倭使，第令边臣严兵待于境上，勿延入境。仍听辽镇抚臣选差晓机宜者往彼国密探情形，果否已在王京？果否人事修举？所据事凌逼何状？故曰「务得其情以制御之」也。今通倭之民所以屡禁而不可止，何也？盖禁通倭，必渔者、贾者及市籴者一切禁绝而后可；然民之生命在斯，其势不能禁绝，则通倭之船已出矣。虽然，使抚、道有司精力办此，不难也。盖通倭之船可以欺公府，不可以欺乡曲；设私造之禁、行连坐之法，则固已禁矣。然海上奸民飘大洋而出者不止一处，莫便于越。至以通番为固然，习者不怪、禁者无所施，尤莫甚于闽；不惟通倭，兼通吕宋诸国。独吕宋人狡不如倭，故犹无大患耳。不然，令生于内地者不能守其故土，已触禁而不返者既坚其戴倭之心、未触禁而思逸者又不能止其入倭之势，必有不可收拾者』。俱依拟行，仍命地方官用心料理，不得怠玩；并行与朝鲜一体备御。大约倭奴之袭朝鲜、琉球者，乃关白时事；而寻常入宁区牛栏、温（州）麦园头等处皆中国之奸民购倭中之亡赖者剽掠海澨，未尝禀仰其国王而敢狡焉大举也。通贡之说，有之；乃税使未撤时，闽人实诱之欲交通税使于闽开市；自撤后，其谋已寝矣。所称海上倭船与我国唬船等，视大东船小甚；然亦无巡船也。自以裁减取名，尽失前人规制；而兵与船皆虚弱败坏，无济缓急：宁待将帅玩愒、士卒离次而后可忧耶！至通倭，则南直隶由太仓等处以货相贸易，取道浙路而去；而通倭之人，皆闽人也。合福、兴、泉、漳共数万计，无论不能禁——法能禁之，则数万人皆倭，而祸立中于闽。此其故，难言之矣。若吕宋诸国，即成祖时三宝下西洋处也；倭在东，绝不相蒙。其岛眇小，无逆形；闽岁给文往者船凡四十艘，输军饷四万两，而地方收其利：不必与倭并论也。
〔九月戊戌〕，兵部覆两广总督张鸣冈条防海五议：『一、虎头倭寇出没居水陆冲，钦把不足捍御，致有先年倭犯；应移总兵扎镇。一、澳夷狡猾叵测，宜将虎头钦总改扎鹰儿浦；仍于塘基湾等处垒石为关，守以甲士四百人，余兵棋布缉援。一、旧营、雍陌、香山、濠镜间各五十里，议掣都司、海道兵足以四百，选将肄武、更班守汛，与钦总所辖各兵营用以戍。一、严防住牧内地佛、良诸夷，仍申市禁；否则，绝之。一、添广州东、西、中三总哨，里海把总俾有统属责成，而任以谋勇武科』。俱依议行。
〔十一月壬寅，大学士叶〕向高（又）言：『蒙发拟福建巡抚丁继嗣一本「为琉球封贡事」，此本已经部覆，催请未发。臣闻琉球已为倭并，其来贡者半系倭人，所贡盔甲等亦系倭物；盖欲假此窥伺中国，心甚叵测。巡抚疏中言倭将明檄琉球，挟其代请互市。又闽、浙亡命郭安国亦寄书其家，语多狂悖；不敢上闻，而抄以寄臣。东南之事，甚为可忧！乃夷使又未奉旨发遣，羁留日久；非但窥见内地之虚实，且将谓朝廷百事迟延、奏请不报，益长其骄傲之心、速其猖狂之举。今北虏未宁、四川又在告急，加以东南再有倭警，转饷、募兵将大骚动；在在空虚，何以应之！伏望圣明即赐批发』。
〔乙巳〕，礼部覆福建巡抚丁继嗣奏，谓『琉球情形叵测，宜绝之便。但彼名为进贡，而我遽阻回，则彼得为辞，恐非柔远之体。请谕彼国新经残破，当厚自缮聚；候十年之后物力稍充，然后复修贡职未晚。见今贡物，着巡抚衙门查系倭产者，悉携归国；系出若国者，姑准收解。其来贡国人，照旧给赏，即便回国；不必入朝，以省跋涉劳苦』。得旨：『这琉球入贡事情，准照部议行。其一应海防事宜，俱着地方官悉心料理，毋致疏虞』！
〔闰十一月甲戌〕，兵部题：『朝鲜奏解王秀等八十一人，供系自浙而闽贩货遭风；然王秀等六十三名何以复畏罪逃脱！请将见在褚国臣等十八名解浙江巡抚衙门严鞫发落；其沈文私记日本程途、倭将名色，一并问拟具奏。在逃人犯，通行内外衙门严缉正法』。从之。
〔十二月庚寅朔〕，兵部题：『贩海之禁，屡经申饬；不意犹有如李文美等公行无忌！迹其盘验，虽非通倭之货；但脱逃可疑，应行原籍衙门拘审。仍通行所属沿海军卫有司禁戢军兵，不许私出大洋兴贩通倭，致启衅端』。从之。
乙巳，兵部题覆福建巡抚丁继嗣、巡按陆梦祖奏：『擒获通倭蔡钦、陈思兰等，乞宸断处治，亟正重典以彰国法』。并申严海禁：「一、责成澳甲；二、责成县官；三、责成官兵；四、责成各道」。上是之，仍命依议着实行；有违玩的，查参重治。
〔壬子〕，兵部（又）题：『春汛可虞，海防宜急。请敕南直、浙江、福建巡抚衙门，遇春防，移驻海上；将各分信地兵将、火器、战舰、器械及堵御、策应、哨探方略逐一开报，限三月内到部。防汛毕，查核功罪具奏，覆请定夺』。……是之。
〔万历四十一年二月丁未〕，巡抚福建右佥都御史丁继嗣疏陈防海七事：『一、择用水将。副、参、游击等官员缺，必查其曾历海上或长海滨，方与填补。有人地相宜者，不妨就近迁转，久任责成。一、督造战舰。冬汛毕日，各预先团造，以备春汛之用；春汛后，均再修造，以备轮流兑换之用。道臣不时至厂，一一验视；果系坚固，委官即与荐举纪录，以酬其劳。一、调守要区。松山系自浙入福之门户，防御尤宜加严。嘉、隆间，倭奴入犯，曾拨船兵一哨于山；久而舟师罕至，虑有海寇乘间而起。宜挑选精兵汛守此山，贼不能飞渡。一、移防险塞。三江口系闽中要地，而刘澳去三江不远；一厄此澳，则三江之捍卫益严、兴化之门庭益固。一、改设客兵。海澄界在漳、泉往来通番之地，往往有岛夷巨寇窃发于此。旧设团练机兵皆系土著，而豪右因有挂名糜饷者。宜改土易浙——而浙饷故厚，宜以浙之饷例给之，宁减勿增饷；分水陆三哨，水又分为四舟，募惯海者充之：饷不议加而兵有实用。一、团造药器。器械与火药虽岁岁造作，然器械多以白铁抵铜、火药多以沙土搭入；临时取用，百不当一。宜专委都司一员日坐局中，逐项简察，道、府官仍不时亲诣勘验；必求精致，以图实用。一、建复土堡。泉州安溪等处居民，自筑土堡营垒坚固；无事可以储蓄，有警可以藏避。宜檄行各县晓谕军民，多置土堡。倘有外侮，彼此相援：真闽海久长之计也』。下部——议可，悉允行之。
〔六月庚戌〕，总督两广兵部左侍郎张鸣冈言：『粤与闽、浙同一防倭也，而浙未尝与夷市、闽市有往无来，彼瞭海上双凫乱飞，皆湾弧向之，无敢闯入；乃粤则与诸夷互市，而「谢绝」之难。市则夹带，倭、夷杂处；而「辨别」之难。澳夷盘据内地，近且匿养倭奴以为牙爪；则「驱逐」之难。闽、广奸人窜入澳中，搬唆教诱；则「堤防」之难。至近日白艚盛行：在闽者以贩米为名，拒之则病邻，而不拒则交通百出；在粤者以贸易为名，禁之则阻绝生理，而不禁则通澳、通倭——弊不胜究、法不胜设。然为地方弭隐忧，则必严禁曲防，毋姑息养乱之为得也』。章下所司——复议，从之。
〔十月乙酉朔〕，浙江嘉兴县民陈仰川、杭州萧府、杨志学等百余人潜通日本贸易财利，为刘河总练杨国江所获；巡按直隶御史薛贞核状以闻，因请申饬越贩之禁：『一、巨海风浪，惟双桅沙船可恃无恐。自嘉靖年被倭后，严禁寸板不许下海；后因盐课失额，稍容滨灶小船樵捕补课。今直隶、浙江势豪之家私造双桅沙船伺风越贩，宜尽数查出，不许违禁出海；则通倭无具，私贩者无所施其计矣。一、江南与浙之定海、楚门、石塘、石浦、马墓等处、江北之通州、如皋、泰州、海门等处互相往来，是在一体禁戢，使浙江之船不得越定海而抵直隶、江北之船不得越江北而走浙江，则通倭无路而邻国不至为壑矣』。下部议可，从之。
〔万历四十二年五月辛酉〕，先是，朝鲜国王李珲报称：『马岛倭，年来仍乞通市，屡要添舡。倚挟日本，藉称关白遣臣要到王京亲纳礼物，受赏开市；间以琉球被灭、萨摩兵强夸诩，显示陵逼之意』。兵部覆奏；上谕：『该国君臣，着加意振刷，预备战守。沿海地方，便申饬督、抚等官倍加防御，严禁交通；毋得因循贻患』！
壬戌，福建税监高寀播恶无忌，私造通倭双柁海舡，置办贸倭货物数十万金，一切价值分毫不与；小民赔累，怨愤激变。寀怒，麾兵持刀乱砍，杀伤多命；举放火箭，烧毁民房；突入巡抚衙门，露刃胁制；复劫道、府、都司等官，质于署中：凶悖猖狂。抚按袁一骥、徐鉴疏闻，大学士叶向高、方从哲及给事中姚永济、郭尚宾先后参论，不报。
〔十一月辛酉〕，时朝鲜（又）奏解胡敬等四十二名航海遭风，漂流属国。兵部复议：『下海之罪，已无所逃；作奸之情，未见的据。应解发该省军门严加根究，以儆诈伪』。诏如议行。
〔丙寅〕，兵部题覆：『麦园头之失事也，贼不过海外失风、偶尔飘至，非必蓄意犯顺者——而兵怯将懦，初至昌国，而刘炳文匿不报矣；继越台海近温区，而参将王元周、游击王明翼、陈梦斗若罔闻知矣；继抵麦园头，而张惟智且率兵陈耀、林云、董期等乘舟而遯，陈师武又坐不救矣。问谁统张惟智？则刘铠也；谁守虾饭湾？则陈希道也；谁当御之于水而不令纵之于陆？则安光世也。先该浙江抚、按高举等题参，本部覆奉钦依，行令按臣勘问。今据勘问明白，除刘炳文已经参题降用外，合将陈耀、林云俱以临阵先逃应斩，刘铠、安光世、陈希道应戍，王元周等以下永锢、杖赎有差；仍着为令，以重侦探之法』。依拟。
〔十二月〕乙未，总督两广军务巡抚广东地方兵部右侍郎兼右佥都御史张鸣冈疏言：『粤东之有澳夷，犹疽之在背也；澳之有倭奴，犹虎之傅翼也。万历三十三年私筑墙垣，官兵诘问，辄被倭抗杀，竟莫谁何！今此倭不下百余名，兼之畜养年深，业有妻子、庐舍；一旦搜逐，倘有反戈相向，岂无他虞！乃今不亡一矢，逐名取船押送出境；数十年澳中之患不崇朝而袪除，皆我国家灵长之福、皇上赫濯之威坐而致之耳。惟倭奴去矣，而澳夷尚留。议者有谓必尽驱逐，须大兵临之，以弭外忧；有谓濠境内地不容盘据，照旧移出浪白外洋就船贸易，以消内患。据称濠境地在香山，官兵环海而守；彼日食所需，咸仰给于我。一怀异志，我即断其咽喉；无事血刃，自可制其死命。若临以大兵，衅不□开。即使移出浪白，而瀚海茫茫渺无涯涘，船无定处；番船往来何从盘诘、奸徒接济何从堵截？勾倭酿衅，莫能问矣！何如加意申饬，明禁内不许一奸阑出、外不许一倭阑入；毋生事、毋弛防，亦可保无他虞。若以为非我族类，终为祸阶；不贵夷人不挺而去之，无使滋蔓：此在庙廊之上断而行之』。……旨：『俱下部议』。
〔万历四十三年三月〕乙卯，福建巡抚袁一骥奏：『琉球违四十年题准「十年一贡」之限，既以四十一年修贡，复于去冬十一月遣贡使蔡坚等来。其所进硫磺、马匹，已经多官验详无弊；且云航海波涛，情甚可悯！但臣敬遵成命，勒令归国；又行司道量为周恤，以仰体朝廷柔远之仁』。
〔丙辰〕，时有漂海人丁韩江等九十四名自朝鲜解还者，迨入关而逃亡六十五名。兵部议：『脱逃虽由解役陈一本之懈玩，然以九十余犯而都司李国楹止以二役押解，疏可知矣。请将韩江等二十九名解发浙江巡抚衙门严行审问，是否贩货遭风、有无通倭情弊？作何问拟。脱逃林溪等，行原籍衙门严限缉获正法。其都司李国楹与解役陈一本等，行辽东巡按御史严行查勘究罪』。
〔十一月〕己亥，刑科给事中姜性自闽差还，疏陈闽事有言：『闽自巡抚金学曾奋三捷以应东师，倭不敢窥；闽独无禁，通倭者实繁。今倭又收琉球矣——琉球归命中国，无岁不来；兹钦限「十年一贡」——贡以十年，则衣物无资，是驱之倭也。说者谓「十年一贡」以守明旨，其它岁宜令市易海上，以示羁縻；贡则许入内地，市则定于小埕地方：此倭患之当议者。闽之有盐转运司久矣；但查闽课二万二千有奇，非若淮、浙、长芦之有五、六十万也。既设一运司矣，又一运同、一运副、一运判，又佐以经历、知事，摩肩接踵，止为此区区课额。昔人谓「省事不如省官」，曷不仿四川及广东事例，改设提举：此转运之当议也』。
〔万历四十四年六月〕乙卯，琉球国中山王尚宁遣通事蔡廛来言：迩闻倭寇各岛造战船五百余只，欲协取鸡笼山；恐其流突中国、为害闽海，故特移咨奏报。巡抚福建右副都御史黄承玄以闻，谓『鸡笼逼我东部，距汛地仅数更水程；苦得此，益旁收东番诸山以固其巢穴，然后蹈瑕伺间，惟所欲为：指台、礵以犯福宁，则闽之上游危；越东涌以趋五虎，则闽之门户危；薄彭湖以瞰漳、泉，则闽之内地危。非惟八闽患之，恐两浙未得安枕也。若夫琉球之告，有谓借以相恐喝者，有谓假以温贡道者；又有谓中山不能自专，直狡倭遣以探我虚实者。臣不能逆睹，但乞早为之备耳』。疏下兵部。
〔八月〕癸亥，福建巡抚黄承玄上海防事宜八款：一、饬寨游以定经制；二、设标游以备策应；三、重要防以杜窥伺；四、修战舰以裕折冲；五、恤水兵以起凋敝；六、严巡督以鼓偷惰；七、广军储以备不虞；八、议征军以收实用。因言『势有当变，不敢慕安静之名以听因循；费有当增，不敢慕节省之名以听苟简。然改设者第裒益于原额多寡之中，不烦另处；即添设者亦通融于本年撙节之内，无事他求：此实事之可行者』。不报。
〔十一月癸酉〕，兵部署部事左侍郎魏养蒙覆浙江道将御倭功罪。先是，巡抚浙江右佥都御史刘一焜奏略谓：倭以大小船二只犯宁区海洋，一战乘风而去。其犯大陈山姆岙，亦二船耳；把总童养初领四十余船，虽互有杀伤而丑类未歼也。及倭自宁、台追逐出洋，毕集于温——大船六、小船二十余，夜悬灯鼓以过南麂；我兵连■〈舟宗〉死战，继以火攻而反自焚——即哨官翟有庆焦头烂额捕盗、王宗岳扶伤割级，何救于失事哉！三盘闻南麂之急，横海赴援；倭以马快船直捣其虚，游兵游击尹启易等冲锋掎角，颇有斩获——而官军之阵亡者、重伤者亦略相当，倭船竟遯深洋矣。盖倭以五月初一日入，以二十一日遯：此三区外洋御敌之情形而各总哨功罪之定案也。于是兵部疏言：『浙地滨海，所在防倭；温、台、宁三区，俱属要冲。鸡笼、淡水二岛正对南麂，尤当日夕戒严者。第自麦园头入犯之后，已逾七载；地方苟幸无事，武备渐弛。今倭船分犯，狡谋叵测。赖当事诸臣严加策励，在宁区，则夹击于五罩；在台区，则攻围于大陈；在温区，则两犯南麂、一战三盘：始而兵夷舟熸，罔能取胜；继幸鸟惊鱼骇，聊且旋师。总之，一倭不入内地，固诸臣筹划、捍御之多方；而数战仍纵惰归，实各将智愚、勇怯之异致。松海把总董养初，宜罚俸半年；金罗把总李耀祖，宜革任回卫。其道将等官应否叙录？行巡按御史核实具奏』。从之。
万历四十五年八月癸巳朔，巡按福建监察御史李凌云奏称：『本年四月十九日，有台山游兵船一只送回董伯起，随为官兵阻于黄岐。海道副使韩仲雍驰至小埕，召倭目明石道友、通事高子美等译审之。其长岐一岛——彼名为肥前州，岛酋村山等安——我呼为桃员者，近受武藏总摄之命，监主市易、交关唐人者也。明石道友，乃领其倭出贩，渠率而正木矢次衙门——实等安亲随典计之仆，其一人柴田胜左卫门则船中头目也。因问其何故侵扰鸡笼、淡水？向故谋据北港？何故擅掠内地与挟去伯起、复送还伯起及侵夺琉球等事？俱以甘言对。道臣因谕以「所经浙境，乃天朝之首藩也。迤南而为台山、为礵山、为东涌、为乌坵、为彭湖，皆我闽门庭之内，岂容汝涉一迹！此外，溟渤华夷所共，穷兵芟薙，汉过不先。但汝为飘风所引，暂时依泊，不许无故登岸；或为旷日所误，望山取汲，不许作意淹留。我兵各有信地，防御驱逐，自难弛纵，汝所过之处明声禀而速扬去可矣」。明石等复自请归岛之日，启知国主查实先犯料罗、续犯大金之人如系何岛商倭，则戮之国中；如系唐人拨置，则差倭缚送于境上：以表效顺。道臣谕以「使命往来，既非疆吏所得擅议；且本省奏闻发落，尚延时日。汝船经由港澳，或招猜衅。今汝国中一动一静，我院、道、镇、参悉见悉闻；果能不食斯言，自是汝国长利也」。旋又谕以「上年疏球之报，谓汝欲窥占东番北港，传岂尽妄？但天朝因汝先年有交通胡惟庸、擅杀宋素卿辈与误信汪五峰辈频年入寇，近复有平秀吉侵扰高丽诸事，悬示通倭禁例益严。其实每岁引贩吕宋者一十六船，此等唐货岂尽吕宋小夷自买而自用之乎！又各远屿穷棍挟微赀、涉大洋，走死骛利于汝地者，弘纲阔目，尚未尽绝。汝若恋住东番，则我寸板不许下海、寸丝难以过番，兵交之利钝未分，市贩之得丧可睹矣」。明石道友等各指天拱手，连称「不敢」！道臣随差官押送定海所而去。该抚臣黄承玄看得闽海多事，正在戒严，乃有倭目送归挟虏之报；其言颇甘，其来亦似乎有名。惟是狡夷变诈，原自难测。无论表文书词，种种舛谬；且大金、料罗之氛未远，而款关效顺之使突来，果可遽信其输诚乎！计惟量为抚恤，以昭绥怀之仁；仍即谢遣，以杜窥伺之隙。在彼为诚为伪，不足深较；在我保疆固圉，自难暂弛也』。章下所司。
〔丙申〕，巡抚福建右副都御史黄承玄疏奏：『倭夷奉书归掳一事，言往者家康匪茹，狡马有窥我南鄙之心；而长岐之酋曰等安——即桃员者以他事得罪家康之灭之也，乃力请取东番以自赎；是以去夏东涌之警，而等安次子实来。会我汛事戒严，弗克逞志于我；播越离逿，不知所止。等安乃复缮舟厉兵，索其子于我境上，是以去冬有大金之入。至今日之局，又稍变矣：家康物故，其子代之，欲有事于东番；而国人未附，且恐中国之议其后也，于是内逆外顺、乍翕乍张，此方摇尾款关，彼复张牙肆毒。即谓先后合谋，或未必然；要其出于一岛之人，则彼已直任无辞者：又安得尽信夷使之口而终保其无他哉！惟是鳞介异类，毋足深求。今于其伺我疆场者擒而芟之，使知吾天威之严；于其就我戎索者姑恤而遣之，使知吾皇仁之大。至其通好之说，断不可稍假借以开异日无穷之祸也』。是日，巡抚福建右副都御史黄承玄复奏：『五月十一日，东沙外洋有倭船三只为风所破，倭贼二百余人栖泊本山修■〈舟华〉劫抢。巡海道韩仲雍同兵备道卜履吉、参将沈有容行北中南三路及伍防馆合势仰攻，十六日早遥见大乌船一只、小渔船二只从远洋来——是伊同宗倭贼前来接济者；我兵奋击，三船立沈。倭贼投溺、就缚，水标所部解献生倭大头目三名、众倭三十名，总旗标下所部解献生倭一十二名，巡福宁道标下所部解献生倭二十二名；各获盔甲、刀铳、倭器充斥，复救回被虏渔民二十二人：则获罪我闽之定案也。及台州东、西机捕盗余千军民兵十一名，因称原三船中一大乌船即杀伊兵一十八人，重伤、放去各七人——而胁驾以来者：则获罪彼浙之确证也。又分巡福宁道右布政使黄琮报：把总何承亮追倭极东外洋，围袭倭船一只，捞斩二级、擒缚二十二名、救获被虏四名。见获桃烟门等六十七名，皆长岛倭也。因酋长等安遣其子秋安谋犯鸡笼、淡水屡失利，不敢归岛；复遣桃烟门等觅之。随以未获，住泊五岛。至今年四月，驾至浙台地方，冲过彼寨，兵船打破；旋夺大船一只，又于海门东、西机与余千等冲敌，杀死伊兵一十八人，拏获千等一十一人；复抢大船一只，历韭山、牛栏矶、南麂、白犬澳等处抢掳渔户，往来劫掠。适遇飓所击，搭寮修■〈舟华〉，遂为我兵擒获。是役也，镇臣提衡于水，道臣运策于中；司府馆州诸臣协赞其谋，路标寨游将领毕效其力。至于捐资募士、选锐冲锋，则署分巡道之劳绩独先；设谋制胜、料敌出奇，则水标参将之全功最着』。奏至，俱下所司。
〔九月丙戌〕，浙江巡抚刘一焜题宁区五爪湖外洋、坛头外洋、台区稻杆外洋、渔山下洋等处倭船突犯被官军擒斩功次，总兵王良相等、道府杨一葵等应分别叙录。章下兵部。
〔十月庚戌〕，朝鲜国王李珲因本年正月对马岛主平义成差倭橘智正赍日本国王源秀忠书——欲迎信使以通邻好及刷还朝鲜被虏人，具疏以闻；言『自往年以来，对马岛主平义智等节次来款；以承受家康指教，要请通好为言。该曹及边臣辄以海上大小事情例该逐一具报天朝，今此信使一款尤难轻议，用是推诿累年。兹者忠秀承藉家康余烈，必欲邀得本国信使，乃以此事专责于马岛；而平义成以乳臭小儿嗣袭岛主之任，惟恐所干不成，获罪于日本。今若一意撝斥，终示见绝；则彼乃无聊，转成雠恨。又萨摩州被虏人三万七百余名善习鸟铳、枪刀之势，皆愿刷还；数年之间，请使日急。概其本情，似是借重夸诩；而其间狡猾，抑或难测耳』。总督薛三才亦称：『被虏三万七百余名——习鸟铳、枪刀之势皆愿刷还，此朝鲜之利而非日本之利明甚。倭奴肯一一送还否？安知不以此为通市之饵乎！今既欲因便报答以示羁縻之意，似亦一时权宜；但不宜令其源源而来以窥朝鲜之虚实，复酿曩时平壤之祸胎也』。事下兵部，覆俱如督臣议；言『倭奴谲诈变幻，眈眈未已；其不以一信使往来之故，遂坚睦邻之约而寝启疆之谋明矣。据议遣使报答修好之名似难峻绝，要挟之意尤难信凭。朝廷轸恤藩方，计难遥度于海外；亦惟申儆该国斟酌机宜，自画长便』。上是之。
〔万历四十六年五月戊戌〕，初，四月间有倭船一艘在浙稻秆亭外杀伤民兵，哨官陆大忠、季时衡率各哨攻之，夺其一船，倭始遁去。既而福建参将俞咨皋亦差船截击，遂火其船，倭死无数。于是浙江御史乞照例优赏有功官兵并恤亡阵亡军士。从之。
〔八月壬午〕，朝鲜国王李珲发还漂海人丁。时福建商民薛万春等四十一人浮海商贩，于七月十九日在福建沙埕洋中遇风，以七月二十七日晡漂至朝鲜。国王资给遣还，具本奏知。上命解发福建巡抚衙门审无通贩情弊，即便省发。
〔九月丙戌朔〕，兵部题：『朝鲜国釜山镇水军佥节制使吴大男呈：「去年十二月间本国差役自日本同马岛倭子橘智正带刷还被虏人口三百二十一名回来，说日本国王源秀忠承藉其父家康余业，欲得本国信使；及言剿杀秀赖，为小邦灭雠等情。拒之，恐成雠恨，因依前差送员役之例报答。随据回役称：会同橘倭前到马岛，〔岛〕主平义成等备船引路，渡三大海，见秀忠。因探得乙卯五月家康率兵三十万攻秀赖于大坂，秀赖兵败，入保内城；家康凿地通道，从中放火，秀赖及将士烧死无数。是后尽以所亲分据要地，易置诸将。及倭来京之时，自提关东兵十余万据住伏见城池，而又令六十六州倭将领所部来会。但秀忠怀疑虑，诸将亦不自安，尚未定关白位号。并将见闻申奏」。该部议：朝鲜与倭仅隔一水，律以「与国」之谊，释旧怨而修新好，岂非至计。但倭奴诡谲叵测，当秀赖新灭、位号未定，频请信使以相夸诩；若其往来频数，乘我不备，俱未可知。兹据该国疏称遣使报答，彼国欢顺；但被虏原称三万七百余名，今刷还者才三百二十一名，即此便见倭好难凭，所探事情果否是的？但已通好，势难拒绝；惟是外示羁縻、内严备御，则该国君臣事耳。况迩来该国协力讨贼，内或空虚；安知倭不旁睨而生心！合候命下移咨该国：务要愈加堤防，毋使岛夷通使频烦，得窥虚实；亦毋任奴酋潜通声息，至为响应：庶氛祲消而箕封可固』。从之。
〔万历四十七年五月戊戌〕，福建漳州奸民李新——僭号弘武老及海寇袁八老等率其党千余人流劫焚毁，势甚猖獗；巡抚王士昌檄副将纪元宪、沈有容等率官兵讨平之。
〔万历四十八年四月戊辰〕，巡抚福建王士昌举中路参将张嘉策剿寇有功，以地方保留，奏乞加衔久任。部覆，上从之。
〔辛未〕，巡按广东王命璇奏：『粤海逋寇许彬老、锺大番、余三老等系袁进余党，出没海岛，啸聚剽掠，跳梁于白沙、虎门、广海、莲头之间，商民受其荼毒；业经督臣申饬兵将侦捕于海之东西。其擒贼有功及碣石失利官员，应叙赉、罚治有差』。下兵部。