二十六年正月丙申，大学士等遵旨复奏：“臣等详问靳辅开浚下河、塞减水坝之处。据云，高邮州之南，两大减水坝自正月可塞至五月，其三小减水坝自正月可塞至三月；高邮州之北，其坝亦有可塞之处，惟高家堰之坝断不可塞。其应塞之处，前与孙在丰会议时并未议出，殊属不合，应将靳辅交与该部议处。”上曰：“开浚下河，其要不在高邮州之坝，惟在塞高家堰之坝。今不塞高家堰之坝，止塞高邮州之坝，何益之有？”上召问靳辅：“九卿问尔之言与朕所问有不同处否？”靳辅奏曰：“有一处不同。大臣云，尔若堵塞淮水入黄河之口，令其流入七州县，则下河修理必致迟误。臣谓修理正河钱粮尚忧不足，安得更有钱粮堵塞无用之口，且黄水强则流入淮河，淮水强则流入黄河，并非人力所能禁止者。臣若阻挠挑浚下河，能逃国法乎？”汤斌奏曰：“今云梯关与前不同，若塞高家堰之坝，则淮水尽入黄河，黄水无倒入淮河之理。从前河堤单弱，不筑减水坝则黄河必致溃决。今堤既高坚，若塞堤坝使水归一路，则沙不停壅、河身渐深。今靳辅惟恐黄河溃决，于南岸毛城铺等处筑减水坝，令黄河之水入洪泽湖。洪泽湖不能容，又于高家堰筑减水坝，令入运河。运河不能容，又于高邮州等处筑减水坝，令入七州县。今七州县之水无所归，不但七州县之民被灾，二三年间黄水、淮水及三十六湖之水皆停蓄、泛滥，则漕运亦甚可虑。今皇上令堵塞高家堰之坝，修理下河，不止七州县之民渐安生理，即漕运亦永受其益。此臣据理而言，似属可行。”靳辅奏曰：“挑浚下河使积水入海，虽云善策，然下河既浚，恐海水倒灌可虑。”上曰：“挑浚下河，海水断无倒灌之理。今若将黄河南岸毛城铺等处减水坝闭塞，则黄河之水不入洪泽湖。洪泽湖止有淮水，则高家堰堤可以暂塞一年，挑浚下河方能成功。尔等会同九卿再详议以闻。”丁酉，大学士等遵旨复奏：开浚下河，应塞减水坝。上问靳辅曰：“黄河南岸毛城铺一带闸坝可以闭塞否？”靳辅奏曰：“永塞不便，可以暂塞一年。”上曰：“闭塞此等闸坝，水势可减几分？”靳辅奏曰：“春夏可减十分之四，秋冬止减二分。臣仰体皇上爱民之心，故议闭塞一年。若黄河南坝永塞，恐淮水弱不能引入清口，黄水发反逆灌入淮河。”上曰：“淮水原不弱，或恐河南等处水少以致淮弱。若将高家堰减水坝堵塞，则淮水自不弱，黄水岂能逆入耶？”靳辅奏曰：“臣议将高家堰之古沟、塘埂两坝，自正月闭塞至四月初一日开。其余四坝亦自正月闭塞至六月初一日开。”上曰：“塞此六坝可无患否？”靳辅奏曰：“五月以前犹可无患，六月以后不可必矣。”上曰：“欲开下河须塞上流，若但塞高邮州之五坝，不塞高家堰，所谓不揣其本而齐其末，于事何益？”靳辅奏曰：“前孙在丰止议高邮州，未尝及高家堰，故臣亦止云高邮州等坝宜闭耳!今皇上所见最为洞悉，臣何敢欺隐，高家堰之坝亦当如圣谕闭塞也。”辛丑，谕工部：“下河工程，今年着止将高邮州大小坝及高家堰坝照靳辅等所奏定限堵塞。令孙在丰等挑浚海口，其黄河南岸闸坝着于来年堵塞一年。其高邮、高家堰等闸坝既限期堵塞，着孙在丰速备工料、人夫，自今年十二月兴工挑浚下河。勿致违误。”
二月壬申，户部奏：浒墅关监督桑额任内，除征收正额外，溢银二万一千二百九十六两零。得旨：“设立榷关，原欲稽察奸宄，照额征收，以通商贾。桑额征收额课乃私封便民桥，以致扰害商民，着该衙门严加议处。关差官员理应洁己奉公，照例征收。嗣后，有不肖官员希图肥己，种种强勒，额外横征，致害商民亦未可定．尔部通行严饬。”
三月己丑，以董讷为江南、江西总督。丙申，以慕天颜为漕运总督。辛丑，谕大学士等：“与孙在丰同往修河诸员未尝留心河务，惟事图利，孙在丰以汉人不能约束若辈。原任淮扬道高成美乃罢职之人，今犹不赴京，必与往修河工诸员串通妄为。河工事关紧要，须与江南、江西总督、总漕、总河会同商酌修理，方克有成。着交九卿议。”癸卯，九卿遵旨议复：“皇上轸念高、宝七州百姓久罹水患，特遣大臣挑治下河，甚盛心也。今所差司官便己怀私，不听侍郎孙在丰调度，请敕下江南总督、巡抚及总漕、总河会同孙在丰监修，庶工程无所阻挠。原任淮扬道高成美系降调之官，乃淹留彼地，行事不端，实为可恶，应移文地方官，敕令回京。”上曰：“朕特颁内帑浚治下河，原为救民起见。今国计非绌，钱粮不敷，何妨再请颁发。闻差往各官，初欲派之民间，后又中止，仍复按引派加盐课，是未尝救民先已害民，岂不大负朕之初意乎！此事断不可行。着停止，通行晓谕。差往各官着撤回。余依议。”
四月丙寅，以田雯为江苏巡抚。
九月乙未，大学士等奏：“臣等遵旨查江宁七府、陕西全省应免钱粮共计六百万两有零。亘古以来未有蠲免如此之多者，臣等因为数太多不敢遽议。”上曰：“朕念切民生，即多蠲亦所不惜。尔等拟谕旨来奏。”
十月丁巳，以宋荦为江宁布政使。壬戌，大学士等奏：“前总河靳辅奏称高家堰之外再筑重堤，请停丁溪等处工程。奉旨着问巡抚于成龙，今于成龙复称挑下河有益于民。若照靳辅之奏修理，则民反受其害。”上曰：“挑浚此河原欲有益七州县生民。靳辅奏称，高家堰等处筑堤以为屯田，可获百余万钱粮。朕以利益民生起见，非为钱粮也。此挑河关系紧要，着户部尚书佛伦、吏部侍郎熊一潇、给事中达奇纳、赵吉士会同江南总督、总漕确勘议奏。”
十一月辛丑，免江苏明年额赋，今年未征者并除之。
十二月乙丑，户部尚书佛伦等查看河工回奏：“河臣靳辅奏请修筑高家堰重堤，束洪泽湖水尽出清口，并黄河两岸立闸分泄黄水。而抚臣于成龙又奏，下河宜挑不宜停，重堤宜停不宜筑。彼此意见不合。臣等会勘上下河道，知高邮等七州县水患，皆因洪泽湖水从减水坝东注高邮、宝应、邵伯三湖，流入漕河，又从高邮城东堤减水坝流入下河，以致七州县民田被水淹没。故治下河必先塞上流，使上流之水不得东注下河，则保守高家堰水出清口，自为第一要着。臣等阅视高家堰地势，应如河臣原议。史家店以南，石堤以东，筑一月堤，使六坝所减之水，由重堤以内流出清口，自不致冲突堰堤。但洪泽湖之水流入漕河，漕堤关系紧要，宜行减泄。应将淮安以北五叉河闸开浚，引水由草湾入海。至淮安、宝应、涧河等处亦应开浚，引水由射阳湖达庙湾入海。其高邮城东堤五座减水坝系下河水患之源，今淮安府南北既经开浚，此处俱应堵塞。黄河两岸仲家庄、草湾等处建石闸三座，分泄黄水入海，仍照原议外，惟安东县五里墩建闸泄水，由盐河入海。恐开闸之水逼近安东，实属危险，应将石闸移建城东。再看得下河形势，现在流通，今既堵塞上流尽注清口，则下河水势自然渐减，应将白驹、丁溪、草堰三口各工尽行停止。其修筑月堤并涧河等处开浚、建闸所需钱粮，应令河臣确估题请。”得旨：九卿、詹事、科道会议具奏。
二十七年正月丁酉，江南道御史郭琇奏参靳辅治河无功，听幕宾陈璜阻挠下河开浚，宜加惩处。又户部尚书王日藻等议靳辅奏请屯田一事，有累于民，请行停止。至高家堰之外再筑一堤，应如靳辅所请。上曰：“河道必亲历其地，然后可议其事。尔九卿等俱未亲历，徒然悬揣，安有定论。”遂令郭琇近御前，顾九卿等曰：“朕南巡时，往勘河道，高家堰南北及清口以南、高邮等处，朕俱沿堤步行，亲加详览，河上情形颇深悉之。今欲筑重堤使水由清口入海，若果有裨益，则当日何以不早筑耶？高邮等七州县百姓苦累异常，此朕目击而伤心者。今于堤外又筑一堤，是重困小民矣！至于屯田，有利于廷臣而害民实甚。陈璜本一介小人，通国尽知。屯田之说，江南人莫不嗟怨，尔等宁不闻耶？”兵部梁清标奏曰：“屯田实有害于百姓，断不宜行。”上以郭琇参本令九卿一并会同察议具奏。
二月戊申，漕运总督慕天颜奏：“前臣等会勘河工，河臣靳辅议筑高家堰重堤，臣等议修高家堰旧堤。后尚书佛伦等奉命再行会勘，皆从靳辅臆说，臣不敢附会。且河臣倡举屯田一事，屯官丈占民田，百姓苦累，臣据实奏闻。”得旨：本内事情着九卿、詹事、科道察议具奏。
三月甲戌朔，工部左侍郎、监修下河孙在丰奏：“前臣与佛伦等会勘河工时，原议海口应行挑浚，拟有奏稿，后竟不以上闻，虽系佛伦主稿，实靳辅阴谋也。其幕宾陈璜黩货无藉，法所不宥。”得旨：九卿、詹事、科道一并察议具奏。
河道总督靳辅奏：“中河工竣，运道新通，请加高筑遥堤以图永保。”从之。乙酉，九卿等遵旨会议：“下河海口宜开，高家堰重堤宜停筑。各减水坝俟河口开通之后酌议，紧要者留之，不紧要者塞之。至靳辅等应行议处之事，俟孙在丰、慕天颜到京时问明再议。”上曰：“不必等候董讷、慕天颜、孙在丰等。身为大臣，凡有所见即当奏明。乃事前并未题参，于他人参奏之后始行具陈，且今日之言如此，明日又复如彼，全无定见，可谓大臣乎？今下河海口应行挑浚，其各闸坝俟海口挑成，或留或塞，再行定夺。”谕吏部：“总河靳辅、总漕慕天颜、侍郎孙在丰互相讦参，靳辅、慕天颜不便留任，孙在丰亦不便修河，伊等员缺应速行更换差遣。”已丑，调王新命为河道总督。庚寅，免康熙十七年以前江南漕粮。以马世济为漕运总督。丁酉，九卿等议复：“河工一案，将总河靳辅拟革职。其奉差阅河之尚书佛伦、熊一潇，给事中达奇纳、赵吉士，督理下河之侍郎孙在丰，会勘河工之总督董讷，总漕慕天颜俱拟革职。幕宾陈璜革去职衔，拟杖流。”上谕大学士等：“凡为臣者，怀挟私意，互相陷害，自古有之，不但汉官蹈此习俗，虽满洲亦然。尔等宜竭诚秉公，变此习俗，以尽臣职。此案着将靳辅革职；佛伦任工部时极其勤劳，凡奉差派遣亦能胜任，但议此事，舛错殊甚，着留其佐领，以原品随旗行走；董讷、孙在丰在翰林时颇优，从宽免职降五级，仍以翰林官用，熊一潇极其庸劣，慕天颜居官不善，俱革职；赵吉士行止不端，亦着革职，达奇纳着降五级随旗行走，陈璜革去职衔，解京监候。”壬寅，停止河道总督坐名题补河员。
四月甲辰，九卿等复奏：“总河靳辅开浚中河，果否可永通漕运，应交新任总河再行查明，详议具奏。”上曰：“中河粮船今年可行，则每年亦可行，此自然之理也。但靳辅已经革职，新河臣尚未到任，现在河员或视河工与已无涉，不尽心力，以致运艘阻滞，亦未可定。其即令学士凯音布、侍卫马武等前往看阅。”戊申，以傅拉塔为江南、江西总督。调胡献征为江苏布致使。癸丑，以洪之杰为江苏巡抚。庚申，内阁学士凯音布、侍卫马武等奉差看阅中河回京，绘图进呈。召大学士、学士、九卿、詹事、科道等入行宫，谕曰：“前于成龙奏云，靳辅开中河无所裨益，甚为累民，河道巳为靳辅大坏矣。今凯音布等往勘中河奏云，中河内商贾船行不绝，若塞支河之口，则骆马湖之水汇流中河，水势既大，漕艘可通。今数年以来，河道未尝冲决，漕艘亦未至有误。若谓靳辅治河全无裨益，匪特靳辅不服，朕亦不惬于心矣！于成龙在直隶爱民缉盗，居官颇优，但怀挟私仇，阻挠河务，殊为不合。朕非欲起用靳辅，止以河务所关甚大耳！今九卿已将靳辅议罪，皆言其治河无益。若王新命闻之，亦顺从于成龙之说，以靳辅所治不善，大坏河道，将原修之处尽行更改，是伊等各怀私忿，遂致贻误河工，可乎？且黄河自宿迁以下冲决犹可修治，若宿迁而上或致泛滥，则为害甚大。前旨令马齐往鄂罗斯，今河工紧要停其前往，着即同张玉书、图纳往阅河工，务将毛城铺、高家堰等地方遍阅。就靳辅所修之处，其甚善而断不可改者有几，不善而应更改者有几，详悉商酌。其汉军、汉人官员尚应添遣，着开列具奏。又凯音布等奏称，中河所行漕艘，慕天颜勒令退回，支河之口不许闭塞，慕天颜如此阻挠深属可恶。尔等速回京将慕天颜提拿夹讯，问谁为唆使，则情实毕露。此等之人不重加惩治不可也。朕素不食言，亦不为异日无验之语。向者，岳州洞庭进剿兵船，众议谓宜撤回，朕独以为不可，卒致成功。靳辅以丈出民间余地作为屯田及阻抑开浚下河，其罪诚不可逭。至有官黄河沙底渐高，此断不可信，譬之盆内贮水，遇风尚且溢出，使黄河沙底果高，一有风涛，其有不漫溢横流、决堤溃岸者乎！”
八月乙卯，兵部尚书张玉书等奏：“臣等勘阅黄河水势，两岸出水颇高，河身渐次刷深，数年来虽遇大水未经出岸；河身淤垫之说甚属虚妄，其海口两岸二三里，黄水讯溜入海，并无阻滞。至黄河南岸减水各闸坝，现在虽不过水，但从前俱酌量形势建立，以防异涨，俱无庸更易。北岸朱家堂等减水坝，前河臣靳辅因修中河，有拆毁者，亦有闭塞者，应无庸议。其王家营西减水坝向未过水，且在仲家闸下流，相应仍留。朱家堂等坝既经闭塞，应将北岸之大谷山减水闸坝并镇口闸照旧仍留。其减水闸坝之引河，既无常流之水，必致淤塞。除已经挑成引河者不议外，应将未挑引河者停止挑浚。至白洋河之便民闸，地势视归仁堤较高八九尺，现在之水俱可由归仁堤五堡减水坝宣泄，则便民闸引河亦应停止挑浚。其高家堰等处有减水坝六座，内因武家墩、高良涧等坝所减之水太甚，今移设于茆家围等高阜之处，则流入高邮、宝应等湖之水较前差少，应将所移之坝仍留。清口流入运河之水一由太平闸，一由七里闸两道分行，水势平缓，甚便漕挽。又使运口去黄稍远，亦无倒灌之虞，此修建之处甚善，无庸更改。至洪泽湖所泄之水，由高邮、宝应、邵伯等浙流入运河，关系运道，应将高邮、宝应等处所有减水闸坝照旧仍留。其微山湖、荆山口入里运河之水，由猫儿窝、马庄集、万家庄等三座减水坝宣泄入骆马湖，仍应存留。至于中河，宽八九丈至十余丈不等，深五六尺至一丈四五尺不等，若使中河安流以济舟楫，免黄河一百八十里之险，事属甚便。但中河逼近黄河，不便挑宽，而里运河及骆马湖之水俱入此河，河窄难以容纳。勘阅萧家渡、杨家庄、新庄口三处，有黄河冲决入海旧河形，应交与河臣量建减水坝三座。水小之时勿致漫流，水大之时即行减泄。其河形稍有浅窄之处，亦另行酌量挑浚。至骆马湖进黄河之口，应照靳辅原议建减水坝二座。今年水势甚大，俟水落时令河臣验明建造。支河口亦应照靳辅原议闭塞，于邻近处建板闸一座，令随时启闭。仲家闸出黄河之口太直，如遇黄水泛涨必致倒灌，应稍向东南斜挑，于口西下埽，以避黄流，庶免黄河倒灌。至中河，既经挑浚，其宿迁县北拦马河减泄黄水坝三座，不便令更入中河，应将此三坝闭塞。又骆马湖减水坝三座，内二座所减之水虽注入中河，但令中河建立闸坝减水，相应将此二坝仍留其一座，在遥堤外从旧河形入海。而出水之口逼近遥堤，亦应交与河臣帮修堤根，保护遥堤，毋致他虞。至于运河内永安堤，两面受水，势甚危险。又归仁堤五堡减水坝被水冲坏并黄、运两河被刷坍塌之处，俱一并交与河臣修理坚固。”得旨：九卿、盾事、科道会议具奏。
十月壬寅，九卿等议复：“兵部尚书张玉书等奏，公阅河工，请将原任河道总督靳辅修筑之闸坝、引河、堤埽及建造挑浚工程有应留、应止、闭塞、增添之处，又黄运两河有受冲被刷应修筑者一并交与河臣修理坚固。”得旨：“拦马河泄黄水之坝应否闭塞，着河道总督详看议奏。”丁卯，赈江南邳州等五州县水灾饥民。
二十八年正月丙子，上启銮南巡。壬辰，上御舟由中河阅视河道，遂自清河县渡黄河，泊清口。癸巳，蠲除江南全省积年民欠地丁钱粮、屯粮、芦课、米麦豆杂税。乙未，幸扬州。丁酉，御舟泊镇江府金山寺。
二月辛丑，幸苏州。丁巳，上驻跸苏州。戊午，松江府属百姓以蠲免钱粮建亭立碑，祈祝圣寿。江南苏、松绅士军民等叩圣驾暂留数日，以慰万姓瞻天觐日之私，并献本处所产土物。上曰：“国家之用虽尽出于百姓，朕兹南行，民间之物秋毫无扰。尔等既各输诚，姑取米一撮，果一枚，以慰民殷殷来贡之意。至朕南巡事毕，已奏闻皇太后矣，明日发驾，不必勉留。”臣民复再三叩请，继以泣下。上勉谕其请，命再驻—日。己未，以江苏按察使李国亮升补江苏布政使。癸亥，上幸江宁府。甲子，祭明太祖陵。
三月戊辰，以高承爵为江苏按察使。赉江宁、镇江驻防兵饷一月。壬申，御舟次淮安府。甲戌，上阅视高家堰一带堤岸闸坝。丁亥，马世济有疾，着原品休致，以董讷为漕运总督。
四月甲申，河道总督王新命奏：“臣详勘下河，形同侧釜，丁溪、草堰、白驹等海口诚泄水要道。自开冈门、白驹二口以来，势虽疾趋东下，但深浅不等，尚未一律深通，应速行挑浚。惟目今已届孟夏，伏水将至，白驹一工去海不远，潮水甚大，草堰一工挑过无几，应俟今冬明春水退潮消之日，克期兴作。止丁溪一口去海稍远，臣相度形势，自沈家灶至捞鱼港及丁溪闸下未挑工程，次第先行挑浚。至串场河，为西来诸水汇归下丁溪、草堰、白驹等河入海之要道，所有应挑三十七里，已乘时趱挑。”下所司知之。
七月丙辰，谕：“朕巡幸江南，凡所经历，于编氓疾苦，必详加体察，如伤念切，每霈恩膏。朕过邳州，亲见彼处田地多为水淹，耕耘既无所施，赋税于何取办？其现在被淹田亩应纳地丁及漕项钱粮俱行蠲免，历年逋欠亦尽予豁除。该督抚即行出示，遍晓穷乡，仍不时廉察，倘有仍行私征者题参，从重治罪，以副朕爱恤民生至意。”
十二月戊辰，先是，上以江南仪真河闸关系运道，命河道总督王新命，江南、江西总督傅拉塔，漕运总督董讷详阅议奏。至是，王新命等奏：“仪真河闸为上江漕艘经由要道，闸外江口北新洲一带俱系干涸，而北新洲之外又有沙漫洲平铺于江中，横亘二三百丈，难以筑坝。若自沙漫洲昆从北新洲腹内向东北斜开引河，以通四闸，不能保无坍淤，似仍应挑北新洲旧河身直通四闸。一切粮艘令循沙漫洲尾转入新河口，可以通行。其日久或有淤阻之处，应听河臣酌量挑浚。”下所司知之。
二十九年二月己卯，江南、江西总督傅拉塔奏：“江南百姓感戴圣恩，起造龙亭，建立石碑，其碑文进呈御览。”上曰：“蠲免钱粮，原欲使小民物力稍舒，渐登殷阜。前已颁谕旨，民间建立碑亭颂扬德意，虽出群黎爱戴之诚，但恐致烦民力，嗣后地方官员不得借端修葺碑亭，以滋扰累。”命发常平仓谷赈济江南邳州、睢宁等八州县并徐州卫被水饥民。
五月辛丑，刑部等衙门议复：“江南、江西总督傅拉塔奏，臣察审沭阳县民周廷鉴叩阍告太常寺少卿胡简敬父子兄弟一门济恶，霸占民人妻女田产，诬良为盗等事，俱系情实，胡简敬应革职，徒三年；胡旭、胡敷世俱应绞；胡简尤等俱拟杖徒。巡抚洪之杰奉旨交审事件，不速行审讯，反收胡简敬诉词，明系徇情，应降三级调用。”上曰：“胡简敬等一门济恶，霸占民人妻女田产，诬告盗情，致毙人命，阖县之人遭其毒害。种种恶迹，昭然有据，督抚不行举发，科道漫无纠参，无非畏其势力，赡徇情面。今已告发审实，若不严加处分，立置重典，何以为直隶各省不法绅衿、积恶豪强之戒。胡简敬等应于彼处正法治罪。巡抚洪之杰为地方大吏，平日既不能体察纠参，及经告发，又不速行审治，迁延徇庇，殊负委任，应革职。着九卿、詹事、科道会同议奏。”己酉，谕大学士等：“河道所关至为重大，一二年来雨水稀少，管河官视河道为常事。今年雨水似多，可驰谕总河严饬该官昼夜防视，务保河堤无虞。”
九月乙卯，江苏巡抚郑端陛辞。上曰：“江苏地方繁华，人心不古，乡绅不奉法者多。”郑端奏曰：“若乡绅肆行无忌，自犯科条，臣惟有执法而已。”上曰：“尔止须公而忘私，亦不必吹毛求疵，在地方务以安静为善。”
十二月，免江南六合、江都等十七州县水灾额赋。
三十年八月乙巳，以张志栋为江苏布政使。
九月甲戌，谕大学士等：“河道关系紧要，着户部侍郎博际、兵部侍郎李光地、工部侍郎徐廷玺前往查阅，靳辅亦着同去。靳辅于河务最为谙练，如黄河险工不能完固，则运河、中河俱坏。着将黄河刷底深阔，及所修险工之处从公阅看。”
十月，免江南兴化等县蝗灾额赋。
十二月甲申，谕户部：“朕抚驭区宇三十年以来，早夜图维，惟以爱育苍生，俾咸臻安阜为念。比岁，各省额征钱粮业已次第蠲豁。其岁运漕米向来未经议免，朕时切轸怀，所有京、通各仓米谷撙节支给，数载于兹。今观历年储积之粟恰足供用，应将起运漕粮逐省蠲免，以纾民力。除河南省明岁漕粮已颁谕免征外，湖广、江西、浙江、江苏、安徽、山东应输漕米，着自康熙三十一年始，以次各蠲免一年。至江宁、京口、杭州、荆州大兵驻防地方，亦应预行积贮。着将康熙三十一年起运三十年漕米各截留十万石存贮仓廒，令该地方官谨慎守视，以备需用。”
三十一年二月辛巳朔，吏部议复：“山东巡抚佛伦奏，原任运河同知陈良谟告河道总督王新命勒取库银，王新命奏参陈良谟悬欠河库银两。今据陈良谟供，王新命共勒取库银六万七百两，请将王新命调赴省城质审，应如所请。其河道总督事务暂交漕运总督董讷署理。”上谕大学士等：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上，至今尚存。倘河务不得其人，一时漕运有误，关系非轻。董讷为人性刻，恐其债事。靳辅熟练河务，及其未甚老迈，用之管理，亦得舒数载之虑。靳辅着为河道总督，王新命着解任。遣户部尚书库勒纳、礼部尚书熊赐履前往会同该抚察审。”
四月甲申，刑部等衙门议复：“户部尚书库勒纳、礼部尚书熊赐履等察审原任河道总督王新命借用库银一案，应将王新命照监守自盗律拟罪；同知陈良谟侵盗库银，应斩；守备李文隆私借库银，应绞；济宁道韩作栋私借库银已经还补，应革职减等枷号。”得旨：“王新命等俱从宽免罪，着革职。”庚子，河道总督靳辅奏：“请复建新庄闸以利运道。又仲家闸下陶家庄地方，应添造一闸，使两闸行运，互相泄泻，尤于黄、中两河大有裨益。”下部议行。
六月庚辰，调宋荦为江苏巡抚。
十月戊戌，以王燕为江苏按察使。
十一月甲寅，河道总督靳辅奏：“淮、扬、凤、徐所属州县地方各有开河、筑堤、建造闸坝、栽柳之处，俱系民间纳粮田地，理应豁免钱粮。至于两河归故道、中河告成之后，其黄水涸出及河湖低洼之处，淤成膏腴熟地，豪强占种而不纳粮者亦复不少，应查出升科。请敕下江南督抚就近清查。”得旨：“遣地方官丈量踏勘，恐借端扰民，着遣部、院堂官前往会同该督抚，将应豁免、应开科钱粮确查定议具奏。”寻命吏部尚书熊赐履前往确查。甲子，河道总督靳辅引病乞休，允之。乙丑，工部议准：“河道总督靳辅奏，高家堰加筑小堤，中河挑浚河沟，增高遥堤，添造闸口。俱应如所请。”上曰：“中河甚为有益，靳辅欲挑浚河沟，加高遥堤，又塞张庄运口，修骆马湖东西石闸，水涨之时开之使流，水落之时塞之使聚，其言犹可。至于高家堰堤外欲筑一小堤，此岂可乎？且承受洪泽湖大水全惟高家堰是赖，将高家堰之堤筑之，使其益坚则可，其外筑一小堤有何益哉？倘高家堰之堤冲决，则一小堤能御之乎？此皆靳辅执其向时意见而行之也。”丙寅，谕大学士等：“靳辅修治河工不为无益，但今年老有病，已就昏耄，未可定耳。高家堰障淮敌黄最为紧要，作何加修以期永远坚固？着大学土张玉书、刑部尚书图讷前往查视。”戊辰，九卿议复：“河道总督靳辅奏，于黄河两岸栽柳、种草、设立涵洞。应如所请。其挑浚河沟，引水淤垫堤下积水之处，又引水淤垫邳州低洼之处，应令该督详议具奏。”上曰：“引黄河内灌使淤平洼地，虽云有益，朕断不肯轻信。黄河水势危险，倏而彼处深此处浅，倏而船被阻淤，水势变迁无定。不独黄河为然，即如运河之水，数十年前其流尚出南苑，中未几，渐从而南、在县村落间，犹去南苑未远。今则分为二支，一支出新安，一支出霸州，其流愈远矣。朕曾问土人，云元朝欲引运河之水通京师而未果，想亦有所难行耳！黄河水势湍迅，欲引黄河内灌使淤平洼地，事属危险，难保万全，不准行。”庚午，吏部等衙门议复：“河道总督靳辅奏，河官之贤否得失，惟总河知之最确。嗣后，大计如系管理河务兼有钱粮之责者，总河、督抚各行考核；其专系河官，令总河自行考核具题。”从之。
十二月壬午，以于成龙为河道总督。乙未，调兴永朝为漕运总督。是月，免江南盐城、六合等十二州县旱灾额赋有差。
三十二年正月甲子，差阅河工大学士张玉书、刑部尚书图讷还，以河图进呈。上问曰：“高家堰水势如何？另筑小堤果有益否？”张玉书等奏曰：“去岁，黄水大，淮水被逼，故洪泽湖水较高于往年。今欲筑之处距高家堰甚近，若遇洪泽湖水涨，高家堰大堤冲决，小堤断难保护。前谕旨所云小堤无益极是。”上曰：“朕前揆之事理，以为无益，尔等所议甚当。”详阅河图问曰：“近来宿迁县民生如何？”张玉书等奏曰：“宿迁县民间生计较胜从前。自蒙圣主指授，河道顺利。又南巡之后，官吏奉公，豪强畏法，小民得所。”
二月丁丑，九卿议准：“差阅河工大学士张玉书等奏，高家堰堤工惟史家至周桥最为紧要，若此堤失于堤防，虽多筑土堤数层俱属无益。自史家剐至周桥止一万四百余丈堤工，应令总河等作速加筑。三官庙等六口，俟竹络朽坏时改用石工，其现在石工，应筑土培护之处加土培护。至高家堰之堤，应于每年岁修后，务令总河亲身详察勘明题报。”从之。庚寅，免江南沭阳县去年水灾额赋。
十月丁亥，设高家堰通判一，中河通判一。移扬河通判于高邮州。瓜州、仪真河道闸座事务归江防同知专管。镇江府属丹徒、丹阳二县河道，以各该县县丞专管，令该府通判兼理。丙申，命彰德府同知专管彰德府河务；庙湾同知兼管盐城、海州河务。以直隶清河故城、江南沛县河道归并东省道员兼辖；德州南河河道归上河通判管辖。是月，免江南海州等十州县卫被灾额赋有差。
十一月辛亥，免江南高邮等四州县水灾额赋有差。
十二月，免江南清河等三州县水灾额赋。
三十三年正月丙辰，九卿议复：“河道总督于成龙条奏，修筑黄、运两河，应增设河道官员，豁兔民夫等事，俱不准行。于成龙明知难行之事，故为条奏，非大臣实心任事之义，应革职。”上谕大学士等：“凡为臣者须行实事，不当沽取虚名。于成龙奏称豁免民夫，夫河道工程浩繁，能不用民夫而可以集事乎？且河道增设一官则民间多一事，现在所设官员，历年以来料理工程并无违误之处。总之，河工经理唯在得人，不在增设官员也。”己未，上召于成龙问曰：“如尔所奏，兴工修筑，今年六月内能完工否？”于成龙奏曰：“即今准行，备办料物亦需时日，六月内断不能完工。”上曰：“是已过发水时矣，有何益乎？”谕大学士等曰：“于成龙面奏云梯关以下至海口，因水势散漫，以致沙渐淤长。朕思海口为黄河入海之路，海口水势迅急，方能刷沙，河水乃得顺流，此为紧要所当急浚者也。”甲子，九卿议复：“河道总督于成龙于河工事宜妄行陈奏，前后互异，应革职枷责。其河南黄河险工，应令接任总督察明具奏。”得旨：“此事应照九卿所议行。但于成龙修河之事未完，着革职留任、带罪图功。”
二月丁丑，以王梁为漕运总督。
五月丁未，以赵世显为江苏按察使。癸丑，户部议复：“江南、江西总督傅拉塔奏，盐城、高邮等处水涸田地求免征粮。应不准行。”上曰：“粮从地出，此地尚为水侵，若征钱粮则于民甚苦。致治之道，民为最要，凡事于民生有益即宜行之，此水浸之田皆令免征钱粮。”
六月丙辰，以左都御史范承勋补授江南、江西总督。
十月己亥，复设江南淮安清江厂船政同知。改江宁厂船政归江宁管粮同知兼理。
三十四年正月乙酉，谕江南巡抚：“亟宜耕耨田亩，令土瘗蝗种，毋致成患。”
七月乙丑，以董安国为漕运总督。
八月辛丑，工部奏请遣大臣阅视河工。得旨：“阅视河工，原欲查核有无浮冒情弊及堤工坚固与否。侍郎赵山等往阅河工，将总河并未修理之处反称工程坚固，如此则阅视何益。今虽再遣大臣，不谙水性亦照前人所行而已。赵山等着严处议罪。以后阅河，着永行停止。”寻部议：“赵山应革职，交刑部。”得旨：“赵山着为章京效力。”癸卯，河道总督于成龙丁父忧，命回旗守制。
十一月乙丑，原任河道总督，丁忧于成龙条奏河工事宜。上谕大学士等：“朕于河务留心日久，曾屡经阅视河道并详察河图，今观于成龙奏言，龙王闸底渐虚，应于五空桥等处建闸。又高家堰运料甚难，应开坝行运。所言皆当，先靳辅亦曾请浚小河运料，此仍依靳辅所奏行方善。此本可发现任总河，如于运道民生实有裨益，则一面估计兴工，一面具奏。倘有不可行处，亦着逐一确议具奏。大约清水势盛，足以荡刷黄河积沙，始得通流，不至壅遏。若淮弱黄强，黄水倒灌，则河工往往淤滞。朕先阅河时亲至高家堰遍察情形，故悉其要领。”
十二月乙巳，蠲免江南等省三十三年以前逋赋。
三十五年二月丙午，改江南里河同知为江南通省管河道，高家堰同知为山盱同知。
九月甲寅朔，以淮、黄秋涨，发粟赈邳州等州县卫。
十二月癸巳，免江南上元等三县水灾额赋有差。
三十六年正月己卯，免江南淮、扬、徐三府州去年水灾额赋。
六月庚戌，裁江南京口水师总兵官，改设副将，属京口将军。辖标下三营，裁右营，归并中、左二营。
十月癸亥，免江南海州等二十一州县卫水灾额赋。
十二月，免江南山阳等县被水灾额赋。
三十七年正月辛未，工部议复：“漕运总督桑额等奏，会勘开浚下河。一、高邮之水势宜分；一、车儿埠入海之口宜开；一、丁溪入海之口宜通；一、小海场入海之口宜开；一、草堰场泄水之闸宜增；一、运河之水势宜分。应令将各项工程估计具奏。”从之。
七月乙未，工部议复：“漕运总督桑额等估计开浚下河，应准行。”上谕大学士等：“下河入海之处，朕虽未及亲览，尝闻人云盐城一带地极洼下，海水反高，建闸无益。倘河高海低水性趋下，虽不疏浚，势必决开一道以归于海。明代于海口设闸，遇河水高则启闸以注诸海，海水平则闭闸以御海水。前虽特令于成龙、凯音布修治，毫无裨益。今桑额居官虽优，但此事非亲身阅历者难以悬拟，必深悉水性、洞彻地形之人方可定议。尔等问九卿并淮、扬等处人在朝者，确议具奏。”己亥，大学士等奏：“开浚下河，问之九卿及在朝淮、扬人等，九卿云，淮、扬人俱言开浚下河有益。然此事关系甚重，应令漕运总督桑领会同总督，巡抚确议具奏。”上顾于成龙曰：“尔意若何？”于成龙奏曰：“姚二沼、船厂、芦坝等河，若行挑浚，于民有益。”上曰：“朕幸五台山回，欲观运河、清河，因由霸州而来。朕意运河、清河俱汇流霸州城南，原欲沿河修筑堤岸，不意至霸州询地方百姓，据云运河原经固安县，后因迁徙，汇合清河流至霸州，二河水势浩大，以致泛溢为灾。朕遂更初见，一从民言，于固安县开河，事乃有成。朕并不固执已意，尔等为总督、巡抚者能如朕之不固执乎？然此河道甚短，易于修治。南省地形洼下，水势浩瀚，难于修筑，不比此河。今若挑浚姚二沼等河，尔果能保于民有益否？”于成龙奏曰：“水性年年变异，无有一定，臣何敢永保其无虞。”上曰：河工紧要，必熟谙地形水势之人能确知其利害，方于民有益。”于成龙奏曰：“桑额为人遇事尚能斟酌，今九卿议令桑额与总督、巡抚会同确勘定议具奏。”上曰：“着依九卿议。”是月，免江南海州、盐城县、大河卫水灾额赋有差。
十月甲寅，江南、江西总督范承勋丁母忧回旗守制。戊午，赈海州、盐城等九州县饥民。
十一月壬辰，以张鹏翮为江南、江西总督。乙未，谕户部：“淮安、扬州比年水患频仍，浸漫堤岸，田多淹没，耕获无从，百姓艰于粒食。朕时加轸恤，屡赈屡蠲，但念久歉之余，恐致资生匮乏，朕廑悯殷切，未尝稍释于怀。前此虽频敷庥泽，至再至三，用裨群黎生计，独恐开春东作农事艰难，若不大沛恩施，安能令小民各得其所！着将海州、山阳等二十州县卫明年地丁银米、漕粮尽行蠲免。”是月，免江南高邮等五州县水灾额赋有差。
十二月辛丑朔，河道总督于成龙陛辞。上谕：“闻淮、扬河水泛涨，清江浦百姓所居之地皆已被水。夫洪泽湖实黄河之障。淮水强盛力可敌黄，则黄水不得灌入运河。今淮水势弱不能制黄，全注运河，黄水又复灌入。且两河相距甚近，清江浦地处其中，其一带地方受泛滥之害，势所必然，惟淮水三分入运，七分归黄，运道始安。”复顾大学士等谕曰：“朕昔年巡视河工，曾至大墩堤步行十五里，详加阅看。今寰宇昇平、海内宁谧，惟河工关系运道民生，朕数十年来夙夜萦怀，留心研究，故河道情形熟悉已久。总之，上流既理则下流自治矣。桑额所奏开浚下河一事，朕不即允行，正是有益于彼。桑额固居心平和，为人诚实，然遇事不免迟钝，易被人欺，如此纷繁事务，何以责其成功？于成龙屡委以事，尚克勉效，河工事情紧急，与于成龙敕书内须添入各部不得掣肘之语，使得相机料理，庶不误事。河务浩繁，于成龙年已渐老，且一身难以兼顾，奉天府府尹徐廷玺曾任河工，尚谙练，着即令前往协理河务。”又谕：“河务紧要，董安国修筑工程繁多，恐致与于成龙等彼此推诿，可遣部、院堂官并率贤能司官前往，会同漕运总督桑额，将已完，未完之工并所用钱粮数目逐一详明察丈，细造清册赍来。”寻命户都尚书马齐、督抚侍郎于成龙、工部侍郎常绶前往丁未，以刘殿衡为江苏布政使。
三十八年二月辛酉，户部尚书马齐等勘视河工事竣回奏：“臣等查勘漕运总督桑额所奏，邵伯镇南、金湾、小海场、鲍家庄等处地方挑浚引河、建造草坝，俱属无益，应无庸议。惟虾须沙沟及兴文闸、草堰等处开浚淤塞，稍可泄水，应酌量挑浚。”下工部议，寻工部议复：“应如马齐等所奏。”从之。戊辰，上南巡阅视黄河以南高家堰、归仁堤等工，回至清口，奉迎皇太后，舟泊清河县闸口。
三月庚午朔，上奉皇太后舟渡河，泊清河口。上阅视高家堰、归仁堤等工，谕大学士等：“朕留心河务，体访已久，此来沿途坐于船外，审视黄河之水，见河身渐高，登堤用水测量，见河较高于田。行视清口高家堰，则洪泽湖水低、黄河水高，以致河水逆流入湖，湖水无从出，泛滥于兴化、盐城等七州县，此灾所由生也。治河上策，惟以深浚河身为要，诸臣并无言及此者。诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛溢之患，民间田产自然，涸出。不治其源，徒治下流，终无益也。今朕亲阅下河通海之口及射阳湖一带填淤之处，于成龙所带效力人员甚多，可作速分委，并力开浚，蓄积之水倘能稍泄，庶几有益。至于黄、淮二河交会之口过于径直，所以黄水常逆流而入。今宜将黄水南岸近淮之堤，更迤东长二三里，令筑坚固。淮水近河之堤亦迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄河之水不至倒灌入淮矣！再河流不迅急，无以刷去河底之沙，朕详加咨访，河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深，宜于清口西数曲湾处试行浚宜。如浚直有益，渐将上流曲处渐加直浚，庶几黄河之险自除而河底渐深，洪择湖之水渐出，七州县之水患可渐息矣！清口应修之处，着于成龙等绘图呈览。”谕漕运总督桑额、河道总督于成龙、协理河务徐廷玺等：“朕念河道国计民生攸关，亲行巡幸。由运河一带以至徐州迤南细加看阅，见黄河底高湾多，以致各处受险。至归仁堤、高家堰运口等处，见各堤岸愈高而水愈大，此非水大之故，皆因黄河淤垫甚高以致节年漫滥。若治河仅筑堤防，不将黄河刷深，终属无益。且运口太直，黄河倒灌，兼之湖口淤垫，以致清水不能畅流，各河与洪泽湖之水如何能敌黄水？若将清河至惠济祠埽湾由北岸挑引，从惠济祠后入河，而运河再向东斜流入惠济祠交汇，黄水自然不倒灌。朕欲将黄河各险工顶溜湾处开直，使水宜行刷沙。若黄河刷深一尺，则各河之水浅一尺。深一丈，则各河之水浅一丈。如此刷去，则水由地中而行，各坝亦可不用。不但运河无泛溢之虞，而下河淹没之患似可永除矣！且拦黄坝弯曲，马家港窄狭，虽将时家码头之口堵筑，而淮水不能畅流。山阳南岸韩家庄等处险工甚属可虞，今应将清口之西坝台添挑水坝，比东坝台加长，包裹清口在内，择洪泽湖水深之处开直成河，使湖水流出。黄河弯曲之处直挑引河，使各险处不得受冲。其拦黄坝应行拆毁，时家码头决口，俟黄水流定，汰黄堤筑成之日再行堵塞。至归仁堤之建，专为毛城铺等处水涨冲决，于此拦回，仍归黄河之意，此堤亦应酌量修筑。尔等系河臣，河务是尔等专责，务必将各州、县水灾尽除，方不负朕南巡救民之至意。若挑挖引河，原有工程仍照旧令各官作速修防，不可怠忽。下河现有积水，不可不引出归海，俟引河工竣，黄水归入故道后，再将下河、串场河、射阳湖、虾须沙沟一带挑通，引积水流出归海，庶河道永无冲决之患矣！”辛未，谕户部：“朕君临天下，期于黎民乐业、各获其所。凡兴利除害之事，靡不举行。蠲免赈济之恩，靡不下逮。比年以来，因淮、扬所属地方叠罹水患，业已岁蠲额赋、赈恤频施。又动支数百万帑金，责令在河诸臣于应挑、应筑之处酌量修理，欲使泛滥之水汇归入海，被淹之田庐涸出，庶底干宁。乃糜费钱粮卒不能使积潦有归，田庐未涸，民生未遂，朕闻之恻然轸怀。兹值四海无事之时，欲将一切修举事宜详阅指示，用是躬亲临幸。沿途审视黄河水势，咨访地方父老，比至归仁堤、高家堰量度地形高下，应挑、应筑一一明示河臣。惟是被淹地方米价腾涌，生计维艰，朕目击民依，深用廑念，着将漕粮截留十万石于高邮、宝应、兴化、泰州、盐城、山阳、江都受灾七州县，各留一万石，悉较时价减值发粜。余米三万石，着于邳州留八千石，宿迁、桃源、清河、安东四县各留五千五百石，亦较时价减粜。此各州县发粜之米，着就近交与漕运总督，河道总督。邳州着遣司官一员前往监视。再截留米十万石，于扬州、淮安各收贮五万石。此应留漕粮，不论何处米石，着就近截留。”壬申，上阅视黄河堤岸，驻跸淮安府。谕河道总督于成龙：“王公堤甚属险要，须加帮高宽，修筑坚固。”乙亥，御舟泊高邮州。谕河道总督于成龙：“朕昨驻跸界首，用水平测量河水，比湖水高四尺八寸，湖水似不能越此堤而入运河，但当湖石堤被水冲坏，工程甚属紧要，着差贤能官员作速查验修筑。”丙子，上驻跸扬州府。谕河道总督于成龙：“朕在清水潭九里地方，用水平测量河水，高湖水二尺三寸九分，此一带当湖之石堤甚为紧要，可速行修造。至高邮州地方，见河水向湖内流，河水似高一尺有余，趁黄河水未深之时，急宜修理。”庚辰，谕河道总督于成龙：“朕自淮南一路详阅河道，测量高邮以上河水比湖水高四尺八寸，自高邮至邵伯，河水、湖水始见平等。应将高邮以上当湖堤岸，高邮以下河之东堤，俱修筑坚固。有月堤处，照旧存留。有应修堤岸，乃照旧堤坚筑。至于邵伯地方，因无当湖堤岸，河、湖合而为一，不必修筑堤岸，听其流行。高邮东岸之滚水坝，涵洞俱不必用，将湖水、河水俱由芒稻河、人字河引出归江。入江之河口如有浅处，责令挑深。如此修治，则湖水、河水俱归大江。各河之水既不归下河，下河自可不必挑浚矣！”壬午，诏江南备办夫、船官，有革职留任以下公罪俱原之；免前三岁逋赋；赦死罪以下。癸未，上驻跸苏州。甲申，谕大学士等：“朕巡阅河道，将高邮州之湖与河水比量，河水高四尺余。夫湖水既低四尺有余，纵水长一丈亦不至泛越。且湖水亦断不至高长丈许。朕意欲暂留毛城铺、高家堰等处减水坝，将高邮州以北减水闸坝尽行堵塞，筑高东岸堤防，使在西之水不得泛越，则下河之水归海而湖身皆出。其时作何导浚，再行定夺。至于邵伯以南，河、湖合流，奔江归海，想不至冲决其他处河道，朕亦可保无虞。独黄河工程尚难决定，相其形势，当缓图之。”是月，兔江南海州、山阳等九州县及淮安、大河二卫去年逋赋。
四月庚子，上驻跸苏州。己酉，上驻跸江宁。裁江南通省河管道一。复设山清里河同知、安清通判各一。添设盱眙通判、宿桃通判各一。甲寅，命修明太祖陵，悬挂御书“治隆唐宋”匾额。庚申，上驻跸扬州。辛酉，谕河道总督于成龙等：“运河东岸石工残缺者，仍令照旧补修。其土工堤内积水之处，下埽帮筑。减水坝俱堵塞坚固，用心防护。越坝更属紧要，亦着加帮防护。淮安府泾，涧两河必须挑浚深通，毋任淤垫。至于人字河若有窄狭处，亦当相机挑挖。凡有泄水旧口，修砌涵洞，令民灌田。堤岸单薄处亦酌量加帮，河身戗堤务行修筑。朕业已指示止高五尺、底宽二丈、顶宽七八尺，以遏水势足矣。至河员不留心防范者须严加惩处，切不可姑容，致误河工。”丙寅，上渡黄河，御小舟阅新埽。谕河道总督于成龙曰：“黄河弯曲之处俱应挑挖引河，乘势取直。高邮等处运河越堤弯曲，亦着取直。”上登清口南岸，召郎中朱成格等，谕曰：“此南岸若不修挑水坝，新挑引河必不能畅流，当从朕所钉桩处修挑水坝二三十丈，挑出水头大溜向北，俾引河流畅。尾堤在陈家庄旱地，筑高五尺，水涨时，从陈家庄南任其流去无碍。此事关系紧要，尔等即遵谕行。”
五月庚午，命张鹏翮扈从入京。以陶岱署江南、浙江总督。癸未，改山清、盱眙河营守备为里河守备，添设高家堰河营、中河河营守备各一。
七月甲申，河道总督于成龙奏：邵伯更楼、高邮九里等处被水冲决。上谕大学士等：“朕虑各处闸坝俱已闭塞，大水一至必至泛滥，屡谕于成龙作速挑浚芒稻、人字两河，今竟未挑浚，卒如朕言。着速行文巡抚宋荦，令亲赴扬州、淮安收养被水百姓。江西巡抚马如龙前奏，江西地方连年大熟，今岁亦有秋稔，着行文马如龙，令速运米十万石至扬州、淮安交与宋荦，或煮粥或赈济，相机行事。”乙酉，免两淮白驹等十四场灶户课两年。
八月丁亥，谕吏部：“淮安、扬州所属被灾地方甚为紧要，府、州、县员缺，俱着奏闻，选择补授。”
九月戊申，上以于成龙所绘河图示大学士等，谕曰：“今四海太平，最重者治河一事。朕前巡视，知水之不治由洪泽湖水势甚大，既不能泄，又加黄、运两河合并，势愈浩大，以致泛溢。昔时原有归仁堤遥为捍御，此法最善。今已淹没不可考，靳辅则筑减水坝。名为减水，而四处奔泻，漂决甚多，彼但顾上河而不顾下河，水何以治？朕意惟有导河稍北，使彼不得侵入清水，而疏泄洪泽湖，使之下流，全用清水以刷沙淤，如此则水自无不治矣！今岁南巡，见黄河逼近清口，黄水倒灌以致淤垫，洪泽湖水不出，自高家堰减水坝流入高、宝诸湖，自高宝诸湖流入运河，以致下河田地尽被淹没。淮、扬所属钱粮虽频年蠲免赈济，动帑修理堤岸，群黎尚在水中，朕深为轸念，遂谕于成龙将洪泽湖出水堤岸，令速完工。近差工部官员往看，清口仍然淤垫，洪泽湖水仍未出清口，堤岸尚未告竣。清口甚为紧要，如不将清口挑浚，湖水不出高家堰并运河，堤工虽加高厚，均属无益。尔等会同九卿、詹事、科道详阅河图，速议具奏。”寻大学士等奏曰：“圣谕河工事宜已极周详，应遵旨移文河道总督于成龙，令速行修浚。”上曰：“靳辅、董安国、于成龙但当筑堤御水，至于改河身使北，俾清水通流并未言及。若不令清水通流，虽修筑堤岸，黄水终致倒灌，焉能御之？”
十月癸酉，谕大学士等：“江苏巡抚宋荦奏请蠲免高邮等被水州县杂项钱粮，此必前次蠲免时遗漏未奏，着依该抚所请，全行蠲免。朕见他处被灾者尚好，惟下河附近之地连年水淹，俱由清口之清水不得出，黄河之浊水逆流入洪泽湖之故。朕悯念民田，昼夜勤思，必使清口之水得出，黄河从别道流出，则民生始获利益也。”甲申，谕大学士等：“朕抚御寰区，爱养兆民，务期人各得所。比年淮、扬所属地方罹于水患，百姓田庐俱被淹没，生业荡然，深切轸念，屡经蠲租赈济，乃黄河垫高、清口低下，淮水不能流出，百姓乃被水灾。念此淮、扬数州县生灵，岂可不急为拯救乎？今或坚修高家堰堤岸，以束淮水使之刷黄；或移清口于清江浦之左右；或另浚河道以通舟楫。俱宜一一讲求。此事关系甚巨，尔等会同九卿、詹事、科道细阅河图，详议具奏。”丁亥，九卿遵渝议复：“河道总督于成龙等奏，运河乃粮艘经由要津，为下河七邑、上游兼高家堰六坝流出之水尽入于此，水势浩大，河窄难容。前河道总督靳辅于高邮北建设大小减水坝五座，虽堤岸保固无虞，而下河诸邑均受水患。皇上南巡阅视，令臣等大修堤岸，坚闭减水坝，下河麦禾幸得收获。兹遇伏汛水发，致高邮、邵伯等处皆被漫决。臣等酌开减水坝二座，上下堤岸方得保全。总缘高邮河身与山阳、宝应河身相等，骤乘高邮、宝应诸湖之水，开坝则有碍于民田，闭坝则有伤于堤岸。请将高邮减水坝改为滚水石坝，水涨，听其自漫而保堤工。水小，资其涵蓄以济运道。又茆家围等六坝，亦请改为滚水坝，其式与归仁堤、五堡滚水坝相同。至高家堰一带石工年久坍损，请通行加高五尺，以免岁修。均应如所请。”从之。
十一月己亥，谕户部：“淮、扬仍岁水灾，百姓阽于死亡，朕惄然伤之，河患不除，夙夜不能暂释。被水之后，存者必至流移，田多不耕，赋安从出，其海州、山阳等十州县卫明年税粮可悉行蠲免，以副朕拯恤灾黎至意。”乙巳，谕大学士等：“于成龙奏称，清江浦西界黄水高于淮水一尺，淮水高于运河之水七尺，运河之水高于平地七尺，合而观之，淮水高于运河西堤外平地共一丈四尺。今惟以清口自河之下流、沿武家墩由清江浦之北，另行改移，中间河身量留八九十丈空地，两旁坚筑石堤，俾清水畅达，此所当急议者。夫清水建瓴迅下则易出，黄水不致倒灌，其石堤之间已为河身，不烦挑浚。即水涨之时，其高下不过等于运河，安能泛越高家堰哉？但如是改移，朕恐别有所碍，不能永远，故少为踌躇耳。尔等确议具奏。”九卿遵谕议复：“河道总督于成龙等奏，邵伯更楼、高邮九里等处漫决，臣已令该管官先将高邮九里决口堵筑。其邵伯更楼决口、旧有涵洞、堤内原有河形，请疏挑宽深，于河东筑成土堤束水南下入江，可泄运河骤涨之水，以固东西两岸堤根。再查运河一带，河身垫高皆因高家堰堤工未完，黄流倒灌，清口淤塞，湖水不出之故。今先挖烂泥浅等处，引水敌黄以济运河。如高家堰一带工程告成，则清水自出矣。均应如所奏，作速挑浚修筑完工。至上谕或坚修高家堰堤岸，以束淮水，使之刷黄，或移清口于清江浦之左右，或另浚河道以通舟楫之处，应令该督等亲勘，速议具奏。”得旨：“河工关系重大，高家堰堤岸纵多方坚筑，清水亦不能出。今惟当议移清口于他处，两岸俱用石工坚砌，使清水流通。朕南巡时，曾以另开清口面谕于成龙，彼亦奏称淮水可从武家墩向清江浦移改。此事着于成龙及徐廷玺会同河道各官，亲看清口当移于何道，即行详议于岁前具奏。”河道总督于成龙以病乞假调理。得旨：“于成龙准给假两月调治，河工事务着徐廷玺暂行署理，其紧要事宜仍与于成龙商酌而行。”
丁未，谕大学士等：“河图绘于纸上，平漫难辨高下，朕欲改清口，刻木制成一图，观看易明。着侍郎常绶前往河工，会同于成龙将清口应否改移详加看阅，岁内着速回具奏。”壬子，调佟毓秀为江苏按察使。是月，免直隶玉田、江南邳州等十八州县水灾额赋有差。
十二月辛巳，查勘河工侍郎常绶等回奏。上曰：“尔等带去改移清口河图，伊等云何？”常绶奏曰：“于成龙等云，遵旨改移清口，则清口自是易出，但水泛时两边堤岸倘致冲决，保护为难。将高家堰减水坝堵塞，加帮修筑似有裨益。”上谕大学士等：“于成龙等之意以为改移清口，清水固宜宣泄，遇水泛时，新修堤岸难保无虞，必将高家堰减水坝尽行堵塞而加筑之，始有裨益。洪泽湖原系陆地，前人于此筑堤蓄水，与山东峄山湖、南旺湖相同，大水之年纳之以蓄水，大旱之岁出之以助运。彼时河身洼下，故洪泽湖水一则敌黄，一则济运。今岁久沙壅，黄河底垫，不但黄水反高于清水，清水势不能出，而黄水复致倒灌，于是洪泽湖底亦渐淤垫，高地丈余，水面上浮矣！此清口所以淤塞也。”乙酉，九卿遵谕议复：“侍郎常绶等奏，臣等遵旨前往河工详勘，拟将清口改移于武家墩。但见今物料未备，明年雨水前不能完工，漕运甚属紧要，虽改移清口，其高家堰亦必须加帮。应如所请，将高家堰速行加帮高厚并挑挖引河二道，遣部，院堂官督催。至邵伯更楼、高邮九里等处决口至今尚未堵塞完工，此亦关系运道，亦应差部，院堂官督催作速完工。”得旨：“依议。这督催工程着范承勋、王鸿绪、王棪、田雯、布雅努、于成龙、顾藻、寿鼐、王绅、高裔去。分修工程董讷、王梁、朱宏祚、江有良、王起元、宫梦仁、线一信、陈汝器、王日藻、卫既齐、李应荐、马世济、高承爵、金鋐、杨雍建去。”