5 时 35 分，北京航天指挥中心向飞船发出“返回”指令。飞船开始在 343 公里高的轨道上制动，就像刹车一样。
飞船先是在轨道上进行 180 度调姿——返回时要让推进舱在前，这就需要 180 度“调头”。
调姿分两次进行，先是一个 90 度。在轨道舱与返回舱、推进舱之间有个电爆阀，装有爆炸螺栓，这时一通电全部打开，轨道舱弹出去，与返回舱和推进舱分离，轨道舱独自行进，留在轨道上继续工作，继续进行对地观测。
返回舱和推进舱再调姿 90 度，与原来的飞行方向相反。制动发动机点火，喷气，飞船就开始减速。速度一减小，飞船的高度就开始降低。
整个调姿、减速的过程都有实时显示，而我能清晰地感受到飞船的所有动作。我感到飞船持续减速，向地球的方向靠近。
“制动发动机关机！”5 时 58 分，飞船的速度减到一定数值，开始脱离原来的轨道，进入无动力飞行状态。此后的飞船飞行并不是自由落体，而是使用升力控制技术，按照地面输入的数据，瞄准理论着陆点，依靠飞船上的小型发动机不断调整姿态，沿返回轨道向着陆场飞行。
所谓升力控制技术，就是当飞船进入大气层时，它的气动外形（与飞机外形设计是同样道理）在空气中产生升力，让它沿着一个缓慢的抛物线飞下来，它是可控的。
如果出了故障，升力控制失效，飞船返回就会是弹道式的，不可控地下来。比如 2008 年 4 月 19 日，韩国的李素妍搭乘俄罗斯“联盟TMA-11”飞船，与一名美国航天员和一名俄罗斯航天员一同返航时，飞船就是以弹道式着陆的，当时偏离预定地点 420 公里，航天员除了遭遇颠簸，还承受了最高 10 个 G 的过载，据称李素妍因此受伤。
就在我飞行的 2003 年，俄罗斯载人飞船返回时落地偏差 400 多公里，也是因为升力控制出了问题，它就按弹道式落下来了。
6 时 04 分，飞船飞行至距地 100 公里，逐步进入稠密大气层。
这时飞船的飞行速度很大，遇到空气阻力，它急剧减速，产生了近 4G 的过载，我的前胸和后背都承受着很大压力。这种情况我们平时已经训练过，身体上能应付自如，心理上也不会为之紧张。
让我紧张以致惊慌的另有原因。
首先是快速飞行的飞船与大气摩擦，产生的高温把舷窗外面烧得一片通红，接着在通红的窗外，有红的白的碎片不停划过。飞船的外表面有防烧蚀层，它是耐高温的，随着温度升高，它就开始剥落，实际上这是一种技术，它剥落的过程中会带走一部分热量。我学习过这个，知道这个原理，看到这种情形，就知道是怎么回事儿了。
但接着看到的情况让我非常紧张。我看到右边的舷窗开始出现裂纹。外边烧得跟炼钢炉一样，玻璃窗却开始出现裂纹，那种纹路就跟强化玻璃被打碎之后那种小碎块一样，这种细细的碎纹，我眼看着它越来越多……说不恐惧那是假话，你想啊，外边可是 1600℃至 1800℃的超高温度。
我的汗出来了。这时候舱里的温度也是在升高的，但并没到让我瞬间出汗的程度，其实主要还是紧张。
我现在还能回想起当时的情形：飞船急速下降，跟空气摩擦产生的激波，不仅有极高的温度，还有尖锐的呼啸声，飞船带着不小的过载，还不停振动，里面咯咯吱吱乱响……外面高温，不怕！有碎片划过，不怕！过载也能承受！但是一看到窗玻璃开始裂缝，我紧张了，心说：完蛋了，这个舷窗不行了。
当时突然想到，美国的“哥伦比亚号”航天飞机就是这样出事的，一个防热板先出现一个裂缝，然后高热就让航天器解体了。现在，这么大一个舷窗坏了，那还得了！
先是右边舷窗出现裂纹，等到它裂到一半的时候，我转着头一看左边的舷窗，它也开始出现裂纹。这个时候我反而放心一点了：哦——可能没什么问题！因为这种故障重复出现的概率不高。
当时还没有明白到底怎么回事，就想是不是因为玻璃是两层的，是不是里边的这层不裂就没问题？回来之后才知道，飞船的舷窗外做了一层防烧涂层，是这个涂层烧裂了，而不是玻璃窗本身；为什么两边不一块儿出裂纹呢？因为两边用的不是同样的材料。
以前每次做飞船发射与返回的实验，返回的飞船舱体经过高温烧灼，舷窗被烧得黑漆漆的，工作人员看不到这些裂纹。而如果不是在飞船里面亲眼目睹，谁都不会想到有这种情况。
此时，飞船正处在“黑障”区，离地大概 80 公里到 40 公里。之所以造成“黑障”现象，是因为飞船与大气剧烈摩擦，在飞船四周产生了一个等离子鞘，使飞船的无线通信与外界隔绝。这时飞船无法和地面或其他方位的任何人联系。我那时真是有点紧张。
当飞行到距地面 40 公里时，飞船飞出“黑障”区，速度已经降下来了，上面说到的异常动静也已减弱。我检测飞船后，与指挥员联系，地面向我报情况，说着陆场温度多少、风速多少。与此同时，等待多时的直升机迅速捕捉到了飞船发出的讯号，并开始搜索或救援行动。
一个关键的操作——抛伞，即将开始。
这时舷窗已经烧得黑糊糊的，我坐在里面，怀抱着操作盒，屏息凝神地等着配合程序，到哪里该做什么，该发什么指令，判断和操作都必须准确无误。
6 时 14 分，飞船距地面 10 公里，飞船抛开降落伞盖，并迅速带出引导伞。
这是一个激烈的动作。伞外边有个盖，以爆炸开启的电爆阀连接，离地 10 公里时一下子炸开，它飞出去，同时把引导伞带出来。
能听到“砰”的一声，非常响，164 分贝。我在里边感觉被狠狠地一拽，瞬间过载很大，对身体的冲击也非常厉害。
接下来是一连串快速动作。引导伞出来后，它紧跟着把减速伞带出来，减速伞让飞船减速下落，16 秒之后再把主伞带出来。
主伞有 1200 平方米，这时它不完全打开，一下子打开突然减速太厉害，人受不了，材料也受不了。它有一个巧妙的收口设计，这时它收着口，只打开一个相对较小的面积，在收口处有绳连着，进一步减速之后统一动作，一个刀一样的东西把绳同时切断了，主伞才会完全打开。
这是一个二十几秒的连续过程，人在里边是什么感受呢？
其实最折磨人的就是这段了。随着一声巨响你会感到突然一减速，引导伞一开，使劲一提，这个劲很大，会把人吓一跳，减速伞一开，又往那边一拽，主伞开时又把你拉到另一边了……每次都相当重，飞船晃荡很厉害，让人不知道怎么回事。
我后来问过俄罗斯的航天员，他们不给新航天员讲这个过程，就怕他们害怕。我回来讲了，给“神六”和“神七”的战友每一步都讲了，让他们有思想准备，告诉他们不用紧张，很正常。
我们航天员心里是很重视这一段的：伞开得好等于安全有保障了，至少保证生命无虞。所以把我七七八八地拽了一顿，平稳之后我心里却真是踏实——数据出来了，这个时候速度控制在规定范围内。我知道，这伞肯定是开好了！
后来，神舟六号和神舟七号都有红外，能看着开伞，这比较让人放心。我那会儿还没红外，地面人员也看不到，完全靠我凭感觉报告，我实时告诉地面：我听到什么声音，感受到减速，感受到开伞，我判断伞开得正常，因为速度多少多少……
在主伞完全开好之后，飞船以 10 米/秒匀速下落。这时没有过载了，唯一的感觉就是晃荡，斜着晃荡——主伞开了之后，只有一根绳吊着飞船的一边，晃晃悠悠的。但这时候真是无法形容心里那个舒坦，特别放心：伞很大，1200 平方米，落地再怎么重，最多也就受点伤。
安全了！成功了！生命肯定没问题了！肯定可以完成任务了！
离地面 5 公里的时候，飞船抛掉防热大底，露出缓冲发动机。同时主伞也有一个动作，它这时变成双吊，飞船正了。被摆正的飞船在风中晃悠着落向地面。
随即，座椅自动提升起来，打开减震装置。
我打开电台，再一次检查舱内物品，扎好束缚带，固定好自己，之后盯着仪器，同时像起飞时那样用力收紧肌肉，等着飞船接地的瞬间。
接地时，我第一个要做的是判断是否落在实地，第二个要做的是切伞。在确认落地之后，要及时把伞切掉，伞不切的话，它会乘风带着飞船跑。以前做实验的时候，这个 1200 平方米的大伞带着像球一样的返回舱，顺风跑起来汽车都追不上，而且它还边跑边颠簸，人在里边会被颠坏。
飞船离地面 1.2 米，缓冲发动机点火。接着飞船“嗵”的一下落地了。
我感觉落地很重，飞船弹了起来，在它第二次落地时，我迅速按了切伞开关。
飞船停住了。此时是 2003 年 10 月 16 日 6 时 23 分。在内蒙古四子王旗阿木古郎草原腹地，距理论着陆点 4.8 公里。而这一时刻，正好是天安门当天升国旗的时刻，这是一个无法设计的巧合。
后来证实，当时的风比较大，另外伞有很多地方破了，所以落地力量很大，但我切伞非常及时，只蹦了一下，跑离第一次落地地点大概十几米。
飞船落地时我感到嘴上一麻，心想坏了，肯定磕破了。我把面窗打开，伸手一摸，血流了下来。手边没有别的东西，我就开始用里面的布手套在那里擦，擦了半天也没能止住。
但我顾不得它了，我得把舱内的一些操作完成，打开信号发射器，尽快和指挥部联系。
我向指挥部报告：“我是神舟五号，我已安全着陆！”这时嘴里有血的咸味。
落地后飞船倾倒了，我是头冲下，脚朝上，身体被座椅压着，刚落地时连动也动不了。总不能就这样等着来人吧！等报告完后，我稳定了一下，之后把束缚带解开，一用力翻了下来。
那一刻四周寂静无声，舷窗黑糊糊的，看不到外面任何景象。
过了几分钟，我隐约听见外面有人喊叫的声音，手电的光从舷窗上模糊地照过来。
手电在烧黑的窗玻璃上晃啊晃，外面的人在一声声地叫着，正丁丁当当地拿工具。我马上打开飞船舱门的平衡阀，从里面解锁，我听到外面插上钥匙，舱门动弹了……
我心里那个高兴啊。