孝宗弘治元年正月乙卯，改南京户部尚书王伤为南京吏部尚书。甲子，命支南京内府承运库原收夏税折麦银一万七千余两，准给应天等六卫官军月粮。以灾伤缺粮，从南京户部请也。
闰正月丁卯，先是，修南京国子监，会诏例停止。至是，南京工部复以为请，命卒成之。乙亥，南京工部请增设主事一员，管镇江至九江沿江芦洲。命本部简司属官一员，奉敕理之，官不必增设。于是，工部奏差其属郎中毛科。赐之敕曰：“南京，自镇江至九江一带，俱有芦洲。近江州、县并巡检司，每年斫办本色芦柴及折收银两，解送南京工部烧造、买办应用，已有定额。然洲场年久，坍涨不一，或因淤塞而新生，或因移徙而重出，多被富豪军民人等占为己业。又或投献官豪势要之家，以一包十，恣意霸占，而旧额洲场，日见侵削。所在有司，因而交通富民，阿顺势要，怠惰不理。甚至不复取芦于洲，但科民赔价。又有不近大江县分，原无芦洲处所，亦一概科取。积弊多端，以致小民受害，连年告讦不已，国课亏少。遇有南京工部烧造、修理等项工程紧急，未免拘并各该铺行、窑头人等，揭借应用，累及无辜。今特命尔不妨司事，提督清理沿江一带芦洲，禁约富豪军民人等及官豪势要之家强占侵夺，有司科扰小民之弊。旧额洲场如有坍塌，即将新佃柴课依数凑补。本处旧额现存，或有新生别洲，许令拨补附近坍塌之数，且要丈量明白，令各该府、州、县俱造文册，申缴该部，及存留本处备照。其余一应积弊，敕不该载者，悉照本部所奏而行。所在府、州、县官员人等，敢有故违不遵，六品以下听尔径自提问，五品以上及军职，参奏处治。尔受兹委任，尤须持廉秉公，毋暴毋刻，俾事妥民安，国课不亏，斯为尔能。如有纤毫不谨，以至扰人坏事，事发，一体治罪不宥，故敕。”
五月甲申，南京十三道监察御史缪樗等言：“今年三月二十六日，南京内府花园失火，止而复起，不知焚毁房屋几何？本日晚又有狂夫，不知所从，来至长安右门下，发言悖慢，叩环大呼，良久遁去。惟花园禁严之地，长安宫阙之门，变异如此，关系匪轻。而守备官等视为泛常，守卫官军有同儿戏，乞治之以戒将来。成国公朱仪，衰老怠事；南宁伯毛文，软懦无为；兵部尚书耿裕，忠厚有余，治才不足，太监陈祖生、郑强，立心险狠，处事乖违。居常则彼此偷安，临事则互相坐视，防范之政无闻，守备之职安在。小变若是，大事可知。况南京乃祖宗根本重地，岂宜委之庸劣，任其废弛而不加之意。乞将各官罢黜，别选贤能以充任使。”时南京六科给事中方向等，亦以是为言。上曰：“既内园失火，又狂夫呼喝长安门，当时守备、参赞等官，乃略不经意，其令具实以闻。”
六月己酉午刻，南京雷电霹雳，毁伤鹰扬卫仓楼并聚宝门旗竿。丙辰，修南京聚宝门城垣。
七月壬戌，南京守备等官议奏：“建阳卫临江要地，旧有操江官军五百人，乞掣其半，回卫操守。仍留其半，而选拨新安卫官军三百人合班操江。”从之。癸酉，南京兵部郎中陈谦言：扬子江盗贼多，渔人乘机为之，乞编渔船为甲乙，责令自相捕缉，凡有盗作，即坐以罪”。上曰：“江上渔船乘机为盗固有之，难属以捕盗事。今后渔船令有司点视戒约，有能报官捕盗，及自能捕盗者，给赏如例。”
八月丁巳，南京守备太监蒋琮奏：“扬州仪真地方罗肆桥，旧有通江港，可开闸放船。成化间，巡河工部郎中廓异奏，浚通河面置二闸，潮满则开，潮退则闭，船只经过，无复盘费损伤之患。时有奸豪侵占牵路，于沿河水次，起盖浮铺为买卖者，恐斯闸一开，必致折改，往往以河水易泄为辞，欲隳其成。昇因力辩浮议，条陈五利，冀以行之久远。而司漕运者误听奸词、擅行筑塞，致令往来船艘，仍前受害。近坝居民，谓为得计，就于临河牵路起盖文天祥祠宇，欲使后来不轻易改拆。而守备、指挥，亦于闸上擅自盖亭，索取财物。乞依前修浚开放，及将奸豪侵占牵路，所盖铺店、祠宇，俱为拆改。则奸弊可革，便利可兴。”工部复奏，命巡抚官会同总兵官从公勘议以闻。
九月壬申，命户部每岁三月，选差属官一员，奉敕自通州抵仪真，催督漕舟。往岁差官例不请敕，至是，从南京守备太监蒋琮奏，以责轻人玩，故有是命。辛巳，升江西布政使徐怀为都察院右副都御史、巡抚应天等府。
十一月庚申，裁应天府溧水县批验茶引、盐引二所。丁卯，夜，南京甲字库灾。
十二月癸丑，命管苏松等处水利、浙江按察司佥事，兼提督太仓等卫所屯田并监放太仓、镇海二卫官军俸粮，从兵部郎中陆容请也。命南京户都拨余米三万石，赈应天府所属饥民。米乃临船兑支所余，寄贮常平仓者也。
丁巳，命南京都察院右佥都御史虞瑶兼提督操江。
二年二月己酉，南京沿江芦场，俱系军民开垦，办纳粮课，及各窑厂采取供应柴薪。成化初，江浦县界新生沙洲六段，县人先后告官承业，以补沉江田亩之数。洲与内官监原拨芦场相邻。江东巡检司旧管工部芦场二所，亦相比近。瓦屑坝下有废官房酒楼地一区，石城门外有湖池一所，旧尝收积木料，及畜放水獭、老鸦，其后事已，悉赋居人，岁供租银百五十两于守备厅公用。太监黄赐时，奸人悉以献于三厂，指为原拨供应之数，赐及后差太监张本等受之，尽收其利，而岁额租课复责偿诸人，相承至太监蒋琮不改。成化二十三年诏书，令投献山场、湖荡地土悉归于民，县人相继奏言，下南京监察御史姜绾等复按。而琮屡以揭帖嘱托，使断归三厂。绾等遂连名劾琮。谓以守备重臣，与小民争利，假公事以饰私情，用揭帖而抗诏旨，扬言阴中，胁以必从。因历数琮变乱成法，欲以内臣为言官，一罪也；妒害大臣，妄奏都御史秦纮，二罪也；怒河闸官失于迎送，而欲奏罢之，三罪也；滥批词状，送各衙门，不由通政司，四罪也；分差内官于钱粮处所，纵其侵渔，五罪也；按季取受班匠工银，六罪也；收留罢闲都事林时用，拨置害人，七罪也；官员稍不顺承，辄查脚色，阴加察访，惊疑人心，八罪也；妄奏主事周琦管库，欺罔朝廷，九罪也；保举罢革内官，窃陛下之权，使恩归于己，十罪也。且今士夫侧目，人人自危，军民负苦，怨声载道。乞下琮于法司，明正其罪，以为怀奸坏事之戒。刑部复奏，谓琮处事乖方，以致言官劾奏。第所言琮罪，必须复按。请移文南京刑部，会同都察院、大理寺等官勘处奏报。上如议从之。
三月甲申，以旱灾免直隶镇江府弘治元年秋粮八万一千二百二十五石有奇，草七万三千七百九十八包有奇。命淮、扬二府钞关，自弘治二年三月以后，每钞一贯，折收米一升，给淮、扬等府、州、县官吏俸粮，至三年三月终，如旧。
四月甲午，先是，吏部奉旨起取南直隶各，府、州、县官库银三分之二，以实内帑。至是，应天府奏：“本府所积数多，请留为赈济及科举之用。”从之。乙未，南京太常寺神乐观火，焚廊房六十八间。丙申，户部以南京内外守备官之奏请，借拨直隶附近仓储一万石，补给滁州卫官军俸粮。俟江南各州、县岁运至日，令南京各卫官军俸粮就船兑支三月。州、县既不费脚价，所余米当有十万余石。内以万石补还今所借之数，而别贮其九万石于应天府，为预备之资。从之。辛亥，以水灾免直隶海州夏麦九千二百六十四石有奇。
五月辛酉，南京兵部左侍郎白昂言：“南京江淮、济川二卫马快船夫逃窜者众，宜如逃军事例，责令邻伍首解；典收所岁解皮角，往复艰苦，请即于南京工部收贮，各仓军斗及象马草场、草库近多余丁而无口粮，宜如漕运事例，月给口粮三斗。”从之。
六月庚子，先是，有盗入南京内府甲字库，因失火延烧钱布等物至数十万。已而获盗，具得前后诸同盗事情。刑部请论如法，并劾守备太监陈祖生、成国公朱仪、参赞尚书耿裕等各失于防范。上以各盗情犯深重，难照常例处分，命同行失火者二人，及进库六次至十次者七人，俱处以极刑。其不进库及进而次数少者及窝藏者十四人，俱并家小发广西柳州卫充军；内使充种菜净军；监丞、副使充守更内使；余依拟发落。守备等官姑宥之。仍谕令今后督察军马、城池、钱粮、门禁，加慎勿怠。
七月辛酉，命武靖伯赵承庆铨往南京前军都督府带俸，专理操江。
八月戊子，命户部运太仓银二万两于苏州仓，以备军储。
九月丙子，户科都给事中张九功，以今岁漕运漂流米麦共一万四千八百余石，因劾总督漕运都御史李昂，总兵官、都督佥事都胜及各把总、管运等官罪。得旨，昂、胜姑贳之；把总、管运并漂流米麦五百石以上者，各停俸三月；五百石以下者两月。
十一月戊午，以水灾免直隶镇江府夏税麦二万九千七百八石有奇。
十二月丙申，南京户部左侍郎侯瓒言：“各处岁运南京仓粮，临船兑支三月，积出余米，令实于缺粮仓并常平仓，而纳户守候月久，复令搬运，人情不堪。请自今以先运至者扣算正余，尽数兑支三月，续到者，分判各卫仓，以免民日久劳费。”又请以本部寄应天府库秋粮折俸余银万六千五百余两，及两淮等盐运司盐引纸价余银八千八百余两，籴米实常平仓，以备赈济。又南京各仓、场修仓、收粮军斗、草库余丁，月给口粮三斗，其正军不得重给。下户部议复，从之。庚子，吏部听选官徐灏言：“自通州至南京河路，牵船夫数愈多，而弊愈甚。乞照旧例，各处止派二千名，分为两班，以苏民困。”从之。
三年正月辛未，升南京太仆寺卿秦崇为应天府府尹。癸亥，南京内府花苑，上元、江宁二县岁拨夫二百，供浇灌之役，民颇被其扰。左都御史马文升及应天府丞冀绮请罢之。守备太监陈祖生等因陈累朝种树及夫役增减之数，乞存留如旧。事下南京工部议处，右侍郎黄孔昭言：“种树以备宗庙荐新之用，园丁亦难量革，请如天顺八年旧例，仍岁拨夫八十名。”从之。
二月甲午，户部以水旱灾，请免直隶淮安府弘治二年分秋粮米九万六千七百余石，草二十六万七千三百四十余束；扬州府米豆共四万八千五百四十余石，草八万七千四百八十余束。壬寅，以水灾免直隶苏州府崇明县弘治二年分秋粮米五千二百六十余石，草六千四百三十余包。
三月丁卯，先是，以直隶淮安府连年荒歉，减免秋粮数多。从都御史秦纮奏，令本府板闸、钞关所收钱钞，以米代之，每钞一贯，收米一升，以给本处官军俸粮，以后仍旧。至是，都御史李昂奏：荒歉未复，仍乞折收米一年为便。从之。乙亥，以水旱灾，免直隶淮安、扬州等府弘治二年米、豆。
四月丁亥，升巡抚延绥等处、都察院右都御史黄绂为南京户部尚书；吏部左侍郎刘瑄为南京工部尚书。辛丑，禁南京后湖耕种樵牧及盗泄水利者。从大理寺少卿杨谧等奏也。
六月甲申，吏部议复南京吏部尚书王伤等所奏修省事宜：一、谓南京户、兵、刑、工四部政务颇繁，今兵部止有尚书一员，户、刑、工三部各止侍郎一员，请于兵部增侍郎，三部增尚书各一员；一、近例被灾各处，四品以下官，三年、六年考满，悉令纳米，免其给由赴部，恐贤否无辨，仍宜照旧赴部考核；一、南京吏、礼二部，各添写本监生二名，兵部再添一名，并户、工二部写本监生，俱从吏部行取，其在京各衙门写本清军监生，亦从吏部转行国子监取拨；一、南京各衙门办事当该吏典数多，在外两考役满者，因畏避巡按御史考试，到部数少，不勾拨用，请添拨福建之邵武、湖广之德安二府以益之，仍令御史考送。上命南京户、工二部各添尚书一员，吏、礼、兵三部各添侍郎一员，写本监生准照旧数添。两京取拨监生仍旧，吏典不必经由御史等官考送，止该部严加考选，不许姑息。丙申，南京工部奏：“应天府并直隶镇江府所属芦洲柴课，宜仍照现在额数，解办折色银两并本色芦柴，修南京外罗城垣及金川等十七门。”
七月己卯，以旱灾免南京广洋等二十七卫屯粮之半。
闰九月丙申，发南京龙江盐仓批验所余盐五十万斤有奇鬻银，为查理后湖黄册之费。
十一月癸未，刑部左侍郎白昂奏处置河道事宜，乞令扬州府管河通判常居瓜州，总管闸坝，不许回府。辛卯，命淮安府板闸、钞关船料钱钞再折米一年，以充官军、师生之给。从总督漕运都御史张玮之言也。
十二月庚戌，总督漕运都御史张玮言：“徐州小黄河旧在州城西北，上通沁水，下接漕渠。宋熙宁间，河决为患，守臣苏轼堤以巨石，镇以黄楼，自是水不为患。近年黄河复决，改流城北，其势汹涌，坏两岸军民居舍及城郭，俱可忧，臣会巡按、管河等官议疏浚，……务为经久之计。”从之。
四年正月乙酉，升南京兵部左侍郎郑时为南京刑部尚书。
四月戊申，命南京都察院右佥都御史王轼兼提督巡江。
乙酉，调扬州府知府冯忠别任，黜通判杨棨为民。棨因上元节造烟火之戏于天妃宫，忠往观之，随者甚多。夜归，众争过浮桥，溺死数十人。事闻，下巡按御史逮问，遂是有命。
五月戊子，工部以直隶苏州灾伤，乞免织造各色绢匹。不允。
六月庚戌，直隶淮安知府徐镛奏：“本府常盈仓岁收粮不过四五万石，乞取回监收内官二员，收粮经历一员。”下户部议以为便。上命汰经历，内官仍旧。
七月壬午，命增盖南京后湖库三十间，以原库收贮黄册盈满，明年将造册故也。丙申，以灾免直隶扬州府及高邮等卫、所弘治三年粮草有差。
八月乙巳，南京监察御史杨琎言：“宋汴京留守兼开封尹、赠观文殿大学士、谥忠简、宗泽墓在丹徒，乞依岳飞故事，于墓所及其生之乡，并建祠秩祀，以为忠义之劝。命下其奏于所司。辛未，以旱灾龟直隶扬州卫及通州、泰州、盐城三守御千户所弘治三年屯田粮有差。
九月戊寅，南京户部左侍郎侯瓒为南京工部尚书。甲午，南京工科等科给事中毛珵等言：“八月十一日，南京地震，屋宇播动，继而风雨晦冥，雷电大作，及苏、松等处夏间大水，淮、扬等处蝗飞蔽天，此皆灾异之大者。”
十月庚申，南京监察御史朱德等上言：“比者灾异迭见，而南京一路尤甚。旱涝不常，军民告病。甫及秋收之际，蝗蛹骤生，禾稼伤残，继又地震不宁，屋宇摇动。伏乞慎思灾异之由，善应天地之戒。循名责实，因事纳言，遂条陈五事：曰省力役；曰宽征赋；曰治赃顽；曰稽实用；曰务远图。”命下其章于所司。
十一月乙亥，以水灾免苏、松、常、镇、应天等府所属并苏州、太仓等卫弘治四年夏、秋粮税有差。庚寅，巡抚南直隶都御史侣钟言：“江南今岁水旱相仍，苏、松等处低田伤于水，而徽、宁等处高田伤于旱，将各府岁纳纻丝、纱罗、绫绢、绒线等件，及皮、蜡、殊蜜、青绿铜、钢铁、银箔等物，暂且停止。其苏、湖二府，今岁免军粮米，请以五十万石折价收银，石止折七钱。军民有愿纳银入粟，量给散官冠带，或纪名于籍，建坊牌以表之。各府、县有罪应赎者，俱令纳米于被灾处所，以备赈济，并浒墅钞关所收三年、四年未解银钱以助之。”户部复议，从之。己巳，都察院右都御史秦纮为南京户部尚书。
五年二月癸卯，以水灾免苏、松等府、卫粮草子粒有差，其非全灾者，暂停征纳，以三分为率，自弘治五年为始，每年带征一分。甲子，直隶苏州卫指挥张钦以不能捕盗，调湖广永州卫带俸差操。其嫡母黄氏，以年老无他子奉终养，许之，命终养后，仍调前卫。
三月丁丑，总督漕运兼巡抚都御史张玮奏：“直隶淮安府灾，乞将本府钞关所收钱钞，折收粮米一年，以给官吏，旗军月粮。”户部复奏，从之。命逮问应天府府尹冀绮，以迟误南京陵庙祭祀牺牲，为守备成国公朱仪等所奏也。
四月甲辰，命南京江阴卫带俸都指挥佥事耿麟充参将，协同漕运，兼守淮安。
五月乙未，裁减南京神策等二十五卫知事务一员。
六月丁未，以水灾，免直隶淮、扬等府弘治四年税粮有差。庚申，命给致仕南京工部尚书胡拱辰诰命，从其请也。
七月甲戌，增南京巡街御史为二员。故事，南京巡街止御史一员。至是，从监察御史曹玉奏，乃增一员。丁丑，南京监察御史马炳然言：“南京新江口并大教场，俱侯伯重臣坐营，而神机营并小教场二处，止用指挥坐营管操，请如在京诸营例，改任侯伯都督以重其事。”兵部复奏，从之。甲午，以水灾免苏、松、常等府正官朝觐，从巡抚都御史侣钟奏也。兵部尚书马文升等言：“苏、松水灾，恐饥民乘此为变，请敕镇巡等官，加意赈给，仍操练军士，以戒不虞。”从之。丁酉，户部言：“江南苏、松等府连岁荒歉，民间运粮米，每石用银二两。前弘治四年，苏州兑运粮米已准将五十万石折收银五十万两，冀舒民困。今年请再行之。其应天、松江、镇江等府，亦请于兑运粮内，折收四十八万六千八百九十石价银，灾重者每石折银七钱，稍轻者收银一两。”从之。
八月乙丑，以水灾免南京、苏、松等处之额外织造者，并取回督造官员。丁卯，命发应天府预备仓粮二万三千九百余石，给南京应天等三十九卫屯种军余之缺食者。
十月丙辰，裁革松江府黄渡河泊所。户部会议各处巡抚都御史所陈事宜：一、苏、松等府水灾，两京文、武官员及公、侯、伯、驸马俸粮禄米，乞每石折银七钱，径解两京户部，按季给领；一、南京各卫仓，每岁俱分委员外郎、主事等官监督收放，仍乞另委郎中一员往来巡视；一、扬州府海门县设置江海之滨，潮水冲没为患。乞令迁移于东高阜之处，庶民居官舍，两无所虑。
十一月乙亥，以水灾免应天，苏、松、常、镇等府弘治五年岁办皮张，蜡蜜等料三之二；令军民人等有愿纳银米以助赈济者，授以军职，不治事，不为例。
十二月甲寅，增设应天府高淳县县丞、主簿及管马主簿各一员，其儒学教谕、训导及税课局、阴阳、医学、僧道会司官各如原拟全设例除补。原隶漂水县巡检司一、坝二、河泊所二，俱改属高淳县。从本府奏也。
六年二月丙辰，以水灾免南京卫、所弘治四年屯粮六万四千三百四十石有奇。戊午，命苏、松、常等府，该运弘治五年京仓折色米，量留三十万石于本处赈济，从巡抚都御史侣钟奏也。
三月甲戌，南京吏部尚书王乞致仕，不允。
四月己亥，初，成化间，从南京守备官议，每岁江南州、县运粮至南京，令官军就水次兑支三月，计省其加耗及输挽之费，可得余米十万石有奇，贮之预备仓，以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧，上仓而后放支。户部奏言：“兑粮水次，一岁坐得十万余米，法无善于此者。宜复兑支例，而以其余积就贮各卫仓作正支销。”从之。
闰五月乙未，以水灾免应天、苏州等府并镇江等卫弘治五年秋粮子粒共一百八十二万六千六百八十四石，草八十万六千八百五十一包有奇。
八月戊子，改南京工部尚书侯瓒为南京兵部尚书，参赞机务。
九月壬寅，升大理寺卿冯贯为南京工部尚书。己酉，命户部差官属领苏州等处钞关；南京户部差官属领淮安、扬州等处钞关，其折征银钞，解内府供用。以前此改委府、县佐二官收授船料，其弊多而岁课日损故也。
十二月己巳，先是，差监察御史陈让照刷南京诸司文卷。至是，疏上失错、违错、并稽迟等项其典守官之应罪者一千一百八十二员，命应议及堂上官，姑宥之。其余违错、稽迟者罚俸两月，差错、迟错未明者一月皆改正，埋没者所司逮治之。
七年二月壬戌，以旱灾免直隶徐州并所属四县弘治六年夏税麦三万一百一十八石，丝一万七千一百一十八两有奇。辛未，命南京文武官俸粮该支本色者，仍旧俱支米，毋令折银。癸未，工部复奏：“监察御史张泰等请免差织造内臣，谓苏、松诸府方以灾告，民困未苏，宜从泰等所言。上供之数，本部请移文所司，如式织造，仍令巡抚宪臣督之，其余赏赐供用之类，暂乞停免。”有旨，仍遣官。于是工科给事中王敞等亦以为言，谓陛下去岁尝以灾异召还差去官员，中外臣民无不称便，倘以前日之举为当，则今日廷臣之议必能俯从。不允。
四月辛酉，命南京文武官员折色俸粮，俱钱钞中半兼支。
五月庚子，命南京内外城守门官余丁，月支口粮米三斗，从南京守备成国公朱仪等言也。乙巳，升南京吏部右侍郎童轩为南京礼部尚书。以水灾免直隶徐州及丰、沛二县弘治六年秋粮八千三百四十三石有奇，草一万四百五十余包。丁巳，命发直隶扬州等府官银，助修张秋决河之费。
七月戊子，直隶苏、常、镇江三府风雨骤作，潮水泛溢，拔木飘瓦，平地水高五尺余，沿江地水高一丈，坍塌房屋城垣，民多溺死。庚寅，是日南京大风雨，坏殿宇城楼吻兽，拔太庙、天地、社稷诸坛及孝陵树。
九月丁亥，巡抚直隶都御史何鉴，以水灾上救荒事宜：谓今东南民力已竭，而国用税凝不可亏，惟于岁运量许折色轻赍，庶国用不亏，而民力少舒。乞将今年苏、松、嘉、湖四府兑军粮内，许折征八十万石，每石为银八钱。两京诸司官禄俸，坐派苏、松、常、嘉、湖五府者，许并折银。各府派纳南京各卫仓粮亦许折十万石，每石为银七钱。其各卫仓粮量添一斗之值，以给官军起运。内府茴香等料，弘治六年以后未征解及今年该泥苏、松等府料价，俱乞停征，以待丰年。及苏州府浒墅钞关明年船料钞钱并苏、松等府去年以前，未完户口食盐课税，及今年见征盐钞，俱听收银存留，以为赈济之用，庶民不致失所。户部复奏。从之，仍命折银，每石俱七钱。丙申，礼部尚书倪岳等言：“近日南京风雨之骤作，太庙、陵寝等处树木有拔仆者，且飘落殿宇、廊庑、厨库、明楼、碑亭等处琉璃吻兽，垂带，飞仙、勾头、筒瓦及里城坍塌铺坐。又南直隶苏、松等府，狂风骤雨，平地水涌丈余，坍塌官民房屋二万二千八百九十余间、城垣铺舍五十余处，淹死人口二百八十三人。”
十月己卯，命直隶苏州府起运镇江、扬州等府夏税粮麦共二万八千七百石，暂存留一年，以备本府支给，不为例。
八年正月丙午，以水灾免南京锦衣等卫弘治七年屯粮之半。户部言：“苏州府浒墅镇钞关所收船料余银六百两有奇，欲行巡抚官令作本府赈济之费。”从之。
三月庚于，升河南布政司右布政使朱宜为都察院右副都御史，巡抚苏、松等处，总理粮储。
四月甲寅，工部侍郎徐贯兼都察院右佥都御史，奉命往治苏、松等处水道。乙亥，直隶常州府雨雹，深五寸，杀麦及菜。丙子，命直隶镇江府原派本府并扬州府仓粮，每石暂折征银三钱，以水灾故也。辛巳，先是，江南苏、松等府被水，命南京户部委官核之，乃委主事高垣往。垣偕其养子林及旧隶蒋能同行。所至，每遣林等出，与典赋者为关节议谐所值多寡，若市物然者。银至百两，则所报灾数，不复问其虚实，否则驳之不已。以是州、县闻之，鲜不纳贿。巡按御史吴一贯、巡抚都御史何鉴相继发其事。下南京都察院问。并劾本部左侍郎李益以差委匪人，坐赎杖还职，峘追赃并家属发湖广常德卫充军，林等各坐罪有差。
五月己丑，以水灾免应天府及苏、松、常、镇等府并苏州等卫弘治七年分粮草子粒有差。庚寅，升南京都察院右都御史张悦为吏部尚书。
六月壬子，南京阴雨，自五月二日至是日始晴，坏朝阳门北城墙。庚午，南京工部尚书冯贯奏：“自镇江至九江二千余里，江中洲渚芦苇甚多。洪武中，命所司采取，供本部烧造之费，洪熙中兑十之三，正统、景泰、成化间，折征银课。近多为豪右侵占，柴课之输，十无一二，乞遣官阅勘。”从之。
七月己丑，命南京都察院右佥都御史杨守随提督巡江，带管操江。前此，巡江都御史有不预操江者，南京都察院移言兵部，宜仍旧兼管。兵部复请，从之。癸巳，升常州府通判姚文灏为工部都水司主事，专治苏、松等七府水利。赐之敕曰：“直隶苏、松、常、镇并苏州、镇江等卫所，地方广阔，钱粮浩大，每岁收成，全资水利。积年以来，河港、沟渠、湖塘等项，尽皆壅塞，或被势豪之家占为己业。旱无所溉，雨无所泄，以致田谷不登，军民缺食。近差工部侍郎徐贯，会巡抚等官通行疏浚，已奏功完，但恐岁月浸久，港渎渐致堙遏，水利不能兴举，圩岸愈见坍塌，财赋无处出办。特升尔前职。……尔其勉之，慎之。故敕。”
八月甲寅，先是，建议者请裁革松江府云间递运所，知府陈让言：“本所岁运官物，不当革。”兵部复奏，从之。
九月丁未，裁革淮安、扬州二府管河通判及仪真等县管河主簿各一员。
十一月乙酉，户部会各部、都察院议处明年漕运苏、松等府该起运南京仓粮，请免民起运，就于兑粮水次，如数支与南京漕运官军，准作行粮，每石加水脚米一斗三升。
十二月壬申，先是，应天府府尹冀绮与通判范昌龄忿争，为南京科道所劾，下南京刑部逮问。时绮方朝觐来京，因请自诣刑部对理。狱具，拟赎杖，送吏部查例发落。上命复职，仍罚俸两月。既而，科道交劾绮并及其素行贪污之状，请如例改调别任，或罢归田里。不允。
九年正月甲辰，以水灾免应天、常州、镇江三府弘治八年夏税八万七千八百石有奇。
二月甲戌，以水灾免直隶徐州弘治八年秋粮三万三千余石，草四万四千六百余束，及徐州左等二卫屯粮一千二百七十余石。
三月甲申，以灾伤免直隶苏州府弘治七年起运南京夏、秋粮七万八千余石。
闰三月丙子，南京十三道御史劾奏参赞机务、南京兵部尚书侯瓒及户部尚书叶淇、南京工部尚书冯贵、南京国子监祭酒罗璟、应天府府尹冀绮，俱不职，请黜之。诏淇等俱令自陈。
四月甲申，改南京吏部尚书张悦为南京兵部尚书，参赞机务。己亥，升刑部左侍郎戴珊为南京刑部尚书。
七月壬子，提督苏、松水利、工部主事姚文灏言：“近年以来，黄河决于北，三江溢于南，患亦甚矣！陛下哀悯元元，分遣大臣，奔走治理，筑河而河成，浚江而江导，民食以足，漕运以通。然创制立度，以为经久之计，又今日事也。臣幸得备使令在三江之间，讲求六事以闻，伏乞裁择。一、设导河之夫。苏、松、常、镇沿江近海诸港浦，潮沙之积有常，而疏导之功不继，所以患多而利少。前代或设撩清之夫，或置开江之卒，专一浚治，不限时月。近岁役夫皆临期取于里甲而无经制，小民劳扰，吏缘为奸。富者累年不役．贫者无岁不差。乞将各府导河夫役，悉照江北运河及浙西海塘夫例，每年于均徭内定拨，专一用工，庶几无患；一、发济农之米。宣德初，巡抚侍郎周忱建议，苏、松等处田地虽饶，农民甚苦。其修筑圩岸，开修沟渠，类皆乏食。遂于各府设济农仓贮余米，每年百姓修浚沟渠，支给赈助。历岁既久，名存实废，水旱之备日弛，公私之积渐微。乞申明旧例，每年修圩治渠之日，量给农民一月之食。所费不多，而利实宏博；一、给修闸之钱。臣历考浙西水功，未有不赖官钱而成。故前代提督之使，任内往往有用缗钱数千万者。今江北运河及各洪闸，每年额收桩、草等钱，以备应用。惟臣所治，无一钱之畀。况各处闸坝颓废颇多，修理工价，动以千计，非得官钱决不可为。乞自今修理闸坝，合用料价，请于府县无碍官银支用，庶无废事；一、开议水之局。臣闻浙西水利，国之大计，宋儒胡瑗，教授苏、湖，尚且置斋教学者讲此。范仲淹知苏州，亦尝令所司，每年秋、冬讲求利害，春二月，用工修浚。诚以他州之官来治此州之水，不资讲究，何以施为。乞于苏州府开一局，访求境内素习水利者四五人，每岁秋冬至局，行移各府治农通判，皆来会习，备议利害及修治方略，一月而罢，事似微而效则大也；一、重农官之选。臣又观范仲淹水利议曰：苏湖常秀，膏腴千里，国之仓廪，数郡之守，宜择精心尽力之吏，不可以寻常资格而授。况令治农官专理农田、水利，尤宜慎选。乞将各府治农通判，俱于进士内选用，县丞俱于举人内选用。果有成绩，应内补者，照例行取，应外转者，比众超迁，如此则任用得人而水利自广矣；一、专农官之任。臣惟浙西水事与三时务农之功相表里，非其他土木之役，必待农隙而为。故各府治农官，虽终岁勤动尚不能举其职。近年以来，例以闲官目之，或差遣勘事，或委令捕盗，职既不专，事难为效。乞今后府、县治农官，俱照推官例，不许别差，专一治水与农，庶责任有归，而偷惰无所容矣。”命所司看详以闻。工部复奏：“导河夫役，宜行巡抚与本官酌量地方缓急，佥点备用，可省之处，不须滥设。修理坝闸，听量支官钱。若海口河滩生长芦苇，亦可取以易银，收贮备用，岁终皆藉其数，以凭稽考。府、县治农官，俱准推官例，不许杂差。讲议水利，不必开局，乞令各官躬自巡历，悉其源委，以为疏治之宜。”议上。从之。乙丑，命应天府府尹冀绮致仕。初，绮既被劾，有旨令自陈，绮因叙述年劳，乞赐辩明。吏科参驳，绮不肯引罪自归，且阴令属县老人陈己善政，宜通行究问，以塞幸门。吏部复奏，遂有是命。绮贪冒无耻，其得致仕，犹为幸免矣。
九月丁巳，命漕运每年加耗折银，除还太仓外，尚有余者，贮于淮安府库，来年有缺价卫、所，许其贷支，令次年偿之，著为令。从总督漕运都御史李蕙等奏也。
十月丙戌，户部会议各处巡抚都御史所奏事宜；一、南京运粮指挥、千、百户员缺，请听漕运衙门于管屯、管操杂差内选补；一、弘治九年，各府起运南京文、武职官俸禄，请照数全折收银一年，以苏民困；一、各处运纳南京夏税小麦，多浥烂虚费，请每石折收银四钱。一、请给南京屯军贫乏者牛具、种子。
十年正月己巳，巡抚南直隶都御史朱瑄奏：“太仓、镇海二卫，军民杂处，宜设一州，割昆山、嘉定、常熟三县附近人民三百十二里属之，而领崇明一县。”下户部，复奏，从之。命名太仓州，隶苏州府，设知州、同知、判官、管粮判官、吏目各一员。二卫军储仓及太仓卫学并税课局俱随州改，其阴阳、医学并僧道正司，并增设如制。
三月癸丑，以水旱灾免直隶淮安、扬州二府弘治九年税粮子粒有差。丁卯，改造南京操江座船。
四月乙酉，先是，南京都察院右副都御史张悦奏：“本院并南京刑部当杖断罪囚之时，例委御史、主事及南京锦衣卫千、百户会同杖断。缘杖所去本卫悬远，千百户率不能早会，以致罪囚久待，校尉人等，因吓取杖钱。及杖毕，日已晚，不得发落，仍复收系以待旦。间遇雨雪，尤所难堪。请自今比照在京事例，止令御史、主事会同杖断，不必再会千、百户。其行杖之人，就用地方火甲，不必复用校尉为便。”得旨，俞允南京锦衣卫会同议奏。请仍如悦议，从之。癸巳，以旱灾免直隶丹徒县弘治九年秋田被灾者粮草八之五。
五月乙卯，以旱灾免应天府所属五县弘治九年分秋粮、草束有差。
八月庚午，工部复议：“南京吏部尚书倪岳等所陈罢营建、审营缮、防要害、定输纳、并差遣五事，皆切中时弊，宜如所言。”得旨：“织造内臣，不必取回，余悉从之。”乙亥，兵部奏：“近京地多被水灾，寄养马重为民困，请寄养南直隶徐州并所属各县，应解马皆留本处，不必起解。”从之。
九月癸卯，裁革应天府常平仓、龙江关宣课司、税课局副使各一员。
十月庚辰，改提督易州山厂、工部右侍郎彭礼为都察院右副都御史、巡抚苏松等处，兼总理粮储。
十一年二月乙亥，命南京户部每十年一次奏差内官并科、道、部属官各一员，查盘南京内府各库藏钱、粮，有亏欠、侵盗之弊者，治其罪。
四月甲戌，以旱灾免直隶淮安府及徐州并邳州卫弘治十年分夏税子粒有差。辛巳，巡抚南直隶都御史彭礼奏：“苏、松、常三府，地狭赋重。又于赋外加耗，以备供应，民力不堪。请将岁冽起运京师折麦、折草银七万六千八十余两，存留本处供用，并将兑运耗米，稍加节减。”户部言：“麦草折银原系正额，难准存留，但三府民力已竭，宜以今年、明年者，暂赐存留，不为例。如欲节减兑运耗米，则乞令彭礼径自处分。”从之。丁亥，兵部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所陈修省事宜，其曰罢工作者，请今后团营官军再不差拨，令专一操练，以备不虞；其曰选武将者，请于在京公、侯、伯、都督等宫中推选素有勋望者，守备南京并五府管事；其曰防要害者，请于扬州、仪真二处慎择人以任守备，并添造轻捷巡船，而严私役之禁。”议上，俱从之。
六月癸酉，以水灾免直隶淮安、扬州二府，徐州等卫、所粮草有差。
九月癸丑，遣驸马都尉杨伟告祭孝陵，以修葺南京都城故也。
十月丙寅，兵部尚书马文升等奏：“近年兴作太繁，军士疲于工役，凋敝日甚。而南京武职，宽衣大袖，清谈恣肄，武备日弛，请禁止之。”上曰：“军士疲惫，武备废弛，诚如卿等所言。此后团营官军再不许奏拨上工，各营提督并南京守备等官，务加抚恤操练，毋得因循怠忽。”戊寅，升南京吏部右侍郎梁璟为南京户部尚书。
十一月壬子，加南京水军左卫并直隶淮安卫等十三卫官军之运遮洋粮于蓟州者行粮，人二斗。丁巳，以水灾免南京水军左、骁骑右、沈阳右、应天等卫屯粮二千四百石有奇。
闰十一月丙戌，命扬州钞关明年折收银两，以备营造清宁宫之用。以后仍旧钱钞兼收。
十二月癸丑，命立祠祀故户部尚书夏原吉、工部尚书周忱于苏州之胥门。以常熟县知事杨子器言：“原吉尝治水利，忱巡抚督饷，各有功于南畿也。”
十二年正月甲戌，吏部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言五事：其曰署掌印信者，请今后南京吏、户、礼、兵、工五部及通政司堂上缺官，令南京吏部就于各衙门堂上官内推举署印；三法司堂上缺官，就于三法司堂上官推举署印。仍具职名闻奏；其曰稽核名实者，请令各巡抚、巡按等官，今后开具贤否揭帖，不必专论出身，惟稽核名实，庶本部得凭以为参考黜陟之地，其曰均平铨选者，请查照南京科、道、部属官，今后有年劳既深，才行出众者，遇有两京少卿、寺丞、及在外参政、副使等缺，与在京官员一体奏请升用，其曰照例附选者，谓南京各衙门历事监生，近例俱加历五月，实则直至十五月方附选，人情不堪。请今后南京监生历事十月上选，仍历五月为满，庶彼此适均；其曰疏通郁滞者，近奉诏例，凡官员有因言事及公错并公事诖误，降调为民及充军者，除近日有旨斟酌升用外，其余调者升一级，降者对原品调任，为民者冠带闲住，充军者发回为民。本部遵奉，已再行法司查报，待至日陆续奏清定夺。”从之。辛巳，礼部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言三事：其曰湔涤过名者，请南京官员有犯公私过名纪录在官者，与在京岁终一体湔除；其曰宽免违限者，请监生入监、复监，其过违限期，除水程及旧例外，再宽限一月。若患病有信文凭者，亦与宽限一月；其曰推行圣学者，请因今日所讲之书，验古人已行之事，独运于心，以谨用人之道。”上曰：推行圣学，朕自体行，其余俱从所议。壬午，修南京户部公廨。
二月戊戌，户部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言数事：其曰惩戒奸贪者，凡南京守关、管库新增内官，请赐裁革；其曰修复常平者，请令南京如遇俭岁，将食粮减价粜数万石以济困穷，而以其价银至丰年折放官军月粮；其曰类解文册者，请令南京各卫所岁报户部文册，止差吏役赍送，不许差官，致妨公务。”诏守关、管库内官，令南京守备太监查奏裁处，余从所议。己亥，工部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言五事：其曰并省重复者，谓南京内府库藏，每年二季计料修理，多借公营私。又南京织造事，前差去二内臣，干集有余，近添差太监郑山提督，诚为劳扰。请如所奏，凡库藏或一二年或三五年，遇有损坏，临时具奏修理。其添差太监郑山，乞赐革罢；其曰减造军器者，谓近奉有成例，凡天下军器，岁令减半成造，但未行之两京。今南京兵杖局成造盔甲之类，至四百五十余万件，颇足应用。请行南京兵、工二部，将戊字库原收军器，委官盘验，有敝坏者，逐渐修理，待修完之日，照例减半成造；其曰裁抑侵克者，谓南京龙江关、大胜港抽分局设有御史、主事监督。不知何时，添差内臣。请照在京抽分例，专委御史、主事，取回内官。不然亦宜禁其计筹索取，生事害人；其曰减省差遣者，谓内府针工、巾帽二局，每年奏差内臣四员，往南京取用麂皮等料，所至劳扰。请免差在京内臣，令守备太监督令南京二局，依时造办，选差内臣起运至京；其曰量停造作者，谓内府各监局所需生漆、肥皂等物，火罩等器，象牙、鹁鸽头弰、弹弓等料费用不赀。请令各监局斟酌计处，或停止或减免。今后遇有取用，务经本部转行南京工部，不许径自派办。其南京监局，多破物料及留难解户，掯要财物，请行南京内外守备官，严加禁约。”上曰：“织造、抽分并取用物料，内官俱仍旧不动，余如议。”
五月戊寅，以旱灾免淮安府弘治十一年秋粮。
六月甲辰，命以南京龙江盐仓所积官盐四十九万九千余斤，折支南京文武官员本色俸粮。
七月壬申，命直隶徐、宿二州禁约徐王坟祠樵采。从南京太常寺祠祭署奉祠武寿等奏也。
八月己亥，改南京吏部尚书倪岳为南京兵部尚书，参赞机务，太子太保如故。甲辰，升吏部右侍郎秦民悦为南京吏部尚书。戊申，提督巡江、南京都察院左佥都御史陈璚奏：“江阴县范港巡检司廨宇颓废，港道淤塞已久，而谷渎港四通江海，盐徒纵横劫掠，请移范港巡检司于谷渎港口，以便防御。”从之。
九月壬戌，应天府上元县老人周斌奏：“京城中人之家，凡有死亡，多无葬地，不免火焚。其鳏寡贫难者，遂致委弃沟壑道路，秽气上干，致生灾变，切恐天下皆有此患。乞行各处有司买地，官为封记，匾日义冢。如有无地无依之人亡者，令所在邻保相助，置为衣棺，葬入其内。庶鳏寡贫难者，不致死无所归。”工部复奏谓：“先是，监察御史王相言，京城之外，原有漏泽园，被人占种。乞差官筑立墙垣，明揭门额，该管衙门，各委吏役人等看守。本部已奉旨查理，欲行南京工部并各布政司及直隶府、州、县，旧有漏泽园者，重增修饰。无者，即于本处城外选择空地创造，或名漏泽园或名义冢，葬埋无地无依之人。使生有所托，死有所归，庶免致伤和气。”上曰：“小民贫难，孤鳏死无所归，朕甚悯念。所议是，其亟行天下各该衙门，一体举行，不许虚应故事。”戊寅，以旱灾免直隶淮安府及徐州、高邮卫并海州中、前千户所夏税子粒有差。
十二月辛卯，命应天府所属都税宣课司、局，岁减原额钞三之一。以巡抚都御史彭礼言，近年商利多归北京，课钞不能充原额故也。辛亥，以旱灾免南京水军左等二十二卫弘治九年屯田子粒有差。
十三年正月己卯，命南京工部尚书萧祯告谢孝陵，以南京修理朝阳门城垣工毕也。癸未，裁革应天府太平门税课司副使一员。
二月乙酉，户部欲疏通盐法，请以两淮运司掣过淮北四场引盐，移十分之四南过仪真诸处发卖。每引令商人纳银一钱，以助赈济。自弘治十四年以后，奏请处分。从之。乙丑，以水灾免直隶扬州、淮安弘治十二年粮、草有差。
六月己丑，添设仪真坝闸一座，从总督漕运都御史张敷华奏也。庚子，改南京吏部尚书秦民悦为南京兵部尚书，参赞机务。戊申，升户部左侍郎林瀚为南京吏部尚书。
七月甲戌，南京吏部等衙门尚书秦民悦等，以星变上言：“一、近日移文南京成造醮器十二万件，取内府香科八十万斤，供费转输，苦不可言。伏望躬行节俭，罢出异端，以回天意；一、南直隶驿、递、闸坝等官，属南京吏部给由者，违犯公罪，乞免具奏，随即送问；一、南京内府甲字库，所收宜兴县递年折税麻布，今计十三万余匹，渐至损坏。乞暂将弘治十三年以后麻布每匹征银一钱二分，类解内府，准作绵苧布匹，给散军士应用；一、各处清解军役，凡有未明者，宜先行查勘，然后起解。不许辄将异姓无干之人，往来概扰；一、南京各府卫管事官员，役占军土，多取月钱，导引驺从，往往过制。乞听言官劾奏惩革；一、南京诸司官员折俸，例子八月支绢，十月支布，十一月支小麦，俱在秋、冬，疏密不称。又况支给留难，军职缺食。乞照在京事例，移绢于四月，移布于八月，其有关支过三月者罪之；一、南京凡有兴作，钱粮取之工部，人力取之中府，而监管官员则听于内官监等衙门，事无统纪，弊端百出。今后兴作，必须食粮住坐与轮班等匠，相兼为之。如系大役，内官监委官会同科、道官相计，以法从事。”壬午，升南京礼部左侍郎董越为南京工部尚书。
八月丁酉，工部复：“南京吏部尚书等官秦民悦等所奏，谓南京龙江关、瓦屑坝二抽分竹本局旧例，月给抽分内官茶果钞三十贯，其后内官掊取数十百倍。乞止令折收银三十两，此外有横取害人者，坐以赃罪，请如所奏，行南京工部，查复以闻。”上是之。命抽分仍照旧例行。己亥，工部复：“南京吏部尚书秦民悦等所言，稽考工作及公派物料，今后南京内府常行工作，令住坐匠役与班匠相兼用工，果有重大之役，请令内官监会同科；道官，计定物料，行取应用。不许续行科派，为侵渔之计。违者，许科、道官纠举。又内府各监、局，修造物料，俱由本部转行南京工部坐派。不得用各监、局印信、揭帖，径从南京守备内臣移文南京工部取办。今仍请行南京工部，凡前项径行征派未解者，俱各停止。”从之。
十月戊申，户都会议巡抚都御史及漕运官所奏事宜：“一、南京各卫漕船，旧用杉木，十年一造，泊仪真、瓜州坝上，别雇船兑粮转漕，费多军困。请令改作杂木船，七年一造，听下坝，就水次兑粮；一、直隶山阳县额输徐州、淮安仓小麦，近例欲折粟米，然非土产，请令输麦如故。”上曰：“准议。”
十一月壬申，增造南京后湖库房三十间，贮天下户口黄册，以旧库盈满故也。
十四年正月甲寅，给南京新江口浚河军民口粮，每人月三斗。辛未，巡抚直隶苏、松等处、都察院都御史彭礼等奏：“镇江府所属运河，南抵奔牛坝，北抵新港坝，先因河道浅狭，运船俱从孟渎河，大江经行，径抵瓜州。递年起夫四千，往瓜州坝挑浅。近年运河既通，亦用夫疏浚，又往瓜州挑浅，民实劳于重役。乞令本府人夫，止于本处挑浚，其瓜州坝一带运河，令江北扬州府所属并附近州县人夫挑浅，庶民无重役之劳。”事下工部，请行总督漕运都御史张敷华议处以行，从之。戊寅，巡抚直隶苏、松等处、都察院都御史彭礼奏：“近奉旨，太仓州织造上供细白布六千匹。臣等窃见此州新立，又粮役累重，一旦有此科派，小民诉告不已。因量为处置，官价织完，此后伏乞明诏有司，就行停止。若或服用有常，难于即已，乞借本府浒墅钞关二三年之课，助州县织造，庶民免逃亡之患。”工部复奏。从之。
四月丁酉，直隶徐州及清河、桃源、宿迁三县雨冰雹，历二时乃止，平地积五寸余，夏麦尽烂。
五月戊辰，夜，南京雷火焚中和桥草场。
七月己巳，南京吏部等衙门尚书林瀚等以灾异陈十二事：曰明黜陟，曰去冗官，曰清吏弊，曰定庄田，曰折盐钞，曰处监生，曰严军政，曰省供应，曰收才望，曰禁奸贪，曰停不急，曰宽民力。命所司知之。
闰七月壬午，改提督仓场，户部尚书王继为南京刑部尚书。癸未，吏部议复：“南京吏部尚书林瀚等所言明黜陟事，谓在外司府以下官，俱三年一次考察。两京及在外武职官，亦五年一考选，惟两京五品以下官，十年始一考察，法太阔略，请如瀚等所奏，今后例六年一考察。”从之。
八月，以水灾免淮安及徐州并高邮等五卫、所夏税子粒有差。
九月丁丑，是日晓刻，南京老人星见于丙位，色赤黄。
十二月辛未，似水灾免南直隶徐州明年岁贡之额及粮草，除兑军起运外，悉已之。壬申，以水灾免南京水军左等三十四卫所屯田子粒有差。
十五年六月辛卯，南京暴风。孝陵神官监及懿文陵树木、桥梁、墙垣，多推拔冲塌者。乙酉，升都察院右副都御史王宗彝为南京礼都尚书，户部右侍郎李孟旸为南京工部尚书。
七月癸酉，南京并皇陵大风雨，拔木毁坛壝及官民房舍，江水濫。
八月庚戌，南京及镇江、扬州诸府大风雨灾。甲子，南京太常寺卿杨一清等奏：“南京每年四季并岁暮，例遣勋戚大臣，致祭鸡鸣山功臣庙，是日并祭晋成阳卞忠贞公等六庙，该应天府官行礼。近年以来，本府率委县丞、训导等官代之，恐礼意太轻，乞定为著令。”礼部议谓：“所言宜从。请此后分遣堂上官行礼。如堂上官有事故，即委京县掌印正官，必不得已，乃委府学教授等官。”从之。仍令本府官如无事故，不许推托转委。
十月庚戌，南京大风。
十二月辛酉，以水灾免应天府秋粮。
十六年正月己丑，南京太仆寺少卿胡谅奏：“江北淮、扬二府及徐州先以都御史张敷华奏牧马群长皆五年一更，副群头革去。而江南应天、镇江二府所属群长十年一更，宜令如江北例。”兵部复奏，从之。
二月己亥，巡抚南直隶都御史彭礼奏：“近例养马府、县，以十分为率，生驹不及八分者，管马官逮问。然应天等府、江南之地，不生好驹，而即印之官，必欲取足八分之数。无驹者，皆务买补，每匹价至十两。其不中者，发令转买，追价二两。验中者责养于民，经一二年，当起解时，又验不中，则追价十两。马因有印，人怀疑畏，止可卖价二两，而不足之数，仍取偿于民，则计初买印烙至后卖赔补，共价银二十两，是一驹而科征两马之价。请于应天各处，每岁应课驹而无本色者，追银六两解用，庶便于民。”兵部复奏：“原议八分之例，原为北直隶河南、山东而设，自今应天等府印烙马驹，不必限以八分。但点验果系孳生好驹，量与印烙，听候补种取用。其倒死追赔本色，不堪者，每匹令变卖，与倒死者各追银三两，亏欠者赔之。如迁延逾年不纳或亏欠诈为倒死者，各追银十两解部，转发太仆寺买补支用。以后每年起取江南备用马价，则稽该派数除豁，不必加派。”从之。
四月丙午。南京户部郎中邓琛言：“各处解部银两，旧时加耗不等，今欲每两收耗二分，放支积出作正支销。又本部龙江盐仓检校批验所，客商上纳余盐在仓，年久耗折。宜以十分为率，量收本色二三分。其余每百斤折收银九钱贮库，支与各卫官员折俸。”户部复奏。从之。
五月丙寅，掌南京右军都督府事、武靖伯赵承庆，以公廨失火，上章待罪。命宥之，仍罚俸一月。壬辰，升吏部左侍郎韩文为南京兵部尚书，参赞机务。甲午，修南京浦子口城垣。
七月壬申，南京工部尚书李孟旸奏：“南京各处工程浩繁，钱粮不给。乞将不急之工，俱暂停止，其内府各衙门廊庑之类，非甚损坏者，令本衙门自行修理。”工部复奏。从之。
九月丁卯，南京吏部尚书林瀚等以灾异陈言时政：保固南京。京城内外，水旱灾伤，军民艰窘，况连有猛风拔树木及地震之灾，祖宗陵寝为之弗宁。乞敕南京户部，量发京仓粮米赈济饥民；法司速断罪囚，勿致淹抑。他如兵部官买造船板木，每年亏折客商，以致嗟怨，宜行抽分厂积有板木取用，及各衙门供应器物，应天府各项征科，可免者免，可省者省。庶民之财力不至困竭。己巳，以水灾免南京锦衣卫等三十二卫弘治十五年屯粮十之七；金吾前等卫灾重者免之。丁丑，南京守备太监傅容等奏：“应天府大旱灾重，民穷盗发，欲将南京户部所收水兑余米，差官给赈。”户部请如奏，上命遣部属及府正、佐有风力者领其事，务令饥窘军民，均沾实惠，毋纵下人夤缘作弊，虚糜费钱粮。辛巳，命以南京户、工部官库银及各府州县所收巡江、屯田赋、罚银，增价易米赈济，从南京大理寺副张芝奏也。直隶松江府知府刘琬奏：“本府所属，该出山东、凤阳等处各驿马夫、马价，自正统间，已于秋粮内带征，今又佥解马头，重为民病。乞将正副马头名色开除，止将所征粮银解用。又本府云间递运所有夫百六十名，编定有田中户出钱雇役，三年一轮，贫乏乃更，民甚苦之，乞自今改于均徭内征银雇役。”兵部复奏，命巡抚官审处以闻。壬午，直隶苏州府崇明县飓风大作，海潮为灾。命给漂流房屋头畜者米一石，人口死者米二石，并免今年秋粮万九千五百六十余石，草二万三千一百九十余束。
十月己亥，徐州有盗劫上供船，杀二人，掠银钱以去。既而获首贼，命枭首示众，仍穷追其党。逮问知州王寅、指挥徐恺等罪。丁未，户都会官议处各巡抚都御史及漕运事宜：一、运粮官军行粮，南京多因卫所造册迟误，请令南京各卫于十二月以里造册，转申府、部，定仓关支；一、淮、扬等府及徐州灾伤，存留粮米不足军饷，拟各府、州未解部纸价、赃罚等银存留，以为扬州、高邮、仪真等卫所官军月粮。其江南直隶额运江北各府钱粮，自今每石拟折收银六钱，而以四钱放出积余，以补不足之数；一、拟将两淮运司引盐三十万引及淮，扬二钞关现收今年及明年船料，并赎罪折钞银，照旧仍收本色粮米，以赈淮、扬二府及徐州缺食军民。庚戌，南京户部奏：“近来米价腾贵，乞将南京锦衣等卫、乌龙潭等仓粮米减价粜十万石，以平时价，而贮银于官，待丰年折支官军俸粮。”户部复奏。从之。甲寅，户部议复巡抚南直隶都御史彭礼奏谓：“松江府额解折粮细布至京，费多民困，而原积布乃有陈朽于库者。欲自今每布折银五钱五分解部，发贮太仓。三年后仍旧解布。”从之。
十一月庚辰，命以苏州府浒墅钞关今年秋、冬二季并明年春、夏二季解京课银，留赈苏、松、常、镇四府饥民，从巡按监察御史奏也。壬午，户部议复：“南京监察御史王良臣所奏，谓各处灾伤，而淮、扬等处尤甚。良臣所言，欲暂借钞关银两、赃罚财物、收贮粮价、水兑及存积余米，以为赈济之资，欲停征马价、马匹及夏、秋税粮、并岁办军需、屯种子粒，凡百夫役，盐灶积逋，以苏民困。饥民有流离他所者，恐啸聚为非，请通行所在官司存恤。明年东作之时，贫民有不能自备牛种者，请令所司量与赈给。其言俱可施行。”从之。癸巳，扬州府知府王恩奏：“商人在淮北盐场，有守候岁久无盐可给者，请每引纳银三钱，另买淮南盐卖之，以助赈饥，至明年六月停止。”户部复奏。从之。以旱灾免直隶苏、松、常、镇四府及镇江卫粮草子粒有差。工部提督水利郎中威麟言：“谓苏州等府县蓄水湖塘，多被势家侵占，闭塞水利。乞将近湖田地，原系水荡者，虽有丝钞，亦不许填拉围筑；一谓应天府高淳县之广通镇坝，实三吴水道要地，况溧阳与宜兴、金坛犬牙相入。乞将溧阳并高淳县广通坝下河道，听臣往来经理；一谓苏州等府湖荡、河港、泾溇等项滩涂水面，多被势家告佃，而无告之民，不敢剪草取鱼。乞今后从贫民公共取利，不许势家阻挡。其民荒芜田地，若干碍水利去处，虽有上下奏告，仍行水利官查理。若有用强承买请佃，有司徇情许可者，事发问罪。”事下工部，谓：“其言有见。所请兼溧阳、高淳二县广通坝河道，行巡抚都御史会议。”从之。
十二月丁酉，巡按直隶监察御史陈世良，请以应天等府农民上吏银留助赈济。户部复奏，从之。丙午，命淮、扬等府灾重地方，原派今年果品、蜡、茶等料，尽行蠲免。从兵科给事中杨一渶奏。
十七年正月辛未，户部议复南京给事中徐沂等所言救荒事宜，谓：“南京在城及应天府属县，饥荒尤甚，诸如沂等所奏，简命南京文武大臣一员，督同原差郎中及应天府府尹将户部草价并诸司赎罪赃罚银，与先次奏准水兑脚耗余米，及军卫有司预备仓粮，通融赈济。”上从之，命南京工部右侍郎高铨总领赈济。
二月丙午，巡抚直隶都御史张缙以地方灾伤，请以淮、扬二府并徐州弘治十七年兑军粮米十五万五千石，折收银两，存留本处，以备赈济，俟三年后补还。上曰：“既地方灾重，饥民死亡数多，兑运粮米，准如数存留，此后亦不必补还。”戊申，巡抚直隶都御史魏绅以应天等九府灾伤，请将今年两京官俸粮及南京各卫仓粮七万石，漕运粮米三十万石，征收折色，月粮拟每石银八钱，俸粮并兑运米俱七钱，改兑者六钱。户部复奏，从之。
四月辛丑，都察院奏：“南京及应天等府已得旨，免差官刷卷。”从之。丁巳，直隶淮安府火焚军民房屋五百八十九家，礼部具奏，请行令所司各家赈恤。上是之。命镇、巡等官，痛加修省。凡被灾之家，仍用心赈恤，毋令失所。
闰四月庚午，以应天府地方灾重，命去年奏拟兑军米折银未征者，俱暂停征。令户部查处南京诸冗食之当裁减者。从侍郎高铨、都御史张缙等奏也。辛巳，命南京罪囚应枷号者，至暑月照例暂免枷号。强占屯田至五十亩以上者，依新例，军改发边卫，民迁发口外为民。其侵占不及数者，照常律。从给事中杨褫奏也。
五月壬辰，命取回南京并苏州织造内臣，止行镇巡等官督理织造。从兵部尚书刘大夏等奏也。乙巳，应天、淮、扬等府旱灾。
六月庚辰，工部复奏：“南京吏部侍郎杨守阯等所言量减铸钱事，谓南京宝源局当鼓铸弘治通宝铜钱二千五百六十六万，所费不少，现今各处灾伤，南京特甚。乞暂停铸造，俟年岁稍丰时再议。”命量减原铸数三分之一。丁亥，户部复奏：“南京吏部侍郎杨守阯等所奏，南京各卫，每差余丁送船，既支行粮三斗，各色民匠俱应役之数，又给与工价，并医士、医生、纸钞匠、厨役新添月粮，俱宜革罢。近例运官违限及罪人纳米，俱令折银，旧法废而仓廉虚，乞仍令纳米为便。……”从之。
八月壬戌，巡抚苏、松等处都御史魏绅及巡江都御史陈璚奏：“海贼施天泰等，稔恶不已，请调官军民壮，协谋抚剿。”兵部复奏：“命绅、璚等同谋协力，随机抚剿，务俾尽绝。毋因循纵贼，贻患地方。”丁丑，南京刑部死罪囚，情有可矜者五人。得旨免死者充军四人，杖而发回养亲者一人。甲申，以旱灾免直隶淮、扬二府及徐州等二十八卫所夏税子粒有差。
十月壬申，总督漕运都御史张缙奏：“扬州、淮安府一带运河，七月以后雨水不通，至今干浅，恐深冬无雪，来年运船必致阻碍。乞令所司疏浚，及将清江口筑塞，淮安府仁信等坝修完，以蓄水利。”命所司知之。壬午，南京兵部尚书韩文等陈四事：“一、量减租银。谓南京军民耕种空闲草场，亩纳银一钱者，请亩减三分，以为定则；一、助官买马。谓南京领马官军，每苦办桩头朋合银两，其灾伤地方，请特免一年；一、减牛只。谓南京寝庙供用牲牛，纳时多弊，请量减三分之二，仍查数约束；一、减快船。谓南京水军左卫快船数倍他卫，役及幼寡，请暂免补造。”兵部复奏。从之。
十一月丙申，南京刑部会官审录重囚，奏情真者二人，可矜者四人。命情真者依律处决，余免死，并家属发边远充军。壬子，改南京户部尚书王轼为南京兵部尚书，参赞机务。
十二月丙寅，以水旱灾免淮、扬二府粮草子粒有差。
十八年二月戊午，修南京吏部。甲子，南京刑部奏：“斩罪决不待时者三人，大理寺已审允得旨，欲即行刑。下法司议，谓在京问拟重囚，间有决不待时者，虽经审允奏请，至刑科三复奏，或蒙恩仍监候会审。南京无刑科复奏之例，乞俟秋后诸司会审无冤，仍类奏上请定夺。如有穷凶极恶，难照常例者，更具奏处决，请著为令。”从之。
三月甲午，重造南京历代帝王庙祭品、乐器，以旧器毁于火也。
六月，裁华亭、丹徒、丹阳、金坛四县县丞。
八月辛酉，徐州应纳京仓粮米四万八千石，自今年为始，听征银解送。
十月庚辰，以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮有差。辛巳，南京户部奏：“南京各卫、所岁支户口食盐，宜如例验口纳钞，遣首领文职赴运司领回，听科道等官照名给散，革富室贪官通同包揽侵分之弊。”从之。
十一月乙酉，改南京兵部尚书秦民悦为南京户部尚书。壬辰，南京户部尚书熊翀言：“南京官军月粮，近年水兑者六月，以为过多，是以各仓旧积者尽腐，新收者愈少。欲如旧例，止水兑三月。”户部复奏。从之。
十二月壬子，升南京都察院右都御史张敷华为南京刑部尚书。