我们在上一讲讨论了笛卡尔形而上学的第一原理“我思故我在”，现在讨论形而上学的另外两条原理：“上帝存在”和“物质世界”。
笛卡尔把人类知识比喻为一棵大树：形而上学是根，物理学（自然哲学）是树干，其他学科是枝叶和果实。现在的问题是，经院哲学衰落，哲学百废待兴，为人类知识大厦提供基础的哲学问题丛生，难以担当这一重任。在思考这些问题的过程之中，笛卡尔发现了数学，也就是欧几里得几何学。几何学作为一个公理化系统，只要初始原理确定了，严格按照逻辑规则推演，我们就可以得到具有普遍必然性的知识。于是，笛卡尔考虑如何将几何学方法改造成为一种哲学方法，用来建立科学的哲学体系。
万丈高楼平地起，最重要的就是打好基础。对于人类知识这座大厦来说，关键就在于形而上学，而对于形而上学来说，关键则是确定它的初始原理，即第一原理。然而，哲学处在众说纷纭莫衷一是的混乱状态，我们怎样才能确定哪些是成问题的，哪些是确定无疑的呢？笛卡尔采取了迄今为止可能是最为行之有效的怀疑方法：既然现在知识真假难辨，最明智的办法莫过于对所有的知识来一次彻底的怀疑，把稍有疑惑的知识暂时放在一边，看一看能不能找到不证自明无可置疑的东西。
于是，笛卡尔便果断地对知识采取了普遍怀疑的审查。检查的结果令人惊异：我们所有的知识都是可疑的，惟有正在怀疑的我确定无疑，而这个正在怀疑的我显然先得存在，然后才可能有怀疑。由此可见，所有的知识真假难辨，只有“我思故我在”无可置疑，所以“我思故我在”乃是形而上学的第一原理。
然而，当我们确定了这个形而上学的第一原理的时候，实际上只是确定了“我思”实体，其他任何东西仍然没有确定。笛卡尔使用怀疑方法确定“我思”，也就是通过否定性的方式，排除所有的知识内容，最终确定认识主体的过程。这样一来，“我思”固然确定了，但也正是因为“我思”的确定，使认识主体（我思）与认识对象（物质世界）相互隔绝，换言之，仅仅确定我思还不能就此确定任何知识的确定性，实际上所有一切仍然是悬而未决的。于是，笛卡尔从“我思”出发来证明上帝存在，从而通过上帝来保证“我思”实体与物质实体的一致性，这便有了形而上学的第二原理“上帝存在”和第三原理“物质世界存在”。
在上一节我们已经讨论了笛卡尔关于“我思故我在”的哲学命题，他视之为形而上学的第一原理：“我思故我在”。然而，“我思故我在”虽然是形而上学的第一原理，但是这并不意味着主观性的存在就是哲学的最高范畴。因为这一命题实际上仅仅确定了我在思维，并没有确定任何思维内容的真理性。在笛卡尔看来，这还有赖于我们对上帝存在的证明。
“上帝存在”是笛卡尔形而上学的第二原理。
显然，有很多原因决定了笛卡尔不可能按照传统的方式而只能从“我思”出发来证明上帝存在。首先也是最重要的原因是，我们是通过普遍怀疑的方式达到“我思”的，而这个“我思”除了自己之外，不能担保任何东西的存在。所以，我们不可能从世界或者什么东西推论上帝的存在，比如从世界的因果系列推论第一因等等，因为世界是否存在，我们还不知道呢。不仅如此，既然“我思故我在”是形而上学的第一原理，那就意味着“我思”是其他所有推论的基础和出发点，即使是上帝也不例外。
我们通过普遍的怀疑，也就是否定性的方式，获得了“我思”。那么，我们从这个“我思”出发，如何证明上帝存在？要知道，当笛卡尔通过普遍的怀疑而获得“我思”的时候，上帝也在被怀疑之列。
我意识到我的心中有一个“上帝”的概念，“上帝”概念的内涵是什么？“用上帝这个名称，我是指一个无限的、永恒的、常住不变的、不依存于别的东西的、至上明智的、无所不能的以及我自己和其他一切东西（假如真有东西存在的话）由之而被创造的实体说的。”（注1：《第一哲学沉思集》，第45—46页。）那么，“上帝”这个概念的原因是什么呢？
首先，“上帝”概念不可能来自我自己。因为“上帝”概念是无限完满的，而“我”的存在是不完满的：我们通过怀疑除了确定“我在”之外不可能确定别的什么，而认识显然比怀疑具有更大的完满性。由此可见，“我”是一个不完满的、有缺陷的实体。无限完满的“上帝”概念不可能来自我自己。而且“上帝”概念也不可能来自外部世界，因为在上帝里面没有什么东西与外部世界的物体性东西是相似的。按照“无中不能生有”、“原因必须大于或等于结果”的原则，也就是说，比较完满的东西不可能源自比较不完满的东西，就上帝这一表征着最完满的存在的观念而论，显然我不可能是它的原因，外部世界的物体也不可能是它的原因，它只能源于一个更加完满的本性。所以，我们只能说有一个比我更加完满的存在将这个观念放进我的心灵之中，这个完满的存在就是上帝。
除了从上帝观念的来源证明上帝存在而外，笛卡尔还有另外两种证明方式，一个是从具有上帝观念的我的存在来证明上帝的存在，一个是用上帝的本质或本性来证明上帝的存在。（注2：参见笛卡尔：《第一哲学沉思集》，第三个沉思和第五个沉思。）
关于第一种证明方式，简言之，既然我并不是完满的，那么我就不是惟一存在的实体，必然有一个更加完满的实体作为我存在的根据和持存的依靠，而我的一切都来源于它。关于第二种证明方式，笛卡尔认为，凡是我清楚明白地认识到是属于某个东西的，都一定在实际上属于这个东西。现在，我清楚明白地认识到，一个现实的、永恒的存在性属于上帝的本性，那么它们就属于上帝的本性。在别的事物里，我们可以把本质与存在分开，但在上帝中是不能分开的。正像一个三角形的本质不能与它的三角之和等于两直角分开，一座山的概念不能同一个谷的概念分开一样。如果一个至上完满的上帝竟然缺少存在性，肯定是不妥当的。哲学史经常把笛卡尔的这一证明看做是与中世纪安瑟尔谟关于上帝存在的本体论证明一样的本体论证明。它们之间虽然有区别，但都是从概念推论存在。
虽然上帝是比“我思”更完满的存在，因而他的存在用不着假定“我思”的存在，而“我思”的存在的确需要上帝作为根据，但是证明上帝的存在却必须以“我思”的确定为前提。换言之，作为形而上学的原理，只有确定了“我思”，才能进一步确定上帝的存在。不过话说回来，并不是说上帝是由“我思”而来的，而是说，关于上帝存在的证明，以“我思”为前提。
其实，上帝在笛卡尔哲学中具有特殊的用途。
笛卡尔将“凡是我们清楚明白地设想到的东西都是真的”作为一条基本规则，而这条规则的保证就来自上帝。这条规则之所以可靠，只是因为有上帝存在，因为上帝是一个完满的实体。“由此可见，我们的观念或概念，既然就其清楚明白而言，乃是从上帝而来的实在的东西，所以只能是真的”。（注3：《西方哲学原著选读》，上卷，第377页。）于是，笛卡尔发现了一条道路，“顺着这条道路我们就能从深思真实的上帝（在上帝里边包含着科学和智慧的全部宝藏）走向认识宇宙间的其他事物。”（注4：《第一哲学沉思集》，第55页。）显而易见，二元论的立场不仅使笛卡尔难以解决心灵与物体之间的一致性问题，甚至无法确定物质世界及其规律的客观存在以及我们对它们的认识可能性。现在，笛卡尔要通过上帝存在来解决这些难题，于是他提出了形而上学的第三原理：“物质存在”。
我们是通过普遍怀疑的方式来确定“我思”的，虽然这种怀疑方法卓有成效，但是也因此而造成了物质世界是否存在这一最大的怀疑。不过，当我们证明了上帝的存在之后，这个难题就迎刃而解了。
如前所述，上帝是一个最完满的实体，所以我也就确信上帝是决不会欺骗我的，决不会把我引入歧途，陷入谬误。因为欺骗和谬误这些非实在的东西与上帝这样一个绝对实在的完满属性不相符合。如果上帝给予我们的认识能力是贻误人生的，他使我们认假为真，那他就是一个骗子。现在，我们知道上帝是完满的，因而不可能欺骗我们，于是我们最大的怀疑便连根铲除了。这就是说，由于确信上帝的实在性和完满性，我现在也确信物质世界的存在。
笛卡尔在确定了“我思”实体之后，曾经提出了一条基本规则：“凡是我们十分明白、十分清楚地设想到的东西，都是真的”。在证明了上帝存在之后，这条规则便有了根据：它之所以是可靠的，“只是因为有上帝存在，因为上帝是一个完满的实体，并且因为我们所有的一切都从上帝而来。由此可见，我们的观念和概念，既然就其清楚明白而言，乃是从上帝而来的实在的东西，所以只能是真的。”（注5：《西方哲学原著选读》，上卷，第369、377页。）现在，笛卡尔亦由此来证明物质世界的存在。
我们的确有关于物质世界的清楚明白的观念，问题是，这些观念究竟是从哪里来的？由于物体与心灵是不同的实体，它们之间不可能相互过渡，所以这些观念不可能是我产生的。既然我们的观念就其清楚明白而言，都是从上帝而来的实在的东西，我们关于物质世界的观念不是主观自生的，所以我们关于物质世界的观念也必然来自上帝，它们必然是真实可靠的。这就是说，上帝保证了我们的观念的实在性，保证了物质世界的真实存在，因而也保证了我们关于物质世界的认识的客观有效性。
笛卡尔之所以大费周折绕圈子通过上帝存在来证明物质世界的存在，根源在于他的二元论立场。我只是思想实体，所以我不能证明物质实体的存在，也不能证明我关于物质世界的观念与它是符合一致的，只好请上帝来帮忙。上帝保证了我们心中清楚明白的观念的真实性，因而也保证了外界事物的实在性，同时亦保证了心灵与物体之间的一致性：上帝一方面把自然规律建立在自然之中，一方面又把它们的概念印在我们的心灵之中。
笛卡尔从普遍怀疑出发，确定了心灵、上帝和物体三种东西的存在，他称之为“实体”。然而，“所谓实体，我们只能看做是能自己存在而其存在并不需要别的事物的一种事物。”（注6：笛卡尔：《哲学原理》，第20页。）所以，真正符合这个实体定义的只有上帝，因为只有上帝是绝对独立的存在。因此，当我们说上帝、心灵和物体是三个实体的时候，并不是在同一意义上说的。从来源上讲，心灵与物体都依赖于上帝，不过它们仅只依赖于上帝。而就本性而言，心灵之为心灵，物体之为物体，是依赖于自身而存在的，所以从相对的意义上说，它们也可以叫做实体。
毫无疑问，只一个“我思故我在”的命题就足以使笛卡尔不朽了，他是近代哲学当之无愧的创始人。但是对于近代哲学来说，笛卡尔可算是功过参半。他以“我思”确立了主体性的地位，同时也带来了二元论的难题，而且现在这个样子还不可能实现他的理想，以几何学方法建立科学的哲学体系：“我思”是形而上学的第一原理，但却不是知识的有效保证，那还需要上帝的帮助。虽然笛卡尔提出了使用几何学方法建立哲学体系的设想，但是真正使这个设想付诸于现实的则是斯宾诺莎。