我曾简略地提到另外两个导致马雅崩溃的因素是战争和干旱，现在让我们对此作进一步讨论。
长期以来，考古学家们以为古马雅人是一个温和善良的民族，现在我们知道马雅人的战争是激烈持久、无休无止的。由于受到食物短缺与运输困难的限制，马雅人无法像墨西哥中部的阿兹台克以及安第斯山的印加人那样，在整个区域形成一个统一的帝国。考古学资料揭示，在古典时期马雅崩溃的前夕，战争更加白热化。近55年来发现得出的证据如下：马雅遗址周围巨大的防御工事、石碑和花瓶上栩栩如生描绘出的战争与俘虏的景象（参见图14）、1946年在波南帕克发现的举世闻名的壁画，以及破译的马雅文字大都证实了皇家铭文中的那些歌功颂德的事迹。马雅的国王们在战争中会将敌国国王俘虏而来，其中一个不幸的失败者就是科潘的十八兔国王。马雅的壁画和石碑描绘了俘虏被折磨的方法，（比如猛拉手指、拔牙、割下巴、切掉嘴唇和指尖、拔指甲以及将嘴唇钉起来等）。几年后甚至升级到用俘虏来做祭祀供品这一惨绝人寰的方式（例如将俘虏的手脚绑起来，捆成球状，从神庙陡长的石阶滚下去）。
马雅的战争包括几种详细记载的形式：独立王国间的战争，和王国中的一些城市发动倒戈，反抗首都，经常有图谋篡位者发动内战。因为国王与贵族均卷入其中，所有这几种形式都能在石碑上找到。至于底层的平民，由于人口过剩和土地不足，他们间寸土不让的争战可能就数不胜数了。
马雅崩溃的另外一个重要因素是反复发生的干旱。佛罗里达大学的马克·布伦纳、大卫·荷戴尔、爱德华·迪维和他们的同事对此都深有研究，理查德森·吉尔在其近作中也有论及。他们从马雅湖底沉淀层收集湖芯样本，用以研究干旱与环境变化。例如，在干旱期间，湖水被蒸发，沉积在湖底的石膏（即碳酸钙）含量就会相应增加；另外在干旱期间，水中所含的较重的氧同位素氧—18会被浓缩，而水中含有的较轻的氧—16则会被蒸发。生活在湖中吸收氧气的软体动物和甲壳类动物的壳中会有一些残留的氧元素，即使它们埋在沉积物中死了很久，气候学家们也能对其中的氧同位素进行分析。通过石膏和氧同位素法划分出干旱期和降雨期以后，科学家们再对沉积泥层进行放射性碳年代测定。同样的湖芯样本也能为孢粉学家提供滥伐森林的信息（揭示出林木花粉减少，而草地的花粉相应增多）与土壤的侵蚀问题（由于土壤遭到冲刷，黏土沉积物和矿物质会增厚）。
根据对湖泊沉积物样本进行放射性碳年代测定所得出的研究结果，气候学家与孢粉学家认为从公元前5500年到公元前500年，马雅地区相对湿润。接下来从公元前475年到公元前250年，就在前古典时期马雅文明兴起前夕，气候比较干旱。前古典时期的兴起也许得助于公元前250年之后的湿润环境。但其后的公元125年至250年的干旱引发了埃尔米拉多尔等地的前古典时期崩溃。之后，湿润环境的回归使得古典时期的城市一片欣欣向荣。中途在公元600年左右曾出现过一次短暂的干旱，由此导致提卡尔和一些地方的衰败。最后，在公元760年，近7000年来最大的一次干旱开始了，到公元800年达到顶峰。科学家们怀疑这次大干旱是引发古典时期崩溃的罪魁祸首。
如果对马雅地区的干旱做细致的分析，我们会发现干旱周期约为208年。这种干旱周期也许是由太阳辐射的小变化引发产生的，或者因为尤卡坦半岛（北部较干燥，南部较为潮湿）降雨梯度南移的结果。也许有人会认为太阳辐射不可能只影响马雅地区，而应该是整个世界范围的。事实上，气候学家曾经注意到另外一些距离马雅地区较远的，著名史前文明的崩溃也正好发生在干旱周期的高峰。比如在公元前2170年左右，世界上第一个帝国（美索不达米亚的阿卡德帝国）的崩溃和大约发生在公元600年秘鲁海岸莫切四世王朝的消亡，以及公元1100年安第斯山的蒂瓦纳科文明的陨落。
对此，最可信的假设就是干旱造成了古典时期马雅的衰亡。我们可以想象在公元800年前后，一场干旱席卷了整个王国，所有的中心重镇同时崩溃。事实上，正如我们所知，在公元760年到910年间，这场古典时期的崩溃对各个中心重镇的冲击力度大小不一，这一事实使得许多马雅专家对所谓的干旱影响持怀疑态度。
但是，谨慎的气候学家不会把干旱假说以过分简单的形式表述出来。每年降雨量的差异可以通过精确计算从河流带到海洋盆地的冲击物沉淀来得出。由此发现公元800年前后的“大干旱”共有四次高峰。第一次影响不大，约发生于公元760年，造成两年的旱灾；第二次是较为严重的十年旱灾，大约在公元810年到820年左右；公元860年出现了三年旱灾；最后一次是公元910年的六年旱灾。有意思的是，理查德森·吉尔对此总结道，从马雅各个主要城市的石碑上最后出现的年份来看，马雅不同地方崩溃的日期大致围绕着以下几个时间点：即公元810年、860年和910年。这三个时间点与上述三场最严重的旱灾所发生的时间一致。当然，如果在同一年里，一场干旱在不同地区造成各自不同的影响并不奇怪。所以，一场大干旱的袭击有可能造成部分马雅中心重镇的崩溃，而对另一些中心重镇而言，仍然有稳定的供水系统，如洞井、水井和湖泊。