受古典时期崩溃影响最深的是南部的低地。原因可能是上面提到过的两个：其一为人口密集；其二是地表水位过低，汲水难。如果没有雨水，人们就会遭受缺水困难。在经历了古典时期的崩溃之后，南部低地丧失了99％的人口。比如，佩滕中部的人口在古典时期马雅大约有300万到1400万人，而在西班牙人到达的时候，只剩下3万人。1524年至1525年，科特斯和他的西班牙军队经过佩滕中部时，已经饥肠辘辘，而沿途只有零星几个村子能拿出些玉米。在科特斯所经之地的几英里外便是古典时期马雅最宏伟的遗址：提卡尔和帕伦克城。但由于那里丛林密布、人迹罕至，他们并没有发现这些失落的城市。
这些数百万计的人口到底是如何消失的呢？在第四章，当我们面对阿纳萨兹查科峡谷的人口消失时，也会问这一问题。通过对美国西南部干旱时期阿纳萨兹与其后的普韦布洛印第安社会的分析，我们可以推断马雅南部低地的一些人朝着尤卡坦半岛北部有洞井和水井的地方迁移，因此在马雅崩溃期间，那里的人口急剧增长。但是没有任何迹象可以表明南部低地居民大规模北迁的事件，就像无法考证数千个阿纳萨兹难民被普韦布洛接收一样。跟美国西南部大旱的情况相似，马雅人口减少的一部分原因是饥饿、干渴以及死于稀缺资源的争夺中；另外则反映出几十年来出生率的逐渐下降以及儿童的低存活率。因此，人口的减少可能也与高死亡率和低出生率有关。
对于其他像马雅这样的地区，过去的历史是一种教训。西班牙人到来以后，不仅对当地人民进行镇压，而且还带来了疾病。1714年，佩滕中部的人口仅剩下3000人。而到20世纪60年代，那里的人口也只增加到25000，不到古典时期马雅人口高峰的1％。此后，移民如洪水般拥入佩滕中部，到20世纪80年代，人口已达30万左右，又开始了新一轮的滥伐森林和土壤侵蚀。今日，佩滕一半地区的林木已被砍伐，生态严重破坏。洪都拉斯四分之一的森林被毁于1964年至1989年间。