要揭开马雅崩溃之谜，最重要的是深入了解马雅的农业。它的作物大都原产于墨西哥，最主要是玉米，豆类位居第二。科学家们对古代马雅人的骨骼做同种型分析后得出结论，无论是特权阶级还是平民，玉米占马雅人食物结构的70％。他们养狗、火鸡、番鸭，和一种不叮人的蜜蜂。最主要的野味则来自狩猎得到的鹿，在某些地方还有鱼。在马雅考古点只发现极少量的动物骨骼，这说明马雅人的肉类来源不多，而鹿肉则是供特权阶级享用的美食。
以前很多人认为马雅农业基于刀耕火种（也被称为焚林农业）。森林被清除焚烧后，马雅人在这空地上耕种一年或几年直到土壤养分耗尽。接着是15年到20年的休耕期，一直等到野生的植被重新恢复土壤养分后再复耕。因此不管在什么时候，焚林农业系统中大部分土地处于休耕期，而剩余的土地只能够养活数量有限的人口。因此利用房屋基石数来估算人口时，考古学家们吃惊地发现古代马雅人口密度远高于焚林农业所能养活的人口数。虽然这些数字尚有争议，地区间也存在差异，但通常被认为每平方英里250到750人之间，甚至可能多达1500人（相形之下，当今人口密度最高的两个非洲国家：卢旺达和布隆迪的人口密度也不过为每平方英里750人和540人）。所以古马雅人肯定还有一些比焚林产量更高的农业生产方式。
马雅许多地方尚存有用于提高农产量的建筑，比如在山坡采用梯田耕种以保持土壤的养分和湿度，修建灌溉系统，挖沟排水，修筑台田。尽管耗费大量劳力，却能提高农作物的产量。这几种方法在世界其他地方也得到了证明，其中包括在易涝地区挖渠排水，沟土作高畦，覆以疏渠捞上来的水葫芦增加肥力，同时避免田地再次积水。除了在高畦耕种作物，农民们还在沟渠里饲养野生鱼类和乌龟（或任其生长）作为食物的另一来源。尽管如此，在马雅的其他地区，如被广泛研究的科潘和提卡尔并没有太多梯田耕种、灌溉挖沟、筑田排涝等现象。这些地方的居民用的可能是考古无法发现的方法来提高作物的产量，比如护根、引洪灌溉、减短田地的休耕期，以及翻松土壤以恢复肥力等。或者采用更为极端的方法，完全忽略休耕期，每年耕作，或者在特别潮湿的地区采用一年两作制。
在等级分明的社会中，包括现代美国和欧洲社会，有从事粮食生产的农民和寄生于农民不从事耕种但消耗食物的官僚和士兵。因此，在任何阶级社会，农民们都需要生产大量的剩余粮食，不但用于自身所需，还要满足其他消费者。所以，不从事农业生产消费者的数量取决于社会的农业产量。在今日美国高效的农业系统中，农民们只占全部人口的2％，但每个农民却可以平均养活125人。这个数字包括了美国的非农人口，也包括美国农作物出口海外市场的人口。即便在古埃及，其农业系统的效率虽然比现代机械化生产低效，但每个埃及农民仍然能生产5倍于本人及其家庭所需的粮食。相比之下，由于马雅农业存在着下列局限性，其农民比重高达70％。
首先，蛋白质产量过低。玉米作为主要的作物，比起旧大陆的大麦和小麦含有更少的蛋白质成分。上述几种可供食用的家畜也比旧大陆的母牛、绵羊、猪和山羊产肉量低。马雅人的作物品种明显少过安第斯农民，后者不但种植玉米、土豆、藜谷等作物，还有驼马作为肉类来源。如果与中国和欧亚西部的农民作比较，马雅人的作物种类就更少了。
其次，马雅的玉米农业无论是与阿兹台克的“奇南帕斯2”相比，还是与安第斯山脉蒂瓦纳科文明的台田和秘鲁海岸莫切人的灌溉系统相比，或是与欧亚大陆以畜力耕作的农业相比，其农业集约程度和产量都稍有逊之。
再者，马雅气候潮湿，使玉米难以贮藏一年以上。相比之下，生活在美国西南部的阿纳萨兹人，由于气候干燥，玉米可以贮藏三年。
最后，马雅人不像安第斯的印第安人拥有驼马，或是旧大陆的农民那样有牛、马、驴和骆驼可用。马雅人没有畜力用来运输或犁耕，所有地面运输都是通过脚夫背运。如果军队外出作战，派一名脚夫背负玉米随行，出征途中脚夫自己要吃掉一些玉米，回程时又耗费掉一些，因此只剩下为数不多的一部分供军队食用。征程越长，所剩余的可供脚夫食用的玉米就越少。如果征途长达一周，那么无论是派遣脚夫直接运送玉米，还是间接通过市场交易转运都变得很不经济。因此马雅农业产量的低效与驮畜的缺乏严重限制了他们作战的距离和时间长度。
我们往往习惯性认为军事的胜利取决于武器的精良，而非食物供给。但新西兰毛利人的例子明白无误地说明了食物供给对军事胜利所起的决定性影响。毛利人是最早定居在新西兰的波利尼西亚人。虽然传统上部落间争战频繁，但往往只局限于相邻几个部落。农业的低产与主要作物地瓜限制他们作战的规模。对于一支需要长距离和长时间征战的军队来说，地瓜是远远不够的。欧洲人登陆新西兰时带来了土豆。因此大约从1815年开始，（由于土豆的广泛播种）毛利人作物的产量得到极大的提高，能够生产足以供应军队作战几周的粮食。结果自1818年到1833年这15年里，从英国人那里获得了土豆和枪支的毛利人开始出征到几百英里以外攻击那些还没有土豆和枪支的毛利人。因此，土豆的高产量缓解了毛利人战争中的制约。这种制约与低产的玉米农业给马雅人战争所造成的局限很相似。
这样的食物供给也许可以解释为什么马雅社会诸侯割据，争战频繁，而非像墨西哥峡谷的阿兹台克帝国一样（得益于浮田等有效的农业生产方式），或者如安第斯山脉的印加文明（作物种类多，有驼马可用，而且修建了四通八达的道路，从而得以大一统）。马雅的军队和官僚组织规模小，军事上无法发动长距离的战役（甚至在1848年，马雅人反抗墨西哥人统治时，尽管战争即将胜利，但由于需要回国收割玉米而不得不撤军）。许多马雅城邦的人口只有25000到50000人不等，从没超过50万人。面积也不大，从宫殿开始算起，无论朝哪个方向，也就两到三日的脚程（实际数值在考古学界仍存有很大的争议）。从一些马雅城邦神庙的顶端眺望，往往一眼就能看到邻近城邦的神庙。马雅市镇的规模很小（大多数小于一平方英里），人口和集市规模也没有达到墨西哥河谷的特奥蒂瓦坎和特诺兹提朗，或是秘鲁的昌昌和库斯科的规模。也没有考古证据显示在马雅由皇家来管理粮食储存和贸易，如古希腊和美索不达米亚那样。