上面提到的马雅简史与科潘的例子解释了我们探讨“马雅崩溃”的动机。但故事实际上更扑朔迷离，原因至少有五个。
首先，这里不单发生了古典时期的大崩溃，之前在同一地方至少有过两次较小规模的崩溃事件。一次大约发生在公元150年，埃尔米拉多尔和另外几个马雅城邦遭到崩溃（即所谓的前古典时期崩溃）；另一次则发生在公元6世纪晚期，7世纪早期（即所谓的马雅文明中断期），在这段时间里，被广泛研究的提卡尔遗址没有竖立任何纪念碑。另外在那些从古典时期大崩溃中幸存下来的人们所居住的地带，还发生了一些后古典时期崩溃。例如公元1250年左右奇琴伊察的败落与公元1450年马雅潘的衰亡。
其次，古典时期的崩溃显然并不完全，还有一些马雅人存活下来与西班牙人交战。虽然那些马雅人在数量上不能与古典时期的人口高峰相比，但是比起书中讲到的其他古代文明社会，已经算很多了。这些幸存者集中在有稳定水源的地方，特别是在有天然洞井的北部、有井的海岸低地、靠近南方湖泊的地方以及河流与咸水湖边的海拔较低之处。但是，曾为马雅心脏的南部地区衰败下来。
第三，人口衰退（按照房屋遗址与黑曜石工具的数量来计算）的速度要比长纪年历年份数目的遽减来得慢，如上文提到的科潘。在古典时期，崩溃速度最快的是君主制与长纪年历。
第四，许多城市的衰败表象其实不过是“权力更替”的结果。也就是说，某些城邦先是变得强大，接着败落或者被攻克，然后又崛起，去侵略它的邻居们。在上述整个过程中，总人口数并没有发生变化。例如562年，提卡尔被它的敌人卡拉科尔和卡拉克穆尔这两个城邦打败，国王被掳走杀害。但是提卡尔逐渐再次强大起来，最后在695年打败了它的敌人们。这一切都发生在提卡尔在内的古典时期的马雅崩溃以前（提卡尔最后一块石碑上的年份是公元869年）。同样的，科潘逐渐强大起来，一直到公元738年，国王十八兔被敌国基里瓜处死，而科潘在其他国王的治理下又繁盛了半个世纪。
最后，马雅各地区的城市沿着不同的轨迹兴盛衰亡。例如，尤卡坦半岛西北部的普克地区，在公元700年的时候几乎空无一人，然后从公元750年起，即南部的城市崩溃以后，人口开始急剧增长，到公元900年至925年间到达顶峰，但随后在950年到1000年间又遭败落。位于马雅中心地区巨大的埃尔米拉多尔遗址上有全世界最大的金字塔，该城建于公元前200年，大约在公元150年被荒废，远在科潘兴起以前。位于尤卡坦半岛北部的奇琴伊察兴起于850年，此后雄踞北方长达千年之久，一直到公元1250年才被毁于内战。
许多考古学家关注于上述这五个复杂的原因，且根本不认可古典时期的马雅崩溃这种说法。但是下面这些显而易见的事实急需得到解释：公元800年以后，马雅90％至99％的人口消失了，尤其是以前人口最密集的南部低地地区，与此同时，一起烟消云散的还有国王、长纪年历以及复杂的政治和文化制度。这就是为什么我们要探讨古典时期马雅崩溃的原因，不仅是人口崩溃，还有文化崩溃也需要解释。