如何“科学地”研究人类社会的崩溃呢？科学通常被误解为“通过多次实验室可控实验后所取得的知识”。事实上，科学的领域要更为宽广：通过取得可靠的知识来了解世界。在某些领域，如化学和分子生物学，通过在实验室进行可控实验来取得知识不但是可行而且也是最为可靠的方法。我所受过的正规训练是实验生物学和生物化学，我本科念的是生物化学，博士研究领域是生理学。从1955年到2002年，我先后在哈佛大学和加州大学洛杉矶分校从事实验生理学的实验室研究。
1964年起，我开始在新几内亚雨林研究鸟类，我当时面临的问题是如何可以不通过多次可控实验来获得可靠的知识，这种实验无法在实验室也无法在户外进行。无论是从伦理道德或是法律角度来看，这种实验都是不可行的，也无法操作。因为我们无法通过实验，在一个地方消灭或是控制鸟类数量，而在另一个地方进行不受控实验，从而来比较它们的数目。因此，我不得不使用其他的研究方法。这样的问题不仅出现在物种生物学的许多领域，其他学科如天文学、流行病学、地质学和古生物学等也同样面临着类似的方法论难题。
通常的解决方法是根据感兴趣的变量的变化来比较自然状况，这也被称为“比较方法”或“自然研究”法。比如在研究鸟类时，我很想知道新几内亚一种棕眉吸蜜鸟对其他吸蜜鸟群体的影响，山上几个类似的鸟群中有一个群体支持吸蜜鸟，而另一个群体则不支持吸蜜鸟，于是我就通过对它们进行比较来了解差异。在我的两本书《第三种大猩猩——人类的身世与未来》和《性趣探秘：人类的性进化》中，我对不同的动物物种，特别是灵长类动物进行比较。目的是为了了解为什么女性会有绝经期和排卵无明显征兆等现象（其他雌性动物则没有），何以男性的阴茎相对较大（从动物的标准来看），以及人类性行为为什么通常比较隐蔽（相形之下，其他所有的动物几乎都是公开性交）这些问题。已经有许多科学文献指出比较研究法具有明显陷阱和如何避免这些陷阱的方法。在基于历史的科学学科（如演化生物学和历史地质学）所进行的实验中，当人们没有选择，也无法通过实验来操纵过去，惟一的方法就是放弃实验室从事自然实验。
本书采用了比较研究法来了解由环境问题导致的人类社会崩溃。我的前一本书——《枪炮、病菌与钢铁：人类社会的命运》便是通过比较研究法来解释一个与崩溃相反的问题：为什么在过去的13000年里，不同的人类社会在大陆上奠定基业的速度有所不同？而本书的侧重点在于探讨人类社会的崩溃，研究的方法是通过比较古今社会间的异同，如环境的脆弱性、邦交、政治制度的差异，及其他影响社会安定因素的可“输入”变量的不同之处。我讨论的“输出”变量则是崩溃、生存及崩溃的方式。通过探讨不同输入变量与输出变量之间的关联，我试图发现不同的输入变量对社会崩溃可能造成的影响。
对于太平洋群岛上因为滥伐森林而造成的社会崩溃便可以运用严谨、全面和量化的比较研究法来分析。史前太平洋群岛上的居民对树木进行不同程度的砍伐，重者则导致森林消失，那些社会有的延续下来，有的分崩离析，岛民无一幸免。我和同事巴利·罗雷德对太平洋81个岛屿进行调研，通过在数量上评级来研究岛上森林退化的程度。我们对九个输入自变量（例如降雨量、隔离度、土壤养分的可恢复性）分了等级，以此来了解它们对森林退化这一因变量的影响。经过统计分析，我们得以计算出单一变量对于森林退化的相对贡献率。另外一例比较研究用于北大西洋，中世纪时期，来自挪威的维京人在那里建立了6个岛屿或大陆殖民地。这些殖民地的土地适合耕作的程度有异，与挪威进行贸易的难易程度亦有所不同，再加上其他输入变量后差异更大。它们最终的结果也是不同的，有的很快就废弃了，有的历时500年后无人生还，也有的1200年后依然兴盛。除上述例子之外，比较法还能对世界不同地区的人类社会做比较。
这些比较研究是建立在我对考古学家、历史学家和其他学者对个别社会详尽研究的基础之上，将资料耐心地搜集整理而成。文末列出了有关古代马雅和阿纳萨兹文明、近代卢旺达、中国以及诸多我所比较过的过去和现代社会的参考文献。这些个别社会的研究都是我撰写本书时不可缺少的数据库。因为对单一社会的研究往往有所局限，本书的结果是通过进一步比较多个社会得来的。比如，为了解马雅的崩溃，我们不但要对马雅的历史和环境有所认识，而且必须把马雅放到一个大框架中去观察，从而了解为什么某些社会崩溃了而其他则依然如故，再通过对比这些社会与马雅的异同来进行分析，这就是比较分析法。
我之所以不厌其烦地一再说明个案研究和比较研究的重要性，是因为习惯于某种研究方法的学者往往会贬低其他的研究方法。专业研究单个社会的历史学家亦容易对比较研究嗤之以鼻；而从事比较研究的学者往往认为对单个社会的研究不但缺乏远见，更对其他社会的了解非常有限。然而，如果我们要得到可靠的知识，我们就必须使用这两种方法。特别是当我们对单一社会的研究结果缺乏广泛性，而又无法完全确信对某一社会崩溃所作的解释时，我们只有通过对多个命运不同的社会进行比较研究，才能有充足证据来推导出令人信服的结论。