大约在休谟试图去除心灵，只留下自己仅有的“感知束”理论一百年后，德国神经学家、精神分析的创始人西格蒙德·弗洛伊德带来了“三幽灵”理论。他的理论听起来非常像柏拉图描述的战车御者控制着两匹任性的马。
本我、自我和超我
弗洛伊德确定了心灵的三个部分：“本我”“自我”和“超我”。“本我”是最原始的需要驱动的部分，它的能量“力比多”提供了立即满足需求的驱动力。“自我”是现实世界的声音，它了解本我的驱力，并努力与现实世界协商这种驱力是否能得到满足，在现实世界的限制范围内尽可能地满足本我的需求。如果让本我独自行动，它会促使人随便从街上的某个行人那里抢一个三明治来充饥。自我意识到这样的行为很可能会给你带来麻烦，你可能会被打或者被逮捕，然后送你去买自己的三明治。“超我”则将道德加入了这个组合。所以，与其考虑结果而不去偷三明治，你不如学会因为这件事是错的而不去做。没有超我，人就像其他动物一样（假设动物没有道德观念）。这样，自我就需要协调本我的驱力、外部世界的现实和超我的价值主导三部分的要求。
本我和自我是先天存在的，而超我则以潜在的形式在婴儿身上存在。孩子会因为做出被社会赞同的行为而获得奖励，做出不被社会赞同的行为而被惩罚，超我为其建立起了一套内在的价值观念。成功的社会化是指只要个体想做或者已经做了被社会赞同的行为，就会感觉很好；如果他们考虑做或者已经做了被诟病的行为，就会感觉不好（内疚、羞愧、尴尬）。
在本我、自我和超我之间难免有张力，因为它们有不同的目标。人们对其自我使用的一种应对机制就是压抑。如果本我的欲望在被满足后会引起问题，或者考虑这一问题会导致焦虑，它可能就被排除在大脑意识之外而被压抑。弗洛伊德发现，被压抑的欲望或记忆是所有神经官能症的根源，因为心灵回避了那些人们不敢面对和承认的问题。
给灵魂称重
1907年，美国医生邓肯·麦克唐盖尔（Duncan MacDougall，1866年—1920年）决定测量人类灵魂的重量。他设计了一张特殊的床，这张床同时也是一台秤，这样他就可以监测病人的体重。然后，他挑选了6名即将死去的绝症病人。他确定每个人都会在自己的称重床上度过他们的最后时光，并在他们死亡之前每隔一段时间就记录下他们的体重，在他们死去的那一瞬间也要进行这样的记录。根据他的数据，他计算出灵魂的重量为21克，这是4名病人死亡时减轻的平均体重。结果表明，这个结果的科学解释有点草率，我们仍然不知道是否有灵魂，如果有灵魂的话，它是否有质量（尽管这看起来不大可能）。
客体我、自我和主体我
当弗洛伊德在维也纳发展自己的理论时，美国心理学的先驱威廉·詹姆斯在亚特兰大将自己的自我理论分为两个部分：“客体我”和“主体我”。“客体我”再细分为三个部分：物质的、社会的和精神的“自我”。
物质自我包括属于自己的东西或者自己的归属，具体包括家庭、身体、衣服和财产；社会自我是指自己与他人或者任何社会角色之间的联系，我们每个人都有许多社会自我，因为我们会在不同的社会环境下表现得不同：在工作中、与家庭成员一起、与朋友在一起等；精神自我指的就是我们的核心自我，它由我们的核心价值观、信仰、良心和人格组成。精神自我是三部分中最稳固的，它在人的成年生活中变化不大。
詹姆斯将一个人的“客体我”定义为“不仅包括这个人的身体和精神力量，而且还包括他的衣服和房子、妻子和孩子、祖先和朋友、名声和工作、土地和马匹、游艇和银行账户”（1890年）。自称“我”的范围不仅包括外部对象，甚至还延伸至其他人（“我”的母亲甚至敌人），他建立了一个扩散的、延伸到环境汇总的自我。这种自我与勒内·笛卡尔提出的封闭自我相对立，笛卡尔提出的自我不仅与他人不同，甚至与自己的躯体也不同。
“自我”则是纯粹的自我，是一种从过去、现在到未来不间断的线索形成的意识流。它还提供了一种差异（与“客体自我”相比）和自我意志的感觉，负责选择接受哪些思想、拒绝哪些思想，对于加工的经验来说也是如此。詹姆斯认为，“自我”是我们的心灵或者灵魂会怎样思考，因为它不是物质的，因此难以被科学验证。