武宗正德元年三月丁未，南京东安门皇城脊瓦并大报恩寺塔，以雷震而损。守备太监傅容等既修茸皇墙，又奏请并修寺塔。工部议。“根本重地，雷震禁垣，其灾非他所可比。天心示戒，祖宗之灵，恐亦弗宁，若复修理寺塔，兴土木之工，劳军民之力，非所以答天戒也，愿已之。”上是其言。
四月己未，增置苏州府长洲县塘浦巡检司。丁卯，改南京吏部尚书林瀚为南京兵部尚书，参赞机务。
五月己丑，升提督仓场户部右侍郎陈清为南京工部尚书。
七月乙未，南京六科给事中石禄等奏：“顷岁山移地震，水旱频仍，风霾蔽日，雨雹杀人，为变不一。被灾之所，宜遣官赈济招抚，或蠲其赋税，减其科征。”
十一月丁丑，以镇江、苏州、常州、松江等府、镇江、苏州二卫灾伤，免其存留粮草子粒有差。庚辰，南京守备太监傅容、成国公朱辅等以南京尚书林瀚等会奏，南京营操官军，诈病者众，月粮皆截日扣除，尽言其不便。谓官军实患病者，宜仍给月粮。兵部议：“给粮养兵，正欲操练以备用也，若称病偷安，养之何益。自今实病者，仍俟一月后住支，诈病者宜亟扣除，仍究其官旗作弊之罪。”得旨：“患病三月以里者，不必住支。”己亥，升南京都察院右都御史高铨为南京户部尚书。
十二月丙寅，升云南按察使张恕为南京工部左侍郎、都御史、提督操江。
二年正月戊戌，巡抚苏、松等处都御史艾璞奏：”海贼蔡廷茂等六十四人，皆施天常、钮东山之党羽也。聚众劫掠，烧毁民居，奸污妇女，杀伤官兵，抚之不悛，罪当斩。镇海卫指挥佥事姜瀚、百户杨瑶、王恩，不为严备，致贼夺虏军船，当逮问。”刑部复题。上是之，廷茂等斩如律，其中有称冤者，听为奏谳。瀚等俱逮问。
闰正月庚申，升刑部左侍郎何鉴为南京兵部尚书，参赞机务。癸酉，升礼部左侍郎王华为南京吏部尚书。
五月甲子，升南京吏部右侍郎杨廷和为南京户部尚书；南京吏部左侍郎刘忠为本部尚书。丙寅，以处置两淮等处盐法、右都御史王琼总理漕运。
七月乙巳，以兵部左侍郎韩重为南京工部尚书。
八月壬申朔，南京户部尚书杨廷和等奏：“近欲疏通钱法，凡解户口食盐及商税鱼课钞钱赴部者，必历代旧钱与洪武等钱中半兼收。但洪武、永乐等钱，贮库虽多，给领尚少，况弘治通宝鼓铸未完，市未行使，解户措办不及，官府收受亦难。若令每洪武等钱，折纳旧钱二文，愈见负累。请自今解到钱钞，不拘中半之数，新旧钱俱暂与收受。候弘治通宝铸造完日，照例中半兼收。仍行巡城御史等官，访有阻格及私铸私用者，严加究治，则钱法疏通，官民称便。”户部议复，从之。癸酉，以南京都察院右都御史洪钟为南京刑部尚书。以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮三之二。
十月丙子，南京吏部右侍郎黄珣为本部尚书。
十二月己丑，免直隶扬州等府并徐州、淮、大等卫，所今年分粮草子粒有差，以水、旱灾故也。乙未，改南京礼部尚书刘忠为南京吏部尚书；升吏部左侍郎江澜为南京礼部尚书。
三年二月辛巳，升南京都察院右都御史王鉴之为刑部尚书。
三月戊戌，南京工部尚书韩重奏：“太庙殿宇、孝陵墙垣及武英等殿，当修理者，工役烦多，请行南京法司，将一应赎罪米，仍旧送部折收料银，以备支用。”从之。甲寅，总督苏、松粮储、都御史罗鉴，请给符验。兵部议与之。上令查宣德间例。兵部复，符验之领，始于成化七年都御史滕昭，后遂为故事。得旨，以为纷更，不许。
四月丁丑，起用太子太保、南京礼部尚书周经。壬辰，升通政司右通政黄宝为应天府府尹。
七月乙卯，淮安府山阳县雨雹，如鸡卵，狂风暴雨交作，毁伤秋禾二百余顷，坏船一百余艘，溺死者二百余人。
己未，升提督操江、南京都察院右副都御史雍泰为南京户部尚书。后四日遂令致仕，或谓其不媚中贵也。庚申，太监刘瑾奏：“访得扬州、两淮运司商人杜成等，各名下革支盐引一百一十六万引，堆放在库，若不早处，日久弊生。乞遣科、道官各一员往督运司等官查盘现数，变卖银两，解京送库。”户部议复。有旨，遣给事中、御史各一员驰驿以往。乙丑，升河南左布政使朱恩为南京都察院右副都御史，提督操江。
八月己巳，南京守臣奏：“都城民家起火，延及数百家，男女死者九人，其间贫不自存者甚众，请赈济之。”诏南京户部遣官同应天府长吏，发上元、江宁二县仓粮，验口赈济，毋致失所。给苏、松等处粮储关防。以都御史罗鉴奏，粮储事重，出纳文书恐有奸弊，当预防也。戊子，升户部右侍郎林泮为南京户部尚书。
九月庚子，以灾伤免淮安、扬州二府及徐州夏税子粒。癸亥，南京及淮、扬地方旱灾，命吏部左侍郎王琼随宜赈济。
十月癸酉，以地方灾伤，停南京各项工程，从南京工部尚书韩重等奏也。己卯，以都察院左都御史陈金为南京户部尚书。
十一月乙未朔，户部言：“淮安等处灾荒重大，累经守臣奏请简命大臣往理钱粮，以救饿莩。丁未，暂免淮、扬二府及徐州正德二年以前积欠马匹，以地方灾伤重大故也。己未，总督扬州备倭都指挥袁杰奏请兼管淮、扬、常、镇、苏、松等府地方捕盗事。兵部复奏谓：“事属纷更，且统治太广，亦难防范。宜令杰兼管常州孟渎河至苏、松、通、泰沿海地方捕盗事，如卒不足用，听量调民快，事毕勿得拘留。”从之。
十二月癸酉，应天府旱灾，户部请免其秋粮子粒有差，仍于免数内，量征二分，以补起运两京之数。灾重地方听以半折银。报可。戊子，停征应天府俵解马匹。
四年正月庚申，巡抚都御史罗鉴奏：“丹阳、金坛二县，民饿尤甚，请借拨苏、松二府各米一千石，谷九千石赈之。其苏、松等府，米亦腾贵，宜放预备仓粮，减价量粜，贮其银于官，俟来年丰收，籴谷备赈。”户部复议如鉴言。上曰：“岁歉民饥，朕所轸念，借拨放粜，俱如拟行之。然赈济之惠，当先及于小民，务须计处周详，不可使豪右之家挟势规利，致生奸弊。”
二月庚辰，总督南京粮储、左佥都御史储巏奏：“南京官军俸粮，岁该一百五十万石，现在仓粮止一百七十万石，恐支放不敷。”户部议：“南京仓粮原有二百万石，其余粮斛并湖广、江西、浙江，南直隶府分，灾免不尽之数，仍该征五十六万，尽足支用，宜行各巡按御史督征，并行南京户部差官催纳。”诏如议。甲申，升福建左布政使常麟为应天府府尹。户部奏：“南京地方灾伤，亟宜赈济，彼中米价倍于杂粮，而活人之功，杂粮为多。乞令南京法司并南直隶府、州、县、卫、所，凡遇囚犯，该纳赎罪米者，每米一石，折收杂粮一石五斗，就其本处各仓收贮赈济，仍听侍郎王琼提督。”诏从之。
三月甲午，以旱灾免南京锦衣等卫、所屯粮有差。仍令差南京科、道官各一员，查具顷亩总数以闻。壬寅，南京户部议复：“南京内、外守备等官奏请以户、兵二部及应天府寄库皂隶赃罚席竹、盐引等银七万一千余两，赈济都民。”户部议：“秋成尚远，宜令原委官员，粜卖杂粮，斟酌给散，庶几活人颇多。仍行侍郎王琼，综理稽考，务在放支明白。”诏从之。谕王琼委官从宜粜卖，给赈务得实用，毋致侵欺妄费。
六月辛酉朔，巡按直隶御史赵时中奏：“通州等处坍江田地税粮，乞如兴化县例，通作存留或派附近仓分，米一石，折银四钱，麦、豆一石，各折银三钱。”户部议如所请。诏从之。甲子，户部议复：“巡按直隶御史李廷梧奏苏、松、常、镇四府大饥，乞将正德三年未完税粮，及各年应解物料，暂蠲免。”诏令已征者解部，未征者俟丰年补之。丁卯，升工部左侍郎俞俊为南京工部尚书。丙戌，总督苏、松等处粮储都御史罗鉴奏：“所属各卫，缺官军俸粮，并各部岁派物料无措，乞以其地度僧等银借用。”有旨责鉴招权妄议，紊乱事体，令冠带闲住。遂革原设都御史，以御史苏锡代之，专理不得更代，著为令。甲申，升江西左布政使周宏为应天府府尹。
十月戊戌，升南京兵部右侍郎孙需为南京礼部尚书。庚戌，升南京光禄寺卿李堂为南京左佥都御史，提督操江。甲寅，巡按直隶监察御史李廷梧奏：“勘苏、松、常等府，俱被水灾，而松江地势洼下，淹没尤甚。乞减免兑军粮米，量折以银。”户部奏：“东南财赋，京师之所仰给，起征兑运，皆不可缓。况原额秋粮，在苏为二百三万八千三百石有奇，在松为九十三万九千二百石有奇，在常为六十万六千九百石有奇，中间起运者十之八九，存留者十之一二，若不从宽处分，恐民穷逃窜，无益于事。合于抚按转行管粮官，免极贫小户存留之数。其运兑米，苏州量折二十五万石，松江二十万石，常州府五万石，石七钱，仍扣算耗粮，以补不足，及两京该运之数，令管粮御史通融斟酌，务在得宜。”从之。
十二月丁酉，吏部尚书兼翰林院学士梁储改南京吏部尚书。戊戌，改南京大理寺卿屈直为左副都御史，总督漕运。庚子，升南京右都御史张宪为南京礼部尚书。壬子，户部复：“淮、扬二府灾，请免下户税。又徐州并属县灾尤甚，请折起运兑军粮三万石，石银七钱。”从之。
五年正月癸未，升南京吏部右侍郎朱恩为南京礼部尚书，兵部右侍郎刘缨为南京刑部尚书。恩，旧尝有德于瑾，及瑾用事，深自结纳，二年间，自按察副使五迁，遂至尚书。丙午，升南京鸿胪寺卿丁凤为应天府府尹。
三月丙辰朔，命南京内官监太监董文、永顺伯薛勋、工部尚书俞俊督修孝陵明楼及懿文灵殿。辛未，以水旱免应天、镇江、常州、苏州、松江等正德三年逋税。
五月乙卯朔，升南京太仆寺少卿张凤为南京都察院右佥都御史、提督操江。己未，命都察院右佥都御史魏讷，巡抚苏、松等处，专管粮储。先是总督、右副都御史罗鉴以挪借钱粮得罪。吏部议请裁革。至是，又以苏、松、常、镇水灾，请仍设大臣督理，故有是命。
六月壬寅，升南京刑部右侍郎李善为南京工部尚书。
八月乙酉，户部以苏、松等府奏灾，请令总理粮储都御史魏讷赈济，从之。甲辰，罢苏松等府新佥民壮。始刘瑾添设江南巡捕御史，点佥民壮，所在骚扰，至是巡捕御史已革，故并罢之。戊申，升南京吏部右侍郎孙交为南京吏部尚书。
九月丙寅，改工部尚书毕亨为南京工部尚书。己卯，改刑部右侍郎陶琰为南京工部左侍郎，兼总督漕运。壬午，以致仕南京礼部尚书张宪为南京工部尚书。癸未，升广西左布政使孙春为应天府府尹。
十月辛丑，免应天府秋粮有差，以巡按御史洗光奏报水灾故也。戊申，敕南京工部右侍郎周宏提督修理孝陵。
十一月己未，诏以苏、常、松江三府水灾，凡起运京库及南京各仓税粮、丝绢、绵布，俱量改折色。存留者，本色、折色中半征收，仍存省脚价，以补应兑之数。各卫、所屯粮子粒，俱视灾之轻重除免。从巡抚御史请也。癸酉，命免宝应县河泊所鱼户杂泛差役。
六年正月庚午，改南京户部尚书张澯为南京吏部尚书，升户部左侍郎乔宇为南京礼部尚书。乙亥，升吏部左侍郎李瀚为南京户部尚书。己卯，以水灾免淮、扬等处州、县正德五年粮草子粒有差。
二月丁酉，罢巡抚苏、松等处都御史罗鉴。庚子，命南京右佥都御史张凤巡抚苏、松等处地方，总督粮储。
三月丙寅，起致仕南京礼部尚书孙需为南京工部尚书。甲戌，改南京都察院右佥都御史张凤于都察院，仍令巡抚苏、松。以吏部言旧制苏、松巡抚，无南京衔也。
四月辛巳，以应天府所属上元、江宁、句容、溧阳、溧水、高淳六县灾伤，五年起运改兑无征正米二万八千石，准以贮库赃罚、赎罪、补折起解，每石银五钱。南京各卫仓，长安等四门仓，无征米四万六千七百石，候秋成带征。从巡抚副都御史罗鉴奏也。
十一月乙亥，流贼杨虎破宿迁县，淮安知府刘祥御之小河口，军败，为所执。既而纵归。
十二月，升福建布政司左布政使王绩为南京都察院右副都御史，巡抚苏、松等处，总理粮储。
七年二月乙未，升太仆寺少卿张淳为应天府府尹。
四月庚辰，改致仕吏部尚书刘机为南京兵部尚书，参赞机务。甲申，以水灾免淮安府税粮十六万石，草四十万束。
五月丙午，南京御史许洪宥言：临清、济宁、徐州一带，军民往来曳船甚苦，乞将南京各监，局并在外年例、进贡等项斟酌停止。章下所司知之。
十二月甲子，以旱灾免苏、松、常、镇四府并镇江等卫秋粮有差。
八年正月乙未，以旱灾免徐州等州、县粮草有差。
四月辛酉，以天气暄热，谕南京法司，狱囚笞罪无干证者并释之；徒流以下，减等发遣；重囚情可矜疑并枷号者，俱录状以请。
八月丁酉，以水灾减苏、松等府并所属州、县存留税粮有差。戊戌，南京管理操江、怀宁侯孙应爵奏：“新江口原设操军万一千六百五人，战船、巡船三百四十艘。今操者止七千人，船损坏过半，盔甲之类，亦皆不敷。屡移文内外守备衙门，拨造给领，皆为所遏。又将管操指挥周大伦等取回杂差，占吝不发。臣奉敕谕，凡事与守备，参赞、内外官员共议而行。今事多掣肘，且臣有宿疾，实不胜任，乞罢还。”兵部复奏：“内外守备与操江官，当思协恭共济之义，不可以小嫌致误大事。宜循旧规，其操江军缺者，请以科，道各一人，会守备官选补。船损坏者，南京工部修造。仍令南京法司，今后官军犯罪、立功瞭哨、带俸差操者，俱拟发新江口操备。其余杂差，毋得拨取。大伦等宜逮治。”诏：“操江重事，其令南京科、道会操江官选补。大伦等姑宥之。再犯者必罪，仍调外卫。内外守备及操江等官，务循旧规，协和行事，余如议。”既而，守备太监黄伟等复奏：“应爵及操江都御史张津为指挥赵山所诱，欲事纷更，语侵臣等。”诏：“责应爵及津，令自陈状，山下南京法司逮问。”
九年正月庚辰，罢应天府府丞尹梅，以南京科道官劾其贪污不职也。
三月壬辰，命镇江卫指挥同知孔涌守备仪真。
四月丁酉，改南京吏部尚书张澯为南京兵部尚书、参赞机务。辛亥，升南京都察院右都御史戈瑄为南京刑部尚书，改南京刑部尚书孙需为南京吏部尚书。
七月乙丑，工部复：“应天府府尹白圻奏，上元、江宁人匠逃故者二干一百八十余名，概由坊民陪纳月钱，宜令原籍解补。年远户绝，则以承佃本户田产之家者抵充，无田产则以各衙门近年招入匠役扣补，且言所司冒支原额衣粮，月数千石，宜逮问。”从之。
八月戊午，以灾伤免应天府所属上元等八县税粮有差。
九月癸亥，以旱灾免淮、扬等府、州、卫、所夏税有差。戊寅，兵部议复：“南京兵部尚书张澯所陈机务：一、外守备厅用审事千、百户二人，以听词讼，招权纳贿，虽已革罢，仍乞降旨著为令；一、每年内外守备等官，会同看操，止春秋一次。其余付之把总，告期呈数而已。请每月一再至或旬月连至一营，以较勤惰；一、由票清查差役，军士便之，守备衙门屡次奏革，以滋多弊，乞仍旧例，差官清拨给照；一、正统、天顺间，内官守龙江关者三人，守皇城、都城者二人，内府并甲字库二人，近各增至十余人，政弊民劳，乞裁革；一、南京各卫编佥快船，小甲贫苦不堪，而富者多投补牺牲所，以图影射。宜照旧额，其近年投补者革之。”诏：“现在守关、守门及管库官员，且不动。以后员缺，如正统、天顺间例勿补。由票仍令内外守备与参赞官会议以闻。余如议。”
十一月丙子，裁革整饬苏、松等处兵备副使，从巡抚都御史王缜等奏也。癸未，改服阕南京兵部尚书柴异为南京工部尚书。
十二月丙午，升赏各处擒斩流贼并阵亡官军、淮安等处地方老人王度等一千五人各有差。
十年二月辛卯，以灾伤免徐州正德九年秋粮有差。
三月丁丑，以署都指挥佥事张奎总督直隶扬州等备寇。癸未，监察御史徐盈劾奏丁忧都御史王缜，巡抚苏、松，闻母丧不即奔赴，乃于行台受吊赙，乞罢黜。吏部议复：“缜历任无失，且以母丧即日驰归，盈之言，恐出风闻。”缜寻亦奏辩，事遂寝。
闰四月庚申，免两盐运司余西等场各额盐三万一千八百九十四引有奇，以被海潮漂溺故也。
五月戊子，改南京礼部尚书乔宇为南京兵部尚书，参赞机务。
六月壬申，升南京光禄寺卿王宸为应天府府尹。
九月辛卯，设工部郎中二人，催用大木。吴允祯自仪真邗沟至卫河，达于京师；王宗自荆湖至大江达于仪真，从工部右侍郎刘丙请也。戊戌，南京三法司奉旨，以天气暄热，会审罪囚，当死而情可矜者五人。下刑部复议，得免死者二人，余重鞫奏闻。
十月甲子，以水灾免直隶长洲、常熟、嘉定三县暨苏州卫秋粮有差，从巡抚都御史邓庠请也。乙亥，开南京都察院右都御史黄珂为南京工部尚书。己卯，黜监察御史施儒为民。儒巡按应天等府，尝出城，守门军人请职衔以报守备衙门。儒怒其轻己，执治之，军人因诬服守门私骗人财，发外卫充军。于是守备太监黄伟、魏国公徐俌等不能平，奏儒擅作威福，并及其初至时，不先谒孝陵，枉道还家等事。命锦衣卫执儒至京，掠讯，儒具服罪。法司拟故入人罪律，赎杖还职。诏特黜为民。
十一月丙戌，升都察院右佥都御史张津为右副都御史，巡抚苏、松等处，兼总理粮储。丙申，增设扬州府管粮通判一员，从知府孙禄请也。辛亥，总督南京粮储、右副都御史白圻奏：“南京仓粮往来率有余积，顷因投充军匠数多，遂至告竭。乞清查。”户部复奏，从之。
十二月丙寅，升南京都察院右副都御史邓庠为南京户部尚书。己卯，以旱灾兔淮安、扬州等府、徐州等州、县暨盐城等卫、所秋粮有差。
十一年正月庚子，添设徐州管粮判官一员。
九月癸未，命应天府府尹王宸致仕，以抚按官言其久病贪冒也。庚寅，升湖广左布政使龚弘为应天府府尹。
十二月乙亥，以灾伤免淮安、扬州等府、徐州所属州、县秋粮有差。
十二年二月癸丑，升江西按察司副使许廷光为应天府府丞。戊辰，南京给事中周用、御史王佩、主事林达等奏：“南京内府各监、局，占留撮造军舍六百二十四人，不依期赴操。乞委官清查。”上令内外守备官会工部议处以闻。
三月乙未，直隶徐州卫运军奏，永福仓匮竭，月粮不支者已三年。户部议令所司，严限催征，仍以松江府岁输永福仓折银量补给之。诏以运军贫困可悯，特许补给，不为例。
四月戊辰，以天气暄热，命南京法司现监罪囚，一体宽恤，枷号者暂免。
七月壬辰，南京苏、松、常、镇等府及淮，扬等处四五月后大雨。
八月戊午，以灾伤停征淮、扬等府十一年拖欠寄养备用马匹。甲子，诏发南京仓粮二万石赈给应天府江宁、上元等八县，仍免其粮税，以灾伤故也。
九月辛卯，诏修南京太庙后殿、孝陵明楼及内外城垣，以久雨颓圮也。
十二月壬子，水灾，免淮、扬田租有差。
十三年四月丙戌，服阕礼部尚书刘春，改南京吏部尚书。
七月丙午，南京工部奏：“直隶苏州等处，雨雪侵淫，伤及禾稼，民不聊生，饿殍相望，尽出府库以赈济之，犹恐不足，况办不急之征乎。乞停征原派南京内官监供应物料，以苏民困。”工部复请。诏停征一年。
九月癸丑，南京守臣奏：“应天、扬州、苏、松、常、镇等处大雨弥月，平地水深丈余，漂溺室庐、人畜不可胜计，民间往往质鬻男女及拆卖瓦木以给食者，而有司督租如故。乞赈贷蠲免。”工部复请。得旨：“既水灾非常，人民困弊，诸不急之征，暂且停缓。此后若有派办，仍须酌量减省，毋致重为民困。”己未，以淮、扬及苏、松等处水灾，命巡抚都御史丛兰、李充嗣发所在仓库赈济，从南京工科给事中王纪请也。
十月己卯，南京六科给事中王纪、十三道御史张翀等言：“顷者，孝陵大风偃木，雷火毁献陵明楼，灾变异常。陛下遣官祭告，遇灾而惧之心至矣。但天心示戒，贵在悔悟，非遣官祭告所可回者。况今水旱频仍，公私耗竭，东南粮运不敷，甘肃虏贼压境。师行粮食，闾阎愁难。伏望陛下体天心之仁爱，念祖灵之震惊，速赐回銮，与民休息。庶几天意悦，人心安，祖宗在天之灵，亦当为之忻慰矣。”俱不报。壬午，巡按御史叶忠疏言：“南畿乃祖宗根本之地，所恃以为保障者，有长江之险尔。以故特设都御史一员，操习水战，以为未雨彻桑之图。其委任之权，不可谓不专。而利害所关，不可谓不重。必得其人，斯克有济。今提督操江、右副都御史任鉴，庸懦凡流，滥叨重寄，或有小警，仓惶失措。近者，仪真江寇出没，船不过二艘，人不满四十，而官军为所杀伤者十有九人。不知鉴所任者何事，尚可利厚禄以防大计哉？乞令鉴致仕，别遣才名素著者代之，则武备可修，而陛下无南顾之忧矣。”下其章于所司。癸巳，诏免苏、松、常、镇四府州、县税粮有差。以水灾故也。
十一月己酉，以水灾免应天府税粮、马草有差。辛亥，巡按直隶监察御史陈杰奏：“扬、淮等府及徐州大水，人民溺死不知其数。访之父老，皆云自昔所无。往岁有水患，已尝赈恤，今灾尤甚，宁不思所以救之乎？但污吏日滋，侵冒无禁，穷乡父老，闻朝廷赈贷，携扶入城，守伺月余，反鬻及儿女，恸哭以归，此赈济之弊也。为今之计，不必与之，惟在勿取之而已。今一应常赋，曾不得免，其他之需，纷然杂出。部檄督于上，有司急于下，剥肤椎髓，而莫之恤。丁尽而户存，田亡而粮在。方议赈之，寻复取之，与之仅升斗，而取之尽锱铢。况其所与者，未必尽贫穷乎？乞敕该部凡被灾地方，未征钱粮，小民拖欠者，暂皆停止。全灾者，毋拘三分常例，悉与蠲除。仍谕抚、按诸臣，严督郡县，务以安养生息为事，有犯科克赃私者，罪不止于罢黜。则未死遣黎，犹或有所望也。”不报。
十二月乙亥，户部以苏州府水灾，先从巡按御史叶忠言，减免岁征粮草。而兑军京粮六十五万五千石，岁有定额，宜下巡抚臣通融议处，乃许折银解太仓，以备官军月粮支用，以后仍征本色。议入，报可。
十四年三月丁未，修浚运河。先是都御史威风奏：“近年以来，常州一带河流渐微，高邮诸湖水溢堤决，徐北两岸淹没，南旺上下反复淤浅，漕船迟阻。职此之由，乞令总理河道并巡抚管河等官，及时挑浚修筑。”工部复议，从之。仍敕都御史龚弘督其事。辛亥，升吏部左侍郎王鸿儒为南京户部尚书。甲寅，升南京都察院右副都御史洪远为南京工部尚书。
四月甲子，以灾伤免直隶淮、扬二府、徐州税粮有差。乙丑，南京御史张翀等、给事中王纪等各奏言：淮、扬、苏、松、常、镇，应天诸郡，水灾重大，请开纳银入监、纳粟补官事例，并发各处钞关季钞及借运司积贮余银数十万两，以备赈给。户部复议，监生援例者多有碍正贡，钞关岁解供应，各有定额，俱难轻议。惟当于浒墅钞关折银内支二万五千两，两淮运司变卖盐银亦如其数，令都御史丛兰，李充嗣选委府、州、县官，验极贫下户给之。仍令军民人等，有愿纳银二十两至五十两者，授冠带义民，自正九品至正七品，散官凡四等，移南京户部印编札付四千给之。诏如议。
六月乙丑，敕南京内外守备、参赞，并操江提督、巡抚等官练兵，沿江巡哨防御。以江洋贼作乱，从兵部议也。兵部复：“南京给事中孙懋所陈江防六事：一、南京军职数多，宜足各营把总之用。如果缺人，方许举外卫官之贤者；一、新江口官军，宜选精壮者补之。有骑射精熟者，听提督操江官加赏；一、军器自内库关领者，年久损坏。宜令操江、巡江官验之；一、战舰宜令南京兵部会工部以时修补；一、新江口有左右二河，宜先浚右河，令深广可通潮汐，左河俟年丰议处之；一、水战宜募吴越舟子教习，无事虚文。”诏如议。乙亥，准给南京文武官员四月、八月俸，俱以本色，不为例。时南京米价踊贵也。戊子，户部复巡抚苏、松等处都御史李充嗣所奏赈济事宜谓，内帑既不可发，钞关及寄库银已有常用，生员上纳事例亦难再矣。惟吏典、农民事例可暂准行三月。诏以地方灾重，其别议所以赈之。乃发南京赎罪并草场银四万一千七百两有奇，并浒墅钞关、两淮盐价之赢者。
七月丙午，南京兵部尚书乔宇等得宸濠所移伪檄一，榜文二，具以闻。且曰：“叛贼词语凶悖，罪大恶极，实国法之所必诛，伏望速发京边官军，兼程进剿，无致滋蔓。”上以其疏留中。时南京报至，吏部尚书陆完犹谓漳素贤，恐未必反。兵部尚书王琼复奏，亦谓安庆之报，止具揭帖，而非印信文移，欲复实乃议兴兵，不知其何见也。监察御史陈察言：“江南地方水旱凶荒，其赈恤之法，前代俱有善政。乞令巡抚等官，劝民输粟，量与褒奖，及有犯奢僭等罪，罚纳米谷。”户部议复。从之。癸丑，吏部举都察院右都御史、致仕林俊为南京礼部尚书，诏别议之。
八月壬戌，升宁波府知府寇天叙为应天府府丞。命协同漕运参将陈璠兼分守苏、松、常、镇地方。以防御宸濠故也。癸亥，发仪真、扬州各卫秋班官军守扬子江，从都御史丛兰请也。甲子，户部以大军南征宸濠，请移漕运衙门，以苏州、扬州、淮安三府正德十三年兑军米折银一十八万九百余两，运送侍郎王宪，以备缓急支用。从之。戊辰，起侍养户部右侍郎邵宝为南京礼部尚书。乙亥，升都察院右都御史邓璋为南京户部尚书。丙子，赐敕奖励南京内外守备、参赞官。初，南京兵部尚书乔宇上安庆守城之功，并言分布官军，防守沿江要塞，趣操江都御史刘玉率兵抵安庆会剿宸濠。上以宇等屡陈濠反状，又严兵备御有功，故奖之。辛巳，以水灾免苏、松、常、镇等府夏税有差。乙酉，命致仕参将石玺自率家丁赴南京，领兵擒剿江西逆贼，务收实效，以安地方。从南京兵部尚书乔宇奏也。
九月甲寅，赐敕奖励巡抚苏、松等处都御史李充嗣。兵部言其防察叛逆，忠勤可嘉故也。先是，南京守备太监黄伟、成国公朱辅等以宸濠之变，奏请益兵。令查报军数以闻。兵部尚书王琼复议：“南京各营操备官军三万六千九百有余，不为不多，纵使三分选一，亦可得精兵一万二千，足备战守。却乃闻变张皇，连章奏请，不知朝廷平昔设置留都军马，岁费粮储百万，将何所用。虽屡命拣选各营总管官，稽延不报，罪将谁归。今宜再移南京兵部，即会南和伯方寿祥，并科道各一人，拣选精壮者，定为头拨，听候征调。力弱者次之，听当杂役。有卖放私役者，指实参究，毋得仍前稽迟失事。”得旨，如议。
十一月辛卯，户部议：“直隶淮扬等处灾甚，请如抚、按官所奏，以加征税之三分，暂为蠲免。本年兑运粮尽许折银，无征者改拨支运，其截留运米，如军饷支给有余，尽以赈济。”从之。丙申，上南巡至徐州。辛丑，上御龙舟，自徐州顺流而下。乙巳，至淮安清江浦，幸监仓太监张阳第。时上巡幸所至，捕得鱼鸟，以分赐左右，受一脔一毛者，各献金帛为谢。至是，渔于清江浦者累日。南京及河南、山东、淮、扬等处文武官，皆以迎送车驾汇集，戎装徒行道路间，无复贵贱。江彬不时传旨号召，有所征索，旗牌官拷缚郡县长吏，不异奴隶。通判胡琮惧而自缢。南京守备、成国公朱辅见彬即长跪；总兵、镇远侯顾仕隆稍不为屈，彬怒，数窘之。彬又遣官校四出、至民家矫传上旨，索鹰犬、珍宝、古器，民惴惴不敢致诘。或稍拂之，辄捽以去。近淮三四百里间，无得免者。壬子，冬至，上在清江浦，扈从及抚按等官称贺于太监张阳第。甲寅，上至淮安府，屏侍卫，徒步入城，幸总兵官顾仕隆第。己未，上至宝应县，渔于范光湖。
十二月辛酉，上至扬州府。先是，太监吴经至扬，选民居壮丽者改为提督府，将驻跸焉。经矫上意，取处女寡妇，民间汹汹。有女者，一夕皆适人，乘夜争门逃匿不可禁。知府蒋瑶诣经恳免。经大怒曰：“汝小官敢尔，汝头顾欲斫耶。”瑶不为动。徐曰：“小官苟逆上意，自分必死。但百姓者，朝廷之百姓，倘激生他变，恐将来责有所归。”经怒犹未解，挥使去。经密觇知寡妇及娼者家，夜半忽遣骑卒数人开城门，传呼驾至，令通衢燃炬，光如白日，经遍入其家，捽诸妇以出。有匿者，破垣毁屋，必得乃已，无一脱者，哭声振远近。寻以诸妇分送尼寺寄住，有二人愤恚不食死。瑶为具棺殓之。自是诸妇家，皆以金赎，乃得归。贫者悉收入总督府云。壬戌，上以数骑猎于府城西，遂幸上方寺。自是数出猎，以刘姬谏而止。总兵周神奉旨至泰州，搜取鹰犬。城中骚然，皆逃匿不敢出。乃括居民百余人，充猎手，东循草场，大猎三日，仅得獐兔数只。复欲猎海滨，值道潦乃止。戊寅，上阅诸妓于扬州。抚按官具宴，却之，命折价以进。癸未，上渔于仪真之新闸，因视大江，命江彬摄祭。明日幸民黄昌本家，阅太监张雄及守备马炅所选妓，以其半送舟中。乙酉，上渡江。丙戌，上至南京。
十五年正月庚寅，上在南京。辛卯，初，左给事中徐之鸾等请裁革镇守、分守等官例外奏带人员，不听。至是，南京左卫军厉昶者殴人死，因夤缘为锦衣卫百户，贿总兵官朱洪，奏带之山海关，将为规避计。事觉，有旨执昶付南京按问，都给事中刘洙等复极论奏带之弊。兵部议复：“自今例外奏请及有避罪投托者，宜治以重罪。”上亦不听。庚戌，户部奏：“漕运议单内所载参奏军卫、有司官员例，略无等第，以致上下轻犯，粮运稽迟。请至正德十五年为始，各水次至正月终，有司无粮，军卫无船者，府、州、县管粮官、领运千、百户提问，各住俸半年，迟至三月终者，并府、州、县掌印官，领迄指挥提问，各住俸一年；其船粮不到之数，俱以三分之一为限，仍先革冠带，载罪催攒。若迟至五月者，不分多寡，又并布政司掌印管粮官，领运把总俱提问，各降二级。文职送吏部别用，军职回原卫带俸差操。以上三等，俱听监、兑官查参。其监、兑官亦令依期赴水次催兑，毋迁延误事，以后永为定规。”从之。甲寅，以水灾免直隶淮、扬二府及徐州粮草有差。
二月己卯，发南京户部草价银一万两于守备厅，以给军需。
四月己未，户部言：“淮、扬等府大饥，人相食。自去冬以来，以屡行赈贷，而巡抚都御史丛兰，巡按御史成英，犹以赈济不给为言。请于苏、松截留运米五十二万石内拨十万石，及轻赍银七万二千余两，凤阳、扬州贮库事例银六千一百五十两给之。”诏从其议。仍申饬所司，务加实惠于民。
六月丁巳，上在南京，一日驾幸牛首山宿焉。诸军夜惊，左右皆不知上所在，大扰，久之乃定。传者或谓江彬将为逆矣。癸亥，大学士梁储、蒋冕言：“近南京锦衣卫重囚反狱，随捕未获。臣等窃以重囚在监，尚且逃逸。今反贼宸濠并逆党船泊江上，舳舻相衔，其助逆奸细尚多，岂无藏匿踪迹，往来窥伺，潜蓄异图者。使闻今日有反狱之变，万一因风纵火，乘机劫夺，仓卒之间，虽有强兵，无可致力。则皇上此来，栉风沐雨，涉江越湖，徒劳无益，将何以藉手而归，上以致告郊庙，下以诏谕臣民哉！伏望早回銮舆，以消未形之患。”不报。
七月丁酉，罢南京专管操江、南和伯方寿祥，令回京带俸。以南京给事中王子漠等劾其贪利害人也。
八月壬申，以灾伤免直隶扬、淮、徐所属州、县夏税有差。
闰八月壬辰，上诣孝陵辞。丁酉，上自南京旋跸，是夕发龙江。辛丑，上在仪真，命都督李琮祭旗纛之神。壬寅，上渔于江口。次日，如瓜州，避雨民家。是夜宿望江楼。癸卯，上自瓜州济江，登金山，遂至镇江。幸致仕大学士杨一清第，明日复幸焉。入于书室，命一清检诸书进御。又明日饮于一清第。乐作，上分题制诗十章，赐一清。命一清亦为之。一清为诗进呈，上览毕，为易数字。是日一清厚有所献，上大悦。及驾还，凡五幸焉。又幸大学士靳贵第。时贵已卒，殡于堂上。临其柩，嗟悼之。命所从番僧为之诵经荐福，贵家亦有所献云。庚戌，上发镇江。壬子，上再宿望江楼。
九月乙卯，上在扬州，遣都督宋彬祭旗纛之神于蕃厘观。戊午，上自扬州北还。庚申，上至宝应，复渔于范光湖。镇守太监丘得，索进贡物不得，以铁索系知府蒋瑶，窘辱备至，数日乃得释。辛酉，上驻跸淮安，都御史丛兰、总兵官顾仕隆等进贺功金牌，花红采帐。上戎服簪花，鼓骑入城，过山阳县学入焉，视廊庑肖像，移时复入教官舍，取《资治通鉴》等书以出。先是，有司治故尚书金濂第，以俟临幸，是夜止濂第。癸亥，重阳节，上在淮安，左右竞进菊花，旗牌官遂缘此责取于民，城中大扰。丙寅，上至清江浦，复幸太监张阳第。逾三日，上自泛小舟，渔于积水池。舟覆溺焉，左右大恐，争入水掖之而出，自是不豫，遂返北京。
十一月己巳，南京三法司会审罪囚，坐死者三人，情可矜疑，谪戍者八人，其一妇人杖而释之。壬申，升刑部左侍郎金献民为南京刑部尚书；都察院右都御史丛兰为南京工部尚书。升贵州布政司左布政使赵文奎为应天府府尹。癸酉，升南京太仆寺卿毛珪为南京都察院右副都御史，提督操江。
十六年正月乙卯，以旱灾免淮、徐等州县粮草有差。己巳，升吏部左侍郎廖纪为南京吏部尚书。
五月戊午，以都察院右佥都御史许廷光提督漕运。先是，提督漕运都御史兼巡抚凤阳等府。是年春，部议淮、扬诸郡，岁饥多盗，漕运往往稽误，京储告乏，非一官所能兼理，宜择人分职，仍久任以责成效。乃改原督漕运都御史臧凤巡抚凤阳等府，而命廷光代之。癸酉，革苏、松等府并通州漕运参将。以南京后军都督府署都督佥事杨宏充总兵官，提督漕运，镇守淮安地方。
六月丙戌，工部都水司郎中杨最言：“宝应县范光湖西南高，东北下，往来粮运等船，入湖行三十余里，始出东北堤岸，去湖面仅三尺许。每雨潦风怠，辄至冲决，不惟粮运阻碍，兼盐城、兴化、通、泰等州县良田悉遭淹没。请如昔年刑部侍郎白昂修筑高邮康济河例，专敕大臣一员，加修内河，仍将旧堤增石积土，以为外堤，一劳永逸，可保百年无患，是为上策。其次，莫如照湖埨密次桩栅数层，以为备塘，砥障风波，而旧堤重加修葺，亦可支持数年。若但如年例修补漏缺，苟冀无事，一遇淫潦骤发，即无所措其手足，策之下也。”疏上。下工部议复，用其次策。
癸巳，南京户科给事中陈江上言：“南京除孝陵、江淮、济川等宿卫外，余卫各有快船二十只或十七八只，每船轮编看守军甲、余丁十四五名。其初打造，官给银百两有奇，本船军甲、余丁仍出银如官给之数，方克完造。及至起运装载，内官差占繁多，往来不息。水工舵手俱系军甲、余丁，雇募供给为费甚巨。其船大约三年即坏，仍责军甲、余丁修理，计所费又如初造之数，修理三次，方许更替。故虽殷实军丁，无不破产逃亡者，以致册籍空虚，营伍困瘁。乞敕南京兵、工二部议，其初造，须官给全价，比其修理，估定价值，官给其二，军丁佐其一，庶苦役调停，逃亡可免。”又言：“南京长安，东、西安，北安等门内官、内使克减上直军人饭米，私役卖放，每日守卫不及一二十名。禁卫严重，岂宜疏纵若此。乞严行禁革。”诏下所司议闻。乙酉，淮、扬诸郡俱旱，自正月不雨。
七月庚申，南京户部言：“龙江盐仓二岁所积余盐，青色者四十九万五千六百七十余斤，足支南京百官俸银十之二，宜令如例兼支，以省京储，其白色者九千六百三十余斤，请留给太常。”户部复奏。从之。南京给事中陈江上言三事：“一、恤解户。言南京甲字等库及各监、局内官科索百端，浮费与正额等，民不胜苦，宜严加禁革；一、恤民隐。言仪真以北，张家湾以南，诸濒河地方，疲困已极，复被水灾，宜加优恤，令民无出今年租；一、通商贾。言通州张家湾密切京畿，当商贾之辏，而皇亲贵戚之家，列肆其间，尽笼天下货物，令商贾无所牟利。宜亟禁治，使商民乐业。”疏下户部，复言：“濒河诸郡，诏书已减半税，不得悉竭，致亏国计。恤解户，通商贾，俱如御史言。”上是之。乃禁皇亲贵戚家，不得列肆夺民产，仍敕御史察不法者以闻。庚午，巡抚风阳副都御史臧凤言：“淮、扬二府水灾，民困甚，请以本色马匹改折色，量减其价，如初例。俟丰年而后复之。”兵部言：“先岁马多，寄养于民，故马价贱。顷以南征数征发，马少价贵，民率以四十金致一马。而征折色止二十金，最为便民。且本折中半出，旧制未可猝改，请如抚臣言，今岁未征马匹，暂改折色，其迁延误事及侵冒者，太仆按有司罪状以闻。”报可。丁丑，南京户科给事中易瓒，请以仪真见积皇盐及南京诸逆犯田宅已籍入者，官为鬻卖，以给南京官军俸粮。许之。
八月癸巳，巡抚江西右副都御史王守仁升南京兵部尚书。甲辰，命总理粮储、巡抚应天兼修水利、工部尚书李充嗣兼都察院左副都御史，仍旧任。赐之敕。复添设工部郎中二员，协理水利。丙午，总理粮储、工部尚书李充嗣言：“苏州、松江、常州、嘉兴、湖州五府，正德间，内府新添小火者五千三十一名，岁用食粮各府增派共二万四千一百八十四石余，解进供用库，及节年所派南京酒醋局等衙门复不下数千，通计加耗共一十三万七千余石。岁比不登，小民重困，乞敕该部查免。”户部题复，从之。戊申，升原任陕西布政使司右参政孟春为应天府府尹。
九月辛酉，南京工科给事中王纪言：“南京甲字等库，额设季夫服役。自成化间修葺九库，因借京邑居民以助工作，工竣而夫役不释，遂令岁纳工价一千余两。内外花园，旧有食粮人匠树艺其中，偶以输运花木，亦借民为之，遂占留八十名，每岁纳工价五百余两。各处守御屯军有余丁者，虽无屯田耕种，亦令照丁输税。自此军民胥病，不能聊生，幸一切查革。”户部复奏。上曰：“库夫人匠，如旧例留用，借拨人夫发回本县，勿复更差。诸额外无由之税，悉蠲之。”庚午，南京刑部主事黄伟疏言：“南京内外守备官，为留守旧都设，其一切庶狱不得兼理。今新江口防守之备，漫不为意，顾逾越职守，滥受讼词。请申明旧制饬戒。”从之。癸酉，南京府军左等一十四卫屯田，为水冲塌，守臣谓除其粮，于南京锦衣卫新增土田每亩加增银一厘，以补其数。户部议上。从之。
十一月戊午，总督漕运兼巡抚凤阳等处都御史陶琰奏：“淮、徐连岁灾伤，乞蠲免田租。并请两淮运司余盐银及淮、扬二钞关船料银十五万两给赈。”户部议：“盐银供边难借，从其船料。”议上，以淮、徐要地，许船料之外，仍发太仓银三万两赈之。