整个20世纪50年代，乃至60年代，外省人占台湾地区人口的一成半，但是台湾当局、军队、国民党中央、大型公营企业几乎每个高级职位，全给外省人占了。在地方上，外省人的主导地位一样无所不在。例如，1963年全岛二十四个县市警察局局长，没有一个本省人，一百二十个分局长当中，只有五个本省人。 [1]
本省籍人士除了国民党之外，找不到其他政治组织可以依附。安全管控严峻实质上使得民间连温和表示反对都不敢。“警备总部”找不到太多对象需要镇压或甚至严重“警告”。可是，还是有五千名左右台湾本省人被当作政治犯拘押，作为对有心反政府人士的活教材。 [2]
可是，国民党维持法律与秩序不单是靠高压震慑，它在多数台湾农民、商人群中享有程度不等的支持，因为他们不仅是经济政策的受益人，也是国民党推动政治稳定的受惠者。民间企业主有八成是本省人。1949年台湾农民约三分之二是佃农；到了60年代初期，已有三分之二农人自己拥有耕地。这些新地主社会地位和自尊大幅提升，产生荣誉感和责任心。结果之一是，他们以选民乃至候选人的身份积极参与国民党掌控的地方选举。 [3] 然而，一般认为，如果允许出现活跃、自由的在野反对势力，农人、商人对国民党的支持很快就会消逝。
有些党外政治领袖，如台北市前任市长高玉树等，希望美国能支持他们以党外身份在有限的地方政治与选举中掺一脚。可是在60年代中期，高玉树等人很痛苦，因为他们觉得纵使他们有心合作，并没有得到外省人善意回应，也没有得到美方理解。不过他们还是继续在蒋家父子所允许的有限度之参政体系内努力。华府并没有对台湾直接施加压力以放松此一限制，但是美方与台湾境内对这个问题的态度逐渐起了变化。
少数本省人开始在政府及国民党内受到重用，蒋经国拔擢台籍人士徐庆钟出任国民党中央党部副秘书长，徐氏回过头来提拔他一位台籍学生、农业专家李登辉。李登辉成为学界、官场一个非正式组织“农经派”成员。20世纪60年代农经派的主干人物是中美农村复兴联合委员会秘书长蒋彦士——一位拥有美国明尼苏达大学农业博士学历的浙江老乡。
蒋彦士由美国回国后，在农复会里晋升极快。20世纪50年代初期蒋介石指示高级助理，要注意物色青年才俊，提供给经国储才养士。有一天蒋彦士突然奉召晋见蒋介石，稍后即接到经国的电话；又隔不久，经国就来拜访他。 [4] 蒋彦士在1961年升任农复会委员；多年下来，他与蒋经国发展出深厚的公私情谊。外界谣传，他们俩交情好原因之一是，蒋彦士也喜欢夜里出游，与女人厮混。
蒋彦士官位上升，也提拔李登辉。蒋彦士和台湾岛内都不知道李登辉还在台湾大学农业经济系念书时，曾秘密加入共产党外围组织。
根据有些报道的说法，李登辉成为中共党员或候补党员。但是他不久就得到结论：共产主义与他的基督徒信仰有太多冲突，因此在1947年“二二八”事件之前就正式向他所属小组申请退党。在“二二八”事变当中，知道李登辉加入中共外围的人，不是被杀就是逃到大陆，李登辉的身份没有曝光。1965年，李登辉得到洛克菲勒奖学金到康奈尔大学念书。蒋彦士把李的博士论文《台湾经济发展过程中农工部门间之资本流动》介绍给蒋经国注意。虽然这篇论文题目不动人，但经国显然对内容相当欣赏。李登辉1969年回到台北，被派任为农复会农村经济组组长。1970年，在蒋彦士和徐庆钟促请下，李登辉加入国民党。李遂和经国一样，先为中共党员或候补党员，然后再加入国民党（蒋经国则是恢复国民党党籍）。
台北的经济技术官僚和国际开发总署（Agency for International Development）合作，拟订一套十九项基本改革方案，加快经济发展，把台湾推动到可以不再需要美援的地步。许多国民党元老依然矢口歌颂公营事业，不喜欢私人资本（包括日本与美国来台投资在内），也强烈反对改革。 [5] 经国虽然倾向支持公营事业，却没有介入此一政策辩论。陈诚及主要的经济规划官员都大力推动改革计划，蒋介石立即表态支持他们。
根据中央情报局的资料，20世纪50年代末期起，北京好几次通过种种秘密管道试图与台北领导人接触。1937年陪蒋经国坐火车横跨西伯利亚的康生，在党内声势上升，他可能是发送讯息的人士之一。中共表示，中国统一之后蒋介石可以居荣誉职，台湾可以自治，也将大赦“战犯”。虽然中国大陆送出秋波，但没有得到台北回应，经国也不曾向克莱恩透露北京派人传话、接触。美方与北京有自己的双边接触，经国也希望维持一条秘密管道，以备他日再发生类似1958年金门危机事件时可以派上用场。
尽管有秘密管道互通款曲，蒋经国手下情报单位对大陆局势的评估，依然非常政治化。例如，蒋经国的分析人员就没有察觉到中、苏关系之间快速的动态变化。在1961年他们依然坚称北京、莫斯科交恶是要让自由世界失去提防意识的奸计。不过，经国本人对底下分析人员提出来带有宣传意味的情报起了疑心。为了取得比较平衡的观点，他在“国防部”内成立一个特别单位，聘请文职学者担任研究分析人员。后来这个单位演变成独立的智库“国际关系研究所”，逐渐由留美回台学人主导。（译按：“国际关系研究所”20世纪60年代末期由“立法委员”仲肇湘主持，后由吴俊才接棒，与政治大学合作，改组成为“国际关系研究中心”，迁至木栅现址迄今。）
从美国人的观点来看，与经国合作的秘密情报作业，还是在通信拦截及空中侦察这两方面最成功，两者都由美方紧密控制。从1958年起由国民党军飞行员驾驶的U-2间谍机，就中国大陆快速发展的核武器及导弹计划，提供了非常独到的情报。国民党军U-2侦察机多年来共有三架遭中共击落，第一架被击落发生在1962年8月。国民党军队高级飞行员不满中央情报局掌控住U-2的勤务，但台湾当局与美国继续维持此一分工方式。由于这是以台湾为基地进行的秘密活动最成功的两个项目之一，中央情报局根本不愿放弃对U-2的掌控权。
吁求民主的声音并不只限于台湾本省人，20世纪50年代有个外省人雷震让国民党非常头痛。雷震主持的《自由中国》半月刊，主张军队国家化、开放地方自治、实施内阁制等改革措施。支持蒋介石的保守派人士开始怀疑陈诚秘密鼓动雷震等知识分子，以增加自己的接班机会。经国和他父亲宽容雷震的批评，一则是为了表示开放，一则是因为《自由中国》与留居美国的著名学人胡适有关系。（译按：胡适之挂名《自由中国》半月刊发行人。照出版法，杂志文章责任要由发行人负责。） 此外，雷震坚定的“反共”立场，主张“一个中国”，也使政府很难镇压他。雷震主张只有通过和平方式——把台湾转化为繁荣的民主楷模，才是“光复大陆”的不二法门。就知性上而言，这个论点可能让经国心有戚戚焉，因为日后他本人就采行这个方式。
雷震后来由理论、知性的论述转向组织工作，就游走在许可的边缘。1960年他开始计划筹组新党“中国民主党”。成立有竞争力的政党，就是对政权的直接挑战；但是国民党内现在对于如何回应意见分歧。“副总统”陈诚，更重要的是他身边的人，希望在本省人当中建立支持的基础，主张宽容。陈诚公开声明，反对党只要不是“军阀、地痞、流氓的政党”就可以成立，让政治观察家吓了一跳。这番话被解读成——雷震得到绿灯，可以通行。 [6]
蒋经国则采取强硬立场，反对雷震组党。他跟若干美国观察家有同感，认为“如果一个有效的政治反对党可以成立，它无可避免会变成一个台湾本省人的组织，把国民党勾画成是外省人主导的政党……在干净的选举中，国民党几乎注定必败无疑”。 [7] 韩国强人李承晚1960年在一次选举舞弊后被主张民主运动的学生推翻，使得蒋介石父子对于让任何反对势力在台湾抬头，戒心很高。可是美国的政策走向也让他们极为关切。杜勒斯1958年10月底对蒋介石的一席话，其迹象年复一年更加明显——美国——不分共和党、民主党，基于美国的利益和理想，都倾向“两个中国”政策。同一时期，冷战已经转为争取第三世界民心向背的斗争，美国开始对本身及盟国的人权也持较高标准。1960年秋天，民主党提名的总统候选人肯尼迪强调美国的道德领导。经国和他父亲认为，一旦反对党在台湾出现，美国人会全力推动它的发展。最好的办法是别让这毒蛇猛兽进来，但是得留个印象：来日不见得没有机会。
陈诚针对反对党发表温和谈话后不久，岛内安全单位就奉蒋经国核准，镇压“中国民主党”。通过威胁利诱手段，新党一名领袖离开台湾，两名领袖遭到不明人士殴打，还有若干人营业执照被吊销。9月间，安全单位逮捕雷震及一位助手。陈诚由报上获知雷震被捕。
雷震以“涉及共党阴谋推翻蒋介石”的罪名，被军事法庭判处十年有期徒刑。艾森豪威尔政府起先对雷震案大为光火。国务院电报打到台北给庄莱德，关切雷案是否“具有政治动机”，“任何冻结政治现状的政策，将与美国长期以来的政策目标——朝向负责任的代议政府努力，俾能吸引台湾人民更加支持——直接产生冲突”。这份电报甚至建议：“提出美国对导致李承晚垮台事件的态度……或许可以间接表示，美国希望……不要犯下同样的致命错误。”
庄莱德立刻建请华府当局不可造次。他回报说，由于雷震坚定要筹组反对党，蒋经国的确力主逮捕雷震。庄莱德说，华府可以十拿九稳不必猜测，因为蒋家父子铁定会采取他们认为的一切必要方法来“维系政治控制，包括运用武力”。他认为，美国若是试图改变情况，一定没有用，因为蒋氏“已预备好抗拒美国的干预”。庄莱德宣称，美国若想在台湾推动超越蒋家父子认为明智的民主改革，并不符合美国利益，并举出自由选举会使国民党败选这个严峻事实。他又举出一个颇有争辩余地的结论——他提出警告，由于“台湾人大多是没有原则的机会主义者”，若是美国坚持开放民主，国民党垮台，就会引起局势不安定，“对美国利益是个大灾害”。华府自此不再就雷案对蒋介石父子有进一步的施压。
到了肯尼迪宣誓就职美国总统时，中国实施“大跃进”政策却酿出大乱的相关消息频频传出。每人平均稻谷量由1957年的二百零五公斤，骤降至1961年的一百五十四公斤。很明显，营养失衡已经遍及各个层面。农村地区，包括蒋氏老家溪口，到处可以看到肚子胀肿的人。不久，难民成千上万由广东涌进香港。
自从1949年以来，这是第一次“反攻大陆”的希望乍现！但是蒋介石跟过去一样，除非大陆内部接近崩溃或爆发内战，他不愿孤注一掷，采取大动作。1961年和1962年大陆状况并未符合这些条件。但是，鉴于大陆经济大乱、难民大量逃出、中印（度）争端上升，北京与莫斯科交恶也不再是秘密，蒋介石必须表现已经按捺不住、要发动反攻的姿势。他的领导地位、国民党的统治、美国强大的亲台游说团体，乃至海外华人的殷望，在在逼得他必须表态。何况，通常蒋介石疾言厉色要求对大陆采取军事行动，都会导致美国多给些军事设备来安抚盟友的效果。
因此，蒋介石在1961年初指示经国，开始秘密规划突袭中国大陆。 [8] “参谋总长”彭孟缉提出两套剧本：一是由缅甸反攻进去，一是直接跨越台湾海峡进攻。蒋介石比较偏向由缅甸出兵的方案。 [9] 过去两年，经国奉父亲命令，业已运送数千名精锐的特种部队士兵进入缅甸北部地区。这支精锐雄师与1953、1954年“撤离”之后留在缅甸的五千五百多名游击队及其眷属会合。两军会合后，开始跨越边境进入大陆，对大陆进行新的试探性突击。1961年1月初，经国派出“国防部”参二情报次长赖名汤到缅甸视察反攻的前景。
仰光和北京对于这些国民党游击部队在得到生力军支援后的骚扰动作烦不胜烦，双方达成秘密协议，联合针对国民党在孟帕辽（Mong Pa Liao）的基地发动作战。孟帕辽是民航公司飞机由台湾起飞、取道泰国进来的主要起降基地。缅甸及解放军部队发动攻击，占领此一基地，国民党的部队退入老挝。缅甸军在占领的基地发现有美国最近出厂的武器，还有五吨美制弹药。（肯尼迪总统的）国务卿腊斯克大为震怒，台北1953、1954年曾明确保证会与滇缅边区游击队切断一切关系，现在已经违背此一保证。腊斯克训令庄莱德“大使”以罕见的严厉词句指责蒋介石行动“鲁莽”，并要求所有的国民党军队完全撤离此一地区。庄莱德没有直接去见蒋介石表达华府的立场，他另通过克莱恩请蒋经国代为转达。国务院替白宫起草了一份备忘录，它指出美国不宜针对这个议题，或其他议题，对蒋介石施加重压，因为“台湾在我们围堵中国共产党扩张主义压力的战略作为上，扮演极重要角色”。这些战略作为包括“由台湾出发或在台湾岛上进行的各种情报作业”，它们要靠台湾当局的合作。
不过，在华府强烈反应及部队在缅甸失利的情势下，蒋家父子只能再次同意撤出军队。4月间，台湾宣布已撤回四千两百人，但是不承认对滞留在老挝以及缅北山区的六千名游击队和眷属有任何责任。不到几个月，据报道中央情报局开始雇用这些国民党宣称管不到的孤军担任佣兵，在老挝西北部替美国的秘密活动效命。
蒋经国的部队由缅甸撤回的同一个月，中央情报局在古巴猪湾事件的惨败，凸显出认为流亡部队小规模兵力反攻、就会掀起大众“高擎义帜”起来反抗强大的共产政权，有多么愚蠢。蒋介石父子晓得，肯尼迪入主白宫，可比艾森豪威尔政府更会排斥“反攻大陆”的念头。可是，1961年6月，中央情报局台北站报告，蒋介石又在规划跨越台湾海峡的“反攻计划”。蒋经国告知克莱恩，台北将在8月1日开始动员，定于1962年1月或2月发动作战。蒋经国告诉克莱恩，蒋介石已经向“三军总司令”说明，不能期待美方在计划反攻之前就来支持，“但是一旦国民党军队在大陆任何地方建立桥头堡，美国人一定就会提供一切必要援助”。
克莱恩在呈报给华府当局的报告中，并没有表达出怀疑蒋介石会放手一搏，赌定了美国一定伸出援手的鲁莽。一旦国民党军队“反攻大陆”失败，中共进击台湾，台湾抵抗又失利，这项计划已规划好，蒋介石和其他一小群政府领导人“将由台湾疏散到某一安全地点”。后面这一点明显意在让美国人心里有数，反攻一旦失败，台湾有可能丢掉。7月间，克莱恩回到华府述职时，他向肯尼迪总统的国家安全事务特别助理麦克乔治·彭岱（McGeorge Bundy）提出警告，台湾当局对于美国的政策方向十分不安，他们有可能真正执行起自杀性的反攻登陆作战。克莱恩主张，为了安抚蒋介石，美国应该和他联手“对大陆进行某种侦察任务”。在克莱恩不懈的推动下，肯尼迪总统批准了蒋经国特战中心幕僚拟定的一项计划，空投六支由二十人组成的突击队进入华南。几个月之后，两支突击队空降进入华南，但是不旋踵，队员不是被杀，就是被捕。
彭岱对克莱恩有了深刻印象。10月间，在彭岱的授意下，没有告知庄莱德“大使”或驻华府的叶公超，克莱恩与蒋经国就处理蒙古加入联合国问题达成协议。台北原本誓言一定否决蒙古入会，即使因此失掉在联合国中攸关重大的支持亦在所不惜。蒋家父子与克莱恩折冲交涉时，同意了台北不会否决蒙古加入联合国，但是台北方面这项“让步”，换来肯尼迪保证，如有必要，美国将动用否决权，否决北京加入联合国。蒋介石果然再次以不利的动作要挟，争取到美方重大承诺。
1962年1月，中国大陆动荡不安的消息频传，蒋介石父子再度背着庄莱德“大使”，与克莱恩秘谈。蒋先生告诉克莱恩，他希望了解肯尼迪总统是否觉得时机合宜，可以就台湾“介入大陆的条件是否可行、必要，或至少由自由世界战略观点而言是可取的”来交换意见。蒋介石表示，他在做任何动作之前，肯定会跟美国咨商，但是“他希望能得到美国的同情与支持，即使国际因素或许使美国对于同情保持缄默”。蒋先生现在热切地接受中苏分裂的事实，宣称苏联人不会干预。2月间，彭岱访问台北，蒋先生再次争取至少“默契同意”他“反攻大陆”，或许亦秘密提供后勤支援。彭岱含糊其辞，不置可否。庄莱德“大使”和克莱恩都列席这项谈话；庄力促华府不要断然回绝掉蒋介石的恳求。他警告说，否则，蒋先生可能被激怒，铤而走险。
虽然克莱恩已赢得彭岱的信赖，肯尼迪总统的远东事务助理国务卿哈理曼（Averell Harriman）却对庄莱德“大使”产生偏见，认为他已被国民党掌握，太过倾向接受台北当局的立场。庄莱德在台北驻节四年之后，奉调离开；过后不久，哈理曼飞到台北与蒋介石会晤。蒋介石告诉哈理曼，“反攻大陆”的时机已经成熟，他若没有动作，“可能会失去控制”。哈理曼答说，他不怕蒋先生会失去控制，他强调要忍耐，对大陆情势需要有更好的情报。哈理曼离开台北几周，蒋介石要求克莱恩转达另一个口信给肯尼迪总统，如果当局不能呼应民意压力，尽早有行动对付大陆，会有丧失“对台湾领导及控制”的风险。蒋经国本人也提醒克莱恩，万一蒋介石下台，可能会爆发军事政变，或许就爆发“反美运动”。
蒋经国表示，过去空投进入大陆的突击队一队二十人，规模太小。如果要保持成功的希望，空降的突击队每队至少两百人，比较有胜算。他要求美方提供五架电子定位的C-123飞机，来执行这些秘密任务。克莱恩回到华府，力陈蒋介石所说，如果台湾当局所请被驳回，他可能被迫下野，不是没有道理。一旦蒋介石被赶下台，台湾必然陷入不安定的乱局，各种针对北京的联合情报任务就会发生危险。克莱恩在国家安全会议开会时，当着肯尼迪总统的面，大力促销蒋经国的最新方案。腊斯克国务卿指责这是“愚蠢”，但是哈理曼赞成再以一些动作安抚蒋介石。肯尼迪同意可以开始联合训练与规划两百人一队的空降部队，但是他强调，在双方同意条件成熟之前，不得有空投的动作。他也表示，可以拨给两架经国所要求的（五架）特殊C-123型飞机。可是，这次会议中最有趣的一项决定是：彭岱“很坚定地”训令克莱恩，要他告诉蒋经国，新任美国“大使”履任之时，“大使”将接管过去由中情局所扮演的特殊政治角色。
新任“驻华大使”是由海军上将退役的柯克（Alan G. Kirk），他在1944年6月盟军诺曼底登陆战之役，担任美国海军舰队司令。柯克与蒋介石是同一世代的人，又是杰出将领，可以很权威地告诉蒋先生，针对装备良好、阵地坚强的敌军进行两栖作战其可行性究竟如何。但是柯克直到7月才到任。这段时间，蒋经国加紧在山区秘密进行军事训练，并在金门、马祖增加兵力部署。克莱恩回到台北，他、经国和美军成立一个作战规划小组，称之为四二○小组，评估台湾空降最少两百人一队的计划。同一时期，他们同意与经国的特战中心合作，再空投九支二十人一队的突击队，试图与地下反抗组织取得联系。蒋介石又提出一份清单，要求美方提供十六架B-57轰炸机和二十至二十五艘登陆舰艇。
中央情报局非常满意克莱恩在台北的工作表现，调他回华府担任主管情报分析的副局长。两蒋也很高兴，因为克莱恩现在升官了，居于更能影响政策的重要职位。他也果然剑及履及，运用身为负责全面情报分析的中情局高级主管地位，推动蒋氏父子对大陆局势的研判意见及应对方略。克莱恩在5月17日的会议中向肯尼迪总统报告，大陆局势的控制“正在崩溃中”，蒋介石很难把军事行动推迟到10月以后。克莱恩力促肯尼迪提供B-57，因为要压制中国的伊留申IL-28型轰炸机有必要动用，而且台湾的两栖作战部队也需要登陆舰艇。这次会议后几天，蒋经国交给中情局台北站一份计划大纲：拟派出游击队发动及支援福建及广东的“反抗运动”，然后抢攻登陆台湾对岸四个地方。克莱恩不屈不挠争取到中央情报局局长麦科恩（McCone）的支持，麦科恩力促腊斯克和肯尼迪批准美军开始准备空战及两栖作战器材，以便随时支援国民党“反攻大陆”。
毛泽东显然对于肯尼迪要派一个诺曼底登陆战的海军宿将到台北当“大使”，有他自己一套解读：在国民党军队一旦反攻时，柯克可以对国民党提供专业意见。因此，人民解放军沿着华东海岸大幅加强兵力部署。这时候，肯尼迪和身边顾问认为，日本式的歌舞伎（kabuki）已经演得差不多了。6月23日，美方代表在华沙会谈上告诉中国方面，表示美国将在言行上与国民党军队“反攻大陆”划分界线，如果台湾真的反攻，美国会寻求恢复和平。肯尼迪接着针对这个议题，发表一份更含糊其辞的公开声明。
柯克终于到达台北履新，晋见蒋介石。柯克的意见是，没有美国大规模的海、空、后勤支援，蒋介石的计划肯定要失败。他说，美国不能支持台湾“反攻大陆”，也不会暗助台湾跨海进攻大陆。台湾若有“反攻大陆”的行动，势必严重扰乱区域之稳定。他又告诉蒋介石，肯尼迪已经裁定目前的状况还不宜提供B-57轰炸机及登陆舰艇给台湾。9月份这次会谈之后，蒋介石不肯再接见柯克。 [10]
10月间爆发古巴导弹危机，使得美国人在考量动用核武器时更是顾虑良多，同时也促成美苏想要设法防止意外发生战争，要控制住核武器的扩散。这一来又使中苏争执犹如火上加油。就在古巴导弹危机十天的对峙期间，中共在喜马拉雅山区对印度发动大型攻击。中方把印度打得头破血流后，退回原先的防线。毛泽东显然借这个动作教训印度及苏联别招惹中共。中央情报局针对局势发展，开始执行另一轮“解救西藏人”的秘密行动之紧急应变措施；中情局此举几可确定是与蒋经国的特战部队合作，也可能与印度政府合作。这段时间，原先已与中情局协议好的联合行动展开了，九支二十人一组的国民党军游击队空降进入中国大陆。中共安全单位再度捕杀这些渗透队伍。北京也指控美国助长整个行动。
柯克旋即因心脏病辞职，新“大使”赖特（Jerauld Wright）又是一位退役海军将领，对“反攻大陆”同样带来负面讯息。尽管有这些挫折，蒋介石公开谈话依然宣称要“光复大陆”，私底下亦不断拿出新计划缠住美国人不放。1963年3月，蒋介石再度修书给肯尼迪，声称中国大陆动乱急剧升高，台湾不能再不理会人民要求迅速采取行动的心声。可是这时候，台湾当局的高级官员，包括“国防部长”在内，已经私底下告诉美国外交官，别拿蒋先生的话当真。 [11] 1963年5月，新任中央情报局台北站站长提出与克莱恩一年前的报告大相径庭的评估报告，认为台湾当局“可能也不预期目前共产中国的局势，或目前的国际局势，有利于……反攻成功”。台湾当局“甚至在规划针对大陆的小型作业时，已展现审慎小心及缺乏整体计划”。
1963年6月，中国共产党发表长文，分二十五点，抨击苏联的意识形态路线。赫鲁晓夫建议两党在莫斯科秘密会谈。邓小平率领中共代表团与会，会谈历时两个星期，没有得到共识。三个月之后，蒋经国到达华府与美方会谈。他带着蒋介石提议进攻大陆的一封信。这项计划代号“秘龙”（Secret Dragon），国民党军队预备海、空并进，空降许多支一百至三百人为一队的游击队，以及由海面潜入多支三百至五百人为一队的部队。它的目标还是与往常一样，意图引发大陆“革命抗暴”。
蒋经国9月10日与国家安全事务特别助理彭岱会谈，会谈中他对此一计划低调处理，表示削弱及推翻共产政权的方法应该是“政治多于军事”，他强调台湾并没有计划大规模进攻大陆。不过，他力促美国和台湾合作，设法摧毁中国共产党的导弹基地及核设施。翌日，蒋经国见到肯尼迪总统，努力说明“秘龙”计划将是在华南占领一两个省的第一步，不是大规模的进攻。他要求美方提供五架C-130运输机（美方答应提供五架C-123，其中四架已经送达）。答复肯尼迪的问题时，经国表示有把握可以把三百至五百人的特种部队空降到中共核设施附近。肯尼迪再次强调，必须对中国大陆内部情势掌握更充分的资讯。
进攻中共核设施是蒋经国9月14日与中央情报局局长麦科恩会谈的焦点。两人会谈的结论是：双方要研究增进“打击中国共产党政权的能力”，譬如，是否针对大陆核设施等战略目标进行破坏行动或攻击。但是会谈备忘录再次强调，执行这类行动必须双方取得协议，应该“避免有引爆世界冲突风险的行动，或者行动一旦失败将伤害到双方共同利益的动作”。
蒋经国提议针对大陆核设施下手，有可能是刻意呼应中央情报局最近提出的方案。照克莱恩的说法，根据U-2侦察机取得的资料研判，中情局预料北京将在一年内试爆第一颗原子弹，因此向肯尼迪总统建议了几项对策。譬如，向赫鲁晓夫提议，美苏联手攻击中国核设施；或是由台湾发动突击队，炸毁这些设施。肯尼迪业已考量和苏联联手“限制或防止中国核发展”的可能性。然而，接下来几个月，美国政府研判得到结论：中国的核能力不大，只会产生边际的战略及政治冲击。于是乎，借重国民党军队突击队针对深处中国内地核设施攻击的构想，就此搁置。
蒋经国第二次访问华府之后，几乎不再有任何美国领袖担心他的意识形态、思想立场。反倒是，两蒋开始担心美方是否靠得住。经国回到台北后不久，西贡爆发军事政变，推翻南越总统吴庭艳，处死了吴庭艳和他担任秘密警察头子的弟弟吴庭儒。蒋经国1960年曾在台北接待过吴庭艳，并应越方之请，派遣王昇到西贡，就南越军队成立政工制度提供顾问意见。1963年政变不久，各方纷传美国政府在背后支持以杨文明将军为首的政变领袖。西贡政变让蒋氏父子更坚决认定有必要维持甚至加强国民党军队的政治监督制度。三周之后，消息传到台北——肯尼迪总统遇刺身亡。蒋经国是第一个赶到美国“大使馆”致哀的台湾当局官员。
在这个多事之秋，陈诚生病，后来诊断出来得了肝癌。1963年11月，中国国民党第九届全国代表大会拔擢多位高级情治首长出任“中央委员”，如“总政战部主任”、“国防部情报局局长”、“警备总司令”纷纷入围。陈诚对这些变化非常懊恼、失望。12月，蒋介石接受陈诚“副总统”辞去“行政院长”的兼职，出人意外地挑选技术官僚“财政部长”严家淦出任“行政院长”。一般公认严家淦干练、聪明、清廉，但是政治上“软弱”，不可能挑战经国的权力。严家淦与蒋夫人的关系深，得到国民党内所有元老的支持和接受。由于他过去专注建设开发，台湾本省人也喜欢他。
台湾的经济蓬勃发展，成绩傲人。在这一年告一段落的第三期四年经济建设计划把国民生产毛额提升百分之三十五，每人平均所得提升百分之十九，工业生产增加百分之七十二，成绩格外亮丽。然而，政治上这一年却似乎流年不利。戴高乐总统承认北京政权，关闭法国驻台北“大使馆”。中国在刘少奇、邓小平带领下，似乎由1959年至1962年的经济混乱中逐步复原。
同样在1964年，接替蒋纬国出任装甲兵第一师师长的赵志华将军，发动一场几近闹剧的政变失败后，蒋纬国的政治前途可谓就此断送。1948年底的徐蚌会战（淮海战役）中，赵志华是纬国的副手，被俘后逃出。蒋经国的政工人员对这类军官通常都保持高度戒心，可是纬国力保赵志华。此后十四年，赵一直忠心耿耿追随他。可是1964年1月21日，他召集全师官兵、装甲车集合，通过麦克风宣布要开往台北，接管政府，理由是蒋介石未能坚强有力领导“反共”。
数千名官兵吓了一跳。一位高级政工高喊支持，跑上讲台，此君不是向赵敬礼，而是伺机把他制伏在地。政变历时两分钟就落幕。蒋介石对纬国长期支持赵志华大为震怒，这个兵变事件使纬国的事业前程蒙上阴影。
著名的本省知识分子彭明敏也逐步走向和蒋氏政权对抗。彭明敏私底下与少数思想相近的学生讨论政治局势。蒋经国的特务密切监视这些集会，1964年初“警备总部”逮捕了印制主张“台独”传单的彭明敏和两位学生。接下来的审判过程吸引了海外极大注意，尤其是加拿大和美国特别关切。经国决定轻判，只判决彭明敏有期徒刑八年。坐牢七个月后，彭明敏签署一份由情治人员起稿的悔过书，得到蒋介石特赦，出狱回家。
蒋经国也继续允许高玉树等本省籍政治人物有一些活动空间。1964年台北市长选举，在蒋经国点头下，选务机关准许高玉树可以举荐监票员——他对全市三百六十个投开票所，派出五百名监票员。虽然国民党对市长选举投下极大资源，还秘密支持另外一位“无党无派”候选人分散高玉树票源，但高玉树仍险胜；另外，无党无派候选人在台南市和基隆市亦当选市长。（译按：台北市有五位候选人，国民党周百炼，以及高玉树、陈逸松、李鉎源、李建兴；台南当选人叶廷珪，基隆当选人林番王。）
注释：
[1] 田弘茂《不确定的未来：台湾的政治》（Uncertain Future: Politics in Taiwan），收于欧士南（Robert B. Oxnam）和卜睿哲（Richard C. Bush）编：《中国摘要：一九八○》（China Briefing: 1980 ）（1981年科罗拉多州包尔德市西景出版社出版）第69页。原书注1。（译按：台北、高雄两市在1963年还未升格为“院辖市”，全台只有二十一个县市，当时新竹市、嘉义市也没有升格为“省辖市”，何来二十四个警局？除非把铁路、公路、工矿警察局等列入，或是作者弄错，还是田弘茂先生原作另有所本？）
[2] 1968年2月4日《纽约时报》。原书注2。
[3] 见1963年3月22日台北“美国大使馆”第A734号电报，《台湾的异议声音及造反的可能性》（Taiwanese Dissidence and the Prospects for Insurrection），收于美国国家档案馆RG59，国务院文卷，第3669盒。本书作者当年供职驻台北“美国大使馆”，与柯姆（Peter Colm）共同起草这份报告。原书注3。
[4] 蒋彦士1995年8月29日在台北接受本书作者访谈时所说。原书注5。
[5] 李国鼎Economic Transformation of Taiwan, ROC （伦敦，1988年版），第111页。原书注9。
[6] 见1960年6月4日《纽约时报》。原书注13。
[7] 说这句话的人不是蒋经国，而是庄莱德“大使”分析局势之语；不过经国必然大有同感。台北“美国大使馆”1960年10月7日电文，收于《美国外交关系文件》第十九卷第725—726页。原书注14。
[8] 中央情报局1961年6月27日由台北发出的报告。原书注22。
[9] 钱复当年是陈诚的英文秘书，这是他1995年8月29日接受本书作者访谈时所说。原书注23。
[10] 柯克在1962年9月6日晋见蒋介石，高立夫在1995年11月30日接受本书作者访谈时叙述这段经过；高立夫曾负责替约翰逊副总统起草背景文件。原书注48、49、50。
[11] 台北“美国大使馆”1963年2月22日第A649号电报；1963年3月23日第A757号电报。不把蒋介石的吁求当一回事的人士里头有“国防部长”俞大维，及蒋介石的老朋友——“总统府秘书长”张群等人。原书注54。