中国的栖息地的破坏先得从滥伐森林说起。中国是全世界森林资源最少的国家之一，人均森林面积仅为0.3英亩，而世界人均森林面积有1.6英亩。中国的森林覆盖率只有16％（日本却有74％）。虽然中国政府大力推行单一树种造林，使得森林总面积有所增长，但是原生林（特别是老龄木）仍在缩减当中。造成中国土壤侵蚀和洪水泛滥的主要原因就是滥伐森林。1996年，中国洪水肆虐，损失高达250亿美元；1998年发生的洪水规模更大，影响到2.4亿人。中国政府深受震惊，马上采取行动，下令禁止砍伐原生林。中国的旱灾也呈现出变本加厉的趋势，其原因除了气候变化外，滥伐森林也是罪魁祸首之一。每年的旱灾使得30％的农地深受影响。
除了滥伐森林以外，另外两个严重的栖息地破坏问题就是草原和湿地的破坏与退化。中国是继澳大利亚之后自然草原面积最广阔的国家，占国土面积的40％，主要分布在干燥的北部。但由于中国人口众多，人均草原面积不及世界人均草原面积的一半。过度放牧、气候变化和采矿等开发行为给中国草原造成严重的破坏，90％的草原已经开始退化。从20世纪50年代以来，每公顷草原的产草量下降了40％。杂草和毒草不断扩散，侵犯到优质青草的生长。然而，草原退化不只关系到中国的粮食生产，亚洲许多国家的主要河流都发源于中国的青藏高原（世界最大的高原），如印度、巴基斯坦、孟加拉国、泰国、老挝、柬埔寨、越南，还有中国自己。草原退化使得黄河和长江洪灾频发，且规模庞大；也频频带来沙尘暴（北京受沙尘暴袭击的景象经常出现在世界各地的电视上）。
湿地面积逐渐减少，地下水位起伏很大，控制洪水和贮水的能力下降，湿地物种不是濒临灭绝就是已经消失。例如东北的三江平原是中国最大的淡水沼泽地，已有60％被开垦为农地，如果按照目前排水、开垦的速度，剩下的8000平方英里的沼泽地将在20年内消失。
巨大的经济冲击也带来生物多样性的消失，如过度捕捞和污染造成淡水与海洋鱼类产量大减。中国在变得富裕的同时，鱼类的消费量也随之上升。过去25年来，人均水产品消费量将近增加5倍。中国的鱼、软体动物等水产品除出口量增加以外，国内需求也在上升。结果导致白鲟鱼濒临灭绝，以前久负盛名的渤海对虾减少了90％，还有小黄鱼、带鱼等过去常见的鱼类如今必须进口。每年从长江捕捞的野生鱼类也下降了75％。自2003年以来，长江首次禁止捕鱼。普遍看来，中国的生物多样性还是相当丰富，拥有世界上10％的植物和陆栖脊椎动物物种。然而，目前中国有五分之一的原生物种处境危险（包括著名的大熊猫），还有许多珍稀物种（如扬子鳄和银杏树）也濒临灭绝。
在原生物种消减的同时，外来物种也在不断地繁衍增多。中国向来就有积极引进有益物种的传统。现在，由于国际贸易增加了60倍，在有意引进不少好物种的同时，不小心也让一些有害物种混了进来。例如，上海港在1986年至1990年间，从30个国家的349艘进口货轮中检测出将近200种外国杂草种子。有些入侵的植物、昆虫和鱼类给中国的农业、水产养殖业、林业和畜牧业带来巨大的经济损失。
中国目前正在进行的世界上最大的开发工程，这无疑加重了环境问题。例如三峡大坝这座世界上最大的水坝于1993年开始动工，预计在2009年完工，以水力发电、防洪和提高航运能力为目标，项目成本达300亿美元，社会成本为动迁百万民众，而环境成本则是水土保持和生态稳定压力增加。至于南水北调工程，其代价更为昂贵，这项工程始于2002年，预计于2050年完工。工程预算高达590亿美元，此外还可能造成污染扩散以及水资源失衡等问题。比南水北调工程更大的开发计划是正在进行中的开发西部，中国领导人将开发这一半的国土视为国家重点发展计划。