有害外来物种的引进和珍贵本土物种的消失也是当今蒙大拿所面临的主要环境问题之一。其中特别涉及鱼类、鹿、麋鹿和杂草等。
蒙大拿原先有许多珍贵的鱼类，如切喉鳟（蒙大拿的州鱼）、公牛鳟、北极茴鱼和白鱼。现在除了白鱼以外，蒙大拿其他鱼类都大大减少。这是几个因素相加的结果。首先积雪融水被引流灌溉，致使山溪水量减少，不利于鱼类产卵和生长；其次，伐木造成气温升高，溪流沉积物增加；再则，过度捕捞也是鱼类减少的主因之一。还有外来物种引起的竞争，有的鱼类与外来物种杂交，如虹鳟、溪鳟和褐鳟等；有的遭到引进的白斑狗鱼和湖红点鲑的捕食；还有外来寄生虫感染引发回旋病。以白斑狗鱼为例，因为渔民喜欢捕捞这种鱼，所以非法将其引进到蒙大拿西部的一些湖泊与河流，但白斑狗鱼是公牛鳟和切喉鳟的天敌，它的大量引进造成上述两种鱼类在蒙大拿几乎绝迹。同样地，自打湖红点鲑被引入平头湖后，湖里原先生活的许多本土鱼类大量消失。
回旋病进入美国完全是个意外。1958年，宾夕法尼亚的一个渔场从丹麦进口的鱼苗中染有此症，回旋病因此来到美国。如今回旋病遍布美国西部的大多数地区，其实部分原因是鸟类传播的结果，更主要则是公立和私人养殖使得被感染的鱼苗在湖泊和河流中繁殖。回旋病的寄生虫一旦侵入水中，就无法彻底根除。蒙大拿境内的麦迪逊河以产鳟鱼著称，然而1994年，回旋病致使该河内虹鳟的数量减少了90％。
回旋病至少不会传染给人类，只不过减少钓鱼游客的人数而已。而另一种名为鹿慢性消耗性疾病（又称疯鹿病）的外来疾病，则可能给人类带来致命的危害，因此更令人担忧。鹿慢性消耗性疾病也可能出现在其他动物身上，如让人闻风丧胆的人类库贾氏病、疯牛病和绵羊瘙痒症等。这些疾病会对神经系统造成破坏，染上人类库贾氏病的，至今无人痊愈。大约在20世纪70年代，北美的鹿和麋鹿最早出现疯鹿病，有人猜测可能是西部某大学将研究用的鹿关在得了瘙痒症的羊栏旁边，由此被感染病毒，研究结束后，这些鹿被带到野外放生。（现在，这种放生被视作刑事犯罪。）这些遭到感染的鹿又被人捕捉后，在各州的乡村俱乐部辗转，供人狩猎，疫情因此扩散开来。我们还不知道疯鹿病会不会像疯牛病那样传染给人类，但最近发生了几起狩鹿的猎人死于库贾氏病的事件，在一些地方引起了人们的警惕。威斯康星州就很担心疯鹿病会影响年产值高达十亿美元的狩鹿业，所以在感染区一气扑杀了25000头鹿以控制疯鹿病的疫情。
由外来病源引发的疯鹿病虽然是蒙大拿最大的潜在威胁，而外来杂草已经让蒙大拿付出昂贵的代价。蒙大拿约有30多种杂草，大多来自欧亚。其种子有的是随干草意外夹带进来，也有被风吹刮而来。还有一些杂草因其外表美丽，故被有意引进，没想到后患无穷。这些杂草带来的危害有以下几种：首先，牲畜和野生动物不可食，或难以下咽；其次，杂草影响可食用植物的生长空间，致使牲畜的草秣产量下降了90％；再者，有些杂草会使动物中毒；最后，杂草根部系住土壤的能力要比本土青草来得弱，因此土壤侵蚀率增加3倍以上。
从经济层面而言，蒙大拿最重要的两种杂草是斑点矢车菊和乳浆大戟，这两种杂草目前已在蒙大拿泛滥成灾。斑点矢车菊会分泌化学物质毒害本土植物，而且产生大量种子。虽然在一些小面积的农田可人工拔除这些杂草，但是单单在比特鲁谷，受到这类杂草侵害的土地面积就高达56.6万英亩，而整个蒙大拿更是有500万英亩的土地受灾，这么大范围完全不可能用手拔除。虽然斑点矢车菊可用除草剂来解决，但便宜的除草剂也会使其他种类的植物受到牵连。而专门对付斑点矢车菊的除草剂又非常昂贵（每加仑800美元）。此外，我们还不清楚这些除草剂分解之后是留在比特鲁河还是渗入生活用水的含水层，是否会对人类造成伤害。由于斑点矢车菊已经入侵国家森林和牧场，不仅使家畜食用的草秣产量受到影响，而且森林里可供野生动物啃食的草类也大不如前。因此鹿和麋鹿不得不走出森林，下山到牧场来觅食。乳浆大戟蔓延的程度虽然不及斑点矢车菊，但是其根部可至地下20英尺之深，由此更难控制，也不可能用手拔除。
据估计，杂草给蒙大拿带来的直接经济损失每年超过一亿美元。此外，杂草也会降低房地产的价值和农地的生产力。因此，杂草问题对农民而言是一大隐痛，它无法用单一手段来解决，而必须依靠复杂的整合管理体系。与此同时，许多农作方式也被迫改变，如拔除杂草、使用除草剂、改变施肥方式、用虫类或者真菌来对抗杂草、在可控制的范围内焚烧杂草、更改割草时间、改变轮作方式以及调整全年的放牧方式等。当初无论如何都料不到小小几株杂草竟会引发如此大的响动。